View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12978_low_2 (Length: 817)
Name: NF12978_low_2
Description: NF12978
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12978_low_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 685; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 685; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 810
Target Start/End: Original strand, 36156963 - 36157769
Alignment:
| Q |
20 |
aacaagagacatggtccaacatcattaacaaacaatggctcgaaacaacaaattattcgaaaacataatacaaac-------------aacacattatcc |
106 |
Q |
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| T |
36156963 |
aacaagagacatggtccaacatcattaacaaacaaaggctcgaaacaacaaattattcgaaaacataatacaaacaacagttcaaaacaacacattatcc |
36157062 |
T |
|
| Q |
107 |
gaaaacataattcttatccaactgatggaaaattcaacacacaaatgaattctagtctgaagagtttgatctctcaagtctgataatcctccgctccatc |
206 |
Q |
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| T |
36157063 |
gaaaacatgattcttatccaactgatggaaaattcaacacacaaatgaattctagtctgaagagtttgatctctcaagtctgataatcctccgctccatc |
36157162 |
T |
|
| Q |
207 |
tgcaaattgatcaaagtaatcaaacatattaatatatcatacatgctttggaaactcaagaattgtttccctttcatgcagttagcatctaagatgcatt |
306 |
Q |
| |
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| T |
36157163 |
tgcaaattgatcaaagtaatcaaacatattaatatatcatacatgctttggaaactcaagaattgtttccttttcatgcagttagtatctaagatgcatt |
36157262 |
T |
|
| Q |
307 |
ttaaagacctaaaagagttcatgcagctatgccctatcatggacatgtcattatcgcttatgatagagggagaaaaatgtaacatacctgaacaaaggtc |
406 |
Q |
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|
| T |
36157263 |
ttaaagagctaaaagagttcatgcagctacgccctatcatggacatgtcattatcgcttatgttagagggagaaaaatgtaacatacctgaacaaaggtc |
36157362 |
T |
|
| Q |
407 |
tccaactttctcttggtagtagcaaactgatgttttacccagagcaatgttagatcaagcctgagcagc-aaaataaacagacaaaagttagatggaagg |
505 |
Q |
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| T |
36157363 |
tccaactttctcttggtagtagcaaactgatgttttacccagagcaatgttagatcaagcctgagcagcaaaaataaacagacaaaagttagatggaagg |
36157462 |
T |
|
| Q |
506 |
tatataaaactatcaagatgttaccaaatatagaagatacatactaataaacataaaataaatttatatattctaatacgcgtcaacccactttcttatt |
605 |
Q |
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| T |
36157463 |
tatataaaactatcaagacgttaccaaatatagaagatacatactaataaatataaaataaatttatatattctaatacgcgtcaacccactttcttatt |
36157562 |
T |
|
| Q |
606 |
ttattttttcttacaagaaagagcaagaactcctgaccatacatgagtgtagataataatttatttgtttcctagaaggtcttgttcagtattcttctac |
705 |
Q |
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|
| T |
36157563 |
ttattttttcttacaagaaagagcaagaactcctgaccatacatgagtgtagataataatttatttgtttcctagaaggtcttgttcagtattcttctac |
36157662 |
T |
|
| Q |
706 |
aaaagaagttttaatagatagcagaaataaaccacaatc--cacagagacaaaagatcaaatcatggacaaattcaggccaggcactta-attattttgt |
802 |
Q |
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| T |
36157663 |
aaaagaagttttaatagatagcagaaataaaccacagtcaacagagagacaaaagatcaaatcatggac-aattcaggccaggcacttacattattttgt |
36157761 |
T |
|
| Q |
803 |
tcatctca |
810 |
Q |
| |
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|||||||| |
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| T |
36157762 |
tcatctca |
36157769 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 120 - 739
Target Start/End: Original strand, 36152152 - 36152767
Alignment:
| Q |
120 |
ttatccaactgatggaaaattcaaca-cacaaatgaattctagtctgaagagtttgatctctcaagtctgataatcctccgctccatctgcaaattgatc |
218 |
Q |
| |
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|
| T |
36152152 |
ttattcaaccgatggaaaattcaacagcacagataaactctagtttgaagagttcgatctctcaagtctgataatccttcgttccatctgcaaattgatc |
36152251 |
T |
|
| Q |
219 |
aaagtaatcaaacatattaatatatcatacatgctttggaaactcaagaattgtttccctttcatgcagttagcatctaagatgcattttaaagacctaa |
318 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
36152252 |
aaagtaatcaaacatattaatatatcata--tgctttggaaactcaagaattgtttccccttcatgcagttagtatctaagatgcattttaaagagctaa |
36152349 |
T |
|
| Q |
319 |
aagagttcatgcagctatgccctatcatggacatgtcattatcgcttatgatagagggagaaaaatgtaacatacctgaacaaaggtctccaactttctc |
418 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
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|
| T |
36152350 |
aagagttcatgcagctatgccctatcatggacatgtcgttgtcgcttatgtgagagggagaaaaatgtaacatacctgaacaaaggcctccaactttctc |
36152449 |
T |
|
| Q |
419 |
ttggtagtagcaaactgatgttttacccagagcaatgttagatcaagcctgagcagcaaaataaacagacaaaagttagatggaaggtatataaaactat |
518 |
Q |
| |
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|||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||| ||| |
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| T |
36152450 |
ttggtattggcaaactcatgttttacccagagcaatgttcgagaaagcctgagcagcaaaataaatagacaaaaattagatcggaggtatataaaattat |
36152549 |
T |
|
| Q |
519 |
caagatgttaccaaatatagaagatacatactaataaacataaaataaatttatatattctaatacgcgtcaacccactttcttattttattttttctta |
618 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||||||||||| |||| |||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |
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|
| T |
36152550 |
caagactttaccaaatatagaagatagatac---taaatatgaaatatatttacatattctaatacgcgtcaatccaatttcttatttaattttttctta |
36152646 |
T |
|
| Q |
619 |
caagaaagagcaagaactcctgaccatacatgagtgtagataa-taatttatttgtttcctagaaggtcttgttcagtattcttctacaaaagaagtttt |
717 |
Q |
| |
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|||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| | || ||||||||||||||||||||||| | |
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|
| T |
36152647 |
aaagaaagagcaagagctcttgaccatacatgagtgtagataattattttatttgtttcct---aggtcatatttagtattcttctacaaaagaagttgt |
36152743 |
T |
|
| Q |
718 |
aatag--atagcagaaataaacca |
739 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||| |||| |
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| T |
36152744 |
aatagatatagcagaaatagacca |
36152767 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 514 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 41708338 - 41708300
Alignment:
| Q |
514 |
actatcaagatgttaccaaatatagaagatacatactaa |
552 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |
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| T |
41708338 |
actatcaagatgttactaaatatataagatacatactaa |
41708300 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 514 - 547
Target Start/End: Original strand, 25160251 - 25160284
Alignment:
| Q |
514 |
actatcaagatgttaccaaatatagaagatacat |
547 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
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| T |
25160251 |
actatcaagatgttaccaaatataaaagatacat |
25160284 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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