View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12931_low_6 (Length: 694)

Name: NF12931_low_6
Description: NF12931
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12931_low_6
NF12931_low_6
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-678)||(51196491-51197156)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 650; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 650; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 678
Target Start/End: Original strand, 51196491 - 51197156
Alignment:
Q  13 tcatcacttgcaattatttttattaatccataacaacatacaaagagaaacactatgaatcttaaaatccatgaacaaaaggatgaatgaagtttattta 112  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196491 tcatcacttgcaattattgttattaatccataacaacatacaaagagaaacactatgaatcttaaaatccatgaacaaaaggatgaatgaagtttattta 51196590  T
Q  113 gttactctactaacacagttgctgcatttttaaaatttagtaatatgatctcaggttttaaggcatatatgttgatatataaacaaatgcatttaataag 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196591 gttactctactaacacagttgctgcattttcaaaatttagtaatatgatctcaggttttaaggcatatatgttgatatataaacaaatgcatttaataag 51196690  T
Q  213 aatcctggaatgagattggcatgaaggctccatgaaacccatatggaactctgaaaggaatttcaattttggcaaccgtctcgccagaaaaattctttgt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196691 aatcctggaatgagattggcatgaaggctccatgaaacccatatggaactctgaaaggaatttcaattttggcaaccgtctcgccagaaaaattctttgt 51196790  T
Q  313 atcgattatatgaacctgaaagaaaattgataaatgagttaataactatcctaattttcaacaagtgtaattaatttcaagaatacaaagctactcaacc 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196791 atcgattatatgaacctgaaagaaaatcgataaatgagttaataactatcctaattttcaacaagtgtaattaatttcaagaatacaaagctactcaacc 51196890  T
Q  413 tacttgagatgtgttagtatcttcattgtgaacaaaagtaatgatccaaccatcatcttcttcgacacctccatctctaggcacaaacgctgccccattg 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196891 tacttgagatgtgttagtatcttcattgtgaacaaaagtaatgatcaaaccatcatcttcttcgacacctccatctctaggcacaaacgctgccccattg 51196990  T
Q  513 caaaatgtattcttctcaaacatatggtattccatccttataggttcttctttttctctctgcttcaaaaaatctatgttatgacactgataataatgct 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196991 caaaatgtattcttctcaaacatatggtattccatccttataggttcttctttttctctctgcttcaaaaaatctatgttatgacactgataataatgct 51197090  T
Q  613 actaaggaattatatgaaattaccactagggaaaggaattgttaattatagcattcttttaccttt 678  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51197091 actaaggaattatatgaaattaccactagggaaaggaattgttaattatagcattcttttaccttt 51197156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University