View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF12952_low_3 (Length: 720)
Name: NF12952_low_3
Description: NF12952
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12952_low_3 |
 | |
|
| [»] chr4 (1 HSPs) |
| |
|
| [»] chr3 (3 HSPs) |
| |
|
| [»] chr2 (3 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 639; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 639; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 720
Target Start/End: Original strand, 757929 - 758630
Alignment:
| Q |
19 |
caaatagtaataacagactcacagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaacaaagttcaatgcaacattaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
757929 |
caaatagtaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaacaaagttcaatgcaacattaa |
758028 |
T |
|
| Q |
119 |
tttgtcnnnnnnnnnnnnngaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttccacaagctattaatgtagattgaaatt |
218 |
Q |
| |
|
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
758029 |
tttatcaaaaaaaaaaaaagaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttccacaagctattaatgtagattgaaatt |
758128 |
T |
|
| Q |
219 |
gaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaaaattgaaatggaatcttttgtaagaa |
318 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
758129 |
gaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaaaattgaaatggaatcttttgtaagaa |
758228 |
T |
|
| Q |
319 |
actttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggtccttgtttgctactgttctttagtat |
418 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
758229 |
actttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggtccttgtttgctactgttctttagtat |
758328 |
T |
|
| Q |
419 |
atgtcctcttccattctgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaaataaattagggggatgtgttgtagtatgttattgg |
518 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
758329 |
ttgtcctcttccattctgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaaataaattagggggatgtgttgtagtatgttattgg |
758428 |
T |
|
| Q |
519 |
taatgatatcagaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaatatattaattatgatgactcatggaggctggatcttagttatgctaatcaaat |
618 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
758429 |
taatgatatcacaaattgtaatgattaaggttgttgttgataattaatatattaattatgatgactcatggaggctagatcttagttatgctaatcaaat |
758528 |
T |
|
| Q |
619 |
taattaattaatcaatcattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaagtgataaactaaaacagatcaacaag |
718 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
758529 |
taattaattaatcaatcattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaagtgataaactaaaacagatcaacaag |
758628 |
T |
|
| Q |
719 |
ag |
720 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
758629 |
ag |
758630 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 620; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 620; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 37014886 - 37014180
Alignment:
| Q |
19 |
caaatagtaataacagactcacagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaacaaagttcaatgcaacattaa |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37014886 |
caaatagtaataacagactcacagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaacaaagttcaatgcaacattaa |
37014787 |
T |
|
| Q |
119 |
tttgtcnnnnnnnnnnnnn-----gaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttccacaagctattaatgtagattg |
213 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37014786 |
tttgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttccacaagctattaatgtagattg |
37014687 |
T |
|
| Q |
214 |
aaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaaaattgaaatggaatcttttgt |
313 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37014686 |
aaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaaaattgaaatggaatcttttgt |
37014587 |
T |
|
| Q |
314 |
aagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggtccttgtttgctactgttcttt |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37014586 |
aagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggtccttgtttgctactgttcttt |
37014487 |
T |
|
| Q |
414 |
agtatatgtcctcttccattctgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaaataaattagggggatgtgttgtagtatgtt |
513 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37014486 |
agtatttgtcctcttccattctgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaattaaattacggggatgtgttgtagtatgtt |
37014387 |
T |
|
| Q |
514 |
attggtaatgatatcagaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaatatattaattatgatgactcatggaggctggatcttagttatgctaat |
613 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37014386 |
attggtaatgatatcacaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaatatattaattatgatgactcatggaggctagatcttagttatgctaat |
37014287 |
T |
|
| Q |
614 |
caaattaattaattaatcaatcattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaagtgataaactaaaacagatca |
713 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37014286 |
caaattaattaattaatcaattattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaagtgataaactaaaacagatca |
37014187 |
T |
|
| Q |
714 |
acaagag |
720 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
37014186 |
acaagag |
37014180 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 616; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 36989447 - 36988741
Alignment:
| Q |
19 |
caaatagtaataacagactcacagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaacaaagttcaatgcaacattaa |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36989447 |
caaatagtaataacagactcatagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacataatgatataaacaaagttcaatgcaacattaa |
36989348 |
T |
|
| Q |
119 |
tttgtcnnnnnnnnnnnnn-----gaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttccacaagctattaatgtagattg |
213 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36989347 |
tttgtaaaaaaaaaaaaaaaaaaagaagttcaatgcaatattaagacttgtttagtaactcagacttaaaaggccttccacaagctattaatgtagattg |
36989248 |
T |
|
| Q |
214 |
aaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaaaattgaaatggaatcttttgt |
313 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36989247 |
aaattgaatggtagggtagctaagatgtcaatttatttgaaattttacttttaaatttagggcacattttggtacctaaaattgaaatggaatcttttgt |
36989148 |
T |
|
| Q |
314 |
aagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggtccttgtttgctactgttcttt |
413 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36989147 |
aagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgatcataaaaatccacagcacaggaggtccttgtttgctactgttcttt |
36989048 |
T |
|
| Q |
414 |
agtatatgtcctcttccattctgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaaataaattagggggatgtgttgtagtatgtt |
513 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36989047 |
agtatttgtcctcttccattctgttctatttatcatcatgttgtgtttctcactttggtttcttaacaaattaaattacggggatgtgttgtagtatgtt |
36988948 |
T |
|
| Q |
514 |
attggtaatgatatcagaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaatatattaattatgatgactcatggaggctggatcttagttatgctaat |
613 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36988947 |
attggtaatgatatcacaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaatatattaattatgatgactcatggaggctagatcttagttatgctaat |
36988848 |
T |
|
| Q |
614 |
caaattaattaattaatcaatcattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaagtgataaactaaaacagatca |
713 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36988847 |
caaattaattaattaatcaattattccaacatgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaagtgataaactaaaacagatca |
36988748 |
T |
|
| Q |
714 |
acaagag |
720 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
36988747 |
acaagag |
36988741 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 512 - 566
Target Start/End: Original strand, 36443639 - 36443693
Alignment:
| Q |
512 |
ttattggtaatgatatcagaaattgtaatgattaaggttgttgttaataattaat |
566 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
36443639 |
ttattggtaatgatatcacaaattgtaataactaaggttgttgttaataattaat |
36443693 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 61; Significance: 8e-26; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 644 - 720
Target Start/End: Original strand, 19180933 - 19181009
Alignment:
| Q |
644 |
atgtatttatgctagaatcttaatgttcatgagaagaatgaaataagaagtgataaactaaaacagatcaacaagag |
720 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
19180933 |
atgtatgtatgctagaatcttagtgttcatgagaagaatgaagtaagaagtgataatctaaaacagatcaacaagag |
19181009 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 274 - 367
Target Start/End: Original strand, 19180800 - 19180896
Alignment:
| Q |
274 |
ggcacattttggtacctaaaattgaaat---ggaatcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaatggtgattatggctttgaatttgat |
367 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||| |
|
|
| T |
19180800 |
ggcacattttggtaactaagattgaaatattggaagcttttgtaagaaactttaattaacttgagacaacaattgtgcttaagactttgaatttgat |
19180896 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 35 - 86
Target Start/End: Original strand, 19180180 - 19180230
Alignment:
| Q |
35 |
actcacagtatataaatcaaaatgattaaatgtttcatatgattaagtacat |
86 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| |
|
|
| T |
19180180 |
actcacagtatataaatcaaa-tgattaaatgtttgatatgataaagtacat |
19180230 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University