View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12953_low_29 (Length: 236)

Name: NF12953_low_29
Description: NF12953
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12953_low_29
NF12953_low_29
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (1-236)||(33574668-33574903)
chr5 (1-236)||(15532631-15532866)
chr5 (1-236)||(15542813-15543048)
chr5 (1-235)||(26712776-26713009)
chr5 (1-235)||(26982514-26982747)
chr5 (1-236)||(34405428-34405663)
chr5 (1-233)||(11989248-11989480)
chr5 (1-236)||(22159323-22159559)
chr5 (1-236)||(14616859-14617094)
chr5 (1-186)||(7650381-7650563)
chr5 (1-90)||(23993463-23993552)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (2-236)||(22626744-22626978)
chr3 (1-236)||(11139000-11139234)
chr3 (1-235)||(39563941-39564173)
chr3 (1-236)||(13979070-13979301)
chr3 (1-235)||(47411772-47412005)
chr3 (1-236)||(35365958-35366191)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-236)||(12171562-12171797)
chr4 (1-236)||(647634-647869)
chr4 (3-236)||(26063126-26063359)
chr4 (1-236)||(650906-651142)
chr4 (1-220)||(26060183-26060402)
chr4 (1-236)||(2541465-2541699)
chr4 (49-90)||(13978982-13979023)
chr4 (49-90)||(56089543-56089584)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (1-236)||(31527969-31528204)
chr2 (1-236)||(40017557-40017792)
chr2 (1-236)||(31626127-31626364)
chr2 (1-236)||(36326504-36326737)
chr2 (1-221)||(23673775-23673995)
chr2 (1-165)||(16294550-16294714)
chr2 (1-236)||(13709651-13709885)
chr2 (1-236)||(32576117-32576351)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (1-236)||(13017620-13017855)
chr6 (1-236)||(22221304-22221538)
chr6 (1-236)||(22247139-22247373)
chr6 (1-236)||(14790198-14790433)
chr6 (1-236)||(14795226-14795461)
chr6 (1-236)||(1838053-1838289)
chr6 (1-236)||(19665094-19665330)
chr6 (1-236)||(16883256-16883491)
chr6 (1-236)||(20527593-20527828)
chr6 (1-236)||(32704685-32704919)
chr6 (1-236)||(15534668-15534904)
chr6 (1-236)||(32426948-32427181)
chr6 (1-183)||(12983809-12983994)
chr6 (1-165)||(12980922-12981089)
chr6 (159-236)||(15537863-15537940)
chr6 (1-211)||(7769826-7770042)
chr6 (43-109)||(15537971-15538037)
chr6 (49-90)||(2330478-2330519)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (1-236)||(33312574-33312809)
chr7 (1-236)||(11279072-11279307)
chr7 (1-236)||(23760039-23760274)
chr7 (1-236)||(46846743-46846975)
chr7 (1-236)||(17863525-17863760)
chr7 (1-236)||(17866784-17867019)
chr7 (1-236)||(294444-294679)
chr7 (1-236)||(6966727-6966962)
chr7 (1-236)||(36222733-36222973)
chr7 (2-236)||(24782985-24783222)
chr7 (1-236)||(36843368-36843603)
chr7 (1-206)||(23107597-23107802)
chr7 (1-236)||(9765377-9765607)
chr7 (42-236)||(23313673-23313867)
chr7 (1-236)||(3862333-3862561)
chr7 (94-236)||(35773054-35773197)
[»] scaffold0500 (1 HSPs)
scaffold0500 (1-236)||(2271-2506)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (1-236)||(7423-7658)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (1-231)||(13492847-13493077)
chr1 (1-231)||(13495572-13495802)
chr1 (1-236)||(27282538-27282773)
chr1 (1-231)||(34065929-34066159)
chr1 (1-236)||(16190602-16190842)
chr1 (1-236)||(32506285-32506519)
chr1 (1-236)||(1936207-1936442)
chr1 (1-157)||(22104800-22104956)
chr1 (3-236)||(23990521-23990753)
chr1 (126-236)||(10759701-10759811)
chr1 (1-201)||(22456921-22457123)
chr1 (1-76)||(22453566-22453641)
chr1 (1-201)||(21152871-21153070)
chr1 (1-101)||(15297047-15297147)
chr1 (1-75)||(39545983-39546057)
[»] scaffold0665 (1 HSPs)
scaffold0665 (1-236)||(75-310)
[»] scaffold0567 (1 HSPs)
scaffold0567 (1-236)||(6241-6475)
[»] scaffold0352 (1 HSPs)
scaffold0352 (1-236)||(3034-3273)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (2-130)||(24615-24743)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-236)||(12575730-12575965)
chr8 (1-232)||(13096614-13096836)
chr8 (1-209)||(44007909-44008116)
chr8 (126-211)||(41779232-41779317)
chr8 (1-49)||(41779165-41779213)
chr8 (42-90)||(13331937-13331985)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (1-72)||(9606-9677)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (49-90)||(7086-7127)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 33574903 - 33574668
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33574903 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagttagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 33574804  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33574803 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtaatatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 33574704  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  33574703 aacaaattagggttcccatagggttacatcagattc 33574668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 15532631 - 15532866
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15532631 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 15532730  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15532731 ataacgctagggttaatagtctatcataaacgtacataaggcattaagcacaaagtaataagaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 15532830  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  15532831 aacaaattagggttcccatagggttacatcagattc 15532866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 15542813 - 15543048
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15542813 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 15542912  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15542913 ataacgctagggttaatagtctatcataaacgtacataaggcattaagcacaaagtaataagaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 15543012  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  15543013 aacaaattagggttcccatagggttacatcagattc 15543048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 26712776 - 26713009
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26712776 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctagttcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 26712875  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26712876 ataaagctagggttaatagtcaatgataaacatacataaagcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 26712975  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagatt 235  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  26712976 aacaaattagggtt-ccgtaggattacatcagatt 26713009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 26982514 - 26982747
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26982514 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctagttcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 26982613  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26982614 ataaagctagggttaatagtcaatgataaacatacataaagcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 26982713  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagatt 235  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  26982714 aacaaattagggtt-ccgtaggattacatcagatt 26982747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 34405663 - 34405428
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | |||||||||    
T  34405663 ctatctctagcttgattacttaagttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcatttaatctctaagatcagtttgcatattc 34405564  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||| ||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  34405563 ataaagctagggttagtagtcaatgataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttc 34405464  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34405463 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 34405428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 233
Target Start/End: Original strand, 11989248 - 11989480
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||||||||| ||||||  ||||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||    
T  11989248 ctatctctaacttgattacataggttaaacctaatacctagatcagagtcaaaagcgaaggttagtggtcattcaatctctaagatcaatttgtatattc 11989347  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  11989348 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaataaaaactagactttcattgatattcaaaggagttc 11989447  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcaga 233  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  11989448 aacaaattagggttcccataaaattacatcaga 11989480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 22159559 - 22159323
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||| || ||||||    
T  22159559 ctatctctagtttgattacttaggttaaacctattacctagatcagagtcaaaagccagggttaatggtcattcaatctctaacatcaatttgtatattc 22159460  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaac-atacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagtt 199  Q
    ||||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||    
T  22159459 ataaagctatggttagtagtcgatgataaacaatacaaaaagcattaaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaaggagtt 22159360  T
Q  200 caacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||    
T  22159359 caacaaattagggttcccgtaggattacatcggattc 22159323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 14616859 - 14617094
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  14616859 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccatggttagtggtcattcaatctctaagatcaatttgcatattc 14616958  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||||| |||||||| || || || ||||||||||| || |||||||||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  14616959 ataaagttagggttagtattcgatgataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatatttaaaggagttc 14617058  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||||    
T  14617059 aacaaactagggttctcataggattacatcatattc 14617094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Original strand, 7650381 - 7650563
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||   |||||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  7650381 ctatctctagcttgattttttaggttaaacttattacctagttctgagtcaaaagc---ggttagtggttattcaatctctaagatcaatttgcatattc 7650477  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgat 186  Q
    |||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||  ||||||||| || |||  ||||||||| |||| ||||||||||||    
T  7650478 ataaagttagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaaacattaaacataaagtaacatgaataaagactagactttcattgat 7650563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 90
Target Start/End: Original strand, 23993463 - 23993552
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaat 90  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||| | |||| ||||  ||||| | ||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||    
T  23993463 ctatctctagcttaatttcttaggttaaccatatttcctagatcagattcaaaagtcatggctagtggtcattcaagttctaagatcaat 23993552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 2 - 236
Target Start/End: Original strand, 22626744 - 22626978
Alignment:
Q  2 tatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattca 101  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22626744 tatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattca 22626843  T
Q  102 taaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttca 201  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22626844 taacgctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaagcacaaagtaatatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttca 22626943  T
Q  202 acaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22626944 acaaattagggttcccataggattacatcagattc 22626978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 11139000 - 11139234
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11139000 ctatctctagcttgattactgaggttaaacctattac-tatttcagagttaaaagccagggttagtggccattcaatttctatgatcaatatgcatattc 11139098  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11139099 ataacgctagggttaatagtttatcataaacatacataaggcattaagcacaaagtaatatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 11139198  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11139199 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 11139234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 171; E-Value: 6e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Original strand, 39563941 - 39564173
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39563941 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctagttcaga-ttaaaagtcagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 39564039  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39564040 ataaagctagggttaatagtcaatgataaacatacataaagcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattaatgttcaaaggagttc 39564139  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagatt 235  Q
    ||||||||||| ||  | |||||||||||||||||    
T  39564140 aacaaattagggtt-tcgtaggattacatcagatt 39564173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 13979301 - 13979070
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||| | |||||||||| | |||||| |||||||||| ||||||||  |||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||    
T  13979301 ctatctccaacttgattacttaagttaaaactattacctagttcagagtcgaaagtcagggtcagtggtcattcaatctctacgatcaatttgcat-ttc 13979203  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||| | ||||| || |||   ||||  ||  ||||||||| || ||| |||||| ||| |||||||||||||| |  |||||||||||||    
T  13979202 ataaagctagggtcagtagtcgatgata---atacgaaaaacattaaacaaaaagtaatatgaaaaaagactaaactttcatttaaattcaaaggagttc 13979106  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||    
T  13979105 aacaaattagggttcccataagattacctcagattc 13979070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 47412005 - 47411772
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||| ||||| ||||||| | |||||||    
T  47412005 ctatctctaacttaattacttaggttaaacctattacctagatcagagtcaaaaggcaggactagtgatcattcaagttctaagatcaattttcatattc 47411906  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |  ||| ||| | || ||||| || ||||||||||| |   |||||||||||||||| |||||||  |||||| |||||||||||| ||||| |||||||    
T  47411905 aagaagttagtgctagtagtcaataataaacatacaaacaacattaaacacaaggtaatatgaat-taaactagactttcattgatattcaagggagttc 47411807  T
Q  201 a-acaaattaggattcccataggattacatcagatt 235  Q
    | ||| |||||| || |||||  |||||||||||||    
T  47411806 atacatattagg-tttccataaaattacatcagatt 47411772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 35366191 - 35365958
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| || |||||||||||||| || || ||||||| |||| ||||    
T  35366191 ctatctctaacttaattacttaggttaaacctattacctagatcagagtcaaaagccaaggctagtggtcattcaagttttaagatcaatttgcacattc 35366092  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |  | ||||| | || ||||| || ||||||||| | |   |||||||||||||||| |||||||  ||||||  |||||||| || |||||  ||||||    
T  35366091 acgatgctagtgctagtagtcaataataaacata-aaacaacattaaacacaaggtaatatgaat-taaactagtctttcattaatattcaagagagttc 35365994  T
Q  201 a-acaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    | |||||||||| || ||||||  |||||||||||||    
T  35365993 atacaaattagg-tttccatagagttacatcagattc 35365958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 12171797 - 12171562
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12171797 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctaattaagaattaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 12171698  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12171697 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtaatatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 12171598  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||||| || |||| ||||| |||||||||||||    
T  12171597 aacaaatttgggttccaatagggttacatcagattc 12171562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 647634 - 647869
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||| | |||||||||    
T  647634 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggccatttaatctctaagatcagtttgcatattc 647733  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||| ||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  647734 ataaagctagggttagtagtcaatgataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttc 647833  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  647834 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 647869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Original strand, 26063126 - 26063359
Alignment:
Q  3 atctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattcat 102  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||||    
T  26063126 atctctagcttgattacttaggttaa-cctattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcattcaatctctaacatcaatttgcatattcat 26063224  T
Q  103 aaagctagggttaatagtctatcataaac-atacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttca 201  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||    
T  26063225 aaagctagggttattagtcgatgataaacaatacaaaaagcattaaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaaggagttca 26063324  T
Q  202 acaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||| ||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  26063325 acaaatcagggttcccatatgattacattagattc 26063359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 650906 - 651142
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||| | |||||||||    
T  650906 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggccatttaatctctaagatcagtttgcatattc 651005  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||||| ||||||||  |  | || ||||||||||| || |||| ||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  651006 ataaagttagggttaggaaacaatgataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttc 651105  T
Q  201 aacaaatta-ggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  651106 aacaaattaggggttcccataggattacatcagattc 651142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 26060402 - 26060183
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  ||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||||||    
T  26060402 ctatctctagcttgattacttaagttaaacatattacctagatcagagtcaaaagtcatggttagtggtcattcaatctctaagatcaatttgtatattc 26060303  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    || |||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||| || ||| ||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||| ||||||    
T  26060302 atgaagctagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaataaaatctagacttttattgatattcaaaagagttc 26060203  T
Q  201 aacaaattaggattcccata 220  Q
    |||||| |||||||| ||||    
T  26060202 aacaaactaggattctcata 26060183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 2541699 - 2541465
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| |   ||||| |||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||||| |||||   |||| | |     
T  2541699 ctatctctagcttaattacttaggttaaacattccacctagttcagagttaaaagccggtgttagtggtcaatcaagttctaagatcagcctgcaaactt 2541600  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    || ||||||||  |  ||||| || ||||||||||  ||  ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||  | |||||| |||    
T  2541599 atcaagctaggacttgtagtcaataataaacatacgaaaatcattaaacacaagataatatgaataaaaactagacttttattgat-atgaaaggaattc 2541501  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||    
T  2541500 aacaaattagagttcccataagattacattagattc 2541465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 49 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 13979023 - 13978982
Alignment:
Q  49 ttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaat 90  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  13979023 ttaaaagctagggttagtggtcattcaattcctaagatcaat 13978982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 49 - 90
Target Start/End: Original strand, 56089543 - 56089584
Alignment:
Q  49 ttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaat 90  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  56089543 ttaaaagctagggttagtggtcattcaattcctaagatcaat 56089584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 31528204 - 31527969
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528204 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 31528105  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528104 ataacgctagggttaatagtctatcataaacgtacataaggcattaagcacaaagtaataagaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 31528005  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31528004 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 31527969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 40017792 - 40017557
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  40017792 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagttcaaagtcaaaagccagggtcagtggtcattcaatctctacgatcaatttgcatattc 40017693  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||||| |||||| | ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  40017692 ataaagatagggtcagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattgaaattcaaaggagttc 40017593  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  40017592 aacaaattagggttcccataggattacatcatattc 40017557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 31626364 - 31626127
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  31626364 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctagttcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctataatcaatatgtatattc 31626265  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaata--aaaactaaactttcattgatgttcaaaggagt 198  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||  |  | || |     ||  || |||||||||||    
T  31626264 ataaagctagggttaatagtcgatgataaacatacataaaacattaaacacagggtaatatgaatagtaggattacatcaatatgtatattcaaaggagt 31626165  T
Q  199 tcaacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  31626164 tcaacaaattagggttcccgtaggattacatcagattc 31626127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 36326737 - 36326504
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||||    
T  36326737 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcaaagtcaaaagccagggttagtggtcattcaatctctaagatcgatttgcatattc 36326638  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||  ||| || |||||||||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| ||||||    
T  36326637 ataaagctagggttagtagtcgatgataaac--acaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatattcaaatgagttc 36326540  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36326539 aacaaactagggttcccataggattacatcagattc 36326504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 221
Target Start/End: Original strand, 23673775 - 23673995
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  23673775 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagtcagggatagtggtcattcaatctctaagatcaatttgcatattc 23673874  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  23673875 ataaagttagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatattcaaaggagttc 23673974  T
Q  201 aacaaattaggattcccatag 221  Q
    ||||||||| | |||||||||    
T  23673975 aacaaattaaggttcccatag 23673995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 16294714 - 16294550
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16294714 ctatctctaacttgattacttaggttaaacctattacatagttcagagttaaaagccagagttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 16294615  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaat 165  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||    
T  16294614 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacatacacaaagcattaaacacaaggtaatatgaat 16294550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 13709885 - 13709651
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||| |||||||||||||||  |||||||| ||| |||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||    
T  13709885 ctatatctagcttgattacttgggttaaacttatcacctaggtcagagtcaaaatccagggttagtggtcattcaatctctaagatcaatttacatattc 13709786  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||| || ||| ||||||| |||| || |||||||||||| |||   | |||||    
T  13709785 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaattagactttcattgatattc-ttgaagttc 13709687  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  13709686 aacaaattagggttcacataggattacatcagattc 13709651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 32576117 - 32576351
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||| |||||| |||| ||||||||| | || ||||||| |||||||||    
T  32576117 ctatctttagcttgattatttaggttaaacatattacctagttcatagtcaaaagacagggtcagtgatcattcaatctatacgatcaatttgcatattc 32576216  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||||| |||| | | ||||| || |||||||| || || ||||| |||| || ||| |||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  32576217 ataaagttaggatcagtagtcaatgataaacatgcaaaaagcatt-aacaaaaagtaatatggataaagactaaactttcattgaaattcaaaggagttc 32576315  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  32576316 aacaaattagggttcctataggattacatcatattc 32576351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 13017620 - 13017855
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13017620 ctatctctaacttgattacttaggttaaacctattacctaattcagagttaagagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 13017719  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13017720 ataacgctagggttaatagtctatcataaacgtacataaggcattaagcacaaagtaatatgaataaaaactaaactttcatttatgttcaaaggagttc 13017819  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13017820 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 13017855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 22221538 - 22221304
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22221538 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattaccttttttagatttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 22221439  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22221438 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtaatatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaagagttc 22221339  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  22221338 aacaaattagggtt-ccataggattacatcagattc 22221304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 22247373 - 22247139
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22247373 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctggttcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 22247274  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22247273 ataaagctatggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtaatatgaataaaaaccaaactttcattgatgttcaaaagagttc 22247174  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  22247173 aacaaattagggtt-ccataggattacatcagattc 22247139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 14790433 - 14790198
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | |||||||||    
T  14790433 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcatttaatctctaagatcagtttgcatattc 14790334  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||| ||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  14790333 ataaagctagggttagtagtcaatgataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttc 14790234  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14790233 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 14790198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 14795461 - 14795226
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | |||||||||    
T  14795461 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcatttaatctctaagatcagtttgcatattc 14795362  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||| ||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  14795361 ataaagctagggttagtagtcaatgataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttc 14795262  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14795261 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 14795226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 1838289 - 1838053
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||    
T  1838289 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctagatcagagtcaaaagtcagggttagtggtcattcaatctctaacatcaatttgcatattc 1838190  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaac-atacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagtt 199  Q
    |||||| |||||||| ||||| || |||||| ||||| || ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||    
T  1838189 ataaagttagggttagtagtcgatgataaacaatacaaaaagcatttaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaaggagtt 1838090  T
Q  200 caacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1838089 caataaattagggttcccataggattacatcagattc 1838053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 19665094 - 19665330
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||  |||||| |||||||||    
T  19665094 ctatctctatcttgattacttaggttaaacctattacctagatcagaattaaaagtcagggttagtgatcattcaatctctaacatcaatttgcatattc 19665193  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaac-atacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagtt 199  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||| || ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||    
T  19665194 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacaatacaaaaagcatttaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaatgagtt 19665293  T
Q  200 caacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19665294 caacaaattagggttcccataggattacatcagattc 19665330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 16883491 - 16883256
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  16883491 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagttcagagtcaaaagtgagggttagtggtcattcaatctctaagatcaatttgcatattc 16883392  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||| | || |||  ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  16883391 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaagataaagtaacatgaataaagactagactttcattgatattcaaaggagttc 16883292  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||| ||||  ||||||||||||||    
T  16883291 aacaaattagggttctcataaaattacatcagattc 16883256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 20527593 - 20527828
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||    
T  20527593 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagttcagagtcaaaagccagggttagtggtcattcaatctctaaaatcaatttgcatattc 20527692  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||||||||||||||  |||| || ||||||||||| || |||||||| | || ||| |||||||||| | || |||||||||||| |||||||||||||    
T  20527693 ataaagctagggttaggagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaatataaagtaatatgaataaagattagactttcattgatattcaaaggagttc 20527792  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||| |||| | ||||||||  ||||||||||||||    
T  20527793 aacacattaaggttcccataaaattacatcagattc 20527828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 32704685 - 32704919
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | |||||||||    
T  32704685 ctatctctatcttgattacttaggttaaacttattacttagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcatttaatctctaagatcagtttgcatattc 32704784  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||  ||||||||| || ||| | ||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  32704785 ataaagctagggttagtagtcaatgataaacatacaaaaaacattaaacataaagtaat-tgacttaaaactagactttcattgatattcaaaggagttc 32704883  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32704884 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 32704919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 15534904 - 15534668
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| |  ||||||||||||| || | |||||||||| ||||| ||||  |||||| | |||||||    
T  15534904 ctatcactagcttgattacttatgttaaacctattaccaagatcagagttaaaagtcaagtttagtggtcactcaatctctaacatcaattttcatattc 15534805  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaaca-tacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagtt 199  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||| |||| || ||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||    
T  15534804 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacaatacaaaaagcatttaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaaggagtt 15534705  T
Q  200 caacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15534704 caacaaattagggttcccataggattacatcagattc 15534668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 32427181 - 32426948
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||  | |||| |||| ||||||||||||||||| |||| |||| || |||||| ||    
T  32427181 ctatctctagattgattacttaggttaaacttattacctagatcag--tcaaaatccagagttagtggtcattcaatctctaagatcgatttgcatactc 32427084  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
     |||||| ||||||| | ||| || ||||||||||| || |||||||||| || ||| ||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  32427083 ctaaagccagggttagtggtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatataaattaaaactagactttcattgatattcaaaggagttc 32426984  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||| |||| ||| |||||||||| |||| ||||    
T  32426983 aacaaactagggttctcataggattatatcatattc 32426948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 183
Target Start/End: Original strand, 12983809 - 12983994
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||    
T  12983809 ctatctctagcttaattacttaggttaaacatattacctagatcagagtcaaaagtcagggctagtggtcattcaagttctaagatcagtttgcatattc 12983908  T
Q  101 ataaa-gctagggttaatagtc--tatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcatt 183  Q
    | ||| ||||| | || || ||  ||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| ||||    
T  12983909 aaaaacgctagtgctagtactcaatataataaacatacagacagcattaaacacaaggtaatatgaattaaaactagacttccatt 12983994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 165
Target Start/End: Original strand, 12980922 - 12981089
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||    
T  12980922 ctatctctagcttaattacttaggttaaacatattacctagatcagagtcaaaagtcagggctagtggtcattcaagttctaagatcagtttgcatattc 12981021  T
Q  101 ataaa-gctagggttaatagtc--tatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaat 165  Q
    | ||| ||||| | || |||||  ||| ||||||||||| |   |||||||||||||||| |||||||    
T  12981022 aaaaacgctagtgctagtagtcaatataataaacatacagacaacattaaacacaaggtaatatgaat 12981089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 159 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 15537940 - 15537863
Alignment:
Q  159 tatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||    
T  15537940 tatgaataaaaattagactttcattgacattcaaaggagttcaacaaattagggttcccatatgattacatcaaattc 15537863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 211
Target Start/End: Original strand, 7769826 - 7770042
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagg----gttagtggtcattcaatttctat--gatcaatatgc 94  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||| |||| ||||  ||||| | |||||||| |    | |||||||||||||| ||||||  ||| ||| | |    
T  7769826 ctatctctaacttaattacttaggttaaacatatttcctagatcagattcaaaagccatgcatggctagtggtcattcaagttctataagataaatttac 7769925  T
Q  95 atattcataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaag 194  Q
    | |||||  | ||||| | || ||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||||  |||||| |||||||||||| ||||| |    
T  7769926 acattcaagatgctagtgctagtagttaatcataaacatacatatgtcattaaacacaaggaaatatgaat-taaactagactttcattgatattcaagg 7770024  T
Q  195 gagttca-acaaattagg 211  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  7770025 gagttcatacaaattagg 7770042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 43 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 15538037 - 15537971
Alignment:
Q  43 tcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattcataaagcta 109  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  |||||| |||||||||||||| |||    
T  15538037 tcagagttaaaagcaagggttagtgatcattcaatctctaacatcaatttgcatattcataaaacta 15537971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 49 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 2330519 - 2330478
Alignment:
Q  49 ttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaat 90  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  2330519 ttaaaagctagggttagtagtcattcaatttctaagatcaat 2330478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 33312809 - 33312574
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33312809 ctatctctagcttgattacttaggttaaacatattacctagttcagagttaaaagtcagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 33312710  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  33312709 ataaagctagggttaatagtcgatgataaacatacataaggcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaattttcattaatgttcaatggagttc 33312610  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  33312609 aacaaattagggttcccgtaggattacatcagattc 33312574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 11279307 - 11279072
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11279307 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctagttcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatgttc 11279208  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  11279207 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaagcacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattgatattcaaaggagttc 11279108  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  11279107 aacaaattagggttcccatagggttacatcagattc 11279072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 23760039 - 23760274
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23760039 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctaattcggagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 23760138  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |  | |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  23760139 acgacgctaggattaatagtctatcataaacgtacataaggtactaagcacaaagtaatatgaataaaaactaaactttcattaatgttcaaaggagttc 23760238  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  23760239 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 23760274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 8e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 46846743 - 46846975
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  46846743 ctatctctaacttgattacttaggttaaacctattacttagttcagagttaaaagtcagggttagtgatcattcaatttccatgatcaatatgcatgttc 46846842  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |   ||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  46846843 a---agctagggttaatagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattgatattcaaaggagttc 46846939  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  46846940 aacaaattagggttcccatagggttacatcagattc 46846975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 17863525 - 17863760
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | |||||||||    
T  17863525 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcatttaatctctaagatcagtttgcatattc 17863624  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||| ||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  17863625 ataaagctagggttagtagtcaatgataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttc 17863724  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17863725 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 17863760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 17866784 - 17867019
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | |||||||||    
T  17866784 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcatttaatctctaagatcagtttgcatattc 17866883  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||| ||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  17866884 ataaagctagggttagtagtcaatgataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttc 17866983  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  17866984 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 17867019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 294679 - 294444
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  294679 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcattcaatctctaagatcaatttgcatattc 294580  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||| |||| |||||||||  || |||||||||||  | |||||||||| || ||| ||||||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||    
T  294579 ataaaactagagttaatagttcatgataaacatacaataagcattaaacataaagtaatatgaattaaaattatactttcattgatattcaaaggagttc 294480  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  294479 aacaaactagggttcccataggattacatcagattc 294444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 6966962 - 6966727
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| | || ||||||    
T  6966962 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcatttaatctctaagatcagtttgaatattc 6966863  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||| ||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  6966862 ataaagctagggttagtagtcaatgataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttc 6966763  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  6966762 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 6966727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 36222733 - 36222973
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  36222733 ctatctctaacttgattacttaggttaaatctattagctagttcagagttaaaagcgagggttagtggtcattcaatttccatgatcaatatgcatgttc 36222832  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaa-taaaaactaaactttcat------tgatgttcaaa 193  Q
    |||||||||||| || ||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||      |||| ||||||    
T  36222833 ataaagctagggctagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacacaaggtaatatgaattaaagactaaactttcattgaatatgatattcaaa 36222932  T
Q  194 ggagttcaacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36222933 -gagttcaacaaattaggattcccatagg-ttacatcagattc 36222973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 2 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 24783222 - 24782985
Alignment:
Q  2 tatctctagcttgattacta---aggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatat 98  Q
    ||||||||||||||||| ||   ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||    
T  24783222 tatctctagcttgattattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcattcaatctctaagatcaatttgcatat 24783123  T
Q  99 tcataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagt 198  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||| ||||| || ||| |||| || ||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  24783122 tcataaagctatggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcatcaaacataaagtaatatggattaaaactagactttcattgatattcaaaggagt 24783023  T
Q  199 tcaacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||    
T  24783022 tcaacaaactacggttcccataggattacatcagattc 24782985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 36843368 - 36843603
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||    
T  36843368 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccaggattagtggtcattcaatctctaacatcaatttgcatattc 36843467  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaac-atacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagtt 199  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||| ||| | || ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||    
T  36843468 ataaagctagggttagtagtcaatgataaacaatataaaaagcattaaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaa-gagtt 36843566  T
Q  200 caacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||||||||  |||||| | |||||||||| ||||    
T  36843567 caacaaattagagttcccacaagattacatcaaattc 36843603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 23107802 - 23107597
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||| |||||||||||||| ||||  |||||| |||||||||    
T  23107802 ctatctctaacttgattacttaggttaaacctattacctagttcagagtcaaaagtctgggtcagtggtcattcaatctctactatcaatttgcatattc 23107703  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||| | |||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  23107702 ataacgttagggttaatagtcgatgataaacatgcaaaaagcattaaacaaaaagtaatatgaataaagactaaactttcattgaaattcaaaggagttc 23107603  T
Q  201 aacaaa 206  Q
    ||||||    
T  23107602 aacaaa 23107597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 9765607 - 9765377
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||   |||||| ||||| |||||||||||||||||||||      ||||||| ||||||| |    
T  9765607 ctatctctagcttgattacttaagttaaacttattacctagaccagagtcaaaagtcagggttagtggtcattcaatc-----gatcaatttgcatatcc 9765513  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || || |||||||||| || ||| ||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||| |||||    
T  9765512 ataaagctagggttaatagtcgatggtaaacatgcaaaacgcattaaacataaagtaatatgaataaaaactagacttttattcatattcaaagaagttc 9765413  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||    
T  9765412 aacaaattagggttctcataggattacatcatattc 9765377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 42 - 236
Target Start/End: Original strand, 23313673 - 23313867
Alignment:
Q  42 ttcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattcataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataagg 141  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||| || |    
T  23313673 ttcagagtcaaaagccaaggttagtggtcattcaatctctaagatcaatttgcatattcataaagctagggtttgtagtcgatgataaacatacaaaaag 23313772  T
Q  142 cattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||| || |||  ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||| |||||    
T  23313773 cattaaacataaagtaacatgaataaagactagactttcattgatattcaaaggagtttaacaaattagagttcccataagattacatcggattc 23313867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 3862333 - 3862561
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||  |  ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||| || || | |||| |||     
T  3862333 ctatctctagcttaattacttaggttaaacacaccacctagttcagagtttaaagccagggttagtggtcaattaagttctaagaccagtctgcaaattt 3862432  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||       ||| || ||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| |  ||| ||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  3862433 at-------gggctagtagtcaataataaacatacacaaagcattaaaaacaagatgatataaataaaaactagactttcattgatatttaaaggagttc 3862525  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||    
T  3862526 aacaaattagggttctcataagattacattagattc 3862561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 94 - 236
Target Start/End: Original strand, 35773054 - 35773197
Alignment:
Q  94 catattcataaagctagggttaatagtctatcataaaca-tacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaa 192  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||| |||| || ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  35773054 catattcataaagttagggttagtagttgatgataaacaatacaaaaagcatttaacacaaagtaatatgaataaaaactaaactttcattgacattcaa 35773153  T
Q  193 aggagttcaacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    | ||||||||||||||||  |||  |||||||||||| ||||||    
T  35773154 atgagttcaacaaattagagttcttataggattacataagattc 35773197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0500 (Bit Score: 172; Significance: 1e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0500
Description:

Target: scaffold0500; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 2506 - 2271
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  2506 ctatctctagcttgattacttaggtcaaacctattacctagttcagagtaaaaagccagggttagtggtcatttattttctatgatcaatatgcatattc 2407  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2406 ataaagctagggttaatagttgatgataaacatacataaagcattaaacacaaagtaatatgaataaagactaaactttcattgaagttcaaaggagttc 2307  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  2306 aacaaattagggttcccgtaggattacatcagattc 2271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 172; Significance: 1e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 7423 - 7658
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  7423 ctatctctagctttattacttaggttaaacctattacctagttctgagtaaaaagccagggttagtggtcaatcaaattctatgatcaatatgcatattc 7522  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7523 ataaagctagggttaatagtcgatgataaacatacataaagcattaaactcaaagtaatatgaataaaaactaaactttcatttatgttcaaaggagttc 7622  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  7623 aacaaattagggttcccgtaggattacatcagattc 7658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13493077 - 13492847
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  13493077 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcattcaatctctaagatcaatttgcatattc 13492978  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  13492977 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatattcaaaggagttc 13492878  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatca 231  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  13492877 aacaaactagggttcccataagattacatca 13492847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13495802 - 13495572
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  13495802 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagctagggttagtggtcattcaatctctaagatcaatttgcatattc 13495703  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  13495702 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatattcaaaggagttc 13495603  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatca 231  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  13495602 aacaaactagggttcccataggattacatca 13495572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 27282538 - 27282773
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | |||||||    
T  27282538 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaatccagggttagtggtcattcaatctctaagatcaattttcatattc 27282637  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| || | |||||||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  27282638 ataaagctagggttagtagtcgatgataaagatacaaaaaggattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatattcaaaggtgttc 27282737  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  27282738 aacaaattagggttcccataggattatatcagattc 27282773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 34066159 - 34065929
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||    
T  34066159 ctatctctaacttgattacttaggttaaacttattacctaggtcagagtcaaaagccagggttagtggtcatttaatctctaagatcaatttgcatattc 34066060  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || |||||| |||| || |||||||||| || ||| ||||||| ||||||| | |||||||||| ||||||  |||||    
T  34066059 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacgtacaaaaagcattaaacataacgtaatatgaattaaaactagattttcattgatattcaaaaaagttc 34065960  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatca 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34065959 aacaaattaggattcccataagattacatca 34065929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 16190602 - 16190842
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||||| |||||||||    
T  16190602 ctatctctaacttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagttaaaagccaaggttagtggtcatccaatctctaggatcaatttgcatattc 16190701  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttc-----aaagg 195  Q
    ||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||| || ||| ||| ||| ||||||| |||||||||||| |||     |||||    
T  16190702 ataaagctaaggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatataaattaaaactagactttcattgatattcaaattaaagg 16190801  T
Q  196 agttcaacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  16190802 agttcaacaaattagggttcctataagattacatcagattc 16190842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 32506285 - 32506519
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||||||    
T  32506285 ctatctctagcttgattacttaagttaaacttattacctagatcagagtcaaaagtcagggttagtggtcattcaatctctaagatcgatttgcatattc 32506384  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttc--aaaggagt 198  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||  ||||||||| || ||| |||   | ||||||| |||||||||||| |||  ||||||||    
T  32506385 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaaacattaaacataaagtaatat---ttaaaactagactttcattgatattcaaaaaggagt 32506481  T
Q  199 tcaacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32506482 tcaacaaactagggttcccataggattacatcagattc 32506519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 1936442 - 1936207
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||   ||| | |  ||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||| | |||||||    
T  1936442 ctatctctagcatgattacttaggttaaacttattacctggatcaaattcgaaagccatggttagtggtcatttaatctctaagatcaattttcatattc 1936343  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||| || ||| ||||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||    
T  1936342 ataaagttagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagacttccattgatattcaaaggagttc 1936243  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||    
T  1936242 aacaaattatggttcccataagattacatgagattc 1936207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 157
Target Start/End: Original strand, 22104800 - 22104956
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22104800 ctatctctagcttgattacttaggttaaacctattacatagttcagagttaaaaaccagaattagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 22104899  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggta 157  Q
    |||||||||| |||| ||||| || |||||| |||| ||  ||||||||||||||||    
T  22104900 ataaagctagagttagtagtcgatgataaacctacacaaaacattaaacacaaggta 22104956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 3 - 236
Target Start/End: Original strand, 23990521 - 23990753
Alignment:
Q  3 atctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttct--at--gatcaatatgcatat 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||  ||||||| |||||||    
T  23990521 atctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaagccagggttagtggtcattcaatctcttaattagatcaatttgcatat 23990620  T
Q  99 tcataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagt 198  Q
    |||||||||     ||| ||||| || ||||||||||| ||  |||| || | ||  || | ||||| ||||||| |||||| |  || |||| ||||||    
T  23990621 tcataaagc-----ttagtagtcaatgataaacatacaaaaaacattgaagataatataatgtgaattaaaactagactttcttaaatattcagaggagt 23990715  T
Q  199 tcaacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||| |||||||||    
T  23990716 tcaacaaattagtgttcccataagattaaatcagattc 23990753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 126 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 10759811 - 10759701
Alignment:
Q  126 ataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattaggattcccataggatt 225  Q
    ||||||||||| || |||| ||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10759811 ataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 10759712  T
Q  226 acatcagattc 236  Q
    |||||||||||    
T  10759711 acatcagattc 10759701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Original strand, 22456921 - 22457123
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||    
T  22456921 ctatctcttgcttaattacttaggttaaacctattacctaaaacagagtcaaaagtcagggctagtggtcattcaagttctaagatcagtttgcatattc 22457020  T
Q  101 ataaa-gctagggttaatagtc--tatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggag 197  Q
    | ||| ||||| | || |||||  ||| ||||||||||| |   |||| |||| |||||| ||||||| ||||||| |||| |||| |  ||||| ||||    
T  22457021 aaaaacgctagtgctagtagtcaatataataaacatacaaacaacattgaaca-aaggtaatatgaattaaaactagacttccattaaaattcaagggag 22457119  T
Q  198 ttca 201  Q
    ||||    
T  22457120 ttca 22457123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 76
Target Start/End: Original strand, 22453566 - 22453641
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaa 76  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  22453566 ctatctctagcttaattacttaggttaaacctattacctaaatcagagtcaaaagccagggctagtggtcattcaa 22453641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 21153070 - 21152871
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||  |||| ||||  ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| | ||||| | || ||||    
T  21153070 ctatctctagcttaattacttaggttaaatatattccctagatcagagtcaaaagtcagggctagtggtcattcaagttctaagttcaatttacacattc 21152971  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |  | ||||| | || ||||| |||||||||||| | |   ||||||||| |||| | |||||||  |||||| |||||||||||| ||||| |||||||    
T  21152970 aagatgctagtgctagtagtcaatcataaacatataaacaacattaaacagaaggaaatatgaat-taaactagactttcattgatattcaagggagttc 21152872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 15297147 - 15297047
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||||  ||||| | ||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  15297147 ctatctctaacttaattacttaggttaaaactattacctagatcagattcaaaagccagagctagtggtcattcaagttctaagatcaatttgcatattc 15297048  T
Q  101 a 101  Q
    |    
T  15297047 a 15297047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 39546057 - 39545983
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattca 75  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||  ||||||| |||| |||  |||||| ||||||||    
T  39546057 ctatctctagcttgattacttaagttaaacttattacctagatcagagtcaaaatccattgttagttgtcattca 39545983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0665 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0665
Description:

Target: scaffold0665; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 75 - 310
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| |||| ||||||||||| |||||| ||| |||| ||||| | |||||||||    
T  75 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagatcagagtcaaaaaccagggttagtagtcatttaatctctaagatcagtttgcatattc 174  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||| ||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  175 ataaagctagggttagtagtcaatgataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttc 274  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  275 aacaaattagggttcccataggattacatcagattc 310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0567 (Bit Score: 128; Significance: 3e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0567
Description:

Target: scaffold0567; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 6241 - 6475
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||| ||||||||| || |||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  6241 ctatctctaggttgattacttagattaaacttattacctagttcagagtcaaaagtcagggttagtggtcattcaatctctaagatcaatttgcatattc 6340  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || |||||||||| || |||  ||||||||| |||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  6341 ataaagctagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaacatgaataaacact-gactttcattgatattcaaaggagttc 6439  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  6440 aacaaattaaggttcccataagattacatcagattc 6475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0352 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0352
Description:

Target: scaffold0352; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 3034 - 3273
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  3034 ctatctctagcttgattacttaggttaaacgtattacctagttcagagttgaaagccatggttagtgttcattcaaattctgtgatcaatttgcatattc 3133  T
Q  101 at-aaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacaca---aggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaagga 196  Q
    || ||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||  |||||||||||   | ||| ||||| |||| |||||||||||||| |  |||||| ||    
T  3134 ataaaagctagggttagtagtcgatgataaacatacaaaaaacattaaacacaaagaagtaatatgagtaaagactaaactttcatttaaattcaaatga 3233  T
Q  197 gttcaacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||    
T  3234 gttcaacaaattaggatttccataagattacataagattc 3273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 130
Target Start/End: Original strand, 24615 - 24743
Alignment:
Q  2 tatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattca 101  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24615 tatctctagcttgattacttaggttaaacctattacctggttcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattca 24714  T
Q  102 taaagctagggttaatagtctatcataaa 130  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24715 taaagctatggttaatagtctatcataaa 24743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 112; Significance: 9e-57; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 236
Target Start/End: Original strand, 12575730 - 12575965
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    ||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||   ||| ||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  12575730 ctatctctaacttgattacttatgttaaacctattaccttgatcaaagtcaaaagccaaggttagtagtcattcaatctctaagatcaatttgcatattc 12575829  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    |||||| ||||| || | ||  || ||||| ||||| || || || ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  12575830 ataaagttagggctagttgttgatgataaagatacaaaaagcgttgaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgatattcaaaggagttc 12575929  T
Q  201 aacaaattaggattcccataggattacatcagattc 236  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  12575930 aacaaattagggttcctataggattacatcagattc 12575965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 13096836 - 13096614
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaag-ccagg-gttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatat 98  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||    
T  13096836 ctatctctagcttgattacttagcttaaacttattacctaggtcagagttaaaaggccaggagttagtgatcattcaatctctaagatcaatttgcatat 13096737  T
Q  99 tcataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagt 198  Q
    |||||||||||||| || ||||| || ||||||||||| || |||||||||          || ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  13096736 tcataaagctagggatagtagtcgatgataaacataca-aaagcattaaac----------atcaattaaaactagactttcattgatattcaaaggagt 13096648  T
Q  199 tcaacaaattaggattcccataggattacatcag 232  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  13096647 tcaataaatcagggttcccataggattacatcag 13096614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 44008116 - 44007909
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaatatgcatattc 100  Q
    |||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||| || |||| ||||||||| |||| | ||||| ||||| |||    
T  44008116 ctatttctagcttgattagttaggttaaacttattacctagttcagaatcaaaagccagagtcagtgttcattcaatctctacggtcaatttgcattttc 44008017  T
Q  101 ataaagctagggttaatagtctatcataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttc 200  Q
    ||||||||||||| ||||||| || ||||||||| | || |||||||||| |  ||| || ||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||    
T  44008016 ataaagctagggtcaatagtcgatgataaacata-aaaaagcattaaacaaagagtaataagaataaagactaaactttaattgaaattcaaaggagttc 44007918  T
Q  201 aacaaatta 209  Q
    |||||||||    
T  44007917 aacaaatta 44007909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 126 - 211
Target Start/End: Original strand, 41779232 - 41779317
Alignment:
Q  126 ataaacatacataaggcattaaacacaaggtagtatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattagg 211  Q
    ||||||||||| || |||||||||| || |||  ||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  41779232 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaacatggataaagactaaactttcattgatatttaaaggagttcaacaaattagg 41779317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Original strand, 41779165 - 41779213
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagt 49  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  41779165 ctatctctagcttgattacttaggttaaacttattacctagttcagagt 41779213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 42 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 13331985 - 13331937
Alignment:
Q  42 ttcagagttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaat 90  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  13331985 ttcagaattaaaagctagggttagtagtcattcaattcctaagatcaat 13331937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 64; Significance: 4e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 9677 - 9606
Alignment:
Q  1 ctatctctagcttgattactaaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcat 72  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9677 ctatctttagcttgattacttaggttaaacctattacctaattcagagttaaaagccagggttagtggtcat 9606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 49 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 7127 - 7086
Alignment:
Q  49 ttaaaagccagggttagtggtcattcaatttctatgatcaat 90  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  7127 ttaaaagctagggttagtagtcattcaatttctaagatcaat 7086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University