View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1295-Insertion-8 (Length: 784)

Name: NF1295-Insertion-8
Description: NF1295
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1295-Insertion-8
NF1295-Insertion-8
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-784)||(19343364-19344137)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 684; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 684; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 784
Target Start/End: Complemental strand, 19344137 - 19343364
Alignment:
Q  7 attatgtacttctgctgagagtgattcaatagcctcctccccaggatcttgtttgtcccaagggattccctttccatccacagaaagatcagaaacaaga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19344137 attatgtacttctgctgagagtgattcaatagcctcctccccaggatcttgtttgtcccaagggattccctttccatccacagaaagatcagaaacaaga 19344038  T
Q  107 tcataagattctaaaggttgtggttcttgcttttcgatgctatcggttaaccatgcctccctaaccacaggtatgcccctctccctatagtaagataggt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19344037 tcataagattctaaaggttgtggttcttgcttttcgatgctgtcggttaaccatgcctccctaaccacaggtatgcccctctccctatagtaagataggt 19343938  T
Q  207 tgaaagttacttaagcatgtttatgtatcctttttcatgccatcagaataaaattgaaagccaaaaaagtttatatagatgcatcttttctatgtgacca 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19343937 tgaaagttacttaagcatgtttatgtatcctttttcatgccatcagaataaaattgaaagccaaaaaagttaatatagatgcatcttttctatgtgacca 19343838  T
Q  307 tgtttttcttattgtcatgccataaattttgattacacttacatggcatctgcaagtttggatgttccacctcgatctcgctcggcaggtgaagccacca 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19343837 tgtttttcttattgtcatgccataaattttgattacacttacatggcatctgcaagtttggatgttccacctcgatctcgctcggcaggtgaagccacca 19343738  T
Q  407 aacaacttgctcctgaaaaatttgactaaccaggttatagaaattcctagcaacagaaggatgaaaaaagaaaattctatcacattaccaatgatagagt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19343737 aacaacttgctcctgaaaaatttaactaaccaggttacagaaattcctagcaacagaaggatgaaaatagaaaattctattacattaccaatgatagagt 19343638  T
Q  507 ttgccaccttccctccatgcttttcaattgnnnnnnnccaatattgctaagtaaccaaaaacaaaatccaatcaacaaaactcagtagcagttagttaat 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  19343637 ttgccaccttccctccatgcttttcaattgtttttttccaatattgctaagtagccagaaacaaaatccaatcaacaaaactcagtagcagttggttaa- 19343539  T
Q  607 tagttagttactaatgcaacaataacaacatagatgcatacatgtgttcgattaagacgacccatcaaagaaatcatcattccagtaaaaggctttatag 706  Q
       |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19343538 ---ttagttactaatgcaacaataataacatagatacatacatgtgttcgattaagacgacccatcaaagaaatcatcattccagtaaaaggctttatag 19343442  T
Q  707 ctaagcctaaatccctttgaggccttttacttggatcctggtattttttcagcaactacgtcacacacatgtaagtca 784  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  19343441 ctaagcctaaatccctttgaggccttttacttggatcctggtatttcttcagcaactacatcacacacatgttagtca 19343364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University