View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12943_high_17 (Length: 504)

Name: NF12943_high_17
Description: NF12943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12943_high_17
NF12943_high_17
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-486)||(4348578-4349063)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-449)||(25744992-25745427)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (311-433)||(18928523-18928659)
chr1 (377-449)||(36840973-36841042)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 4349063 - 4348578
Alignment:
Q  1 agcgaagtgtctcatctcccccagatgaaaccacagttaaaccatctgaactctgcaagacataagagcattagtgtataacttgaaagaaataaccccc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4349063 agcgaagcgtctcatctcccccagatgaaaccacagttaaaccatctgaactctgcaagacataagagcattagtgtataacttgaaagaaataatcccc 4348964  T
Q  101 ttgttaaagtttaagtggtttcattcatgtttatatgttttaacatagttgaagttgatgtcacttgttgaaaacaatcccaagaaactatattagatgc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4348963 ttgttaaagtttaagtggtttcattcatgtttatatgttttaacatagttgaagttgatgtcacttgttgaaaacaatcccaagcaactatattagatgc 4348864  T
Q  201 tcttgccaatgaatgattgtactcacattattacatgctttaaaaattcacattggatgattaatcgtctctcgatttaccactatactggtttaagtaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4348863 tcttgccaatgaatgattgtactcacattattacatgctttaaaaattcacattggatgattaatcgtctctcgatttaccactatactggtttaagtaa 4348764  T
Q  301 ttatgacttgaagcatacctgagaaagatggaggactctagaagtatgaggatccaagccaccaactttagtcatagatggatattgccacaaacacagt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4348763 ttatgacttgaagcatacctgagaaagatggaggactctagaagtatggggatccaagccaccaactttagtcatagatggatattgccacaaacacagt 4348664  T
Q  401 tggttgtgttctggacttgtactaaagccatgatgaccacttaatatcttcctttgatcttcatcttccttccatgacaatcatat 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4348663 tggttgtgttctggacttgtactaaagccatgatgaccacttaatatcttcctttgatcttcatcttccttccatgacaatcatat 4348578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 275; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 1 - 449
Target Start/End: Original strand, 25744992 - 25745427
Alignment:
Q  1 agcgaagtgtctcatctcccccagatgaaaccacagttaaaccatctgaactctgcaagacataagagcattagtgtataacttgaaagaaataaccccc 100  Q
    ||||||| ||||||||||| || | ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||| | ||    
T  25744992 agcgaagagtctcatctcctccggctgaaaccactgttaacccatctggactctgcaagacataagagcattagtgta--acttgaatgaaataatcacc 25745089  T
Q  101 ttgttaaagtttaagtggtttcattcatgtttatatgttttaacatagttgaagttgatgtcacttgttgaaaacaatcccaagaaactatattagatgc 200  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |        ||||||||||  ||| | ||| |||||||||    
T  25745090 ttgataaagtttaagtggtttgattcatgtttatatgttttaacaaagttgaagtttatat--------gaaaacaatctgaagcagctaaattagatgc 25745181  T
Q  201 tcttgccaatgaatgattgtactcacattattacatgctttaaaaattcacattggatgattaatcgtctctcgatttaccactatactggtttaagtaa 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25745182 tcttgccaatgaatgactgtactcgcattcttacatgctataaaaattcacattggacgattaatcgtctcacgatttaccactatactggtttaagtaa 25745281  T
Q  301 ttatgacttgaagcatacctgagaaagatggaggactctagaagtatgaggatccaagccaccaactttagtcatagatggatattgccacaaacacagt 400  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25745282 tgatgacttgaagcatacctgagaaagatggaggactctagaagtatgagggtccaagcctccaactttagtcatggatggatattgccacaaacacagt 25745381  T
Q  401 tggttgtgttctggacttgtactaaagccatgatgaccacttaatatct 449  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  25745382 tggttgtgttctggacttgtactaaagcc---atgaccacttaatatct 25745427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 311 - 433
Target Start/End: Original strand, 18928523 - 18928659
Alignment:
Q  311 aagcatacctgagaaagatggaggactctaga---agtatgaggatccaagccaccaactttagtcatagatgg-----------atattgccacaaaca 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||| | |||||| |||| ||| ||||||||||            |||||||||||||||    
T  18928523 aagcatacctgagaaagatggaggactctggaggaagtatgagggttcaagcctccaagtttggtcatagatgatggatattggcatattgccacaaaca 18928622  T
Q  397 cagttggttgtgttctggacttgtactaaagccatga 433  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||||||||| ||||    
T  18928623 cagttggttatgttttggatttgtactaaagctatga 18928659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 377 - 449
Target Start/End: Original strand, 36840973 - 36841042
Alignment:
Q  377 gatggatattgccacaaacacagttggttgtgttctggacttgtactaaagccatgatgaccacttaatatct 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||   | |||||||||||||||||    
T  36840973 gatggatattgccacaaacacagttggtaatgttttggatttgtactaaag---tcatgaccacttaatatct 36841042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University