View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1295-Insertion-9 (Length: 874)

Name: NF1295-Insertion-9
Description: NF1295
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1295-Insertion-9
NF1295-Insertion-9
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-874)||(37716936-37717796)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 711; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 711; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 874
Target Start/End: Original strand, 37716936 - 37717796
Alignment:
Q  7 aacatcaaaatgcatcaatagctataacatatagtagaagagtgtatgttaaaatttcgtcttttattgtccaggaagctctatcattatcaatgtgaac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37716936 aacatcaaaatgcatcaatagctataacatatagtagaagagtgtatgttaaaatttcgtcttttattgtccaggaagctccatcattatcaatgtgaac 37717035  T
Q  107 catcatccacaaacttggtca--ctttcacctgaaggaaagcaagattatttcaatataagatatctaaacattcgcatgatatctgtcacacagcaatc 204  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  37717036 catcatccacaaacttggtcaaactttcacctgaaggaaagcaagattatttcaatataagatatctaaacattcacatgatatctgtcacacagcaatc 37717135  T
Q  205 atgatagtaatagaatggttaccaaaaaggtgtatttggttacaaccatctaccaggtttcacacaatttatggaatgagtttgatgatgaaatgaaatc 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37717136 atgatagtaatagaatggttaccaaaaaggtgtatttggttacaaccatctaccaggtttcacacaatttatggaatgagtttgatgatgaaatgaaatc 37717235  T
Q  305 acacaaagatctagatcagaaactagaaaaagtggtacaaagcctgatttacaaacttaaatctaacacatgaggtatttatgttaccatgatttcaaaa 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37717236 acacaaagatctagatcagaaactagaaaaagtggtacaaagcctgatttacaaacttaaatctaacacatgaggtatttatgttaccatgatttcaaaa 37717335  T
Q  405 ccatctttaacttgaataaaacatccacgtatttacttgcagcaaacaataagttaacctttagcatgcaataaaaaactgccccaacataatgatccac 504  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37717336 ccatctttaacttgaataaaacatccacgtatttatttgcagcaaacaataagttaacctttagcatgcaataaaaaactgccccaacataatgatccac 37717435  T
Q  505 tttctattccaagcttaaactttcaaagagg-nnnnnnnnnntggctccaacttactacaggcttgtgacccatcaccttttggcctaatggaactcgtg 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37717436 tttctattccaagcttaaactttcaaagaggaaaaaaaaaaatggctccaacttactacaggcttgtgacccatcaccttttggcctaatggaactcgtg 37717535  T
Q  604 ccacagatgaagcagctgcgacagcagcaacacgtattctgccgaattcattatgcatttcatagtcagcaagtcattaaacgtataagagctatgggaa 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37717536 ccacagatgaagcagctgcgacagcagcaacacgtattctgccgaattcattatgcatttcatagtcagcaagtcattaaacatataagagctatgggaa 37717635  T
Q  704 atagtgagagattgagacggnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcacggcacctcctatgtacatctatatctgtttcatcccagaatttcttcctgcatggac 803  Q
    ||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37717636 atagtgagagattgagacgg---------aaaaaaaaaatcacggcacctcctatgtacatctatatctgtttcatcccag-atttcttcctgcatggac 37717725  T
Q  804 agnnnnnnnttagcaaagtttatccattccatgggctacacaacatactgcattttgtctgttgtgcctat 874  Q
    ||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37717726 agaaaaaaattagcaaagtttatccattccatgggctacacaacatacagcattttgtctgttgtgcctat 37717796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University