View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12931_high_6 (Length: 636)
Name: NF12931_high_6
Description: NF12931
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12931_high_6 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 508; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 508; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 56392008 - 56391400
Alignment:
| Q |
19 |
ctctagatgtgttatctgatcattgtgttcttccttccattgttcatttacttcctcatgtttttggatgtgttatatatgtgcacttacacccacatca |
118 |
Q |
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| T |
56392008 |
ctctagatgtgttatctgatcattgtgttcttccttccattgttcatttacttcctcatgtttttggatgtgttatatatgtgcacttacacccacatca |
56391909 |
T |
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| Q |
119 |
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218 |
Q |
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| T |
56391908 |
acgtacaaagtttgaagaacgagctgttaaatgtgtctttgttgggtatggatcaactcaaaaaggttatcttgcttaccatcccacatcaaagaaattt |
56391809 |
T |
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| Q |
219 |
tatatttctatggatgtgacatttcatgaagataannnnnnnnnnatgtcgatactacacttcagggggg-aatgaaaatgaagtgcaatatcaggatat |
317 |
Q |
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| T |
56391808 |
tatatttctatggatgtgacatttcatgaagataattgttttt--atgttgattctacagttcagggggggaatgaaaatgaagtgcaatatcatgatat |
56391711 |
T |
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| Q |
318 |
tagtttatttgacattttaaatgtaaaattatcttgtgaggatcactctgcaggaagtgagccaatcttaaatatggacattccacttttagataataca |
417 |
Q |
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| T |
56391710 |
tagtttatttgacatttcaaatgtaaaattatcttgtgaggatcactctgcaggaagtgagccaatcttaaatatggacattccacttttagataataca |
56391611 |
T |
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| Q |
418 |
gtgtcttctgatcatatccaactagctcaatcttctccaaaggttcaacatgactcttcaaaggtatctctttatcctatccttgataatacacatatag |
517 |
Q |
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| T |
56391610 |
gtgtcttctgatcatatccaactagctcaatcttctccaaaggttcaacatgactcttcagaggtatctctttatcctatccttgataatacacatacag |
56391511 |
T |
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| Q |
518 |
atgaagttaatcctgtttttaattctgaaactgatcatgaaattgatcctggtttacataagaccaccatcacacctaacactgagtcgactatcctcca |
617 |
Q |
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| T |
56391510 |
atgaagttgatcctatttttaattctgaaactgatcatgaaattaatcctggtttacatgagaccaccatcacacttaacactgagtcgactatcgtcca |
56391411 |
T |
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| Q |
618 |
atatattcttc |
628 |
Q |
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56391410 |
atatattcttc |
56391400 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 488; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 27516249 - 27515641
Alignment:
| Q |
19 |
ctctagatgtgttatctgatcattgtgttcttccttccattgttcatttacttcctcatgtttttggatgtgttatatatgtgcacttacacccacatca |
118 |
Q |
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27516249 |
ctctagatgtgttatctgatcattgtgttcttccttccattgttcatttacttcctcatgttttttgatgtgttatatatgtgcacttacacccacatca |
27516150 |
T |
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| Q |
119 |
acgtacaaagtttgaagaacgggctgttaaatgtgtctttattgggtatggatcaactcaaaaaggttatcttgcttaccatcccacatcaaagaaattt |
218 |
Q |
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| T |
27516149 |
acgtacaaagtttgaagaacgagctgttaaatgtgtctttgttgggtatggatcaactcaaaaaggttatcttgcttaccatcccacatcaaagaaattt |
27516050 |
T |
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| Q |
219 |
tatatttctatggatgtgacatttcatgaagataannnnnnnnnnatgtcgatactacacttcagggggg-aatgaaaatgaagtgcaatatcaggatat |
317 |
Q |
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| T |
27516049 |
tatatttctatggatgtgacatttcatgaagataattgttttt--atgttgattctacagttcagggggggaatgaaaatgaagtgcaatatcatgatat |
27515952 |
T |
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| Q |
318 |
tagtttatttgacattttaaatgtaaaattatcttgtgaggatcactctgcaggaagtgagccaatcttaaatatggacattccacttttagataataca |
417 |
Q |
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| T |
27515951 |
tagtttatttgacatttcaaatgtaaaattatcttgtgaggatcactctgcaggaagtgagccaatcttaaatatggacattccacttttagataataca |
27515852 |
T |
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| Q |
418 |
gtgtcttctgatcatatccaactagctcaatcttctccaaaggttcaacatgactcttcaaaggtatctctttatcctatccttgataatacacatatag |
517 |
Q |
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| T |
27515851 |
atgtcttctgatcatatccaactagctcaatcttctccaaaggttcaacatgactcttcagaggtatctctttatcctatccttgataatacacattcat |
27515752 |
T |
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| Q |
518 |
atgaagttaatcctgtttttaattctgaaactgatcatgaaattgatcctggtttacataagaccaccatcacacctaacactgagtcgactatcctcca |
617 |
Q |
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27515751 |
atgaaattgatcctgtttttaattctaaaatagatcatgaaattgatcctggtttacatgagaccaccatcacacctaacactgagtcgactatcgtcca |
27515652 |
T |
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| Q |
618 |
atatattcttc |
628 |
Q |
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| T |
27515651 |
atatattcttc |
27515641 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 178 - 628
Target Start/End: Original strand, 39743611 - 39744059
Alignment:
| Q |
178 |
aaaaaggttatcttgcttaccatcccacatcaaagaaattttatatttctatggatgtgacatttcatgaagataannnnnnnnnnatgtcgatactaca |
277 |
Q |
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| T |
39743611 |
aaaaaggttatcttgcttaccatcccacatcaaagaaattttatatttctatggatgtgacatttcatgaagataatttttttt--atgtcgattctaga |
39743708 |
T |
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| Q |
278 |
cttcaggggggaatgaaaatgaagtgcaatatcaggatattagtttatttgacattttaaatgtaaaattatcttgtgaggatcactctgcaggaagtga |
377 |
Q |
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| T |
39743709 |
cttcaggggggaatgaaaatgaagtgcaatatcatgatattagtttatttgacatttcaaatgtaaaattatcttgtgaggatcactctgcaggaagtga |
39743808 |
T |
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| Q |
378 |
gccaatcttaaatatggacattccacttttagataatacagtgtcttctgatcatatccaactagctcaatcttctccaaaggttcaacatgactcttca |
477 |
Q |
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39743809 |
gccaatcttaaatacggacattccacttttagataatacagtgtcttctgatcatatccaactagctcaatcttctccaaaggttcaacatgactcttca |
39743908 |
T |
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| Q |
478 |
aaggtatctctttatcctatccttgataatacacatatagatgaagttaatcctgtttttaattctgaaactgatcatgaaattgatcctggtttacata |
577 |
Q |
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| T |
39743909 |
gaggtatctctttatcctatccttgataatacacatacagatgaagttgatcctgtttttaattctgaaactgatcatgaaattgattctggtttacatg |
39744008 |
T |
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| Q |
578 |
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628 |
Q |
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| T |
39744009 |
agaccaccatcacacctaacactgagtcgactatcgtccaatatattcttc |
39744059 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 138; Significance: 8e-72; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 8e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 40455988 - 40455439
Alignment:
| Q |
19 |
ctctagatgtgttatctgatcattgtgttcttccttccattgttcatttacttcctcatgtttttggatgtgttatatatgtgcacttacacccacatca |
118 |
Q |
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40455988 |
ctctagatgtattgtctgatcatcatgttctaccccctattgttcatttaccacctcgtgtttttggatgtgttatgtatgttcacttacactcacatca |
40455889 |
T |
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| Q |
119 |
acgtacaaagtttgaagaacgggctgttaaatgtgtctttattgggtatggatcaactcaaaaaggttatcttgcttaccatcccacatcaaagaaattt |
218 |
Q |
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| T |
40455888 |
acgttcaaaacttgataaacgagccattaaatgcgtctttgttgggtatggatcaactcaaaaaggttatcgtgcttaccatccaacatcaaaaagattt |
40455789 |
T |
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| Q |
219 |
tatatttctatggatgtgacatttcatgaagataannnnnnnnnnatgtcgatactacacttcaggggggaatgaaaatgaagtgcaatatcaggatatt |
318 |
Q |
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40455788 |
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40455691 |
T |
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| Q |
319 |
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400 |
Q |
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40455690 |
agtatgtttgacatctcatatacaaaaatattttgtgaaaataaattatcttgtgaggatcactccgcaggtactgagccaatcctaaatatggatctat |
40455591 |
T |
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401 |
cacttttagataatacagtgtcttctgatcatatccaactagctcaatcttctccaaaggttcaacatgactcttcaaaggtatctctttatcctatcct |
500 |
Q |
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40455590 |
taactttagacaatacaacgtctcctgatcataaccaactagctcaatcttctccacaaattcaacttgactcttcaacggtaactcttgatcctctccc |
40455491 |
T |
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501 |
tgataatacacatatagatgaagttaatcctgtttttaattctgaaactgat |
552 |
Q |
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| T |
40455490 |
tattgatacaagtatagatgaagttgatcttgtttttgattctgaaattgat |
40455439 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000006; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 440 - 552
Target Start/End: Original strand, 32202097 - 32202209
Alignment:
| Q |
440 |
tagctcaatcttctccaaaggttcaacatgactcttcaaaggtatctctttatcctatccttgataatacacatatagatgaagttaatcctgtttttaa |
539 |
Q |
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| T |
32202097 |
tagctcaatcttctccacaaattcaacttgactcttcaacggtaactcttgatcctctccctattgatacaagtatagatgaagttgatcttgtttttga |
32202196 |
T |
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540 |
ttctgaaactgat |
552 |
Q |
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32202197 |
ttctgaaattgat |
32202209 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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