View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12954_high_1 (Length: 1409)

Name: NF12954_high_1
Description: NF12954
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12954_high_1
NF12954_high_1
[»] chr3 (56 HSPs)
chr3 (18-1401)||(8567712-8569095)
chr3 (55-754)||(8589645-8590347)
chr3 (120-1213)||(8471545-8472641)
chr3 (56-779)||(5298651-5299374)
chr3 (55-649)||(5250088-5250682)
chr3 (55-741)||(6735906-6736595)
chr3 (55-754)||(8454570-8455272)
chr3 (55-754)||(6553849-6554551)
chr3 (55-634)||(6519693-6520275)
chr3 (315-637)||(6479510-6479832)
chr3 (315-649)||(6448298-6448632)
chr3 (315-740)||(6947448-6947873)
chr3 (52-638)||(6590855-6591444)
chr3 (55-353)||(6882448-6882746)
chr3 (52-649)||(4388453-4389056)
chr3 (69-389)||(5280614-5280934)
chr3 (55-907)||(5267975-5268830)
chr3 (100-278)||(6265680-6265858)
chr3 (55-604)||(6142230-6142779)
chr3 (18-185)||(7587754-7587921)
chr3 (55-278)||(6245231-6245454)
chr3 (102-582)||(6900079-6900562)
chr3 (55-660)||(7749943-7750551)
chr3 (52-276)||(13270420-13270644)
chr3 (38-276)||(6259126-6259364)
chr3 (56-278)||(6168836-6169058)
chr3 (114-382)||(6721852-6722120)
chr3 (109-924)||(6838139-6838957)
chr3 (496-760)||(6721468-6721732)
chr3 (981-1098)||(6837947-6838064)
chr3 (500-574)||(6917490-6917564)
chr3 (55-250)||(6479900-6480095)
chr3 (55-249)||(6947185-6947379)
chr3 (55-249)||(6448706-6448900)
chr3 (954-1189)||(7750917-7751152)
chr3 (56-388)||(6917046-6917378)
chr3 (538-660)||(13270093-13270215)
chr3 (888-1188)||(6143069-6143369)
chr3 (539-660)||(6266122-6266243)
chr3 (720-924)||(5250753-5250960)
chr3 (984-1087)||(5281535-5281638)
chr3 (549-660)||(6259595-6259706)
chr3 (530-660)||(6882926-6883056)
chr3 (969-1046)||(6479065-6479142)
chr3 (954-1015)||(6721102-6721163)
chr3 (965-1046)||(6736855-6736936)
chr3 (1032-1113)||(13269646-13269727)
chr3 (530-582)||(5281078-5281130)
chr3 (969-1045)||(6519246-6519322)
chr3 (994-1046)||(6553521-6553573)
chr3 (972-1095)||(6917956-6918079)
chr3 (880-941)||(6169648-6169709)
chr3 (880-941)||(6246047-6246108)
chr3 (880-941)||(6259911-6259972)
chr3 (965-998)||(6849946-6849979)
chr3 (969-1046)||(8455523-8455600)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (26-1214)||(6572243-6573437)
[»] scaffold0425 (2 HSPs)
scaffold0425 (121-754)||(6888-7524)
scaffold0425 (994-1046)||(6560-6612)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (56-250)||(25242072-25242269)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (62-242)||(35140261-35140447)
chr1 (536-660)||(35139893-35140017)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1344; Significance: 0; HSPs: 56)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1401
Target Start/End: Complemental strand, 8569095 - 8567712
Alignment:
Q  18 aatactgggttaatttcatcgtcacccttcgattaatgccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8569095 aatactgggttaatttcatcgtcacccttcgataaatgccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaaaattttctttgcaagagat 8568996  T
Q  118 tccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8568995 tccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttg 8568896  T
Q  218 aaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttctcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8568895 aaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttctcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtca 8568796  T
Q  318 cgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8568795 cgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaa 8568696  T
Q  418 caagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8568695 caagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgt 8568596  T
Q  518 tttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagca 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8568595 tttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctatcttgtggtcattgtagacaagtcgagca 8568496  T
Q  618 agagtggtcttacccatcccacccagacccacaatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttt 717  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8568495 agggtggtcttacccatcccacctagacccacaatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttt 8568396  T
Q  718 tatcatcatctctaccatatatgcaagattcatccaccaaagacgcagttggcaatctttttgaggatttcaatctaaccgcaccttcactagtacaggc 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8568395 tatcatcatctctaccatatatgcaagattcatccaccaaagacgcagttggcaatctttttgaggatttcaatctaaccgcaccttcactagtacaggc 8568296  T
Q  818 tctttggttcaatcccagcacatccttttgatgagcaagcaattttagcgtgtctaacaaatctttgatcctagattcaaatcgattagtaaaacctgaa 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8568295 tctttggttcaatcccagcacatccttttgatgagcaagcaattttagcgtgtctaacaaatctttgatcctagattcaaatcgattagtaaaacctgaa 8568196  T
Q  918 aggaagtgttgcgtctttccctttctttgcgcattggtagcaataatatccaatagttgctcaacttcatatacctcatgttttagtttatgaagccagt 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8568195 aggaagtgttgcgtctttccctttctttgtgcattggtagcaataatatccaatagttgctcaacttcatatacctcatgttttagtttatgaagccagt 8568096  T
Q  1018 tcttcacatatgtgttttggtactgctttgtttctgcatcatccaacaattgatttatagaattaagtgtgatttcaagttcttccaccaaccctttacg 1117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8568095 tcttcacatatgtgttttggtactgctttgtttctgcatcatccaacaattgatttatagaattaagtgtgatttcaagttcttccaccaaccctttacg 8567996  T
Q  1118 aaagcagcctctgaaatctcttgaagccaacctctgaatagtcacttgaaagacagatgaaagaaatgcccccgcaatcagctctgccatgatattgagc 1217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8567995 aaagcagcctctgaaatctcttgaagccaacctctgaatagtcacttgaaagacagacgaaagaaatgcccccgcaatcagctctgccatgatattgagc 8567896  T
Q  1218 acaaatgaagggtctcaagatctgagtgcgatacgcaagcctgtgaggttctctgcaatatgtttgagtttccttagtcaagtgaatttaatggaacagg 1317  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8567895 acaaatgaagggtctcaagatctgaatgtgatacgcaagcctgtgaggttctctgcaatatgtttgagtttccttagtcaagtgaattgaatggaacagg 8567796  T
Q  1318 aattattttttatcaaacatgtaaaattttcattttataataagaattatcgaatatcctcattgcaaaaaacgcagaataatc 1401  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8567795 aattattttttatcaaacatgtaaaattttcattttataataagaattatcgaatatcctcattgcaaaaaacgcagaataatc 8567712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 55 - 754
Target Start/End: Original strand, 8589645 - 8590347
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||  ||| |||  ||||||| | |||||| ||||||| |  |||| || ||| |||||||||||||||||||||||    
T  8589645 gccacatattagtctccaatatcttaatccactcatgttgagaaaaatttcttcgcaagagttggcccattgattttacagctaaaggcaaccctccaca 8589744  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttc 254  Q
    ||| || |  || ||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |     
T  8589745 cttatccagtattttcttgccagttgattcaagatttggatattcacacacattctttccttgaaaagcatgtgtcacaaataaactccaacaatcgctt 8589844  T
Q  255 tcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagattt-----catgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaaga 349  Q
    |  |||||||| | ||||| || |  ||     |||||     |||||   |||| || | ||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||| |    
T  8589845 ttgtccaattgttgtaaatcaaataacttggtggatttaagaacatgat--atgctacctccttttcacgtgttgtcacgacaatcttacttccagaaaa 8589942  T
Q  350 tccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgt 449  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||||||||||| |||| |||||||||  | || |||||||||| ||| ||     
T  8589943 tccatggttaaagggaagtagtaactgctcccaacattctgcattcccgttccagatatcgtctaaaacaagcaagtatttcttgcctgttagtatgtgc 8590042  T
Q  450 tgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctg 549  Q
    || | ||||  || |||| ||| |||||||||||| || | ||| |||| ||||||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  8590043 tgcaattgatgttggagtagattcaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgaattgataattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattcag 8590142  T
Q  550 aaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagacccac 649  Q
    |||||| |||||| |||||||| ||||| ||||  |||| ||||| ||| ||||| |||||   |||||| ||||| || |||||||| || | ||| ||    
T  8590143 aaacatagacccatgctttaagctcaaaatgctcttctatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaaccgac 8590242  T
Q  650 aatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttttatcatcatctctaccatatatgcaagattca 749  Q
     || || ||||     ||  ||||||||| ||||||| ||  ||| ||| | ||||||| ||| || |||||| ||||||||||||||||||  || |||    
T  8590243 tatgctgattattggaacgcggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaacttgattagttttttcttatcaacatctctaccatatatgctcgactca 8590342  T
Q  750 tccac 754  Q
    |||||    
T  8590343 tccac 8590347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 120 - 1213
Target Start/End: Original strand, 8471545 - 8472641
Alignment:
Q  120 cccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||   ||  || || ||  |||    
T  8471545 cccaatgttttcacagctaaaggcagccctccacacttatctacaatatttttgccaattgattcaagatttgggtattcgctcaattttttgccaggaa 8471644  T
Q  220 aagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttctcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacg 319  Q
    ||||| |  |   ||||||||||||||| ||  ||| ||||||||| || |||| || |  ||    ||||||||  | |||||| || |  ||||| ||    
T  8471645 aagcaagactggaaaataaactccaacagtcactcttctccaattgtttcaaatcaaataactttgtagatttcacaattaatgctacctctttgtcgcg 8471744  T
Q  320 tgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaaca 419  Q
    |||||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||   ||||||| |||||| | ||||    
T  8471745 tgttgtcacaataatcttactcgtagaagatccatggttaaagggaagtagtaacttctcccaactttcctcattcagtttccagacatcatccacaaca 8471844  T
Q  420 agcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttt 519  Q
    || | | | || |||||  ||||||| | ||| ||||| | || ||||  ||||||||||||||  |  |  || |||| ||||   || |||||| |||    
T  8471845 agtagatagttcttgcccattaatatttcttgcagttgccgttggagtatatccaagtcttcactatttgcagaagaatcaaattttctaagaattattt 8471944  T
Q  520 tggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaag 619  Q
    |||| ||| ||| |||||||||| | || || |||||||||||| ||||||||||||| ||||| || | | | |||||||||||||||||  |||||||    
T  8471945 tggtaagtgcaataacatcaaaatactcagatacatggacccaaactttaagttcaaactgcttgtccatcctctggtcattgtagacaagctgagcaag 8472044  T
Q  620 agtggtcttacccatcccacccagacccacaatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttattttta 719  Q
     |||||||| |||||||||  || |||||| || || ||       || |||||||||   || ||||   |||||||||| ||||||| ||  | |||     
T  8472045 ggtggtcttccccatcccaggcaaacccactatgctgatagttgatacttggttgccattgtcgttgtaagaaagcaaatacttgattaattcttctttg 8472144  T
Q  720 tcatcatctctaccatatatgcaagattcatccaccaaagacgcagttggcaatctttttgaggatttcaatctaaccgcaccttca---ctagtacagg 816  Q
    ||| | |||||||||  |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||  ||||| |||||||||   ||||   |      
T  8472145 tcaccttctctaccacgtatggaagattcatccactaaagatgcagttggcgatcttttcgaggattgcaggctaactgcaccttcataactagggaaac 8472244  T
Q  817 ctctttggttcaatcccagcacatccttttgatgagcaagcaattttagcgtgtctaacaaatctttgatcctagattcaaatcgattagtaaaacctga 916  Q
     ||| ||  | ||||||| ||||||||||||||  ||||| | ||||||    |||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||    
T  8472245 ttctctgtgttaatcccaacacatccttttgatcggcaagaagttttagttcatctagcgaatctctgatcctagattcaaatcgattaatgaaagctga 8472344  T
Q  917 aaggaagtgttgcgtctttccctttctttgcgcattggtagcaataatatccaatagttgctcaacttcatatacctcatgttttagtttatgaagccag 1016  Q
    ||||||||||||   ||| | ||||| |||  || | ||| |||    |||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||   || ||||||     
T  8472345 aaggaagtgttgaaccttgctctttcgttgtacacttgtatcaaactcatccaacaattgatctacttcatatacctcatgttttagacgatcaagccaa 8472444  T
Q  1017 ttcttcacatatgtgttttggtactgctttgtttctgcatcatccaacaattgatttatagaattaagtgtgatttcaagttcttccaccaaccctttac 1116  Q
    ||||| |||| |  ||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| |||| ||  ||||||  ||||     
T  8472445 ttcttaacattttggttctggtacttctttgtctctgcatcatccaacaattgattgatagaattcaatgtgatttcgagttttttaaccaactttttat 8472544  T
Q  1117 gaaagcagcctctgaaatctcttgaagccaacctctgaatagtcacttgaaagacagatgaaagaaatgcccccgcaatcagctctgccatgatatt 1213  Q
       ||  | || ||||||||||||| || |  ||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||    
T  8472545 tgcagaggtctttgaaatctcttgaggcaatgctctgaagagtgacttgaaagaatgatgaaagaaatgctccaccaatcaactctgccatgatatt 8472641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 56 - 779
Target Start/End: Original strand, 5298651 - 5299374
Alignment:
Q  56 ccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacac 155  Q
    ||||| ||| ||||||||||| |||  |||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  5298651 ccacagatctgtctccaatatcttaacccattcacgttgagagaattttcttcgcaagagattccccaatgcttttacagctagaggcaaccctccacac 5298750  T
Q  156 ttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttct 255  Q
    |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    ||||  | || |||||||| ||| ||||||| | ||||||||| ||  |||    
T  5298751 ttttctacgattttcttgccaattgattcaagatttggatattcacttgcatttgtgccgtgaaaagcgtgtctcacaaacatactccaacattcactct 5298850  T
Q  256 cctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatg 355  Q
     || ||||||||| ||||||||  | |     || ||||| ||| |||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||     
T  5298851 tcttcaattgcttcaaatgaagaagtttggtggacttcataactgatgctacctccttgtcacgtgtggtcacaataatcttacttccggtagatccatt 5298950  T
Q  356 attaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtagt 455  Q
     ||||| |||||||||||  |||||||| ||||| || | || ||||||| |||||| | |||||||| | | || || ||||||| | |||| || | |    
T  5298951 gttaaaaggaagtagtaagcgctcccaacattccgcactaccgttccagacatcatccaaaacaagcagatatttctttcctgttagtctctgctgcaat 5299050  T
Q  456 tgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacat 555  Q
    |||  || |||| ||| |||||||||||| || |  || || ||||||||||  | ||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  5299051 tgatgttggagtagattcaagtcttcaccatctgccgaagagtgaaatgaccgtaaaattgctttggtaagtccaacaacattaaaagtttccgaaacat 5299150  T
Q  556 ggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagacccacaatact 655  Q
     |||||| ||||| |||||||| || |||| || | ||| || |||||| |||||| ||||||| ||||| || ||||| ||||| |||||||| || ||    
T  5299151 agacccaggcttttagttcaaactgtttctgtatcatgttgttattgtacacaagttgagcaagggtggtttttcccattccacctagacccactatgct 5299250  T
Q  656 tattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttttatcatcatctctaccatatatgcaagattcatccacc 755  Q
     ||||     ||| ||| |||| ||||  ||||  |||| ||| | ||| ||| ||  | ||| ||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  5299251 gattattggtacacggtcgccagcatctatgtcggaaagtaaaaatttggttacttcctctttgtcaccatctctgccatatatgctcgattcatccacc 5299350  T
Q  756 aaagacgcagttggcaatcttttt 779  Q
    ||||| | | ||||||||||||||    
T  5299351 aaagatgtacttggcaatcttttt 5299374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 55 - 649
Target Start/End: Original strand, 5250088 - 5250682
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||  ||| |||| ||||||| | |||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  5250088 gccacatatctgtctccaatatcttaacccaatcacgttgagaaaactttcttcgcaagagatttcccaaagtttttacagctaatggcaaccctccaca 5250187  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttc 254  Q
    |||  ||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||    ||||| |||| | |||||||||| ||||||| | ||||||||| ||  ||    
T  5250188 cttgcctataattttcttaccaatagattcaagatttggatattcacttgcattccttccgtaaaaagcatgtctcacaaacatactccaacattcactc 5250287  T
Q  255 tcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccat 354  Q
    |||| ||||| || ||||| ||| | ||     || |||||||   |||| || | ||||| ||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||    
T  5250288 tccttcaatttctctaaattaagctccttggtggacttcatgatagatgccacctccttgttacgtgttgtaacaataattttacttccagtagatccat 5250387  T
Q  355 gattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtag 454  Q
    |    || |||||||||||  |||||||| ||||| || |||||||||||| |||||| | |||||| | | | || || ||||||| | ||||  | ||    
T  5250388 ggcataagggaagtagtaagcgctcccaacattccacactcccattccagacatcatccaaaacaagaagatatttcttacctgttagtctctgccgcag 5250487  T
Q  455 ttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaaca 554  Q
    |||| ||| |||| |||  || |||||| | || | ||| || |||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5250488 ttgatattggagtagattgaactcttcagcatctgttgaagagtgaaatgagctcataattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagtttctgaaaca 5250587  T
Q  555 tggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagacccac 649  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||| ||  | | ||||||| |||||  ||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  5250588 tagacccaagctttaagttcaaaatgctcctgcatcctgtggtcgttgtacgcaagctgagcaagagtggtcttacccattccaccgagacccac 5250682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 55 - 741
Target Start/End: Original strand, 6735906 - 6736595
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||||  || ||||  |||| |  |||| || |  ||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||    
T  6735906 gccacatatcagtctccaatatcttaatccattcatgttcagaaagttttttacgcaaaagttggcccaatgattttatagctagaggcaaccctccaca 6736005  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttc 254  Q
    ||| || || || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||   |     
T  6736006 cttctccactattttcttcccaattgattcaagatttggatattcacaaacactttttccttgaaacgcatgtgtcacaaataatctccaacaattgctt 6736105  T
Q  255 tcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagattt-----catgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaaga 349  Q
    |  |||||||| | ||||| || |   |     |||||     ||||||  |||| || | ||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  6736106 ttttccaattgttgtaaatcaaataattcggttgattttagaacatgac--atgctacctccttttcacgtgttgtcacgataattttacttccagaaga 6736203  T
Q  350 tccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgt 449  Q
    |||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||  | || || ||  |||| || |||    
T  6736204 tccatggttaaacggaagtagtagctgctcccaatattctacactcccattccagatatcatctaaaacaagcaagtatttctttcccattaacatgtgt 6736303  T
Q  450 tgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctg 549  Q
    || ||||||  || |||| ||| |||||||||||| || | ||| | || ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  6736304 tggagttgatgttggagttgattcaagtcttcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctg 6736403  T
Q  550 aaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagacccac 649  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||| |||||   |||||| ||||| || |||||||| || | ||||||    
T  6736404 aaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacccac 6736503  T
Q  650 aatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttttatcatcatctctaccatatatgc 741  Q
     || || ||||     || ||||||||||  |||||| ||  ||| ||| | ||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||    
T  6736504 tatgctaattattggaacctggttgccactgtcattgcctgtaagtaaaaacttgattagtttttccttatcatcatctctaccatatatgc 6736595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 55 - 754
Target Start/End: Original strand, 8454570 - 8455272
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||||  || |||| || || |  |||  || |  ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||    
T  8454570 gccacatatcagtctccaatatattaatccattcatgttcagaaaatgttttccgcagaagttggcccaatgattttatagctaaaggcaaccctccaca 8454669  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttc 254  Q
    |||||| || || ||  | ||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |     
T  8454670 cttttccactatttttctaccaactgattcaagatttggatattcagacacactctttccttgaaaagcatgtgtcacaaataaactccaacaattgctt 8454769  T
Q  255 tcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgac--taa-tgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatc 351  Q
    |  |||||||| | ||||| || |  ||     ||||||| |||  ||  ||| || | ||| |||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||    
T  8454770 ttgtccaattgttgtaaatcaaataactctgtcgatttcaggacattatctgccacctccttctcacgtgttgtcacgacaatcttacttccaaaagatc 8454869  T
Q  352 catgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttg 451  Q
    |||| ||||| ||||||||||||  |||||||  |||| ||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||| | || |||||  |||  || | |||    
T  8454870 catggttaaagggaagtagtaacaactcccaacgttccgcatccccgttccagatatcgtctaaaacaagcaaatatttcttgcccattagcatgtattg 8454969  T
Q  452 tagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaa 551  Q
     ||||||  || |||| |||  ||||||||||| || | ||| |||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8454970 gagttgatgttggagtagatttaagtcttcaccatctgctgaagaattaaacgacttgagaattgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaa 8455069  T
Q  552 acatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagacccacaa 651  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| |||| || || ||||| ||||||||| |||||   |||||| ||||| ||||||||||| || | ||| || |    
T  8455070 acatagacccatgctttaagttcaaaatgctcctttatcttgttgtcattgtacacaagcttagcaagggtggttttacccatccctcctaaaccgacta 8455169  T
Q  652 tacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttttatcatcatctctaccatatatgcaagattcatc 751  Q
    | || ||||     || |||||||||| ||||||| ||  ||| ||| | ||||||| ||| |  |||||| |||||| |||||||||||  || |||||    
T  8455170 tgctgattattggaacctggttgccactatcattgcctgcaagtaaaaacttgattaatttttccttatcaacatctcgaccatatatgctcgactcatc 8455269  T
Q  752 cac 754  Q
    |||    
T  8455270 cac 8455272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 130; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 55 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 6554551 - 6553849
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||||  || ||||  |||| | ||||  || |   |||||| ||| | |||||||||||||||||||||    
T  6554551 gccacatatcagtctccaatatcttaatccattcatgttcagaaatttttttatgcagaagttgtgccaatgattttatagctaaaggcaaccctccaca 6554452  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttc 254  Q
    ||| || || || ||| | ||||| | ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||   |     
T  6554451 cttgtccactattttcctcccaattgtttcaagatttggatattcacacacactttttccttgaaaagcatgtgtcacaaataatctccaacaattgctt 6554352  T
Q  255 tcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagattt-----catgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaaga 349  Q
    |  |||||||| | ||||| || |   |     |||||     ||||||  |||| || | ||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||    
T  6554351 ttttccaattgttgtaaatcaaataatttggttgattttagaacatgac--atgctacctccttttcacgtgttgtcacgataatcatacttccagaaga 6554254  T
Q  350 tccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgt 449  Q
    |||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||  || |||||||||| |||||||||| |||||||||  | || || ||  |||  || | |    
T  6554253 tccatggttaaacggaagtagtagctgctcccaatattctacactcccattccatatatcatctaaaacaagcaagtatttctttcccattagcatgtct 6554154  T
Q  450 tgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctg 549  Q
    || ||||||  || |||| ||||||||| |||||| || | ||| | || ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  6554153 tggagttgatgttggagttgatccaagtattcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctg 6554054  T
Q  550 aaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagacccac 649  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||| |||||   |||||| ||||| || |||||||| || | ||||||    
T  6554053 aaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtcgttgtacacaagcttagcaagggtggttttccccatccctcctaaacccac 6553954  T
Q  650 aatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttttatcatcatctctaccatatatgcaagattca 749  Q
     || || ||||     ||  |||||||||| |||||| ||  ||| ||| | ||||||| ||| |  |||||| |||| |||||||||||||  || |||    
T  6553953 tatgctgattattggaacccggttgccaccgtcattgccttcaagtaaaaacttgattaatttttccttatcaacatccctaccatatatgcttgactca 6553854  T
Q  750 tccac 754  Q
    |||||    
T  6553853 tccac 6553849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 55 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 6520275 - 6519693
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||||||||||||||||||| |    ||||||| |||||||| | ||| || |||| || |  ||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||    
T  6520275 gccacatatcagtctccaatatctccatccattcatcttgagaaaacttttttcgcaaaagttggcccaatgattttatagctaaaggcaacccaccaca 6520176  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttc 254  Q
    ||| || || || ||| | ||||||| |||||| |||||||| ||| |||||  | | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||   |     
T  6520175 cttgtccactattttcatgccaatcgtttcaagttttggatagtcacacacacgcatgccttgaaaagcatgtgtctcaaataaactccaacaattgctt 6520076  T
Q  255 tcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgac-taat--gcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatc 351  Q
    |  |||||||| | |||||||| |  ||     || |||| ||| | ||  || || | ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  6520075 ttgtccaattgatgtaaatgaattaactcggtggagttcaggacatgatctgctaccttcttttcacgtgttgtcacgataatcttacttccagaagatc 6519976  T
Q  352 catgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactt-tttgcctgttaatatctgtt 450  Q
    |||| ||||  |||||||||||||  |||||  ||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||||  | || ||||||  |||  |  ||||    
T  6519975 catggttaagcggaagtagtaacttatcccagtattctaccttcccattccagatatcatctaaaacaagcaagtatttctttgcca-ttagcaggtgtt 6519877  T
Q  451 gtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctga 550  Q
    | ||||||  || |||| ||||||||| |||||| || | ||| | || ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6519876 ggagttgatgttggagttgatccaagtattcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaattgctttggtgagtccaacatcatcaaaagattctga 6519777  T
Q  551 aacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccat 634  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| |  | ||| ||||||||||||| || ||||||| ||||| ||||||||    
T  6519776 aacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttgtcatgttgtcattgtagacatgttgagcaagggtggttttacccat 6519693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 315 - 637
Target Start/End: Complemental strand, 6479832 - 6479510
Alignment:
Q  315 tcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatcta 414  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  6479832 tcacgtgttgtcacgataatcttacttccaaaagatccatggttaaatggaagtagtaactgctcccaatactctacattcccattccagatatcatcta 6479733  T
Q  415 gaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaat 514  Q
     |||||||||  | || || ||  |||| || ||||| ||||||  || |||| ||||||||| |||||| || | ||| | || ||||||| |||||||    
T  6479732 aaacaagcaagtatttctttcccattaacatgtgttggagttgatgttggagttgatccaagtattcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaat 6479633  T
Q  515 tgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcga 614  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || | ||||| ||||| ||  ||||| |||||   |    
T  6479632 tgctttggtgagtccaacaacatcataagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgttcctctatcttgttgttgttgtacacaagctta 6479533  T
Q  615 gcaagagtggtcttacccatccc 637  Q
    ||||| ||||| || ||||||||    
T  6479532 gcaagggtggttttccccatccc 6479510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 315 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 6448632 - 6448298
Alignment:
Q  315 tcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatcta 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||  |||  ||||||| |||||||| || ||||    
T  6448632 tcacgtgttgtcacaataatcttacttccagaagatccatggttaaacggaagcagtacctgctcccaacgttctgcattcccgttccagatgtcgtcta 6448533  T
Q  415 gaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaat 514  Q
     |||||| ||  | || || | ||||| ||| ||||| |||| |  || |||| ||| |||||||||||| || | ||| |||| ||||||| | || ||    
T  6448532 aaacaagaaagtatttctttcttgttagtatgtgttgcagttcatgttggagtagattcaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgactttaggat 6448433  T
Q  515 tgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcga 614  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| || || | ||| || |||||| |||||   |    
T  6448432 tgctttggtgagtccaacaacatcaaaatattctgaaacatagacccaagatttaagttcaaaatgctcctttatcatgttgtgattgtacacaagctta 6448333  T
Q  615 gcaagagtggtcttacccatcccacccagacccac 649  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6448332 gcaaaagtggtcttacccatcccacccagacccac 6448298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 315 - 740
Target Start/End: Original strand, 6947448 - 6947873
Alignment:
Q  315 tcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatcta 414  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||| ||||  ||| ||| ||||||||||||||||    
T  6947448 tcacgagttgtcacgataatcttacttccagaagatccatggttaaagggaagaagtaacagctcccaacattctgcatccccgttccagatatcatcta 6947547  T
Q  415 gaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaat 514  Q
     |||||||||  | || || ||  |||| || ||||| ||||||  || |||| ||| |||||||||||| || | ||| |||| ||||||| |||||||    
T  6947548 aaacaagcaagtatttctttcccattaacatgtgttggagttgatgttggagtagattcaagtcttcaccatctgctgaagaattaaatgacttgagaat 6947647  T
Q  515 tgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcga 614  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | |||||| ||||| |||| ||||| ||||| ||||||||| |||||   |    
T  6947648 tgctttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacgtagacccatgttttaaggtcaaaatgctcctctatcttgttgtcattgtacacaagctta 6947747  T
Q  615 gcaagagtggtcttacccatcccacccagacccacaatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttat 714  Q
    ||||| ||||| || |||||||| || | |||||| || || ||||     || ||||||||||  |||||| ||  ||| ||| | |||||||  || |    
T  6947748 gcaagggtggttttccccatccctcctaaacccactatgctgattattggaacctggttgccactgtcattgcctgcaagtaaaaacttgattaacttgt 6947847  T
Q  715 ttttatcatcatctctaccatatatg 740  Q
      ||||||||||||||||||||||||    
T  6947848 ccttatcatcatctctaccatatatg 6947873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 120; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 52 - 638
Target Start/End: Complemental strand, 6591444 - 6590855
Alignment:
Q  52 aatgccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctcc 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||   |  |||  ||||| ||||||| || | ||||| |||||| | ||||||||| | ||| ||    
T  6591444 aatgccacatatcagtctccaatatcttcatccattcggttacagagaattttttttgcaaaagttgccccattgtttttagagctaaaggaatcccccc 6591345  T
Q  152 acacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatct 251  Q
    |||||||||||| || ||||| || ||| || ||||| |||||||||||||||||| | | ||| ||||||||| | ||||||||||||||||| | ||     
T  6591344 acacttttctactattttcttgcctatcaatacaagagttggatattcaaacacatccctacctcgaaaagcatatctcacaaataaactccaagagtca 6591245  T
Q  252 ttctcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatc 351  Q
     ||||||||||||| ||||||| || | ||||    |||  ||||| | |||| || | ||||||| | |||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  6591244 ctctcctccaattgatttaaatcaactagctgggtggatcccatgattgatgctacttccttgtcatgcgttgtcaccatcatcttacttccagaagatc 6591145  T
Q  352 catgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttg 451  Q
    ||||  |||| |||||||||| |  ||||||| ||||| | || ||  | |||||||  |||| |||||||||  | || ||||| |||| |||||||||    
T  6591144 catggctaaacggaagtagtagcatctcccaacattccgcttttccgctacagatattgtctaaaacaagcaagtatttcttgccagttactatctgttg 6591045  T
Q  452 tagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgt---cagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattct 548  Q
    || ||||| || ||||   || ||||||||||  |   | | |||  ||||||||  ||||||||||| |  ||||||   ||||| ||||||||||| |    
T  6591044 taattgacgttggagtatttctaagtcttcactataagctgctgataaatgaaattgcctgagaattgatcgggtgagatgaacaagatcaaaagatttt 6590945  T
Q  549 gaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatccca 638  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| ||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||||    
T  6590944 gaaacatagacccaagctttaagttcaaattgctccagtatcttgtggtccttgtaaacaagccgggcaagggttgtcttacccatccca 6590855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 119; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 55 - 353
Target Start/End: Original strand, 6882448 - 6882746
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||| ||||||||||||||  |||  |||||||  || |||  ||||| || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  6882448 gccacaaatcagtctccaataccttaatccattcagattcagagaatttttttagcaagagattccccaatgttttcagtgctaaaggcaaccccccaca 6882547  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttc 254  Q
    ||||||||| || ||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||  ||    
T  6882548 cttttctactattttcttgcctatcaattcaagatttggatattcaaatacattcctaccttgaaaagcatatctcacaaataaactccaagaatcactc 6882647  T
Q  255 tcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatcca 353  Q
    ||||||||||||||||| || | | || |    ||| |||||| | |||| || | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6882648 tcctccaattgctttaagtgtattagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatgtgttgtcacaatcatcttacttcctgaagatcca 6882746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 117; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 52 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 4389056 - 4388453
Alignment:
Q  52 aatgccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctcc 151  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  ||  |||||||| ||||||  |||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||| |    
T  4389056 aatgccacatatcggtctccaatatcctaacccattcacgttgagagaattttcttcgcaagagatttcccaacgtttttacagctaatggaaaccctac 4388957  T
Q  152 acacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatct 251  Q
    |||||| |||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||    ||||| |||| |||||||||||| ||||||| |  |||||||| ||     
T  4388956 acacttatctacaattttcttgccaattgatacaagatttggatactcacttgcattccttccgtgaaaagcatgtctcacaaacattctccaacattca 4388857  T
Q  252 ttctcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatctt------acttcctg 345  Q
     | || | || || || ||||| ||| | ||     || |||||||   |||| || | ||||||||| |||||||||||||| ||      |||||| |    
T  4388856 ctttcattcagtttctctaaattaagctccttggtggacttcatgatagatgctacctccttgtcacgagttgtcacaataattttacttccacttccag 4388757  T
Q  346 aagatccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatat 445  Q
     |||||||||    |  |||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| | || || || |||| | |    
T  4388756 tagatccatggcataggggaagtagtaagcgctcccaaccttcctcattcccattccagacatcatctaaaacaagcaaatatttcttaccagttagttt 4388657  T
Q  446 ctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagat 545  Q
     || || | ||||  || |||  |||  || |||||| | |  | ||| || ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |    
T  4388656 gtgctgcaattgatgttggagcagattaaactcttcagcatgtgttgaagagtgaaatgacctcagaattgctttggtaagtccaacaacatcaaaagtt 4388557  T
Q  546 tctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagac 645  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||  |  | | || |||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  4388556 tctgaaacgtagacccaagctttaagttcaaaatgctctttcatcctgcggtcattgtacacaagctgagcaagagtggtcttacccattccaccgagac 4388457  T
Q  646 ccac 649  Q
    ||||    
T  4388456 ccac 4388453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 109; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 69 - 389
Target Start/End: Original strand, 5280614 - 5280934
Alignment:
Q  69 tccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacacttttctacaatct 168  Q
    |||||||| || | |||||||||  ||||| ||||  || ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||  |||||||||||| | |||||| |    
T  5280614 tccaatatcttggtccattcaccaggagaaaatttcattcgcaagagattccctaatgatttcagagctaaaggcggccctccacacttgtttacaattt 5280713  T
Q  169 tctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttctcctccaattgctt 268  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||    |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||| |||  | ||||||||||||||    
T  5280714 tcttcccaattgattcaagatttggatattcacttgcattttttccgtgaaaagcatgtctcacaaataaattccaaccatcgctttcctccaattgctt 5280813  T
Q  269 taaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagt 368  Q
     ||||||| |   ||    |||||||| |||  ||| || |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  5280814 caaatgaactatttgggaggatttcattactgctgctacctctttgtcacgtgtggtcacaataatcttacttccaaaagatccatgattaaagggaagt 5280913  T
Q  369 agtaactgctcccaaaattcc 389  Q
    |||||||| |||||| |||||    
T  5280914 agtaactgttcccaacattcc 5280934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 107; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 55 - 907
Target Start/End: Original strand, 5267975 - 5268830
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||  |||||||  ||||||  |||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  5267975 gccacatatctgtctccaatatcttaacccattcatgttgagagaattttcttcgcaagagatttcccaaagtttttacagctaaaggtaaccctccaca 5268074  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttc 254  Q
    ||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||    ||||  |||| ||||||||||||  |||||| | ||||||||| ||  ||    
T  5268075 cttatctactattttctttccaattgattcaagatttgggtattcacttgcattgcttccatgaaaagcatgtcgcacaaacatactccaacattcactc 5268174  T
Q  255 tcctccaattgctttaaatgaa-gttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatcca 353  Q
    |||| || || || ||||| || |||  || |  || ||||||||   ||| || | | ||| |||||||||||||||||| |||||||| | |||||||    
T  5268175 tccttcagtttctctaaattaaggtttttggt-ggagttcatgacagttgctaccttcatgttacgtgttgtcacaataattttacttccagcagatcca 5268273  T
Q  354 tgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgta 453  Q
    ||    || ||||||| |||  |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||| | || ||||||  | || |||||||||| |  ||| || |    
T  5268274 tggaataagggaagtaataagcgctcccaacattcttcactcccattccagacatcatccaaaaaaagcaagtatttcttgcctgttagtccctgctgca 5268373  T
Q  454 gttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaac 553  Q
      |||  || ||||  || |||||||||||| || | |||  | | ||||||||| ||||||| ||| || ||||| | | ||||||||  ||| |||||    
T  5268374 actgatgttggagtaaattcaagtcttcaccatctgctgaaaagtcaaatgacctcagaattgctttagtaagtccgagaccatcaaaaatttccgaaac 5268473  T
Q  554 atggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagacccacaata 653  Q
    || |||||| |||||| ||| ||| | || ||  | | | ||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||     
T  5268474 atagacccaggctttatgtttaaaattctccttgatcctttggtcattgtacacgagttgagcaagggtggtcttacccattccaccgagacccactatg 5268573  T
Q  654 cttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttttatcatcatctctaccatatatgcaagattcatcca 753  Q
    || ||||     |||||||||||    ||  ||||  | || ||| |||||||||  |  |  || ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  5268574 ctgattattggtacatggttgcccttgtctatgtcagacagtaaaaaattgattaactcctccttgtcaccatctctaccatatatgctggattcatcca 5268673  T
Q  754 ccaaagacgcagttggcaatctttttgaggatttcaatctaaccgcaccttc---actagtacaggctctttggttcaatcccagcacatccttttgatg 850  Q
    ||||||| | |||||||||||| | | ||| |||| | |||||  |||||||   ||||| ||| ||   ||| || ||||| |||| || |||||| |     
T  5268674 ccaaagatgtagttggcaatctatctaagggtttccaactaactccaccttcactactagcacaagcgtcttgttttaatccaagcatatgcttttgttt 5268773  T
Q  851 agcaagcaattttagcgtgtctaacaaatctttgatcctagattcaaatcgattagt 907  Q
     ||||| |||| |||| | |||| ||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  5268774 tgcaagaaattctagcttctctagcaattctttgatcctagactcaaatggattagt 5268830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 107; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 100 - 278
Target Start/End: Original strand, 6265680 - 6265858
Alignment:
Q  100 attttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattc 199  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||| |||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  6265680 attttctttggaagagaatccccaatgttttcagagttaaaggcaaccccccacattttgctactattttcttgccaatcaattcaagatttggatattc 6265779  T
Q  200 aaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttctcctccaattgctttaaatgaagt 278  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  6265780 aaacacattcttgccttgaaaagcatatctcacaaataaactccaagagtcactctcctccaattgctttaaatgaagt 6265858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 105; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 55 - 604
Target Start/End: Original strand, 6142230 - 6142779
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||| |||||||||||||||  ||  |||||||  || |||  ||||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  6142230 gccacaaatcagtctccaatatcctaacccattcaatttcagagaattttctattcaagagaatccccaatgttttcagagctaatggcaaccccccaca 6142329  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttc 254  Q
    ||||||||| || ||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||| | ||||||||||||||||| | |   ||    
T  6142330 cttttctactattttcttgcctatcaattcaagatttggatatccaaacacattcctacctggaaaagcatatctcacaaataaactccaagagttactc 6142429  T
Q  255 tcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccat 354  Q
    |||||||||||||| |||||||||  | |  | ||  |||||  | |||| || | ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  6142430 tcctccaattgcttcaaatgaagtatccgagcggaactcatgcttgatgctacttccttgtcatgtgttgtcacaatcatcttacttcctaaagatccac 6142529  T
Q  355 gattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtag 454  Q
      |||||   ||| |||| |||||||||    | |||||     | ||| | | ||||||||||||||||||| || |||||  |||  | ||| || |     
T  6142530 atttaaa---aagaagtagctgctcccacgtattctcatctatttcccatacaccatctagaacaagcaaaaatttcttgcccattagcaactgctgcaa 6142626  T
Q  455 ttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgt---cagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaa 551  Q
    ||||| || ||||   |||||||||| ||| |   | | ||| || ||||||||||| ||||||| |  |||||| | ||||| ||||||||||  || |    
T  6142627 ttgacgttggagtatttccaagtcttgaccatgtgctgctgatgactgaaatgacctaagaattgatagggtgagactaacaagatcaaaagatcttgga 6142726  T
Q  552 acatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgta 604  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || || | |||||||||||||    
T  6142727 acatggacccaagcattaagttcaaattgctcctgtatcctgtggtcattgta 6142779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 104; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 185
Target Start/End: Original strand, 7587754 - 7587921
Alignment:
Q  18 aatactgggttaatttcatcgtcacccttcgattaatgccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagat 117  Q
    ||||||| ||||||||||||  |||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||||||||||| ||| |    
T  7587754 aatactgagttaatttcatcaccacccttcgatacatgccacatatctgtctccaatatcttaaaccattcagcttgagaaaattttctttgcaggagtt 7587853  T
Q  118 tccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacacttttctacaatcttctttccaatcgattca 185  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||    
T  7587854 tccccaatgttttcacagctagaggcaaccctccacatttctctacaatcttcttgccaatcgattca 7587921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 100; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 55 - 278
Target Start/End: Original strand, 6245231 - 6245454
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||| ||||||||| ||||| |||  |||||||  || |||  || |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||    
T  6245231 gccacaaatcagtctctaatatcttaacccattcattttcagagaatcttctttgcaagagaatccccaatgttttcagagctaaaggcgaccccccaca 6245330  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttc 254  Q
     |||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||| | ||||||||||||||| | ||  ||    
T  6245331 tttttctactattttcataccaatcgattcaagatttggatattcaaacatattcctgccttcaaaagcatgtcttacaaataaactccaagagtcactc 6245430  T
Q  255 tcctccaattgctttaaatgaagt 278  Q
    |||||||||||| |||||||||||    
T  6245431 tcctccaattgccttaaatgaagt 6245454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 99; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 102 - 582
Target Start/End: Original strand, 6900079 - 6900562
Alignment:
Q  102 tttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaa 201  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| || |  || || ||| |||| ||||||||||||||||    
T  6900079 tttctttccaagagattccccaatgttttcagagctaaaggcaacccttcacacttttgtactatttgtttgcctatcaattccagatttggatattcaa 6900178  T
Q  202 acacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttctcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaa 301  Q
    | || ||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| |||||||||||| | |||  |||| | |||| | |    
T  6900179 atacttttcttcctagaaaggcatgtttcacaaataaactccaacaatcactctccttcaattgttttaaatgaagtagttgcgtagatcttatgattga 6900278  T
Q  302 tgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctccca-aaattcctcattcccatt 400  Q
    ||| || | | | ||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||| || |  |||| |||||||| || |||||||| | |||||| |||    ||    
T  6900279 tgctacttccatatcatgtgttgtcacaatcatcttacctactgaagattcacggctaaaaggaagtaggaaatgctcccacatattcct-atttttgtt 6900377  T
Q  401 ccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcac---cgtcagatgaggaa 497  Q
    || || |||||||| ||| |||||| | |  |||||  ||||  ||||||| |  |||  || ||||   |||||||||||||   |  | |  || |||    
T  6900378 cctgacatcatctaaaacgagcaaatattgcttgcccattaacctctgttgcaactgatgttggagtatttccaagtcttcactatctgccgccgaagaa 6900477  T
Q  498 tgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgct 582  Q
    |||| |||||| ||||||| || ||| || | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  6900478 tgaattgacctaagaattgattgggtcagacgaacaagatcaaaagattccgaaacatggacccaagctttaatttcaaaatgct 6900562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 99; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 55 - 660
Target Start/End: Original strand, 7749943 - 7750551
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||||||||||||||||||| |||  |||||||  || | |  ||||  ||||||| |  | |||||||||||  | ||||||||||||||| |||||    
T  7749943 gccacatatcagtctccaatattttaatccattcagtttcacagaatttgttttgcaataattgccccaatgtttctagagctaaaggcaaccccccaca 7750042  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttc 254  Q
    ||||||||| || ||||| || ||||| || ||||||||||||||||| | |||||| ||   ||||||||| | ||||||||| |||||| | ||  ||    
T  7750043 cttttctactattttcttgccgatcgactcgagatttggatattcaaatatattcttgcccaaaaaagcatgatgcacaaataagctccaagagtcactc 7750142  T
Q  255 tcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccat 354  Q
    || | |||||| |||||| ||||| || |    |||  ||||| | |||| || |  |||| | | ||  |||| |||| ||||||||| || |||||||    
T  7750143 tcattcaattgatttaaacgaagtagccgggtggatgccatgattgatgctacttcattgtgaggcgtcctcacgataagcttacttccagaggatccat 7750242  T
Q  355 gattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtag 454  Q
       ||||||||||||||| || || || | ||||| ||||| | ||||||||||  |||| |||||||||  |||| ||||| | || | ||||||| |     
T  7750243 tgctaaatggaagtagtagcttcttcctacattccacattctcgttccagatattgtctaaaacaagcaagtacttcttgccagctagtctctgttgcaa 7750342  T
Q  455 ttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagat---gaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaa 551  Q
    ||||| || ||||   |||| ||||||||  |  | |   || |||||||||  ||||||||||| || ||||||   ||||| ||||||||||||||||    
T  7750343 ttgacgttggagtatttccatgtcttcactatacgtttctgaagaatgaaattccctgagaattgcttgggtgagatgaacaagatcaaaagattctgaa 7750442  T
Q  552 acatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagacccacaa 651  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||  | || ||||||||| ||||| |||||||| ||||  || |||||||||||||||  || |||||| |    
T  7750443 acatagacccaagctttaagttcaaattgctcatgtatcttgtggtcgttgtaaacaagtcgggcaatggttgtcttacccatcccaatcacacccacta 7750542  T
Q  652 tacttatta 660  Q
    |||| ||||    
T  7750543 tactgatta 7750551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 97; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 52 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 13270644 - 13270420
Alignment:
Q  52 aatgccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctcc 151  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||  ||||| |  || |||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| || ||    
T  13270644 aatgccacaaatcagtctccaatatcttaacccatttaatttcagagaattttctttgcaagagaatccccaatgttttcagagctaaaggcaaaccccc 13270545  T
Q  152 acacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatct 251  Q
    ||| |||||||| ||  || | || || ||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||| ||||||||||||||||| | ||     
T  13270544 acatttttctactattctcataccgatggattcaagatttggatattcaaacatattcctgccttcaaaagcatgtctcacaaataaactccaagagtca 13270445  T
Q  252 ttctcctccaattgctttaaatgaa 276  Q
     |||||||||||||| |||||||||    
T  13270444 ctctcctccaattgccttaaatgaa 13270420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 95; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 38 - 276
Target Start/End: Original strand, 6259126 - 6259364
Alignment:
Q  38 gtcacccttcgattaatgccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagct 137  Q
    ||||||||| | | || |||||| ||||||||||||||| |||  |||||||  || |||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  6259126 gtcacccttgggtaaacgccacaaatcagtctccaatatcttaacccattcattttcagagaactttctttgcaagagaatccccaatgttttcagagct 6259225  T
Q  138 aaaggcaaccctccacacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaata 237  Q
     |||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||| | |||||||    
T  6259226 gaaggcaaccccccacatttttctactattttcttgccgatcgattcaagatttggatattcaaacatattcctgccttcaaaagcatgtcttacaaata 6259325  T
Q  238 aactccaacaatctttctcctccaattgctttaaatgaa 276  Q
    || ||||| | ||  |||||||||||||| ||| |||||    
T  6259326 aattccaagagtcactctcctccaattgccttagatgaa 6259364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 91; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 56 - 278
Target Start/End: Original strand, 6168836 - 6169058
Alignment:
Q  56 ccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacac 155  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||  |||||||  || |||  || |||||||||||||| ||||||||||||| | ||| |||||| |||| |||||     
T  6168836 ccacaaatcagtctctaatatcttaacccattcattttcagagaatcttctttgcaagagaatccccaatgtttttagagcaaaaggcgaccccccacat 6168935  T
Q  156 ttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttct 255  Q
    |||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||| | ||||||||||||||| | ||  |||    
T  6168936 ttttctactattttcataccaatcgattcaagatttggatattcaaacatattcctgccttcaaaagcatgtcttacaaataaactccaagagtcactct 6169035  T
Q  256 cctccaattgctttaaatgaagt 278  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  6169036 cctccaattgccttaaatgaagt 6169058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 81; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 114 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 6722120 - 6721852
Alignment:
Q  114 agattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttc 213  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |  |||||   || ||| |||||||||||| | ||||||| |||| | |    
T  6722120 agattacccaatgttttcagagctaaaggcaaccctccacacttttctgccactttcttgataaccgactcaagatttggaaaatcaaacaaattcctgc 6722021  T
Q  214 cttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttctcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgctt 313  Q
    || |||||||||| ||||||||||  |||||| | ||  | ||||||||||| | |||||||||| || |    ||| |||||| | |||| || | |||    
T  6722020 ctcgaaaagcatgattcacaaatatcctccaagagtcactttcctccaattgatataaatgaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttcctt 6721921  T
Q  314 gtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctccca 382  Q
    ||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||   |||||  |||||||||||||||||||    
T  6721920 gtcccgtgttgtcacgatcatcttacttcctgaagatccacatttaaaaagaagtagtaactgctccca 6721852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 81; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 109 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 6838957 - 6838139
Alignment:
Q  109 gcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacatt 208  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||     ||||    
T  6838957 gcaagaggttccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacacttatctacaatctttttgccaattgattcaagttttgggtattcgcttgcatt 6838858  T
Q  209 ctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttctcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaaca 308  Q
     || || ||||||||| || |   ||||||||||||||  ||  ||| ||||||||| || |||| || |  ||    ||||||||  | | |||| |||    
T  6838857 tttgccgtgaaaagcaagtgtggaaaataaactccaactgtcactcttctccaattgtttcaaatcaaataactttgtagatttcacaattgatgctaca 6838758  T
Q  309 tgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatat 408  Q
    |  || || |||||||||||||||||||||||    |||||||| || ||||| ||||||||||||  |||||||  ||||||||||   ||||||| ||    
T  6838757 tttttatcgcgtgttgtcacaataatcttactcgtagaagatccttggttaaaaggaagtagtaacgtctcccaactttcctcattcagtttccagacat 6838658  T
Q  409 catctagaacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacct 508  Q
    |||| | |||||| | | | || ||| |||||||||| | ||||||||| | || |||| | || |||||||| |  |  | ||  |||| |||   ||     
T  6838657 catccacaacaagtagatagttcttggctgttaatattttttgtagttgccgttggagtagttctaagtcttcgctatttgctgcagaatcaaacttccc 6838558  T
Q  509 gagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagaca 608  Q
     |  ||| ||||||| ||||||| |||||||||| | |  || |||||||||||||||||||  ||||| | ||  | ||   ||   ||||||||||||    
T  6838557 aatgattattttggtaagtccaataacatcaaaatacttagatacatggacccaagctttaatctcaaacttctcttgtattctgcaatcattgtagaca 6838458  T
Q  609 agtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagacccacaatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgatta 708  Q
    ||  ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| || || || ||       || |||||||||   || ||||   | |||||||| || ||||    
T  6838457 agctgagcaagggtggtctttcccatcccacccaaaccaactatgctgatagttgatacttggttgccattgtccttgtaagacagcaaatagttaatta 6838358  T
Q  709 ttttatttttatcatcatctctaccatatatgcaagattcatccaccaaagacgcagttggcaatctttttgaggatttcaatctaaccgcaccttc--- 805  Q
    |||  | ||| ||| | |||||||||  |||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||     |||||||| |||||       
T  6838357 tttcttctttttcaccttctctaccacgtatggaagattcatccaccaaagatgcagttggagatctttttgaggattgtgggctaaccgcgccttcata 6838258  T
Q  806 actagtacaggctctttggttcaatcccagcacatccttttgatgagcaagcaattttagcgtgtctaacaaatctttgatcctagattcaaatcgatta 905  Q
    |||||| ||   ||||||  |||||||||   || ||||||| |  |||||  |||||||| || ||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  6838257 actagtgcaacttctttgtgtcaatcccaaatcacccttttgctctgcaagatattttagcttgcctagcaactctttgatcctagattcaaatggatta 6838158  T
Q  906 gtaaaacctgaaaggaagt 924  Q
    || | | ||||||| ||||    
T  6838157 gtgatagctgaaagcaagt 6838139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 73; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 496 - 760
Target Start/End: Complemental strand, 6721732 - 6721468
Alignment:
Q  496 aatgaaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtg 595  Q
    |||||| |||| |||||||||||| || ||| | || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||| | ||| | ||||    
T  6721732 aatgaattgacttgagaattgtttgggcgagacgaagaacatcaaaagattctgaaagatagacccaagctttaagttcatattgctccactatcctgtg 6721633  T
Q  596 gtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagacccacaatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagc 695  Q
    ||||||||| |||||  | ||||| || |||||||| ||||||  ||||||||| ||||| |||| |  ||| |||||| |||  ||| | ||  |||||    
T  6721632 gtcattgtaaacaagctgggcaagggttgtcttacctatcccaatcagacccactatactgattatgggcacctggttgtcactgtcactatcagaaagc 6721533  T
Q  696 aaataattgattattttatttttatcatcatctctaccatatatgcaagattcatccaccaaaga 760  Q
    ||  ||||||||||||  | ||| ||||  |||| ||||||||||   |||||||||||||||||    
T  6721532 aagaaattgattatttcttctttctcatgctctcgaccatatatgaccgattcatccaccaaaga 6721468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 62; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 981 - 1098
Target Start/End: Complemental strand, 6838064 - 6837947
Alignment:
Q  981 acttcatatacctcatgttttagtttatgaagccagttcttcacatatgtgttttggtactgctttgtttctgcatcatccaacaattgatttatagaat 1080  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||||||||| |  ||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  6838064 acttcatatacctcatgttttagattatcaaaccacttcttcacattttggttttggtacttctttgtctctgcatcattcaacaattgatcgatagaat 6837965  T
Q  1081 taagtgtgatttcaagtt 1098  Q
    | ||||||| ||||||||    
T  6837964 tcagtgtgacttcaagtt 6837947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 59; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 500 - 574
Target Start/End: Original strand, 6917490 - 6917564
Alignment:
Q  500 aaatgacctgagaattgttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttc 574  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  6917490 aaatgacctgagaattgatttggtgagaccaacaagatcaaaagattctgaatcatggacccaagctttaagttc 6917564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 56; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 6480095 - 6479900
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||||||||||||||||||| ||   ||||||| |||||||| | ||| |  |||| || |  ||||||| | | | |||||||||||||||| ||||    
T  6480095 gccacatatcagtctccaatatcttcatccattcatcttgagaaaactttttccgcaaaagttggcccaatgatattatagctaaaggcaacccttcaca 6479996  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatc 250  Q
    ||| || |  || ||| | ||||| |||||||| |||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||    
T  6479995 cttgtccattattttcctgccaattgattcaagttttggatagtcacacacactcttgccttgaaaagcatgagtcacaaataatctccaacaatc 6479900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 55; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 249
Target Start/End: Original strand, 6947185 - 6947379
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||||||||||||||||||| |    ||||||| |||||||| | ||| || |||| || |  |||| || ||| | |||||||||||||||||||||    
T  6947185 gccacatatcagtctccaatatctgcatccattcatcttgagaaaacttttttcgcaaaagttggcccagtgattttatagctaaaggcaaccctccaca 6947284  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaat 249  Q
    ||| || || || ||| | ||||| |||||||| |||||||  ||| |||||  | | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  6947285 cttgtccactattttcctcccaattgattcaagttttggatcgtcacacacacgcatgccttgaaaagcatgtgtctcaaataaactccaacaat 6947379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 55 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 6448900 - 6448706
Alignment:
Q  55 gccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccaca 154  Q
    |||||||||||||||||||||| ||   ||||||| |||||||| | ||| |  ||||  | |  |||| || ||| | |||||||||||||||||||||    
T  6448900 gccacatatcagtctccaatatcttcatccattcatcttgagaaaactttttccgcaaatgttggcccagtgattttatagctaaaggcaaccctccaca 6448801  T
Q  155 cttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaat 249  Q
    | | |  |  || ||| | ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||||||    
T  6448800 catgttcaatattttcctaccaattgattcaagaattggatattcacacacactctttccatgaaaagcatgtgtcaaaaacaaactccaacaat 6448706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 48; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 954 - 1189
Target Start/End: Original strand, 7750917 - 7751152
Alignment:
Q  954 gtagcaataatatccaatagttgctcaacttcatatacctcatgttttagtttatgaagccagttcttcacatatgtgttttggtactgctttgtttctg 1053  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| | ||| ||||| |||||||| || | || |||||| |||||||| | |  || |||||||| |||| | ||||    
T  7750917 gtagcaatcacatcgaatagttgctctaattcgtatacatcatgtttgagatcatcaagccaattcttcacgtttcggtgttggtactcctttatatctg 7751016  T
Q  1054 catcatccaacaattgatttatagaattaagtgtgatttcaagttcttccaccaaccctttacgaaagcagcctctgaaatctcttgaagccaacctctg 1153  Q
    |||||||||  | || ||| |||||||  |||||||||||||||| || |  || || || | | ||| || |||||||||||   |||||||||||||     
T  7751017 catcatccagtacttcattgatagaatctagtgtgatttcaagttttttccacagcctttcatggaagtagtctctgaaatcttgagaagccaacctctc 7751116  T
Q  1154 aatagtcacttgaaagacagatgaaagaaatgcccc 1189  Q
       | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7751117 tcgaatcacttgaaagacagacgaaagaaatgcccc 7751152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 45; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 56 - 388
Target Start/End: Original strand, 6917046 - 6917378
Alignment:
Q  56 ccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacac 155  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||  ||| |||| || |||  || ||||  |||||||||| |||| |  | |||||| ||||||||||||||||||     
T  6917046 ccacaaatcagtctccattatcttaacccactcacgtttagagaatcttctacgcaagagattacccatttctgtcacagttaaaggcaaccctccacat 6917145  T
Q  156 ttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatctttct 255  Q
    || ||||| || ||||| |||||   |||||||||||||| || |  | ||||| |  | |||||||||||  ||||||||||||||| |||| |  |||    
T  6917146 ttgtctactattttcttgccaataatttcaagatttggatgttgactcgcattcctatcatgaaaagcatgactcacaaataaactcctacaaccactct 6917245  T
Q  256 cctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatg 355  Q
    | || ||||||||||||| |||| || |    ||| |||||| | |||| || | |||||||  ||||||||  || ||||| | |   |||||||||||    
T  6917246 cttctaattgctttaaatcaagtagccgggtggatctcatgattgatgctacttccttgtcatatgttgtcaagattatcttgccttgagaagatccatg 6917345  T
Q  356 attaaatggaagtagtaactgctcccaaaattc 388  Q
     ||||| ||||  |||||||||||| |||||||    
T  6917346 gttaaaaggaaacagtaactgctccaaaaattc 6917378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 538 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 13270215 - 13270093
Alignment:
Q  538 caaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatccc 637  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||| || || | | ||||||||||| |||||  ||||||| |  ||||||||||||||    
T  13270215 caaaagattctggaacatagacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgagcaagggctgtcttacccatccc 13270116  T
Q  638 acccagacccacaatacttatta 660  Q
       ||||||||| ||||| ||||    
T  13270115 catcagacccactatactgatta 13270093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 888 - 1188
Target Start/End: Original strand, 6143069 - 6143369
Alignment:
Q  888 ctagattcaaatcgattagtaaaacctgaaaggaagtgttgcgtctttccctttctttgcgcattggtagcaataatatccaatagttgctcaacttcat 987  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||| ||    |||| |||||||  || || |  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  6143069 ctagattcaaatcgattaataaaagcagaaagaaagcgtcttatcttcccctttcggtgtgcgtcagtagcaataacatccaatagttgctccacttcat 6143168  T
Q  988 atacctcatgttttagtttatgaagccagttcttcacatatgtgttttggtactgctttgtttctgcatcatccaacaattgatttatagaattaagtgt 1087  Q
    ||| | ||||  | |  | || |||||| ||||||||   |   ||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||  | ||| ||||| || |||||    
T  6143169 ataacacatgactcacatcatcaagccaattcttcacggtttgattttggtactgctttgtctctgtgtcatccagcacataattgatagacttgagtgt 6143268  T
Q  1088 gatttcaagttcttccaccaaccctttacgaaagcagcctctgaaatctcttgaagccaacctctgaatagtcacttgaaagacagatgaaagaaatgcc 1187  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| | | ||  || ||||||||||| ||||||  ||| ||| |  | ||| ||||| |||||  ||||||||||||    
T  6143269 gatttcaagttttttcaccagcccttcatggaaatagtctctgaaatctgttgaagttaacttctcacaaatcaattgaatgacaggggaaagaaatgcc 6143368  T
Q  1188 c 1188  Q
    |    
T  6143369 c 6143369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 539 - 660
Target Start/End: Original strand, 6266122 - 6266243
Alignment:
Q  539 aaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatccca 638  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || || | | ||||||||||| |||||  | ||||| |  |||||||| |||||     
T  6266122 aaaagtttctgaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgggcaagggctgtcttaccaatcccc 6266221  T
Q  639 cccagacccacaatacttatta 660  Q
      ||||||||| ||||| ||||    
T  6266222 gtcagacccactatactgatta 6266243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 720 - 924
Target Start/End: Original strand, 5250753 - 5250960
Alignment:
Q  720 tcatcatctctaccatatatgcaagattcatccaccaaagacgcagttggcaatctttttgaggatttcaatctaaccgcaccttcactagt----acag 815  Q
    ||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  | |||||| ||||| | | ||| |||| | |||||  ||||||||||| |    | ||    
T  5250753 tcaccatctctaccatatatgctcgattcatccaccaaagctgtagttggaaatctatctaagggtttccaactaacgccaccttcactactagcaaaag 5250852  T
Q  816 gctctttggttcaatcccagcacatccttttgatgagcaagcaattttagcgtgtctaacaaatctttgatcctagattcaaatcgattagtaaaacctg 915  Q
     |||  || |||||||| |||| ||||||||| |  ||||| |||| |||| | |||| ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||  ||    
T  5250853 cctc-atgtttcaatccgagcatatccttttgctttgcaagaaattctagcttctctagcaattctttaatcctagattcaaatggattagtgaaagatg 5250951  T
Q  916 aaaggaagt 924  Q
    ||| |||||    
T  5250952 aaaagaagt 5250960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #41
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 984 - 1087
Target Start/End: Original strand, 5281535 - 5281638
Alignment:
Q  984 tcatatacctcatgttttagtttatgaagccagttcttcacatatgtgttttggtactgctttgtttctgcatcatccaacaattgatttatagaattaa 1083  Q
    ||||||||  ||||||| || | || |||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||| ||  |||||| || |||| || |||||||||||||||||    
T  5281535 tcatatacagcatgtttaagatcatcaagccacttctttacatatgtgcttttgtactgcatttgttctgcttcttccagcacttgatttatagaattaa 5281634  T
Q  1084 gtgt 1087  Q
    ||||    
T  5281635 gtgt 5281638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #42
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 549 - 660
Target Start/End: Original strand, 6259595 - 6259706
Alignment:
Q  549 gaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatcccacccagaccca 648  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||| || || | | ||||||||||| |||||  | ||||| |  ||||||||||||||   ||||||||    
T  6259595 gaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcctgtatcctatggtcattgtaaacaagctgggcaagggctgtcttacccatccccgtcagaccca 6259694  T
Q  649 caatacttatta 660  Q
    | ||||| ||||    
T  6259695 ctatactgatta 6259706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #43
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 530 - 660
Target Start/End: Original strand, 6882926 - 6883056
Alignment:
Q  530 aacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtctta 629  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||| |   | | ||| ||||||||| |||||  | || ||||| ||||||    
T  6882926 aacaagattaaaagattctggaacattcacccaagctttaagttcaaaatgctccgtgatcatgtcgtcattgtaaacaagctgggcgagagttgtctta 6883025  T
Q  630 cccatcccacccagacccacaatacttatta 660  Q
    ||||||||   ||||||||| ||||| ||||    
T  6883026 cccatccccatcagacccactatactaatta 6883056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #44
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 969 - 1046
Target Start/End: Complemental strand, 6479142 - 6479065
Alignment:
Q  969 aatagttgctcaacttcatatacctcatgttttagtttatgaagccagttcttcacatatgtgttttggtactgcttt 1046  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||  ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  6479142 aatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagtttatcaagccacttcttcacatatatgatttggtactgcttt 6479065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #45
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 954 - 1015
Target Start/End: Complemental strand, 6721163 - 6721102
Alignment:
Q  954 gtagcaataatatccaatagttgctcaacttcatatacctcatgttttagtttatgaagcca 1015  Q
    |||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||| ||||||    
T  6721163 gtagcaatcacatccaatagttgctctacttcgtatacctcatgtttgagattatcaagcca 6721102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #46
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 965 - 1046
Target Start/End: Original strand, 6736855 - 6736936
Alignment:
Q  965 atccaatagttgctcaacttcatatacctcatgttttagtttatgaagccagttcttcacatatgtgttttggtactgcttt 1046  Q
    |||||||||||| ||  ||||||| |   ||||||| |||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6736855 atccaatagttggtctgcttcataaagaacatgtttaagttcatcaagccacttcttcacatatttgttttggtactgcttt 6736936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #47
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1032 - 1113
Target Start/End: Complemental strand, 13269727 - 13269646
Alignment:
Q  1032 ttttggtactgctttgtttctgcatcatccaacaattgatttatagaattaagtgtgatttcaagttcttccaccaaccctt 1113  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||| ||| | ||| ||||| || |||||||||||||||| || ||||| |||||    
T  13269727 ttttggtactgcttagtctctgcgtcatccagcaaataattgatagacttcagtgtgatttcaagttttttcaccagccctt 13269646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #48
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 530 - 582
Target Start/End: Original strand, 5281078 - 5281130
Alignment:
Q  530 aacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgct 582  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  5281078 aacagcatcaaaaaattctgaaacatagacccaagctttatgttcaaaatgct 5281130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #49
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 969 - 1045
Target Start/End: Complemental strand, 6519322 - 6519246
Alignment:
Q  969 aatagttgctcaacttcatatacctcatgttttagtttatgaagccagttcttcacatatgtgttttggtactgctt 1045  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||  ||||||| |||| || |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6519322 aatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagttcatcaagccacttcttcacatatttgttttggtactgctt 6519246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #50
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 994 - 1046
Target Start/End: Complemental strand, 6553573 - 6553521
Alignment:
Q  994 catgttttagtttatgaagccagttcttcacatatgtgttttggtactgcttt 1046  Q
    ||||||| |||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6553573 catgtttaagttcatcaagccacttcttcacatatttgttttggtactgcttt 6553521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #51
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 972 - 1095
Target Start/End: Original strand, 6917956 - 6918079
Alignment:
Q  972 agttgctcaacttcatatacctcatgttttagtttatgaagccagttcttcacatatgtgttttggtactgctttgtttctgcatcatccaacaattgat 1071  Q
    ||||| || |||||||||||||| ||||| || | || |||||| |||||||| | |  ||||||||||||||||   ||||||||||| | || || ||    
T  6917956 agttggtctacttcatatacctcgtgtttgagatcatcaagccaattcttcacgtctcggttttggtactgctttacctctgcatcatcaagcacttcat 6918055  T
Q  1072 ttatagaattaagtgtgatttcaa 1095  Q
    | |||||||  | |||||||||||    
T  6918056 tgatagaatccaatgtgatttcaa 6918079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #52
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 880 - 941
Target Start/End: Original strand, 6169648 - 6169709
Alignment:
Q  880 ctttgatcctagattcaaatcgattagtaaaacctgaaaggaagtgttgcgtctttcccttt 941  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||| ||| ||||  |||||||||||    
T  6169648 ctttaatcctagattcaaatcgattgatagaacctgaaagaaagcgttgtatctttcccttt 6169709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #53
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 880 - 941
Target Start/End: Original strand, 6246047 - 6246108
Alignment:
Q  880 ctttgatcctagattcaaatcgattagtaaaacctgaaaggaagtgttgcgtctttcccttt 941  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||| ||| ||||  |||||||||||    
T  6246047 ctttaatcctagattcaaatcgattgatagaacctgaaagaaagcgttgtatctttcccttt 6246108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #54
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 880 - 941
Target Start/End: Original strand, 6259911 - 6259972
Alignment:
Q  880 ctttgatcctagattcaaatcgattagtaaaacctgaaaggaagtgttgcgtctttcccttt 941  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  || |||||||||| ||| ||||  |||||||||||    
T  6259911 ctttaatcctagattcaaatcgattgatagaacctgaaagaaagcgttgtatctttcccttt 6259972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #55
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 965 - 998
Target Start/End: Complemental strand, 6849979 - 6849946
Alignment:
Q  965 atccaatagttgctcaacttcatatacctcatgt 998  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6849979 atccaatagttgctcaacttcgtatacctcatgt 6849946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #56
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 969 - 1046
Target Start/End: Original strand, 8455523 - 8455600
Alignment:
Q  969 aatagttgctcaacttcatatacctcatgttttagtttatgaagccagttcttcacatatgtgttttggtactgcttt 1046  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||  ||||||| || | || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  8455523 aatagttggtctgcttcataaacaacatgtttaagatcatcaagccacttcttcacatatttgttttggtactgcttt 8455600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 409; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 1214
Target Start/End: Complemental strand, 6573437 - 6572243
Alignment:
Q  26 gttaatttcatcgtcacccttcgattaatgccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaat 125  Q
    |||||||||||| |  |||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6573437 gttaatttcatcattgcccttcgatacatgccacatatcagtttccaatatcttaaaccattcaccctgagaaaattttctttgcaagagattccccaat 6573338  T
Q  126 gttttcacagctaaaggcaaccctccacacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcat 225  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  6573337 gttttcacggctaaaggcaaccctccacatttgtctacaatctccttgccaatcgattcaagatttggatagtcaaacacattttttcctcgaaaagcat 6573238  T
Q  226 gtttcacaaataaactccaacaatctttctcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagatttcatgactaatgcaacatgcttgtcacgtgttgt 325  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||    
T  6573237 gtttcacaaataaactccaacaatctttctcctccaaattctttaaaagaagttgatggtcagatttcatgaccaatgcaacgtttttgtcacgtgttgt 6573138  T
Q  326 cacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctagaacaagcaaa 425  Q
    |||||||||||| |||||| || ||||||| || || | ||||||||| |||||| || | ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||| |    
T  6573137 cacaataatcttgcttcctaaaaatccatggttgaaagaaagtagtaattgctccaaacactcctcattccctttccacacatcatctagaacaagcaga 6573038  T
Q  426 aactttttgcctgttaatatctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaattgttttggtga 525  Q
    ||  | ||| | | || | ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |   | ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  6573037 aatctcttgacggatagtgtcttttgtagttgacaaatgagtggatccaagtcttcaccgtctgcaaaagaatggaatgacctaagaattgttttggtga 6572938  T
Q  526 gtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggt 625  Q
    |||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | | | |||||||||||||||||  ||||||| |||||    
T  6572937 gtccaacagcatcaaatgattttgagacatggacccaagctttaaggtcaaactgtttctccatcctctggtcattgtagacaagctgagcaagggtggt 6572838  T
Q  626 cttacccatcccacccagacccacaatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatttttatcatca 725  Q
    ||| ||||||||||||| |||||| || || ||||     || |||||| |    || |||| | |||||||||  ||||||||||  | ||| ||| |     
T  6572837 cttccccatcccacccaaacccactatgctgattattgatacttggttgtcgttgtctttgtatgaaagcaaatggttgattatttcttctttctcaccc 6572738  T
Q  726 tctctaccatatatgcaagattcatccaccaaagacgcagttggcaatctttttgaggatttcaatctaaccgcaccttcactagtacaggctctt---- 821  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| |   ||||| |||||||||  | ||| |   |||        
T  6572737 tctctaccatatatgcaagatttatccaccagagatgcagttggcgatctttttgaggattgctggctaactgcaccttcaaaactactgcaacttccac 6572638  T
Q  822 ----tggttcaatcccagcacatccttttgatgagcaagcaattttagcgtgtctaacaaatctttgatcctagattcaaatcgattagtaaaacctgaa 917  Q
        ||  ||||||||| |||||||||||| |   | || ||||||||  |||| | |||||| |||||||||| |||| |||||||||| |||  ||||    
T  6572637 tacctg--tcaatcccaacacatccttttgctctacgagaaattttagtttgtcgagcaaatcattgatcctaggttcatatcgattagtcaaagttgaa 6572540  T
Q  918 aggaagtgttgcgtctttccctttctttgcgcattggtagcaataatatccaatagttgctcaacttcatatacctcatgttttagtttatgaagccagt 1017  Q
    |||| | |||||  |||   ||||| ||| |  || ||||||||   |||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||   || ||||||      
T  6572539 aggatgcgttgcaccttgatctttcgttgtgagtttgtagcaatctcatccaacaattgatctacttcatatacctcatgttttagacgatcaagccaaa 6572440  T
Q  1018 tcttcacatatgtgttttggtactgctttgtttctgcatcatccaacaattgatttatagaattaagtgtgatttcaagttcttccaccaaccctttacg 1117  Q
    ||||||| | || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||||||||      
T  6572439 tcttcacgtttgggttttggtactgttttgtctctgcatcatccaacaattgattgatagaattcattgtgatttcaagtttttcaaccaaccctttatt 6572340  T
Q  1118 aaagcagcctctgaaatctcttgaagccaacctctgaatagtcacttgaaagacagatgaaagaaatgcccccgcaatcagctctgccatgatattg 1214  Q
     |||    || ||||||||||||| || ||||||| || ||| ||||||||||  || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  6572339 gaagagatctttgaaatctcttgaggcaaacctctcaagagtgacttgaaagaacgacgaaagaaatgctccagcaatcagctctgccatgatattg 6572243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425 (Bit Score: 144; Significance: 5e-75; HSPs: 2)
Name: scaffold0425
Description:

Target: scaffold0425; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 121 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 7524 - 6888
Alignment:
Q  121 ccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacacttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaa 220  Q
    |||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| | ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  7524 ccaatgattttatagctaaaggcaaccctccacacttgtccactattttcttcccaattgtttcaagatttggatattcacacacactttttccttgaaa 7425  T
Q  221 agcatgtttcacaaataaactccaacaatctttctcctccaattgctttaaatgaagttgctgctcagattt-----catgactaatgcaacatgcttgt 315  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||||   | |  |||||||| | ||||| || |   |     |||||     ||||||  |||| || | ||| |    
T  7424 agcatgtgtcacaaataatctccaacaattgcttttttccaattgttgtaaatcaaataatttggttgattttagaacatgac--atgctacctcctttt 7327  T
Q  316 cacgtgttgtcacaataatcttacttcctgaagatccatgattaaatggaagtagtaactgctcccaaaattcctcattcccattccagatatcatctag 415  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||  || |||||||||| ||||||||||     
T  7326 cacgtgttgtcacgataattttacttccagaagatccatggttaaacggaagtagtagctgctcccaatattctacactcccattccatatatcatctaa 7227  T
Q  416 aacaagcaaaaactttttgcctgttaatatctgttgtagttgacatttgagtggatccaagtcttcaccgtcagatgaggaatgaaatgacctgagaatt 515  Q
    |||||||||  | || || ||  |||| || ||||| ||||||  || |||| ||| |||||||||||| || | ||| | || ||||||| ||||||||    
T  7226 aacaagcaagtatttctttcccattaacatgtgttggagttgatgttggagttgattcaagtcttcaccatctgctgaaggattaaatgacttgagaatt 7127  T
Q  516 gttttggtgagtccaacaacatcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgag 615  Q
    | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||| |||||   ||    
T  7126 gctttggtgagtccaaaaacatcgaaagattctgaaacatagacccatgctttaagttcaaaatgcttctttatcttgttgtctttgtacacaagcttag 7027  T
Q  616 caagagtggtcttacccatcccacccagacccacaatacttattacgctcacatggttgccaccatcattgtctaaaagcaaataattgattattttatt 715  Q
    |||| ||||| || |||||||| || | |||||| || || ||||     || ||||||||||  |||||| ||  ||| ||| | ||||||||||| |     
T  7026 caagggtggttttccccatccctcctaaacccactatgctgattattggaacctggttgccactgtcattgccttcaagtaaaaacttgattattttttc 6927  T
Q  716 tttatcatcatctctaccatatatgcaagattcatccac 754  Q
     |||||| |||| |||||||||||||  || ||||||||    
T  6926 cttatcaacatccctaccatatatgcttgactcatccac 6888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0425; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 994 - 1046
Target Start/End: Complemental strand, 6612 - 6560
Alignment:
Q  994 catgttttagtttatgaagccagttcttcacatatgtgttttggtactgcttt 1046  Q
    ||||||| |||| || |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6612 catgtttaagttcatcaagccacttcttcacatatttgttttggtactgcttt 6560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 60; Significance: 6e-25; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 56 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 25242269 - 25242072
Alignment:
Q  56 ccacatatcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctccacac 155  Q
    ||||||||  || |||||||| |||  |||||||  ||||||  |||||||| ||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  25242269 ccacatattcgtttccaatatcttaacccattcatgttgagagaattttcttcgcaagagattccccgttgtttttacagctaaaggcaacgctccacac 25242170  T
Q  156 ttttctac---aatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactccaacaatc 250  Q
    ||||||||    || ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||    ||||| |||| |||||||||||  || |||| | ||||||||||||    
T  25242169 ttttctactattattttcttgccaattgatgcaagatttggatattcacttgcattccttccgtgaaaagcatgcctctcaaacacactccaacaatc 25242072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 48; Significance: 9e-18; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 62 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 35140447 - 35140261
Alignment:
Q  62 atcagtctccaatatgttagaccattcaccttgagaagattttctttgcaagagattccccaatgttttcacagctaaaggcaaccctcc------acac 155  Q
    ||||||||||||||| |||  |||||||  ||  ||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||  ||||| ||      |||     
T  35140447 atcagtctccaatatcttaacccattcattttcggagaattttctttgcaagagaatccccagtgttttcagagctaaagataacccccccaccccacat 35140348  T
Q  156 ttttctacaatcttctttccaatcgattcaagatttggatattcaaacacattctttccttgaaaagcatgtttcacaaataaactc 242  Q
    |||||||| |  ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||| ||| | ||||||||||||||    
T  35140347 ttttctactagtttcataccaatcgtttcaagatttggatattcaaacatattcctgccttcaaaaccatatctcacaaataaactc 35140261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 536 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 35140017 - 35139893
Alignment:
Q  536 atcaaaagattctgaaacatggacccaagctttaagttcaaattgcttctctaccttgtggtcattgtagacaagtcgagcaagagtggtcttacccatc 635  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||  | || | | ||||||||||| |||||| | |  || || ||||||||| ||    
T  35140017 atcaaaagattcagaaacatggacccaagctttaaattcaaactgctcatgtatcctatggtcattgtaaacaagttgggttagggttgtcttacccttc 35139918  T
Q  636 ccacccagacccacaatacttatta 660  Q
    ||   ||||||||||||||| ||||    
T  35139917 cccatcagacccacaatactgatta 35139893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University