View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12968_high_14 (Length: 391)

Name: NF12968_high_14
Description: NF12968
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12968_high_14
NF12968_high_14
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (10-375)||(53727612-53727977)
chr3 (132-375)||(14657089-14657332)
chr3 (132-372)||(19930999-19931239)
chr3 (132-232)||(42254578-42254678)
chr3 (132-232)||(32895144-32895244)
chr3 (103-226)||(11635197-11635322)
chr3 (103-232)||(16363951-16364082)
chr3 (318-375)||(32895329-32895385)
chr3 (314-375)||(42254516-42254577)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (10-375)||(26969793-26970158)
chr2 (132-375)||(10938875-10939117)
chr2 (132-375)||(10944737-10944979)
chr2 (133-232)||(14632311-14632411)
chr2 (197-329)||(68912-69043)
chr2 (103-232)||(18736829-18736960)
chr2 (132-201)||(73389-73458)
chr2 (151-233)||(19433007-19433091)
chr2 (197-342)||(9810490-9810639)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (132-375)||(16086072-16086315)
chr5 (132-232)||(26052374-26052474)
chr5 (69-233)||(25636059-25636224)
chr5 (132-334)||(31307696-31307900)
chr5 (318-375)||(26052561-26052617)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (132-375)||(24042403-24042646)
chr6 (132-375)||(6950574-6950817)
chr6 (133-375)||(19975213-19975452)
chr6 (132-232)||(27077277-27077377)
chr6 (103-226)||(15516019-15516144)
chr6 (78-191)||(34096887-34097000)
chr6 (151-232)||(34234562-34234645)
chr6 (318-375)||(27077464-27077520)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (132-375)||(6668680-6668926)
chr4 (132-375)||(43291051-43291294)
chr4 (132-375)||(6805782-6806025)
chr4 (132-258)||(8989974-8990099)
chr4 (132-335)||(17894159-17894365)
chr4 (69-233)||(572633-572797)
chr4 (141-233)||(6661320-6661414)
chr4 (152-191)||(6685201-6685240)
chr4 (318-375)||(8989856-8989912)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (132-375)||(39427056-39427299)
chr7 (132-374)||(32353236-32353478)
chr7 (132-375)||(31207470-31207713)
chr7 (132-342)||(13818159-13818368)
chr7 (132-253)||(32354337-32354457)
chr7 (81-233)||(2433868-2434022)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (132-375)||(126765-127008)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (132-375)||(1967849-1968083)
chr1 (132-374)||(24172121-24172364)
chr1 (132-373)||(38826279-38826519)
chr1 (132-375)||(49388362-49388603)
chr1 (146-232)||(47325006-47325092)
chr1 (318-375)||(47325179-47325235)
chr1 (151-218)||(49874089-49874158)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (133-232)||(201489-201588)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (132-232)||(43656917-43657017)
chr8 (81-233)||(21256755-21256907)
chr8 (132-213)||(38641704-38641786)
chr8 (82-233)||(9032426-9032578)
chr8 (103-232)||(38677645-38677776)
chr8 (81-221)||(31182794-31182935)
chr8 (78-218)||(44315892-44316034)
chr8 (151-233)||(29278153-29278237)
[»] scaffold0086 (1 HSPs)
scaffold0086 (78-191)||(38365-38478)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 53727977 - 53727612
Alignment:
Q  10 aatatggaactatatcgatcgattatgtgaagtcagaagtgaatctagccgatccactgacaaagcctctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgag 109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53727977 aatatggaactatatcgatcgattatgtgaagtcagaagtgaatctagccgatccattgacaaagcctctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgag 53727878  T
Q  110 gggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttac 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53727877 gggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgactggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttac 53727778  T
Q  210 ttgttagttctgttagcactaaaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagctt 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  53727777 ttgttagttctgttagcactaaaactttttcttccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatataaaattgatgggtaagctt 53727678  T
Q  310 aaacggcttttaatgattaccataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53727677 aaacggcttttaatgattaccataagcccttatgggtggtgtgtggttggagcatgcactggatgg 53727612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Original strand, 14657089 - 14657332
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14657089 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttttgttagcacta 14657188  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    |||   |   ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| | || ||||||| |||| |||| |  || | |||||||||||||||    
T  14657189 aaataatgatgtctctttcctatagtgtatgataatggatgaga-tgtgctaaataatataaaattgatggataagttgtaaggacttttaatgattacc 14657287  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| | ||||| ||||||||||    
T  14657288 ataagcccttatgggtggtgtatggtcgtagcatacactagatgg 14657332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 132 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 19931239 - 19930999
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  19931239 gaaaacgacaagtattgcgaacccaacctttgtgattgcaaatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttactagttagttctgttagcaata 19931140  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    ||| | | | ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| | || ||||||| | || ||||||| ||   |||||||||| ||||    
T  19931139 aaattatgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatgaga-tgtgctaaataatataaaattgagggataagctttaaatacttttaatgaatacc 19931041  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactaga 372  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  19931040 ataagcccttatgggtggtgtttggttgtagcatacactaga 19930999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 132 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 42254678 - 42254578
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42254678 gaaaacgacaagtaatgggaacc-aacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 42254580  T
Q  231 aa 232  Q
    ||    
T  42254579 aa 42254578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 132 - 232
Target Start/End: Original strand, 32895144 - 32895244
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaa 231  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||    
T  32895144 gaaaacgacaagtgatggaaacccaacctttatgaatggagatcccatgaaataggtttaatgggaaaaacaagtcatttgttagttatgttagcactaa 32895243  T
Q  232 a 232  Q
    |    
T  32895244 a 32895244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 103 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 11635322 - 11635197
Alignment:
Q  103 catcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaa--tgggaaaa 200  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||  ||| |||||||| || | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| || |    
T  11635322 catcgaggggattgagacttaagccaatgaaaatcgacaagtgataggaacccaacctttgtgatttgagatcccatgaagaaggttcaatgtggtaaga 11635223  T
Q  201 acaagttacttgttagttctgttagc 226  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||    
T  11635222 acaagtcacatgttagttctgctagc 11635197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 103 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 16364082 - 16363951
Alignment:
Q  103 catcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaa--tgggaaaa 200  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||| ||||  |||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||| || |    
T  16364082 catcgaggggattgagacttaagccaatcgaaattgacatgttataggaactcaacctttgtgattggagatcccatgaggaaggttcaatgtggtaaga 16363983  T
Q  201 acaagttacttgttagttctgttagcactaaa 232  Q
    |||||| || ||||||||||| |||| |||||    
T  16363982 acaagtcacatgttagttctgctagcgctaaa 16363951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 318 - 375
Target Start/End: Original strand, 32895329 - 32895385
Alignment:
Q  318 tttaatgattaccataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  32895329 tttaatgatttccataagcctttag-ggtggtgtgtggttgtagcatgcactagatgg 32895385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 314 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 42254577 - 42254516
Alignment:
Q  314 ggcttttaatgattaccataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  42254577 ggcttttaatgattactataagcccttatggtaggtgtttggttgtagcatacactagatgg 42254516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 10 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 26970158 - 26969793
Alignment:
Q  10 aatatggaactatatcgatcgattatgtgaagtcagaagtgaatctagccgatccactgacaaagcctctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgag 109  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26970158 aatatggaactataccgatcgattatgtgaagtcagaagtgaatctagctgatccactgacaaagcctctagggatgaaattaatatgtggaacatcgag 26970059  T
Q  110 gggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttac 209  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26970058 gggaatgggacttgagccagttgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttac 26969959  T
Q  210 ttgttagttctgttagcactaaaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagctt 309  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||| ||||||||| ||    
T  26969958 ttgttagttctgttagcactgaaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtaagagtgttaatctatataaaattgatgggtaaggtt 26969859  T
Q  310 aaacggcttttaatgattaccataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26969858 aaacgacttttaatgattaccataagcccttatgggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 26969793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 10939117 - 10938875
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10939117 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttatgttagcacta 10939018  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    |||  || | ||| ||||  ||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| | || ||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  10939017 aaatattgttgtctcttttttatagtgtatgataatggatgaga-tgtgctaaataatataaaattgatgggtaagtttaaa-agcttttaatgattacc 10938920  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||||    
T  10938919 ataagcccttattggtggtgtttgattgtagcatacactagatgg 10938875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 10944979 - 10944737
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10944979 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttatgttagcacta 10944880  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    |||  || | ||| ||||  ||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| | || ||||||| ||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  10944879 aaatattgttgtctcttttttatagtgtatgataatggatgaga-tgtgctaaataatataaaattgatgggtaagtttaaa-agcttttaatgattacc 10944782  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||||    
T  10944781 ataagcccttattggtggtgtttgattgtagcatacactagatgg 10944737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 133 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 14632411 - 14632311
Alignment:
Q  133 aaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttca-atgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaa 231  Q
    |||||||||||| || | |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||    
T  14632411 aaaacgacaagtgattggaacccaacatttatgattggagatcccatgaggaaggttcatatgggaaaaacaagtcacttgttagttattttagcactaa 14632312  T
Q  232 a 232  Q
    |    
T  14632311 a 14632311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 197 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 69043 - 68912
Alignment:
Q  197 aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaatt 296  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || | ||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||| | || |||||||    
T  69043 aaaaacaagttacttgctagttctgttagcactaaaagattgttgtctctttcctatagtgtatgatataggatgaga-tgtgctaaataatataaaatt 68945  T
Q  297 aatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 329  Q
     | || ||||||| || ||||||||||||||||    
T  68944 gagggataagctttaaaggcttttaatgattac 68912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 103 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 18736960 - 18736829
Alignment:
Q  103 catcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaa--tgggaaaa 200  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||| ||||  |||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |    
T  18736960 catcgaggggattgagacttaagccaatcgaaattgacatgtgataggaactcaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgtggtaaga 18736861  T
Q  201 acaagttacttgttagttctgttagcactaaa 232  Q
    |||||| || ||||||||||| |||| |||||    
T  18736860 acaagtcacatgttagttctgctagcgctaaa 18736829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 73458 - 73389
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaa 201  Q
    |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  73458 gaaaacgacaagtaatgagaacctaacctttgtgattggagatcccatgaagaatgttcaatgggtaaaa 73389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 233
Target Start/End: Original strand, 19433007 - 19433091
Alignment:
Q  151 aacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaaa 233  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||    
T  19433007 aacccaacatttgtgattggagatcccatgaataaggttcatatgggtaaaaacaagtcacttattagttctgctagcaccaaaa 19433091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 197 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 9810639 - 9810490
Alignment:
Q  197 aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaaactttttcgtccctttcctatggtgtatg---atattggatgtgag-agtgctaatttatttaa 292  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | ||  ||| |||| ||||||||||||   ||| ||||| | || |||||||||| || |||    
T  9810639 aaaaacaagtcacttgttagttacgttagcactaaaattattatgtctcttttctatggtgtatgataataatggatataagaagtgctaattaatataa 9810540  T
Q  293 aattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattaccataagcccttat 342  Q
    |||| | || || | || || | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  9810539 aattgaaggatatgttttaaagacttttaatgattaccataagctcttat 9810490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 153; Significance: 5e-81; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 16086315 - 16086072
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16086315 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgctagttctgttagcacta 16086216  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    | |  || | ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| | || ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  16086215 atatattgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatgagat-gtgctaaataatataaaattgatgggtaagcttaaaatgcttttaatgattacc 16086117  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16086116 ataagcccttatgggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 16086072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 132 - 232
Target Start/End: Original strand, 26052374 - 26052474
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaa 231  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||    
T  26052374 gaaaacgacaagtgatggaaacccaacctttatgaatggagatcccatgaaaaaggtttaatgggaaaaacaagtcatttgttagttatgttagcactaa 26052473  T
Q  232 a 232  Q
    |    
T  26052474 a 26052474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 69 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 25636224 - 25636059
Alignment:
Q  69 acaaagcctctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgatt 168  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| |||||| ||||||||||| || ||||| ||||| | ||||   | |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  25636224 acaaagcctcttgggatgaaataaatttgtgta-catcgaggggattgagacttaagccactcgaaattaataagtgatggaaacccaacctttgtgatt 25636126  T
Q  169 ggagatcccatgaagaaggttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaaa 233  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||    
T  25636125 ggagatcccatgaataaggttcatatgggtaagaacaagtcacttattagttctgctagcaccaaaa 25636059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 334
Target Start/End: Original strand, 31307696 - 31307900
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaat-gggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    ||||||||||  |||||  | |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||  |||||||||     
T  31307696 gaaaacgacagataatgagagcccaacctttgttattggagaacccatgaagaaggttcaataggtaaaaacaaattacttgttaattaagttagcactg 31307795  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgag-agtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 329  Q
    |||   ||| ||||  ||||||| |||||||||  | ||| |||| ||| |||| | || ||||||| |||| |||| || ||   ||||||||||||||    
T  31307796 aaatgattttgtcctattcctatagtgtatgatgatagatatgagaagtactaaataatataaaattgatggttaagttttaaatacttttaatgattac 31307895  T
Q  330 cataa 334  Q
    |||||    
T  31307896 cataa 31307900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 318 - 375
Target Start/End: Original strand, 26052561 - 26052617
Alignment:
Q  318 tttaatgattaccataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||||||| ||||||||| |||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  26052561 tttaatgatttccataagcctttag-ggtgttgtgtggttgtagcatgcactagatgg 26052617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 121; Significance: 7e-62; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 24042646 - 24042403
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24042646 gaaaacgacaagtaatggaaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttctgtgagcacta 24042547  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    | |     | ||| |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||| | || ||||||| | || ||| ||| || |||||||||||||||||    
T  24042546 atataacgttgtctctttcctatggtgtatgataatggatgaga-tgtgctaaataatataaaattgagggataaactttaaaggcttttaatgattacc 24042448  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    ||||||| |||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  24042447 ataagcctttatgggtggtgtatggttgtagcatacactagatgg 24042403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 6950817 - 6950574
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  6950817 gaaaacgacaagtaataggaacccaaccgttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaaattacttgttagttctgtaagcacga 6950718  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    |||   | | ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| | || || |||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||      
T  6950717 aaataatattgtctctttcctatagtgtatgataatggatgaga-tgtgctaaataatatataattgatgggtaagctttaaaagcttttaatgattatg 6950619  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    ||||| |||||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||||    
T  6950618 ataagtccttatgggtggtgtttgattgtagcatacactagatgg 6950574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 133 - 375
Target Start/End: Original strand, 19975213 - 19975452
Alignment:
Q  133 aaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaa 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19975213 aaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggatatcccatgaagaaggtttaatgggtaaaaataagttacttgttagtgctgttagcactaa 19975312  T
Q  232 aactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacca 331  Q
    ||   | | ||| |||||||||   |||||||| |||| |  |  ||||||| | || ||||||| | || |||||||  |  |||||||||||||||||    
T  19975313 aataatgttgtctctttcctat--agtatgataatggaagaca-tgtgctaaataatataaaattgagggataagctt-tagagcttttaatgattacca 19975408  T
Q  332 taagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    ||||||||||| | |||||| |||| | ||||| ||| ||||||    
T  19975409 taagcccttatggatggtgtatggtagtagcatacaccagatgg 19975452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 132 - 232
Target Start/End: Original strand, 27077277 - 27077377
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaa 231  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||    
T  27077277 gaaaacgacaagtgatggaaacccaacctttatgaatggagatcccatgaaaaaggtttaatggaaaaaacaagtcatttgttagttatgttagcactaa 27077376  T
Q  232 a 232  Q
    |    
T  27077377 a 27077377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 103 - 226
Target Start/End: Original strand, 15516019 - 15516144
Alignment:
Q  103 catcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaa--tgggaaaa 200  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||| ||||  |||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |    
T  15516019 catcgaggggattgagacttaagccaatcgaaattgacatgtgataggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgtggtaaga 15516118  T
Q  201 acaagttacttgttagttctgttagc 226  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||    
T  15516119 acaagtcacatgttagttctgctagc 15516144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 78 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 34097000 - 34096887
Alignment:
Q  78 ctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatccc 177  Q
    ||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||  ||||||||||| | ||||   | |||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  34097000 ctagggaggaaaataatatgtgacacatcgaggggaattagacttgagccattcgaaattaataagtgataggaacccaacctttgtgattggagatccc 34096901  T
Q  178 atgaagaaggttca 191  Q
    ||||| ||||||||    
T  34096900 atgaataaggttca 34096887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 232
Target Start/End: Original strand, 34234562 - 34234645
Alignment:
Q  151 aacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttca--atgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaa 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || || |||| || ||||||||||| |||| |||||    
T  34234562 aacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatatggtaagaagaagtcacatgttagttctgctagcgctaaa 34234645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 318 - 375
Target Start/End: Original strand, 27077464 - 27077520
Alignment:
Q  318 tttaatgattaccataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  27077464 tttaatgatttccataagcctttag-ggtggtgtgtggttgtagcaggcactagatgg 27077520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 6668926 - 6668680
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6668926 gaaaacgacaagtaacgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgctagttctgttagcacta 6668827  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgag-agtgct-aatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgatta 328  Q
    |||  || | ||| ||||||||||| |||||| | | ||| |||| |||||| |||  || ||||||| ||||||||||||  |  ||||||||||||||    
T  6668826 aaatattattgtctctttcctatggcgtatgaaaatagatatgagaagtgctaaataaatataaaattgatgggtaagcttcgaaagcttttaatgatta 6668727  T
Q  329 ccataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||| | ||||| | ||||||||    
T  6668726 ccataagcccttatgggtggtgtatggtagtagcatacgctagatgg 6668680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Original strand, 43291051 - 43291294
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43291051 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaaaaagttacttgttagttctgttagcacta 43291150  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    |||   | | ||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||  ||| ||| | || ||||||| |||| |||| |   | |  ||||||||||||||    
T  43291151 aaataatgttgtctctttcctgtagtgtatgataatggatgaga-tgtgttaaataatataaaattgatggataagttgttaagatttttaatgattacc 43291249  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| | ||||| ||||||||||    
T  43291250 ataagcccttataggtggtgtatggtcgtagcatacactagatgg 43291294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Original strand, 6805782 - 6806025
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaa 231  Q
    |||||| | |||| |||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  6805782 gaaaacaataagtgatgggaacactacctttatgattggagatcccatgaaaaaggttcaatggaaaaaacaagtcacttgttagttatgttagcact-a 6805880  T
Q  232 aactttttcgtccctttcctatggtg-tatgatattg-gatgtgagagtgctaatttatttaaaa-ttaatgggtaagcttaaacggcttttaatgatta 328  Q
    |||| ||| |||| |||||||| ||| ||||||| ||  ||| || |||||||||| | |||||| || | || || ||||  |  || |||||||||||    
T  6805881 aactgttttgtccttttcctatagtgttatgataatgaaatgaga-agtgctaattaaattaaaatttgagggttaggcttttaatgcctttaatgatta 6805979  T
Q  329 ccataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6805980 ccataagccttta-gggtggtgtgtggttgtagcatgcactagatgg 6806025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 132 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 8990099 - 8989974
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaa 231  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||| |    
T  8990099 gaaaacgacaagtgatgggaacccaacctttatgatttgagatcccatgaaaaaggttcaatgggaaaaacaaatcacttgttagttatgttagcact-a 8990001  T
Q  232 aactttttcgtccctttcctatggtgt 258  Q
    |||| ||| |||| |||||||| ||||    
T  8990000 aactgttttgtccttttcctatagtgt 8989974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 132 - 335
Target Start/End: Original strand, 17894159 - 17894365
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg--aaaaacaagttacttgttagttctgttagcact 229  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  17894159 gaaaacgacaagtaatgagaacccaacatttgtgattggagatcccatgaaaaaggttcaatgggtaaaacacaagttacatgttagttatgttagcact 17894258  T
Q  230 aaaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgag-agtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgatta 328  Q
    | ||   ||| ||||| || |||| ||||||| || || || |||| ||| |||| | || ||||||| ||| |||||||| ||  | ||||||||||||    
T  17894259 agaataattttgtcccatttctatagtgtatggtaatgaatatgagaagtactaaataatataaaattgatgagtaagctttaaaagtttttaatgatta 17894358  T
Q  329 ccataag 335  Q
    | |||||    
T  17894359 cgataag 17894365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 69 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 572797 - 572633
Alignment:
Q  69 acaaagcctctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgatt 168  Q
    |||||||| || |||||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||  ||||| ||||||   | |||| |||| |||||||| | |||||||    
T  572797 acaaagccccttgggatgaaataaat-tgtgta-catcgaggggattgggactaaagccacttgaaattaataagtgatgggaacccaacatatgtgatt 572700  T
Q  169 ggagatcccatgaagaaggttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaaa 233  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||| || |||||| ||||    
T  572699 ggagatcccatgaataaggttcatatgggtaaaaacaagtcacttattagttatgctagcaccaaaa 572633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 141 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 6661414 - 6661320
Alignment:
Q  141 aagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaaa 233  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||    
T  6661414 aagtgatggaaaaccaacctttgtgattggagatcccatgaataaggttcatatgggtaagaacaagtcacttattagttctgctagcaccaaaa 6661320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 152 - 191
Target Start/End: Original strand, 6685201 - 6685240
Alignment:
Q  152 acccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttca 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6685201 acccaacctttgtgattggagatcccatgaataaggttca 6685240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 318 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 8989912 - 8989856
Alignment:
Q  318 tttaatgattaccataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  8989912 tttaatgattaccataagcctttag-ggtggtgtgtgattgtagcatgcactagatgg 8989856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 113; Significance: 4e-57; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 39427299 - 39427056
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |    
T  39427299 gaaaacgacaagtaatggaaacccaacctttgtgattggagatcctatgaagaaggttcaatgggtaaaaataaattacttgttagttctgttagcacga 39427200  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    |||   | | ||| ||||||||| |||||||||| ||||||  |  ||||||| | || ||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||||    
T  39427199 aaataatgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatg-aaatgtgctaaataatataaaattgatgggtaagctttaaaagcttttaatgattacc 39427101  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    ||||||| |||| |||||||| || ||| ||||| ||||||||||    
T  39427100 ataagcctttatgggtggtgtttgattgtagcatacactagatgg 39427056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 132 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 32353478 - 32353236
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32353478 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctatgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttctgttagcatta 32353379  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    |||   | | ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| | || ||||||| |||| |||| |   | | |||||||||||||||    
T  32353378 aaataatgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatgaga-tgtgctaaataatataaaattgatggataagttgttaagacttttaatgattacc 32353280  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatg 374  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| | ||||| |||||||||    
T  32353279 ataagcccttatgggtggtgtatggtcgtagcatacactagatg 32353236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 31207713 - 31207470
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| | |||||||    
T  31207713 gaaaacggcaagtaatgggaacccaaccttattgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaagcaagttacttgctagttctctaagcacta 31207614  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    |||  || | ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| | || ||||||| | || ||||||| || |||||||||||||||||    
T  31207613 aaatattgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatgaga-tgtgctaaataatataaaattgagggataagctttaaaggcttttaatgattacc 31207515  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||  ||||| ||||||||||    
T  31207514 ataagcccttatgggtggtgtttggttctagcatacactagatgg 31207470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 132 - 342
Target Start/End: Original strand, 13818159 - 13818368
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaa-cccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcact 229  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13818159 gaaaacgacaagcaatgggaaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggtataatgggtaaaaacaagttacttgttagttctgttagcact 13818258  T
Q  230 aaaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 329  Q
    || |     | ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| | |  ||||| | | || ||||||| || || |||||||||||||    
T  13818259 aatataacgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatgaga-tgtgctaaataa--taaaaatgagggttaagcttcaagggtttttaatgattac 13818355  T
Q  330 cataagcccttat 342  Q
    |||||||||||||    
T  13818356 cataagcccttat 13818368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 132 - 253
Target Start/End: Original strand, 32354337 - 32354457
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaa 231  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |    
T  32354337 gaaaacgacaagtgatgggaacccaacctttatgattggagatcccatgaaaaaggttcaatgggaaaaacaagtcacttgttagttatgttagcact-a 32354435  T
Q  232 aactttttcgtccctttcctat 253  Q
    |||| ||| |||| ||||||||    
T  32354436 aactgttttgtccttttcctat 32354457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 81 - 233
Target Start/End: Original strand, 2433868 - 2434022
Alignment:
Q  81 gggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttga-gccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccat 179  Q
    |||||||||| ||  |||||| |||||||||||||| ||||| | |||| ||||||   | |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2433868 gggatgaaataaacttgtgta-catcgaggggaatgagacttaaagccacttgaaattaataagtgatgggaacccaatctttgtgattggagatcccat 2433966  T
Q  180 gaagaaggttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaaa 233  Q
    ||| |||||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||    
T  2433967 gaataaggttcatatgggtaagaacaagtcacttattagttctgctagcacaaaaa 2434022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 101; Significance: 6e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Original strand, 126765 - 127008
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  126765 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttaaatgggtaaacacaagttacttgttagttctgttagcacta 126864  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    |||   | | ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||| ||| | || |||| || |||| |||| |   | | |||||||||||||||    
T  126865 aaataatgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatgaga-tgtggtaaataatataaatttgatggataagttgttaagacttttaatgattacc 126963  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||| | ||||| ||||||||||    
T  126964 ataagctcttatgggtggtgtatggtcgtagcatacactagatgg 127008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 97; Significance: 1e-47; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Original strand, 1967849 - 1968083
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  1967849 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgcttggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaacaaattacttgttagttctgttagcacga 1967948  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    |||   | | ||| ||||||||| |||||||||| |||||| || | |||||| | || ||||||| ||||||||         ||||||||||||||||    
T  1967949 aaataatgttgtctctttcctatagtgtatgataatggatgagata-tgctaaataatataaaattgatgggtaa---------gcttttaatgattacc 1968038  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    |||||| ||||| |||||||| || ||| | ||| ||||||||||    
T  1968039 ataagcacttatgggtggtgtttgattgtaacatacactagatgg 1968083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 132 - 374
Target Start/End: Original strand, 24172121 - 24172364
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||     
T  24172121 gaaaacgacaagtaatggaaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggtttaacgggtaaaaacaaattac-tgttagttatgttagcactt 24172219  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgag-agtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattac 329  Q
    |||   ||| ||||| || ||||||||||| ||| || || |||| |||||||| | || ||||||| | |||||||||| || |||||||||||||| |    
T  24172220 aaatgattttgtcccatttctatggtgtatcataatgaatatgagaagtgctaaataatataaaattgaggggtaagctttaaaggcttttaatgattgc 24172319  T
Q  330 cataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatg 374  Q
    ||| |||| |||| |||||||| |||||| ||||| || ||||||    
T  24172320 cattagcctttatgggtggtgtatggttgtagcatacattagatg 24172364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 132 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 38826519 - 38826279
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38826519 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtaattggagatcccatgaagaacgttcaatgggtaaaaacaagttacttgttagttctattagcacta 38826420  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    |||   | | ||   |||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| | || ||||||| | || |||| || || | | |||||||||||||    
T  38826419 aaataatgttgtatgtttcctatagtgtatgataatggatgaga-tgtgctaaataatataaaattgagggataagttttaaagac-tttaatgattacc 38826322  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagat 373  Q
    |||||||||||| |||||||| |||| | ||||| | ||||||    
T  38826321 ataagcccttatgggtggtgtatggtcgtagcatacgctagat 38826279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 132 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 49388603 - 49388362
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaat-gggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcacta 230  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49388603 gaaaacgacaagtaatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaataggtaaaaacaagttacttgttagttctgttagtacta 49388504  T
Q  231 aaactttttcgtccctttcctatggtgtatgatattggatgtgagagtgctaatttatttaaaattaatgggtaagcttaaacggcttttaatgattacc 330  Q
    | |     | ||| ||||||||| |||||||||| |||||| ||  ||||||| | |  ||||| | | || ||||||| || || ||||||||||||||    
T  49388503 atataacgttgtctctttcctattgtgtatgataatggatgaga-tgtgctaaataa--taaaaatgagggataagctttaaaggtttttaatgattacc 49388407  T
Q  331 ataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    ||||||| |||| |||| ||| |||| | ||||| ||||| ||||    
T  49388406 ataagccattatgggtgatgtatggtcgtagcatacactaaatgg 49388362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 146 - 232
Target Start/End: Original strand, 47325006 - 47325092
Alignment:
Q  146 atggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaa 232  Q
    |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  47325006 atgggaacccaatctttatgattggagatcccatgaaaaaggttcaatggaaaaaacaagtcacttgttagttatgttagcactaaa 47325092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 318 - 375
Target Start/End: Original strand, 47325179 - 47325235
Alignment:
Q  318 tttaatgattaccataagcccttataggtggtgtgtggttggagcatgcactagatgg 375  Q
    ||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  47325179 tttaatggttaccataagcctttag-ggtggtgtgtggttgtagcatgcactagatgg 47325235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 151 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 49874158 - 49874089
Alignment:
Q  151 aacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagtt 218  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||    
T  49874158 aacccaatctttatgattggagatcccatgaataaggttcatatgggtaagaacaagtcacttattagtt 49874089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 133 - 232
Target Start/End: Original strand, 201489 - 201588
Alignment:
Q  133 aaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaa 232  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  201489 aaaacgacaagtgatggtaacccaacctttatgattggagatcccgtgaaaaaggttcaatgggaaaaacaagtcatttgttagttatgttagcactaaa 201588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 132 - 232
Target Start/End: Original strand, 43656917 - 43657017
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaa 231  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  43656917 gaaaacgacaagtgatgggaacccaacctttatgattggagatcctatgaaaaaggttcaatggaaaaaacaagtcacttgttagttatgttagcactaa 43657016  T
Q  232 a 232  Q
    |    
T  43657017 a 43657017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 81 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 21256907 - 21256755
Alignment:
Q  81 gggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatg 180  Q
    |||||||||| ||| |||||| ||||||||||| || ||||  ||||| ||||||   | |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21256907 gggatgaaatgaat-tgtgta-catcgaggggattgagactaaagccacttgaaattaataagtgatgggaacccaacatttgtgattggagatcccatg 21256810  T
Q  181 aagaaggttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaaa 233  Q
    || |||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||    
T  21256809 aataaggttcatatgggtaaaaacaagttacttattagttctgctagcacaaaaa 21256755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 132 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 38641786 - 38641704
Alignment:
Q  132 gaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatggg-aaaaacaagttacttgt 213  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||    
T  38641786 gaaaacgacaagtaatgggaacccatactttgtgattggagatcccatgaagaaggttcaatgggtaaaaataaattacttgt 38641704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 82 - 233
Target Start/End: Original strand, 9032426 - 9032578
Alignment:
Q  82 ggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatga 181  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||| | ||||   | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9032426 ggatgaaataaatttgtgta-catcgaggggattgggacttaagccactcgaaattaataagtgatgggaacccaacctttgtgattggagatcccatga 9032524  T
Q  182 agaaggttca-atgg-gaaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaaa 233  Q
    | |||||||| ||||  || ||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||    
T  9032525 ataaggttcatatggataagaacaagtcacttattagttctgctagcaccaaaa 9032578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 103 - 232
Target Start/End: Original strand, 38677645 - 38677776
Alignment:
Q  103 catcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttca--atgggaaaa 200  Q
    ||||||||||| || || || ||||||| ||||  |||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| || |    
T  38677645 catcgaggggattgagaattaagccaatcgaaattgacatgtgataggaacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttcattgtggtaaga 38677744  T
Q  201 acaagttacttgttagttctgttagcactaaa 232  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  38677745 acaagttacatgttagttctgctagcgctaaa 38677776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 81 - 221
Target Start/End: Original strand, 31182794 - 31182935
Alignment:
Q  81 gggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatcccatg 180  Q
    |||||||||| ||| |||| | ||||||||||| || ||||| ||||||| ||||  || | || || | ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31182794 gggatgaaataaatttgtg-agcatcgaggggattgagacttaagccaatcgaaattgatatgtcataggaacccaacctttgtgattggagatcccatg 31182892  T
Q  181 aagaaggttcaa--tgggaaaaacaagttacttgttagttctg 221  Q
    ||||||||||||  ||| || ||||||| || |||||||||||    
T  31182893 aagaaggttcaatgtggtaagaacaagtcacatgttagttctg 31182935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 78 - 218
Target Start/End: Original strand, 44315892 - 44316034
Alignment:
Q  78 ctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatccc 177  Q
    ||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||  ||||||||||| | ||||   | |||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  44315892 ctagggaggaaaataatatgtgacacatcgaggggaattagacttgagccattcgaaattaataagtgataggaacccaacctttgtgattggagatccc 44315991  T
Q  178 atgaagaaggttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagtt 218  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||||| |||| ||||||    
T  44315992 atgaataaggttcatatgggtaataacaagtcacttattagtt 44316034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 151 - 233
Target Start/End: Original strand, 29278153 - 29278237
Alignment:
Q  151 aacccaacctttgtgattggagatcccatgaagaaggttca-atggg-aaaaacaagttacttgttagttctgttagcactaaaa 233  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||| |||| ||||||||| |||||| ||||    
T  29278153 aacccaacctttgtgatttgagatcccatgaataaggttcatgtgggtaagaacaagtcacttattagttctgctagcaccaaaa 29278237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0086
Description:

Target: scaffold0086; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 78 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 38478 - 38365
Alignment:
Q  78 ctagggatgaaattaatatgtgtaacatcgaggggaatgggacttgagccaattgaaaacgacaagtaatggtaacccaacctttgtgattggagatccc 177  Q
    ||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||  ||||||||||| | ||||   | |||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  38478 ctagggaggaaaataatatgtgacacatcgaggggaattagacttgagccattcgaaattaataagtgataggaacccaacctttgtgattggagatccc 38379  T
Q  178 atgaagaaggttca 191  Q
    ||||| ||||||||    
T  38378 atgaataaggttca 38365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University