View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12957_low_7 (Length: 521)

Name: NF12957_low_7
Description: NF12957
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12957_low_7
NF12957_low_7
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-518)||(3780247-3780752)
chr8 (313-491)||(4076859-4077037)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (307-489)||(33594436-33594618)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (307-489)||(25955877-25956059)
chr5 (307-487)||(1501287-1501468)
chr5 (312-489)||(38280190-38280367)
chr5 (307-489)||(42250116-42250298)
chr5 (329-483)||(7886377-7886530)
chr5 (313-487)||(38951387-38951570)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (307-489)||(52055065-52055247)
chr4 (313-439)||(1158222-1158348)
chr4 (327-489)||(49866670-49866821)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (307-489)||(2286458-2286640)
chr7 (307-490)||(11765707-11765890)
chr7 (307-489)||(496683-496865)
chr7 (312-489)||(7527181-7527358)
chr7 (314-489)||(23844642-23844817)
chr7 (313-489)||(42535132-42535307)
chr7 (325-487)||(40855070-40855233)
chr7 (307-461)||(25185878-25186032)
chr7 (307-450)||(48057655-48057798)
chr7 (307-423)||(31427243-31427361)
chr7 (442-487)||(31427170-31427215)
chr7 (389-437)||(4649281-4649329)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (307-479)||(47940826-47940998)
chr3 (312-487)||(49786398-49786573)
chr3 (307-489)||(8436813-8436995)
chr3 (329-456)||(8153001-8153128)
chr3 (313-410)||(48778969-48779066)
chr3 (307-407)||(29836769-29836868)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (307-489)||(13922185-13922367)
chr2 (328-491)||(11828978-11829141)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (307-487)||(20186760-20186940)
chr1 (306-489)||(30339635-30339818)
chr1 (307-490)||(51787272-51787454)
chr1 (313-489)||(9672889-9673062)
chr1 (305-420)||(43740393-43740508)
chr1 (445-489)||(43740309-43740352)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 458; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 458; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 3780752 - 3780247
Alignment:
Q  13 ttctgcttcgttatgagttttggggtattttctcatactgtttgaatgaaaggtgtatttatagatgtgacagtcaacctcttttcttatagttaaagga 112  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  3780752 ttctgcttccttatgagttttggggtattttctcttactgtttgagtgaagggtgtatttatagatgtgacagacaacctcttttcttattgttaaagga 3780653  T
Q  113 gcctcttttctgacttgattgttccttaagctatattttttccattccacagtcacccagacaagagcttcgtaaggacggagtgattaagtttaattct 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3780652 gcctcttttctgacttgattgttccttaagctatattttttccattccacagtcgcccagacaagagcttcgtaaggacggagtgattaagtttaattct 3780553  T
Q  213 agggagattatctgacttggtcgttccttaatgctatattaatttagtccagtgttaatacaatatagaaaactcatttgtatccacaccacacgagtag 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3780552 agggagattatctgacttggtcgttccttaatgctatattaatttagtccagtgttaatacaatatagaaaactcatttgtatccacaccacacaagtag 3780453  T
Q  313 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttcccttt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  3780452 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccacacaaacatgtgacatgtagcctaaacccgagaaacactttgtctctcttcccttt 3780353  T
Q  413 catccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcccaccacaccatcatgcactttcc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3780352 catccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcccaccacaccatcatgcactttcc 3780253  T
Q  513 attttt 518  Q
    ||||||    
T  3780252 attttt 3780247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 313 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 4077037 - 4076859
Alignment:
Q  313 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttcccttt 412  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  4077037 tgatacatgcatacccataggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtagcctagaccccacaaacaatttgtctctcttcctttt 4076938  T
Q  413 catccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttccca 491  Q
    ||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4076937 catccatctctctcctctcaaataagtggaggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttccca 4076859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 307 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 33594618 - 33594436
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||| ||||||||||||||    
T  33594618 gagtagtgatacatgcacatccattggtggcatacacacttaaaccttcacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttgtctctctt 33594519  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  33594518 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 33594436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 307 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 25956059 - 25955877
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  25956059 gagtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacatttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctctt 25955960  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  25955959 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtaggggtgtatgggtgatatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 25955877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 307 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 1501468 - 1501287
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| |||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||||||    
T  1501468 gagtggtgatacatgcagatccataggtgacatacacacttaaacctccacataaacatatgacatgtagcctagaccccatatacactttgtctctctt 1501369  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgt-aggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 487  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1501368 ctctttcatccatctctctcctctcaaatatgtggggggtgtatgtgtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 1501287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 312 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 38280367 - 38280190
Alignment:
Q  312 gtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctt 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  38280367 gtgatacatgtacatccataggtggtatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttctctt 38280268  T
Q  412 tcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    |||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38280267 tcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 38280190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 307 - 489
Target Start/End: Original strand, 42250116 - 42250298
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| |||||||||| ||| |||||  || |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || || || ||| ||||||||||||||||||    
T  42250116 gagtggtgatacatgcacacccataaatgacatagacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcttagaccccacaaacactttgtctctctt 42250215  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  42250216 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgggggtgcacgggtgatatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 42250298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 329 - 483
Target Start/End: Original strand, 7886377 - 7886530
Alignment:
Q  329 ataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttcct 428  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||| | | | |||||||||||||||||||||  |||||| |||     
T  7886377 ataggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctaaatcccacatatattttgtctctcttccctttcatatatctctctccc 7886476  T
Q  429 ctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatca 483  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  7886477 ctcaaatatgta-gggtgtatgggtggtatgaaaatattagtggtctaccaatca 7886530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 313 - 487
Target Start/End: Original strand, 38951387 - 38951570
Alignment:
Q  313 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttcccttt 412  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||||| | ||| ||| ||| | ||||| |||||| |||| || |||| | || ||||||||| ||| | |||||| |    
T  38951387 tgatacatgcacattcatagatggcatatatacttaaatctcaacacaaatatgtgatatgtggcttaaatttcacaaacactttatcttttttccctat 38951486  T
Q  413 catccatctct-ttcc--------tctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 487  Q
    ||||||||||| ||||        ||||  |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38951487 catccatctctcttccgtctctcttctctcatagctaggggtgtatgggtggtatgaaaatatgagtggtctatcaatcatttt 38951570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 307 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 52055247 - 52055065
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  52055247 gagtggtgatacatgcacattcataggtggcatacacacttaaacctctacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctctt 52055148  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52055147 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatgtgagggtgtatggatgttatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 52055065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 313 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 1158348 - 1158222
Alignment:
Q  313 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttcccttt 412  Q
    ||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || | | ||||| ||||||||||||||||||    
T  1158348 tgatacatgcacatcgatagaaggcgtacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccctacaaacattttgtctctcttcccttt 1158249  T
Q  413 catccatctctttcctctcaaatatgt 439  Q
    ||| ||||||| |||||||||||||||    
T  1158248 cattcatctctctcctctcaaatatgt 1158222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 327 - 489
Target Start/End: Original strand, 49866670 - 49866821
Alignment:
Q  327 ccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttc 426  Q
    |||||||||| |||||| || |||||| || ||||| |||||||||||  | || ||  || ||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||    
T  49866670 ccataggtggtatacacgcttaaaccttcacacaaatatgtgacatgtgacttagaccacataaacactttgtctctcttctctttcatcgatctctctc 49866769  T
Q  427 ctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    |||||| |           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49866770 ctctcata-----------gtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 49866821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 307 - 489
Target Start/End: Original strand, 2286458 - 2286640
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    ||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  2286458 gagtagtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctctt 2286557  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||| |  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2286558 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatatgagggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 2286640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 307 - 490
Target Start/End: Original strand, 11765707 - 11765890
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||  || ||| ||||||||||||||||||    
T  11765707 gagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtccttgaccccacaaacactttgtctctctt 11765806  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttccc 490  Q
    | ||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11765807 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttccc 11765890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 307 - 489
Target Start/End: Original strand, 496683 - 496865
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||| ||  |||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  496683 gagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatatgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 496782  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    | ||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  496783 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 496865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 312 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 7527358 - 7527181
Alignment:
Q  312 gtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctt 411  Q
    |||||||||| | || ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||   ||    
T  7527358 gtgatacatgcatattcattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagactccataaacactttgtctcttttttttt 7527259  T
Q  412 tcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7527258 tcatccatctctctcctctcaaatatatggggctgtatgggtggtacgaaattatgagtggtctaccaatcattttcc 7527181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 314 - 489
Target Start/End: Original strand, 23844642 - 23844817
Alignment:
Q  314 gatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttc 413  Q
    |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||  |||| ||  || |||||||||||||||||||| ||||    
T  23844642 gatacatgcacatccataggtaacatacacactcaaatctccacataaacatgtgacatgtgccctagacctcacaaacactttgtctctcttccttttc 23844741  T
Q  414 atccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  23844742 atccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtataggtggtatgaaaatatgagtggtttatcaatcattttcc 23844817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 313 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 42535307 - 42535132
Alignment:
Q  313 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttcccttt 412  Q
    ||||| |||||||  |||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  | || |  ||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  42535307 tgatatatgtacactcataggtgacatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcttatatcccacaaacactttgtctctcttctcttt 42535208  T
Q  413 catccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42535207 catccatctctctcctctagaatatgt-ggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 42535132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 325 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 40855233 - 40855070
Alignment:
Q  325 atccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagc-ctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctct 423  Q
    ||||||| |||| ||| ||||| ||||||| | ||||||||||||| ||| |  ||| ||  || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  40855233 atccatatgtggtatatacacttaaacctctacacaaacatgtgacctgtgggtctagacctcacaaacactttgtctcttttccctttcattcatctct 40855134  T
Q  424 ttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 487  Q
     ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  40855133 ctcctctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaaatataagtggtctaacaatcatttt 40855070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 307 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 25186032 - 25185878
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| ||||| |||| |||  |||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||| ||||| ||||||||    
T  25186032 gagtggtgatgcatgcacactcataggtgacatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaatactttatctctctt 25185933  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaa 461  Q
    || |||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||||||    
T  25185932 ccttttcatccatctctctcctcacaaatatgtgggggtatatgaatggtatgaa 25185878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 307 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 48057798 - 48057655
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | | |||| |||| | |||||||||||| ||  |||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  48057798 gagtggtgatacatgtacacccataggtggcatacatatttaaacttccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 48057699  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatg 450  Q
    | ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||    
T  48057698 ctctttcatccatctctctcctctaaaatatgtgggggtgtatg 48057655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 307 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 31427361 - 31427243
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtg--gcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctc 404  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||  ||||||| | | ||||||||  | ||| ||||||||||| |  || |||||| ||||||||||||||||    
T  31427361 gagtggtgatacatgcacatccataggtgtggcatacataattaaacctccgcataaatatgtgacatgtggtttagactccacaaacactttgtctctc 31427262  T
Q  405 ttccctttcatccatctct 423  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  31427261 ttccctctcatccatctct 31427243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 442 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 31427215 - 31427170
Alignment:
Q  442 gggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 487  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31427215 gggtgtttgggtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 31427170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 389 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 4649329 - 4649281
Alignment:
Q  389 aaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttcctctcaaatat 437  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  4649329 aaacactttatctctcttccttttcatccatctctctcctctcaaatat 4649281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 307 - 479
Target Start/End: Original strand, 47940826 - 47940998
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    ||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  47940826 gagtagtgatacatgcacacctattggtggcatacacacttaaacctccacacaaacatgtgacatgtggcctagaccccacaaacactttgtctctctt 47940925  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctacca 479  Q
    || |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  47940926 ccttttcatccatctctctcctctcaaatatatgggggtgtatgggtggtatgaaattatgagtggtctacca 47940998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 312 - 487
Target Start/End: Original strand, 49786398 - 49786573
Alignment:
Q  312 gtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctt 411  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||| || ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  49786398 gtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctcttctctt 49786497  T
Q  412 tcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 487  Q
    |||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49786498 tcattcatctctctcctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 49786573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 307 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 8436995 - 8436813
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| | | ||| || ||||| ||  | || || ||| ||||||||||||||||||    
T  8436995 gagtggtgatatatgtacacccataggtggcatacacatttaaacctctacataaatatatgacacgtgtcttagaccccacaaacactttgtctctctt 8436896  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    | ||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8436895 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 8436813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 329 - 456
Target Start/End: Original strand, 8153001 - 8153128
Alignment:
Q  329 ataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttcct 428  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||    
T  8153001 ataggtggcatacacacctaaacctccacataaacatgtgacatgtggcctagactccacaaacactttgtctctcttctcttttatccatctctctcct 8153100  T
Q  429 ctcaaatatgtaggggtgtatggatggt 456  Q
    ||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  8153101 ctcaaatatgtggaggtgtatgggtggt 8153128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 313 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 48779066 - 48778969
Alignment:
Q  313 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccct 410  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||||| || | |||| |||| | ||| ||||||||||| | ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  48779066 tgatacatgcacacctataggtggcatactcatttaaacatccacataaatatgtgacatgtggtctagactccataaacactttatctctcttccct 48778969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 307 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 29836868 - 29836769
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||| |  |||| || ||| ||| ||||||||||||||    
T  29836868 gagtggtgatacatgcacactcataggtggcatacacacttaaacctccacacaaatatgtaacatatgacctacaccccacaaa-actttgtctctctt 29836770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 307 - 489
Target Start/End: Original strand, 13922185 - 13922367
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||| ||  |||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  13922185 gagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaacctccacgtaaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctctt 13922284  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    | ||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  13922285 ctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 13922367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 328 - 491
Target Start/End: Original strand, 11828978 - 11829141
Alignment:
Q  328 cataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttccctttcatccatctctttcc 427  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||  |||| || ||| |||||||||| |||||| | ||||||||||||||| |||    
T  11828978 cataggtggcatacacacttaaacctccacataaatatgtgacatgtgtcctagaccccacaaacactttgcctctctcctctttcatccatctctctcc 11829077  T
Q  428 tctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttccca 491  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  11829078 tctcaaatatgtgggggtgtatgggtggtatgaaaatataagtggtctaccaatcattttccca 11829141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 101; Significance: 8e-50; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 307 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 20186940 - 20186760
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||| |  ||| ||||||||||||||||||    
T  20186940 gagtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctagatcccacaaacactttgtctctctt 20186841  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcatttt 487  Q
    | |||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20186840 ctctttcatccatctctcccctctaaaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcatttt 20186760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 306 - 489
Target Start/End: Original strand, 30339635 - 30339818
Alignment:
Q  306 cgagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctct 405  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||||||||| ||  |||| || ||| |||||||||||||||||    
T  30339635 cgagtggtgatacatgtacacccataggtggcatacacacttaaacctctacataaacatgtgacacgtgtcctagaccccacaaacactttgtctctct 30339734  T
Q  406 tccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    || ||||||||||||||| ||||||  |||||||  |||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339735 tctctttcatccatctctctcctctagaatatgtgagggtgtatgagtggtataaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 30339818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 307 - 490
Target Start/End: Original strand, 51787272 - 51787454
Alignment:
Q  307 gagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctctt 406  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || | |||||||||||| ||   ||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  51787272 gagtggtgatacatgtacatccataggtggcatacacacttaaaccttcacataaacatgtgacacgtgctctagaccccacaaacactttgtctctctt 51787371  T
Q  407 ccctttcatccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttccc 490  Q
    | ||||||| ||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51787372 ctctttcatgcatctctctcctctagaatatgt-ggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttccc 51787454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 313 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 9673062 - 9672889
Alignment:
Q  313 tgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctcttcccttt 412  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||  |||| | |||| |||||||  |||||||||| ||||    
T  9673062 tgatacatgtacacctataggtggcatacacacttaaacctccacataaacatgtgacacgtgtcctaga-tccacaaacact--gtctctcttctcttt 9672966  T
Q  413 catccatctctttcctctcaaatatgtaggggtgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    ||||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9672965 catccatctctctcctctagaatatgtgggggtgtatgagtggtatggaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 9672889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 305 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 43740508 - 43740393
Alignment:
Q  305 acgagtagtgatacatgtacatccataggtggcatacacactcaaacctccatacaaacatgtgacatgtagcctaaactccagaaacactttgtctctc 404  Q
    |||||| ||||| |||| |||||||||| |  ||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||  || ||||||||||||||||    
T  43740508 acgagtggtgatccatgaacatccatagatcacatgcacacttaaacctccacacaaacatgtgatatgtggcctaaacctcacaaacactttgtctctc 43740409  T
Q  405 ttccctttcatccatc 420  Q
    |||| | |||||||||    
T  43740408 ttccttatcatccatc 43740393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 445 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 43740352 - 43740309
Alignment:
Q  445 tgtatggatggtatgaaaatatgagtggtctaccaatcattttcc 489  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  43740352 tgtatgggtggtatgaaaatat-agtagtctaccaatcattttcc 43740309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University