View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12943_low_10 (Length: 592)

Name: NF12943_low_10
Description: NF12943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12943_low_10
NF12943_low_10
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-578)||(8337962-8338526)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (41-504)||(21482146-21482605)
chr4 (41-578)||(36100075-36100614)
chr4 (42-400)||(36107515-36107872)
chr4 (46-390)||(34971777-34972120)
chr4 (43-503)||(36090464-36090933)
chr4 (409-460)||(34972148-34972199)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (41-504)||(6838181-6838634)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 8338526 - 8337962
Alignment:
Q  13 cagacgggaaagcaagagaannnnnnnnctttgcaatggtataataaatcttaccgattgttgcaccagattcaacccatgcagtttcatcttgtaaatt 112  Q
    ||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8338526 cagacgggaaagcaagagaattgtttttctttgcaatggtataataaatcttaccgattgttgcaccagattcaacccatgcagtttcatcttgtaaatt 8338427  T
Q  113 gagatcaactgaattgaggtgaagcaggtcaattataacagaagatacatctgatccgtaagagaagccttcgtagtcgtgaccgccacttcgaattctt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8338426 gagatcaactgaattgaggtgaagcaggtcaattataacaaaagatatgtctgatacgtaagagaagccttcgtagtcgtggccgccacttcgaattctt 8338327  T
Q  213 atctgaatattgttgcttttggcacatttaattgttgcttggacatgagaagcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgttgtttttgttt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8338326 atctgaatattgttgcttttggcacatttaattgttgcttggacatgagaagcatcttttgcagttataattgccaaagattttggtgttgtttttgttt 8338227  T
Q  313 caaatctcttgttatgtattttcatgtttaggatgtttgagaatgaggtgtttgtttggtgtgtaaatgacttcagagataggggaatttgaagtttgag 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8338226 caaatctcttgttatgtattttcatgtttaggatggttgagaatgaggtg-ttgtttggtgtgtaaatgacttcagagataggggaatttgaagtttgag 8338128  T
Q  413 aaaaacaattgagaaaagtttgaatggatgattgtgatgttgttgttgaaatagacatgaaaattgttaaggttgtcaagagaaaagacaatgtacacat 512  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8338127 aaaaacaattgagaaaagtttaaatggatgattgtgatgttgttgttgaaatagacataaaaattgttaaggttgtcaagagaaaagacaatgtacacat 8338028  T
Q  513 tgtctcagttgtactgataacaatgtggtttgttactttgatgtgcatctctttgttgcactctat 578  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8338027 tgtctcagttgtactaataacaatgtggtttgttactttgatgtgcatctctttgttgcactctat 8337962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 41 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 21482605 - 21482146
Alignment:
Q  41 ctttgcaatggtataataaatcttaccgattgttgcaccagattcaacccatgcagtttcatcttgtaaattgagatcaactgaattgaggtgaagcagg 140  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| || | ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |    
T  21482605 ctttccaatggtataataaagctttccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgtttcttcttgtaaattgacatcaactgaattgagatgaagcaag 21482506  T
Q  141 tcaattataacagaagatacatctgatccgtaagagaagccttcgtagtcgtgaccgccacttcgaattcttatctgaatattgttgcttttggcacatt 240  Q
    |||||||||||| |||  || |||||| | || ||||| |||||  ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||   ||||    
T  21482505 tcaattataacaaaaggcacgtctgatacatatgagaaaccttcaaagtcgtggccgccacttcggattctgatctgaattttgttacttttgaggcatt 21482406  T
Q  241 taattgttgcttggacatgagaagcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgttgtttttgtttcaaatctcttgttatgtattttcatgtt 340  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  21482405 gaattgttgcttggacatgagaatcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgttg---ttgttttaaatctcttgttttgtattttcatgtt 21482309  T
Q  341 taggatgtttgagaatgaggtgtttgtttggtgtgtaaatgacttcagagataggggaatttgaagtttgagaaaaacaattgagaaaagtttgaatgga 440  Q
     |||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||  |||||||||| ||||||  ||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||     
T  21482308 gaggatggttgagaatgagat-attgtttggagtgtaaatgatatcagagatagaggaattcaaagattgagaaaagcaattgagaaaattttgaaaggg 21482210  T
Q  441 tgattgtgatgttgttgttgaaatagacatgaaaattgttaaggttgtcaagagaaaagacaat 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||||    
T  21482209 tgattgtgatgttgttgttgaaatagacatgacaattgttaaagttatgaagagaaaagacaat 21482146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 41 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 36100614 - 36100075
Alignment:
Q  41 ctttgcaatggtataataaatcttaccgattgttgcaccagattcaacccatgcagtttcatcttgtaaattgagatcaactgaattgaggtgaagcagg 140  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |    
T  36100614 ctttgaaatggtataataaatcttaccaagtgttgcaccagcttcaacccatgttgtttcatcttgtaaattgacttcaactgaattgaggtgaagcaag 36100515  T
Q  141 tcaattataacagaagatacatctgatccgtaagagaagccttcgtagtcgtgaccgccacttcgaattcttatctgaatattgttgcttttggcacatt 240  Q
    |||||||||||| |||  || ||||||  ||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||  || |  |||||| ||||||||||||    
T  36100514 tcaattataacataaggcacgtctgataagtatgagaagccttcataatcgtggccgccacttcggattcttaattggaagttgttgattttggcacatt 36100415  T
Q  241 taattgttgcttggacatgagaagcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgttgtttttgtttcaaatctcttgttatgtattttcatgtt 340  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  36100414 taattgttgtttggacatgagaatcatcttttggagttataattgctaaagcttttggtgatgttgctgttttaaatctcttgttatgtattttcatatt 36100315  T
Q  341 taggatgtttgagaatgaggtgtttgtttggtgtgtaaatgacttcaga-ga--taggggaatttgaagtttgagaaaaacaattgagaaaagtttgaat 437  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| |||||   |||||| |  ||||| ||  ||   || |  |||   ||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  36100314 taggatggttgagaatgaggggttt-tttggaccgtaaataatgtcagatgaattaaaagattgagaataatgataaaaacaattgagaagattttgaat 36100216  T
Q  438 ggatgattgtgatgttgttgttgaaatagacatgaaaattgttaaggttgtcaagagaaaagacaatgtacacattgtctcagttgtactgataacaatg 537  Q
    || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  | |||||| ||  | ||||| | |  || |    
T  36100215 gggtgatagtgatgttgttgttgaaacagacatgaaaattgttaaggttgtcaagagaaaaaacaacgctctcattgtttccatggtactaacagaaacg 36100116  T
Q  538 tggtttgttactttgatgtgcatctctttgttgcactctat 578  Q
    ||||||||||||| | |||||||||| ||||||| ||||||    
T  36100115 tggtttgttacttggttgtgcatctcattgttgcgctctat 36100075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 42 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 36107872 - 36107515
Alignment:
Q  42 tttgcaatggtataataaatcttaccgattgttgcaccagattcaacccatgcagtttcatcttgtaaattgagatcaactgaattgaggtgaagcaggt 141  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||   ||||||||||||| ||||||||||||||| |||| || ||    
T  36107872 tttgcaatgttataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgatatcaactgaattgagatgaaacatgt 36107773  T
Q  142 caattataacagaagatacatctgatccgtaagagaagccttcgtagtcgtgaccgccacttcgaattcttatctgaatattgttgcttttggcacattt 241  Q
    ||| ||||| | |||  ||||||||| | || || || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36107772 caagtataataaaaggcacatctgatacatatgaaaaaccttcatagtcgtgaccgccacttcgaattctaatctgaatgttgttgcttttggcacattt 36107673  T
Q  242 aattgttgcttggacatgagaagcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgttgtttttgtttcaaatctcttgttatgtattttcatgttt 341  Q
    ||||||| |||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| || ||||||||||||||     
T  36107672 aattgtttcttggatatgcgaatcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtattttcatgttg 36107573  T
Q  342 aggatgtttgagaatgaggtgtttgtttggtgtgtaaatgacttcagagataggggaat 400  Q
    |||||  ||||||||||||   ||||||||||||||| | |||||||||| | ||||||    
T  36107572 aggatagttgagaatgagg-cattgtttggtgtgtaagtaacttcagagacaagggaat 36107515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 46 - 390
Target Start/End: Original strand, 34971777 - 34972120
Alignment:
Q  46 caatggtataataaatcttaccgattgttgcaccagattcaacccatgcagtttcatcttgtaaattgagatcaactgaattgaggtgaagcaggtcaat 145  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||  |||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||     
T  34971777 caattgtataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgttgttgattcttgtaaattgacatcaactgaattgaggtgaaacatgtcaag 34971876  T
Q  146 tataacagaagatacatctgatccgtaagagaagccttcgtagtcgtgaccgccacttcgaattcttatctgaatattgttgcttttggcacatttaatt 245  Q
    || || | |||  |||||||||   || || || ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  34971877 tacaataaaaggcacatctgataaatatgataaaccttcatagtcatgccctccacttcgaattcttatctgaatgttgttacttttggcacatttaatt 34971976  T
Q  246 gttgcttggacatgagaagcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgttgtttttgtttcaaatctcttgttatgtattttcatgtttagga 345  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| || |||| |||||||  ||||| | |  ||||| |    
T  34971977 gttgcttggacatgagaaacatcttttgcagttataattgccaaaggctttggggttgttgttgctttaaatatcttgtttagtattcttacatttagta 34972076  T
Q  346 tgtttgagaatgaggtgtttgtttggtgtgtaaatgacttcagag 390  Q
    ||  ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  34972077 tggctgagaatgaggt-attgtttggtgtgtaaatgacttcagag 34972120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 43 - 503
Target Start/End: Original strand, 36090464 - 36090933
Alignment:
Q  43 ttgcaatggtataataaatcttaccgattgttgcaccagattcaacccatgcagtttcatcttgtaaattgagatcaactgaattgaggtgaagcaggtc 142  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||    
T  36090464 ttgcaatcgtataataaatcttaccaagtattgcacctgattcaacccatgcagtttcttcttctaaattgacatcaattgaattgagatgaagcaagtc 36090563  T
Q  143 aattataacagaagatacatctgatccgtaagagaagccttcgtagtcgtgaccgccacttcgaattcttatctgaatattgttgcttttggcacattta 242  Q
    |||||||||| |||  |  |||||| | |  || || |||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  36090564 aattataacataaggcatgtctgatacatttgataaaccttcgtaatcatgtccgccacttcgaattctgatctgaatgttgttacttttagcacattta 36090663  T
Q  243 attgttgcttggacatgagaagcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtg-ttgtttttgtttcaaatctcttgttatgtattttcatgttt 341  Q
    | |||| |||||||||| |||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||  |||||||||| |||||||||||||||     
T  36090664 actgttacttggacatgggaactatcctttactgttataattgccaaaggttttagtgtttgttgctgttttgaatctcttgtaatgtattttcatgttg 36090763  T
Q  342 aggatgtttgagaatgaggtgtttgtttggtgtgtaaatgacttcagagataggggaatttgaagtt---------tgagaaaaacaattgagaaaagtt 432  Q
    | |||| || ||||||||||| |||||| | ||||||||||  ||||| | | |||||||  ||| |         |||||||||||| |||||||| ||    
T  36090764 aagatggttaagaatgaggtg-ttgttttgagtgtaaatgatgtcagaaacatgggaattcaaagattgagaataatgagaaaaacaagtgagaaaattt 36090862  T
Q  433 tgaatggatgattgtgatgttgttgttgaaatagacatgaaaattgttaaggttgtcaagagaaaagacaa 503  Q
    | |||||  ||||||||||||||||| |||| ||||| || || |||||  ||||||||||||||| ||||    
T  36090863 taaatgggagattgtgatgttgttgtagaaacagacaagacaactgttatagttgtcaagagaaaaaacaa 36090933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 409 - 460
Target Start/End: Original strand, 34972148 - 34972199
Alignment:
Q  409 tgagaaaaacaattgagaaaagtttgaatggatgattgtgatgttgttgttg 460  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34972148 tgagaaaaacagttaagaaaattttgaatgggtgattgtgatgttgttgttg 34972199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 41 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 6838634 - 6838181
Alignment:
Q  41 ctttgcaatggtataataaatcttaccgattgttgcaccagattcaacccatgcagtttcatcttgtaaattgagatcaactgaattgaggtgaagcagg 140  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||   ||||||||||||| |||||| |||||||| |||| || |    
T  6838634 ctttgcaatggtataataaatcttaccaagtgttgcacctgattcaacccatgctgttgattcttgtaaattgacatcaacagaattgagatgaaacatg 6838535  T
Q  141 tcaattataacagaagatacatctgatccgtaagagaagccttcgtagtcgtgaccgccacttcgaattcttatctgaatattgttgcttttggcacatt 240  Q
    |||| ||||||| |||  ||||||||| | || ||  | ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  6838534 tcaagtataacaaaaggcacatctgatacatatgaacaaccttcatagtcgtgaccaccacttcgaattctaatctgaatgttgttgcttttggcacatt 6838435  T
Q  241 taattgttgcttggacatgagaagcatcttttgcagttataattgccaaaggttttggtgttgtttttgtttcaaatctcttgttatgtattttcatgtt 340  Q
    ||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||  ||||| ||||||||| || |||||||| |||||    
T  6838434 taactgtttcttggacatgagaatcatcttttacagttataattgccaaaggcttcggtgttgttgctgttttaaatctcttattttgtatttttatgtt 6838335  T
Q  341 taggatgtttgagaatgaggtgtttgtttggtgtgtaaatgacttcagagataggggaatttgaagtttgagaaaaacaattgagaaaagtttgaatgga 440  Q
     |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| | |||||         || |||| |||||| | ||||  |||||| |     
T  6838334 gaggatagttgagaatgaggtg-ttgtttggtgtgtaagtaacttcagagacaagggaa---------tgtgaaagacaatttataaaatgttgaatagg 6838245  T
Q  441 tgattgtgatgttgttgttgaaatagacatgaaaattgttaaggttgtcaagagaaaagacaat 504  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||  |||||| |||||    
T  6838244 tgattttgctgttgttgttgaattagacaagacaattgttaaggttgccataagaaaacacaat 6838181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University