View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12934_high_3 (Length: 435)
Name: NF12934_high_3
Description: NF12934
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12934_high_3 |
 | |
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| [»] scaffold0110 (3 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0110 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0110
Description:
Target: scaffold0110; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 425
Target Start/End: Original strand, 12433 - 12845
Alignment:
| Q |
17 |
attatataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggccgcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaag |
116 |
Q |
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| T |
12433 |
attatataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggc-gcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaag |
12531 |
T |
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| Q |
117 |
ctaaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttctatatacatatttgatcaaaactagatgaaac |
216 |
Q |
| |
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|
|
| T |
12532 |
ctaaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttctatatacatatttgatcaaaactagatgaaac |
12631 |
T |
|
| Q |
217 |
aaatccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcatactacaacagattgatcgatt |
316 |
Q |
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| T |
12632 |
aaatccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcatactacaacagattgatcgatt |
12731 |
T |
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| Q |
317 |
acttactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatag-----tagttttggaaatgtaatgttaaatattaatttcttattgtgtttttgt |
411 |
Q |
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| T |
12732 |
acttactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatagtaacatagtttaggaaatgtaatgttaaatattaatttcttattgtgtttttgt |
12831 |
T |
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| Q |
412 |
tccttaaacctatg |
425 |
Q |
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| T |
12832 |
tccttaaacctatg |
12845 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0110; HSP #2
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 425
Target Start/End: Original strand, 20170 - 20582
Alignment:
| Q |
17 |
attatataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggccgcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaag |
116 |
Q |
| |
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|
| T |
20170 |
attatataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggc-gcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaaag |
20268 |
T |
|
| Q |
117 |
ctaaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttctatatacatatttgatcaaaactagatgaaac |
216 |
Q |
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| T |
20269 |
ctaaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttctatatacatatttgatcaaaactagatgaaac |
20368 |
T |
|
| Q |
217 |
aaatccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcatactacaacagattgatcgatt |
316 |
Q |
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| T |
20369 |
aaatccatagctcccttaataattgattaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcatactacaacagattgatcgatt |
20468 |
T |
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| Q |
317 |
acttactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatag-----tagttttggaaatgtaatgttaaatattaatttcttattgtgtttttgt |
411 |
Q |
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| T |
20469 |
acttactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaatagtaacatagtttaggaaatgtaatgttaaatattaatttcttattgtgtttttgt |
20568 |
T |
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| Q |
412 |
tccttaaacctatg |
425 |
Q |
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| T |
20569 |
tccttaaacctatg |
20582 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0110; HSP #3
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 17 - 421
Target Start/End: Original strand, 29295 - 29701
Alignment:
| Q |
17 |
attatataatgtgcatttgatcatatatatgtctgtggccgcg--cgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaa |
114 |
Q |
| |
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|
|
| T |
29295 |
attatataatgtgcatttgatcatatatatgtgtgtggccgcgcgcgcgtgtgagctcaagtatgttcaatttgacaggaagatatagatctcatcgcaa |
29394 |
T |
|
| Q |
115 |
agctaaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatgtttc--tatatacatatttgatcaaaactagatg |
212 |
Q |
| |
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|
| T |
29395 |
agctaaattttgatcaataccggttctcaatctcatggtccagaatttttccaagtaattcaaatatttctatatatacatatttgatcaaaacaagatg |
29494 |
T |
|
| Q |
213 |
aaacaaatccatagctcccttaataattga--ttaaactattgatgcagatggtactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcatactacaacagattga |
310 |
Q |
| |
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| ||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
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|
| T |
29495 |
tagaaaatcca--------ttaataatcaattttaaactattgatgcagatggaactggcaaagtaaattggaaaggtgtagcgtactacaacagattga |
29586 |
T |
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| Q |
311 |
tcgattacttactagaaaagggtaagtttttacgtagccatagtcgaaata-----gtagttttggaaatgtaatgttaaatattaatttcttattgtgt |
405 |
Q |
| |
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| T |
29587 |
tcgattacttgctagaaaagggtaattttttatgtatccctagtcgaaatactaacatagttttggaaatgtaatgtt-aattttaatcgctcgttgtgt |
29685 |
T |
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| Q |
406 |
ttttgttccttaaacc |
421 |
Q |
| |
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| T |
29686 |
ttttgttccttaaacc |
29701 |
T |
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