View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12968_low_1 (Length: 1409)

Name: NF12968_low_1
Description: NF12968
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12968_low_1
NF12968_low_1
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (7-1390)||(23778327-23779707)
chr3 (996-1390)||(36477682-36478083)
chr3 (1011-1386)||(24309947-24310327)
chr3 (1050-1390)||(7856566-7856907)
chr3 (1012-1390)||(38573043-38573426)
chr3 (964-1386)||(26903221-26903648)
chr3 (964-1386)||(36617392-36617819)
chr3 (1011-1387)||(26285487-26285857)
chr3 (965-1390)||(36475534-36475966)
chr3 (988-1194)||(7728691-7728899)
chr3 (1010-1194)||(8034854-8035040)
chr3 (1097-1268)||(25031996-25032172)
chr3 (1178-1264)||(35502350-35502436)
chr3 (1302-1386)||(25070669-25070753)
chr3 (1174-1234)||(41897717-41897777)
chr3 (1178-1268)||(30136779-30136866)
chr3 (1178-1268)||(30142908-30142995)
chr3 (1178-1268)||(30146330-30146417)
chr3 (1335-1381)||(6714166-6714212)
chr3 (1178-1241)||(6714029-6714092)
chr3 (1338-1384)||(25735244-25735290)
chr3 (411-496)||(8332454-8332539)
[»] chr7 (28 HSPs)
chr7 (914-1390)||(2944953-2945434)
chr7 (974-1386)||(33941255-33941671)
chr7 (914-1390)||(30074197-30074667)
chr7 (990-1390)||(1691714-1692123)
chr7 (964-1386)||(43265549-43265976)
chr7 (1104-1390)||(24658490-24658780)
chr7 (989-1390)||(46089825-46090234)
chr7 (997-1194)||(10702820-10703019)
chr7 (993-1168)||(38293452-38293627)
chr7 (994-1196)||(32221653-32221856)
chr7 (1169-1390)||(38300190-38300417)
chr7 (1011-1156)||(24039502-24039647)
chr7 (914-1087)||(3045048-3045221)
chr7 (1169-1390)||(27080483-27080703)
chr7 (1169-1390)||(27197598-27197818)
chr7 (1148-1265)||(8256743-8256862)
chr7 (1178-1379)||(25233025-25233230)
chr7 (396-496)||(42429325-42429425)
chr7 (1182-1264)||(39785694-39785776)
chr7 (1169-1233)||(1247846-1247910)
chr7 (1169-1261)||(8062544-8062636)
chr7 (965-1078)||(8256860-8256973)
chr7 (1173-1261)||(25617858-25617946)
chr7 (1178-1256)||(33598023-33598101)
chr7 (1169-1236)||(38838337-38838404)
chr7 (1317-1382)||(10512018-10512083)
chr7 (917-971)||(32221563-32221617)
chr7 (1345-1386)||(36906329-36906370)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (996-1390)||(36745004-36745405)
chr5 (914-1388)||(43144632-43145110)
chr5 (914-1265)||(36633548-36633901)
chr5 (967-1371)||(25819163-25819571)
chr5 (968-1268)||(17076232-17076533)
chr5 (1254-1390)||(34750977-34751116)
chr5 (1011-1063)||(25767341-25767393)
chr5 (1296-1390)||(5069912-5070006)
chr5 (1338-1390)||(7607248-7607300)
chr5 (1178-1265)||(39509277-39509364)
chr5 (1025-1071)||(30077995-30078041)
chr5 (1178-1250)||(5569170-5569242)
chr5 (1204-1265)||(30078090-30078151)
chr5 (1170-1236)||(11498195-11498262)
chr5 (1170-1236)||(11505551-11505618)
chr5 (1170-1236)||(11512945-11513012)
chr5 (1170-1236)||(11520321-11520388)
chr5 (1170-1236)||(11527729-11527796)
chr5 (1343-1386)||(29670045-29670088)
chr5 (914-972)||(22536963-22537021)
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (946-1390)||(32033041-32033487)
chr2 (1011-1390)||(3356748-3357128)
chr2 (1010-1258)||(11562207-11562457)
chr2 (1011-1194)||(6141559-6141744)
chr2 (996-1194)||(18458861-18459061)
chr2 (997-1382)||(18703302-18703689)
chr2 (964-1210)||(4075816-4076064)
chr2 (1102-1386)||(4075513-4075801)
chr2 (1192-1390)||(7700406-7700610)
chr2 (396-496)||(3192549-3192649)
chr2 (1338-1390)||(34190093-34190145)
chr2 (1178-1263)||(38417928-38418013)
chr2 (1169-1261)||(7165409-7165501)
chr2 (412-496)||(21201814-21201898)
chr2 (412-496)||(21202052-21202136)
chr2 (996-1134)||(2631728-2631865)
chr2 (1178-1268)||(16639002-16639091)
chr2 (1213-1383)||(34878498-34878671)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (964-1390)||(4377345-4377780)
chr4 (964-1390)||(36247937-36248370)
chr4 (1013-1390)||(33518140-33518523)
chr4 (147-363)||(53592270-53592486)
chr4 (914-1264)||(50722871-50723212)
chr4 (969-1268)||(2815765-2816045)
chr4 (1179-1384)||(2158703-2158911)
chr4 (996-1208)||(5882676-5882890)
chr4 (964-1133)||(2158909-2159078)
chr4 (996-1261)||(24153718-24153974)
chr4 (396-496)||(48479936-48480036)
chr4 (1178-1384)||(25023057-25023265)
chr4 (396-496)||(42502587-42502686)
chr4 (1178-1376)||(1112080-1112280)
chr4 (17-119)||(53592166-53592283)
chr4 (1092-1193)||(2185307-2185410)
chr4 (914-986)||(5882933-5883005)
chr4 (1296-1386)||(2814060-2814150)
chr4 (1169-1261)||(40407805-40407897)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (914-1390)||(29866231-29866713)
chr8 (994-1386)||(44873356-44873754)
chr8 (993-1390)||(6802397-6802799)
chr8 (1010-1381)||(24556558-24556934)
chr8 (964-1386)||(45485810-45486237)
chr8 (980-1386)||(32161016-32161428)
chr8 (996-1268)||(2148573-2148847)
chr8 (1169-1390)||(7681178-7681402)
chr8 (1254-1390)||(10381488-10381627)
chr8 (1169-1261)||(41303319-41303411)
chr8 (1169-1261)||(3662180-3662273)
chr8 (1209-1310)||(34696879-34696983)
chr8 (1169-1261)||(4587100-4587192)
chr8 (1178-1374)||(43421691-43421889)
chr8 (1190-1231)||(7387971-7388012)
chr8 (1325-1382)||(7388102-7388159)
chr8 (463-496)||(10072194-10072227)
chr8 (1338-1379)||(29841154-29841195)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (1010-1390)||(21883324-21883709)
chr6 (964-1386)||(24901752-24902179)
chr6 (964-1386)||(18816983-18817410)
chr6 (969-1386)||(14607377-14607797)
chr6 (1010-1268)||(2919695-2919955)
chr6 (1017-1268)||(6689388-6689641)
chr6 (1024-1207)||(19266871-19267056)
chr6 (1169-1376)||(30705369-30705578)
chr6 (1346-1390)||(6689272-6689316)
chr6 (1169-1261)||(25085246-25085338)
chr6 (392-496)||(29978439-29978535)
chr6 (1172-1233)||(22260250-22260310)
chr6 (396-488)||(2511642-2511734)
chr6 (418-496)||(30437993-30438071)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (974-1350)||(25031052-25031432)
chr1 (974-1336)||(9477746-9478113)
chr1 (968-1384)||(9539236-9539646)
chr1 (996-1268)||(6226874-6227148)
chr1 (996-1390)||(10780821-10781209)
chr1 (964-1386)||(1016620-1017047)
chr1 (964-1390)||(34912381-34912809)
chr1 (1183-1390)||(8065047-8065257)
chr1 (1169-1390)||(27464073-27464297)
chr1 (1022-1194)||(42311300-42311464)
chr1 (1192-1386)||(23353459-23353655)
chr1 (1178-1238)||(31738109-31738169)
chr1 (1010-1063)||(14229761-14229814)
chr1 (401-482)||(37413283-37413364)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (1296-1390)||(461272-461366)
[»] scaffold0311 (1 HSPs)
scaffold0311 (1315-1386)||(807-878)
[»] scaffold0535 (1 HSPs)
scaffold0535 (1178-1239)||(9895-9956)
[»] scaffold0024 (1 HSPs)
scaffold0024 (411-496)||(70338-70424)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1112; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1112; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 23779707 - 23778327
Alignment:
Q  7 agcagcacagacaaacatgacccaagtcgacggcggcgcagaggtcaccggagactcagtagacaacgacccacgaatttgagaacagatcgaggggttg 106  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  23779707 agcaacacagacaaacatgacccaagtcgacggcggcgcagaggtcaccggaaactcagtagacaacgtcctacgaatttgagaacagatcgaggggttg 23779608  T
Q  107 tcgcagatccaaa-gttgtgcttatgaaacgagttgcggtggtcgcagatccaaaaagcatcaccgacgagagcatagacgacaccggctacccaacgga 205  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||    
T  23779607 tcgcagatccaaaagttgtgcttatgaaacgagttgcggtggtcgcagatccaaaaagcatcaccgacgagagcacatacggcgccggctacccaacgga 23779508  T
Q  206 acaaggagcgagggtggtgaagcggcgaggagcgcgttcaccacctgcgtgaggttacatgatcaaaaacgtgtttggattggaggaggagaggtgagtg 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23779507 acaaggagcgagggtggtgaagcggcgaggagcgcgttcaccacctgcgtgaggctacatgatgaaaaacgtgtttggattggaggaggagaggtgagtg 23779408  T
Q  306 gttatggaggttgtcgggggcggctaggttagtaggagagagaacagagcgatttcacgttttctgtattctaatatctgacaaatggatcaagtcttgc 405  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23779407 gttatggaggttgtcggtggcggctaggttagtag---agaaaacagagcgatttcacgttttctgtattctaatatctgataaatggatcaagtcttgc 23779311  T
Q  406 ttgagcacaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatcattcaattannnnnnnnn 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  23779310 ttgagcacaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatcattcaattattttttctt 23779211  T
Q  506 nnnnnnnnnnnaaggtatgtgtgtgtgcctaatcactttttatttctcattcaaatgctattctttcatacgagacttctgttttctcaccttcaacttc 605  Q
               |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23779210 ttaatttttttaaggtatgtgcgtgtgcctaatcactttttatttctcattcaaatgctattctttcatacgagacttctgttttctcaccttcaacttc 23779111  T
Q  606 taccccacccttgagacaacaacattcatgttttcattcaatgtcttactttaagaaaaatagtttaagaaaaaacagttttatcgatatatatattcat 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  23779110 taccccacccttgagacaacaacattcatgttttcattcaatgtcttactttaagaaaaatagtttaagaaaaaacagttttatcgatatatat--tcat 23779013  T
Q  706 ttttaactccgttcgtttttaaagaaataaatgttttatgcaaacatatttacaacatatttttcacataaaatagaaaattgactttgggtagaaagag 805  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23779012 ttttaactccgttcgtttttaaagaaataaatgttttatgcaaacatatttacaacatatttttcacataaaatagaaaattgactttgggtagaaagag 23778913  T
Q  806 gggaagagatattgatgaaagaaagaaaaaatagaacaaagtaatgagcaaggcgaacacacatgggg-ccaaagtcccacatgcnnnnnnnnnnnnnnn 904  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||                   
T  23778912 gggaagagatattgatgaaagaatgaaaaaatagaacagagtaatgagcaaggcgaacacacatgggggccaaagtcccacatgctttttccctattttt 23778813  T
Q  905 nnnnnnnnnaataatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatt 1004  Q
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  23778812 tatttttttaataatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagtcatt 23778713  T
Q  1005 tgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaat 1104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23778712 tgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgccggaagtgacgttaccccgtcaacttaagaat 23778613  T
Q  1105 tatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtgaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgct 1204  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23778612 tatgttgcaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtgaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgct 23778513  T
Q  1205 atggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaagtacctatgta 1304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  23778512 atggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgtttttttagctatgaaagttgtgaagtacctatgta 23778413  T
Q  1305 acaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23778412 acaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 23778327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 996 - 1390
Target Start/End: Original strand, 36477682 - 36478083
Alignment:
Q  996 aaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaa 1095  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||| |||||| |  ||||    
T  36477682 aaagtcatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgattgagttttatcaaaataattttatagatgtgccgaaagtggcgttacacactcaa 36477781  T
Q  1096 tttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgca 1193  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||  |||| |||| ||| |||||| ||||    
T  36477782 cttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgctaagttgaaagggctttcatatctttgtgcaaaacatgtgaaaataaataagtgca 36477881  T
Q  1194 acacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaa 1293  Q
    || |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||       || |||||||||||||||    
T  36477882 acgcatttgctatgccctataaacttttgaagttggctttgcttttgtcggtagcaacggcaagtgttgaacgtgttttttcagatatgaaagttgtgaa 36477981  T
Q  1294 g---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttact--tatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtca 1388  Q
    |    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36477982 gagtaacctatgtaacaaaatggatgatcagtgactaaatgttcgttttgtaacttatatatagaaaaagatgttcttttaacaattagtaatgatgtca 36478081  T
Q  1389 tt 1390  Q
    ||    
T  36478082 tt 36478083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1011 - 1386
Target Start/End: Complemental strand, 24310327 - 24309947
Alignment:
Q  1011 ttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgtt 1110  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| |   ||| ||||||||||||||    
T  24310327 ttttgatgtgaagaaattattgagaatggttgagttttatccaaatgattttatagatgtgccggaagtggcattacacacgcaacttaagaattatgtt 24310228  T
Q  1111 acaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatgg 1208  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  24310227 acaaatgttcgatctgactcaaaatttgctatgttgaaagggctttcagatctgtgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgcgacacatttgctatgg 24310128  T
Q  1209 tttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaa 1305  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||||||||||    || |||||||    
T  24310127 tttataaacttttgaagttgactttgctcttgttggtagcaactgcaagtgttgaacgtgttttttcagatatgaaagttgtgaagagtaacatatgtaa 24310028  T
Q  1306 caaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
     ||||||| ||||| |||  ||||| |  || |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24310027 taaaatggatgatcggtggttaaatgaatgtcttgtaacttacatagaaagagatgttcttttaacaattaacaatgatgt 24309947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 1050 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 7856907 - 7856566
Alignment:
Q  1050 tccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaa 1149  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| |||    
T  7856907 tccaaatgattttatagatgtgccggaagtggtgttacgaactcaatttaagaatt--gttacaaatgttcgatctgacccaacatttct-aagttaaaa 7856811  T
Q  1150 gggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtag 1247  Q
    ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  7856810 gggctttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgcaacacgtttcctatggtttataaacttttgaagttggctttgcttttgccggtag 7856711  T
Q  1248 caactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttac 1344  Q
    |||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || || |||| ||    
T  7856710 caactgcaagtgttgaacgtg-tttttcagctatgaaatttgtgaagagtaacctatataacaaaatgggtgatcagtggctaaatgactgtcttgtaac 7856612  T
Q  1345 ttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  7856611 ttatatagaaagagatgttcttttaacaattaacaatgacgtcatt 7856566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 166; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 1012 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 38573426 - 38573043
Alignment:
Q  1012 tttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgtta 1111  Q
    |||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||| |||  |||||||||||||  |||||||  |||||| |  |||  |||||||||||||||    
T  38573426 tttgatgtgaattaattattgaggatggctgaattttatcaaaacaattttatagatgttccggaagtagcgttacgcactcagcttaagaattatgtta 38573327  T
Q  1112 caaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggt 1209  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  38573326 cagatgttcgatctgacccaaaagttgttaagttgtaagggctttcaaatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctattgt 38573227  T
Q  1210 ttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaac 1306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| | ||       ||||| |||||||||||||    |  || |||||    
T  38573226 ttataaacttttgaagttggctttgctcttgccgatagcaactgcaagtgttgatcatgttttttcagctacgaaagttgtgaagaataaattaagtaac 38573127  T
Q  1307 aaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    ||||| | |||||| || |||||| | |||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  38573126 aaaattgatgatcaatggctaaatgatcgtcgtgtaacttatatagaaagagatgttctattaacaattagcaatgctgtcatt 38573043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 964 - 1386
Target Start/End: Complemental strand, 26903648 - 26903221
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||| | ||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  26903648 cttttacaatgtgtttcatgtttgagtcctgcaaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttg 26903549  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatct 1163  Q
    |||||||||||||||||  ||| | | | ||| || | |||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||  |||||    
T  26903548 tagatgtgtcggaagtggagttgcgcagacaacttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatct 26903449  T
Q  1164 ttgtgaaa--cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  26903448 ttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgcaagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccggttgcaactgcaagtgtt 26903349  T
Q  1262 gaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagag 1358  Q
    |||||||       |||||||||  ||||||||    |  || ||||||||||||||||||| ||  ||||| | ||  |||| |||| ||| |||||||    
T  26903348 gaacgtgttttttcagctatgaagattgtgaagagtcatttacgtaacaaaatgggtgatcaatggttaaatgatcggcttgtaacttttattgaaagag 26903249  T
Q  1359 atgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  26903248 atgttcttttcacaattagcactgatgt 26903221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 158; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 964 - 1386
Target Start/End: Original strand, 36617392 - 36617819
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||| | ||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  36617392 cttttacaatgtgtttcatgtttgagtcctgcaaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttg 36617491  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatct 1163  Q
    |||||||||||||||||  ||| | | | ||| || | |||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||  |||||    
T  36617492 tagatgtgtcggaagtggagttgcgcagacaacttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatct 36617591  T
Q  1164 ttgtgaaa--cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  36617592 ttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgcaagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccggttgcaactgcaagtgtt 36617691  T
Q  1262 gaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagag 1358  Q
    |||||||       |||||||||  ||||||||    |  || ||||||||||||||||||| ||  ||||| | ||  |||| |||| ||| |||||||    
T  36617692 gaacgtgttttttcagctatgaagattgtgaagagtcatttacgtaacaaaatgggtgatcaatggttaaatgatcggcttgtaacttttattgaaagag 36617791  T
Q  1359 atgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  36617792 atgttcttttcacaattagcactgatgt 36617819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 157; E-Value: 8e-83
Query Start/End: Original strand, 1011 - 1387
Target Start/End: Original strand, 26285487 - 26285857
Alignment:
Q  1011 ttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgtt 1110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||| |||| |||||||||    
T  26285487 ttttgatgtgaacaaattattgaggatggttgagttttatccaaatgattttataaatgtgtcggaagtggtgttacgccgtcaacttaataattatgtt 26285586  T
Q  1111 acaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtgaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtt 1210  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||| |||||          |||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||    
T  26285587 acaaattttcgatctgaccaaaaatttactaagttgaaagggctttcagatc---------gttgtggaaacaaataagtgcaacaaatttattatggtt 26285677  T
Q  1211 tataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaaca 1307  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||| | | |||||||| |||||||||||  ||       || | ||||||||||||||    ||| ||||||||    
T  26285678 tataagcttttgaagttgactttgctctttccgttagcaactacaagtgttgaaaatgtttttttagatttgaaagttgtgaagagtaaccaatgtaaca 26285777  T
Q  1308 aaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtc 1387  Q
    ||||||||||| |||| |||||| || || |||| || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26285778 aaatgggtgattagtggctaaatgactgtcttgtaacatatgtagaaagatatgttcttttaacaattagcaatgatgtc 26285857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 147; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 965 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 36475966 - 36475534
Alignment:
Q  965 ttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttat 1064  Q
    ||||||||  ||||| | |||| ||||||| ||||| ||||| |  |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  36475966 ttttacaatatgtttcaagtttgagtcccgcaaagtcatttgcagttttttatgtgaagaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttac 36475867  T
Q  1065 agatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacc-caaaatttgttaagttgaaagggctttaagatct 1163  Q
    || |||| |||| ||| |||||| || |||| ||| |||||||||||||||||||  || |||||  |||| ||| ||||||||||||||||| | ||||    
T  36475866 aggtgtgccggatgtggcgttacaccatcaacttaggaattatgttacaaatgtttaatttgaccaaaaaaattgctaagttgaaagggctttcaaatct 36475767  T
Q  1164 ttgt--gaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    ||||   ||| ||||||||||||| || ||||||||||||| |||| |||| || | ||| ||||||||||| ||||||  ||||||||||||||  |||    
T  36475766 ttgtccaaaatttgtggaaacaaacaagtgcaacacatttgttatgatttagaagccttttaagttggcttttctcttgtcggtagcaactgcaacggtt 36475667  T
Q  1262 gaacgtg-nnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaaga 1357  Q
    ||| |||        ||||||||||||| | |||    ||||||||||||||||| |||||||||   |||| |||||| |||| ||||||||| |||||    
T  36475666 gaatgtgtgtttttcagctatgaaagttctaaagagtaacctatgtaacaaaatgagtgatcagttgataaacaaccgtcttgtaacttatataaaaaga 36475567  T
Q  1358 gatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36475566 gatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 36475534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 988 - 1194
Target Start/End: Original strand, 7728691 - 7728899
Alignment:
Q  988 agtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttac 1087  Q
    ||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  7728691 agtcccgcaaagtcatttgcagcttttgatgtgaacaaattattgagaataactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtggcgttat 7728790  T
Q  1088 cccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaa 1185  Q
     |  |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||| |||    
T  7728791 gcactcaacttaagaattatgttacaaatgttatatctgacccaaaatttgctaagttgaaagggttttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaataaa 7728890  T
Q  1186 taaatgcaa 1194  Q
    ||| |||||    
T  7728891 taagtgcaa 7728899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 1010 - 1194
Target Start/End: Complemental strand, 8035040 - 8034854
Alignment:
Q  1010 cttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgt 1109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || |  |||| ||||||||| | |    
T  8035040 cttttgatgtgaacaaattattgaggatgactcagttttatccaaatgattttatagatgtgtcgaaagtggcgtcacacactcaacttaagaattgtat 8034941  T
Q  1110 tacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaa 1194  Q
    ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  8034940 tacaaatgttctatgtgacctaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgcaa 8034854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 1097 - 1268
Target Start/End: Original strand, 25031996 - 25032172
Alignment:
Q  1097 ttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtgaaa---cttgtggaaacaaataaatgca 1193  Q
    |||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||    
T  25031996 ttaagaattatgttacaaatgttcaatttaatccaaaatttggcaagttgaaacggctttcagatctttgtgcaaatacttgtggaaacaaataaatgca 25032095  T
Q  1194 acacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgc--tggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  25032096 acacatttattatggtttattaacttttgaagttggttttgctcttgccgcggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 25032172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1264
Target Start/End: Original strand, 35502350 - 35502436
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaa 1264  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |||| ||||||| ||||||||||||  |||||||| |  |||||||| |||||||||||||    
T  35502350 gaaacaaataagtgcaacccatttgttatgatttataagcttttgaagttgattttgctctcgtgggtagcaattgcaagtgttgaa 35502436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1302 - 1386
Target Start/End: Original strand, 25070669 - 25070753
Alignment:
Q  1302 gtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    ||||||||||||||||||| ||  ||||| | ||  |||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  25070669 gtaacaaaatgggtgatcaatggttaaatgatcggcttgtaacttttattgaaagagatgttcttttcacaattagcactgatgt 25070753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1174 - 1234
Target Start/End: Complemental strand, 41897777 - 41897717
Alignment:
Q  1174 tgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttg 1234  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  41897777 tgtgaaaacaaataagtgcaacacatttgctattatttataagcttttgaagttagctttg 41897717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1268
Target Start/End: Complemental strand, 30136866 - 30136779
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||| |  ||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  30136866 gaaacaaataagtgcaacatatttgttatggtttataagctttt-aagttag--ttgctattgtgggtagcaattgcaagtgttgaacgtg 30136779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1268
Target Start/End: Complemental strand, 30142995 - 30142908
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||| |  ||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  30142995 gaaacaaataagtgcaacatatttgttatggtttataagctttt-aagttag--ttgctattgtgggtagcaattgcaagtgttgaacgtg 30142908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1268
Target Start/End: Complemental strand, 30146417 - 30146330
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||| |  ||||| |||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  30146417 gaaacaaataagtgcaacatatttgttatggtttataagctttt-aagttag--ttgctattgtgggtagcaattgcaagtgttgaacgtg 30146330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 1335 - 1381
Target Start/End: Original strand, 6714166 - 6714212
Alignment:
Q  1335 gttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaat 1381  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6714166 gttttgtaacttttatagaaagagatattcttttaacaattagcaat 6714212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1241
Target Start/End: Original strand, 6714029 - 6714092
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgc 1241  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||| ||||| |||||||    
T  6714029 gaaacaaataggtgcaacacatttgttatggcttataagcttttgaggttagctttactcttgc 6714092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1338 - 1384
Target Start/End: Complemental strand, 25735290 - 25735244
Alignment:
Q  1338 ttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgat 1384  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||    
T  25735290 ttgtaacttatatagaaagagatgttctttgaataattagtaatgat 25735244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 411 - 496
Target Start/End: Original strand, 8332454 - 8332539
Alignment:
Q  411 cacaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatcattcaatta 496  Q
    |||||| | |||| |||| || ||||||||||||||||| || ||  |||| |||||| ||| |||||| || |||||||||||||    
T  8332454 cacaaatataaatgaaaaatgtttaggcacactcacataaatagagaaaaataaatgagaaaaaatttaatcacatcattcaatta 8332539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 28)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 914 - 1390
Target Start/End: Original strand, 2944953 - 2945434
Alignment:
Q  914 aataatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttt 1013  Q
    ||||||||  || ||| ||||||| |||| | | ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||| |||||    |||    
T  2944953 aataataggtataacataaaagaataagttagtaaatgagtaaactatcttttttacaatgtgttttatgtttgagttccgcaaagtcatttgccg-ttt 2945051  T
Q  1014 tgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttaca 1113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||| |||||    
T  2945052 tgatgtgaacaaattattgaggatgatcgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttacgtcatcaacttaagaattatattaca 2945151  T
Q  1114 aatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgt--gaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggttt 1211  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  2945152 aatgttcgatctgaccgaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtacaaaacttgtggaagcaaataaatgcaacacatttgctatgattt 2945251  T
Q  1212 ataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg-nnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaaca 1307  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||        || ||||||||||||||||    |||||  |||||    
T  2945252 ataaacttttgaagttgactttgctcttgtcggtagcaactgcaagtgttgaacgtgtttttttcagatatgaaagttgtgaagagtaacctacataaca 2945351  T
Q  1308 aaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||||| |||||||||  ||||| | ||| ||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2945352 aaatggatgatcagtggttaaatgatcgtcttgtagcttatatagaaagtgattttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 2945434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 974 - 1386
Target Start/End: Original strand, 33941255 - 33941671
Alignment:
Q  974 gtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtc 1073  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||   ||| |||| |||||||||||||||||||||      
T  33941255 gtgtttcatgtttgagtcccgcaaaatcatttgcagcttttgatgtgaacaaattattgagaatgggcgagatttacccaaatgattttatagatgtgct 33941354  T
Q  1074 ggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaa 1171  Q
    ||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||    
T  33941355 ggaagtggcgttacatcgtcaacttaagaattatgttataaatgttcgatctgacccaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtgcaaaa 33941454  T
Q  1172 cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnn 1271  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||       
T  33941455 cttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatggattataaacttttgaagttggatttgctcttgccggtagcaactgcaatcgttgaacgtgttt 33941554  T
Q  1272 nnnnagctatgaaagttgtga--agta-cctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttctttt 1368  Q
        | |||||||||||||||  |||| |||||||||  |||||||| ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  33941555 tttcatctatgaaagttgtgaagagtagcctatgtaa-taaatgggtaatcagtggctaaatgaccgtcttgtaacttatatagaaagaaatgttctttt 33941653  T
Q  1369 aacaattagcaatgatgt 1386  Q
    ||||||||||||||||||    
T  33941654 aacaattagcaatgatgt 33941671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 914 - 1390
Target Start/End: Original strand, 30074197 - 30074667
Alignment:
Q  914 aataatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttt 1013  Q
    ||||||||| || |||| | ||||||||| | | ||| |||||||||||||||| | || ||||||||||||| |||   | ||||| |||||||  |||    
T  30074197 aataatagatataacacgatagaacaagttagtaaatgagtaaactatctctttcagaatgtgttttatgtttgagttttgcaaagtcatttgtagtttt 30074296  T
Q  1014 tgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttaca 1113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| || |||| ||||||||||| |||||    
T  30074297 tgatgtgaacaaattattgaggatgactgagtattatccaaataattttatagatgtgttggaagtggcgttacaccatcaacttaagaattatattaca 30074396  T
Q  1114 aatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggttt 1211  Q
    |||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  30074397 aatgttcgatctgaacgaaaatttgctaagttgaaagggctttcaaatctttgtgtaaaacttttggaaacaaataaatgcaacacatttgctatgg--- 30074493  T
Q  1212 ataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaa 1308  Q
           ||||||||| | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||||||||||    |||||||||||||    
T  30074494 -------tttgaagtt-gatttgctcttgtcggtagcaactgcaagtgttgaacgtgttttttcagatatgaaagttgtgaagagtaacctatgtaacaa 30074585  T
Q  1309 aatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||| ||||||| || |||||| ||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30074586 aatgagtgatcaatggctaaatgaccatcttgtaacttatatagaaagagatgttcttttaacaattaacaatgatgtcatt 30074667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 990 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 1692123 - 1691714
Alignment:
Q  990 tcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccc 1089  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| |||||| | |||||| |||||| |    
T  1692123 tcccgtaaagtcatttgtagcttttgatgtgaagaaattattgaggatgactgagttttttc-aaataattgtatggatgtgccagaagtggcgttacgc 1692025  T
Q  1090 cgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaa---gttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaa 1184  Q
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||   ||||||||| |||| |||||||||||  |||||| |||||||||    
T  1692024 actcaacttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccataatttgctaattagttgaaaggactttcagatctttgtgcaaaacttatggaaacaa 1691925  T
Q  1185 ataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaag--tgttgaacgtgnnnnnnnagctatg 1282  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   |||||||||||||  |||||||||||       ||||||     
T  1691924 ataagtgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggttttgctcatgccaatagcaactgcaagtatgttgaacgtgttttttcagctata 1691825  T
Q  1283 aaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagca 1379  Q
    ||||||||||||    || ||||||||||||| |||||||||||  ||||   | || |||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||    
T  1691824 aaagttgtgaagagtaacatatgtaacaaaattggtgatcagtggataaacggctgtcttgtaacttatatataaagagatgttctattaacaattaaca 1691725  T
Q  1380 atgatgtcatt 1390  Q
    ||||| |||||    
T  1691724 atgatatcatt 1691714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 154; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 964 - 1386
Target Start/End: Original strand, 43265549 - 43265976
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||| | ||||| ||||    |||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  43265549 cttttacaatgtgtttcatgtttgagtcctgcaaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattaaggatggctgagctttatccaaatgattttg 43265648  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatct 1163  Q
    |||||||||||||||||  ||| | | | ||| || | |||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||  |||||    
T  43265649 tagatgtgtcggaagtggagttgcgcagacaacttcaaaattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatct 43265748  T
Q  1164 ttgtgaaa--cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  43265749 ttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgcaagacacttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccggttgcaactgcaagtgtt 43265848  T
Q  1262 gaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagag 1358  Q
    |||||||       |||||||||  ||||||||    |  || ||||||||||||||||||| ||  ||||| | ||  |||| |||| |||||||||||    
T  43265849 gaacgtgttttttcagctatgaagattgtgaagagtcatttacgtaacaaaatgggtgatcaatggttaaatgatcggcttgtaacttttatagaaagag 43265948  T
Q  1359 atgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  43265949 atgttcttttcacaattagcactgatgt 43265976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 1104 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 24658780 - 24658490
Alignment:
Q  1104 ttatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacattt 1201  Q
    ||||||||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24658780 ttatgttacaaatgttcaatttaaccgaaaatttgttaagttgaaagggctttcagatctttgcacaaaacttgtggaaacaaataagtgcaacacattt 24658681  T
Q  1202 gctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacc 1298  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || |||||||||||||||||||||       |||||||||  |||| |||    |||    
T  24658680 gctatgatttataaacttttgaagttggttttgctcttgccgataacaactgcaagtgttgaacgtgttttttcagctatgaagattgtaaagagtaacc 24658581  T
Q  1299 tatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  24658580 tatgtaacaaaatggatgatcggtggctaaatgaccgtcttgtaacttatatagaaagagatgttctattaac-attagcaatgatgtcatt 24658490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 989 - 1390
Target Start/End: Original strand, 46089825 - 46090234
Alignment:
Q  989 gtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttacc 1088  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||| | ||||||||||| |||||      
T  46089825 gtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattatcgaggatgactgaggtttacccaaataattttatagttatgtcggaagtggcgttatg 46089924  T
Q  1089 ccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaat 1186  Q
    || |||| ||| ||||||||| | || ||||| |  |||||  ||||||| |||||||||||| |||| |||| ||||||  ||||||||| ||||||||    
T  46089925 ccatcaacttaggaattatgtaataattgttcaacttgacctgaaatttgctaagttgaaaggactttcagat-tttgtgcaaaacttgtgaaaacaaat 46090023  T
Q  1187 aaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaag 1286  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||  |||||||| | ||||||||||||||       | |||||||||    
T  46090024 aagtgcaacacatttgctatggtttataagctttggaagtcggctttgctcttgccagtagcaaccg-aagtgttgaacgtgttttttcaactatgaaag 46090122  T
Q  1287 ttgtgaag----tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttg----ttact-tatatagaaagagatgttcttttaacaattag 1377  Q
    ||||||||    || |||||||||||| ||| |||| ||||  ||||| |  || |||    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  46090123 ttgtgaagagtcta-ctatgtaacaaagtggatgattagtggataaatgattgtcttgtaatttactatatatagaaagagaagttcttttaacaattac 46090221  T
Q  1378 caatgatgtcatt 1390  Q
     || |||||||||    
T  46090222 taaggatgtcatt 46090234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 997 - 1194
Target Start/End: Complemental strand, 10703019 - 10702820
Alignment:
Q  997 aagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaat 1096  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||  |||||| |  | ||     
T  10703019 aagttatttgcaacttttgatgtgaacaaattattgaggattagtgagttttatccaaatgattttctagatgtgctggaagttgcgttacacactgaac 10702920  T
Q  1097 ttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaa 1194  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  10702919 ttaagaattatgttacaaatgttctatctgacccaaaatttgctaagttgaaaaggctttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgcaa 10702820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 993 - 1168
Target Start/End: Original strand, 38293452 - 38293627
Alignment:
Q  993 cgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgt 1092  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||| |  |    
T  38293452 cgtaaagtcatttgcaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagctttatccaaataattttatagatgttccggaagtggcgttacgcact 38293551  T
Q  1093 caatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg 1168  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  38293552 caacttaagaattatgttacaaatgttcaatctgacccaaaagttgttaagttgtaagggctttcagatttttgtg 38293627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 994 - 1196
Target Start/End: Original strand, 32221653 - 32221856
Alignment:
Q  994 gtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtc 1093  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||    
T  32221653 gtaaagtcatttgtagcttttgatgtgaacaaattattaaggaagattgggttttatcgaaatgattttatagttgtgtcggaagtggcgttacaccatc 32221752  T
Q  1094 aatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatg 1191  Q
    || |||| |||||| |||| | |||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||| |||||    
T  32221753 aacttaaaaattatattac-agtgttcgatctgaccgaaaaattgctaagttgaaagggctttcagatccttgtgtaaaacttgtggaaacaaacaaatg 32221851  T
Q  1192 caaca 1196  Q
    |||||    
T  32221852 caaca 32221856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1390
Target Start/End: Original strand, 38300190 - 38300417
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||     
T  38300190 aaacttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttgactttgctcttgccggtagcaattgcaagtgttgaacgt- 38300288  T
Q  1269 nnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttg----ttacttatatagaaagagatg 1361  Q
           | ||||||||||||| |||    |  || |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||    ||||||||||||||| |||||    
T  38300289 ttttttcatctatgaaagttgtaaagagtaaattaagtaacaaaatggatgatcagtggctaaatgaccgtcttgtaacttacttatatagaaatagatg 38300388  T
Q  1362 ttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    || | |||||||||| ||||| |||||||    
T  38300389 ttttattaacaattatcaatgctgtcatt 38300417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 1011 - 1156
Target Start/End: Complemental strand, 24039647 - 24039502
Alignment:
Q  1011 ttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgtt 1110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||   |||| |  |||| ||||||||||||||    
T  24039647 ttttgatgtgaacaaattattgaggatgcctgagttttatccaaatgattttatagatgtgccgaaagtggtattacacactcaacttaagaattatgtt 24039548  T
Q  1111 acaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggcttt 1156  Q
    |||||| ||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24039547 acaaatattctatctaacccaaaatttgctaagttgaaagggcttt 24039502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 82; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 914 - 1087
Target Start/End: Complemental strand, 3045221 - 3045048
Alignment:
Q  914 aataatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttt 1013  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  |  ||| | |||||| | |||    
T  3045221 aataatagatataacacaaaagaacaagttagtaaatgagtaaactatctcttttacaatgtgttttatgtttgagtttcacaaaatcatttgtgatttt 3045122  T
Q  1014 tgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttac 1087  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  3045121 tgatgtgaacaaattattgaggatcgttgaattttatccaaataattttatagatgtgtcgaaaatgacgttac 3045048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 68; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 27080703 - 27080483
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||  || |||  ||||||||||||||||||||||| |     
T  27080703 aaacttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatgatttataagtttttgaagttggcttctcttttgtcggtagcaactgcaagtgttgaacata 27080604  T
Q  1269 nnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttct 1365  Q
           ||||||||||||  |||||    | ||||||   |||||| ||||| ||||  ||||||| | | |||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  27080603 ttttttaagctatgaaagtcatgaagagtcaactatgt---aaaatgagtgattagtggttaaataaacttcttgtaacttatataaaaagatatgttct 27080507  T
Q  1366 tttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  27080506 tttaacaattagc-atgatgtcatt 27080483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1390
Target Start/End: Original strand, 27197598 - 27197818
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||  || |||  ||||||||||||||||||||||| |     
T  27197598 aaacttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatgatttataagtttttgaagttggcttctcttttgtcggtagcaactgcaagtgttgaacata 27197697  T
Q  1269 nnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttct 1365  Q
           ||||||||||||  |||||    | ||||||   |||||| ||||| ||||  ||||||| | | |||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  27197698 ttttttaagctatgaaagtcatgaagagtcaactatgt---aaaatgagtgattagtggttaaataaacttcttgtaacttatataaaaagatatgttct 27197794  T
Q  1366 tttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  27197795 tttaacaattagc-atgatgtcatt 27197818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 65; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 1148 - 1265
Target Start/End: Complemental strand, 8256862 - 8256743
Alignment:
Q  1148 aagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggt 1245  Q
    ||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||    
T  8256862 aaggggtttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaataaataagtgcagcacatttgctattgtttataagcttttgaagttgattttgctcttgccggt 8256763  T
Q  1246 agcaactgcaagtgttgaac 1265  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  8256762 aacaactgcaagtgttgaac 8256743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1379
Target Start/End: Complemental strand, 25233230 - 25233025
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnag 1277  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||       ||    
T  25233230 gaaacaaataagtgcaacacatttgttatgatttataagcttttgaaattggctttgctcttgtgggtagcaagtgcaagtgttgaacgtgttttttcag 25233131  T
Q  1278 ctatgaaagttgtgaa---gtacctatgtaac-aaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaa 1373  Q
    |||  |||||||||||    || ||||||||| |||||  |  ||||||| |||||| | ||| |||| | ||||||| ||||| |||||||||||| ||    
T  25233130 ctacaaaagttgtgaacagttaactatgtaacaaaaataagcaatcagtggctaaatgatcgtcttgtaatttatataaaaagaaatgttcttttaaaaa 25233031  T
Q  1374 ttagca 1379  Q
    ||||||    
T  25233030 ttagca 25233025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 61; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 396 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 42429425 - 42429325
Alignment:
Q  396 caagtcttgcttgagcacaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatcattcaatt 495  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42429425 caagtcctacttgagcacaaaaacaaataaaaagtagttagacacgcttacatagatgaaagaaaataaatgataaagaatttagtcacatcattcaatt 42429326  T
Q  496 a 496  Q
    |    
T  42429325 a 42429325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1182 - 1264
Target Start/End: Complemental strand, 39785776 - 39785694
Alignment:
Q  1182 caaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaa 1264  Q
    ||||||| || |||||||||||| |||| |||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39785776 caaataattgtaacacatttgctttggtgtataagtttttgaagttggttttgctcttgttggtagcaactgcaagtgttgaa 39785694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1233
Target Start/End: Original strand, 1247846 - 1247910
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggcttt 1233  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  1247846 aaacttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatgatttataagcttttgaagttgacttt 1247910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1261
Target Start/End: Complemental strand, 8062636 - 8062544
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||| || | |||  ||| ||||||||||    
T  8062636 aaacttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatgatttataagtttttgaaattggctttgcttttaccggtgccaagtgcaagtgtt 8062544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 965 - 1078
Target Start/End: Complemental strand, 8256973 - 8256860
Alignment:
Q  965 ttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttat 1064  Q
    ||||| || ||||||  ||||| ||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||||||| |||| || |    
T  8256973 ttttataatgtgtttcttgtttaagtcccacaaagtcatttgcaacttttgatgtgaacaaaatattgaggataaccgagctttatccaactgatatttt 8256874  T
Q  1065 agatgtgtcggaag 1078  Q
    ||||||||| ||||    
T  8256873 agatgtgtcagaag 8256860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1173 - 1261
Target Start/End: Complemental strand, 25617946 - 25617858
Alignment:
Q  1173 ttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||   |||  |||||||| ||||||||||    
T  25617946 ttgttgaaacaaataaatgtaacacatttgctatgatttataagcttttgaagttgattttgtatttgtcggtagcaagtgcaagtgtt 25617858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1256
Target Start/End: Complemental strand, 33598101 - 33598023
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaa 1256  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||  |||||||| |||||    
T  33598101 gaaacaattaagtgcaacacatttgttatgatttataagcttttaaatttggctttgctcttgtgggtagcaattgcaa 33598023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1236
Target Start/End: Complemental strand, 38838404 - 38838337
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgct 1236  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  38838404 aaacttatgaaaacaaataagcgcaacacatttgcaatgatttataagcttttgaagttagctttgct 38838337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1317 - 1382
Target Start/End: Original strand, 10512018 - 10512083
Alignment:
Q  1317 atcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatg 1382  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||  | ||||||||||||    
T  10512018 atcagtgattaaatgaccgttgtgtaacttttatagaaagagatgttcttgaaccaattagcaatg 10512083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 917 - 971
Target Start/End: Original strand, 32221563 - 32221617
Alignment:
Q  917 aatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttaca 971  Q
    |||||| || ||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||||||||    
T  32221563 aatagatataacacaaaagaataagtcagtaaataagtaaactatctcttttaca 32221617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1345 - 1386
Target Start/End: Complemental strand, 36906370 - 36906329
Alignment:
Q  1345 ttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  36906370 ttatatagaaagagatgttcttttgacaattaacaataatgt 36906329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 996 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 36745405 - 36745004
Alignment:
Q  996 aaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaa 1095  Q
    ||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |  ||||    
T  36745405 aaagttatttgcagcttttgatgtaaacaagttattgaggatgactgggttttatccaaatgattttatagatgtgttgaaagtggcgttacgcactcaa 36745306  T
Q  1096 tttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgca 1193  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||| || || ||||| |||| ||||    
T  36745305 cttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaagtttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtgcaaaaattatgaaaacatataagtgca 36745206  T
Q  1194 acacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaa 1293  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||       || |||||||||||||||    
T  36745205 acacatttgatatggtttataaacttttgaagttgactttgctcttgtcggtaacaactgcaagtgttgaacgtgttttttcagatatgaaagttgtgaa 36745106  T
Q  1294 g---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttact--tatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtca 1388  Q
    |    || ||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36745105 gagtaacatatgtaacaaaatgggtgatcggtggctaaatgaccgtcttgtaacttatatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtca 36745006  T
Q  1389 tt 1390  Q
    ||    
T  36745005 tt 36745004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 914 - 1388
Target Start/End: Complemental strand, 43145110 - 43144632
Alignment:
Q  914 aataatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttt 1013  Q
    ||||||||| || ||||||||||| |||| | | ||| |||||| ||||| ||||||||  |||||||||||| |||  || ||||||||||| |  |||    
T  43145110 aataatagatataacacaaaagaataagtta-taaatgagtaaattatcttttttacaatttgttttatgtttgagtttcgcaaagttatttgcagtttt 43145012  T
Q  1014 tgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttaca 1113  Q
    | ||||||||||||||| || |||||  | | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||  | |||| ||||||||||| |||||    
T  43145011 tcatgtgaacaaattatcgaagatgatcggggtttatccaaatgatttcatagatgtgttggaagtgacattacaacatcaacttaagaattatattaca 43144912  T
Q  1114 aatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggttt 1211  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43144911 aatgttcgatctgaccgaaaatttgctaagttgaaagagttttcaaatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataaatgtaacacatttgctatggttt 43144812  T
Q  1212 ataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaa 1308  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||        ||||||||||| ||| |||    |||||||||||||    
T  43144811 ataaacttttgaagttgactttgctcttgccggtagcaactgcaagtgttgaacgtattttttcagctatgaaaggtgtaaagagtaacctatgtaacaa 43144712  T
Q  1309 aatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtca 1388  Q
    ||||||||| || ||||||||| || || |||| || |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  43144711 aatgggtgaccaatgactaaatgactgtcttgtaacatatatagaaaaagatgttcttttaacaattaacaaagatgtca 43144632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 914 - 1265
Target Start/End: Original strand, 36633548 - 36633901
Alignment:
Q  914 aataatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttt 1013  Q
    ||||||||| || | |||||||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||| |  ||||||||| ||| | ||| | ||||| |||||    |||    
T  36633548 aataatagatataatacaaaagaacaagtcggtaaatgagtaaattatctcttttaaagtgtgttttatatttgaatcctgcaaagtcatttgcggtttt 36633647  T
Q  1014 tgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttaca 1113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| || | || ||||||||| |||||||    
T  36633648 tgatgtgaacaaattattgaggatgactaagttttatccaaatgatttaatagatgtgccggaagtggcgttacgccattaacttaagaattgtgttaca 36633747  T
Q  1114 aatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggttt 1211  Q
    ||| |||||| ||| |||||||||| ||||| |||    |||| | |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36633748 aatattcgatttgatccaaaatttgctaagtcgaatctactttcacatctttgtgcaaaatttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggttt 36633847  T
Q  1212 ataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaac 1265  Q
    || |||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36633848 attaacttttgaagcagactttgcttttgctggtagcaactgcaagtgttgaac 36633901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 967 - 1371
Target Start/End: Complemental strand, 25819571 - 25819163
Alignment:
Q  967 ttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatag 1066  Q
    |||||| ||||||||||||| | ||||| ||| ||||||  |  |||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||    
T  25819571 ttacaatgtgttttatgtttgactcccgcaaaattatttccagttttttatgtgaataaattattgaggatgactgaattt-atccaaatggttttgtag 25819473  T
Q  1067 atgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttg 1166  Q
    || ||| |||| |||||||||  | |||| |||  ||| |||||  |||||||  |||||| |||||||||| |||||| ||||||  |  | |||||||    
T  25819472 atatgttggaactgacgttacgtcatcaacttagaaataatgttgtaaatgttaaatctgatccaaaatttgctaagttaaaagggaatccaaatctttg 25819373  T
Q  1167 tg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaa 1264  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| | ||||| || |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  25819372 tgcaaaacttgtggaaacaaataactgcaatacatttgctatgatttat-agctttttaaattggttttgctcttgctgatagcaactgcaagtgtcgaa 25819274  T
Q  1265 cgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtga--agtacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaa--agagat 1360  Q
    | ||       | |||| ||||||||||  |||| ||||||||| ||||||| ||||| || |||||| ||||| |||| |||||| |||||  ||| ||    
T  25819273 catgttttttcaactattaaagttgtgaatagtagctatgtaaccaaatgggagatcaatggctaaatgaccgtcttgtaacttatgtagaaatagatat 25819174  T
Q  1361 gttcttttaac 1371  Q
    |||||||||||    
T  25819173 gttcttttaac 25819163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 968 - 1268
Target Start/End: Original strand, 17076232 - 17076533
Alignment:
Q  968 tacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttataga 1067  Q
    ||||| |||||| |||||| ||||| |  |||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  17076232 tacaatgtgtttcatgttttagtcctgctaagtcatttgctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaataattttgtaga 17076331  T
Q  1068 tgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgt 1167  Q
    | |||| || ||   ||| | | | ||| || ||||||||||||  ||||||  |||||| |||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||    
T  17076332 t-tgtctgatgtagagttgcacagacaacttcagaattatgttaggaatgttaaatctgatccaaaattcgctaagttgaaagggctttcggatctttgt 17076430  T
Q  1168 gaaa--cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaac 1265  Q
    | ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||  ||| | || ||||||||||||||    
T  17076431 gcaatacttgtggaaacaaataagtgcaagacatttgctttggtttataagcttttgatgttggctttactcttgtcggttgtaattgcaagtgttgaac 17076530  T
Q  1266 gtg 1268  Q
    |||    
T  17076531 gtg 17076533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 1254 - 1390
Target Start/End: Original strand, 34750977 - 34751116
Alignment:
Q  1254 caagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaagt---acctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatat 1350  Q
    |||||||||||||||       |||||||||||||||||||    ||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34750977 caagtgttgaacgtgtctttacagctatgaaagttgtgaagagtaacccatgtaacaaaatggatgatcggtggctaaataaccgttttgtaacttatat 34751076  T
Q  1351 agaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  34751077 ataaagagatgtaattttaacaattagcaatgatgtcatt 34751116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1011 - 1063
Target Start/End: Complemental strand, 25767393 - 25767341
Alignment:
Q  1011 ttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25767393 ttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagtttaatccaaatgatttta 25767341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 1296 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 5070006 - 5069912
Alignment:
Q  1296 acctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||| |||||  || ||||||| || |||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  5070006 acctatgtaacaaaattggtgattagtggctaaacgactgttttgtaacctatatataaagagatgttattttaacaattaacaatgatatcatt 5069912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1338 - 1390
Target Start/End: Original strand, 7607248 - 7607300
Alignment:
Q  1338 ttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  7607248 ttgtaacttatatagaaagagatgttctattaacaattaacaatgatgtcatt 7607300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1265
Target Start/End: Complemental strand, 39509364 - 39509277
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaac 1265  Q
    |||| |||||| ||||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||| | ||||||||||||    
T  39509364 gaaataaataagtgcaacatatttgttacgatttataaacttttgaagttggctttgcccttgtgggtaacaattacaagtgttgaac 39509277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1025 - 1071
Target Start/End: Original strand, 30077995 - 30078041
Alignment:
Q  1025 aattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtg 1071  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30077995 aattattgagaatgactgagttttatccaaataattttatagatgtg 30078041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1250
Target Start/End: Complemental strand, 5569242 - 5569170
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaa 1250  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
T  5569242 gaaataaataagtgcaacacatttgttatgatttattagcttttgaagttgactttgctcttgtgggtagcaa 5569170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1204 - 1265
Target Start/End: Original strand, 30078090 - 30078151
Alignment:
Q  1204 tatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaac 1265  Q
    |||| ||||||| ||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  30078090 tatgatttataagcttttaaagttgattttgctcttgccggtagcaacttcaagtgttgaac 30078151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1170 - 1236
Target Start/End: Original strand, 11498195 - 11498262
Alignment:
Q  1170 aacttgtggaaaca-aataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgct 1236  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||  |||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  11498195 aacttgtggaaacataataagtgcaatgcatttgatatgatttataagcttttgaagtttgctttgct 11498262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1170 - 1236
Target Start/End: Original strand, 11505551 - 11505618
Alignment:
Q  1170 aacttgtggaaaca-aataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgct 1236  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||  |||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  11505551 aacttgtggaaacataataagtgcaatgcatttgatatgatttataagcttttgaagtttgctttgct 11505618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1170 - 1236
Target Start/End: Original strand, 11512945 - 11513012
Alignment:
Q  1170 aacttgtggaaaca-aataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgct 1236  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||  |||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  11512945 aacttgtggaaacataataagtgcaatgcatttgatatgatttataagcttttgaagtttgctttgct 11513012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1170 - 1236
Target Start/End: Original strand, 11520321 - 11520388
Alignment:
Q  1170 aacttgtggaaaca-aataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgct 1236  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||  |||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  11520321 aacttgtggaaacataataagtgcaatgcatttgatatgatttataagcttttgaagtttgctttgct 11520388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1170 - 1236
Target Start/End: Original strand, 11527729 - 11527796
Alignment:
Q  1170 aacttgtggaaaca-aataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgct 1236  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||  |||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  11527729 aacttgtggaaacataataagtgcaatgcatttgatatgatttataagcttttgaagtttgctttgct 11527796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 1343 - 1386
Target Start/End: Complemental strand, 29670088 - 29670045
Alignment:
Q  1343 acttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  29670088 acttatatagaaaaagatgttcttttaacaattatcaataatgt 29670045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 914 - 972
Target Start/End: Complemental strand, 22537021 - 22536963
Alignment:
Q  914 aataatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttacaa 972  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||| ||||    
T  22537021 aataatagatataacacaaaagaacaagtcggtaaatgagtaaactatctctttcacaa 22536963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 205; Significance: 1e-111; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 946 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 32033487 - 32033041
Alignment:
Q  946 ttaattagtaaactatctcttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagt 1045  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |  |||||| |||||| ||| ||| ||| | ||||||| |||| |||||||| || ||||||| |||||| ||||    
T  32033487 ttaataagttaactatctcttttatagtgtgtttcatgtttgagttccgcaaaatcatttgtagcttt-gatgtgaataagttattgatgatgacagagt 32033389  T
Q  1046 tttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagtt 1145  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||| | || |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  32033388 tttatccaaatgattgtatagatgtgtcggaagtggtgtttcgccatcaacttaagaattatgttataaatgttcgatccgacccaaaatttgctaagtt 32033289  T
Q  1146 gaaagggctttaagatctttgtgaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggt 1245  Q
    ||||||||||  |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  32033288 gaaagggcttagaagtctttgcaaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatgatttataaacttttgaagttggttttgctcttgccggt 32033189  T
Q  1246 agcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgtt 1342  Q
    | || ||||||||||| || | |       |||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||| | ||||     
T  32033188 aacagctgcaagtgttaaaggcgtttttttagctatgaaagttgtgaagagtaacctatgtaacaaaatggatgatcactgactaattgaccatcttgta 32033089  T
Q  1343 acttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  32033088 acttatatagaaagagatgttcttttaacaattagtactgatgtcatt 32033041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1011 - 1390
Target Start/End: Original strand, 3356748 - 3357128
Alignment:
Q  1011 ttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgtt 1110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||  || |||| ||| ||||||| ||    
T  3356748 tttttatgtgaacaaattattgaggatgaatgagttttatacaaatgattttatagatgtgtcggtagtggcgttatgccatcaacttatgaattatatt 3356847  T
Q  1111 acaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatgg 1208  Q
    | ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3356848 ataaatgtttgatctgaccgaaaatttgttaagttgaaagggctttcatatctttgtgcaaaacctgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatga 3356947  T
Q  1209 tttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaa 1305  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||       |||||| ||||||||||||    | ||||||||    
T  3356948 tttataaacttttgaagttgactttgctattgttggtagcaactgcaagtgttgaatgtg-tttttcagctataaaagttgtgaagagtaaactatgtaa 3357046  T
Q  1306 caaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||||||| |||| |||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3357047 caaaatggatgat-agtg-ctaaatcaccgtcttgtaacttatatagaaagagatgtt-ttttaacaattagcaatgatgtcatt 3357128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 1010 - 1258
Target Start/End: Complemental strand, 11562457 - 11562207
Alignment:
Q  1010 cttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgt 1109  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||    
T  11562457 cttttgatgtgaacaaattatggaggatgactgaattttatctaaatgatttaatagatgtgtcggaagtggcgttacgccatcaacttaagaattatgt 11562358  T
Q  1110 tacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatg 1207  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| | |||| | || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  11562357 tacaaatgtttgatttgacccaaaatttgctaagttgaaacgactttcatatatttgtgcaaaacttgtggaaacaaataaatgcaacatatttgctata 11562258  T
Q  1208 gtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagt 1258  Q
    |||||| |||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  11562257 gtttattaactattgaagttggctttactcttgccggtagcaattgcaagt 11562207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 1011 - 1194
Target Start/End: Complemental strand, 6141744 - 6141559
Alignment:
Q  1011 ttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgtt 1110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |  |||| ||||||||||||||    
T  6141744 ttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtatcggaagtggcgttacgcactcaacttaagaattatgtt 6141645  T
Q  1111 acaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaa 1194  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  6141644 acaaatgttctatctgacacaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgcaa 6141559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 996 - 1194
Target Start/End: Complemental strand, 18459061 - 18458861
Alignment:
Q  996 aaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaa 1095  Q
    ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |  ||||    
T  18459061 aaagtcatttgcaacttttgatatgaacaaattattgaggattactgagttttatccaaatgattttatagatgtgccggaagtggcgttacacactcaa 18458962  T
Q  1096 tttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgca 1193  Q
     |||| ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  18458961 cttaataattatgttacaaatgttctatctaacctaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgca 18458862  T
Q  1194 a 1194  Q
    |    
T  18458861 a 18458861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 997 - 1382
Target Start/End: Original strand, 18703302 - 18703689
Alignment:
Q  997 aagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaat 1096  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||  ||| | || ||||     
T  18703302 aagtcatttgcaacttttgatgtgaacaaattattgaggttggatgagttttatccaaatgattttttagaagtgttagaagtggggttgcgccatcaac 18703401  T
Q  1097 ttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgt--gaaacttgtggaaacaaataaatgcaa 1194  Q
    ||   |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||   ||||| ||| | ||| ||||| ||||   ||||| || ||||||||||| || ||    
T  18703402 ttcgaaattatgttataaatgttcaatctaacccaaaatttg---agttgcaagagtttttagatccttgttcaaaactagtagaaacaaataagtgaaa 18703498  T
Q  1195 cacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag 1294  Q
    || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||| || |||||||||||        | |||||||||||||||||    
T  18703499 catatttgatatggtttataagcttttgaagttggctttgctcttgcctatagcaactacatgtgttgaacgtattttttcaactatgaaagttgtgaag 18703598  T
Q  1295 tacc---tatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatg 1382  Q
     | |   | ||||||| |||  ||||| ||||  ||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18703599 aatcaattgtgtaacacaattagtgattagtggataaatgaccgtcttgtaacttatttagaaagagatgttcttttaacaattagcaatg 18703689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 964 - 1210
Target Start/End: Complemental strand, 4076064 - 4075816
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||| | ||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  4076064 cttttacaatgtgtttcatgtttgagtcctgcaaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttg 4075965  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatct 1163  Q
    |||||||||||||||||  ||| | | | ||| || | |||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||   ||||    
T  4075964 tagatgtgtcggaagtggagttgcgcagacaacttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcgaatct 4075865  T
Q  1164 ttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtt 1210  Q
    |||||  | ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  4075864 ttgtgcaatacttgtggaaataaataagtgcaagacatttgctttggtt 4075816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 1102 - 1386
Target Start/End: Complemental strand, 4075801 - 4075513
Alignment:
Q  1102 aattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtgaaa--cttgtggaaacaaataaatgcaacacat 1199  Q
    |||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  4075801 aattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggcttcc-gatctttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgcaagacat 4075703  T
Q  1200 ttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---ta 1296  Q
    ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||       |||||||||  ||||||||    |    
T  4075702 ttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccggttgcaactgcaagtgttgaacgtgttttttcagctatgaagattgtgaagagtca 4075603  T
Q  1297 cctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
      || |||| |||||||||||||| ||  ||||| | ||  |||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| | ||||||    
T  4075602 tttacgtaataaaatgggtgatcaatggttaaatgatcggcttgtaacttttattgaaagagatgttcttttcacaattagtactgatgt 4075513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 1192 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 7700610 - 7700406
Alignment:
Q  1192 caacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagtt--- 1288  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||       |||||||||||||       
T  7700610 caacacatttgttatggtttataagcttttgacgttgactttgctcttgctggtagcatttgcaaatgttgaacgtgttttttcagctatgaaagttatg 7700511  T
Q  1289 ----gtgaagtacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgat 1384  Q
        || || ||  ||||||||||||| ||||||| ||| ||| || |  || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7700510 aaaagtcaactatatatgtaacaaaataggtgatctgtggctagatgattgtcttgtaacttatatagaaaga-atgttcttttaacaattagcaatgat 7700412  T
Q  1385 gtcatt 1390  Q
    ||||||    
T  7700411 gtcatt 7700406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 396 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 3192649 - 3192549
Alignment:
Q  396 caagtcttgcttgagcacaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatcattcaatt 495  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||  ||| ||||||||    
T  3192649 caagtcttgcttaagcacaaacacaaataaaaagtgcttagatacactcacatgaatggaagaaaataaataataaagaatttagtttcattattcaatt 3192550  T
Q  496 a 496  Q
    |    
T  3192549 a 3192549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1338 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 34190145 - 34190093
Alignment:
Q  1338 ttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  34190145 ttgtaacttatatagaaagagatgttctattaacaattagcaatgatatcatt 34190093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1263
Target Start/End: Complemental strand, 38418013 - 38417928
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttga 1263  Q
    |||| |||||| ||||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||  | |||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  38418013 gaaataaataagtgcaacatatttgttatgatttataagcttttgaagttgattgtgctcttgcatgtagcaattgcaagtgttga 38417928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1261
Target Start/End: Complemental strand, 7165501 - 7165409
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    ||||||||||||||||| || ||| || |||||| |||| || |||| |||||||| ||||| ||||| |||  ||||||||| |||||||||    
T  7165501 aaacttgtggaaacaaacaagtgcgacccatttgttatgattcataagcttttgaaattggcgttgcttttgtcggtagcaaccgcaagtgtt 7165409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 412 - 496
Target Start/End: Original strand, 21201814 - 21201898
Alignment:
Q  412 acaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatcattcaatta 496  Q
    ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||  | |||  |||| |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  21201814 acaaagacaaataaaaaatgtttgggcacactcacatcaaaggagaaaaataaatgagaaaaaatttagtcacatcattcaatta 21201898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 412 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 21202136 - 21202052
Alignment:
Q  412 acaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatcattcaatta 496  Q
    ||||| ||||||||||| || || |||||||||||||  | |||  |||| |||||| ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  21202136 acaaatacaaataaaaaatgtttgggcacactcacatcaaaggagaaaaataaatgacaaaaaatttagtcacatcattcaatta 21202052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 996 - 1134
Target Start/End: Complemental strand, 2631865 - 2631728
Alignment:
Q  996 aaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaa 1095  Q
    ||||| ||||| | ||||||||| |||||||| ||  |  |||  |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||  ||| || |  ||||    
T  2631865 aaagtcatttgcagcttttgatgcgaacaaataatcaaatatggttgagttttattcaagtgattttatagatgtgtcgaaagtagcgtaacgctatcaa 2631766  T
Q  1096 tttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaa 1134  Q
     |||| ||||||| || ||||||||||||| || |||||    
T  2631765 cttaaaaattatg-tataaatgttcgatctaactcaaaa 2631728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1268
Target Start/End: Original strand, 16639002 - 16639091
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||  ||||||||||  ||||||||| |  ||  ||||||||||||||| |||||    
T  16639002 gaaacaaataagtgcaacacatttgttat-gattataaatgtttgaagttgattttgctcttacgagtgacaactgcaagtgttggacgtg 16639091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1213 - 1383
Target Start/End: Original strand, 34878498 - 34878671
Alignment:
Q  1213 taaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaagt---acctatgtaacaaa 1309  Q
    ||||||||||||||||||||| |  |||  ||||| ||| ||||||||||||| ||       |  ||| ||||||||||||    | |||||||| ||     
T  34878498 taaacttttgaagttggctttacctttgtcggtagtaacggcaagtgttgaacatgctttttcaattataaaagttgtgaagagtcaactatgtaataat 34878597  T
Q  1310 atgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatga 1383  Q
    ||| ||||| | ||  ||||| | ||| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||    
T  34878598 atgagtgattaatggttaaatgatcgtcttgtaacttatatagaaatatatgttcttttaacaattaacaatga 34878671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 964 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 4377780 - 4377345
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||  |||||| ||| || ||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4377780 cttttacagtgtgtttcatgcttgagtcccgcaaagtcatttgcagcttttgatgtgaacaagttattgaagatgacagagttttatccaaataatttta 4377681  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatct 1163  Q
    |||||||| || ||||| || ||| |  |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||    
T  4377680 tagatgtgccgaaagtggcgatacgcactcaacttaagaattatgttacagatgttcgatctgacccaaaatttgccaagttgaaagggctttcagatct 4377581  T
Q  1164 ttgtgaa--acttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatg-gtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgt 1260  Q
    ||||| |  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4377580 ttgtgcatgacttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatgattttataaacttttgaagttgactttgctcttgccggtagcaattgcaagtgt 4377481  T
Q  1261 tgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatata---gaa 1354  Q
    ||||||||       || ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |||| |||||||||    ||    
T  4377480 tgaacgtgttttttcagatatgaaagttgtgaagagtaacctatgtaacaaaatgggtgatcagtggctaaatgatcgtcttgtaacttatatatagaaa 4377381  T
Q  1355 agagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4377380 aaagatgttctttaaacaattagcaatgatgtcatt 4377345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 964 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 36248370 - 36247937
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||  |||||| ||| || ||||||| ||| | ||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36248370 cttttacagtgtgtttcatgcttgagtcccgcaaaatcatttgcagcttttgatgcgaacaagttattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 36248271  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatct 1163  Q
    |||||||| || | |||  ||||| |  | || |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||| ||    
T  36248270 tagatgtgccgaaggtggtgttacgcacttaacttaagagttatgttacagatgttcgatctgacctaaaatttgttaagttgaaagagtttttagacct 36248171  T
Q  1164 ttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    |||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  36248170 ttgtgtaaaacttgtggaaacaaataagtgcaacacttttgttatgatttataaacttttgaagttggctttgctcttgccggtagcaactgcaagtgtt 36248071  T
Q  1262 gaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttactt--atatagaaag 1356  Q
    |||||||       || |||||||| |||||||    |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||  ||||||||||    
T  36248070 gaacgtgttttttcagatatgaaaggtgtgaagagtaacctatttaacaaaatggatgatcagtggctaaatgaccgttttgtaacttacatatagaaag 36247971  T
Q  1357 agatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  36247970 atatgttcttttaacaattaacaatgatgtcatt 36247937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 1013 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 33518523 - 33518140
Alignment:
Q  1013 ttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttac 1112  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| |||||| |  |||||||||||||||||||||    
T  33518523 ttgatgtgaacaagttattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgctgaaagtggcgttacacactcaatttaagaattatgttac 33518424  T
Q  1113 aaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtt 1210  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||    
T  33518423 -aatgttcgatctgacccaaaatttgctaagttaaaagggcttttagatatttgtgcaaatcttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgtcgtggtt 33518325  T
Q  1211 tataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaaca 1307  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||        | ||||||||||||||||    ||||||||||||    
T  33518324 tataaacttttaaagttggctttactcttgccggtggcaactgtaagtgttgtacgtgttttttcggatatgaaagttgtgaagagtaacctatgtaaca 33518225  T
Q  1308 aaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttact--tatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    ||||| |  || |||| |||| | | ||| |||| |||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33518224 aaatgagcaataagtggctaagtgatcgtcttgtaacttatatatagaaatagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 33518140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 147 - 363
Target Start/End: Original strand, 53592270 - 53592486
Alignment:
Q  147 gtcgcagatccaaaaagcatcaccgacgagagcatagacgacaccggctacccaacggaacaaggagcgagggtggtgaagcggcgaggagcgcgttcac 246  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53592270 gtcgcagatccaaaaagcatcaccgacgagagcacagacggcgccggctacccaacagaacaaggagcgagggtggtgaagcggcgaggagcgcgttcac 53592369  T
Q  247 cacctgcgtgaggttacatgatcaaaaacgtgtttggattggaggaggagaggtgagtggttatggaggttgtcgggggcggctaggttagtaggagaga 346  Q
    ||| ||||| ||| ||||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  53592370 cacttgcgtcaggctacatgatggaaaatgtgtttggattgcaggaggagaggtgagtggttatggaggttgttggcggcggctagggtagcaggagaga 53592469  T
Q  347 gaacagagcgatttcac 363  Q
    ||||| |||||||||||    
T  53592470 gaacatagcgatttcac 53592486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 914 - 1264
Target Start/End: Original strand, 50722871 - 50723212
Alignment:
Q  914 aataatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttt 1013  Q
    ||||||| | || |||||||||||||||||  | ||| |||||| ||||||||||| |   | ||| |||||| | || |  ||||| ||||||| ||||    
T  50722871 aataataaatataacacaaaagaacaagtcggtaaatgagtaaattatctcttttatagtatatttcatgtttgaatctcacaaagtcatttgtagcttt 50722970  T
Q  1014 tgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttaca 1113  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||  | ||| || |||| ||||| |||||||||||    
T  50722971 tgatgtaaacaaattattgaggatgatcgagttttatccaaatgatttaataaatgtgctggaagtggtgctacgccatcaacttaagtattatgttaca 50723070  T
Q  1114 aatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtgaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttat 1213  Q
    ||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  50723071 aatgttcaatttgacccaaaatttgctaagttgaaaggactttaagatctttgtga---------aaacaaataaatgcaacacatttgctgtggtttat 50723161  T
Q  1214 aaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaa 1264  Q
     |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  50723162 taacttttgaagttgactttactcttgccggtagcaactgcaagtgttgaa 50723212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 969 - 1268
Target Start/End: Complemental strand, 2816045 - 2815765
Alignment:
Q  969 acaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagat 1068  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||     
T  2816045 acaaagtgtttcatgtttgagtcccgcaaagtcatttgcagcttttgatgtgaataaattattgaagatgacttagttttatccaaataattttatagaa 2815946  T
Q  1069 gtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg 1168  Q
    |||  |||||||  ||||| || |||                     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  2815945 gtgctggaagtggtgttacgccatca---------------------tgttcgatctgacccaaaatttgctaagttgaaagggctttcagatctttgtg 2815867  T
Q  1169 --aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacg 1266  Q
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2815866 caaaacttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatggtttataaacttttcaagttggctttgctcttgccggtagcaactgcaagtgttgaacg 2815767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1179 - 1384
Target Start/End: Complemental strand, 2158911 - 2158703
Alignment:
Q  1179 aaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagc 1278  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||| |||       | |    
T  2158911 aaacaaataagtgcaacacatttgctatggtttgtaagcttttgaagttggttttgctcttgccggtagcaagtgtaagtgttgaatgtgttttttcaac 2158812  T
Q  1279 tatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaatt 1375  Q
    ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||   || |||||| ||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2158811 tatgaaagttgtgaagagtaacctatgtaacaaaatgggtgattgatggctaaatgaccgtcttgtaacctatatagaaagagatcttcttttaacaatt 2158712  T
Q  1376 agcaatgat 1384  Q
    |||||||||    
T  2158711 agcaatgat 2158703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 996 - 1208
Target Start/End: Complemental strand, 5882890 - 5882676
Alignment:
Q  996 aaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaa 1095  Q
    ||||||||||| |  |||| ||| |||||||| |||||  ||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||| || ||||    
T  5882890 aaagttatttgcagttttttatgcgaacaaataattgattatggctgggttttatccaaataatttgatagatgtgtcggaagtgtcgttacgccatcaa 5882791  T
Q  1096 tttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgca 1193  Q
     ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| | |||||||||  || | | ||||||||||||||||||    
T  5882790 cttaagaattatattaaaaatgtttgatctgaccgaaaatttgctaagttgaatgggctttcatatctttgtgcaaatcatttggaaacaaataaatgca 5882691  T
Q  1194 acacatttgctatgg 1208  Q
    |||||||||||||||    
T  5882690 acacatttgctatgg 5882676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 94; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 964 - 1133
Target Start/End: Complemental strand, 2159078 - 2158909
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2159078 cttttacaatgtgtttcatgtttcagttccgcaaagtcatttgcagcttttgatgtgaacaaattattgagaatgactgagttttatccaaatgatttta 2158979  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaa 1133  Q
    ||||||||  ||||||| |||||| || |||| ||| |  ||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  2158978 tagatgtgcaggaagtggcgttacgccatcaacttaggttttatgttacaaatgttcaatctaacccaaa 2158909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 996 - 1261
Target Start/End: Complemental strand, 24153974 - 24153718
Alignment:
Q  996 aaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaa 1095  Q
    ||||| ||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||| || ||||    
T  24153974 aaagtaatttgcagcttttgatatgaccaaattattgaggatgattgagttttatccaaataattttataaatgtgccggaagtggcgttacaccatcaa 24153875  T
Q  1096 tttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtgaaacttgtggaaacaaataaatgcaac 1195  Q
     ||| |||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||  |||||||||||||||  | ||||         || ||||||||||||| ||||||    
T  24153874 cttatgaattatgctaaaaatgttcaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggcttccaaatct---------ttatggaaacaaataagtgcaac 24153784  T
Q  1196 acatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    |||||| |||| |||||||| | | |||||||| |||||||||||  |||||||||| ||| ||||    
T  24153783 acatttactatagtttataagcatgtgaagttgactttgctcttggcggtagcaactacaaatgtt 24153718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 396 - 496
Target Start/End: Original strand, 48479936 - 48480036
Alignment:
Q  396 caagtcttgcttgagcacaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatcattcaatt 495  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  48479936 caagtcttgtttgagcacaaacataaataaaaagtggttaggcacactaacatggatggaagaaaataaatgataaagaatttagttacatcattcaatt 48480035  T
Q  496 a 496  Q
    |    
T  48480036 a 48480036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1384
Target Start/End: Original strand, 25023057 - 25023265
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnag 1277  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||    || ||||| |||||||||||| ||        |    
T  25023057 gaaataaataagtgcaatacatttgttata-tttataaacttttgaagttggttttgctcttgtgaataacaactacaagtgttgaacatgttttttctg 25023155  T
Q  1278 ctatgaaagttgtgaa--gt-acctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaat 1374  Q
    ||  ||||||||||||  || | |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25023156 ctgcgaaagttgtgaaaagtcaactatgtaacaaaatgaatgatcagtggctaaataaccgtcttgtaacttatatagaaatagatgttcttttaacaat 25023255  T
Q  1375 tagcaatgat 1384  Q
    ||||||||||    
T  25023256 tagcaatgat 25023265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 396 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 42502686 - 42502587
Alignment:
Q  396 caagtcttgcttgagcacaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatcattcaatt 495  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  42502686 caagtcttacttgagcacaaacacaaataaaaagtggttagaaacactaacatagatggaagaaaataaatgataaagaa-ttagtctcatcattcaatt 42502588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1376
Target Start/End: Complemental strand, 1112280 - 1112080
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnag 1277  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||   | |||||| ||||| ||||||||||       |     
T  1112280 gaaacaattaagtgcaacacatttgtgatggtttataagtttttgaagttggctttgcttttgtcagcagcaacggcaagcgttgaacgtgcttttcaa- 1112182  T
Q  1278 ctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaat 1374  Q
    |||||||||||||||||    | |||||||||||||||| |||||| ||  ||||| |  || |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  1112181 ctatgaaagttgtgaagagccaactatgtaacaaaatggatgatcaatggttaaatgattgtcttgtaacttatatagaaatacatgttcttttaacaat 1112082  T
Q  1375 ta 1376  Q
    ||    
T  1112081 ta 1112080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 52; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 119
Target Start/End: Original strand, 53592166 - 53592283
Alignment:
Q  17 acaaacatgacccaagtcgacggcggcgcagaggtcaccggagactcagtag---------------acaacgacccacgaatttgagaacagatcgagg 101  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  53592166 acaaacaggacccaagacgacggcggcgcagaggtcaccggagactcagtagctccgattaggagaaacaacgacccacatatttgagaacagatcgagg 53592265  T
Q  102 ggttgtcgcagatccaaa 119  Q
    ||||||||||||||||||    
T  53592266 ggttgtcgcagatccaaa 53592283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1092 - 1193
Target Start/End: Complemental strand, 2185410 - 2185307
Alignment:
Q  1092 tcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgt--gaaacttgtggaaacaaataaa 1189  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| | |||| ||||||||||   ||||||||| ||||||||||     
T  2185410 tcaacttaagaactatgttacaaatgttctatctgacctaaaatttggtaagttgaaaagactttcagatctttgtacaaaacttgtgaaaacaaataag 2185311  T
Q  1190 tgca 1193  Q
    ||||    
T  2185310 tgca 2185307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 914 - 986
Target Start/End: Complemental strand, 5883005 - 5882933
Alignment:
Q  914 aataatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttacaacgtgttttatgttt 986  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| | | ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5883005 aataatagatataacacaaaagaacaagttagtaaatgagtcaactatctcttttacaatgtgttttatgttt 5882933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 1296 - 1386
Target Start/End: Complemental strand, 2814150 - 2814060
Alignment:
Q  1296 acctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||||| ||||||| ||||| |||| |||| |||||||| | ||| | |||||||||| |||||||||||    
T  2814150 acctatgtaataaactggatgatcagtaactaaatgaccgtattgtaacttgtatagaaatatatgatgttttaacaataagcaatgatgt 2814060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1261
Target Start/End: Original strand, 40407805 - 40407897
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||  ||||||| ||||| ||||||| |||||| |||  | |||||| || |||||||    
T  40407805 aaacttgtggaaacaaataagtgcaacatatttgcaataatttataagcttttaaagttggttttgcttttgtcgatagcaattgtaagtgtt 40407897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 914 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 29866713 - 29866231
Alignment:
Q  914 aataatagacatgacacaaaagaacaagtcaattaattagtaaactatctcttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttt 1013  Q
    ||||||||| || |||||||| || |||| | | ||| |||||||||||| ||||||||  | |||||||||| |||  || ||||||||||| |  |||    
T  29866713 aataatagatataacacaaaataataagttagtaaatgagtaaactatcttttttacaatttattttatgtttgagtttcgcaaagttatttgcagtttt 29866614  T
Q  1014 tgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttaca 1113  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| ||||||||||| |||||    
T  29866613 tgatgtgaacaacttatcgaagatgattggggtttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacattacaccatcaacttaagaattatattaca 29866514  T
Q  1114 aatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggttt 1211  Q
    |||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  29866513 aatgttcgttctgaccgaaaatttgctaagttgaaagggttttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataaacgcaacacatttgctatgattt 29866414  T
Q  1212 ataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaa 1308  Q
     |||||||||||| ||| | ||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||        |||||||||||||||||||    |||||||||||||    
T  29866413 ctaaacttttgaacttgaccttgttcttgccggtagcaactgcaagtgtttaacgtattttttcagctatgaaagttgtgaagagtaacctatgtaacaa 29866314  T
Q  1309 aatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatag-aaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||||||||||| || |||||| ||||| |||| || |||| || ||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||||    
T  29866313 aatgggtgatcaatggctaaatgaccgtcttgtaacatatacagaaaaaagatgttcttttaaaaattaataatgatgtcatt 29866231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 994 - 1386
Target Start/End: Complemental strand, 44873754 - 44873356
Alignment:
Q  994 gtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtc 1093  Q
    ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||  |||||||  ||    
T  44873754 gtaaagtcatttgcagcttttgatgtgaacaaattattgaagatggttgagttttatccaaatgattttatagatgtaccgaaagtggtgttacccactc 44873655  T
Q  1094 aatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatg 1191  Q
    || ||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||| | |||||||||||||  ||| |||||||||||  ||||| || ||||||||||  ||    
T  44873654 aacttaagaattatgttacatatattcgatctgatccaaaatgtcttaagttgaaaggcatttcagatctttgtgcaaaactcgtagaaacaaatatgtg 44873555  T
Q  1192 caacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg-nnnnnnnagctatgaaagttgt 1290  Q
    ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||        || ||||||||||||    
T  44873554 caacacaattgttatgatttataaacttttgaagttggctttgcttttgccggtagcaactgcaagtgttgaacgtgtttttttcagatatgaaagttgt 44873455  T
Q  1291 gaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    ||||    ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||| | |||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  44873454 gaagagtaacctatgtaacaaaatgggtgattagtggttaaataaccatcttgtaacttgcatagaaaaagatgttcttttaacaattagcaatcatgt 44873356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 993 - 1390
Target Start/End: Original strand, 6802397 - 6802799
Alignment:
Q  993 cgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgt 1092  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||| || |    
T  6802397 cgtaaagtcatttgcaacttttgatgtgaacaaattattaaggatggttgacttttattcaaatgattttatggatgtgtcagaagtggtgttacgccat 6802496  T
Q  1093 caatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaat 1190  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||| |||||| | || | || ||||||  |||| ||||||||||| |||||    
T  6802497 caacttaggaattatgttataaatgttcaatctgacccaaaatttgccaagtcgaaaggaccttcatatttttgtgcaaaacatgtggaaacaattaaat 6802596  T
Q  1191 gcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgt 1290  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||| ||| |||||       | |||||||||||||    
T  6802597 gcaacacatttgaaatgctttataagcttttgaagttggttttgctctcgccggtagcaactgcaagtattgcacgtgttttttcaactatgaaagttgt 6802696  T
Q  1291 ga--agtac-ctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtc 1387  Q
    ||  ||| | |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||  |||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||    
T  6802697 gaagagtccactatataacaaaatgggtgatcggtggctaaatgtccgtcttgtaacttatataaaaagagatgttattttaacaattagcaatgaagtc 6802796  T
Q  1388 att 1390  Q
    |||    
T  6802797 att 6802799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 1010 - 1381
Target Start/End: Original strand, 24556558 - 24556934
Alignment:
Q  1010 cttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgt 1109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||  ||||||| |||||| || |||| ||| |||||||||    
T  24556558 cttttaatgtgaacaaattattgaggatgactgaattttatccaaatgattttgtagaagtggtggaagtggcgttacgccatcaagttaggaattatgt 24556657  T
Q  1110 tacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatg 1207  Q
    || |||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| | | |||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  24556658 tataaatgttcaatctgactcaagatttgctaagttgaaagggctttcataactttgtgcaaaacttgtgaaaacaaataagtgcaacacatttgttatg 24556757  T
Q  1208 gtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgta 1304  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| |||       | |||||||||||||||||    | |||||||    
T  24556758 gtttataagattttgaagttggctttgctcttaccggtagcaactgcaagtattgaatgtgttttttcaactatgaaagttgtgaagagacaactatgta 24556857  T
Q  1305 acaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaat 1381  Q
    ||||||||| ||||  ||| |||||| ||||| |||| ||||||||| ||| |  | ||||||||||||||||||||    
T  24556858 acaaaatggatgattggtggctaaatgaccgtcttgtaacttatatataaaaaagttttcttttaacaattagcaat 24556934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 964 - 1386
Target Start/End: Original strand, 45485810 - 45486237
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||| | ||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  45485810 cttttacaatgtgtttcatgtttgagtcctgcaaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttg 45485909  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatct 1163  Q
    |||||||||||||||||  ||| | | | ||| || | |||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||  |||||    
T  45485910 tagatgtgtcggaagtggagttgcgcagacaacttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatct 45486009  T
Q  1164 ttgtgaaa--cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  45486010 ttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgcaagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccggttgcaactgcaagtgtt 45486109  T
Q  1262 gaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagag 1358  Q
    |||||||       |||||||||  ||||||||    |  || ||||||||||||||||||| ||  ||||| | ||  |||| |||| ||| |||||||    
T  45486110 gaacgtgttttttcagctatgaagattgtgaagagtcatttacgtaacaaaatgggtgatcaatggttaaatgatcggcttgtaacttttattgaaagag 45486209  T
Q  1359 atgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  45486210 atgttcttttcacaattagcactgatgt 45486237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 155; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 980 - 1386
Target Start/End: Original strand, 32161016 - 32161428
Alignment:
Q  980 tatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagt 1079  Q
    ||||||| ||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||    
T  32161016 tatgtttgagtcccgcaaagccatttgcaacttttgatgtgaataaattattgaaggtgattgacttttacccaaatgattttatagatgtatcaaaagt 32161115  T
Q  1080 gacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtg 1177  Q
    |  ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||| ||||||  |||||| ||    
T  32161116 ggtgttacgccatcaacttaagaattatgttacaaatgttcaatctgacccaaaatttgctaaattgaaaggactttcagatttttgtgcaaaacttatg 32161215  T
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatgg-tttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnna 1276  Q
    ||||||||||| ||   |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||       |    
T  32161216 gaaacaaataagtgttgcacatttgatatggttttataagcttttgaagttggcattactcttgccggtagcaactgtaagtgttgaacgtgttttttca 32161315  T
Q  1277 gctatgaaagttgtgaagtac---ctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaa 1373  Q
     |||||||| ||||||||  |   |||||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||| |||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  32161316 actatgaaaattgtgaagagcccactatgtaacaaaatgggttattagtgactaaatgactgtcttgtaacttgtataaaaagagatgttcttttaacat 32161415  T
Q  1374 ttagcaatgatgt 1386  Q
    |||| | ||||||    
T  32161416 ttagtattgatgt 32161428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 128; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 996 - 1268
Target Start/End: Complemental strand, 2148847 - 2148573
Alignment:
Q  996 aaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaa 1095  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||  ||||||||||||||||| || ||||| |  ||||| |||| | || ||||    
T  2148847 aaagtcatttgtaacttttgatgtgaataaattattgaggatgatcgaactttatccaaatgattttttaaatgtgccataagtggcgttgcgccatcaa 2148748  T
Q  1096 tttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgca 1193  Q
     || |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||  ||||  |||||||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||    
T  2148747 cttcagaattatgttataaatgttaaatctgacccaaaatttgcaaagtgtaaagggctttcagatctttgtgcaaaacttgtgaaaacaaataagtgca 2148648  T
Q  1194 acacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||    
T  2148647 acacattttctatgatttataagcttttgaagctggctttgctcttgtcggtagcaactgcaaatgttgaacgtg 2148573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1390
Target Start/End: Original strand, 7681178 - 7681402
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||  |||  |||||||||||||||| |||  |||||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||    
T  7681178 aaacttgtgaaaacaagtaagtgcaacacatttattattatttataaacttttgaaattgattttgctcttgttggtagcatatgcaagtgttgaacatg 7681277  T
Q  1269 nnnnnnnagctatgaaagttgtgaagt---acctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttct 1365  Q
            ||||| ||||||||||||    | |||||||||||||| | |||| |||  |||||||  ||| || | ||||||||||||||| |||||||    
T  7681278 ttttttctgctataaaagttgtgaagagtcaactatgtaacaaaatagatgattagtagctaaatattcgtcttataacttatatagaaagatatgttct 7681377  T
Q  1366 tttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  7681378 tttaacaattagcaatgatgtcatt 7681402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 1254 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 10381627 - 10381488
Alignment:
Q  1254 caagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaagt---acctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatat 1350  Q
    |||||||||||||||       |||||||||||||||||||    || ||||||| ||||||||||||||||| |||||  || ||||||| ||||||||    
T  10381627 caagtgttgaacgtgttttttcagctatgaaagttgtgaagagtaacttatgtaataaaatgggtgatcagtggctaaacgactgttttgtaacttatat 10381528  T
Q  1351 agaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    | ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  10381527 ataaacagatgttattttaacaattaacaatgatgtcatt 10381488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1261
Target Start/End: Original strand, 41303319 - 41303411
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||| |||  | |||||| ||||||||||    
T  41303319 aaacttgtgaaaacaaataagtgcaacacatttgctatgatttgtaagcttttgaagttggttttgcttttgtcgatagcaaatgcaagtgtt 41303411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1261
Target Start/End: Complemental strand, 3662273 - 3662180
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaa-cttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    |||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||||||||    
T  3662273 aaacttatggaaacaaataagtgcagcacatttgctatgatttataaagtttttgaagttggctttgcttttaacggtagcaaatgcaagtgtt 3662180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 1209 - 1310
Target Start/End: Original strand, 34696879 - 34696983
Alignment:
Q  1209 tttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaa 1305  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||    ||||||||||    
T  34696879 tttataaacttttgaaattgactttgctcttgccggtagcaattgcaagtgttgaacgtgttttttcagctatgaaaattgtgaagagtaacctatgtaa 34696978  T
Q  1306 caaaa 1310  Q
    |||||    
T  34696979 caaaa 34696983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1261
Target Start/End: Original strand, 4587100 - 4587192
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    |||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||| || ||| || |||||| || |||||||    
T  4587100 aaacttatggaaacaaataagtccaacacatttgcaatggtttataagtttttgaagttggttttacttttgttgatagcaagtgtaagtgtt 4587192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1374
Target Start/End: Complemental strand, 43421889 - 43421691
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnag 1277  Q
    |||| |||||| ||||||| ||||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||| || ||||||||| |||| ||       |     
T  43421889 gaaataaataagtgcaacatatttattatagtttataaacttttaaagttggctttgcttttgtgggtagaaattgcaagtgtcgaacatgttttttaa- 43421791  T
Q  1278 ctatgaaagttgtg--aagt-acctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaat 1374  Q
    ||||||||||||||  |||| |  |||||||||||||  |||||||||  || ||| ||||| |||| ||||||||| ||||  || |||||||||||||    
T  43421790 ctatgaaagttgtgaaaagtcaattatgtaacaaaataagtgatcagttgctgaatgaccgtcttgtaacttatataaaaagtaatattcttttaacaat 43421691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1190 - 1231
Target Start/End: Original strand, 7387971 - 7388012
Alignment:
Q  1190 tgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggct 1231  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||    
T  7387971 tgcaacacatttgttatgatttataatcttttgaagttggct 7388012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1325 - 1382
Target Start/End: Original strand, 7388102 - 7388159
Alignment:
Q  1325 ctaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatg 1382  Q
    |||||| ||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||    
T  7388102 ctaaatgaccgtcttgtaacttatatagaaataaatgtttttttaaaaattagcaatg 7388159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 463 - 496
Target Start/End: Original strand, 10072194 - 10072227
Alignment:
Q  463 aaatgataaagaatttagtcccatcattcaatta 496  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10072194 aaatgataaagaatttagtccaatcattcaatta 10072227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1338 - 1379
Target Start/End: Original strand, 29841154 - 29841195
Alignment:
Q  1338 ttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagca 1379  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  29841154 ttgtaacttatatagaaagatatgttcttttaaaaattagca 29841195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 192; Significance: 1e-103; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1010 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 21883709 - 21883324
Alignment:
Q  1010 cttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgt 1109  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||   || ||||| |||||| |  |||| |||||||||||||    
T  21883709 cttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgaattttatccaaatgtttttatagatgctccgaaagtggcgttacacactcaacttaagaattatgt 21883610  T
Q  1110 tacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatg 1207  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  21883609 tacaaatgttcaatctgacccaaaagttgttaagttgtaatggcttttagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtacaacacatttgctatg 21883510  T
Q  1208 gtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgta 1304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||       | |||| ||||||| ||||    |  || |||    
T  21883509 gtttataaacttttgaagttggctttgctcttgccggtagcaactgcaagtgttgaacgtgttttttcaactataaaagttgagaagagtaaattaagta 21883410  T
Q  1305 acaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    ||||||| | |||||||||||||| | ||| | |||| |||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||||||    
T  21883409 acaaaatagatgatcagtgactaattgaccctgttgtaacttatatagaaagagatattctataaacaattagcaatgctgtcatt 21883324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 964 - 1386
Target Start/End: Complemental strand, 24902179 - 24901752
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||| | ||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  24902179 cttttacaatgtgtttcatgtttgagtcctgcaaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttg 24902080  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatct 1163  Q
    |||||||||||||||||  ||| | | | ||| || |||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||  |||||    
T  24902079 tagatgtgtcggaagtggagttgcgcagacaacttcagaattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatct 24901980  T
Q  1164 ttgtgaaa--cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  24901979 ttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgcaagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccggttgcaactgcaagtgtt 24901880  T
Q  1262 gaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagag 1358  Q
    |||||||       |||||||||  ||||||||    |  || ||||||||||||||||||| ||  ||||| | ||  |||| |||| ||| |||||||    
T  24901879 gaacgtgttttttcagctatgaagattgtgaagagtcatttacgtaacaaaatgggtgatcaatggttaaatgatcggcttgtaacttttattgaaagag 24901780  T
Q  1359 atgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  24901779 atgttcttttcacaattagcactgatgt 24901752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 964 - 1386
Target Start/End: Complemental strand, 18817410 - 18816983
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||| | ||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  18817410 cttttacaatgtgtttcatgtttgagtcctgcaaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttg 18817311  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatct 1163  Q
    |||||||||||||||||  ||| | | | ||| || | |||||||||| |||||||  |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||  |||||    
T  18817310 tagatgtgtcggaagtggagttgcgcagacaacttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaatttgcaaagttgaaagggctttcggatct 18817211  T
Q  1164 ttgtgaaa--cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  18817210 ttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgcaagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccggttgcaactgcaagtgtt 18817111  T
Q  1262 gaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagag 1358  Q
    |||||||       |||||||||  ||||||||    |  || ||||||||||||||||||| ||  ||||| | ||  |||| |||| ||| |||||||    
T  18817110 gaacgtgttttttcagctatgaagattgtgaagagtcatttacgtaacaaaatgggtgatcaatggttaaatgatcggcttgtaacttttattgaaagag 18817011  T
Q  1359 atgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  18817010 atgttcttttcacaattagcactgatgt 18816983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 969 - 1386
Target Start/End: Original strand, 14607377 - 14607797
Alignment:
Q  969 acaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagat 1068  Q
    |||| |||||| |||||| ||||||| ||||| ||| |||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  14607377 acaaagtgtttcatgtttgagtcccgcaaagtcatt-gtagtttttgatgtgaagaaattattgaggttgactgacttttatccaaatgattttttagaa 14607475  T
Q  1069 gtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgt- 1167  Q
     ||| |||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||  |||||| ||||||||||     
T  14607476 atgttggaagtgacgttagaccatcaacttaagaattatgttacaaatgttcgatatgacccaaaatttgctaagttaaattggctttcagatctttgtt 14607575  T
Q  1168 -gaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacg 1266  Q
      |||| ||| ||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||    
T  14607576 ctaaacatgtagaaacaaataagtgcaacacataagttatggtttataaacttttgaagttgactttgctcttgacggtagcaactgcaagtgttaaacg 14607675  T
Q  1267 tgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgtt 1363  Q
    ||       | |||||||||||||||||    ||||||||||| |||| | |||| ||||||||||| |  || |||| |||| ||| |||||| ||| |    
T  14607676 tgttttttcacctatgaaagttgtgaagagtaacctatgtaaccaaatagatgattagtgactaaatgaatgtattgtaacttgtattgaaagatatgat 14607775  T
Q  1364 cttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
     |||||||||| || ||||||||    
T  14607776 -ttttaacaataagaaatgatgt 14607797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 1010 - 1268
Target Start/End: Original strand, 2919695 - 2919955
Alignment:
Q  1010 cttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgt 1109  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||| || |||||| || |||| |||| | ||||||    
T  2919695 cttttaatgtgaacaaattattgaggatgtatgagttttatcaaaatcatttaatagatgtgttggaattggcgttacaccatcaacttaatagttatgt 2919794  T
Q  1110 tacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatg 1207  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2919795 aacaaatgttcgatttgacccaaaatttgctaagttgaaacggctttcggatctttgtgcaaaacttatggaaacaaataaatgcaacacatttgttatg 2919894  T
Q  1208 gtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2919895 gtttattaacttttgaagttggttttgctcttgccggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 2919955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 1017 - 1268
Target Start/End: Complemental strand, 6689641 - 6689388
Alignment:
Q  1017 tgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaat 1116  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| || |||| |||| |||||||||| ||||    
T  6689641 tgtgaacaaattattgaagatgattgagttttatccaaatgattttatagatatgtcgaaagtggcgttacaccatcaacttaaaaattatgttataaat 6689542  T
Q  1117 gttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctt--tgtgaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttata 1214  Q
     ||| ||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||| ||||||    
T  6689541 tttcaatctggccctaaatttgctaagttgaaagggctttcagatcttcgtgtaaaacttgtgaaaacaaataagtacaacacatttgctatgatttata 6689442  T
Q  1215 aacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    | |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6689441 agcttttgaagttgactttgctcttgccggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 6689388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 1024 - 1207
Target Start/End: Original strand, 19266871 - 19267056
Alignment:
Q  1024 aaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgat 1123  Q
    ||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  19266871 aaattattgagaatgattgaattttatccaaatgatttaatagatgtgtcggaagtggcgttacgccatcaacttaaaaattatgttacaaatgttcgat 19266970  T
Q  1124 ctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatg 1207  Q
     |||||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||| ||  ||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  19266971 ttgacccaaaatttgctaaattaaaagggctttcagatctttatgcaaaacttgtgaaaacaaattaatgcagcacatatgctatg 19267056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1376
Target Start/End: Complemental strand, 30705578 - 30705369
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    |||||||||||| ||||||  || || | |||||||||||||||||||  |||||||||  |||||||||||  |||||||| ||||||| |||||  ||    
T  30705578 aaacttgtggaagcaaataggtgtaaaatatttgctatggtttataaatatttgaagttaactttgctcttgtcggtagcaattgcaagttttgaatatg 30705479  T
Q  1269 nnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttct 1365  Q
           |||||||||  ||||||||    | |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| | |||| || || | ||||||| || ||||    
T  30705478 -tttttcagctatgaagattgtgaagaatcaactatgtaacaaaatcggtgatcagtggctaaatgaccatcttgtaacatacacagaaagatattttct 30705380  T
Q  1366 tttaacaatta 1376  Q
    ||| |||||||    
T  30705379 tttcacaatta 30705369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1346 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 6689316 - 6689272
Alignment:
Q  1346 tatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6689316 tatatagaaagagatgatcttttaacaattagcaatgatgtcatt 6689272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1261
Target Start/End: Original strand, 25085246 - 25085338
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| || |||| ||||||||| | |||||||| |||  ||||||||| |||| ||||    
T  25085246 aaacttgtgaaaacaaataagtgcaacacatttactatgattcataagcttttgaaggttgctttgcttttgtcggtagcaaccgcaaatgtt 25085338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 392 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 29978535 - 29978439
Alignment:
Q  392 ggatcaagtcttgcttgagcacaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatcattc 491  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||        | ||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||     
T  29978535 ggattaagtcttgcttgagcacaaacacaaagaaaaagtagttag--------atatacattgaagaaaataaatgataaagaatttagtctcatcattt 29978444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 1172 - 1233
Target Start/End: Complemental strand, 22260310 - 22260250
Alignment:
Q  1172 cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggcttt 1233  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||    
T  22260310 cttgtggaaacaaataagtacaacacatttgctat-gtttataagcttttgaatttggcttt 22260250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 396 - 488
Target Start/End: Original strand, 2511642 - 2511734
Alignment:
Q  396 caagtcttgcttgagcacaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatca 488  Q
    |||||||| | || ||||||| | |||||||||||| || | ||||||||| ||||||||  |||| |||||| ||||||||||||| |||||    
T  2511642 caagtcttacatgggcacaaatataaataaaaagtgtttggacacactcacgtagatggagaaaaacaaatgagaaagaatttagtcacatca 2511734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 418 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 30438071 - 30437993
Alignment:
Q  418 acaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtcccatcattcaatta 496  Q
    ||||||||||| |  |||| |||||||||||| ||| |  |||| |||||| ||||||||||||| |||||||| ||||    
T  30438071 acaaataaaaaatatttagacacactcacataaatgaagaaaaataaatgaaaaagaatttagtcacatcattcgatta 30437993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 192; Significance: 1e-103; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 974 - 1350
Target Start/End: Complemental strand, 25031432 - 25031052
Alignment:
Q  974 gtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtc 1073  Q
    |||||| ||| || ||||| | ||||| ||||| |  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25031432 gtgtttcatgcttgagtcctgcaaagtcatttgcagtttttaatgtgaacaaattattgaggatgattgagttttatccaaatgattttatagatgtgtc 25031333  T
Q  1074 ggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaa 1171  Q
    ||||||| |||||| |  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||| | |||||||| |||||||||||  |||    
T  25031332 ggaagtggcgttacacactcaacttaagagttatgttacaaatgttcgatctgacctaaaa-ttgctaagttcagagggctttcagatctttgtgcaaaa 25031234  T
Q  1172 cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnn 1271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||       
T  25031233 cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttgactttgctcttgccggtaacaactgcaattgttgaacgtgttt 25031134  T
Q  1272 nnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatat 1350  Q
        |  ||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||| ||||||||    
T  25031133 tttcaaatatgaaagttgtgaagattaacctatgtaacaaaatgggtgataagtgactaaatgacggtcttgtaacttatat 25031052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 974 - 1336
Target Start/End: Complemental strand, 9478113 - 9477746
Alignment:
Q  974 gtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtc 1073  Q
    |||||| |||||| ||||||  ||| | ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  9478113 gtgtttcatgtttgagtcccacaaaatcatttgcagcttttgatgtgaacaaattattgagtatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgcc 9478014  T
Q  1074 ggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaa 1171  Q
    ||||||   ||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |  |||    
T  9478013 ggaagtagtgttacgctgtcaacttaagaattatggtacaaatgttcgatctaacccaaaatttgctaagttgaaagggctttaagatctatgcgcaaaa 9477914  T
Q  1172 cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnn 1271  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||       
T  9477913 cttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgctatggtttataaagttttgaagttggcttttctcatgctagtagcaattgcaagtgttaaacgtgttt 9477814  T
Q  1272 nnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgt 1336  Q
        |||||||||||||||||||    ||||||| || ||||| ||||||||||| | |||| |||||    
T  9477813 tttcagctatgaaagttgtgaagagtaacctatgcaataaaattggtgatcagtggcgaaatgaccgt 9477746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 968 - 1384
Target Start/End: Original strand, 9539236 - 9539646
Alignment:
Q  968 tacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttataga 1067  Q
    ||||| |||||||||  || ||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  9539236 tacaaagtgttttatacttgagtcctgtagagtcatttgtaacttttgacgtgaaaaaattattgagaatgattgagttttatccaaataattttataga 9539335  T
Q  1068 tgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgt 1167  Q
     |||| ||||||| |||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||        
T  9539336 agtgttggaagtggcgttatgccatcaacttaagaattatgttacaaatgttcgatctgatccaaaatttgctaagttgaaggggcttccagatct---- 9539431  T
Q  1168 gaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgt 1267  Q
         |||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  9539432 -----ttgtggaaacaaataagtgcaacacatttgttttggtttataaacttttgaagttggttttgctcttgccgatagcaactgcaagtgttaaacgt 9539526  T
Q  1268 gnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttc 1364  Q
    |       |||||||||| ||||||||    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| | || ||||||||| ||||| ||| ||    
T  9539527 gttttttcagctatgaaaattgtgaagagtaacctatgtaacaaaatggatgatcaatgactaaatgaccgtatcgtaacttatataaaaagatatgatc 9539626  T
Q  1365 ttttaacaattagcaatgat 1384  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  9539627 ttttaacaataagcaatgat 9539646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 996 - 1268
Target Start/End: Complemental strand, 6227148 - 6226874
Alignment:
Q  996 aaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaa 1095  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  |||||||  |||||| |  ||||    
T  6227148 aaagtcatttgcaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgaattttatccaaattattttatagatgttccggaagtagcgttacacactcaa 6227049  T
Q  1096 tttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgca 1193  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  6227048 cttaagaattatgttaaaaatgttcgatctgacccaaaagttgttaagttgtaagggctttcagatctttgtgcaaaacttgtggaaacaaataagtgca 6226949  T
Q  1194 acacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  6226948 acacatttgctatggtttataaacttttgaagttgactttgctcttgccgatagcaactgcaagtgttgaccgtg 6226874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 996 - 1390
Target Start/End: Original strand, 10780821 - 10781209
Alignment:
Q  996 aaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaa 1095  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| |  ||||    
T  10780821 aaagttatttgcaacttttgatgtgaacaa-ttaataagggtgactgagttttatccaaataattttatagatgtgtcgaaagtggcgttacgcactcaa 10780919  T
Q  1096 tttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtgaaacttgtggaaacaaataaatgcaac 1195  Q
     |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||         |||||||||||||||| ||||||    
T  10780920 cttaataattatgttacatatgttcgatctgacctaaaatttgctaagttgaaaggactttcagatct---------ttgtggaaacaaataagtgcaac 10781010  T
Q  1196 acatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag- 1294  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||       || |||||||||  |||||     
T  10781011 acatttactatagtttataaacttttgaagttggttttgctcttgccggtagcaactgcaagtgtt-aacgtgttttttcagatatgaaagtgttgaaga 10781109  T
Q  1295 --tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttact--tatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
       |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||| |||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  10781110 gtaacctatgtaacaaaataggtgatcagtggctaaatgaccgtcttgtaacttatatatagaaagatatgttcttttaacaattagcaacgatttcatt 10781209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 964 - 1386
Target Start/End: Original strand, 1016620 - 1017047
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||| |||||| |||||| ||||| | ||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||     
T  1016620 cttttacaatgtgtttcatgtttgagtcctgcaaagtcattttctgcttttgatgtgaacaaattattgaggatggctgagctttatccaaatgattttg 1016719  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatct 1163  Q
    |||||||||||||||||  ||| | | | ||| || | |||||||||| |||||||  |||||| |||||||||   ||||||||||||||||  |||||    
T  1016720 tagatgtgtcggaagtggagttgcgcagacaacttcataattatgttagaaatgttaaatctgatccaaaattttcaaagttgaaagggctttcggatct 1016819  T
Q  1164 ttgtgaaa--cttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgtt 1261  Q
    ||||| ||  ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  1016820 ttgtgcaatacttgtggaaacaaataagtgcaagacatttgctttggtttttaagcttttgaagttggctttgctcttgccggttgcaactgcaagtgtt 1016919  T
Q  1262 gaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagag 1358  Q
    |||||||       |||||||||  ||||||||    |  || ||||||||||||||||||| ||  ||||| | ||  |||| |||| ||| |||||||    
T  1016920 gaacgtgttttttcagctatgaagattgtgaagagtcatttacgtaacaaaatgggtgatcaatggttaaatgatcggcttgtaacttttattgaaagag 1017019  T
Q  1359 atgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  1017020 atgttcttttcacaattagcactgatgt 1017047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 964 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 34912809 - 34912381
Alignment:
Q  964 cttttacaacgtgttttatgtttcagtcccgtaaagttatttgtaacttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||| |||||| |||||| | ||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||    
T  34912809 cttttacaatgtgtttcatgtttgaatcccgcaaagtcatttgcaccttttgatgtgaacaaattattgaggatggttgaaatttatccaaatgatttta 34912710  T
Q  1064 tagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcgatctgacccaaaatttgttaag-ttgaaagggctttaagatc 1162  Q
    |||||||   ||||||| |||||| || |||| ||| ||||||||||| |||||||| |||| ||  |||||||| |||| || ||| | |||| |||||    
T  34912709 tagatgttctggaagtggcgttacaccatcaacttaggaattatgttataaatgttcaatctaacttaaaatttgctaagtttaaaatgactttcagatc 34912610  T
Q  1163 tttgt--gaaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgt 1260  Q
    |||||   |||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||| | ||| ||||||||||||    
T  34912609 tttgtccaaaacttctggaaacaaataagtgcaacacattcactatagtttataagcttttgaagttggctttgtccttgccgatagtaactgcaagtgt 34912510  T
Q  1261 tgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaaga 1357  Q
    |||| |||       ||||||||||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||| || |||||  || ||     |||||||||||||| |    
T  34912509 tgaatgtgttttttcagctatgaaagttgttaagagtaacctatgtaacaaaatgggtgatcaatggctaaacgactgt----ctacttatatagaaata 34912414  T
Q  1358 gatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  34912413 gatgttcttttaaccattaaaaatgatgtcatt 34912381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 1183 - 1390
Target Start/End: Complemental strand, 8065257 - 8065047
Alignment:
Q  1183 aaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatg 1282  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||       |||||||    
T  8065257 aaataaatgcaacacatttgttatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaattgttaaacgtgttttttcagctatg 8065158  T
Q  1283 aaagttgtgaag---tacctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagca 1379  Q
    ||| ||||||||    |||||||||| ||||||| |||||| ||  ||||| ||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8065157 aaacttgtgaagagtaacctatgtaataaaatggatgatcattggttaaatgaccgtcttataacttatataaaaagagatgttcttttaacaattagca 8065058  T
Q  1380 atgatgtcatt 1390  Q
    |||||||||||    
T  8065057 atgatgtcatt 8065047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 1169 - 1390
Target Start/End: Original strand, 27464073 - 27464297
Alignment:
Q  1169 aaacttgtggaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtg 1268  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||| |||||||||||    
T  27464073 aaacttgtggaaacaaataagtgcaatacatttgttatgatttataagcttttgaagttggctttgttctagccggtagcagctgcaattgttgaacgtg 27464172  T
Q  1269 nnnnnnnagctatgaaagttgtgaagtacc---tatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttct 1365  Q
           |||||||||||||  |||| | |   ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  27464173 ttttttcagctatgaaagtttggaagaatcaactatataacaaaatgggtgatcagtggctaaataaccgtcttgtaacttatatagaaaaagatattct 27464272  T
Q  1366 tttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||    
T  27464273 tttaacaattaacaatgacgtcatt 27464297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 1022 - 1194
Target Start/End: Original strand, 42311300 - 42311464
Alignment:
Q  1022 acaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgattttatagatgtgtcggaagtgacgttaccccgtcaatttaagaattatgttacaaatgttcg 1121  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |  |||| ||  |||||||||||||||||||      
T  42311300 acaaattattgaggatgtctgagttttatccaaatgattttatagatatgtcggaagtgacgttacgcactcaacttgtgaattatgttacaaatgtt-- 42311397  T
Q  1122 atctgacccaaaatttgttaagttgaaagggctttaagatctttgtg--aaacttgtggaaacaaataaatgcaa 1194  Q
             |||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  42311398 --------taaaatttgctaagttcaaagggcttttagatctttatgcaaaacttgtggaaacaaataagtgcaa 42311464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1192 - 1386
Target Start/End: Complemental strand, 23353655 - 23353459
Alignment:
Q  1192 caacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctcttgctggtagcaactgcaagtgttgaacgtgnnnnnnnagctatgaaagttgtg 1291  Q
    |||||||||| ||||  |||||||  |||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| ||||||| |||       ||||||||||||||||    
T  23353655 caacacatttactataatttataagtttttgaagttggttttgctcttaccggtagcaattgcaactgttgaaagtg-ttttttagctatgaaagttgtg 23353557  T
Q  1292 a--agt-acctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    |  ||| | ||  ||||||||||| ||| |  ||||||||||||   | ||   ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||    
T  23353556 aatagtcaacttcgtaacaaaatgagtgttgtgtgactaaataattatcttaaaacttatatagaaagaaatgttcttttaatatttagcaattatgt 23353459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1238
Target Start/End: Complemental strand, 31738169 - 31738109
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctct 1238  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||| |||||| |||||||||    
T  31738169 gaaacaaataaatgcaacacatttgttatgatttataagtttttaaagttgactttgctct 31738109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 1010 - 1063
Target Start/End: Original strand, 14229761 - 14229814
Alignment:
Q  1010 cttttgatgtgaacaaattattgaggatgactgagttttatccaaatgatttta 1063  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||    
T  14229761 cttttgatgtagacaaattattgaggatggtcgagctttatccaaatgatttta 14229814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 401 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 37413364 - 37413283
Alignment:
Q  401 cttgcttgagcacaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatgataaagaatttagtc 482  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||  | ||  |||  |||||| |||||||||||||    
T  37413364 cttgcttgaacacaaatacaaataaaaaaggtttaggcacactcacataagtagagaaaattaaatgaaaaagaatttagtc 37413283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 51; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1296 - 1390
Target Start/End: Original strand, 461272 - 461366
Alignment:
Q  1296 acctatgtaacaaaatgggtgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgtcatt 1390  Q
    |||||||| ||||||||| |||| ||||  ||||  |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  461272 acctatgtgacaaaatggatgattagtggttaaacgaccgttttgtaacttatatataaagatatgttattttaacaattagcaatgatgtcatt 461366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0311 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0311
Description:

Target: scaffold0311; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 1315 - 1386
Target Start/End: Original strand, 807 - 878
Alignment:
Q  1315 tgatcagtgactaaataaccgttttgttacttatatagaaagagatgttcttttaacaattagcaatgatgt 1386  Q
    |||||| || |||||| ||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  807 tgatcaatggctaaatgaccatcttgtaacttatatagaaagatatgttcttttgacaattagcaatgatgt 878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0535 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0535
Description:

Target: scaffold0535; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 1178 - 1239
Target Start/End: Complemental strand, 9956 - 9895
Alignment:
Q  1178 gaaacaaataaatgcaacacatttgctatggtttataaacttttgaagttggctttgctctt 1239  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||  ||||||||||| ||||||||||    
T  9956 gaaacaaataagtgcaacacatttgttatattttataagattttgaagttgactttgctctt 9895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 411 - 496
Target Start/End: Original strand, 70338 - 70424
Alignment:
Q  411 cacaaacacaaataaaaagtggttaggcacactcacatagatggaagaaaagaaatga-taaagaatttagtcccatcattcaatta 496  Q
    |||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||  ||| ||||||||| ||| |||||||||    
T  70338 cacaaatacaaatgaaaaatgcttaggcacactcacatgaatggaaaaaaataaatgagaaaaaaatttagtcgcattattcaatta 70424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University