View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12975_low_1 (Length: 939)

Name: NF12975_low_1
Description: NF12975
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12975_low_1
NF12975_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-936)||(42205364-42206279)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 830; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 830; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 936
Target Start/End: Complemental strand, 42206279 - 42205364
Alignment:
Q  18 tttcatttggcatgaacgaaccagataaagacagaatttcaaacagtccctgtagaaacaccgagataagtagctgtgcgtgcaaataatccaatcccac 117  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42206279 tttcatttggcatgaaggaaccagataaagacagaatttcaaacagtccctgtagaaacaccgagataagtagctgtgcgtgcaaataatccaatcccac 42206180  T
Q  118 tatatgcacaaaagggcacgagaaacaacattcttgaactgtgtagatcattaaatgcattgtggaaccaaatgaaagttctcttcaataagatggaatg 217  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42206179 tatatgctcaaaaaggcacgagaaacaacattcttgaactgtgtagatcattaaatgcattgtggaaccaaatgaaagttctcttcaataagatggaatg 42206080  T
Q  218 ataataaaaatttgcacaaatgactcacctcatatgtcaatgtgcccccagaagaatcgggctgacgaagtgtgacactttttatgacaccatttgctga 317  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42206079 ataataaaaatttgcacaaatgattcacctcatatgtcaatgtgcccccagaagaatcgggctgacgaagtgtgacactttttatgacaccatttgctga 42205980  T
Q  318 aagaatgcatacagctcgaggtccttgctgagaaaatgaaattaccttcatggtaacatcctaacataatcatacacacaaaattgttgacaatcgtcag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42205979 aagaatgcatacagctcgaggtccttgctgagaaaatgaaattaccttcatggtaacatcctaacata----tacacacaaaattgttgacaatcgtcag 42205884  T
Q  418 ttagactattttctagttattactgnnnnnnn-gtaagtgatcacacagatatgacaggaaattaacatgtcactaaatgctccctctcacttttattct 516  Q
    |||||||||||||||||||| ||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42205883 ttagactattttctagttatcactgaaaaaaaagtaagtgatcacacagatatgacaggaaattaacatgttactaaatgctccctctcacttttattct 42205784  T
Q  517 gtttatagttagtccctaattttatcacacttcattctacaaaaaacatgcatgtaatataggacttttcacttccccaaataactgtgttacagcatag 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42205783 gtttatagttagtccctaattttatcacacttcattctacaaaagacatgcatgtaatataggacttttcacttccccaaataactgtgttacagcatag 42205684  T
Q  617 tcaatagatatttctgaaaattacctctccagcattaacagtgatgatgtggggtgtaaaatttgaaccaacagagcaagggacccattcacctaaaaaa 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42205683 tcaatagatatttctgaaaattacctctccagcattaacagtgatgatgtggggtgtaaaatttgaaccaacagagcaagggacccattcacctaaaaaa 42205584  T
Q  717 tgtaaatgttaacaataattaataatcaaattgaaaaggttaaacagtctcggggtttcaattataagacgtctataatttaggccaaattaagaatttg 816  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42205583 tgtaaatgttaacaataattaataatcaaattgaaaaggttaaacagtctcggggtttcaattataagacgtctataatttaggccaaattaagaatttt 42205484  T
Q  817 aatatttagacctaagttaccaattgtgtttttgaatcggtcctgagttaccagagaataaaaagctgaaacatcactatgcttttgtcctaagagaata 916  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42205483 aatatttagacctaagttaccaattgtgtttttgaatcggtcctgagttaccggataataaaaagctgaaacatcactatgcttttgtcctaagagaata 42205384  T
Q  917 atattccaagagaataatct 936  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  42205383 agattccaagagaataatct 42205364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University