View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF12942_low_13 (Length: 572)
Name: NF12942_low_13
Description: NF12942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12942_low_13 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 509; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 553
Target Start/End: Original strand, 29965036 - 29965588
Alignment:
| Q |
1 |
aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaa |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29965036 |
aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccctgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaa |
29965135 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagtttta |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
29965136 |
ttgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatatttggttagaaaacgctgatgagtttta |
29965235 |
T |
|
| Q |
201 |
tccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29965236 |
tccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacagcaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattg |
29965335 |
T |
|
| Q |
301 |
ggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagaga |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29965336 |
ggtttggttacggttagatttgttgtagctcaattggtgcattgctttaattgggaacttccacataatattagcccttccaatttgaatatggaagaga |
29965435 |
T |
|
| Q |
401 |
aatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtccataaaggacatta |
500 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29965436 |
aatttggagtcactataccaagggctcaacatttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtccataaaggacatta |
29965535 |
T |
|
| Q |
501 |
ttatgcttgtattcaacaagtttattactggtaaagatgttataagttggtct |
553 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29965536 |
ttatgcttgtattcaacaagtttattactagtaaagatgttataagttggtct |
29965588 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 509; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 30009762 - 30009210
Alignment:
| Q |
1 |
aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaa |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30009762 |
aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccctgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaa |
30009663 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagtttta |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
30009662 |
ttgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatatttggttagaaaacgctgatgagtttta |
30009563 |
T |
|
| Q |
201 |
tccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30009562 |
tccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacagcaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattg |
30009463 |
T |
|
| Q |
301 |
ggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagaga |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30009462 |
ggtttggttacggttagatttgttgtagctcaattggtgcattgctttaattgggaacttccacataatattagcccttccaatttgaatatggaagaga |
30009363 |
T |
|
| Q |
401 |
aatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtccataaaggacatta |
500 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30009362 |
aatttggagtcactataccaagggctcaacatttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtccataaaggacatta |
30009263 |
T |
|
| Q |
501 |
ttatgcttgtattcaacaagtttattactggtaaagatgttataagttggtct |
553 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30009262 |
ttatgcttgtattcaacaagtttattactagtaaagatgttataagttggtct |
30009210 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 12 - 529
Target Start/End: Original strand, 29953779 - 29954296
Alignment:
| Q |
12 |
ttacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaattgatggatat |
111 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29953779 |
ttacttagagatggtggttcatgaaactttaagactttaccctgttgcacccttattactccctcgtgaatgtagagagagtgtaacaattgatggatat |
29953878 |
T |
|
| Q |
112 |
tttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatccagagagat |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
29953879 |
tttataaaggaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgccgaagaattttacccagagagat |
29953978 |
T |
|
| Q |
212 |
ttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgggtttggttac |
311 |
Q |
| |
|
| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||| |||||| || || |
|
|
| T |
29953979 |
tcattggcaagaaaatgaattatcaaggacaagagtttgaatctctaccatttggttctggccgcagacgttgtcctggaattcaatcgggtttagtgac |
29954078 |
T |
|
| Q |
312 |
tgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaaatttggagtc |
411 |
Q |
| |
|
|||| || ||| | || ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |
|
|
| T |
29954079 |
cgttaagttggttattgcccaattggtgcattgttttgattgggaacttccatataatatcagtccttccaatttgaatatggaggagaaatttggactc |
29954178 |
T |
|
| Q |
412 |
actataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtccataaaggacattattatgcttgta |
511 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||||| | | |||||||||| || ||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
29954179 |
actataccaagagctcaacacttgcatgtaataccgacttatcgtttggcatgtgatgacagggttgaataggttcaagaaggacaatattatgcttgta |
29954278 |
T |
|
| Q |
512 |
ttcaacaagtttattact |
529 |
Q |
| |
|
| ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
29954279 |
tgcaataagtttattact |
29954296 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 1 - 461
Target Start/End: Original strand, 30007316 - 30007776
Alignment:
| Q |
1 |
aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
30007316 |
aagaagtttaattacttagatatggttgttgatgaaaccttaagactttatcctgttggacccttattaatccctcgtgaatgtagagagagcataacaa |
30007415 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagtttta |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
30007416 |
ttgatggatattttataacgaaaaagactcgagttatagtaaatgcatgggctattgggagagattgtaacgtttggtcagaaaatgctgatgaatttta |
30007515 |
T |
|
| Q |
201 |
tccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattg |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
30007516 |
cccagagagatttattgacaagaaaatgaattatcaaggacatgagtttgaatctataccatttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattg |
30007615 |
T |
|
| Q |
301 |
ggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagaga |
400 |
Q |
| |
|
||||| ||| |||| || ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
30007616 |
ggtttaattatcgttaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaactgggaacttccacataatattagtccttccaatttgaatatggaggaga |
30007715 |
T |
|
| Q |
401 |
aatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttgga |
461 |
Q |
| |
|
|||||||| || |||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30007716 |
aatttggactctctataccaagagctcagcatttgcaggcaataccgagttatcgtttgga |
30007776 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 1 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 30043682 - 30043224
Alignment:
| Q |
1 |
aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||| || | |||||||||| |||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
30043682 |
aagaagttgaattatttagatatggtggttgatgagaccttaagactttaccccgtagcaccgttactagtccctcgtgaatctagagagagcacaacaa |
30043583 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagtttta |
200 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | || ||||| |
|
|
| T |
30043582 |
ttgatggttattttataaaggaaaagacacgacttatagtaaatgcatgggcaatagggagagatcctaatgtttggtcagaaaatgctaaagaatttta |
30043483 |
T |
|
| Q |
201 |
tccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || || ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
30043482 |
cccagagagatttgtagagaaaaaaatgaattatcttggacaagagtttgaatctataccatttggttctggtcgtaggcgttgtcctggaattcaattg |
30043383 |
T |
|
| Q |
301 |
ggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagaga |
400 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
30043382 |
ggtttaattactgttaaattggttatagctcaatttatccattgttttaactgggaacttccacataatattagtccctccaatttgaatatggaggaga |
30043283 |
T |
|
| Q |
401 |
aatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttg |
459 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30043282 |
aatttggactcactataccaagagctcagcatttgcacgcaataccgagttatcgtttg |
30043224 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 488
Target Start/End: Original strand, 30001200 - 30001684
Alignment:
| Q |
1 |
aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaa |
100 |
Q |
| |
|
||||| || |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||| ||| |||||| | ||||||||||||||||| | |||||||| |
|
|
| T |
30001200 |
aagaattttaattacctagatatggtggttgatgaaaccttaagactttatcctgttgcacctttattaatccctcgtgaatgtagagagaacataacaa |
30001299 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagtttta |
200 |
Q |
| |
|
|||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
30001300 |
ttgatgattattctataaaagaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggcaattgggagagatcctgatgtttggtcagaaaatgctgaagaatttta |
30001399 |
T |
|
| Q |
201 |
tccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattg |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
30001400 |
cccagagagatttattgagaaaaaaatgaattatctcggacaagagtttgaatctataccatttggttctggtcgtagacgttgtcctggaattcaattg |
30001499 |
T |
|
| Q |
301 |
ggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagaga |
400 |
Q |
| |
|
||| || |||| |||| || ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
30001500 |
ggtatgattacggttaagttggttatagctcaattcgtgcattgctttaactgggaacttccacataatattagtccttccaatttgaatatggaggaga |
30001599 |
T |
|
| Q |
401 |
aatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaataggtcca |
488 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |
|
|
| T |
30001600 |
aatttggactcactataccaagagctcagcatttgcacgcaataccaagttatcgtttgga---tgatgctaagcttgaatagttcca |
30001684 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 461
Target Start/End: Original strand, 29995527 - 29995986
Alignment:
| Q |
1 |
aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| || | |||||||| | |||||| |||| || || |
|
|
| T |
29995527 |
aagaagttgaattatttagatatggtggttgatgagaccttaagactttaccctgttgcaccattactagtccctcgtgagtctagagagagcacaataa |
29995626 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagtttta |
200 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| || || ||||| |
|
|
| T |
29995627 |
ttgatggttattttataaaggaaaagacacgacttatagtaaatgcatgggcaatagggagagatcctaatgtttggtcagaaaatgccgaagaatttta |
29995726 |
T |
|
| Q |
201 |
tccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattg |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||| || ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
29995727 |
tccagagagatttattgagaa-aaactgaattatctcggacaagagtttgaatctataccatttggttctagtcgtaggcgttgtcctggaattcaattg |
29995825 |
T |
|
| Q |
301 |
ggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagaga |
400 |
Q |
| |
|
||||| |||| ||| || ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || | |
|
|
| T |
29995826 |
ggtttaattacgattaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaattgggaacttccacataatattagttcttctagtttgaatatggaggaaa |
29995925 |
T |
|
| Q |
401 |
aatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttgga |
461 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
29995926 |
aatttggactcactataccaagaactcaacatttgcatgcaataccaagttatcgtttgga |
29995986 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 2 - 454
Target Start/End: Original strand, 29946808 - 29947261
Alignment:
| Q |
2 |
agaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaat |
101 |
Q |
| |
|
||||||| | ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |
|
|
| T |
29946808 |
agaagttaagttacttagatatggtggttcatgaaactttaagactttaccctgttgcacccttgttactccctcgtgaatgtagagagagtataacaat |
29946907 |
T |
|
| Q |
102 |
tgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttat |
201 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| ||| || ||| || |
|
|
| T |
29946908 |
tgatggatattttataatggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagagagagattctagtgtttggtcagaaaattatgaagaatttcat |
29947007 |
T |
|
| Q |
202 |
ccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattgg |
301 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||| |
|
|
| T |
29947008 |
ccagaaagatttattgacatgaaaatgaattatgaaggacataagtttaaatctataccatttggttctggtcgtagacgttgtcctggaattgaaatgg |
29947107 |
T |
|
| Q |
302 |
gtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagagaa |
401 |
Q |
| |
|
||||| | || ||| | | ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
29947108 |
gtttgatcacaattaaaatggttatagctcaattggtacattgctttaattgggaacttccatgtaatattagtccttccaatttgaatatggaggagaa |
29947207 |
T |
|
| Q |
402 |
atttggagtca--ctataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatc |
454 |
Q |
| |
|
|||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29947208 |
atttaga-tcactctattccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatc |
29947261 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 30068199 - 30067739
Alignment:
| Q |
1 |
aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaa |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || |||| ||||||| || | |||| | |||||||||| | |||||||| |
|
|
| T |
30068199 |
aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgaaaccttaagactgtatcctgttgcacccttactagtccctcctaaatgtagagagaacataacaa |
30068100 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagtttta |
200 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
30068099 |
ttgatgattattttataaaggaaaagacgagaattatggtaaatgcatgggcaatagggagagatcctaatgtttggtcagaaaatgctgaagaatttta |
30068000 |
T |
|
| Q |
201 |
tccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattg |
300 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
30067999 |
tccaaagagatttattgaaaagaaaatgaattatcaaagacaagagtttgaaagtttaccatttgattatggtcgtagacgttgccctggaattcaattg |
30067900 |
T |
|
| Q |
301 |
ggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagaga |
400 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || | | ||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
30067899 |
ggtttaactactgttaagttggttatagctcaatttgtgcattgctttaattgggaactttcacataatattagtccattcaatttgaatatggaggaga |
30067800 |
T |
|
| Q |
401 |
aatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttgga |
461 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
30067799 |
aatttggactcactataccaagagctcagcatttgcacgcaataccaagttatcgtttgga |
30067739 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 539
Target Start/End: Original strand, 29944835 - 29945376
Alignment:
| Q |
1 |
aagaagttgaattacttagatatggtggttgatgagacattaagactttaccccgttggacccttattacttcctcgtgaatgtagagaaagcataacaa |
100 |
Q |
| |
|
||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | || ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |
|
|
| T |
29944835 |
aagaattttaattacttagatatggtggttgatgaaactttaagacttcatccagtttcacccttcttactccctcgtgaatgtagagagaacataacaa |
29944934 |
T |
|
| Q |
101 |
ttgatggatattttataaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagtttta |
200 |
Q |
| |
|
||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||| |
|
|
| T |
29944935 |
ttgatggttattttgtaaaggaaaagacacgagttatagtaaatgcatttacaatagcgagagatcctaatgtttggtcagaaaatgctgaagaattttg |
29945034 |
T |
|
| Q |
201 |
tccagagagatttagtgataagaaaatgaattatcaaggacaagaatttgaatctataccatttggttcaggtcgtagacgttgtcctgggattcaattg |
300 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| | |||||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||||| ||||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
29945035 |
tccagagaggtttattaataagaaattgaattatgaaggacaagagtttgaaagtataccatttggatttggtcgtaggcgttgccctggaattcaattg |
29945134 |
T |
|
| Q |
301 |
ggtttggttactgttagatttgttgtagctcaattggtgcattcctttaattgggaacttccacataatattagcccttccgatttgaatatggaagaga |
400 |
Q |
| |
|
| |||| |||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
29945135 |
gctttgaggactgttaggttaagcatagctcaattggtgcattgctttaattggaaacttccatataatattagtccttctaatttgaacatggatgaga |
29945234 |
T |
|
| Q |
401 |
aatttggagtcactataccaagggctcaacacttgcacgcaataccgagttatcgtttggaatgtgatgagaagcttgaa---taggtccataaaggaca |
497 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||| |||| | ||||| |
|
|
| T |
29945235 |
aatttggacaatctatacatagagctcaacacttacacgcaataccaagttatcgtttggcaggtgatggcaagcttgaatagtagttccaagagggaca |
29945334 |
T |
|
| Q |
498 |
ttattatgcttgtattcaacaagtttattactggtaaagatg |
539 |
Q |
| |
|
||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
29945335 |
atattatgtttgcattcaacaaggttattactagtaaagatg |
29945376 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000005; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 122 - 213
Target Start/End: Original strand, 31890612 - 31890703
Alignment:
| Q |
122 |
aaaagacacgagttatagtaaatgcatgggctatagggagagattcaaatgtttggtcagaaaatgctgatgagttttatccagagagattt |
213 |
Q |
| |
|
|||||||| || || || ||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31890612 |
aaaagacaagaattttaataaatgcatggacaatagggagagacactaatgtttggtcggataatgctgagacgttttatccagagagattt |
31890703 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University