View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12943_low_26 (Length: 458)

Name: NF12943_low_26
Description: NF12943
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12943_low_26
NF12943_low_26
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (13-436)||(28580053-28580474)
chr3 (16-440)||(28574996-28575422)
chr3 (20-436)||(28586210-28586611)
chr3 (13-433)||(26316061-26316478)
chr3 (41-436)||(28568157-28568566)
chr3 (169-434)||(20618406-20618671)
[»] scaffold1029 (1 HSPs)
scaffold1029 (13-308)||(3034-3328)
[»] scaffold1033 (1 HSPs)
scaffold1033 (13-250)||(3034-3270)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-436)||(24071681-24072094)
[»] scaffold0889 (1 HSPs)
scaffold0889 (77-436)||(4358-4728)
[»] scaffold0870 (1 HSPs)
scaffold0870 (77-436)||(4562-4932)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (246-440)||(2600685-2600879)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (13-89)||(34812926-34812997)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 13 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 28580474 - 28580053
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28580474 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttatt-----atcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 28580380  T
Q  113 acagctgttc-aaatttaaaatat--tttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgata 209  Q
    |||  ||||| ||||||| |||||  ||| ||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  28580379 acaattgttctaaatttagaatatctttttattgcaatgttctgatcaatctacacttttacattttcaggacgttacatatgtcaaacaagctttgata 28580280  T
Q  210 tttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttg 309  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28580279 ttcaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactacttta 28580180  T
Q  310 ctgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgc 409  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| || |||||||    
T  28580179 ccgaggagatcaaagtggctcttgaaaaactacatttgatattgaacaacaatcctattgattttgtaagtagccatgaactctatgaagttgcacttgc 28580080  T
Q  410 attccgcttgctaagacaaggaggcca 436  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  28580079 attccgcttgctgagacaaggaggcca 28580053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 16 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 28575422 - 28574996
Alignment:
Q  16 atccccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatataca 115  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28575422 atccccagctataaacaccgaatcaagtctgttttatt-----atcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaactgaagtacaaatatataca 28575328  T
Q  116 gctgttc-aaattta------aaatattttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgat 208  Q
    | | ||| ||| |||      | |||  || ||||||| || ||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  28575327 gttattctaaacttagttacaacatagctttatttcaatgttctgatcaatctgcactttgactttttcaggatgttacatatgttaagcaagctttgat 28575228  T
Q  209 atttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactacttt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  28575227 atttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagattcgatggagagtttttatttgatcgatatcatccaaaggtttggcattgaacactatttt 28575128  T
Q  309 gctgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575127 gctgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttg 28575028  T
Q  409 cattccgcttgctaagacaaggaggccactat 440  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  28575027 cattccgcttgctgagacaaggaggccactat 28574996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 20 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 28586611 - 28586210
Alignment:
Q  20 ccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctg 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  | |||           
T  28586611 ccagttataaacactgaatcaagtctgtttta-----ctatcaaagcattaatttccagaatggtaagtaatttaattggagtacagttgtat------- 28586524  T
Q  120 ttcaaatttaaaatattttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaag 219  Q
      ||||   ||  |||||| |||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28586523 --caaaga-aatgtatttttatttcaatattctgatcaatctgcacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaag 28586427  T
Q  220 tttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagat 319  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28586426 tttataagaaacttgttaaaattgaagatccgatggaaagtttttatttgatcgatattatccaaaggtttggcattgaacactattttgctgaggagat 28586327  T
Q  320 caaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttg 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| || |||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  28586326 caaagtggctcttgaaaagctacatttgacattgaacaccaattcaattgattttgcgagtagccatgaaatctatgaagttgcacttgcattccgcttg 28586227  T
Q  420 ctaagacaaggaggcca 436  Q
    || ||||||||||||||    
T  28586226 ctgagacaaggaggcca 28586210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 26316478 - 26316061
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 112  Q
    ||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||     |||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26316478 aatatcctcaaccataaacactgaatcaagtttgtttta-----ctatcaaatcattaatttatagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 26316384  T
Q  113 acagctgttcaa-atttaaaatat-tttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatat 210  Q
    | || ||||| | ||||| ||||| ||| ||||||| || || |||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26316383 aaagttgttctagatttacaatatattttatttcaatgttctcatcattctgcacttttacattttcaggatgttacatatgtcaaacaagctttgatat 26316284  T
Q  211 ttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||     
T  26316283 ttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaatatccgatggagagtttttatttgatcgatatcatccaaaggcttaacattgaacactactttgt 26316184  T
Q  311 tgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgca 410  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||| ||| || ||||||||    
T  26316183 tgaagagatcaaagtggctcttgagaagctatattcgatattgaacaccaatcctaatgattttatgagtatccatgaactctacgaagttgcacttgca 26316084  T
Q  411 ttccgcttgctaagacaaggagg 433  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  26316083 ttccgcttgctcagacaaggagg 26316061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 41 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 28568566 - 28568157
Alignment:
Q  41 agtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttc-aaattta---------- 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||              
T  28568566 agtctgttttaatttactatcaaagcattaatttctagaatggtaagtattttaattgaagtacgaatatatacagctattctaaatttagttacaacat 28568467  T
Q  130 aaatattttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagtttataagaa 229  Q
    | |||  || |||||||  | ||||||||||| |||| ||||| ||| |||||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28568466 atatagctttatttcaatattctgatcaatctgcactcttacaattttaggatgttgtatatgtcaaacaagctttaatatttaagcaagtttataagaa 28568367  T
Q  230 acttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatcaaagtggct 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  28568366 acttgttaaaatcgaagatccgatggagagtttttatttgatggatattatccaaaggtttggtattgagcactattttgctgaggaaataaaagtggct 28568267  T
Q  330 cttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcct---attgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagac 426  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||    
T  28568266 cttgaaaatctgcatttgatattgaacaccaatcctataattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttgctgagac 28568167  T
Q  427 aaggaggcca 436  Q
    ||||||||||    
T  28568166 aaggaggcca 28568157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 169 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 20618671 - 20618406
Alignment:
Q  169 tacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttattt 268  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| | |||||||||| | |||||||||||||  |  |||||||| |  || | |||| ||||    
T  20618671 tacattttcaggatgctatttatgtcaagcaagctttgatgtgtaagcaagttcacaagaaacttgttactagtgaagatccaactgagaattttcattt 20618572  T
Q  269 gattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctatt 368  Q
    |||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || | |  ||||||||||| || |||||| |||    
T  20618571 gattgacatcatccaaaggcttggtattgaacactactttgttgaggaaatcaaagtggctcttgagaaacaatttttgatattgagcagcaatccaatt 20618472  T
Q  369 gattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagacaaggaggc 434  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  20618471 gattttgttagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgtttgctcagacaaggaggc 20618406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1029 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 1)
Name: scaffold1029
Description:

Target: scaffold1029; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 13 - 308
Target Start/End: Original strand, 3034 - 3328
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3034 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 3133  T
Q  113 acagctgttcaaatttaaaatattttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatattt 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3134 acagctgttcaaatttaaaatatttta-tttcaaagtactgatcaatctgcacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatattt 3232  T
Q  213 aagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactacttt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3233 aagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactacttt 3328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1033 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold1033
Description:

Target: scaffold1033; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 13 - 250
Target Start/End: Original strand, 3034 - 3270
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3034 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 3133  T
Q  113 acagctgttcaaatttaaaatattttaatttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatattt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3134 acagctgttcaaatttaaaatatttt-atttcaaagtactgatcaatctgcacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatattt 3232  T
Q  213 aagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatcc 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3233 aagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatcc 3270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 13 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 24072094 - 24071681
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatat 112  Q
    |||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||          |||    
T  24072094 aatatctccaactataaacattgaatcaagtctgtttta-----ctatcaaagcattaatttccagaatggtaagtattttaataga----------tat 24072010  T
Q  113 acagctgttca-aatttaaaatat---ttta-atttcaaagtactgatcaatctacacttttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttga 207  Q
    |||  |||||  |||||| |||||   || | |||| || || ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  24072009 acatatgttctgaatttacaatatatattcatattttaatgttctgatcaatatgcacttttacattttcaggatgttacttatgtcaaacaagctttga 24071910  T
Q  208 tatttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactt 307  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  24071909 tatttaagcaagtttatgagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggagtgtttttatttgatcgatatcatccaaaagtttgacattgaacactactt 24071810  T
Q  308 tgctgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcactt 407  Q
    || ||| |||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||    
T  24071809 tgttgacgagatcaaagcggctcttgaaaacttgcatttgatattgaacaccaatcctattgattttgtgagtagccatgaactctatcaagttgcactt 24071710  T
Q  408 gcattccgcttgctaagacaaggaggcca 436  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24071709 gcattccgcttgctcagacaaggaggcca 24071681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0889 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: scaffold0889
Description:

Target: scaffold0889; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 77 - 436
Target Start/End: Original strand, 4358 - 4728
Alignment:
Q  77 agaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttc-aaattta------aaatatttt---aatttcaaagtactgatcaatctacact 166  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| |||||||      | ||| |||   |||||||| || |||||||||   ||||    
T  4358 agaatggtaagtattttaattgaaataccaatatatacagttattctaaatttatttacaacatagttttataatttcaatgttctgatcaatg--cact 4455  T
Q  167 tttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttat 266  Q
    |||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  4456 tttacatttttaggatgttttatatgtcaaacaagctttgatatttaagaaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatcccatggagagtttttat 4555  T
Q  267 ttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcct- 365  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||     
T  4556 ttgatcgatattatccaaaggtttggtattgaacactattttgctgaggaaataaatgtggctcttgaaaatctgcatttgatattgaacaccaatccta 4655  T
Q  366 --attgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagacaaggaggcca 436  Q
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4656 taattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttgctgagacaaggaggcca 4728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0870 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: scaffold0870
Description:

Target: scaffold0870; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 77 - 436
Target Start/End: Original strand, 4562 - 4932
Alignment:
Q  77 agaatggtaagtattttaattgaagtacaaatatatacagctgttc-aaattta------aaatatttt---aatttcaaagtactgatcaatctacact 166  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | ||| |||||||      | ||| |||   |||||||| || |||||||||   ||||    
T  4562 agaatggtaagtattttaattgaaataccaatatatacagttattctaaatttatttacaacatagttttataatttcaatgttctgatcaatg--cact 4659  T
Q  167 tttacattttcaggatgctacatatgtcaaacaagctttgatatttaagcaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatccgatggaaagtttttat 266  Q
    |||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  4660 tttacatttttaggatgttttatatgtcaaacaagctttgatatttaagaaagtttataagaaacttgttaaaatcgaagatcccatggagagtttttat 4759  T
Q  267 ttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatttgatattgaacaccaatcct- 365  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||     
T  4760 ttgatcgatattatccaaaggtttggtattgaacactattttgctgaggaaataaatgtggctcttgaaaatctgcatttgatattgaacaccaatccta 4859  T
Q  366 --attgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagacaaggaggcca 436  Q
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4860 taattgattttgtgagtagccatgaactctatgaagttgcacttgcattccgcttgctgagacaaggaggcca 4932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 246 - 440
Target Start/End: Original strand, 2600685 - 2600879
Alignment:
Q  246 gatccgatggaaagtttttatttgattgatattatccaaaggtttggcattgaacactactttgctgaggagatcaaagtggctcttgaaaagctacatt 345  Q
    ||||||||| ||||||| |   ||||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||  |||  || ||| |||| | ||||     
T  2600685 gatccgatgaaaagtttgtgcatgattgacattatccaaaggcttggcattgaacatcactttgctgaggagattgaagcagcccttcaaaatcaacata 2600784  T
Q  346 tgatattgaacaccaatcctattgattttgtgaatagccatgaactctatgaattttcacttgcattccgcttgctaagacaaggaggccactat 440  Q
      || || | ||  ||| | |||||||||||  |||||||||||||| ||||| || | ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2600785 aaatgttcagcagaaatgccattgattttgtccatagccatgaactccatgaagttgcgcttacatttcgcttgctaagacaaggaggccactat 2600879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 89
Target Start/End: Original strand, 34812926 - 34812997
Alignment:
Q  13 aatatccccagctataaacactgaatcaagtctgttttaatttactatcaaagcattaatttccagaatggtaagta 89  Q
    |||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |     |||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  34812926 aatatctccacctataaacaccgaatcaagtctgttttatt-----atcaaagcattaattttcagaatggttagta 34812997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University