View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12953_low_2 (Length: 858)

Name: NF12953_low_2
Description: NF12953
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12953_low_2
NF12953_low_2
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (31-847)||(28948426-28949236)
chr4 (31-847)||(22990246-22991047)
chr4 (31-451)||(22714557-22714979)
chr4 (446-847)||(22703070-22703454)
chr4 (26-332)||(22696864-22697172)
chr4 (11-332)||(46956533-46956859)
chr4 (720-842)||(22698733-22698848)
chr4 (720-842)||(22981682-22981797)
chr4 (720-842)||(22995269-22995384)
chr4 (716-799)||(56560508-56560591)
chr4 (11-85)||(28949216-28949290)
chr4 (716-799)||(24036214-24036297)
chr4 (11-85)||(22714959-22715033)
chr4 (11-85)||(22990192-22990266)
chr4 (716-800)||(16565539-16565623)
chr4 (716-800)||(15618844-15618928)
chr4 (750-795)||(52056997-52057042)
[»] scaffold0009 (2 HSPs)
scaffold0009 (31-847)||(200042-200862)
scaffold0009 (11-85)||(200842-200916)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (11-415)||(20087585-20087992)
chr7 (716-801)||(37638703-37638788)
chr7 (716-801)||(10372714-10372799)
chr7 (755-800)||(12963342-12963387)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (26-332)||(19646298-19646606)
chr8 (720-842)||(19648194-19648309)
chr8 (716-799)||(193387-193470)
chr8 (716-799)||(720991-721074)
chr8 (716-799)||(882098-882181)
chr8 (716-799)||(30983223-30983306)
chr8 (716-799)||(44240122-44240205)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (26-332)||(4344211-4344518)
chr1 (720-842)||(4345989-4346104)
chr1 (716-799)||(46407488-46407571)
chr1 (716-799)||(50978939-50979022)
chr1 (723-799)||(35606336-35606412)
chr1 (716-800)||(35569906-35569990)
chr1 (340-415)||(5928144-5928219)
chr1 (758-798)||(50979027-50979067)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (26-332)||(22808084-22808392)
chr5 (720-842)||(22809984-22810099)
chr5 (716-799)||(33232457-33232540)
chr5 (716-799)||(7072032-7072115)
chr5 (716-800)||(22481515-22481599)
chr5 (613-659)||(22808657-22808703)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (39-332)||(23362369-23362651)
chr2 (720-842)||(23360942-23361058)
chr2 (716-799)||(13895999-13896082)
chr2 (716-799)||(14036616-14036699)
chr2 (716-799)||(14380107-14380190)
chr2 (716-800)||(5916944-5917028)
chr2 (716-800)||(36311597-36311681)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (720-838)||(7011653-7011764)
chr3 (716-799)||(51125383-51125466)
chr3 (716-799)||(52692542-52692625)
chr3 (743-800)||(16246819-16246876)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (716-799)||(21515703-21515786)
chr6 (716-799)||(30019220-30019303)
chr6 (716-800)||(16547456-16547540)
chr6 (723-801)||(17830767-17830845)
[»] scaffold0394 (1 HSPs)
scaffold0394 (723-794)||(6607-6678)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 28949236 - 28948426
Alignment:
Q  31 taagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtc 128  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28949236 taagctaggatgtactatgaattaagaagtaatctaggaagtaatagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtc 28949137  T
Q  129 tttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatg 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28949136 tttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaaaaagtgctagtaactatg 28949037  T
Q  229 aagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttat 328  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28949036 aagtactcttatgaagtacaaataacttatgtaatgtttctatcccttaatgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttat 28948937  T
Q  329 gttgnnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatgat 428  Q
    ||||       |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28948936 gttgtttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctccttaaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgtaatgccatgat 28948837  T
Q  429 ttcttatgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctacg 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28948836 ttcttatgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcggcttcagctgctgttcctggcctgctaacctgctacg 28948737  T
Q  529 gctgggggtagttttttggccaagggcctggttggtttttgttgtctctgtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaactggactgcc 628  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||    
T  28948736 gttgggggtagttttttggccaagggcctggttggttttgtttgtctctgtaattgctttctagactttctagg-atttttttatgttaactggactgcc 28948638  T
Q  629 tcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaatgaggtattt 728  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  28948637 tcttccttctggtgtttcggtttgcaaacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataatgaggtattc 28948538  T
Q  729 aattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatgcctaaattc 828  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28948537 aattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatgcctaaattc 28948445  T
Q  829 acaattaagacacaggttc 847  Q
    |||||||||||||||||||    
T  28948444 acaattaagacacaggttc 28948426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 847
Target Start/End: Original strand, 22990246 - 22991047
Alignment:
Q  31 taagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggat--gta-ctatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgt 127  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |  || ||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990246 taagataggatgtactatgaattaagaagtaatctagga-agtattagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgt 22990344  T
Q  128 ctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactat 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990345 ctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactat 22990444  T
Q  228 gaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcactta 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990445 gaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcactta 22990544  T
Q  328 tgttgnnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatga 427  Q
    | |||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990545 ttttgtttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatga 22990644  T
Q  428 tttcttatgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctac 527  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990645 tttcttatgttttttgtaacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcggcttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctac 22990744  T
Q  528 ggctgggggtagttttttggccaagggcctggttggtttttgttgtctctgtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaactggactgc 627  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |            ||||||||||||||||    
T  22990745 ggctgggggtagttttttggccaagggtctggttggtttttgttgtctctgtagttgctttctaggcttttt----------ttatgttaactggactgc 22990834  T
Q  628 ctcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaatgaggtatt 727  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22990835 ctcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataatgaggtatt 22990934  T
Q  728 taattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatgcctaaatt 827  Q
     ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22990935 caattattatcactcaagtttaaggtgcccaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatgcctaaatt 22991027  T
Q  828 cacaattaagacacaggttc 847  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  22991028 cacaattatgacacaggttc 22991047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 22714979 - 22714557
Alignment:
Q  31 taagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggat--gta-ctatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgt 127  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |  || ||  ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714979 taagataggatgtactatgaattaagaagtaatctagga-agtattagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgt 22714881  T
Q  128 ctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactat 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22714880 ctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaaaaagtgctagtaactat 22714781  T
Q  228 gaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcactta 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714780 gaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcactta 22714681  T
Q  328 tgttgnnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatga 427  Q
    | |||       |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22714680 ttttgtttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgcaatgccatga 22714581  T
Q  428 tttcttatgttttttgtgacattc 451  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  22714580 tttcttatgttttttgtaacattc 22714557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 446 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 22703454 - 22703070
Alignment:
Q  446 acattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctacggctgggggtagtttttt 545  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22703454 acattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcggcttcaggtgctgttcctggcctgctaacctgctacggctgggggtagtttttt 22703355  T
Q  546 ggccaagggcctggttggtttttgttgtctctgtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaactggactgcctcttccttctggtgttt 645  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |            ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22703354 ggccaagggtctggttggtttttgttgtctctgtagttgctttctaggcttttt----------ttatgttaactggactgcctcttccttctggtgttt 22703265  T
Q  646 cggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaatgaggtatttaattattatcacttaag 745  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  22703264 cggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataatgaggtattcaattattatcactcaag 22703165  T
Q  746 tgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatgcctaaattcacaattaagacacaggt 845  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22703164 tttaaggtgcccaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgc-------aattctacgacgcatgcctaaattcacaattatgacacaggt 22703072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 26 - 332
Target Start/End: Original strand, 22696864 - 22697172
Alignment:
Q  26 ggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccg 123  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||| || |    
T  22696864 ggaattaacctaggaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtactattttgtttagtctttaatgttgtaatgctctg 22696963  T
Q  124 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaa 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22696964 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtaccggtaactttgaagtactgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaa 22697063  T
Q  224 ctatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttca 323  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22697064 ctatgaagtactcttatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgctcgtatttatggttca 22697163  T
Q  324 cttatgttg 332  Q
    |||||||||    
T  22697164 cttatgttg 22697172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 11 - 332
Target Start/End: Original strand, 46956533 - 46956859
Alignment:
Q  11 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtt---tagtctt 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||| | |||||| ||   |||||||    
T  46956533 gaacctgtgtgactaggaagtaagctagaaagtactatgaattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagcactgttatattatttagtctt 46956632  T
Q  106 taatgttgtaatgttccgttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaa 205  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46956633 taatgttgtaatgttccattatctttaaattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatcaagtactgttatgttttgccttttaattaggaagtaa 46956732  T
Q  206 tctaagaagtgctagtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattat 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  46956733 tctaagaagtgctagtaactatgaagtactattatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctataccttaatgaaggcttatgttgtgtgataattat 46956832  T
Q  306 gctcgtatttttggttcacttatgttg 332  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  46956833 gcttgtattttttgttcacttatgttg 46956859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 720 - 842
Target Start/End: Original strand, 22698733 - 22698848
Alignment:
Q  720 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 819  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  22698733 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 22698825  T
Q  820 cctaaattcacaattaagacaca 842  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  22698826 cctaaattcacaattaagacaca 22698848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 720 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 22981797 - 22981682
Alignment:
Q  720 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 819  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  22981797 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgc-------aattctacgacgcatg 22981705  T
Q  820 cctaaattcacaattaagacaca 842  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  22981704 cctaaattcacaattaagacaca 22981682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 720 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 22995384 - 22995269
Alignment:
Q  720 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 819  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  22995384 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgc-------aattctacgacgcatg 22995292  T
Q  820 cctaaattcacaattaagacaca 842  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  22995291 cctaaattcacaattaagacaca 22995269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 56560508 - 56560591
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  56560508 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 56560591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 11 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 28949290 - 28949216
Alignment:
Q  11 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 85  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28949290 gaacctatgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgagttaagaagcaatctaagctaggatgtactatgaa 28949216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 24036297 - 24036214
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  24036297 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 24036214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 11 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 22715033 - 22714959
Alignment:
Q  11 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 85  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22715033 gaacctctgtgattaggaagtaagttaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagataggatgtactatgaa 22714959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 11 - 85
Target Start/End: Original strand, 22990192 - 22990266
Alignment:
Q  11 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 85  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22990192 gaacctctgtgattaggaagtaagttaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagataggatgtactatgaa 22990266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 716 - 800
Target Start/End: Original strand, 16565539 - 16565623
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 800  Q
    |||||| ||| | ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16565539 taatgaagtaatcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 16565623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 716 - 800
Target Start/End: Original strand, 15618844 - 15618928
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 800  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| || | |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15618844 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaggatgcacaattgaaaaaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 15618928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 750 - 795
Target Start/End: Complemental strand, 52057042 - 52056997
Alignment:
Q  750 aggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttg 795  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  52057042 aggtgcacaatagaaataacttttagggtatggaagaacagatttg 52056997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 847
Target Start/End: Complemental strand, 200862 - 200042
Alignment:
Q  31 taagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtc 128  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200862 taagctaggatgtactatgaattaagaagtaatctaggaagtaatagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtc 200763  T
Q  129 tttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtact----------gttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgct 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  200762 tttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactatgaagtactgttatgtttttcctttcaattaggaattaatctaagaagtgct 200663  T
Q  219 agtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200662 agtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttg 200563  T
Q  319 gttcacttatgttgnnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgca 418  Q
    |||||||||| |||       |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200562 gttcacttattttgtttttttgcttcggatttgttgttcacttatcctccataaactatatatttcagttttaactagttatatataagctatatttgca 200463  T
Q  419 atgccatgatttcttatgttttttgtgacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcgacttcaggtgctgttcctggcctgcta 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  200462 atgccatgatttcttatgttttttgtaacattcaaagcatgtttcttatggttttgcggctggtttggttgcagcttcaggtgctgttcctggcctgcta 200363  T
Q  519 acctgctacggctgggggtagttttttggccaagggcctggttggtttttgttgtctctgtaattgctttctagactttctaggcnnnnnnnnatgttaa 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||        |||||||    
T  200362 acctgctacggctgggggtagttttttggccaagggtctggttggtttttgttgtctctgtagttgctttctagactttctaggc-tttttttatgttaa 200264  T
Q  619 ctggactgcctcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcagtaa 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  200263 ctggactgcctcttccttctggtgtttcggtttgcagacatcagttgggcaaacatgtttaaggtgcactcaagtttcaatatttcatcgtcttcaataa 200164  T
Q  719 tgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcat 818  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  200163 tgaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcccaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcat 200071  T
Q  819 gcctaaattcacaattaagacacaggttc 847  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  200070 gcctaaattcacaattatgacacaggttc 200042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 11 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 200916 - 200842
Alignment:
Q  11 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 85  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200916 gaacctctgtgattaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagctaggatgtactatgaa 200842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 240; Significance: 1e-132; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 11 - 415
Target Start/End: Original strand, 20087585 - 20087992
Alignment:
Q  11 gaacctgtgtgactaggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaa 108  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  20087585 gaacttgtgtgactaggaagtaagctaggaagtcttatgaattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactgttatatttagtctttaa 20087684  T
Q  109 tgttgtaatgttccgttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatct 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20087685 tgttgtaatgttccgttatctttaaattaagaagtaatctagaaagtactagtaactatgaagtactgttatgttttgccttttaattaggaagtaatct 20087784  T
Q  209 aagaagtgctagtaactatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgct 308  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  20087785 aagaagtactagtaactatgaagtactattatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgct 20087884  T
Q  309 cgtatttttggttcacttatgttg-nnnnnnngcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataag 407  Q
     |||||||||||||||||||||||         |||| |||||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20087885 tgtatttttggttcacttatgttgttttttttccttcagatttgttgttcacctgtcctccataagctctatatttcagttttaactggttatatataag 20087984  T
Q  408 ctatattt 415  Q
    || |||||    
T  20087985 ctctattt 20087992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 716 - 801
Target Start/End: Original strand, 37638703 - 37638788
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 801  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37638703 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 37638788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 716 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 10372799 - 10372714
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 801  Q
    |||||| |||||  |||| || |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10372799 taatgaagtattcgattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattt 10372714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 755 - 800
Target Start/End: Original strand, 12963342 - 12963387
Alignment:
Q  755 cacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 800  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12963342 cacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 12963387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 210; Significance: 1e-114; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 26 - 332
Target Start/End: Original strand, 19646298 - 19646606
Alignment:
Q  26 ggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccg 123  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  19646298 ggaattaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtactcttatgtttaatctttaatgttgtaatgttctg 19646397  T
Q  124 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaa 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19646398 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtaccggtaactttgaagtattgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaa 19646497  T
Q  224 ctatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttca 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19646498 ctatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatatttctatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgcttgtatttttggttca 19646597  T
Q  324 cttatgttg 332  Q
    |||||||||    
T  19646598 cttatgttg 19646606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 720 - 842
Target Start/End: Original strand, 19648194 - 19648309
Alignment:
Q  720 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 819  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  19648194 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 19648286  T
Q  820 cctaaattcacaattaagacaca 842  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  19648287 cctaaattcacaattaagacaca 19648309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 193387 - 193470
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  193387 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 193470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 720991 - 721074
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  720991 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 721074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 882098 - 882181
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  882098 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 882181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 30983306 - 30983223
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  30983306 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 30983223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 44240122 - 44240205
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  44240122 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaagatacacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 44240205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 26 - 332
Target Start/End: Original strand, 4344211 - 4344518
Alignment:
Q  26 ggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccg 123  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  4344211 ggaattaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactatgaagtactgttatgtttagtctttaatgtt-taatgtttcg 4344309  T
Q  124 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaa 223  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4344310 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtaccagtaactttgaagtattgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaa 4344409  T
Q  224 ctatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttca 323  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4344410 ctatgaagtactcttatgaagtactagtaacttatgtaatgtttctatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgcttgtattttttgttca 4344509  T
Q  324 cttatgttg 332  Q
    |||||||||    
T  4344510 cttatgttg 4344518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 720 - 842
Target Start/End: Original strand, 4345989 - 4346104
Alignment:
Q  720 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 819  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  4345989 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 4346081  T
Q  820 cctaaattcacaattaagacaca 842  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  4346082 cctaaattcacaattaagacaca 4346104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 46407488 - 46407571
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  46407488 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 46407571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 50979022 - 50978939
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  50979022 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 50978939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 723 - 799
Target Start/End: Original strand, 35606336 - 35606412
Alignment:
Q  723 gtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||    
T  35606336 gtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaactgttggggtatggaagaacagatttgcaat 35606412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 716 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 35569990 - 35569906
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 800  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  35569990 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaataaatttgcaatt 35569906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 340 - 415
Target Start/End: Original strand, 5928144 - 5928219
Alignment:
Q  340 gcttcggatttgttgttctcttatcctccataaactctatatttcagttttaactagttatatataagctatattt 415  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||| |||||    
T  5928144 gcttcagatttgttgtgcacttatcctcaataaactctatatttcagttttaagtggttctatataagctctattt 5928219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 758 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 50979067 - 50979027
Alignment:
Q  758 aatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaa 798  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  50979067 aatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaa 50979027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 26 - 332
Target Start/End: Original strand, 22808084 - 22808392
Alignment:
Q  26 ggaagtaagctaggaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccg 123  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |   ||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22808084 ggaattaagctaggaagtactataaattaagaagtaatctatgaagtactagtaactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccg 22808183  T
Q  124 ttgtctttaaattaagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaa 223  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22808184 ttatctttaaattaagaagtaatctaggaagtactagtaactatgaagtactattatatttttcttttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaa 22808283  T
Q  224 ctatgaagtactcttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttca 323  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22808284 ccatgaagtactcttatgaagtactagtaacttatgtaatttttttatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttca 22808383  T
Q  324 cttatgttg 332  Q
    |||||||||    
T  22808384 cttatgttg 22808392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 720 - 842
Target Start/End: Original strand, 22809984 - 22810099
Alignment:
Q  720 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 819  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  22809984 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 22810076  T
Q  820 cctaaattcacaattaagacaca 842  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  22810077 actaaattcacaattaagacaca 22810099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 33232457 - 33232540
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  33232457 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 33232540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 7072115 - 7072032
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  7072115 taatgaagtatttaattattatcactcaaatttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 7072032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 716 - 800
Target Start/End: Original strand, 22481515 - 22481599
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 800  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22481515 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 22481599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 613 - 659
Target Start/End: Original strand, 22808657 - 22808703
Alignment:
Q  613 tgttaactggactgcctcttccttctggtgtttcggtttgcagacat 659  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  22808657 tgttaattggactgcctcttccttctggtgtttcggtctgcagacat 22808703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 3e-90; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 39 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 23362651 - 23362369
Alignment:
Q  39 gaagtactatgaattaagaagtaatctaagc--taggatgtactatgaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaatt 136  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |   ||  |   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23362651 gaagtactatgaattaagaagtaatctacgaagtactagtaactattaagtattgttatgtttagtctttaatgttgtaatgttccgttgtctttaaatt 23362552  T
Q  137 aagaagtaatctaggaagtacctgtaactatgaagtactgttatgttttgcctttcaattaggaagtaatctaagaagtgctagtaactatgaagtactc 236  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||     
T  23362551 aagaagtaatctaggaagtactaataactatgaagtactgttatgtttttcctttcaattaggaagtaatctaagaagtggtagtaaccatgaagtact- 23362453  T
Q  237 ttatgaagtaccagtaacttatgtaatgtttctatcccttaacgaaagcttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 332  Q
                ||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23362452 ------------agtaacttatgtaatgtttttatcccttaatgaagacttatgttgtgtgataattatgctcgtatttttggttcacttatgttg 23362369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 720 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 23361058 - 23360942
Alignment:
Q  720 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaac-ttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcat 818  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  23361058 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaactttttggtgtatgaaagaatag-------atttgcaattctacgacgcat 23360966  T
Q  819 gcctaaattcacaattaagacaca 842  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  23360965 gactaaattcacaattaagacaca 23360942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 13895999 - 13896082
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13895999 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 13896082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 14036616 - 14036699
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  14036616 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 14036699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 14380107 - 14380190
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  14380107 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 14380190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 716 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 5917028 - 5916944
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 800  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5917028 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 5916944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 716 - 800
Target Start/End: Original strand, 36311597 - 36311681
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 800  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36311597 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 36311681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 81; Significance: 1e-37; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 720 - 838
Target Start/End: Original strand, 7011653 - 7011764
Alignment:
Q  720 gaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatttgcaattctacgacgcatg 819  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  7011653 gaggtattcaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatag-------atttgcaattctacgacgcatg 7011745  T
Q  820 cctaaattcacaattaaga 838  Q
    |||||||||||||||||||    
T  7011746 cctaaattcacaattaaga 7011764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 51125466 - 51125383
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  51125466 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 51125383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 52692542 - 52692625
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  52692542 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacagatttgcaat 52692625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 743 - 800
Target Start/End: Complemental strand, 16246876 - 16246819
Alignment:
Q  743 aagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 800  Q
    |||| |||| |||||||| ||||||||||||   | ||||||||||||||||||||||    
T  16246876 aagtttaagatgcacaattgaaagaacttttaaggcatggaagaatagatttgcaatt 16246819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 60; Significance: 4e-25; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 21515786 - 21515703
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  21515786 taatgaagtatttaattattatcactcaagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 21515703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 716 - 799
Target Start/End: Original strand, 30019220 - 30019303
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaat 799  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  30019220 taatgaagtatttaattattatcactctagtttaaggtgcacaatagaaagaacttttggggtatggaagaacatatttgcaat 30019303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 716 - 800
Target Start/End: Original strand, 16547456 - 16547540
Alignment:
Q  716 taatgaggtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaatt 800  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16547456 taatgaagtattcaattactatcactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaatt 16547540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 723 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 17830845 - 17830767
Alignment:
Q  723 gtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagatttgcaattt 801  Q
    ||||| ||||| || |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17830845 gtattcaattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagatttgcaattt 17830767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0394 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0394
Description:

Target: scaffold0394; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 723 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 6678 - 6607
Alignment:
Q  723 gtatttaattattatcacttaagtgtaaggtgcacaatagaaagaacttttggtgtatggaagaatagattt 794  Q
    ||||| ||||| || |||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6678 gtattcaattactaccactcaagtttaagatgcacaattgaaagaacttttggggtatggaagaatagattt 6607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University