View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12979_high_3 (Length: 676)

Name: NF12979_high_3
Description: NF12979
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12979_high_3
NF12979_high_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (16-663)||(40007259-40007906)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (16-663)||(5353178-5353825)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 640; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 640; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 663
Target Start/End: Original strand, 40007259 - 40007906
Alignment:
Q  16 aaccaaacatatctagaatctcttaactcacttggattccatctatccgccatgaagataaacaaaccaggaaacctagttaatggaagcacaaaagtac 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40007259 aaccaaacatatctagaatctcttaactcacttggattccatctatccgccatgaagataaacaaaccaggaaacctagttaatggaagcacaaaagtac 40007358  T
Q  116 tttgtgcaagaaaagtcgaaactctaaacattttgtttccagcaacacatggatttccaattgtttcccatgtccctaagattgtctcagctgaatgaac 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40007359 tttgtgcaagaaaagtcgaaactctaaacattttgtttccagcaacacatggatttccaattgtttcccatgtccctaagattgtctcagctgaatgaac 40007458  T
Q  216 aagtgcttcatttggtgcccatccagtgcaacctgatgtaaccatgtaatatgttcccttgtgtttgaacatagccggcgcttctcttcgctgaccgacg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40007459 aagtgcttcatttggtgcccatccagtgcaacctgatgtaaccatgtaatatgttcccttgtgtttgaacatagccggcgcttctcttcgctgaccgacg 40007558  T
Q  316 aaaattcttttcataacagatgtcacattgagataatcttcagtcaagggtccaatgtgcattacattgttttcttcagatgagtatattagatatgcaa 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40007559 aaaattcttttcataacagatgtcacattgagataatcttcagtcaagggtccaatgtgcattacattgttttcttcagatgagtatattagatatgcaa 40007658  T
Q  416 cattgtcttcatctttgaaaagtgtcatgtccctgctttgatatccatgaggtctttggctcccgaggtatttgaatggaccggtaggagtatcactgaa 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40007659 cattgtcttcatctttgaaaagtgtcatgtccctgctttgatatcgatgaggtctttggctcccgaggtatttgaatggaccggtaggagtatcactgaa 40007758  T
Q  516 tgctatgccaacggaagctttggcgtaattggcgttgtcgatatgcatccacatcacatactttcttgttttttcattgtaaataacttttggtctctca 615  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40007759 tgctatgccaacggtagctttggcgtaattggcgttgtcgatatgcatccacatcacatactttcttgttttttcattgtaaataacttttggtctctca 40007858  T
Q  616 agcacattggacttgtgtagatcatgtgttttatctgttttctctgct 663  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40007859 agcacattggacttgtgtagatcatgtgttttatctgttttctctgct 40007906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 112; Significance: 3e-56; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 16 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 5353825 - 5353178
Alignment:
Q  16 aaccaaacatatctagaatctcttaactcacttggattccatctatccgccatgaagataaacaaaccaggaaacctagttaatggaagcacaaaagtac 115  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| |||  ||||||||||| ||| ||||||||||| |||   ||||| || | ||  |  |||||||| ||||| |    
T  5353825 aaccatacatatctcgagtctcttaagtcagctggattccatcgatctgccatgaagatgaacgctccagggaaaccagaaatcggaagcacgaaagtgc 5353726  T
Q  116 tttgtgcaagaaaagtcgaaactctaaacattttgtttccagcaacacatggatttccaattgtttcccatgtccctaagattgtctcagctgaatgaac 215  Q
    | || ||||  ||||| |  | ||||||||||||||||||  | |  ||||||||||| ||||||||||| | ||| | ||||| ||| |||| |||  |    
T  5353725 tctgagcaaagaaagttgtgagtctaaacattttgtttcctcccaagcatggatttcccattgtttcccacggccccatgattgactctgctgcatgcgc 5353626  T
Q  216 aagtgcttcatttggtgcccatccagtgcaacctgatgtaaccatgtaatatgttcccttgtgtttgaacatagccggcgcttctcttcgctgaccgacg 315  Q
     ||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||  || ||||| | |||||| |||||||   | || || |||    
T  5353625 cagtgcctcatttggggcccaccccgtgcaacccgatgtaatcatgtagtatgtaccctgatgcttgaagagagccggtgcttctcggtgttgtcccacg 5353526  T
Q  316 aaaattcttttcataacagatgtcacattgagataatcttcagtcaagggtccaatgtgcattacattgttttcttcagatgagtatattagatatgcaa 415  Q
    | ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||   || |||| ||||| || ||||| | || ||||||||    
T  5353525 agaatccttctcatgacagatgtcacattgagataatcttgggttaagggtcctatgtgcagctcactgttgtcttcggaggagtagactatatatgcaa 5353426  T
Q  416 cattgtcttcatctttgaaaagtgtcatgtccctgctttgatatccatgaggtctttggctcccgaggtatttgaatggaccggtaggagtatcactgaa 515  Q
    |    || || |||||||||| |||||| ||||||||||   |||| || || || ||||| ||||| || ||||| |||||   ||| |  |||||||     
T  5353425 cgccatcatcgtctttgaaaactgtcatatccctgctttcgaatccgtgcggcctgtggctaccgagataattgaaaggaccatcaggtgcgtcactgat 5353326  T
Q  516 tgctatgccaacggaagctttggcgtaattggcgttgtcgatatgcatccacatcacatactttcttgttttttcattgtaaataacttttggtctctca 615  Q
    ||||| |||||| || ||||||| ||| || || |  || ||||||||||||||||||||||||   || || ||||||||||| |||||||| |||||     
T  5353325 tgctacgccaacagacgctttggtgtagttagcatcatcaatatgcatccacatcacatacttttcagtcttctcattgtaaatcacttttggcctctcg 5353226  T
Q  616 agcacattggacttgtgtagatcatgtgttttatctgttttctctgct 663  Q
    ||||| || || ||||| |||||||| |||| |||||||| |||||||    
T  5353225 agcacgttagatttgtgcagatcatgggtttcatctgtttcctctgct 5353178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University