View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1295-Insertion-5 (Length: 888)

Name: NF1295-Insertion-5
Description: NF1295
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1295-Insertion-5
NF1295-Insertion-5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-882)||(22904537-22905409)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 806; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 806; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 882
Target Start/End: Complemental strand, 22905409 - 22904537
Alignment:
Q  8 aaatagtttctcaatattctcttaaaaaatttcatcaacttcaacagttacggagaagctccatttatagtgctttagaatagatccgttcaagacctgt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22905409 aaatagtttctcaatattctcttaaaaaatttcatcaacttcaacatttacggagaagctccgtttatagtgctttagaatagatccgttcaagacctgt 22905310  T
Q  108 tgaaagagccatagatagagggtccgtttagtaagacctaagttaatgtgcaaagcatagacgctagctactttataggttgtcgttgcacaattttgca 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22905309 tgaaagagccatagatagagggtccgtttagtaagacctaagttaatgtgcaaagcatagacgctagctactttataggttgtcgttgcacaattttgca 22905210  T
Q  208 cgatttaaaaacaatccttccaaacgtttgactgtcatgctcaaacctcatacaactttaatttgcttgtggagattctatcatgtatatatttgaattc 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22905209 cgatttaaaaacaatccttccaaacgtttgactgtcatgctcaaacctcatacgactttaatttgcttgtggagattctatcatgtatatatttgaattc 22905110  T
Q  308 tccagaagctatgaggagatcatatcacctcctttgttctagtgttaggtcttatttgcttgtaacgaattgagctatttattgacagctcctttacaat 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22905109 tccagaagctatgaggagatcatatcacctcctttgttctagtgttaggtcttatttgcttgtaacgaattgagctatttattgacagctcctttacaat 22905010  T
Q  408 caaatacaagttataatcagcacattttgaagttgcttcatggtaatcagagcattttcttaacagataaattgatccttatacagacttgtatgtcgaa 507  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  22905009 caaatacaagttattatcagcacattttgaagttgcttcatggtaatcagagcattttcttaacagataaattgatccttttacagacttgtatgtcgaa 22904910  T
Q  508 ttacattccaccaccacctttcaaatagttcttgtaaccattaacaatcattcatctttcaaactcaatggcacaaactatccgacatggaaagtgaaat 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22904909 ttacattccaccaccacctttcaaatagttcttgtaaccattaacaatcgttcatctttcaaactcaatggcacaaactatccgacatggaaagtgaaat 22904810  T
Q  608 tcaatccattgctcgttggatatgaccttgttagttacgttgataatactgagacatgtctgttaggagtttcagctgctcttcgcacaagagaaaatcc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22904809 tcaatccattgctcgttggatatgaccttgttagttacgttgataatactgagacatgtctgttaggagtttcagctgctcttcgcacaagagaaaatcc 22904710  T
Q  708 aattgcctttgaagaattgcatgatgtgctctatgactatgaaaattacttaaatccatattagacaaactcacatttcttaatcgatacgtgtccaaca 807  Q
    |||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22904709 aattgcctttcaagaattgc---atgtgctctatgactatgaaaattacttaaatccatattagacaaactcatatttcttaatcgatacgtgtccaaca 22904613  T
Q  808 cggatacttcttctattttggagtatccgggctttattgac-atgacagagtagcaaattattacattaactatat 882  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  22904612 cggatacttcttctattttggagtatccagactttattgacaatgacagaatagcaaattattacattcactatat 22904537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University