View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12965_low_12 (Length: 495)

Name: NF12965_low_12
Description: NF12965
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12965_low_12
NF12965_low_12
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (19-480)||(14303952-14304413)
chr2 (25-480)||(14282200-14282655)
chr2 (19-480)||(14320343-14320804)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (18-477)||(25885024-25885483)
chr8 (326-480)||(44349177-44349331)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 438; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 438; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 480
Target Start/End: Original strand, 14303952 - 14304413
Alignment:
Q  19 caaaactcccatgttaacagcaaaatagtacaagaatttcccaatccatccatgttcggcttcacgaaactgttgaatcttgttcccgaagtactcttcc 118  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14303952 caaaactcccatgttcacagcaaaatagtacaagaatttcccaatccatccatgttcggcttcacgaaactgttgaatcttgttcccgaagtactcttcc 14304051  T
Q  119 catgcttgaaatttaatcacacgcatgttgttaagcaactcattcgtcgacttcattctcgaatcgcggctcatcattatccgaaactgaaaaacattac 218  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14304052 cacgcttgaaatttaatcacacgcatgttgttaagcaactcattcgttgacttcattctcgaatcgcggctcatcattatccgaaactgaaaaacattac 14304151  T
Q  219 tattcttcgatcgatatgcagtgaagcaaaagacaatggcagtaccaagaattgctgcaacgacagatacaccaacatagctatacataagagccaatgc 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14304152 tattcttcgatcgatatgcagtgaagcagaagacaatggcagtaccaagaattgctgcaacgacagatacaccaacatagctatacataagagccaatgc 14304251  T
Q  319 agcggcaacttgtaatggcatcatccaaataggatgaaactgcttcatcaaatctgagagttgttgagcatcaacagccatgtgattcacaatctgtcca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14304252 agcggcaacttgtaatggcatcatccaaataggatgaaactgcttcatcaagtctgagagttgttgagcatcaacagccatgtgattcacaatctgtcca 14304351  T
Q  419 gttccatgagcttgtcttgaagaacttgacaaccttaaaccctttttgtaaaccgaagtgat 480  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14304352 gttccatgagcctgtcttgaagaacttgacaaccttaaaccctttttgtaaaccgaagtgat 14304413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 25 - 480
Target Start/End: Original strand, 14282200 - 14282655
Alignment:
Q  25 tcccatgttaacagcaaaatagtacaagaatttcccaatccatccatgttcggcttcacgaaactgttgaatcttgttcccgaagtactcttcccatgct 124  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  14282200 tcccatgttaactgcaaaatagtacaagaatttcccaatccatccatgttcggcttcacgaaactgttgaatcttgttaccgaagtactcttcccacgct 14282299  T
Q  125 tgaaatttaatcacacgcatgttgttaagcaactcattcgtcgacttcattctcgaatcgcggctcatcattatccgaaactgaaaaacattactattct 224  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  ||||||| |||    
T  14282300 tgaaacttaatcacacgcatgttgttaagcaactcatttgtcgccttcagcctcgaatcacggctcctcattatctgaaactgaaaactattactactct 14282399  T
Q  225 tcgatcgatatgcagtgaagcaaaagacaatggcagtaccaagaattgctgcaacgacagatacaccaacatagctatacataagagccaatgcagcggc 324  Q
    | | |||||||  ||| ||| || ||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||||||| ||||  |||||||||||     
T  14282400 ttgttcgatatagagtaaagaaagagacaatggcaataccaagaattgatgccacgacagacacgccaacatagctatacaaaagaaacaatgcagcgga 14282499  T
Q  325 aacttgtaatggcatcatccaaataggatgaaactgcttcatcaaatctgagagttgttgagcatcaacagccatgtgattcacaatctgtccagttcca 424  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14282500 aacttgcaatggcatcaaccatataggatgaaactgcatcatcaaatctgagagttgttgagcatcaacagccatgtgattcacaatctgtccagttcca 14282599  T
Q  425 tgagcttgtcttgaagaacttgacaaccttaaaccctttttgtaaaccgaagtgat 480  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  14282600 tgagcttgtcttgaagaacttgacaaccttaagccctttttgtaaactgaagtgat 14282655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 19 - 480
Target Start/End: Original strand, 14320343 - 14320804
Alignment:
Q  19 caaaactcccatgttaacagcaaaatagtacaagaatttcccaatccatccatgttcggcttcacgaaactgttgaatcttgttcccgaagtactcttcc 118  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  14320343 caaaactcctatgttaactgcaaaatagtacaagaatttcgcaatccatccatgctcagcttcgcgaaactgttgaattttgttaccaaagtactcttcc 14320442  T
Q  119 catgcttgaaatttaatcacacgcatgttgttaagcaactcattcgtcgacttcattctcgaatcgcggctcatcattatccgaaactgaaaaacattac 218  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||  |||||| |||  |||||    
T  14320443 cacgcttgaaacttaatcacacgcatgttgttaagtaactcgtttgtcgccttcatcctcgaatcgcggctcgtcattatcttaaactggaaactattac 14320542  T
Q  219 tattcttcgatcgatatgcagtgaagcaaaagacaatggcagtaccaagaattgctgcaacgacagatacaccaacatagctatacataagagccaatgc 318  Q
    || |||||| ||||||    ||||||  ||| || |||  ||| ||||  | ||||||||  || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14320543 tactcttcgttcgatagagtgtgaagagaaacactatgctagttccaaacactgctgcaagtactgatagaccaacatagctgtacataagagccaatgc 14320642  T
Q  319 agcggcaacttgtaatggcatcatccaaataggatgaaactgcttcatcaaatctgagagttgttgagcatcaacagccatgtgattcacaatctgtcca 418  Q
    |||  ||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  14320643 agcaccaacttgcaatggcatcaaccatataggatgaaactgcatcatcaaatctgagagctgttgagcatcaacagccatgtgattaacaatttggcca 14320742  T
Q  419 gttccatgagcttgtcttgaagaacttgacaaccttaaaccctttttgtaaaccgaagtgat 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  14320743 gttccatgagcttgtcttgaagaacttgacaaccttaaaccctttttgtaaactgaagtgat 14320804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 18 - 477
Target Start/End: Original strand, 25885024 - 25885483
Alignment:
Q  18 acaaaactcccatgttaacagcaaaatagtacaagaatttcccaatccatccatgttcggcttcacgaaactgttgaatcttgttcccgaagtactcttc 117  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||    
T  25885024 acaaaactccaaagttaacagcaaaatagtacatgaatttcccaatccatccatgctcggattcacgaaactgtttaatcttgttaccgaaatactcttc 25885123  T
Q  118 ccatgcttgaaatttaatcacacgcatgttgttaagcaactcattcgtcgacttcattctcgaatcgcggctcatcattatccgaaactgaaaaacatta 217  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||  |||| ||| ||||||||||    |||    
T  25885124 ccaagcttgaaacttaatcacacgcatgttgttaagcaactcatttgtcgccttcatcctcgaatcgcgacttgtcatcatctgaaactgaaagttgtta 25885223  T
Q  218 ctattcttcgatcgatatgcagtgaagcaaaagacaatggcagtaccaagaattgctgcaacgacagatacaccaacatagctatacataagagccaatg 317  Q
    ||| |||| | |||||||   | |||   ||| || |||  ||| ||||| | ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25885224 ctactcttggttcgatatagcgcgaaaagaaacactatgctagttccaagcaatgctgcaagtactgatacaccaacatagctatacataagagccaatg 25885323  T
Q  318 cagcggcaacttgtaatggcatcatccaaataggatgaaactgcttcatcaaatctgagagttgttgagcatcaacagccatgtgattcacaatctgtcc 417  Q
    |  | || ||||| |||||||||| ||| ||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25885324 ccacagctacttgcaatggcatcaaccatatagggtgaagctgcatcatcatatctgagagttgttgagcatcaacagccatgtgattcactatctgtcc 25885423  T
Q  418 agttccatgagcttgtcttgaagaacttgacaaccttaaaccctttttgtaaaccgaagt 477  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  25885424 tgttccatgagcttgtcttgaagaacttgacaacctcagaccctttttgtaaaccgaagt 25885483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 326 - 480
Target Start/End: Original strand, 44349177 - 44349331
Alignment:
Q  326 acttgtaatggcatcatccaaataggatgaaactgcttcatcaaatctgagagttgttgagcatcaacagccatgtgattcacaatctgtccagttccat 425  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||| |||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||    
T  44349177 acttgcaatggcatcaaccatatagggtgaagctgcatcatcatatctgagagttgttgagcatcaacagacatgtgattcactatctgtcctgttccat 44349276  T
Q  426 gagcttgtcttgaagaacttgacaaccttaaaccctttttgtaaaccgaagtgat 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||    
T  44349277 gagcttgtcttgaagaacttgacaatcttagaccctttttgtaaaccaaagtgat 44349331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University