View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12953_low_9 (Length: 545)

Name: NF12953_low_9
Description: NF12953
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12953_low_9
NF12953_low_9
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (18-390)||(27282662-27283029)
chr1 (18-304)||(1936040-1936318)
chr1 (18-318)||(16190726-16191021)
chr1 (18-313)||(10759527-10759812)
chr1 (18-313)||(13495392-13495678)
chr1 (18-304)||(32506409-32506687)
chr1 (18-313)||(13492668-13492953)
chr1 (18-151)||(34065902-34066035)
chr1 (208-313)||(15296738-15296842)
chr1 (95-187)||(15296855-15296946)
chr1 (18-130)||(23990642-23990754)
chr1 (19-166)||(49147644-49147797)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (18-190)||(12575854-12576026)
chr8 (18-146)||(41779231-41779349)
chr8 (64-145)||(13096594-13096675)
chr8 (18-123)||(44007889-44007992)
chr8 (228-349)||(12578282-12578402)
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (25-340)||(22159122-22159427)
chr5 (18-341)||(14616983-14617295)
chr5 (18-313)||(34405254-34405539)
chr5 (18-126)||(11989372-11989480)
chr5 (19-190)||(33574606-33574778)
chr5 (18-190)||(26712900-26713069)
chr5 (18-190)||(26982638-26982807)
chr5 (19-190)||(15532756-15532928)
chr5 (19-190)||(15542938-15543110)
chr5 (18-133)||(7650502-7650610)
chr5 (208-293)||(26713079-26713163)
chr5 (208-293)||(26982817-26982901)
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (25-318)||(1837874-1838157)
chr6 (25-313)||(15534494-15534772)
chr6 (25-313)||(19665226-19665504)
chr6 (18-304)||(32426781-32427059)
chr6 (18-313)||(14790024-14790309)
chr6 (18-313)||(14795052-14795337)
chr6 (25-313)||(15537689-15537966)
chr6 (18-304)||(32704809-32705086)
chr6 (18-145)||(20527717-20527844)
chr6 (18-144)||(16883241-16883367)
chr6 (19-189)||(13017745-13017916)
chr6 (19-190)||(22221242-22221413)
chr6 (208-390)||(32426513-32426694)
chr6 (64-187)||(7770001-7770124)
chr6 (19-190)||(22247077-22247248)
chr6 (208-304)||(7770137-7770233)
chr6 (118-166)||(12984042-12984090)
chr6 (153-188)||(32426706-32426741)
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (18-313)||(17863649-17863934)
chr7 (18-313)||(6966553-6966838)
chr7 (18-313)||(17866908-17867193)
chr7 (18-190)||(24782924-24783096)
chr7 (18-288)||(294293-294555)
chr7 (25-313)||(35773093-35773371)
chr7 (18-146)||(23313756-23313884)
chr7 (18-293)||(11278916-11279183)
chr7 (19-183)||(3862451-3862615)
chr7 (20-166)||(9765340-9765486)
chr7 (18-133)||(46846864-46846979)
chr7 (18-151)||(23107548-23107678)
chr7 (45-190)||(23760190-23760336)
chr7 (18-175)||(33312527-33312685)
chr7 (29-151)||(36843504-36843625)
chr7 (18-130)||(36222857-36222974)
chr7 (208-272)||(24782850-24782914)
chr7 (208-293)||(33312427-33312511)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (27-318)||(36326320-36326606)
chr2 (18-304)||(32576241-32576518)
chr2 (18-365)||(40017330-40017668)
chr2 (18-288)||(13709500-13709761)
chr2 (19-190)||(31527907-31528079)
chr2 (18-114)||(23673899-23673995)
chr2 (78-190)||(31626065-31626178)
chr2 (65-187)||(8426515-8426638)
chr2 (207-293)||(31625971-31626056)
chr2 (208-304)||(8426407-8426503)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (18-313)||(647758-648043)
chr4 (25-190)||(26063255-26063420)
chr4 (18-313)||(651030-651316)
chr4 (19-190)||(12171500-12171672)
chr4 (18-145)||(26060151-26060278)
chr4 (19-145)||(2541449-2541574)
chr4 (19-178)||(16927182-16927340)
chr4 (208-248)||(26063430-26063470)
[»] scaffold0665 (1 HSPs)
scaffold0665 (18-313)||(199-484)
[»] scaffold0352 (1 HSPs)
scaffold0352 (18-520)||(3159-3654)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (73-288)||(31878278-31878487)
chr3 (19-190)||(11139124-11139296)
chr3 (19-190)||(22626868-22627040)
chr3 (18-190)||(39564064-39564233)
chr3 (25-151)||(13979048-13979174)
chr3 (35-187)||(35365901-35366051)
chr3 (19-187)||(47411713-47411880)
chr3 (208-269)||(1096953-1097014)
chr3 (208-304)||(35365792-35365888)
chr3 (233-300)||(47411619-47411686)
chr3 (208-293)||(39564243-39564327)
chr3 (110-190)||(1096863-1096943)
chr3 (208-293)||(11139307-11139391)
chr3 (208-293)||(22627050-22627134)
[»] scaffold0500 (2 HSPs)
scaffold0500 (18-190)||(2209-2382)
scaffold0500 (208-293)||(2115-2199)
[»] scaffold0567 (1 HSPs)
scaffold0567 (18-146)||(6365-6492)
[»] scaffold0063 (1 HSPs)
scaffold0063 (18-190)||(7547-7720)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (110-190)||(9527-9608)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 165; Significance: 5e-88; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 18 - 390
Target Start/End: Original strand, 27282662 - 27283029
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27282662 gataaagatacaaaaaggattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatattcaaaggtgttcaacaaattagggttcccataggat 27282761  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    || ||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                 ||||||||||    
T  27282762 tatatcagattcatctcaggattaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactcacataaaaaaaaaaaaaa---gattcataca 27282858  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaactctt 317  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||    
T  27282859 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatctacaaagcctccgctcc-aaatatgtcttttctctct-aaaatcgtgaaccatt 27282956  T
Q  318 attccaaaaacacacttttctataaataggccaataaaaatcggcccctgagcccacaaaatcggtgcccgaa 390  Q
    ||  ||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||    
T  27282957 atgtcaaaaacgcacttttctatatataggccacttaaaatcggccctagagcccttaaaatcggtgcccgaa 27283029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 1936318 - 1936040
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  1936318 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagacttccattgatattcaaaggagttcaacaaattatggttcccataagat 1936219  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||                 |||||||||     
T  1936218 tacatgagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaccatagaaacaag--------gattcatacg 1936127  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaa 304  Q
     ||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||  | ||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1936126 agtattagatgactgaatatgagttttgattgtctcccaccagatatgcaaagcctccgctccaaaatatgtcttttctctctaaaa 1936040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 18 - 318
Target Start/End: Original strand, 16190726 - 16191021
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaa-----ggagttcaacaaattagggttcccat 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||  |||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||| ||    
T  16190726 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatataaattaaaactagactttcattgatattcaaattaaaggagttcaacaaattagggttcctat 16190825  T
Q  113 aggattacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattc 212  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||                 |||||    
T  16190826 aagattacatcagattcatctaagactcaaccacaaatagattagttacttatagctaaagtaaacgataactaacataaaaacaag--------gattc 16190917  T
Q  213 atacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  16190918 atacatgtattggatgattgactatgaattttgatggttgcccaccagatctgcaaagcctccgctccaaaatatg-cttttctctct-aaaatcgtgaa 16191015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 10759812 - 10759527
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10759812 gataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 10759713  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||                 |||||||| |    
T  10759712 tacatcagattcatctcaagcttaaccataaagagattagttactcataactacagtacaagataactcacataaaatcaag--------gattcatata 10759621  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10759620 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatcttcaaagcctccgctcc-aaatatgtcttttctctct-aaaatcgtgaac 10759527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 13495678 - 13495392
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13495678 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaactagggttcccataggat 13495579  T
Q  118 tacatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatac 216  Q
    ||||||| ||| |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||                 |||||||||    
T  13495578 tacatcatatttatctcaagt-ttaaccacaaagagattagttactcataactaaagtacaagacaactcacataaaaacaag--------gattcatac 13495488  T
Q  217 atgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||  | ||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  13495487 atgtattggataattgactatgagttgtgttggtctcccaccaaatctacaaagcccccgctcc-aaatatgccttttctctcataaaatcgtgaac 13495392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Original strand, 32506409 - 32506687
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaa--ggagttcaacaaattagggttcccatagg 115  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||   |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32506409 gataaacatacaaaaaacattaaacataaagtaatatttaaaa---ctagactttcattgatattcaaaaaggagttcaacaaactagggttcccatagg 32506505  T
Q  116 attacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcata 215  Q
    |||||||||||||||||| |  || || ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |                 ||||||||    
T  32506506 attacatcagattcatctcaagcttaatcacaaaagaattagttactcatagctaaagtacaagataactaacgtaaaaacaag--------gattcata 32506597  T
Q  216 catgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctcc-aaaatatgtcttttctctctaaaa 304  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32506598 cgtgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcccaccagatctccaaagcctccgctccaaaaatatgtcttttctctctaaaa 32506687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 13492953 - 13492668
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  13492953 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaactagggttcccataagat 13492854  T
Q  118 tacatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatac 216  Q
    ||||||| ||| |||| |||| | |||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| |||| ||||                 |||||||||    
T  13492853 tacatcaaatttatctcaagt-ttaaccacaaagagattaattactcataaataaagtacaagaaaactcacataaaaacaag--------gattcatac 13492763  T
Q  217 atgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||  | ||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||    
T  13492762 atgtattggataattgactatgagttgtgttggtctcccaccaaatctacaaagcccccgctcc-aaatatgctttttctctct-aaaatcgtgaac 13492668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 34066035 - 34065902
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || ||  ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  34066035 gataaacgtacaaaaagcattaaacataacgtaatatgaattaaaactagattttcattgatattcaaaaaagttcaacaaattaggattcccataagat 34065936  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaaga 151  Q
    |||||||  |||||| |||||| |||||||||||    
T  34065935 tacatcaagttcatcaaagtcttaaccacaaaga 34065902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 208 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 15296842 - 15296738
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatc 307  Q
    ||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||    |||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  15296842 gattcatacgtgtattggataacttactatgagttttgatggtctcccaccagatctgcaaagctttagctccataatatgtcttttctctct-aaaatc 15296744  T
Q  308 gtgaac 313  Q
    ||||||    
T  15296743 gtgaac 15296738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 15296946 - 15296855
Alignment:
Q  95 acaaattagggttcccataggattacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaa 187  Q
    |||||||||| |||| || | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||  |||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  15296946 acaaattaggtttcc-atggaattacatcagattcatctagatctcaaccacaaagaggttgattacgcatatctaaagtacaagataactaa 15296855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 130
Target Start/End: Original strand, 23990642 - 23990754
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||| |||| || ||||  |||| || || ||  |||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  23990642 gataaacatacaaaaaacattgaagataatataatgtgaattaaaactagactttcttaaatattcagaggagttcaacaaattagtgttcccataagat 23990741  T
Q  118 tacatcagattca 130  Q
    || ||||||||||    
T  23990742 taaatcagattca 23990754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 49147797 - 49147644
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttca-------acaaattagggttccca 111  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| || |||||||| || ||  |||||||| |||| | |||||| ||| ||||       |||||||||| |||| |    
T  49147797 ataaacatacaaacaacattaaacacaaggtaatatgaattaaaactagacttccattaaaattcaagggaattcatacaaatacaaattaggtttcc-a 49147699  T
Q  112 taggattacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcata 166  Q
    |||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  49147698 tagagctacatcagattcatctaggtctcaaccacaaagaaattagctactcata 49147644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 190
Target Start/End: Original strand, 12575854 - 12576026
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||| ||||||||||| || |||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12575854 gataaagatacaaaaagcgttgaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcctataggat 12575953  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12575954 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatcgctaaagtacaagataactaacat 12576026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 146
Target Start/End: Original strand, 41779231 - 41779349
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||          ||||    
T  41779231 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaacatggataaagactaaactttcattgatatttaaaggagttcaacaaattag----------ggat 41779320  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccac 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41779321 tacatcagattcatctaagtctcaaccac 41779349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 64 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 13096675 - 13096594
Alignment:
Q  64 ctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatcagattcatctaagtctcaacca 145  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13096675 ctagactttcattgatattcaaaggagttcaataaatcagggttcccataggattacatcaggttcatctaagtctcaacca 13096594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 44007992 - 44007889
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| | |||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||    
T  44007992 gataaacata-aaaaagcattaaacaaagagtaataagaataaagactaaactttaattgaaattcaaaggagttcaacaaattaagg-aaccataggat 44007895  T
Q  118 tacatc 123  Q
    ||||||    
T  44007894 tacatc 44007889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 228 - 349
Target Start/End: Original strand, 12578282 - 12578402
Alignment:
Q  228 gattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaactcttattccaaaaa 327  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||  || |||||||| ||| |||   |||| |||| |||||||| ||||||   ||||    
T  12578282 gattgactatgagttttgatggttgcccatcagatctgcaaagcttctactccaaaacatgccttaggtctc-aaaattcgtgaacccttatttagaaaa 12578380  T
Q  328 cacacttttctataaataggcc 349  Q
    |  ||||||| ||| |||||||    
T  12578381 cggacttttcaatatataggcc 12578402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 25 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 22159427 - 22159122
Alignment:
Q  25 atacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatca 124  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  22159427 atacaaaaagcattaaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaaggagttcaacaaattagggttcccgtaggattacatcg 22159328  T
Q  125 gattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatacatgtattg 224  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||                 |||||||||||||||||    
T  22159327 gattcatctcattctcaaccacaaagagattagttactcataactaaagtacaagataactcacataaaaacaag--------gattcatacatgtattg 22159236  T
Q  225 gatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaactcttattccaa 324  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |  | ||||| |||| ||||||| || |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| |   |    
T  22159235 gatgattgactatgagttgtgatgctctcccaccaaatctacaaagcctctactcc-aaatatctcttttctctct-aaaatcgtgaacccttactttga 22159138  T
Q  325 aaacacacttttctat 340  Q
    ||||| ||||||||||    
T  22159137 aaacaaacttttctat 22159122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 341
Target Start/End: Original strand, 14616983 - 14617295
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  14616983 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatatttaaaggagttcaacaaactagggttctcataggat 14617082  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    ||||||| |||||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||                 ||||||||||    
T  14617083 tacatcatattcatctcaagcttaaccagaaagagattagttactcataactaaagtacaagataactcacataaaaacaag--------gattcataca 14617174  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaactctt 317  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||||| ||| |  |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||    
T  14617175 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatctacaaagcccccgct-cgtaatatgccttttctctct-aaaatcgtgaaccctt 14617272  T
Q  318 attccaaaaacacacttttctata 341  Q
    |||   |||||| |||||||||||    
T  14617273 att-tgaaaacagacttttctata 14617295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 34405539 - 34405254
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34405539 gataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 34405440  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||                 |||||||| |    
T  34405439 tacatcagattcatctcaagctgaaccataaagagattagttactcataactacagtacaagataactcacataaaatcaag--------gattcatata 34405348  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  34405347 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatcttcaaagcctccgctcc-aaatatgccttttctctct-aaaatcgtgaac 34405254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 18 - 126
Target Start/End: Original strand, 11989372 - 11989480
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  11989372 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaataaaaactagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataaaat 11989471  T
Q  118 tacatcaga 126  Q
    |||||||||    
T  11989472 tacatcaga 11989480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 33574778 - 33574606
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    ||||||||||| || |||||||||| || |||||||| |||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33574778 ataaacatacataaggcattaaacacaaggtaatatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattagggttcccatagggtt 33574679  T
Q  119 acatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||||||| | |  | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  33574678 acatcagattcatctcaggaattaaccacaaaagaattagttactcatagctaaagtataagctaactaacat 33574606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 190
Target Start/End: Original strand, 26712900 - 26713069
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  26712900 gataaacatacataaagcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattagggtt-ccgtaggat 26712998  T
Q  118 tacatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||| |||| | |  | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26712999 tacatcagatttatctcaggaattaaccacaaa---attagttactcatagctaaagtataagctaactaacat 26713069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 18 - 190
Target Start/End: Original strand, 26982638 - 26982807
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  26982638 gataaacatacataaagcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattagggtt-ccgtaggat 26982736  T
Q  118 tacatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||| |||| | |  | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26982737 tacatcagatttatctcaggaattaaccacaaa---attagttactcatagctaaagtataagctaactaacat 26982807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 190
Target Start/End: Original strand, 15532756 - 15532928
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    |||||| |||| || ||||||| || ||||||||| | |||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15532756 ataaacgtacataaggcattaagcacaaagtaataagaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattagggttcccatagggtt 15532855  T
Q  119 acatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||||||| | |  | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  15532856 acatcagattcatctcatgaattaaccacaaaagaattagttactcatagctaaagtataagctaactaacat 15532928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 190
Target Start/End: Original strand, 15542938 - 15543110
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    |||||| |||| || ||||||| || ||||||||| | |||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15542938 ataaacgtacataaggcattaagcacaaagtaataagaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattagggttcccatagggtt 15543037  T
Q  119 acatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||||||| | |  | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  15543038 acatcagattcatctcatgaattaaccacaaaagaattagttactcatagctaaagtataagctaactaacat 15543110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 7650502 - 7650610
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  7650502 gataaacatacaaaaaacattaaacataaagtaacatgaataaagactagactttcattgatatt------agttcaacaaattagggtt-ccataaaat 7650594  T
Q  118 tacatcagattcatct 133  Q
    ||||||| ||||||||    
T  7650595 tacatcaaattcatct 7650610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 208 - 293
Target Start/End: Original strand, 26713079 - 26713163
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttt 293  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||| | ||||| |||| | ||| | ||||||||||||||| ||||    
T  26713079 gattcatacatgtaaaggatgattgactcttagttttgatggtttcccaccagatct-ccaagtctctgctccaaaatatgccttt 26713163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 208 - 293
Target Start/End: Original strand, 26982817 - 26982901
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttt 293  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||| | ||||| |||| | ||| | ||||||||||||||| ||||    
T  26982817 gattcatacatgtaaaggatgattgactcttagttttgatggtttcccaccagatct-ccaagtctctgctccaaaatatgccttt 26982901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 25 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 1838157 - 1837874
Alignment:
Q  25 atacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatca 124  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  1838157 atacaaaaagcatttaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaaggagttcaataaattagggttcccataggattacatca 1838058  T
Q  125 gattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatacatgtattg 224  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||                 | |||||||||||||||    
T  1838057 gattcatctcagtctcaaccacaaagagattagttactcatatctaaagtacaagataactcacataaaaataag--------gtttcatacatgtattg 1837966  T
Q  225 gatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaactctta 318  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  1837965 gatgattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatctacaaagcctccgctcc-aattatctcttttctctct-aaaatcgtgaaccctta 1837874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 25 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 15534772 - 15534494
Alignment:
Q  25 atacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatca 124  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15534772 atacaaaaagcatttaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatca 15534673  T
Q  125 gattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatacatgtattg 224  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||                 |||||||| ||||||||    
T  15534672 gattcatctcaatctcaaccacaaagagattagttactcatatctaaagtacaagataactcacataaaaacaag--------gattcatatatgtattg 15534581  T
Q  225 gatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  15534580 gatgattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatctacaaagcctccgctcc-aattatctcttttctctct-aaaatcgtgaac 15534494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 25 - 313
Target Start/End: Original strand, 19665226 - 19665504
Alignment:
Q  25 atacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatca 124  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665226 atacaaaaagcatttaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaatgagttcaacaaattagggttcccataggattacatca 19665325  T
Q  125 gattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatacatgtattg 224  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||                 |||||||||||||||||    
T  19665326 gattcatctcagtctcaaccacaaagagattagttactcatatataaagtacaagataactcacataaaaacaag--------gattcatacatgtattg 19665417  T
Q  225 gatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  19665418 gatgattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatctacaaagcctccgctcc-aattatctcttttctctct-aaaatcgtgaac 19665504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 32427059 - 32426781
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  32427059 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatataaattaaaactagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaactagggttctcataggat 32426960  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    || |||| |||||||| |  || |||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |                 ||||||||||    
T  32426959 tatatcatattcatctcaagcttaaccacaaaagaattagttactcctagctaaagtacaagataactaacgtaaaaacaag--------gattcataca 32426868  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaa 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| | | ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  32426867 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcccaccagatctccaaagtctccgctccaaaatatgccttttctctctaaaa 32426781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 14790309 - 14790024
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14790309 gataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 14790210  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||                 ||||||||||    
T  14790209 tacatcagattcatctcaagcttaaccataaagagattagttactcataactacagtacaagataactcacataaaatcaag--------gattcataca 14790118  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  14790117 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatcttcaaagcctccgctcc-aaatatgccttttctctct-aaaatcgtgaac 14790024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 14795337 - 14795052
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14795337 gataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 14795238  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    |||||||||||||||| |  || |||||  ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||                 ||||||||||    
T  14795237 tacatcagattcatctcaagcttaaccatgaagagattagttactcataactacagtacaagataactcacataaaatcaag--------gattcataca 14795146  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||| | |||| ||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  14795145 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccacaaaatcttcaaagcctccgctcc-aaatatgccttttctctct-aaaatcgtgaac 14795052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 25 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 15537966 - 15537689
Alignment:
Q  25 atacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatca 124  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15537966 atacaaaaagcattaa-cataaagtactatgaataaaaattagactttcattgacattcaaaggagttcaacaaattagggttcccatatgattacatca 15537868  T
Q  125 gattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatacatgtattg 224  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||                 || |||||||||||||     
T  15537867 aattcatctcagtctcaaccacaaagagattagttactcatatctaatgtacaagataactcacataaaaacaag--------gagtcatacatgtatta 15537776  T
Q  225 gatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||  | ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  15537775 gatgattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatctacaaagcttccgctcc-aaatatctcttttctctct-aaaatcgtgaac 15537689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Original strand, 32704809 - 32705086
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32704809 gataaacatacaaaaaacattaaacataaagtaattgacttaaaa-ctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 32704907  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||                 ||||||||||    
T  32704908 tacatcagattcatctcaagcttaaccataaagagattagttactcataactacagtacaagataactcacataaaatcaag--------gattcataca 32704999  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgc-aaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaa 304  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| | |||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  32705000 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatcttcaaaagcctccgctcc-aaatatgccttttctctctaaaa 32705086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 145
Target Start/End: Original strand, 20527717 - 20527844
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||    
T  20527717 gataaacatacaaaaagcattaaatataaagtaatatgaataaagattagactttcattgatattcaaaggagttcaacacattaaggttcccataaaat 20527816  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaacca 145  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20527817 tacatcagattcatctaggtctcaacca 20527844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 16883367 - 16883241
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||    
T  16883367 gataaacatacaaaaagcattaaagataaagtaacatgaataaagactagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttctcataaaat 16883268  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaacc 144  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||    
T  16883267 tacatcagattcatttaagtcttaacc 16883241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 189
Target Start/End: Original strand, 13017745 - 13017916
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    |||||| |||| || ||||||| || ||||||||||| |||||  ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13017745 ataaacgtacataaggcattaagcacaaagtaatatgaataaaaactaaactttcatttatgttcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 13017844  T
Q  119 acatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaaca 189  Q
    ||||||||||||||| | |  | |||||||||   ||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  13017845 acatcagattcatctcaggaattaaccacaaaagaattagttactcatagctaacgtataagctaactaaca 13017916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 19 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 22221413 - 22221242
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    ||||||||||| || |||||||||| || |||||||| |||||  ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22221413 ataaacatacataaggcattaaacacaaggtaatatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaagagttcaacaaattagggtt-ccataggatt 22221315  T
Q  119 acatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||||||| | |  | |||||||||   |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  22221314 acatcagattcatctcaggaattaaccacaaaagaattagttactcatagcgaaagtataagctaactaacat 22221242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 208 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 32426694 - 32426513
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatc 307  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| | | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  32426694 gattcatacgtgtattggatgattgactatgagttttgatggttgctcaccagatctccaaagtctccgctccaaaatatgccttttctctct-aaaatc 32426596  T
Q  308 gtgaactcttattccaaaaacacacttttctataaataggccaataaaaatcggcccctgagcccacaaaatcggtgcccgaa 390  Q
    |||||| |||||||  |||||  ||||||   || |||||||  | |||||||||||| ||||    ||||||||||||||||    
T  32426595 gtgaacccttattctgaaaacggacttttgattatataggcctgtgaaaatcggcccccgagctataaaaatcggtgcccgaa 32426513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 64 - 187
Target Start/End: Original strand, 7770001 - 7770124
Alignment:
Q  64 ctagactttcattgatattcaaaggagttca-acaaattagggttcccataggattacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttact 162  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  | | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7770001 ctagactttcattgatattcaagggagttcatacaaattaggtattc-atggaattacatcagattcatctaagtctcaaccacaaggagattagttact 7770099  T
Q  163 catagctaaagtacaagataactaa 187  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||    
T  7770100 catagataaagtacaagatagctaa 7770124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 19 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 22247248 - 22247077
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    ||||||||||| || |||||||||| || |||||||| |||||  | | |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22247248 ataaacatacataaggcattaaacacaaggtaatatgaataaaaaccaaactttcattgatgttcaaaagagttcaacaaattagggtt-ccataggatt 22247150  T
Q  119 acatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||||||| | |  | |||||||||   |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  22247149 acatcagattcatctcaggaattaaccacaaaagaattagttactcatagcgaaagtataagctaactaacat 22247077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 208 - 304
Target Start/End: Original strand, 7770137 - 7770233
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaa 304  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||  | ||||| || ||||||||  |  ||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  7770137 gattcatacatgtattggataactgactatgtgttttgatggtctcccaccagatttgcaaagcatcaactctaaaatatgtgttttctctctaaaa 7770233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 118 - 166
Target Start/End: Original strand, 12984042 - 12984090
Alignment:
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcata 166  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  12984042 tacatcagattcatctaggtctcaaccacaaagaaattagctactcata 12984090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 153 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 32426741 - 32426706
Alignment:
Q  153 attagttactcatagctaaagtacaagataactaac 188  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32426741 attagttactcctagctaaagtacaagataactaac 32426706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 132; Significance: 3e-68; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Original strand, 17863649 - 17863934
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17863649 gataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 17863748  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||                 ||||||||||    
T  17863749 tacatcagattcatctcaagcttaaccataaagagattagttactcataactacagtacaagataactcacataaaatcaag--------gattcataca 17863840  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17863841 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatcttcaaagcctccgctcc-aaatatgtcttttctctct-aaaatcgtgaac 17863934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 6966838 - 6966553
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6966838 gataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 6966739  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||                 ||||||||||    
T  6966738 tacatcagattcatctcaagcttaaccataaagagattagttactcataactacagtacaagataactcacataaaatcaag--------gattcataca 6966647  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  6966646 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatcttcaaagcctccgctcc-aaatatgccttttctctct-aaaatcgtgaac 6966553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Original strand, 17866908 - 17867193
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17866908 gataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 17867007  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||                 ||||||||||    
T  17867008 tacatcagattcatctcaagcttaaccataaagagattagttactcataactacagtacaagataactcacataaaatcaag--------gattcataca 17867099  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||| | |||| ||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  17867100 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccactaaatcttcaaagcctccgctcc-aaatatgccttttctctct-aaaatcgtgaac 17867193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 24783096 - 24782924
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  24783096 gataaacatacaaaaagcatcaaacataaagtaatatggattaaaactagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaactacggttcccataggat 24782997  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  24782996 tacatcagattcatcttaagcttaaccacaaaaagattagttactcataactaaagtacaagataactcacat 24782924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 9e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 294555 - 294293
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||   || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  294555 gataaacatacaataagcattaaacataaagtaatatgaattaaaattatactttcattgatattcaaaggagttcaacaaactagggttcccataggat 294456  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaa-agagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatac 216  Q
    |||||||||||||||| ||  | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||                 |||||||||    
T  294455 tacatcagattcatctcaggattaaccacaagaga-attagttactcatagctaaagtataagctaactaacataagaagaaa--------gattcatac 294365  T
Q  217 atgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatg 288  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| ||||| | |||||||||||||||    
T  294364 atgtaatggatgattgactattagttttgatggttgctcaccagatctccaaagtctctgctccaaaatatg 294293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 25 - 313
Target Start/End: Original strand, 35773093 - 35773371
Alignment:
Q  25 atacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatca 124  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||  ||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |    
T  35773093 atacaaaaagcatttaacacaaagtaatatgaataaaaactaaactttcattgacattcaaatgagttcaacaaattagagttcttataggattacataa 35773192  T
Q  125 gattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatacatgtattg 224  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||                 |||||||||||||||||    
T  35773193 gattcatctcagtctcaaccacaaacagattagttactcatatctaacgtacaagataactcacataaaaacaag--------gattcatacatgtattg 35773284  T
Q  225 gatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  35773285 gatgattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatctacaaagcctccgctcc-aattatctcttttctctct-aaaatcgtgaac 35773371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 18 - 146
Target Start/End: Original strand, 23313756 - 23313884
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||    
T  23313756 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaacatgaataaagactagactttcattgatattcaaaggagtttaacaaattagagttcccataagat 23313855  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccac 146  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  23313856 tacatcggattcatctaagtctcaaccac 23313884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 11279183 - 11278916
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  11279183 gataaacatacaaaaagcattaagcacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccatagggt 11279084  T
Q  118 tacatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatac 216  Q
    |||||||||||||||| | |  | |||||||||   ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||                ||||||||||    
T  11279083 tacatcagattcatctcacgaattaaccacaaaagaattagttactcataggtaaagtataagctaactaacat--------aagaaaaatgattcatac 11278992  T
Q  217 atgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttt 293  Q
    |||||  |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||| | ||| | ||||||||||||||| ||||    
T  11278991 atgtaaaggatgattgactcttagttttgatggttgcccaccagatct-ccaagtctctgctccaaaatatgccttt 11278916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 183
Target Start/End: Original strand, 3862451 - 3862615
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | ||  | ||||  |||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  3862451 ataaacatacacaaagcattaaaaacaagatgatataaataaaaactagactttcattgatatttaaaggagttcaacaaattagggttctcataagatt 3862550  T
Q  119 acatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataa 183  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3862551 acattagattcaactaagtctcaactacaaagagattagttacccatagctaaagtacaagataa 3862615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 20 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 9765486 - 9765340
Alignment:
Q  20 taaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatta 119  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9765486 taaacatgcaaaacgcattaaacataaagtaatatgaataaaaactagacttttattcatattcaaagaagttcaacaaattagggttctcataggatta 9765387  T
Q  120 catcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcata 166  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||    
T  9765386 catcatattcatctaagtctcaaccataaagagtttagctactcata 9765340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 46846864 - 46846979
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  46846864 gataaacatacaaaaagcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccatagggt 46846963  T
Q  118 tacatcagattcatct 133  Q
    ||||||||||||||||    
T  46846964 tacatcagattcatct 46846979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 23107678 - 23107548
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||| | ||| |||    
T  23107678 gataaacatgcaaaaagcattaaacaaaaagtaatatgaataaagactaaactttcattgaaattcaaaggagttcaacaa---agggtttctataagat 23107582  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaaga 151  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23107581 tacatcaaattcatctaagtctcaaccacaaaga 23107548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 45 - 190
Target Start/End: Original strand, 23760190 - 23760336
Alignment:
Q  45 aaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatcagattcatct-aagtctcaac 143  Q
    ||||||||||| |||||  ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  | |||    
T  23760190 aaagtaatatgaataaaaactaaactttcattaatgttcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatcagattcatctcaggaattaac 23760289  T
Q  144 cacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  23760290 cacaaaagaattagttactcatagctaaagtataagctaactaacat 23760336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 33312685 - 33312527
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||| || |||||||||| || |||||||| |||||| ||| | ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33312685 gataaacatacataaggcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaattttcattaatgttcaatggagttcaacaaattagggttcccgtaggat 33312586  T
Q  118 tacatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagta 175  Q
    |||||||||||||||| | |  | |||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  33312585 tacatcagattcatctcaggaattaaccacaaaagaattagttactcatagctaaagta 33312527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 151
Target Start/End: Original strand, 36843504 - 36843625
Alignment:
Q  29 aaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatcagatt 128  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| |||    
T  36843504 aaaaagcattaaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaag-agttcaacaaattagagttcccacaagattacatcaaatt 36843602  T
Q  129 catctaagtctcaaccacaaaga 151  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  36843603 catctaagtctcagccacaaaga 36843625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 130
Target Start/End: Original strand, 36222857 - 36222974
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcat-aaaggctagactttcattga------tattcaaaggagttcaacaaattagggttccc 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || |||| ||| |||||||||||      ||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  36222857 gataaacatacaaaaagcattaaacacaaggtaatatgaattaaagactaaactttcattgaatatgatattcaaag-agttcaacaaattaggattccc 36222955  T
Q  111 ataggattacatcagattca 130  Q
    ||||| ||||||||||||||    
T  36222956 atagg-ttacatcagattca 36222974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 208 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 24782914 - 24782850
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcc 272  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| |||||||    
T  24782914 gattcatacatgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatctacaaagcc 24782850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 33312511 - 33312427
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttt 293  Q
    |||||||||||||   |||||||||||| | ||||| ||||||| | |||||||||| | ||| | ||||| ||||||||||||||    
T  33312511 gattcatacatgtgaaggatgattgactcttagtttcgatggtttcccaccatatct-ccaagtctctgcttcaaaatatgtcttt 33312427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 131; Significance: 1e-67; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 27 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 36326606 - 36326320
Alignment:
Q  27 acaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatcaga 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  36326606 acaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatattcaaatgagttcaacaaactagggttcccataggattacatcaga 36326507  T
Q  127 ttcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatacatgtattgga 226  Q
    ||||||| |  || |||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |                |||||||||| |||||||||    
T  36326506 ttcatctcaagcttaaccacaaaagaattagttactcatagataaagtacaagataactaacgt----aaaaacaaggattgattcatacgtgtattgga 36326411  T
Q  227 tgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaactctta 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  || || |||| |||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  36326410 tgattgactatgagttttgatggttggccatcagatctccaaatcctctgctccaatatatgtcttttctctct-aaaatcgtgaaccctta 36326320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 304
Target Start/End: Original strand, 32576241 - 32576518
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32576241 gataaacatgcaaaaagcattaa-caaaaagtaatatggataaagactaaactttcattgaaattcaaaggagttcaacaaattagggttcctataggat 32576339  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||                 ||||||||||    
T  32576340 tacatcatattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttattgatagctaaagtagaagataactaacataaaaacaag--------gattcataca 32576431  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaa 304  Q
     ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  | ||| | |||||||||||| |  |||||||||| | | |||||||||||||    
T  32576432 agtattggatgactgactgtgagttttgatggtctcccactagatctgcaaagcctccactccaaaatacgccctttctctctaaaa 32576518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 40017668 - 40017330
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40017668 gataaacatacaaaaagcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattgaaattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 40017569  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    ||||||| |||||||| |  || |||||||||   ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||                 ||||||||||    
T  40017568 tacatcatattcatctcaagcttaaccacaaaagaattagttactcatagttaaagtataagctaactaacataggaagaag--------gattcataca 40017477  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaactctt 317  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| || ||||||||  || ||||||||||||  ||   |||| |||| |||||||| |||    
T  40017476 tgtaatggatgactgactatgagttttgatggttgtccaccagatatgcaaagcttctactccaaaatatgctttaggtctc-aaaattcgtgaaccctt 40017378  T
Q  318 attccaaaaacacacttttctataaataggccaataaaaatcggcccc 365  Q
    |   || ||||||| ||||||||| |||||| | | ||| ||||||||    
T  40017377 aggtcagaaacacatttttctatatataggcaagtcaaattcggcccc 40017330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 18 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 13709761 - 13709500
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||   |||||||||||||||||||   | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13709761 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaattagactttcattgatattc-ttgaagttcaacaaattagggttcacataggat 13709663  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaa-agagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatac 216  Q
    |||||||||||||||| ||  | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||                 |||||||||    
T  13709662 tacatcagattcatctcagaattaaccacaagaga-attagttactcatagctaaagtataagctaactaacataagaataag--------gattcatac 13709572  T
Q  217 atgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatg 288  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  13709571 atgtaatggatgattgactattagttttgatggttgcccaccagatctgcaacgcctctgctccaaaatatg 13709500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 31528079 - 31527907
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    |||||| |||| || ||||||| || ||||||||| | |||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31528079 ataaacgtacataaggcattaagcacaaagtaataagaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 31527980  T
Q  119 acatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||||||| | |  | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  31527979 acatcagattcatctcaggaattaaccacaaaagaattagttactcatagctaaagtataagctaactaacat 31527907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 114
Target Start/End: Original strand, 23673899 - 23673995
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccatag 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23673899 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattaaggttcccatag 23673995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 78 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 31626178 - 31626065
Alignment:
Q  78 atattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtac 176  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||  | |||||||||   |||||||||||||||||||||||     
T  31626178 atattcaaaggagttcaacaaattagggttcccgtaggattacatcagattcatctcaagaattaaccacaaaagaattagttactcatagctaaagtat 31626079  T
Q  177 aagataactaacat 190  Q
    ||| ||||| ||||    
T  31626078 aagctaactcacat 31626065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 65 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 8426638 - 8426515
Alignment:
Q  65 tagactttcattgatat--tcaaaggagttca-acaaattagggttcccataggattacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttac 161  Q
    |||||||||||||||||  ||||  ||||||| ||||||||||  ||| |||  |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8426638 tagactttcattgatatattcaagagagttcatacaaattaggtctcc-ataaaattacaccagtttcatctaagtctcaaccacaaggagattagttac 8426540  T
Q  162 tcatagctaaagtacaagataactaa 187  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||    
T  8426539 tcatagctaaagtacaa-ataactaa 8426515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 207 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 31626056 - 31625971
Alignment:
Q  207 tgattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttt 293  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||   ||||||||||||||| ||||| |||| | |||   ||||||||||||||||||||    
T  31626056 tgattcgtacatgtaaaggatgattgactcatagttttgatggttgcccaccagatct-ccaagtatctgctccaaaatatgtcttt 31625971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 208 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 8426503 - 8426407
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaa 304  Q
    |||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||||   | ||||| |||| ||| ||  | ||| ||||||||||||||| |||| ||||    
T  8426503 gattcacacatgtaatggaggactgactatgagttttgatggcctcccaccagatcttcaatgcttcagcttcaaaatatgtcttttttctcaaaaa 8426407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 128; Significance: 6e-66; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Original strand, 647758 - 648043
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  647758 gataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 647857  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    |||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||                 |||||||| |    
T  647858 tacatcagattcatctcaagcttaaccataaagagattagttactcataactacagtacaagataactcacataaaatcaag--------gattcatata 647949  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  647950 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatcttcaaagcctccgctcc-aaatatgtcttttctctct-aaaatcgtgaac 648043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 25 - 190
Target Start/End: Original strand, 26063255 - 26063420
Alignment:
Q  25 atacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatca 124  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |    
T  26063255 atacaaaaagcattaaacacaaagtaatatgaataaaaactagactttcattgacattcaaaggagttcaacaaatcagggttcccatatgattacatta 26063354  T
Q  125 gattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  26063355 gattcatctcagtctcaaccacaaagaaattagttactcatatctaaagtacaagataactcacat 26063420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Original strand, 651030 - 651316
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaatta-gggttcccatagga 116  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  651030 gataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttcaacaaattaggggttcccatagga 651129  T
Q  117 ttacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatac 216  Q
    ||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||                 ||||||||     
T  651130 ttacatcagattcatctcaagcttaaccataaagagattagttactcataactacagtacaagataactcacataaaatcaag--------gattcatat 651221  T
Q  217 atgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  651222 atgtatgggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatcttcaaagcctccgctcc-aaatatgtcttttctctct-aaaatcgtgaac 651316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 12171672 - 12171500
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    ||||||||||| || |||||||||| || |||||||| |||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  12171672 ataaacatacataaggcattaaacacaaggtaatatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaatttgggttccaatagggtt 12171573  T
Q  119 acatcagattcatctaag-tctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||||||| ||   | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  12171572 acatcagattcatctcagaaattaaccacaaaagaattagttactcatagctaaagtagaagctaactaacat 12171500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 26060278 - 26060151
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||  ||    
T  26060278 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgaataaaatctagacttttattgatattcaaaagagttcaacaaactaggattctcatacaat 26060179  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaacca 145  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||    
T  26060178 tatatcatattcatctaagtctcaacca 26060151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 2541574 - 2541449
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||  ||||||| |||||  ||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  2541574 ataaacatacgaaaatcattaaacacaagataatatgaataaaaactagacttttattgatatg-aaaggaattcaacaaattagagttcccataagatt 2541476  T
Q  119 acatcagattcatctaagtctcaacca 145  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||    
T  2541475 acattagattcatctaagtctcaacca 2541449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 178
Target Start/End: Original strand, 16927182 - 16927340
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttca-acaaattagggttcccataggat 117  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||||||   || ||| |||||  ||||| |||||||||||||| | |||||||| |||||||| |   || |||  ||    
T  16927182 ataaacaaacaaacatcattaaacataagtaaacatgaataaaa-ctagattttcattgatattctagggagttcatacaaattaagaagcc-atacaat 16927279  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaa 178  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||||    
T  16927280 tacatcagattcatctaagtgtcaaccataatgaaattagttactcatagttaaagtacaa 16927340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 208 - 248
Target Start/End: Original strand, 26063430 - 26063470
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatg 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  26063430 gattcatacatgtattggatgattgactatgggttgtgatg 26063470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0665 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 1)
Name: scaffold0665
Description:

Target: scaffold0665; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Original strand, 199 - 484
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  199 gataaacatacaaaaagcataaaacataaagtaatatgaattaaaactagactttcaatgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 298  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcataca 217  Q
    |||||||||||||||| |  || |||||  ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||                 ||||||||||    
T  299 tacatcagattcatctcaagcttaaccatgaagagattagttactcataactacagtacaagataactcacataaaatcaag--------gattcataca 390  T
Q  218 tgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaac 313  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| |||| ||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  391 tgtattggataattgactatgagttgtgatggtctcccaccaaatcttcaaagcctccgctcc-aaatatgccttttctctct-aaaatcgtgaac 484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0352 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0352
Description:

Target: scaffold0352; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 520
Target Start/End: Original strand, 3159 - 3654
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaag---taatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccatag 114  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||   |||||||  ||||| ||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| || |||||     
T  3159 gataaacatacaaaaaacattaaacacaaagaagtaatatgagtaaagactaaactttcatttaaattcaaatgagttcaacaaattaggatttccataa 3258  T
Q  115 gattacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcat 214  Q
    |||||||| |||||||||| ||    |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||                 |||||||    
T  3259 gattacataagattcatctcaggaataaccacaaaagaattagttactcatagctaaagtataagctaactaacataagaagaag--------gattcat 3350  T
Q  215 acatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaaatcgtgaact 314  Q
    |||||||  |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||| ||| | | |||||||||||||||  ||   ||| | ||| |||||||      
T  3351 acatgtaaaggatgattgactcttagttttgatggttgcccaccagatctccaaggtctctgctccaaaatatgctttaagtct-ttaaattcgtgaaac 3449  T
Q  315 cttattccaaaaacacacttttctataaataggccaataaaaatcggcccctgagcccacaaaatcggtgcccgaaggcgtaaaagcgcgtcctgaaatt 414  Q
    ||||   ||||||| |||||||||||| |||||      |||||||||||| ||| |||| || ||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  3450 cttaggtcaaaaacgcacttttctatatataggttgcacaaaatcggcccc-gaggccaccaattcggtgctcgaaggcgtaaaaacgcatcctggaatt 3548  T
Q  415 caccaaatcagcgcccgaactcatatagtcgggacccgatttttgtcgcaacagaaggtcttccgatgactgaaaatcagcgcccgaatgcatcaattcg 514  Q
     || ||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||| | || | ||||||| | ||||   |||||  ||||||||||||| ||||||    
T  3549 tacaaaatcggcgcccgaactcctatagtcggggaccgatttttttcgaagcaaatggtcttcaggtgacaagaaatcgacgcccgaatgcatgaattcg 3648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 73 - 288
Target Start/End: Original strand, 31878278 - 31878487
Alignment:
Q  73 cattgatattcaaaggagttcaacaaatta--gggttcccataggattacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagcta 170  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||||  |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  31878278 cattgatatttaaaggagtttgacaaattacagggttctcataagattatatcagattcatctaagtctcaaccataaagagattagttactcatagcta 31878377  T
Q  171 aagtacaagataactaacatnnnnnnnnnnnnnnnntgattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaag 270  Q
    |||||||| |||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  31878378 aagtacaaaataactaacataaaaacaag--------gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcccaccagatctgcaaag 31878469  T
Q  271 cccctgctccaaaatatg 288  Q
    | | ||||||||||||||    
T  31878470 ctcatgctccaaaatatg 31878487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 19 - 190
Target Start/End: Original strand, 11139124 - 11139296
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    ||||||||||| || ||||||| || ||||||||||| |||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11139124 ataaacatacataaggcattaagcacaaagtaatatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 11139223  T
Q  119 acatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||||||| |||  | |||||||||   |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  11139224 acatcagattcatctcaagaattaaccacaaaagaattagttactcaaagctaaagtataagataactaacat 11139296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 19 - 190
Target Start/End: Original strand, 22626868 - 22627040
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 118  Q
    ||||||||||| || ||||||| || ||||||||||| |||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22626868 ataaacatacataaggcattaagcacaaagtaatatgaataaaaactaaactttcattgatgttcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggatt 22626967  T
Q  119 acatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||||||| | |  | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  22626968 acatcagattcatctcaggaattaaccacaaaagaattagttactcatagctaaagtataagctaactaacat 22627040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 190
Target Start/End: Original strand, 39564064 - 39564233
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||    
T  39564064 gataaacatacataaagcattaaacacaaggtaatatgaataaagactaaactttcattaatgttcaaaggagttcaacaaattagggtt-tcgtaggat 39564162  T
Q  118 tacatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||||||||| |||| | |  | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  39564163 tacatcagatttatctcaggaattaaccacaaa---attagttactcatagctaaagtataagctaactaacat 39564233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 25 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 13979174 - 13979048
Alignment:
Q  25 atacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggattacatca 124  Q
    |||| |||| ||||||||| ||||||||||| | |||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  13979174 atacgaaaaacattaaacaaaaagtaatatgaaaaaagactaaactttcatttaaattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataagattacctca 13979075  T
Q  125 gattcatctaagtctcaaccacaaaga 151  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||    
T  13979074 gattcgtctaagtcttaaccacaaaga 13979048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 35366051 - 35365901
Alignment:
Q  35 cattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttca-acaaattagggttcccataggattacatcagattcatct 133  Q
    ||||||||| || |||||||| || ||  |||| |||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||| |||| ||||  |||||||||||||| ||    
T  35366051 cattaaacacaaggtaatatgaattaaa-ctagtctttcattaatattcaagagagttcatacaaattaggtttcc-atagagttacatcagattca-ct 35365955  T
Q  134 aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaa 187  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35365954 aagtctcaactacaaggagattagttactcatagctaaagtacaagataactaa 35365901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 47411880 - 47411713
Alignment:
Q  19 ataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttca-acaaattagggttcccataggat 117  Q
    ||||||||||||| | ||||||||| || |||||||| || ||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| |||| |||  ||    
T  47411880 ataaacatacaaacaacattaaacacaaggtaatatgaattaaa-ctagactttcattgatattcaagggagttcatacatattaggtttcc-ataaaat 47411783  T
Q  118 tacatcagattcatctaa-gtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaa 187  Q
    |||||||||||   |||| |||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47411782 tacatcagattacactaaagtcttaaccattgagagattagttactcatagctaaagtacaa-ataactaa 47411713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 208 - 269
Target Start/End: Original strand, 1096953 - 1097014
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaa 269  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||    
T  1096953 gattcatacatgtaatggatgattgactatgagttgtgatggttgcccaccagatctgcaaa 1097014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 208 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 35365888 - 35365792
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctctaaaa 304  Q
    ||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||| || ||||| ||||  |  ||  | ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  35365888 gattcatacatgtattgaataactgactatgagttttgatggtcgcccaccagatctttagtgcttcagctccaaaatatgccttttctctctaaaa 35365792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 233 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 47411686 - 47411619
Alignment:
Q  233 actatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttttctctct 300  Q
    ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||    
T  47411686 actatgagttttgatggtctcccaccatatctgcaaagcttcagctccaaaatatgccttttctctct 47411619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 208 - 293
Target Start/End: Original strand, 39564243 - 39564327
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttt 293  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||| | |||||||||| | ||| | ||||||||||||||| ||||    
T  39564243 gattcatacatgtaaaggatgattgactcttagttttgatggtttcccaccatatct-ccaagtctctgctccaaaatatgccttt 39564327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 190
Target Start/End: Original strand, 1096863 - 1096943
Alignment:
Q  110 cataggattacatcagattcatctaagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    ||||| |||| ||||||||||| | |  || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  1096863 catagaattatatcagattcatgtcaagcttaaccacaaaggaattagttactcatagctaaagtataagttaactaacat 1096943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 293
Target Start/End: Original strand, 11139307 - 11139391
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttt 293  Q
    |||||||||||||   |||||||||||| | ||||||||||||| | ||||| |||| | ||| | ||||||||||||||| ||||    
T  11139307 gattcatacatgtgaaggatgattgactcttagttttgatggtttcccaccagatct-ccaagtctctgctccaaaatatgccttt 11139391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 293
Target Start/End: Original strand, 22627050 - 22627134
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttt 293  Q
    |||||||||||||   |||||||||||| | ||||||||||||| | ||||| |||| | ||| | ||||||||||||||| ||||    
T  22627050 gattcatacatgtgaaggatgattgactcttagttttgatggtttcccaccagatct-ccaagtctctgctccaaaatatgccttt 22627134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0500 (Bit Score: 98; Significance: 5e-48; HSPs: 2)
Name: scaffold0500
Description:

Target: scaffold0500; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 18 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 2382 - 2209
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2382 gataaacatacataaagcattaaacacaaagtaatatgaataaagactaaactttcattgaagttcaaaggagttcaacaaattagggttcccgtaggat 2283  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtc-tcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    |||||||||||||||| ||   | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  2282 tacatcagattcatcttaggaattaaccacaaaagaattagttactcatagctaaagtataagttaactaacat 2209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0500; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 208 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 2199 - 2115
Alignment:
Q  208 gattcatacatgtattggatgattgactatgagttttgatggttgcacaccatatctgcaaagcccctgctccaaaatatgtcttt 293  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| | ||||||||||||| | ||||| |||  | ||| | ||||||||||||||| ||||    
T  2199 gattcatacatgtaaaggatgattgactcttagttttgatggtttcccaccagatc-cccaagtctctgctccaaaatatgccttt 2115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0567 (Bit Score: 93; Significance: 5e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0567
Description:

Target: scaffold0567; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 146
Target Start/End: Original strand, 6365 - 6492
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  6365 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaacatgaataaacact-gactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattaaggttcccataagat 6463  T
Q  118 tacatcagattcatctaagtctcaaccac 146  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6464 tacatcagattcatctaaatctcaaccac 6492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 86; Significance: 7e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 190
Target Start/End: Original strand, 7547 - 7720
Alignment:
Q  18 gataaacatacaaaaagcattaaacataaagtaatatgcataaaggctagactttcattgatattcaaaggagttcaacaaattagggttcccataggat 117  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||  ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7547 gataaacatacataaagcattaaactcaaagtaatatgaataaaaactaaactttcatttatgttcaaaggagttcaacaaattagggttcccgtaggat 7646  T
Q  118 tacatcagattcatct-aagtctcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    |||||||||||||||| | |  | |||||||||   |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  7647 tacatcagattcatctcaggaattaaccacaaaagaattagttactcataactaaagtataagctaactaacat 7720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 9608 - 9527
Alignment:
Q  110 cataggattacatcagattcatctaagtc-tcaaccacaaagagattagttactcatagctaaagtacaagataactaacat 190  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  9608 cataggattacatcagattcatctcaggaattaaccacaaaagaattagttactcatagctaaagtataagctaactaacat 9527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University