View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12942_low_4 (Length: 731)

Name: NF12942_low_4
Description: NF12942
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12942_low_4
NF12942_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-722)||(330427-331132)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 661; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 661; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 722
Target Start/End: Original strand, 330427 - 331132
Alignment:
Q  17 acatgtcatgtctaatattacactttcatacactcatcaagttaaacaaaatcttacaatggtttttatttattctagatcaacgattttgacgatgcta 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  330427 acatgtcatgtctaatattacactttcatacactcatcaagttaaacaaaatcttactatggtttttatttattctagatcaacgattttgacgatgcta 330526  T
Q  117 tgtcagatatcagtcatgtgagtagtgcatgttccttaactaatcttgatgctcaagataagcaactgccaagttcaagtcatagtcgtagccaaactgc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  330527 tgtcagatatcagtcatgtgagtagtgcatgttccttaactaatcttgatgctcaagataagcaactgccaagttcaagtcatagtcgtagccaaactgc 330626  T
Q  217 tgacatggtattgtttttacaaattcattttttatttagtaggattaggattatatttgaaatgtaaatttataaatatagctgaaactttcctttctct 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  330627 tgacatggtattgtttttacaaattcattttttatttagtaggattaggattatatttgaaatgtaaatttataaatatagctgaaactttcctttctct 330726  T
Q  317 tatttttcattgttaacaagaaaattttgttattgagttagttctaatggctaactcnnnnnnnggtaaaagttctaatggctccttctttacaggagga 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  330727 tatttttcattgttaacaagaaaattttgttattgaggtagttctaatggctaactctttttttggtacaagttctaatggcttcttctttacaggagga 330826  T
Q  417 aagtgatgaaatgcataatcaactagcttctgttccggaagttgattccacaataaacgatgtcaagtatgtctctaacacatgtgtgatgtcacattat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  330827 aagtgatgaaatgcataatcaactagcttctgttccggaagttgattccacaataaacgatgtcaagtatgtctctaacacatgtgtgatgtcacattat 330926  T
Q  517 taattgcattatacttttgaaataatcaaactccgacaacttttacatcatgtgctaatgcttgtagtggtttgggatcctttatattaaagtaaacaaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  330927 taattgcattatacttttgaaataatcaaactccgacaacttttacatcatgtgctaatgcttgtagtggtttgggatcttttattttaaagtaaacaaa 331026  T
Q  617 tgttacatgtctttacagctagaactagcacttttgttaaaacattgtgggtcaatgcttttctatcttgccatttccaggacaagaattgaaaaatctg 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  331027 tgttacatgtctttacagctagaactagcacttttgttaaaacattgtgggtcaatgcttttctatcttgccatttccaggacaagaattgaaaaatctg 331126  T
Q  717 atgatg 722  Q
    ||||||    
T  331127 atgatg 331132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University