View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12984_high_4 (Length: 703)

Name: NF12984_high_4
Description: NF12984
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12984_high_4
NF12984_high_4
[»] chr2 (57 HSPs)
chr2 (18-693)||(9061009-9061685)
chr2 (18-514)||(8573373-8573876)
chr2 (23-663)||(9315672-9316279)
chr2 (29-514)||(9065477-9065961)
chr2 (156-495)||(9291736-9292072)
chr2 (29-514)||(10347553-10348036)
chr2 (29-460)||(10371686-10372109)
chr2 (366-646)||(9328260-9328542)
chr2 (366-661)||(9320626-9320925)
chr2 (111-318)||(9328572-9328780)
chr2 (29-315)||(10353085-10353360)
chr2 (366-660)||(9284389-9284681)
chr2 (115-269)||(10335866-10336021)
chr2 (111-318)||(9320955-9321160)
chr2 (23-530)||(12018761-12019254)
chr2 (23-336)||(7115518-7115832)
chr2 (139-282)||(16269098-16269242)
chr2 (154-529)||(9274277-9274658)
chr2 (366-530)||(11987686-11987853)
chr2 (171-329)||(9284212-9284370)
chr2 (29-270)||(12012431-12012667)
chr2 (366-530)||(12012751-12012915)
chr2 (366-513)||(10335649-10335799)
chr2 (29-255)||(12006003-12006224)
chr2 (185-454)||(8579523-8579792)
chr2 (366-530)||(12006317-12006484)
chr2 (23-317)||(11987366-11987655)
chr2 (373-530)||(10352885-10353045)
chr2 (606-663)||(9291591-9291648)
chr2 (368-514)||(10341141-10341293)
chr2 (366-501)||(9364436-9364571)
chr2 (557-656)||(9295026-9295127)
chr2 (147-257)||(9364662-9364772)
chr2 (564-683)||(12012925-12013041)
chr2 (602-693)||(9274190-9274276)
chr2 (363-428)||(7115841-7115906)
chr2 (564-662)||(11987863-11987963)
chr2 (23-107)||(9292098-9292182)
chr2 (366-425)||(16268952-16269011)
chr2 (29-100)||(16269260-16269331)
chr2 (29-83)||(9321167-9321221)
chr2 (554-653)||(10371502-10371603)
chr2 (633-683)||(19393258-19393308)
chr2 (415-530)||(7115917-7116035)
chr2 (443-530)||(9294916-9295006)
chr2 (592-660)||(9364273-9364341)
chr2 (173-256)||(7611974-7612057)
chr2 (592-663)||(8573934-8574007)
chr2 (264-354)||(8576459-8576549)
chr2 (29-83)||(9328787-9328841)
chr2 (23-83)||(9274706-9274766)
chr2 (173-256)||(17566107-17566190)
chr2 (555-652)||(9272311-9272410)
chr2 (29-83)||(9284075-9284129)
chr2 (286-336)||(10335811-10335861)
chr2 (51-88)||(10336027-10336064)
chr2 (32-80)||(7612153-7612201)
[»] scaffold0667 (1 HSPs)
scaffold0667 (30-663)||(4098-4727)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (139-527)||(37462244-37462645)
chr3 (194-337)||(39427594-39427740)
chr3 (554-663)||(37462123-37462235)
chr3 (29-88)||(37462684-37462743)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (194-502)||(41966750-41967043)
chr8 (592-654)||(41967140-41967202)
chr8 (23-88)||(41966602-41966667)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (124-477)||(29423097-29423433)
chr1 (124-337)||(29467754-29467968)
chr1 (366-460)||(29453503-29453597)
chr1 (154-282)||(29443326-29443454)
chr1 (366-477)||(29467979-29468090)
chr1 (124-337)||(29453278-29453492)
chr1 (366-424)||(29443520-29443578)
chr1 (554-683)||(29453664-29453789)
chr1 (31-83)||(29443217-29443269)
chr1 (24-83)||(29467669-29467728)
chr1 (597-663)||(29468200-29468265)
chr1 (594-663)||(29422966-29423034)
chr1 (30-83)||(29423459-29423512)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (147-424)||(45243555-45243843)
chr7 (185-424)||(45237811-45238056)
chr7 (156-424)||(45230293-45230570)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (124-270)||(26574882-26575029)
chr4 (185-240)||(561273-561328)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (189-255)||(36224454-36224520)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 57)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 693
Target Start/End: Original strand, 9061009 - 9061685
Alignment:
Q  18 catatccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatag 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9061009 catatccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcccgttgaattagaaggtgaagaggttaacagtaatag 9061108  T
Q  118 taatgggagttttaaaattcgtgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagac 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9061109 taatgggagttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagac 9061208  T
Q  217 tatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatg 316  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9061209 tatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatg 9061308  T
Q  317 gaggtaaggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaagg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9061309 gaggtaaggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaagg 9061408  T
Q  417 aattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttcttccctgttgatacttgtaagaaggagaatcgtacaagcaagacc 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9061409 aattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtctcgtatcacctttcttccctgttgatacttgtaagaaggagaatcgtacaagcaagacc 9061508  T
Q  517 aagagaaggtacttattgattatgagnnnnnnnnnnngagtttttgctatgtttaagttgatgtcagttcaatggccatcatataatatatgtagttaaa 616  Q
    |||||||||||||||||||||||  |           ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9061509 aagagaaggtacttattgattatatgagtttttttttgagtttttgctatgtataagttgatgtcagttcaatggccatcatataatatatgtagttaaa 9061608  T
Q  617 ctctatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggattcgattctctaattactttgaatctacctttg 693  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9061609 ctctatgctaaaggttaaattgaattcttgttataggacaaggatttgattctctaattactttgaatctacctttg 9061685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 18 - 514
Target Start/End: Original strand, 8573373 - 8573876
Alignment:
Q  18 catatccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8573373 catatccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttctacgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacagtaatag 8573472  T
Q  118 taatgggagttttaaaattcgtgttgctg-tttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagac 216  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||     
T  8573473 taatgggagttttaaatttcgtcttgctgttttgggtgggtgtctttgtatgtctgtgaattatgaaaccactgaaattgatgtttgggtgatgaaagaa 8573572  T
Q  217 tatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatg 316  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||| |||  | | || |||||| ||| |||||||||||||||    
T  8573573 tatggttctagagatagttggtgtaaactttttactttcgttaaatcgtgtttcactccacattttaaatcttcgaggcctttaggttattctagtgatg 8573672  T
Q  317 gaggtaaggttctgttggaagcaaatcctaactt-----ggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgtt 411  Q
    || |||||||||||||||||| || |   || ||     |||   |  || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||    
T  8573673 gaagtaaggttctgttggaaggaatt--gaagttttgtcggaggtatgtcataggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaagtcagttatgtt 8573770  T
Q  412 gaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttcttccctgttgatacttgt---aagaaggagaatcgtacaa 508  Q
    ||||||||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||   ||| |||||||| ||||||    
T  8573771 gaaggaattcctaattggaatgcagctatgttttgtgttggaagtcttgtaccacctttcttccctgttgataattgtaggaaggaggagaattgtacaa 8573870  T
Q  509 gcaaga 514  Q
    ||||||    
T  8573871 gcaaga 8573876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 23 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 9316279 - 9315672
Alignment:
Q  23 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatg 122  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||  ||||||||| | | |  || |      
T  9316279 ccttgtttcattgtcgcgtttaacctaacacttgagattttcaatgtggttcctcttcctgctgaaatagaaagtatagaggttaatagtgagtgtga-- 9316182  T
Q  123 ggagttttaaaattcgtgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgg 221  Q
     ||||||| |||||  ||||||||||| ||| ||||||||||| |||  | |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9316181 -gagttttcaaattgctgttgctgttttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatcaaactactaaaactgatgtttgggtgatgaaagactatgg 9316083  T
Q  222 atctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggt 321  Q
    |||||||      |||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || | ||||| | ||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| ||    
T  9316082 atctagt------tggtgtaaactttttactttggttaattcatgtttcactttatctttgaattttttgaagcctttaggttattctagtgacggaagt 9315989  T
Q  322 aaggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattc 421  Q
    |||||||| ||||||  | ||  |||                  |||||||||||||| |||  | | |||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  9315988 aaggttctattggaaatagattgtaa------------------gaagctgttttggtgtgacttgatgagtgaacaagttatttatgttgaaggaattt 9315907  T
Q  422 ctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttcttccctgttgatacttgt---aagaaggagaatcgtacaagcaagaccaa 518  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||||||| | |||||| |||||||||||||  ||||   ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  9315906 ctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttgtaccaccttccttccctgttgattattgtaggaagaaggagaatcatacaagcaagaacaa 9315807  T
Q  519 gagaaggtacttattgattatgagnnnnnnnnnnngagtttttgctatgtttaagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaa 616  Q
    ||||||||||||||  |||||              ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||    
T  9315806 gagaaggtacttatatattat------------ttgagtttttgctatgtataagttaatgtcagttcaatggacccatcatatgatataagtagttaaa 9315719  T
Q  617 ctctatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggattc 663  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9315718 ctctatgctaaaggtcaaattgaattcttattataggacaaggattc 9315672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 29 - 514
Target Start/End: Original strand, 9065477 - 9065961
Alignment:
Q  29 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaat-gaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagt 127  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||  |||||||||||||||      |||||||| ||||    
T  9065477 ttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaattgaggttccccttcctgctgaaataagaggtgaagaggttaa------tagtaatgagagt 9065570  T
Q  128 tttaaaattcgtgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatcta 226  Q
    ||| ||||   ||||||||||| ||| ||||||||||| |||  | ||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  9065571 tttcaaatgactgttgctgttttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaatattgatggttgggtgatgaaagaatatggatcta 9065670  T
Q  227 gtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggt 326  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||     || ||||||  || |||||||  |||||||| |||||||    
T  9065671 gagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctctaggttattccggtgatggaagtaaggt 9065770  T
Q  327 tctgttggaagcaa---atcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcct 423  Q
    ||||||||||||||   |   |   |||||   |  || |  |||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  9065771 tctgttggaagcaattgaggttttgttggaggtagatcatcagaagctcttttggtatgatttgaagagtgaacaagttatttatgttgaaggagttcct 9065870  T
Q  424 aattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttcttccctgttgatacttgtaagaaggagaatcgtacaagcaaga 514  Q
    ||||   ||||  || || ||| ||||| |||||||| | || ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  9065871 aattggaatgacactgtgatttgtgttgaaagtcttgtaccaacttccttccctgttgataattgtaggaaggagaatcgaacaaccaaga 9065961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 156 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 9292072 - 9291736
Alignment:
Q  156 gtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttg 255  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9292072 gtgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttactttg 9291973  T
Q  256 gttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatcc---taacttgg 352  Q
    ||||||||| | ||||      ||||| | | ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | || ||    |   ||||    
T  9291972 gttaaatcgcggttca------ctttgaaatctttgaggcctttatgttattctagggatggaagtaaggttctgttggacggaactcaggttttgttgg 9291879  T
Q  353 ataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttgg 452  Q
    |   || || |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||     
T  9291878 aggtaaatcataggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctaatttggatgaagctatgatttgtgttga 9291779  T
Q  453 aagtcttgcatcacctttcttccctgttgatacttgtaagaag 495  Q
    |||||||  | |||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  9291778 aagtcttctaccaccttccttccctgttgataattgtaggaag 9291736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 29 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 10348036 - 10347553
Alignment:
Q  29 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagtt 128  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||   ||||||| |||||         |  || |||||    
T  10348036 ttaattgtcgcgtttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgatgaaatag---gtgaagaagttaa---------tggtgagagtt 10347949  T
Q  129 ttaaaattcgtgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctag 227  Q
    || || ||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||  ||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||    
T  10347948 ttgaagttcatgttgctgttttgggagggtgtctttgtatcactgtcgattataaagatactaaaattgatgtttgggtcatgaaagaatatggatgtag 10347849  T
Q  228 tgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggtt 327  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||| | | ||||||||| ||| ||||||| | || ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10347848 agatagttggtgtaaactttttactatggctgagtcgtgtttcgatttacctttgaaattgttgaggcccatatgttattctagtgatggaagtaaggtt 10347749  T
Q  328 ctgttgga---agcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaat---tc 421  Q
    ||||||||   |||  ||  |   |||||   |   | |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||   ||    
T  10347748 ctgttggaaagagctcatgttttgttggaggtacaacataggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctc 10347649  T
Q  422 ctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttcttccctgttgatacttgt---aagaaggagaatcgtacaagcaaga 514  Q
    ||||| |  ||||| ||||||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||||||||| | ||   ||||||||||||| | |||||||||    
T  10347648 ctaatatgaatgaaactatgttttgtgttggaagtcttgtcccaccttccttccctgttgataatcgtaggaagaaggagaatcatccaagcaaga 10347553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 29 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 10372109 - 10371686
Alignment:
Q  29 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagtt 128  Q
    |||||| |||| ||||||||  ||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||| |||   ||||||| |||||      |||||||   ||||    
T  10372109 ttaattctcgcgtttaacctatcacttgagactttcaatgaggttcctctccctgatgaactag---gtgaagaagttaa------tagtaat---agtt 10372022  T
Q  129 ttaaaattcgtgttgctgtttg-ggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctag 227  Q
    || ||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||| ||||| ||||| || |||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  10372021 ttgaaattcgtgttgctgttttaggagggtgtctttgtatgactgtggattataaaactactaacgttgatatttgggtgatgaaagaatatggttctag 10371922  T
Q  228 tgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggtt 327  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   || ||||||||| | |||||| || || ||||||||| |||||||| | ||||||    
T  10371921 agatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcaagtttgggtttacctttggaatctttgagacccttgtgttattctcgtgatggaaggaaggtt 10371822  T
Q  328 ctgttggaagcaaatcctaacttg-----gataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcc 422  Q
    || ||||||| | ||| |   |||     | || ||  | | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  10371821 cttttggaaggagatcatgttttgttggaggtacaa--cattggaagctgttttggtatgatttgaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaaattc 10371724  T
Q  423 taattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttg 460  Q
    |||||| ||||| |||||| ||| |||||| |||||||    
T  10371723 taatttggatgatgctatggtttgtgttggtagtcttg 10371686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 366 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 9328542 - 9328260
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatca 465  Q
    ||||||||||| ||||||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| | |||||||| |||||||||||||| | ||    
T  9328542 gaagctgtttttgtatgattttaggagtgcacaagttagttatgttgaaggaattcctgatttccatgatgttatgttttctgttggaagtcttgtacca 9328443  T
Q  466 cctttcttccctgttgata---cttgtaagaaggagaatcgtacaagcaagaccaagagaaggtact--tattgattatgagnnnnnnnnnnngagtttt 560  Q
    |||| ||||||||||||||   || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||           |||||||    
T  9328442 ccttccttccctgttgataattctaggaagaaggagaatcgtacaagcaagagcaagagaaggtacttcttttgattatgag-----ttttttgagtttt 9328348  T
Q  561 tgctatgtttaagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattctta 646  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||  || |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  9328347 tgctatgtataagttgatgtcaattcaatggacccgtcatatgatatatgaagttaaactctatgctaaaggtcaaattgaattctta 9328260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 366 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 9320925 - 9320626
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatca 465  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| || |||||||| ||||||||||||||   ||    
T  9320925 gaagctgttttggtatgatttgaagagtgcacaagttagttatgttgaaggaattcctgatttccatggagttatgttttgtgttggaagtcttgtccca 9320826  T
Q  466 cctttcttccctgttgatacttgt---aagaaggagaatcgtacaagcaagaccaagagaaggtact--tattgattatgagnnnnnnnnnnngagtttt 560  Q
    |||| |||||||||||||| || |   ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  | ||||||||              |||||||    
T  9320825 ccttccttccctgttgataattctaagaagaaggagaatcgtacaagcaagagcatgagaaggtacttgttttgattat---actagttttttgagtttt 9320729  T
Q  561 tgctatgtttaagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaag 658  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||||| |||||||    
T  9320728 tgctatgtattagttgatgtcaattcaatggacccatcatatgatatattaagttaaactctatgctataggtcaaattgaatttttattatcggacaag 9320629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 111 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 9328780 - 9328572
Alignment:
Q  111 ataatagtaatgggagttttaaaattcgtgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgat 209  Q
    |||||||||||  ||||||| |||||  ||||| ||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  9328780 ataatagtaataagagttttgaaattgatgttgatgttttgggagggtgtctttgcatgactttgaattatgaaactactgaaattgatgtttgggtgat 9328681  T
Q  210 gaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattct 309  Q
    |||| | ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| | | ||||||||| ||| ||||||      
T  9328680 gaaacaatatggatatagagatagttggtgtaaactttttactatggttaaatcgtgtttccatttacctttgaaatctttgaggcctttaggttatttg 9328581  T
Q  310 agtgatgga 318  Q
    |||||||||    
T  9328580 agtgatgga 9328572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 10353360 - 10353085
Alignment:
Q  29 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagtt 128  Q
    |||||| |||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |   |||| |||||      ||||||   |||||    
T  10353360 ttaattctcgcgtttaacctaacacttgagactttcaatgaggttcctcttcctgatgaaatagagg---aagaagttaa------tagtaa---gagtt 10353273  T
Q  129 ttaaaattcgtgttgctg-tttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctag 227  Q
    |||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||  |||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  10353272 ttaaaattcgtgttgctgctttaggagggtgtctttgtatgattgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtag 10353173  T
Q  228 tgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgat 315  Q
     || ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||| ||| ||||||| | | ||||||||  ||| ||||||| ||||||    
T  10353172 agagagttggtgtaaactttttactgtggttaaatcttctttcgatttacctttgcaatctttgaggcttttaggttattcgagtgat 10353085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 366 - 660
Target Start/End: Original strand, 9284389 - 9284681
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatca 465  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||||   ||    
T  9284389 gaagctggtttggtatgatttgaagagtgagcaagttatttatgttgaaggaattcctaatttggatgaagctatgatttgtgttgaaagtcttgtgcca 9284488  T
Q  466 cctttcttccctgttgata---cttgtaagaaggagaatcgtacaagcaagaccaagagaaggtacttattgattatgagnnnnnnnnnnngag-ttttt 561  Q
    |||| ||||||||||||||   || |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| || ||  |||            ||| |||||    
T  9284489 ccttccttccctgttgataattctagtaagaaggagaatcgtttaagcaagagcaagagaaggtacttctttat--tga------ttatctgagtttttt 9284580  T
Q  562 gctatgtttaagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaagg 659  Q
    ||| ||| |||||| || | |||| |||||  |||||||||||| |||||||||||||| |||   |||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  9284581 gctttgtataagttaattttagtttaatggacccatcatataatttatgtagttaaactttatattaaaggtcaaattgaattcttattatcggacaagg 9284680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 115 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 10336021 - 10335866
Alignment:
Q  115 tagtaatgggagttttaaaattcgtgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaa 213  Q
    |||||||| |||||||||||||  | ||||||||| ||| |||||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10336021 tagtaatgagagttttaaaatttctattgctgttttgggagggtgtctttgtttgcctgtgaattatcaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaa 10335922  T
Q  214 gactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgttt 269  Q
    || ||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10335921 gaatatggctgtagagatagttggtgtaaacattttactttggttaaatcgtgttt 10335866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 111 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 9321160 - 9320955
Alignment:
Q  111 ataatagtaatgggagttttaaaattcgtgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgat 209  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||  ||||| ||||| ||| ||||||||||||||| ||    |||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||    
T  9321160 ataatagtaatgagagttttgaaattgatgttgatgttttgggagggtgtctttgcatgactt---attacgaaactacaaaagttgatgtttgggtgat 9321064  T
Q  210 gaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattct 309  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||| | | ||||||||| ||| |||||||     
T  9321063 gaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttactatggttaaatcgtgttacgatttacctttgaaatctttgaggcctttaggttattcg 9320964  T
Q  310 agtgatgga 318  Q
    |||||||||    
T  9320963 agtgatgga 9320955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 23 - 530
Target Start/End: Original strand, 12018761 - 12019254
Alignment:
Q  23 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatg 122  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||  | || ||| |||| || |||||||      ||| | |     
T  12018761 cctttgttaattgtcgcatttaacctcacactcgatattttcaatgaggttcctcttcctactaaaataggaggtaaaaaggttaa------taggagta 12018854  T
Q  123 ggagttttaaaattcgtgttgctg-tttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatg------aagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaaga 215  Q
      |||||| |||||  |||||||| |||||| |||||||||||  ||  | ||||||||       ||  |||||| || | ||||||||||||||||||    
T  12018855 taagttttcaaattgctgttgctgatttgggagggtgtctttgtttgattatgaattatcgaaatcaaattactaagataggtgtttgggtgatgaaaga 12018954  T
Q  216 ctatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgat 315  Q
     ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||  || ||||||    |||||||| || ||| ||||||| ||||||    
T  12018955 atatggatgtagagatagttggtgtaaactttttactttgatggaatcgtgtttcgttttaccttttagatttttgagccctttaggttattcgagtgat 12019054  T
Q  316 ggaggtaaggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaag 415  Q
    |||   |||||| ||||||| | ||||| |||  ||                  ||| ||||||||||| | |||||| | |||||||||||||||||||    
T  12019055 ggaaaaaaggttttgttggatgtaaatcataatatg------------------ctggtttggtatgatttgaagagtcagcaagttagttatgttgaag 12019136  T
Q  416 gaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttcttcc---ctgttgatacttgtaagaaggagaatcgtacaagcaa 512  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||| | |||||| ||| |   ||| ||||| |  || |||||||||||||||||| ||    
T  12019137 gaattcctaatttcgatgaagccatgatttgtgttggaagtcttgtaccaccttccttacctgctgatgataatcatacgaaggagaatcgtacaagaaa 12019236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 336
Target Start/End: Original strand, 7115518 - 7115832
Alignment:
Q  23 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatg 122  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| | ||||||| | || ||||||    
T  7115518 ccttgtttaattgtcgcgtttaacctaacacttgagcgtttcattgaggttcctcttcctgatgaattaggaggtgaaaaagttaacagtgatggtaatg 7115617  T
Q  123 ggagttttaaaattcgtgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgg 221  Q
    | |   || || ||  | ||||||||| ||| ||||||||||| |||  ||||||||||  | |||||||||  |||||||||||||||||| | |||||    
T  7115618 gta---ttgaactttctattgctgttttgggagggtgtctttgtatgattgtgaattatagaactactaaaacagatgtttgggtgatgaaacaatatgg 7115714  T
Q  222 atctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttg--gac-tttttgaggccgttatgttattctagtgatgga 318  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| | |||||   || |  || ||||| ||| |||||||||||||||||    
T  7115715 atctagagacagctggtgtaaactttttacattggttaattcgtgtttcgatttatctttgattacatggttcaggcctttaggttattctagtgatgga 7115814  T
Q  319 ggtaaggttctgttggaa 336  Q
     | |||||||| ||||||    
T  7115815 agcaaggttctattggaa 7115832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 139 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 16269242 - 16269098
Alignment:
Q  139 tgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttgg 237  Q
    ||||||||||| ||| || |||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||    
T  16269242 tgttgctgttttgggaggatgtctttgtataactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaagagtatggatatagagatagttgg 16269143  T
Q  238 tgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttg 282  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  16269142 tgcaaactttttaccttggttaaatcgtgtttcacttcacatttg 16269098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 154 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 9274658 - 9274277
Alignment:
Q  154 gggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactt 253  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||||  |  |||| || |||| ||||||||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  9274658 gggtgtctttgtatgactttgaattatcgaaatactgaatttgaagtttgggtgatgaaagaatatggttctacagatagttggtgtaaactttttactt 9274559  T
Q  254 tggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatcct-----aac 348  Q
    || |  || | ||||||  |  |  ||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || |     |||    
T  9274558 tgatggaaccttgtttccttgtagatttggaaatttttaggcctttatgttattctagtgatggaagtaaggttctgttggaaggaattcatgtttcaac 9274459  T
Q  349 ttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatg 448  Q
      |||   || |  |||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||  ||| | ||||  |||  |    
T  9274458 --ggagggaaataataggaacctgatttggtatgatttgaagagtgaacaagttagttttgttaaaggaattcctaacttcaatggaactattatttggg 9274361  T
Q  449 ttggaagtcttgcatcacctttcttccctgttgata---cttgtaagaaggagaatcgtacaagcaagaccaagagaaggtact 529  Q
    |||||||| ||| | |||| | ||||||||||||||   || | ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  9274360 ttggaagttttgtaccaccctccttccctgttgataattctaggaagaaggagaatcatacaagcaagagcaagaaaaggtact 9274277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 366 - 530
Target Start/End: Original strand, 11987686 - 11987853
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatca 465  Q
    ||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||    
T  11987686 gaagctggtttggtatgatttgaagagtgaacaatttagttatgttgacggaattcctaaattcgatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtacca 11987785  T
Q  466 cctttcttccctgttgata---cttgtaagaaggagaatcgtacaagcaagaccaagagaaggtactt 530  Q
    || | ||||||||||||||   || | ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  11987786 ccctccttccctgttgataattctaggaagaaggggaatcattcaagcaagaccaagagaaggtactt 11987853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 171 - 329
Target Start/End: Original strand, 9284212 - 9284370
Alignment:
Q  171 tgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttc 270  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |||    
T  9284212 tgtgaattatcaaactactaaaattgacgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaaatttttactttggttaaatcacggttc 9284311  T
Q  271 aattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttct 329  Q
    | || || |||| | | ||||||||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  9284312 actttacgtttgaaatctttgaggcctttaggttattctagtgatggtagtaaggttct 9284370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 29 - 270
Target Start/End: Original strand, 12012431 - 12012667
Alignment:
Q  29 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagtt 128  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||| |||| ||  ||||||||||||||    ||||||||      |||    
T  12012431 ttaattgtcgcgtttaacctaacacttgagcttttcaatgaggttccatttcctgatgaaatatgaggtgaagaggttatttgtaatagta------gtt 12012524  T
Q  129 ttaaaattcgtgttgctg-tttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctag 227  Q
    || |||||  |||||||| |||||| ||||||||||| |||  ||||||| || || ||||||| |||||||| | |||||||||||| ||||| | ||     
T  12012525 ttgaaatttctgttgctgatttgggagggtgtctttgtatgattgtgaatcatcaaactactaagattgatgtattggtgatgaaagaatatggttgtaa 12012624  T
Q  228 tgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttc 270  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  12012625 agatagttggtgtaaactttttactttggtggaatcgtgtttc 12012667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 366 - 530
Target Start/End: Original strand, 12012751 - 12012915
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatca 465  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||    
T  12012751 gaagctggtttggtatgatttgaagagt---caagttagttatgttgaaggaattcctaatttcgatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtacca 12012847  T
Q  466 cctttcttccctgttgata---cttgtaagaaggagaatcgtacaagcaagaccaagagaaggtactt 530  Q
    || | ||||||||||||||   || | ||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  12012848 ccctccttccctgttgataattctaggaagaaggggaatcattcaagcaagagcaagagaaggtactt 12012915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 366 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 10335799 - 10335649
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatca 465  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||| ||| ||||||||||||||  |||    
T  10335799 gaagttgttttggtatgatttgaagagtgaacaaattagttatgttgaaggaattcctaatttggatgacactatgatttgtgttggaagtcttgtttca 10335700  T
Q  466 cctttcttccctgttgatacttgt---aagaaggagaatcgtacaagcaag 513  Q
    |||| ||| |||||||||| | ||   |||||| |||||||||||||||||    
T  10335699 ccttccttacctgttgataatcgtaggaagaagcagaatcgtacaagcaag 10335649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 29 - 255
Target Start/End: Original strand, 12006003 - 12006224
Alignment:
Q  29 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagtt 128  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||| |||||| |||| ||  ||||||||||||||       | ||||| ||||||    
T  12006003 ttaattttcgcgtttaacctaacacttgaggttttcaacgaggttccttttcctgatgaaataagaggtgaagaggttat------ttgtaatcggagtt 12006096  T
Q  129 ttaaaattcgtgttgctg-tttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctag 227  Q
    || |||||  |||||||| |||||| |||||||||||  ||  |||||||||| || ||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| | ||     
T  12006097 ttgaaattaatgttgctgatttgggagggtgtctttgtttgattgtgaattatcaaactactaagattgatgtatgggtgatgaaagaatatggttgtaa 12006196  T
Q  228 tgatagttggtgtaaactttttactttg 255  Q
     |||||||||||||||||||||||||||    
T  12006197 agatagttggtgtaaactttttactttg 12006224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 185 - 454
Target Start/End: Original strand, 8579523 - 8579792
Alignment:
Q  185 ctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttgga 284  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||| |   | ||||| ||||||  |||||||      
T  8579523 ctactaaggttgaggtttgggtgatgaaaaaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttacttttgaggattcgtgcttcaataaacctttgag 8579622  T
Q  285 ctttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgat 384  Q
     | ||||| ||| || ||||||||||||||| || |||| ||||||||||||| |||   |||  |  ||| |  |  || |||||||||||||||||||    
T  8579623 atctttgaagcctttgtgttattctagtgatagaagtaaagttctgttggaagtaaaaggtaatctctatagagattgtaagaagctgttttggtatgat 8579722  T
Q  385 ctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaa 454  Q
    ||||| |||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||    
T  8579723 ctcaaaagtgaagaagttacttgtgttcaaggaattcctaatttcaatgaaactatgatttatgttggaa 8579792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 366 - 530
Target Start/End: Original strand, 12006317 - 12006484
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatca 465  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||| |||  |||| |||||||| ||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||| |       
T  12006317 gaagctggtttggtatgatttgaagagtgaagaagttaattacattgagggaattccaaatttcgatgaagcgatgatttgtgttggaagtcttgtactg 12006416  T
Q  466 cctttcttccctgttgatacttgt---aagaaggagaatcgtacaagcaagaccaagagaaggtactt 530  Q
    |||| |||||||||||| | ||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12006417 ccttccttccctgttgagaattgtacgaagaaggagaatcgtacaagcaagagcaagagaaggtactt 12006484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 23 - 317
Target Start/End: Original strand, 11987366 - 11987655
Alignment:
Q  23 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaagg---tgaagaggttaacaataatagta 119  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||| |||||  |||| ||| |||   |||||||||||    |||||||     
T  11987366 cctttgttaattgtcgcatttaacctaacactcgaggttttcaatgaggttccttttcctcatgaaataggaggaggtgaagaggttac---taatagt- 11987461  T
Q  120 atgggagttttaaaattcgtgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagacta 218  Q
      |  |||||| |||||  ||||||||||| ||| |||||||||||  || |||||||| || |   |||||| |||||| |||||||||||||||| ||    
T  11987462 --gcaagttttgaaattgatgttgctgttttgggagggtgtctttgtttgactgtgaatcatca---tactaagattgatatttgggtgatgaaagaata 11987556  T
Q  219 tggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatgg 317  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||| |  |||||||||||  || ||||||| | | |||||| || ||  ||||||| ||||||||    
T  11987557 tggatgtagagatagttggtgtaaacttttcacattgatggaatcgtgtttcgttttacctttgaaatctttgagccctttgggttattcgagtgatgg 11987655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 373 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 10353045 - 10352885
Alignment:
Q  373 ttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttct 472  Q
    |||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||  ||||| ||| |||||||||||||| | |||||| ||    
T  10353045 ttttggtatgatttggagagtaaacaagttagttatgttcaagaaattcttaatttggatgacactatgatttgtgttggaagtcttgtaccaccttact 10352946  T
Q  473 tccctgttgatacttgt---aagaaggagaatcgtacaagcaagaccaagagaaggtactt 530  Q
    |||||||||||| | ||   ||| ||||||||| ||||||| ||| | ||| |||||||||    
T  10352945 tccctgttgataatcgtaggaagcaggagaatcctacaagcgagagcgagaaaaggtactt 10352885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 606 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 9291648 - 9291591
Alignment:
Q  606 atgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggattc 663  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9291648 atgtagttaaactctatgctaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggattc 9291591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 368 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 10341293 - 10341141
Alignment:
Q  368 agctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttat---gttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatc 464  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||| ||||| |||||| | | |||||||||| | | | |    
T  10341293 agctgttttggtatgatttggagagtgaacaagttagttattatgttgaaggaattcctgatttggatgatgctatgatgtgtgttggaagtatagtacc 10341194  T
Q  465 acctttcttccctgttgatacttgt---aagaaggagaatcgtacaagcaaga 514  Q
    |||||||||||||||||| | | ||   ||||||||||||| | |||||||||    
T  10341193 acctttcttccctgttgacaatcgtaggaagaaggagaatccttcaagcaaga 10341141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 366 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 9364571 - 9364436
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatca 465  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||| |  ||||  ||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||||| ||||||| | ||    
T  9364571 gaagctgttttggtacgatctcaagagtgaaaacgttactagtgttccaggaattcctaatatgaatgaagctatgatttgtgttggtagtcttgtacca 9364472  T
Q  466 cctttcttccctgttgatacttgtaagaaggagaat 501  Q
    ||||  || |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  9364471 ccttctttacctgttgataattgtaggaaggagaat 9364436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #32
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 557 - 656
Target Start/End: Original strand, 9295026 - 9295127
Alignment:
Q  557 tttttgctatgtttaagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattatagga 654  Q
    |||||||| ||| |||||| || | |||| |||||  |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9295026 tttttgctttgtataagttaattttagtttaatggacccatcatataatttatgtggttaaactctatgctaaaggtcaaattgaattcttattatagga 9295125  T
Q  655 ca 656  Q
    ||    
T  9295126 ca 9295127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #33
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 147 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 9364772 - 9364662
Alignment:
Q  147 tttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactt 246  Q
    |||||| ||||||||| | |||  |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||  |  ||||||||||||||| |     
T  9364772 tttgggagggtgtcttagtatgattgtgaattatcaaactactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggattaaaagatagttggtgtaaattg 9364673  T
Q  247 tttactttggt 257  Q
    |||||||||||    
T  9364672 tttactttggt 9364662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #34
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 564 - 683
Target Start/End: Original strand, 12012925 - 12013041
Alignment:
Q  564 tatgtttaagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggat 661  Q
    ||||| |||||| || ||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12012925 tatgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatatgatatatgtagttagactccatgttaaaggtcaaattgaattcttattataggacaaggat 12013024  T
Q  662 tcgattctctaattactttgaa 683  Q
    |     ||||||||||||||||    
T  12013025 t-----ctctaattactttgaa 12013041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #35
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 602 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 9274276 - 9274190
Alignment:
Q  602 atatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggattcgattctctaattactttgaatctacctttg 693  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||    
T  9274276 atatatgtagttaaactttatgctaaaggtcatgttgaattcttattataggacaaggattca-----ctaattactttgaatctacctttg 9274190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #36
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 363 - 428
Target Start/End: Original strand, 7115841 - 7115906
Alignment:
Q  363 taggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattt 428  Q
    |||||||||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  7115841 taggaagctggtttggtatgatttgaagagcgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaattt 7115906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #37
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 564 - 662
Target Start/End: Original strand, 11987863 - 11987963
Alignment:
Q  564 tatgtttaagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggat 661  Q
    ||||| |||||| || ||| ||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11987863 tatgtataagttaatatcaattcaatggacccatcatgtgatatatgtagttaaactttatgttaaaggtcaaattgaattcctattataggacaaggat 11987962  T
Q  662 t 662  Q
    |    
T  11987963 t 11987963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #38
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 9292182 - 9292098
Alignment:
Q  23 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggtta 107  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| | |||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  9292182 ccttgtttcattgtcgcttttaacctaacacttgagactttcaatgtggttccttttcctgctgaaatagaaggtgaagaggtta 9292098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #39
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 366 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 16269011 - 16268952
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaa 425  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16269011 gaagttgttttggtatgatttgaagagtgaacgagttagttatgttgaaggaattcctaa 16268952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #40
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 16269331 - 16269260
Alignment:
Q  29 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaa 100  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  16269331 ttaatcgtcgcgtttaacctaacacttgagattttcaacgaggttcctcttcctgctgaattacaaggtgaa 16269260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #41
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 29 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 9321221 - 9321167
Alignment:
Q  29 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 83  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9321221 ttaattgttgcatttaacctaacacttgaaattttcaatgtggttcctcttcctg 9321167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #42
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 554 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 10371603 - 10371502
Alignment:
Q  554 gagtttttgctatgtttaagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattata 651  Q
    ||||||||| | ||| |||||| || ||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||| |||    
T  10371603 gagtttttgttgtgtataagttaatatcagttcaatggatccatcatattatatatgcagttaaactctgtgttaaaggtcaaattgaattcttatcata 10371504  T
Q  652 gg 653  Q
    ||    
T  10371503 gg 10371502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #43
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 633 - 683
Target Start/End: Original strand, 19393258 - 19393308
Alignment:
Q  633 aaattgaattcttattataggacaaggattcgattctctaattactttgaa 683  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19393258 aaattgaattcttattataggaaaaggattagattctctaattactttgaa 19393308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #44
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 415 - 530
Target Start/End: Original strand, 7115917 - 7116035
Alignment:
Q  415 ggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttcttccctgttgatacttgta---agaaggagaatcgtacaagca 511  Q
    ||||||| ||||||  ||| |||| || ||| | ||| ||| |||| | |||||| |||||||||||||| |||||   |||||||||||| ||||||||    
T  7115917 ggaattcgtaatttgaatggagctttgatttgttttgaaagccttgtaccaccttccttccctgttgataattgtaggaagaaggagaatcatacaagca 7116016  T
Q  512 agaccaagagaaggtactt 530  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  7116017 agagcaagagaaggtactt 7116035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #45
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 443 - 530
Target Start/End: Original strand, 9294916 - 9295006
Alignment:
Q  443 tttatgttggaagtcttgcatcacctttcttccctgttgatactt---gtaagaaggagaatcgtacaagcaagaccaagagaaggtactt 530  Q
    ||||||||| |||||| | | |||||| |||||||||||||| ||   |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||    
T  9294916 tttatgttgaaagtctcgtagcaccttccttccctgttgataattctagtaagaaggagaatcgtttaagcaagagcaagagaaggtactt 9295006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #46
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 592 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 9364341 - 9364273
Alignment:
Q  592 ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaagga 660  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||   |||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  9364341 ccatcatatgatatatgtacttaaactctatattaaaggtcaaatggaattcttattataggacaagga 9364273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #47
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 173 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 7612057 - 7611974
Alignment:
Q  173 tgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttgg 256  Q
    ||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||  |  ||||||||||||||| | ||||||||||    
T  7612057 tgaattatgaaactattaagtttgatgtttgggtgatgaaagaatatggattaaaagatagttggtgtaaattgtttactttgg 7611974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #48
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 592 - 663
Target Start/End: Original strand, 8573934 - 8574007
Alignment:
Q  592 ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttat--tataggacaaggattc 663  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||   |||||||||||||||    
T  8573934 ccatcatatgatatatgtggttaaactctatgctaaaggtcaaattaaattcttatcacataggacaaggattc 8574007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #49
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 354
Target Start/End: Original strand, 8576459 - 8576549
Alignment:
Q  264 gtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatcctaacttggat 354  Q
    |||||||| || | |||||||  |||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  8576459 gtgtttcactttatctttggatcttttaaggcctttatgttattcaagtgatagaggtaaggttttgttgcaagtaaatcttaacttggat 8576549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #50
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 9328841 - 9328787
Alignment:
Q  29 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 83  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9328841 ttaattgttgcgtttaacctaacacttgaaattttcaatgtggttcctcttcctg 9328787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #51
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 9274766 - 9274706
Alignment:
Q  23 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 83  Q
    ||||| |||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  9274766 ccttgtttaattgttgcgtttaacctaacacttgatattttcaatgtggttcctcttcctg 9274706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #52
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 173 - 256
Target Start/End: Original strand, 17566107 - 17566190
Alignment:
Q  173 tgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttgg 256  Q
    |||||||| || |||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||| |||||||||| | ||||| ||||    
T  17566107 tgaattatcaaactactaatgttgatgtttgggtgattaaagaatatggatttagagataattggtgtaaattgtttaccttgg 17566190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #53
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 555 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 9272410 - 9272311
Alignment:
Q  555 agtttttgctatgtttaagttgatgtcagttcaatg--gccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattatag 652  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||   ||||||||| || | || | |||||| | |||| ||||||  |||||||||||||||||||    
T  9272410 agtttttgctatgtataagttaatgtcagtttaatgaacccatcatatgatctttgcaattaaacccaatgctaaaggtctaattgaattcttattatag 9272311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #54
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 29 - 83
Target Start/End: Original strand, 9284075 - 9284129
Alignment:
Q  29 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 83  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||    
T  9284075 ttaattgtcgcgtttaacctaacactagaggttttcaaagaggttcctcttcctg 9284129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #55
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 286 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 10335861 - 10335811
Alignment:
Q  286 tttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaa 336  Q
    ||||||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||    
T  10335861 tttttgaggcctttaggttattgtagtgatggaagtaaggttctattggaa 10335811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #56
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 51 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 10336064 - 10336027
Alignment:
Q  51 cacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaa 88  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10336064 cacttgagattttcaatgaggttcctcttcctgatgaa 10336027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #57
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 7612201 - 7612153
Alignment:
Q  32 attgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttc 80  Q
    |||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||    
T  7612201 attgtcgcttttaaccttacacaagagattttcaatgaggttcctcttc 7612153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 1)
Name: scaffold0667
Description:

Target: scaffold0667; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 30 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 4727 - 4098
Alignment:
Q  30 taattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacaataatagtaatgggagttt 129  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||  |  |||||||||||      |   ||||  ||| |    
T  4727 taattgtcgcttttaacctaacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgacgaaataggtgaagaagaggttaa------ttcaaatgacagtgt 4634  T
Q  130 taaaattcgtgttgctg-tttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagt 228  Q
    | |||||  |||||||| |||||| || |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  |      
T  4633 tgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaa 4534  T
Q  229 gatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttc 328  Q
    |||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||| ||||| |||| | | || ||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4533 gatagttggtgtaaactttttactatgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtcctttatgttattctagtgatggaagtaaggttc 4434  T
Q  329 tgttggaagcaa---atcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaa 425  Q
    || | |||| ||   |   |   |||||      || || ||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||   ||||| ||||||| |    
T  4433 tgattgaaggaattgaggttttgttggaggtgcatcataagaagctgttttggtatgatttgaagactgaacaagttagtta---tgaagaaattcctga 4337  T
Q  426 ttttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttcttccctgttgata---cttgtaagaaggagaatcgtacaagcaagaccaagaga 522  Q
    |||  ||| ||||| | ||| |||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||   || ||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |    
T  4336 tttcaatggagctaagatttgtgttggaagtcttgtaccaccttcctttcctgttgataattctagtaagaaggagaatcatacatgcaagagcaagaaa 4237  T
Q  523 aggtacttattgattat-gagnnnnnnnnnnngagtttttgctatgtttaagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactc 619  Q
    ||||||||||||||||| |||            |||||||||| ||| |||||| || || |||||||||  ||||||||| || ||| |||||||||||    
T  4236 aggtacttattgattatcgagttttttc-----agtttttgctgtgtataagttaatatctgttcaatggacccatcatatgatttatttagttaaactc 4142  T
Q  620 tatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggattc 663  Q
    | ||| |||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4141 tgtgctaaaactcaaattgaattcttattataggaaaaggattc 4098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 139 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 37462645 - 37462244
Alignment:
Q  139 tgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaag---ctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagt 234  Q
    ||||||||||| ||| || |||||||| ||| ||||||||||| ||    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  37462645 tgttgctgttttgggaggctgtctttgtatgactgtgaattataaaaaaactactaaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagt 37462546  T
Q  235 tggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttgg 334  Q
    ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  37462545 tggtgtaaactttgtactgtggataaatcgtgtttcacttcacctttgaaatctttgaggcctttatgttattctagtgatggaagtaaggttttgttgg 37462446  T
Q  335 aagcaaatc---ctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttga 431  Q
    |||  | ||    |   ||| |   |  ||  || ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |    
T  37462445 aaggcattcaggttttgttgaaggtagatcacagaaagctgttttggtatgattggaagagtgaacaagttagttatattgaaggagttcctaatttgaa 37462346  T
Q  432 tgaa---gctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttcttccctgttgatacttgt---aagaaggagaatcgtacaagcaagaccaagagaagg 525  Q
    || |   |||||| ||| ||||| |||||||| |||||||   ||||||||||||| ||||   ||||||||| |  | |||||||||| ||||||||||    
T  37462345 tggagctgctatgatttgtgttgaaagtcttgtatcacctcctttccctgttgataattgtaggaagaaggaggacaggacaagcaagagcaagagaagg 37462246  T
Q  526 ta 527  Q
    ||    
T  37462245 ta 37462244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 194 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 39427740 - 39427594
Alignment:
Q  194 ttgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggt---taaatcgtgtttcaattcacctttggacttttt 290  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||| | |||||||| ||     ||| ||||||||||||||||||    | |||    
T  39427740 ttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatatagatatagttggtgtaaattgtttacttttgtaggggaatggtgtttcaattcacctttaatgtcttt 39427641  T
Q  291 gaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaag 337  Q
    || ||| ||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||    
T  39427640 gaagcctttatgttattccagtgatagaagtaaagttctgttggaag 39427594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 554 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 37462235 - 37462123
Alignment:
Q  554 gagtttttgctatgtttaagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaa-ggttaaattgaattcttattat 650  Q
    ||||||||| ||||| ||||||  ||| |||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  37462235 gagtttttgttatgtataagtttctgttagttcattggacccatcatatgatatatgtagttaagttctatgctaaaaggtcaaattgaattcttgttat 37462136  T
Q  651 aggacaaggattc 663  Q
    |||||||||||||    
T  37462135 aggacaaggattc 37462123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 88
Target Start/End: Complemental strand, 37462743 - 37462684
Alignment:
Q  29 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaa 88  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||||||| ||||||    
T  37462743 ttaattttcgcatttaacctaacatttgagatttttaacgaggttcctcttccggttgaa 37462684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 103; Significance: 7e-51; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 194 - 502
Target Start/End: Original strand, 41966750 - 41967043
Alignment:
Q  194 ttgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgag 293  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| | |  ||| |    
T  41966750 ttgatgtttgggtgatgaaagaatatcgatctagagatagctggtgtaaactttttactttggttaaatcttgtttcacttcatctttgaaatccttggg 41966849  T
Q  294 gccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagt 393  Q
    |   ||| ||| |||||| |||||| | |||||||||||| ||| || |  | | |||               || ||||||||||||||| | ||||||    
T  41966850 ggttttaggttgttctagcgatggaaggaaggttctgttgcaaggaattaatgatttg---------------aaactgttttggtatgatttgaagagt 41966934  T
Q  394 gaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttcttccctgttgatacttgtaaga 493  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  41966935 gaacaaattacttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagccatgttttgtgttggaagtcttgtaccaccttccttccctgttgttaattgtaaga 41967034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 592 - 654
Target Start/End: Original strand, 41967140 - 41967202
Alignment:
Q  592 ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattatagga 654  Q
    |||||||| |||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  41967140 ccatcatacaatacatgtacttaaactctatgttaaaggttaaattgaattcttattatagga 41967202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 23 - 88
Target Start/End: Original strand, 41966602 - 41966667
Alignment:
Q  23 ccttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgttgaa 88  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  41966602 ccttgtttaattgtcgcgtttaacctaacacttgagattttcaaccaggttcctcttcctgctgaa 41966667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 124 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 29423433 - 29423097
Alignment:
Q  124 gagttttaaaattcgtgttgctgtt-tgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgga 222  Q
    ||||||| ||||| ||||||| ||| |||  ||||| ||||| ||| ||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  29423433 gagttttgaaattggtgttgcggttctggaagggtgcctttgtatgactgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttggctgatgaaagaatatgga 29423334  T
Q  223 tctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggta 322  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||  | ||||||| |   ||||||||  |||  |||||| || ||||||||||    
T  29423333 tgtagagatagctggtgtaaactttttactttggcagaatcgtgtttcaccttacctttgaaagctttgaggcttttagcttattcgagcgatggaggta 29423234  T
Q  323 aggttctgttggaagcaaatcctaacttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcc 422  Q
     |||||||||| ||| | ||||| |                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  29423233 tggttctgttgcaagtagatcctga------------------gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttcaaggaattcc 29423152  T
Q  423 taattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatcacctttcttccct 477  Q
    |||||| ||| |||| ||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  29423151 taatttcgatcaagccatgatttgtgttggaagtcttgtatcaccttccttccct 29423097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 124 - 337
Target Start/End: Original strand, 29467754 - 29467968
Alignment:
Q  124 gagttttaaaattcgtgttgctgttt-gggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgga 222  Q
    |||||||||||||  |||||| |||| ||| ||||||||||   ||  |||||||||| || ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  29467754 gagttttaaaattgatgttgcggttttgggagggtgtctttagttgattgtgaattatcaaactagtaaaattgatgtttggttgatgaaagaatatgga 29467853  T
Q  223 tctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggta 322  Q
    | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  ||||| | ||||||||| ||| ||||||| || |||||| |||    
T  29467854 tgtagagatagttggcgtaaactttttactttggttagatcgtgtttcactttacagttggaatctttgaggcctttaggttattcgagcgatggaagta 29467953  T
Q  323 aggttctgttggaag 337  Q
     ||||||||| ||||    
T  29467954 tggttctgtttgaag 29467968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 366 - 460
Target Start/End: Original strand, 29453503 - 29453597
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttg 460  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  29453503 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttgtgttgaaggaattcctaatttcgatcaagctatgatttgtgttggaagtcttg 29453597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 154 - 282
Target Start/End: Original strand, 29443326 - 29443454
Alignment:
Q  154 gggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactt 253  Q
    ||||||||||| |||  |||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  29443326 gggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttactt 29443425  T
Q  254 tggttaaatcgtgtttcaattcacctttg 282  Q
    ||| | |||||||||||| || |||||||    
T  29443426 tggctgaatcgtgtttcagtttacctttg 29443454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 366 - 477
Target Start/End: Original strand, 29467979 - 29468090
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattcctaattttgatgaagctatgttttatgttggaagtcttgcatca 465  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||    
T  29467979 gaagttgttttggtatgatctcaagagtgaacatgttaattatgttgaaggaattcctaatttgaatgaagctatgatttgtgttggaagtcttgtacca 29468078  T
Q  466 cctttcttccct 477  Q
    |||| |||||||    
T  29468079 ccttccttccct 29468090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 124 - 337
Target Start/End: Original strand, 29453278 - 29453492
Alignment:
Q  124 gagttttaaaattcgtgttgctgtttgggt-gggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgga 222  Q
    ||||||| ||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||| |||  |||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  29453278 gagttttgaaattggtgttgcggttttggaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatgga 29453377  T
Q  223 tctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggta 322  Q
    | ||| ||||| |||||| |||||||||||||||   |||| ||||||| || ||||||| |   |||| |||| |||  |||||| || |||||| |||    
T  29453378 tgtagagatagctggtgtgaactttttactttggcggaatcatgtttcattttacctttgaaaactttgtggcctttagcttattcgagcgatggaagta 29453477  T
Q  323 aggttctgttggaag 337  Q
     ||||||||||||||    
T  29453478 tggttctgttggaag 29453492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 366 - 424
Target Start/End: Original strand, 29443520 - 29443578
Alignment:
Q  366 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  29443520 gaagctgttttggtatgatctcaagagtgaatgtgttagttatgttgaaggaattccta 29443578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 554 - 683
Target Start/End: Original strand, 29453664 - 29453789
Alignment:
Q  554 gagtttttgctatgtttaagttgatgtcagttcaatgg--ccatcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattata 651  Q
    ||||||||||| ||| |||||| || |||||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||  ||| || |||||||||||||||||||    
T  29453664 gagtttttgctctgtataagttaatttcagttcaatagatccatcatatgatatatgcagttaaactttatgttaaaagt-aaattgaattcttattata 29453762  T
Q  652 ggacaaggattcgattctctaattactttgaa 683  Q
    | |||||||||     ||||||||||||||||    
T  29453763 gaacaaggatt-----ctctaattactttgaa 29453789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 83
Target Start/End: Original strand, 29443217 - 29443269
Alignment:
Q  31 aattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 83  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||    
T  29443217 aattgtcgcgtttaacctaacactcgagattttcaatgaggttccttttcctg 29443269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 83
Target Start/End: Original strand, 29467669 - 29467728
Alignment:
Q  24 cttggttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 83  Q
    |||| |||||| |||| |||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29467669 cttgtttaattatcgcgtttaacctaaagcttgagattttcaatgaggttcctcttcctg 29467728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 597 - 663
Target Start/End: Original strand, 29468200 - 29468265
Alignment:
Q  597 atataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggattc 663  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| |   |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29468200 atatgatatatgcagttaaactctgtta-aaaggtcaaattgaattcttattataggacaatgattc 29468265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 594 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 29423034 - 29422966
Alignment:
Q  594 atcatataatatatgtagttaaactctatgccaaaggttaaattgaattcttattataggacaaggattc 663  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||| |   |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  29423034 atcatatgatatatctagttaaactctgtta-aaaggtcaaattgaattcttattatatgacaatgattc 29422966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 29423512 - 29423459
Alignment:
Q  30 taattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctg 83  Q
    ||||||| || |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  29423512 taattgttgcgtttaacctaacacatgagattttcaatgaggttccttttcctg 29423459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 98; Significance: 7e-48; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 147 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 45243843 - 45243555
Alignment:
Q  147 tttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactt 246  Q
    |||||| | ||||||||| |||  |||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||    
T  45243843 tttgggagagtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaatgaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatatttggtgtaaactt 45243744  T
Q  247 tttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatcct- 345  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| || |||| |||||||||| | |||||| |     
T  45243743 tttactttggttaaatcgtgtttcaattttcatttggaatctttgaggcctttatgttattcgagtgatcgaagtaaagttctgttggtaacaaatcatg 45243644  T
Q  346 -aa---------cttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
     ||          ||| ||  |  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||    
T  45243643 caagttacttgtattgtatgtacatcctaggaagctgttttggtatgatctcaacagtgaacaacttacttatgttcaaggaattccta 45243555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 185 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 45238056 - 45237811
Alignment:
Q  185 ctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttgga 284  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  | | || |    
T  45238056 ctactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttagttgaatcgtgtttcaattttcatctgaa 45237957  T
Q  285 ctttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatc------ctaacttggataaaactcttaggaagctgttttgg 378  Q
     || |||||||| ||||||||||| || ||| || |||| |||||||||| | ||||||      ||| | ||  |  || || ||||||| ||||||||    
T  45237956 attgttgaggcctttatgttattcaagcgatcgaagtaaagttctgttggtaacaaatcatgcaactagcatgtctgcaaatcctaggaagttgttttgg 45237857  T
Q  379 tatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||    
T  45237856 tatgacctcaagaatgaacaagttatttatgttcgaggaattccta 45237811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 156 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 45230570 - 45230293
Alignment:
Q  156 gtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatg---tttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttact 252  Q
    ||||||||| |||  |||||||||| || ||| |||||||||||   |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45230570 gtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaataaaattgatgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttact 45230471  T
Q  253 ttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaagcaaatc------cta 346  Q
    |||||||||||||| |||||||  | |||||  | |||||| || ||||||||||| ||||||  | |||| || ||||||| | ||||||       |     
T  45230470 ttggttaaatcgtggttcaattttcatttggtatctttgagacctttatgttattcgagtgatcaacgtaaagtactgttggcaacaaatcatgcaagtt 45230371  T
Q  347 acttggataaaactcttaggaagctgttttggtatgatctcaagagtgaacaagttagttatgttgaaggaattccta 424  Q
    |||||  |  || || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  45230370 acttgtttgtaaatccttggaagctgttttggtatgatttcaagagtgaacaagttactcatgttcaaggaattccta 45230293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 124 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 26575029 - 26574882
Alignment:
Q  124 gagttttaaaattcgtgttgctg-tttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatgga 222  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26575029 gagttttaaaattcgtgttgctgatttaggagggtgtctttgtatgactgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatgga 26574930  T
Q  223 tctagtgatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttc 270  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  26574929 tgtagagatagttggtgtaaactttttactgtggttaaatcgtgtttc 26574882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 185 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 561328 - 561273
Alignment:
Q  185 ctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgt 240  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||    
T  561328 ctactaaggttgatgtttgggtaatgaaagaatatggatttagagatagttggtgt 561273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 189 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 36224520 - 36224454
Alignment:
Q  189 taaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagtgatagttggtgtaaactttttactttg 255  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| | |||||||||    
T  36224520 taaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttactttg 36224454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University