View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1293_low_45 (Length: 301)

Name: NF1293_low_45
Description: NF1293
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1293_low_45
NF1293_low_45
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (29-287)||(22830711-22830969)
chr7 (29-287)||(22839732-22839990)
chr7 (30-267)||(22814727-22814964)
chr7 (53-266)||(22885326-22885539)
chr7 (29-267)||(22888992-22889230)
chr7 (30-264)||(22880294-22880528)
chr7 (30-267)||(22875622-22875853)
chr7 (30-248)||(22805037-22805246)
chr7 (29-255)||(22858171-22858400)
chr7 (29-267)||(22913374-22913603)
chr7 (29-248)||(22809360-22809582)
chr7 (92-266)||(22893654-22893828)
chr7 (92-267)||(22897972-22898147)
chr7 (92-244)||(22825981-22826133)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (29-287)||(21150776-21151034)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 29 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 22830969 - 22830711
Alignment:
29 atatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagat 128  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
22830969 atatgatggagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaagat 22830870  T
129 ctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtta 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22830869 ctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtta 22830770  T
229 atggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttcctagagtaagagaatttgctgag 287  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
22830769 atggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctggagaaagagtatttgctgag 22830711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 29 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 22839990 - 22839732
Alignment:
29 atatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagat 128  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
22839990 atatgatagagtgaagaaaaagattgatgttaccttagctccatttagtgttggttttagtcataaaccaacacaaccgacgttatcattgaccaaagat 22839891  T
129 ctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtta 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
22839890 ctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtta 22839791  T
229 atggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttcctagagtaagagaatttgctgag 287  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
22839790 atggccaatctcaaaaccttgaaatctctgaccttcctggagaaagagtatttgctgag 22839732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 30 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 22814964 - 22814727
Alignment:
30 tatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagatc 129  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | |||||||||  |||| ||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||    
22814964 tatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaatgagtgttggtgctagtaataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatc 22814865  T
130 tttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaa 229  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||    
22814864 tttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgtagcttctcattatattcttgggtggagttttaaggttaa 22814765  T
230 tggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttccta 267  Q
    ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||||||    
22814764 tggccaagctcaaaaccttgaaatatctgaacttccta 22814727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 6e-77
Query Start/End: Original strand, 53 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 22885539 - 22885326
Alignment:
53 tgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaataga 152  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
22885539 tgatgttactttagctccaattagtgttggttttagtgataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaatactcaacaataga 22885440  T
153 atgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaa 252  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||    
22885439 atgtatgttggattctcatcttcaacagggttaattgtagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatagccaagctcaaaaccttgaaa 22885340  T
253 tctgtgaccttcct 266  Q
    ||| ||| ||||||    
22885339 tctctgaacttcct 22885326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 29 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 22889230 - 22888992
Alignment:
29 atatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagat 128  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| | |||||||||  |||| ||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||    
22889230 atatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagcaccaatgagtgttggtgctagtaataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagat 22889131  T
129 ctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtta 228  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||    
22889130 ctttcttcaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttaatggtagcttctcagtatattcttggttggagttttaaggtta 22889031  T
229 atggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttccta 267  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||    
22889030 atggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgaacttccta 22888992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 30 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 22880528 - 22880294
Alignment:
30 tatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagatc 129  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||| || ||    ||| ||||||||||||||||    
22880528 tatgatggagtgaagaaaaagattgaggttacattagctccgattagtgttggttttaataataaaccaacacgacatttgttgtcattgaccaaagatc 22880429  T
130 tttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaa 229  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||  ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||    
22880428 tttctccaattctcaacaatagtatgtatgttggattatcatcttcaacaaggttaattttagcttctcattatgttcttggttggagttttaaggttaa 22880329  T
230 tggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttc 264  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||    
22880328 tggtcaagctcaaaaccttgaaatctctgagcttc 22880294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 30 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 22875853 - 22875622
Alignment:
30 tatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagatc 129  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| |   || |      ||| ||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||    
22875853 tatgatggagtgaaaaaaaagattgatgttactttagctccaatagatgct------agtaataaaccaacacaacctttgttatcattgaccaaagatc 22875760  T
130 tttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaa 229  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
22875759 tttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacaggtttaattttagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaa 22875660  T
230 tggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttccta 267  Q
    ||| |||||||||| |||| |||||| ||| |||||||    
22875659 tggtcaagctcaaacccttgaaatctctgaacttccta 22875622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 30 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 22805246 - 22805037
Alignment:
30 tatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagatc 129  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  ||||| |         ||||||| |  |||  |||||||| ||||||||||||    
22805246 tatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccagtttatgttgtt---------aaaccaacaggaccttcgttatcaatgaccaaagatc 22805156  T
130 tttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaa 229  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
22805155 tttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggttaa 22805056  T
230 tggccaagctcaaaacctt 248  Q
    ||| |||||||||||||||    
22805055 tggtcaagctcaaaacctt 22805037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 29 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 22858400 - 22858171
Alignment:
29 atatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcat---aaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaa 125  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||| | |||||| || |  |   ||||||  || |||   ||||||||| || |||    
22858400 atatgatggagtgaagaaaaatattgatgttacattagctccaattaattttggttgtaatgttgttaaaccagcacgacctttgttatcattcacgaaa 22858301  T
126 gatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatgg 225  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| ||    
22858300 gatctttctccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaaccggggtaattgtagcttcccattatattcttggttggagttttaagg 22858201  T
226 ttaatggccaagctcaaaaccttaaaatct 255  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||    
22858200 ttaatggccaagctcaaaaccttgaaatct 22858171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 29 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 22913603 - 22913374
Alignment:
29 atatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagat 128  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |         ||||||| ||||||   ||||||||||| |||||||    
22913603 atatgatggagtgaagaaaaagattgatgttactttagctccaattaatgttgtt---------aaaccaaaacaacctttgttatcattgaacaaagat 22913513  T
129 ctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtta 228  Q
    |||||  ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||  | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
22913512 ctttcttcaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacaggttcaattctaacttctcattatattcttggttggagttttaaggtta 22913413  T
229 atggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttccta 267  Q
    |||| ||||||||||| |||  ||||| ||| |||||||    
22913412 atggtcaagctcaaaatcttgtaatctctgaacttccta 22913374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 29 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 22809582 - 22809360
Alignment:
29 atatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcat---aaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaa 125  Q
    ||||||||| |  ||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||| |  |   ||||||| || |||   ||||||||| ||||||    
22809582 atatgatggtgaaaagaaaaagattgatgctactttagctccaattaatgttggttttaatgttgttaaaccaacacgacctttgttatcattcaccaaa 22809483  T
126 gatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatgg 225  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||  | ||||||||||| ||| |||||||||||||| ||    
22809482 gatctttctccaattcttaacactagtatgtatgttggattctcatcttcaacaggttctattctatcttctcattatgttcttggttggagttttaagg 22809383  T
226 ttaatggccaagctcaaaacctt 248  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
22809382 ttaatggtcaagctcaaaacctt 22809360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 92 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 22893828 - 22893654
Alignment:
92 taaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgc- 190  Q
    |||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||  | ||  |||||||| |     
22893828 taaaccaaaacaacctttgttatcattgaccaaagatctttctccaattcttaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctac-tggttcatttct 22893730  T
191 agcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttcct 266  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||  ||||| ||| ||||||    
22893729 aacttctcattatattcttggttggagttttaagattaatggtcaagctcaaaaccttgtaatctctgaacttcct 22893654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 92 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 22898147 - 22897972
Alignment:
92 taaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttca--ttg 189  Q
    |||||||| ||||||   ||| |||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||  | || || ||||  ||     
22898147 taaaccaaaacaacctttgttgtcattgaccagagatctttctccaattttaaacaatagtatgtatgttggattttcatcagctactgg-ttcagtttt 22898049  T
190 cagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttccta 267  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||  ||||| ||| |||||||    
22898048 ca-cttctcattatattcttggttggagttttaaggttaatggtcaagctgaaaaccttgtaatctctgaacttccta 22897972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 92 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 22826133 - 22825981
Alignment:
92 taaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagatctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttca--ttg 189  Q
    |||||||| ||||||   ||| |||||||||| ||||||| | |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||  | ||  ||||||  ||     
22826133 taaaccaaaacaacctttgttttcattgaccagagatcttcctccaattttgaacaatagtatgtatgttggattctcatcagctac-tggttcagtttt 22826035  T
190 cagcttctcattatattcatggttggagttttatggttaatggccaagctcaaaa 244  Q
    || ||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||| |||||||||||    
22826034 ca-cttctcattatattcttggttgaagttttaagcttaatggtcaagctcaaaa 22825981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 119; Significance: 8e-61; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 29 - 287
Target Start/End: Original strand, 21150776 - 21151034
Alignment:
29 atatgatggagtgaagaaaaggattgatgttaccttagctccagttagtgttggttttagtcataaaccaagacaaccgacgttatcattgaccaaagat 128  Q
    ||||||||| |  ||||| | |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| | | ||||||  |  |||   |||||||||||||||||||    
21150776 atatgatggtgaaaagaagaagattaatgttactttagctccaattagtgttggttttaataaaaaaccagcaagacctttgttatcattgaccaaagat 21150875  T
129 ctttccccaattctcaacaatagaatgtatgttggattctcatcttcaacagggttcattgcagcttctcattatattcatggttggagttttatggtta 228  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
21150876 ctttctccagttctcaacaatagtatgtatgttggattctcatcttcaacagggttacttgcagcttctcattatattcttggttggagttttaaggtta 21150975  T
229 atggccaagctcaaaaccttaaaatctgtgaccttcctagagtaagagaatttgctgag 287  Q
    ||||||  |||||||||||| |||||| ||| ||||||  ||||| || |||| |||||    
21150976 atggcctggctcaaaaccttgaaatctctgaacttcctgaagtaacagtattttctgag 21151034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University