View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1295R-Insertion-1 (Length: 1120)

Name: NF1295R-Insertion-1
Description: NF1295R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1295R-Insertion-1
NF1295R-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-1006)||(31641887-31642890)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 866; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 866; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1006
Target Start/End: Complemental strand, 31642890 - 31641887
Alignment:
Q  9 tatagtaccaataatccttcatcataatatt---atataattttaattttttgcatgcataaagtaaaaggctatccacatcaattgcatcatgcatatg 105  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31642890 tatagtaccaataatccttcaacataatatttttatataattttaattttttgcatgcataaagcaaaaggctatccacatcaattgcatcatgcatatg 31642791  T
Q  106 atcatttgaccctgtaacataatttatgtcccatttggtccaaacccattgacacgttaatccgtgtacattagtcccctctccctttatcccatgcatg 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31642790 atcatttgaccctgtaacataatttatgtcccatttggtccaaacccattgacacgttaatccgtgtacattagtcccctctccctttatcccatgcatg 31642691  T
Q  206 atttcccttacctttttgccaatggggcacattctacaagaatttcacaagtcttctttggttatgcaaatttcacattatgtacatatgcatgcatgat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31642690 atttcccttacctttttgccaatggggcacattctacaagaatttcacaagtcttctttggttatgcaaatttcacattatgtacatatgcatgcatgat 31642591  T
Q  306 tcatttccattctcaaaatcaaattcattgactcattttctctgnnnnnnn-gttacaataaaatatataaaatttaattaccatgttaaaatgcataaa 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31642590 tcatttccattctcaaaatcaaattcattgactcattttctctgaaaaaaaagttacaataaaatatataaaatttaattaccatgttaaaatgcataaa 31642491  T
Q  405 tgaatttggtgtcgagctggattttgtacaatcgatctacaaacgttcaattaagattaggtgactcaaattatatgattgaataaatgcacgataattt 504  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31642490 tgaatttggtgtctagctgtattttgaacaatcgatctacaaacgttcaattaagattagataactcaaattatatgattgaataaatgcatgataattt 31642391  T
Q  505 caatttagggaatcatatccttaaaacacgttcttccctagtaattacatttagaataaaacacattagccataaataaacctttttagggtgcttctac 604  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31642390 cgatttagggaatcatatccttaaaacacgttcttccctagtaattacatttagaataaaacacattagcaataaataaacctttttagggtccttctac 31642291  T
Q  605 tagtacattttagagaagggttgaaagctagactttttaggttaatttggtatagaggttaattctaatttttattactacttaacaaatttaatgtaat 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31642290 tagtacattttagagaagggttgaaagctagactttttaggttaatttggtatagaggttaattcaaaattttattactacttaacaaatttaatgtaat 31642191  T
Q  705 tgcaaacttgccatgacaacataaatgaatggcatcccctcaataaaaacacaaatgacatgttggttcatgaagtccactattgaatcaagaccatatt 804  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31642190 tgcaaacttgccatgacaacacaaatgaatggcatcccctcaataaaaacacaaatgacatgttggttcatgaagtccactattgaatcaagaccatatt 31642091  T
Q  805 agtggcccttttttataaatgaataatacaatggttataagtattatatgcaagaaaatatatagtattttctgatgctcttttgtgaattaatatgaat 904  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  31642090 agtggcccttttttataaatgaataatacaatggttataagtattatatgcaagaaaatatatagtattttctcatgctcttttgtgaattaatataaat 31641991  T
Q  905 tttcttttgttttaatttgtgtgaaaactgcaggaaggatagcttcataactcatagagcatttttgtgatgca-tggctg-agaaagtgc-agaatgtc 1001  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||    
T  31641990 tttcttttgttttaatttgtgtgaaaactgcaggaaggatagcttcataactcatagagca-ttttgtgatgcattggctgaagaaagtgcaagaatgtc 31641892  T
Q  1002 tgcaa 1006  Q
    |||||    
T  31641891 tgcaa 31641887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University