View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12931_low_1 (Length: 1213)

Name: NF12931_low_1
Description: NF12931
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12931_low_1
NF12931_low_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-1198)||(9321939-9323128)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 1119; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 1119; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1198
Target Start/End: Complemental strand, 9323128 - 9321939
Alignment:
Q  12 ggagcacagatcagaagagaaatatatgatgagtcacttacatttgatgggaattcatgattatcaaatcctccaataggagtaacgccttggattccat 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9323128 ggagcacagatcagaagagaaatatatcacgagtcacttacatttgatgggaattcatgattatcaaaccctccaataggagcaacgccttggattccat 9323029  T
Q  112 ctttaatgggtacctggtttttattatagaagaacttaaccccaaaatttgatcatataaagtatagactatcatggtaatacaacaaacatacaccaac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9323028 ctttaatgggtacctggtttttattatagaagaacttaaacccaaaatttgatcatatagagtatagactatcatggtaatacaacaaacatacaccaac 9322929  T
Q  212 ctcagaagcacttaaaccaaaactttctgatgggaaattatgcgattgtaatacttgattattgacatccactggaagatgggtaccaaaatcttcaaat 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9322928 ctcagaagcacttaaaccaaaactttctgatgggaaattatgcgattgtaatacttgattattgacatccactggaagatgggtaccaaaatcttcaaat 9322829  T
Q  312 gcattccatggctgttcagtaacaaaataaatatcttaattgaagtttcgatgtattcctcatagtgttctttaaatttgatgtggaacaaatgcaaagg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9322828 gcattccatggctgttcagtaacaaaataaatatcttaattgaagtttcgatgtattcctcatagtgttctttaaatttgatgtggaacaaatgcaaagg 9322729  T
Q  412 acgtggtccatttcttatgcagaatagcatatcacaaccaacgcaagcaattggtgataagcttgtgaatagttttatatctaactcagcnnnnnnntgc 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||    
T  9322728 acgtggtccatttcttatgcagaatagcatatcacaaccaacgcaagcaattggtgataagcttgtgaatagttttatatctaactcagcacaaaaatgc 9322629  T
Q  512 aaaactaataattgacctaacttctgaacttacttgagtgtctgttgccataacaggaacttgtttttctccattccatacaccatcatgccatacatta 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9322628 aaaactaataattgacctaacttctgaacttacttgagtgtctgttgccataacaggaacttgtttttctccattccatacaccatcatgccatacatta 9322529  T
Q  612 gatgtaacagttgaaggtacaccgacactaggcatttcaaaagatggcatttggaaatttccatttaaggttgaaaatggctcaaacctatcctgtaaag 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9322528 gatgtaacagttgaaggtacaccgacactaggcatttcaaaagatggcatttggaaatttccatttaaggttgaaaatggctcaaacctatcctgtaaag 9322429  T
Q  712 attcaacacttgaaggtactggcgcaggaatttccacttgtgcagtagagaatggatcaaatctatcctgcgaagattcagcacttgaaggaactgccgc 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9322428 attcaacacttgaaggtactggcgcaggaatttccacttgtgcagtagagaatggatcaaatctatcctgcgaagattcagcacttgaaggaactgccgc 9322329  T
Q  812 aggaatttccacttgtgtagtagatgatgtgaactgaggcgtatcaaatgttgcccaaccttcatttttagggatggataactccactgattttgcatct 911  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9322328 aggaatttccacttgtgtagtagatgatgtgaactgaggcgtatcaaatgttgcccaaccttcatttttagggatgaataactccactgattttgcatct 9322229  T
Q  912 gaggttgcagcagaag---gctgctgaggaagatccgcaaagaaatcaatagatgcgacttggggtgtttgcgtaggttgagttcccttgaaagatggag 1008  Q
    ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9322228 gaggttgcagcagaaggctgctgctgaggaagatccgcaaagaaatcaatagatgcgacttggggtgtttgcgtaggttgacttcccttgaaagatggag 9322129  T
Q  1009 ctgcttccttatcagatagttgaaacagatctcctaatgcagattgagatggtacaaccgtttgaaaaagatcaatggatgaagctgatgccgctggtgc 1108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9322128 ctgcttccttatcagatagttgaaacagatctcctaatgcagattgagatggtacaaccgtttgaaaaagatcaatagatgaagctgatgccgctggtgc 9322029  T
Q  1109 cttggaaaggtccaagctaaccgatcttgcaggaccagatgtcagtgaatttccggaccctgaagattggaaagcttctgagaaaaaatc 1198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9322028 cttggaaaggtccaagctaaccgatcttgcaggaccagatgtcagtgaatttccggaccctgaagattggaaagcttctgagaaaaaatc 9321939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University