View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12961_low_1 (Length: 727)

Name: NF12961_low_1
Description: NF12961
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12961_low_1
NF12961_low_1
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (1-724)||(18416260-18416993)
chr1 (377-723)||(52964080-52964431)
chr1 (37-331)||(52963765-52964065)
chr1 (149-395)||(19936767-19937016)
chr1 (563-721)||(19935565-19935723)
chr1 (419-565)||(19936005-19936155)
chr1 (632-669)||(11222029-11222066)
chr1 (86-138)||(19937257-19937309)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-724)||(33834389-33835098)
chr4 (1-459)||(37916904-37917368)
chr4 (468-724)||(37915395-37915653)
chr4 (12-285)||(7566644-7566927)
chr4 (97-356)||(23298610-23298869)
chr4 (526-648)||(23298388-23298510)
chr4 (221-368)||(50962527-50962674)
chr4 (648-705)||(31838012-31838069)
chr4 (648-705)||(46593585-46593642)
chr4 (648-705)||(50962935-50962992)
chr4 (647-699)||(23297986-23298038)
chr4 (588-705)||(37077141-37077258)
chr4 (221-326)||(37495168-37495273)
chr4 (648-705)||(37495600-37495657)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-396)||(37000428-37000825)
chr8 (474-723)||(37000848-37001086)
chr8 (648-705)||(43737175-43737232)
chr8 (589-705)||(8475932-8476047)
chr8 (221-341)||(43736784-43736904)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (431-720)||(37624863-37625155)
chr7 (12-293)||(8984416-8984707)
chr7 (489-705)||(45182237-45182453)
chr7 (606-706)||(44263129-44263229)
chr7 (221-317)||(22120196-22120292)
chr7 (221-317)||(40542707-40542803)
chr7 (489-553)||(42357230-42357294)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (13-724)||(32330937-32331630)
chr5 (208-593)||(4490183-4490562)
chr5 (648-705)||(21715-21772)
chr5 (595-715)||(35702074-35702192)
chr5 (648-705)||(30591680-30591737)
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (419-658)||(703488-703726)
chr2 (497-705)||(10434455-10434663)
chr2 (648-705)||(17727045-17727102)
chr2 (648-705)||(38506531-38506588)
chr2 (221-341)||(34768450-34768570)
chr2 (221-341)||(38506100-38506220)
chr2 (280-351)||(17726673-17726744)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (96-320)||(49812730-49812955)
chr3 (489-705)||(36500842-36501058)
chr3 (104-186)||(35000925-35001007)
chr3 (648-705)||(12932411-12932468)
chr3 (648-705)||(15424538-15424595)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (629-724)||(1217561-1217660)
[»] scaffold0411 (2 HSPs)
scaffold0411 (489-705)||(10127-10343)
scaffold0411 (214-340)||(9848-9974)
[»] scaffold0744 (1 HSPs)
scaffold0744 (648-705)||(6453-6510)
[»] scaffold0071 (1 HSPs)
scaffold0071 (648-705)||(37643-37700)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 724
Target Start/End: Complemental strand, 18416993 - 18416260
Alignment:
1 caaggagatttgtatcctgacccaggcagatacagaaggttggttaggaagctgaattatcgtactatgac--gaccagatatttcgtttgttgttagtg 98  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
18416993 caaggagatttgtatcctgacccaggaagatacagaagtttagttgggaagctgaattatcttactatgactagaccagatatttcgtttgatgttagtg 18416894  T
99 ttgtgagtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaaaagacttgttta 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
18416893 ttgtgagtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggtttgaatcttgaggtatattaaagggtcacctggaaaaggacttgttta 18416794  T
199 ttca----gaggacataccaatattattggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatg 294  Q
    ||||    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
18416793 ttcatacagaggacataccaatattgttggatattcatatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctacttcaggttattgtgttctaatg 18416694  T
295 ggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtactgaggcggtgtatcgtgttatgacacatgctacttgtgaac 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
18416693 ggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagaaaactgttgttgcaaggtcaagtactgaggcggagtatcgtgctatgacacatgctacttgtgaac 18416594  T
395 ttgtatggatgaagcacttgttggaagagttgaaattttgtgaactaggtcctatggaacttaagtgtgataat----cggcattgtatctttcgtcaaa 490  Q
    || ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||    
18416593 ttttatgattgaagcacttgttggaagagtttaaattttgtgaactaggtcctatggaacttaagtgtgataatgagtcggcattgtatctttcgtcaaa 18416494  T
491 tccagttttttatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaacctcttcagtgagctcc 590  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
18416493 tccagtttttcatgagaggacaaaacatatagaagttgattgtcactttatcatagagaagatactttttggcatcattaaaacctcttcagtgagctcc 18416394  T
591 aatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagctt 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
18416393 aatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatatgatatatatggtccaactt 18416294  T
691 gagggggagtgttgattattctctatttattata 724  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
18416293 gagggggagtgttgattattctctatttattata 18416260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 377 - 723
Target Start/End: Original strand, 52964080 - 52964431
Alignment:
377 cacatgctacttgtgaacttgtatggatgaagcacttgttggaagagttgaaattttgtgaactaggtcctatggaacttaagtgtgataatc----ggc 472  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | || | |||||||||||| ||||||||||    | |    
52964080 cacatgatacttgtgaacttttatggttgaagcatttgttagaagagttaaaattttgtgaattgggccatatggaacttaaatgtgataatcaatcgac 52964179  T
473 attgtatctttcgtcaaatccagttttttatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaa 572  Q
     ||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||    
52964180 gttgcatctttcgtcaaatcccatttttcatgagaggactaaacacatagaagttgattgccactttatcagagagaagatcctttccgacatcattaaa 52964279  T
573 acctcttcagtgagctccaatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatatt 672  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||     
52964280 acctcttcaataagctccaatgatcaactagccgatatcttcaccaaacctctacaaggacctcagattgattgaatatgtaacaagctggatgcatatg 52964379  T
673 atatatatggtccagcttgagggggag-tgttgattattctctatttattat 723  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
52964380 atatatatgctccagcttgagggggggttgttgattattctctatttattat 52964431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 37 - 331
Target Start/End: Original strand, 52963765 - 52964065
Alignment:
37 aggttggttaggaagctgaattatcgtactatgac--gaccagatatttcgtttgttgttagtgttgtgagtcaatttttgaactcaccttgtgatagcc 134  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||  |||  |||  ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
52963765 aggttagttgggaagctgaattatctcactgcgactagaccagatactttgtttgttgttagtgttgtaagtcaatttctgaactcaccttgtgatagcc 52963864  T
135 attggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaaaagacttgtttattcaga----ggacataccaatattattggatattc 230  Q
    ||| || ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||    || |||| ||||||| ||||||||||    
52963865 attcgactgttgtagttcgaatcttgaggtatattaaagggtcacctggaaaaggacttatttattcagacagaggccataacaatattgttggatattc 52963964  T
231 agatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaa 330  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
52963965 agatgcagattgagcaggtgatgttaatgatagaatatctagttcaggttattgtgttttaatgggaggaaacttaatttcatgggaaagtaaaaagcaa 52964064  T
331 a 331  Q
    |    
52964065 a 52964065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 149 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 19937016 - 19936767
Alignment:
149 gttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaaaagacttgtttattcaga----ggacataccaatattattggatattcagatgcagattggg 244  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| | || | || |||||||||||||  |    || |||||| | ||| ||| |||||||||||  || ||||    
19937016 gttcggatcttgaggtgtattaaagggtcgcttggagaatgacttgtttattctaatattggtcataccgaaattgttgaatattcagatgttgactggg 19936917  T
245 caggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaag 344  Q
    ||||||| ||||||||||| |  | ||||| | ||||||||||| | ||   |||||||||  ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||    
19936916 caggtgacgtgaatgataggatgtttacttcatgttattgtgttttgattccaggaaacttg-tttcatggaaaggtaaaaagaaaattgttgttgcaag 19936818  T
345 gtcaagtactgaggcggtgtatcgtgttatgacacatgctacttgtgaact 395  Q
    ||||||||  ||||| | ||||||||||||| | | | |||||||||||||    
19936817 gtcaagtagagaggccgagtatcgtgttatggcccgtactacttgtgaact 19936767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 563 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 19935723 - 19935565
Alignment:
563 catcattaaaacctcttcagtgagctccaatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctg 662  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||  |||| | ||  | ||| | ||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |     
19935723 catcattaaaaccacttcagtgaactcaaatgatcagttaaatgatgttttctctaaatctctatggggacctcaggtttattatgtatgtaacaagtta 19935624  T
663 gatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttgattattctctatttatt 721  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| | |  |||||||||||||||||||||||||    
19935623 gatgcatatgatatatatgctccagcttaaagatgagtgttgattattctctatttatt 19935565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 419 - 565
Target Start/End: Complemental strand, 19936155 - 19936005
Alignment:
419 aagagttgaaattttgtgaactaggtcctatggaacttaagtgtgataatcgg----cattgtatctttcgtcaaatccagttttttatgagaggacaaa 514  Q
    ||||||||||| ||||||||||||    ||||||| ||| ||||||||||| |    |||||||| |||| ||||||    ||||| |||||| ||| ||    
19936155 aagagttgaaaatttgtgaactagacattatggaatttatgtgtgataatcagttgacattgtatttttcttcaaatgtgatttttcatgagatgactaa 19936056  T
515 acacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcat 565  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||    
19936055 acacctagaagttgattgtcactttatcggagacaagattttttctagcat 19936005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 632 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 11222066 - 11222029
Alignment:
632 acctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcat 669  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
11222066 acctcagattgattatatatgtaacaagttggatgcat 11222029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 86 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 19937309 - 19937257
Alignment:
86 tttgttgttagtgttgtgagtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattg 138  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| ||||| ||||||    
19937309 tttgttgttagtgttgtgagtcaatttctaaattcaccttttgataaccattg 19937257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 724
Target Start/End: Original strand, 33834389 - 33835098
Alignment:
1 caaggagatttgtatcctgacccaggcagatacagaaggttggttaggaagctgaattatcgtactatgac--gaccagatatttcgtttgttgttagtg 98  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
33834389 caaggagatttgtatcctgacccaggcagata----aggttagttgggaagctgaattatcttactatgactagaccagatatttcgtttgctgttagtg 33834484  T
99 ttgtgagtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaaaagacttgttta 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||    
33834485 ttgtgagtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcgcctggaaaaggacttgttta 33834584  T
199 ttc----agaggacataccaatattattggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatg 294  Q
    |||    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
33834585 ttccgacagaggacataccaatattgttggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctacttcaggttattgtgttctaatg 33834684  T
295 ggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtactgaggcggtgtatcgtgttatgacacatgctacttgtgaac 394  Q
    ||||||||||||||||||||                     |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||    
33834685 ggaggaaacttaatttcatga--------------------tgttgcaaggtcaagtactgaggcggagtatcgtgctatggcacatgctacttgtgaac 33834764  T
395 ttgtatggatgaagcacttgttggaagagttgaaattttgtgaactaggtcctatggaacttaagtgtgataatcgg----cattgtatctttcgtcaaa 490  Q
    || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||| |||||    
33834765 ttttatggttgaaacacttgttggaagagttgaaattttgtgaactaggtcctatggaacttaagtgtgataatcggtcggcattgtatctttcatcaaa 33834864  T
491 tccagttttttatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaacctcttcagtgagctcc 590  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
33834865 tccagtttttcatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttttggcatcattaaaacctcttcagtgagctcc 33834964  T
591 aatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagctt 690  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
33834965 aatgatcagctagccgatatctttaccaaaccactacgggaacctcggattgattatatatgtaacaagctggatgcatatgatatatatggtccagctt 33835064  T
691 gagggggagtgttgattattctctatttattata 724  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
33835065 gagggggagtgttgattattctttatttattata 33835098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37917368 - 37916904
Alignment:
1 caaggagatttgtatcctgacccaggcagatacagaaggttggttaggaagctgaattatcgtactatgac--gaccagatatttcgtttgttgttagtg 98  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
37917368 caaggagatttgtatcctgacccaagcagatacagaaggttagttgggaaactgaattatcttactatgactagaccagatatttcgtttgctgttagtg 37917269  T
99 ttgtgagtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaaaagacttgttta 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
37917268 ttgtgagtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctggaaaaggacttgttta 37917169  T
199 ttcagag----gacataccaatattattggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatg 294  Q
    ||||||     ||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
37917168 ttcagacagaagacgtatcaatattgttggatattcagatgcagattgggcagatgatgtgaatgatagaagatctacttcaggttattgtgttctgatg 37917069  T
295 ggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtactgaggcggtgtatcgtgttatgacacatgctacttgtgaac 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
37917068 ggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtactgaggtggagtatcgtgttatggcacatgctacttgtgaac 37916969  T
395 ttgtatggatgaagcacttgttggaagagttgaaattttgtgaactaggtcctatggaacttaag 459  Q
    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37916968 ttttatggttgaagcacttgttggaagagttgaaattttgtgaactaggtcctatggaacttaag 37916904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 468 - 724
Target Start/End: Complemental strand, 37915653 - 37915395
Alignment:
468 tcggcattgtatctttcgtcaaatccagttttttatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaaga---tactttctagca 564  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| |||    
37915653 tcggcattgtatctttcgtcaaatccagtttttcatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagaagatactttctggca 37915554  T
565 tcattaaaacctcttcagtgagctccaatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctgga 664  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37915553 tcattaaaacctcttcagtgagctccaatgatcaactagccgatatctttaccataccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctgga 37915454  T
665 tgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttgattattctctatttattata 724  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
37915453 tgcatatgatatatatggtccatcttga-ggggagtgttgattattctctatttattata 37915395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 12 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 7566927 - 7566644
Alignment:
12 gtatcctgaccca-ggcagatacagaaggttggttaggaagctgaattatcgtactatgac--gaccagatatttcgtttgttgttagtgttgtgagtca 108  Q
    ||||||| ||||| |||| |||||| |||||| || ||| |||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
7566927 gtatcctaacccaaggcacatacaggaggttgattgggaggctgaattatctcactatgactagaccagatatttcgtttgatggtagtgttgtgagtca 7566828  T
109 atttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggt---tcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaaaag-acttgtttattcaga 204  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||| || || |||||||||    
7566827 acttctgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggtggttaggatcatgaggtatgt-aaagggtcacttgaaaaaaggacctgcttattcaga 7566729  T
205 ----ggacataccaatattattggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgt 285  Q
        || ||||  |||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||    
7566728 cagaggccatattaatactgttggatattcatatgcatattgggcaagtgatgtgaatgtaagaagatctacttcagattattgt 7566644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 97 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 23298869 - 23298610
Alignment:
97 tgttgtgagtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaaaagacttgtt 196  Q
    ||||| |||||||||| | ||||   ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| || |||||   ||| |  |||||    
23298869 tgttgcgagtcaatttctaaactgggcttgtaatagccattggaatgcagtggttcggatcttaaggtatattaaaaggccacctaggaaatggtttgtt 23298770  T
197 tattca----gaggacataccaatattattggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaa 292  Q
    ||| ||    ||||  ||| ||||||| ||||||||||||||    |||||||||||||||| | ||||  ||| |||| |  | |||||||| ||||||    
23298769 tatacagaatgaggtaatagcaatattgttggatattcagataataattgggcaggtgatgtaagtgat--aag-tctattacatgttattgtattctaa 23298673  T
293 tgggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtactga 356  Q
    |  || | || ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||    
23298672 ttaga-gcaatttaatttcatggaaaagcaagaagcaaattgttgttacaaggtcgagtgctga 23298610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 526 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 23298510 - 23298388
Alignment:
526 ttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaacctcttcagtgagctccaatgatcagctagctgatatctttaccaaaccact 625  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||  |||   |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| | ||  ||||||| |||||| | ||    
23298510 ttgattttcactttatcagagaaaatatcatttgaggcatcattaaaacctcttcattgagctccaataaccagttcgccaatatcttcaccaaatctct 23298411  T
626 acggggacctcagattgattata 648  Q
    || ||||||||| ||| ||||||    
23298410 acagggacctcaaattaattata 23298388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 221 - 368
Target Start/End: Original strand, 50962527 - 50962674
Alignment:
221 ttggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaacttaatttcatggaaaag 320  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||  | ||||||| | |||||||  ||||||||| || |  |||| |||||  | ||||||||||| ||    
50962527 ttgggtattcagatgccgattgggcaggagatgcaagtgatagacggtctacttctggttattgtatttttgtgggtggaaatctcatttcatggaagag 50962626  T
321 taaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtactgaggcggtgtatcg 368  Q
     ||||||||||| || |||||  | |||||||| ||||| | ||||||    
50962627 caaaaagcaaacagtcgttgctcgatcaagtacagaggccgagtatcg 50962674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 31838069 - 31838012
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||    
31838069 atatgtgacaagcttgatgcatatgatttgtatgctccagcttgagggggagtgttga 31838012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 46593642 - 46593585
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
46593642 atatgtgacaagatggatgcatatgatatgtatgctccaccttgagggggagtgttga 46593585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Original strand, 50962935 - 50962992
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
50962935 atatgtgacaagatggatgcatatgatatgtatgctccaccttgagggggagtgttga 50962992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 647 - 699
Target Start/End: Complemental strand, 23298038 - 23297986
Alignment:
647 tatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggag 699  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||    
23298038 tatatgtaacaagttggatgcatatgatataaatgctccaacttgagggggag 23297986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 588 - 705
Target Start/End: Original strand, 37077141 - 37077258
Alignment:
588 tccaatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccag 687  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||| |||   |||||| | |||| |||   ||| |||||| ||||| ||||||||||| || |||| |  |||     
37077141 tccaaggatcaacttgctgatatctttactaaatttctacggagtcctcggataacttacatatgtgacaagatggatgcatatgatgtatacgcaccac 37077240  T
688 cttgagggggagtgttga 705  Q
    ||||||||||||||||||    
37077241 cttgagggggagtgttga 37077258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 221 - 326
Target Start/End: Original strand, 37495168 - 37495273
Alignment:
221 ttggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaacttaatttcatggaaaag 320  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||| | |||||||  ||||||||| || |  |||| |||||  | ||||||||||| ||    
37495168 ttgggtattcagatgccgattgggcaggagatgcgagtgatagacggtctacttctggttattgtatttttgtgggtggaaatctcatttcatggaagag 37495267  T
321 taaaaa 326  Q
     |||||    
37495268 caaaaa 37495273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Original strand, 37495600 - 37495657
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| || | |||| |||| ||||||||||||||||||    
37495600 atatgtgacaagatggatgcatatgatttgtatgctccaccttgagggggagtgttga 37495657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 224; Significance: 1e-123; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 396
Target Start/End: Original strand, 37000428 - 37000825
Alignment:
1 caaggagatttgtatcctgacccaggcagatacagaaggttggttaggaagctgaattatcgtactatgac--gaccagatatttcgtttgttgttagtg 98  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||  ||| ||| ||| |||||||  | ||||||  || || |||||||||||||| ||||||    
37000428 caaggagatttgtatcctaacccaagaagatacaggaggtaagttgggaggctaaattatctcaatatgactagagcatatatttcgtttgtttttagtg 37000527  T
99 ttgtgagtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaaaagacttgttta 198  Q
    |||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
37000528 ttg--agtcaattttttatctcaccttgtgatagccattggaatgctgtggttcggatcttgcggtatattaaagggtcgcctgaaaaaggacttgttta 37000625  T
199 ttcaga----ggacataccaatattattggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatg 294  Q
    ||||||    || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||    
37000626 ttcagacagaggccataccaatattgttggatattcagatgcaaattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatccacttc--gttattgtgttctaatg 37000723  T
295 ggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtactgaggcggtgtatcgtgttatgacacatgctacttgtgaac 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||    
37000724 ggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtacagaggcggagtatcgtgctatggcacttgctacttgtgaac 37000823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 474 - 723
Target Start/End: Original strand, 37000848 - 37001086
Alignment:
474 ttgtatctttcgtcaaatccagttttttatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaa 573  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
37000848 ttgtatcttacgtcaaatccaatttttcatgagaggacaaaacaca--gaagttgattgtcgatttatcagagagaagataatttccggcatcattaaaa 37000945  T
574 cctcttcagtgagctccaatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatatta 673  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||           
37000946 cctcttcagtgagctccaatgattagctagccgatatctttaccaaacctctacggggacctcagattgattacatatgtaacaagctggatg------- 37001038  T
674 tatatatggtccagcttgagggggagtgttgattattctctatttattat 723  Q
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
37001039 --tatatgctccagcttgagggggagtgttgattattctctatttattat 37001086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Original strand, 43737175 - 43737232
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
43737175 atatgtgacaagatggatgcatatgatatgtatgctccaccttgagggggagtgttga 43737232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 589 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 8476047 - 8475932
Alignment:
589 ccaatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagc 688  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||| ||| | ||||||   |||| || | |||| |||||| ||||| ||||||||||| || ||||||  ||| |    
8476047 ccaaggatcaactcgctgatatctttactaaatctctacggattcctc-gaataattacatatgtgacaagatggatgcatatgatgtatatgcaccacc 8475949  T
689 ttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||||||||||||||    
8475948 ttgagggggagtgttga 8475932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 221 - 341
Target Start/End: Original strand, 43736784 - 43736904
Alignment:
221 ttggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaacttaatttcatggaaaag 320  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||| | |||||||   |||||||| || |  |||| |||||  | ||||||||||| ||    
43736784 ttgggtattcagatgccgattgggcaggagatgcgagtgatagacggtctacttctagttattgtatttttgtgggtggaaatctcatttcatggaagag 43736883  T
321 taaaaagcaaactgttgttgc 341  Q
     ||||||||||| || |||||    
43736884 caaaaagcaaacagtcgttgc 43736904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 431 - 720
Target Start/End: Original strand, 37624863 - 37625155
Alignment:
431 tttgtgaactaggtcctatggaacttaagtgtgataatc----ggcattgtatctttcgtcaaatccagttttttatgagaggacaaaacacatagaagt 526  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    ||||||| || |||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||    
37624863 tttgtgaattaggtcctatggaacttaaatgtgataatcagtcggcattgcat-tttcatcaaatccagtttttcatgggaggactaaacacatagaagt 37624961  T
527 tgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaacctcttcagtgagctccaatgatcagctagctgatatctttaccaaaccacta 626  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | |||||   |||||||||||||||||  || ||||||||||||||  || | |||||||| || ||| | |||    
37624962 tgattgtcactttatcagaaagaaggtcctttccgacatcattaaaacctcttttgtaagctccaatgatcacttatccgatatcttcactaaaactcta 37625061  T
627 cggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttgattattctctatttat 720  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
37625062 cggggaccttagattgattatatatgtaacaagttgaatgcatatgatatatatgctcctacttgagggagagtgttgattattctctatttat 37625155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 12 - 293
Target Start/End: Original strand, 8984416 - 8984707
Alignment:
12 gtatcctgaccca-ggcagatacagaaggttggttaggaagctgaattatcgtactatgac--gaccagatatttcgtttgttgttagtgttgtgagtca 108  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| |||||| || ||| |||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
8984416 gtatcctgacccaaggcacatacaggaggttgattgggaggctgaattatctcactatgactagaccagatatttcgtttgatggtagtgttgtgagtca 8984515  T
109 atttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtc---gtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaaaa-gacttgtttatt---- 200  Q
    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||| |||  ||||||||||| |||||||| ||| || |||||        
8984516 acttctgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggtggttaggatcttgagatat-gtaaagggtcacttgaaaaaaggacctgcttattcaga 8984614  T
201 cagaggacataccaatattattggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaat 293  Q
    |||||| |||| ||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| || ||||||| |||||||    
8984615 cagaggccatatcaatactgttggatattcatatgcatattgggcaagtgatgtgaatgtaagaagatctacttcagattattgttttctaat 8984707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 489 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 45182453 - 45182237
Alignment:
489 aatccagttttttatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaacctcttcagtgagct 588  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| || || |||||||| ||||||||| | |||||||||||  |  |  | ||||| | |||||| || || |       
45182453 aatccagtttttcacgagaggacaaagcatattgaagttgactgtcactttcttagagagaagattatcaccggaatcatcagaacctcgtctgtcaatg 45182354  T
589 ccaatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagc 688  Q
    |||| ||||| || | |||||||||||| ||| | |||||| | ||||||||   ||| |||||| ||||| ||||||||||| || |||| |  ||| |    
45182353 ccaaggatcaacttgttgatatctttactaaatctctacggagtcctcagataacttacatatgtgacaagatggatgcatatgatgtatacgcaccacc 45182254  T
689 ttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||||||||||||||    
45182253 ttgagggggagtgttga 45182237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 606 - 706
Target Start/End: Complemental strand, 44263229 - 44263129
Alignment:
606 gatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    ||||||||||| ||| | |||||  | ||||||||   ||| |||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
44263229 gatatctttactaaatctctacgaagtcctcagataacttacatatgtgacaagatggatgcatatgatatctatgctccaccttgagggggagtgttga 44263130  T
706 t 706  Q
    |    
44263129 t 44263129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 221 - 317
Target Start/End: Original strand, 22120196 - 22120292
Alignment:
221 ttggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaacttaatttcatggaa 317  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||   ||||||||| || |  |||| |||||  | |||||||||||    
22120196 ttgggtattcagatgccgattgggcaggtgatgtgagtgatagatggtctactcctggttattgtatttttgtgggtggaaatctcatttcatggaa 22120292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 221 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 40542803 - 40542707
Alignment:
221 ttggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaacttaatttcatggaa 317  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||   ||||||||| || |  |||| |||||  | |||||||||||    
40542803 ttgggtattcagatgccgattgggcaggtgatgtgagtgatagatggtctactcctggttattgtatttttgtgggtggaaatctcatttcatggaa 40542707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 489 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 42357294 - 42357230
Alignment:
489 aatccagttttttatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagat 553  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| || || |||||||| ||||||||| | |||||||||||    
42357294 aatccagtttttcacgagaggacaaagcatattgaagttgactgtcactttcttagagagaagat 42357230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 13 - 724
Target Start/End: Complemental strand, 32331630 - 32330937
Alignment:
13 tatcctgacccaggcagatacagaaggttggttaggaagctgaattatcgtactatgac--gaccagatatttcgtttgttgttagtgttgtgagtcaat 110  Q
    |||||| ||| ||||||||| |  ||||| ||| |||| | |||||||| |||||||||  ||||  |||||||||||  |||| ||||||||| || ||    
32331630 tatcctaacctaggcagatagatgaggttagttgggaaaccgaattatcttactatgaccagaccgtatatttcgttttctgttggtgttgtgaatctat 32331531  T
111 ttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaaaagacttgtttatt----cagagg 206  Q
    || | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||                | |||||| ||  ||| ||||||||||||    ||||||    
32331530 ttataaactcaccttgtgatagtaattggaatgtcgtggttcgga----------------aaggtcacttgggaaatgacttgtttatttcgacagagg 32331447  T
207 acataccaatattattggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaactta 306  Q
     |||||||| ||| ||| ||||||| |||||||||||| || |||||| | |||||||||||| || | | |||||||| || | || ||||||||||||    
32331446 ccataccaacattgttgtatattcaaatgcagattgggaagatgatgttattgatagaagatcaacatcaagttattgtattttgattggaggaaactta 32331347  T
307 atttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtactgaggcggtgtatcgtgttatgacacatgctacttgtgaacttgtatggatga 406  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | |||  ||| |||| |  |  ||||  |||||||| ||||| |||    
32331346 atctcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtacagagatagagtagtgtgctatgtcctacactaccagtgaacttttatggttga 32331247  T
407 agcacttgttggaagagttgaaattttgtgaactaggtcctatggaacttaagtgtgat----aatcggcattgtatctttcgtcaaatccagtttttta 502  Q
    |  | || ||  ||||||||||||||| ||| || || ||||||||||||| || ||||    ||||| |||| ||||||||   |||||| |||||| |    
32331246 actatttattacaagagttgaaattttatgagcttggccctatggaacttatgtttgataatgaatcgacattttatctttctataaatcctgtttttca 32331147  T
503 tgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaacctcttcagtgagctccaatgatcagcta 602  Q
     |||||||   || | |||||||||||| ||| |||||| | | ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||  ||    
32331146 agagaggatttaagaaatagaagttgatcgtctctttatgacaaagaagatcctttctgacatcattaaaaccttttcaatgagctcaaataatcaatta 32331047  T
603 gctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgt 702  Q
    || |||||||| |||||||| ||||| |||||||||  | ||||||||||||||||  |||||||           ||| ||||||||| ||||||||||    
32331046 gccgatatcttcaccaaacctctacgtggacctcag-gtaattatatatgtaacaaattggatgc-----------atgctccagcttgcgggggagtgt 32330959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 208 - 593
Target Start/End: Original strand, 4490183 - 4490562
Alignment:
208 cataccaatattattggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaacttaa 307  Q
    |||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||  || |||| |||||||||| ||  | ||| |||||  | ||    
4490183 catatcaatattgtttaatattcagatgcagattgggcaggta--gtgaatgatagaatgtccacttgaggttattgtttttgagtgg-aggaagttcaa 4490279  T
308 tttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagtactgaggcggtgtatcgtgttatgacacatgctacttgtgaacttgtatggatgaa 407  Q
     || ||  |||| ||||||||||||  | ||||| ||||||||||| |||      |||| || |||||| ||  |||||||  ||||| ||||| ||||    
4490280 cttaatataaaactaaaaagcaaaccatcgttgctaggtcaagtacagag------tatcatgatatgacccacactacttgcaaacttttatggttgaa 4490373  T
408 gcacttgttggaagagttgaaattttgtgaactaggtcctatggaacttaagtgtgataatcggca----ttgtatctttcgtcaaatccagttttttat 503  Q
      |||||||   |||||||| | | | |||| |||||||||| ||||||| ||||| | ||| |      ||||||| ||| ||| |||| |||||| ||    
4490374 ttacttgttactagagttgacaatatttgaattaggtcctattgaacttatgtgtggttatcagtcgaacttgtatcgttcttcatatcc-gtttttcat 4490472  T
504 gagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaacctcttcagtgagctccaat 593  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
4490473 gagaggactaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatcatttctagcatcattaaaacctctccggtgagctccaat 4490562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Original strand, 21715 - 21772
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
21715 atatgtgacaagatggatgcatatgatatgtatgctccaccttgagggggagtgttga 21772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 595 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 35702192 - 35702074
Alignment:
595 atcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagg 694  Q
    ||||| |||| | |||||| | |||||| ||| |||||||| |||||| |||||||| ||| |||||| ||||||| ||| |||  | |||| |||||||    
35702192 atcagttagccggtatcttcatcaaacctctatggggaccttagattggttatatatttaaaaagctgaatgcatagtatgtat--gctccatcttgagg 35702095  T
695 gggagtgttgattattctcta 715  Q
    ||||   ||||||||||||||    
35702094 gggatctttgattattctcta 35702074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 30591737 - 30591680
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| || | |||| |||||||||| ||||||||||||    
30591737 atatgtgacaagcttgatgcatatgatttgtatgctccagcttgaaggggagtgttga 30591680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 65; Significance: 3e-28; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 419 - 658
Target Start/End: Complemental strand, 703726 - 703488
Alignment:
419 aagagttgaaattttgtgaactaggtcctatggaacttaagtgtgataatc----ggcattgtatctttcgtcaaatccagttttttatgagaggacaaa 514  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||    |||||| |||||||| ||||| || |||||| ||||||  ||  |    
703726 aagagttgaaattttttgaactaggtcctatggaacttatgtgcgacaatcagtcggcattttatctttcttcaaaccccgtttttcatgaga--actga 703629  T
515 acacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaacctcttcagtgagctccaatgatcagctagctgatatcttt 614  Q
     |||| |  |||| |||  ||||  |||| |||||||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||| |||||||     
703628 tcacaaaagagttaatttccact--atcaaagagaagatcatttctagcatcactaaaacctcttc-gtgagctccaataatcagttggctaatatcttc 703532  T
615 accaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaa 658  Q
    |||||| | ||| | ||||||  |||||||||||||||||||||    
703531 accaaatccctatgaggacctgggattgattatatatgtaacaa 703488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 497 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 10434663 - 10434455
Alignment:
497 tttttatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaacctcttcagtgagctccaatgat 596  Q
    |||| |||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||| ||||||||||| || ||| ||    
10434663 ttttcatgagaggactaaacacagagaagttaattgtcactttatcagagagaagatcctttcgaacatcactaaaacatcttcagtgagttctaataat 10434564  T
597 cagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggg 696  Q
     || ||||  ||||||| |  ||||| |||| |||||||    ||||||||||||||  |||||| ||||||||| ||  ||||| | ||  |||||||     
10434563 tagttagccaatatcttcattaaacctctacagggaccttgacttgattatatatgtttcaagctagatgcatatgatggatatgcttcaatttgaggga 10434464  T
697 gagtgttga 705  Q
    |||||||||    
10434463 gagtgttga 10434455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Original strand, 17727045 - 17727102
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||||||| ||||||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||    
17727045 atatgtgacaagcttgatgcatatgatttgtatgctccagcttgagggggagtgttga 17727102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Original strand, 38506531 - 38506588
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
38506531 atatgtgacaagatggatgcatatgatatgtatgctccaccttgagggggagtgttga 38506588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 221 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 34768570 - 34768450
Alignment:
221 ttggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaacttaatttcatggaaaag 320  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||| | |||||||   |||||||| || |  |||| |||||  | ||||||||||| ||    
34768570 ttgggtattcagatgccgattgggcaggagatgcgagtgatagacggtctacttcttgttattgtatttttgtgggtggaaatctcatttcatggaagag 34768471  T
321 taaaaagcaaactgttgttgc 341  Q
     ||||||||||| || |||||    
34768470 caaaaagcaaacagtcgttgc 34768450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 221 - 341
Target Start/End: Original strand, 38506100 - 38506220
Alignment:
221 ttggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaacttaatttcatggaaaag 320  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||| | |||||||   |||||||| || |  |||| |||||  | ||||||||||| ||    
38506100 ttgggtattcagatgccgattgggcaggagatgcgagtgatagacggtctacttctagttattgtatttttgtgggtggaaatctcatttcatggaagag 38506199  T
321 taaaaagcaaactgttgttgc 341  Q
     ||||||||||| || |||||    
38506200 caaaaagcaaacagtcgttgc 38506220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 280 - 351
Target Start/End: Original strand, 17726673 - 17726744
Alignment:
280 tattgtgttctaatgggaggaaacttaatttcatggaaaagtaaaaagcaaactgttgttgcaaggtcaagt 351  Q
    ||||||||||| || ||||| || || ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || ||||||    
17726673 tattgtgttctcattggaggcaatttgatttcatggaaaagtaagaagcaaaatgtcgttgctagatcaagt 17726744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 96 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 49812955 - 49812730
Alignment:
96 gtgttgtgagtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaaaagacttgt 195  Q
    |||||| ||||||||| || |||||  ||||| |||||||||| || |  ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||   ||||| |||||    
49812955 gtgttgagagtcaattgttaaactcgacttgttatagccattgaaacgcagtggttcggatcttgagttatattaaaaggtcacctaggaaaaggcttgt 49812856  T
196 ttattcagag-gacataccaatattattggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatg 294  Q
    || | || |  | | | |||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||| |||||| |||||| | ||     
49812855 ttgtacaaatagtcgtgccaatattgttggatattcatatatagattgggcaggtgatgtaagtgataaaagatcaacttcaggttactgtgttttgatt 49812756  T
295 ggaggaaacttaatttcatggaaaag 320  Q
    || ||||| |||||||||| ||||||    
49812755 ggtggaaatttaatttcattgaaaag 49812730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 489 - 705
Target Start/End: Original strand, 36500842 - 36501058
Alignment:
489 aatccagttttttatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaacctcttcagtgagct 588  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| || || |||||||| ||||||||| | |||||||||||  |  |  | ||||| | |||||| |  || |  |    
36500842 aatccagtttttcacgagaggacaaagcatattgaagttgactgtcactttcttagagagaagattatcaccggaatcatcagaacctcatttgtcaatt 36500941  T
589 ccaatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagc 688  Q
    |||| ||||| || |||||||||||||| ||| | |||||| | |||| |||   ||| |||||| ||||| ||||||||||| || |||| |  ||| |    
36500942 ccaaggatcaacttgctgatatctttactaaatctctacggagtcctcggataacttacatatgtgacaagatggatgcatatgatgtatacgcaccacc 36501041  T
689 ttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||||||||||||||    
36501042 ttgagggggagtgttga 36501058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 35001007 - 35000925
Alignment:
104 agtcaatttttgaactcaccttgtgatagccattggaatgtcgtggttcggatcttgaggtatattaaagggtcacctgaaaa 186  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| || |||||||||  || |||| ||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||    
35001007 agtcaatttcttaactcaccttgtgatggcaattggaatgaagtagttcagatctagaggtatactaaagggtcgcctaaaaa 35000925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 12932468 - 12932411
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||| || | |||| ||||||||||||||||||    
12932468 atatgtgacaagatggatgcatatgatatgtacgctccaccttgagggggagtgttga 12932411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 15424595 - 15424538
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||| | ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
15424595 atatgtgacatgatggatgcatatgatatgtatgctccaccttgagggggagtgttga 15424538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 629 - 724
Target Start/End: Complemental strand, 1217660 - 1217561
Alignment:
629 gggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgag----ggggagtgttgattattctctatttattata 724  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||    
1217660 gggaccttggattgattatatatgtaacaagttggatgcatatgatatatatgatccagcttgaggcccggggagtgttgattattctctacttattata 1217561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0411 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 2)
Name: scaffold0411
Description:

Target: scaffold0411; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 489 - 705
Target Start/End: Original strand, 10127 - 10343
Alignment:
489 aatccagttttttatgagaggacaaaacacatagaagttgattgtcactttatcagagagaagatactttctagcatcattaaaacctcttcagtgagct 588  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| || | | |||||||||  |  |  | ||||||| |||||| |  || |  |    
10127 aatccagtctttcatgagaggacaaagcatatagaagttgattgtcacgttcttatagagaagattatcaccggaatcattagaacctcctttgtcaatt 10226  T
589 ccaatgatcagctagctgatatctttaccaaaccactacggggacctcagattgattatatatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagc 688  Q
    |||| ||||| || ||||||||||||||  || | |||||  | ||||||||   ||| |||||| ||||| ||||||| ||| || ||||||  ||| |    
10227 ccaaggatcaacttgctgatatctttactgaatctctacgaagtcctcagataacttacatatgtgacaagatggatgcctatgatgtatatgcaccacc 10326  T
689 ttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||||||||||||||    
10327 ttgagggggagtgttga 10343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0411; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 214 - 340
Target Start/End: Original strand, 9848 - 9974
Alignment:
214 aatattattggatattcagatgcagattgggcaggtgatgtgaatgatagaagatctactttaggttattgtgttctaatgggaggaaacttaatttcat 313  Q
    ||||| ||||||||||||||  | ||||| ||||| |||   | ||||||| ||||||| | ||||||||||||| | || || ||||| || ||  |||    
9848 aatatcattggatattcagactctgattgagcaggagatactagtgatagatgatctacatcaggttattgtgttttcattggtggaaatttgatcacat 9947  T
314 ggaaaagtaaaaagcaaactgttgttg 340  Q
    |||| || |||||||||||||||||||    
9948 ggaatagcaaaaagcaaactgttgttg 9974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0744 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0744
Description:

Target: scaffold0744; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Complemental strand, 6510 - 6453
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| |||| |||| |||| |||| |||||||||||||    
6510 atatgtgacaagatggatgcatatgatatgtatgctccaccttgcgggggagtgttga 6453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0071 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0071
Description:

Target: scaffold0071; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 648 - 705
Target Start/End: Original strand, 37643 - 37700
Alignment:
648 atatgtaacaagctggatgcatattatatatatggtccagcttgagggggagtgttga 705  Q
    |||||| ||| | ||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
37643 atatgtgacatgatggatgcatatgatatgtatgctccaccttgagggggagtgttga 37700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University