View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12987_high_2 (Length: 720)

Name: NF12987_high_2
Description: NF12987
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12987_high_2
NF12987_high_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (7-704)||(8892887-8893584)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 686; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 686; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 704
Target Start/End: Original strand, 8892887 - 8893584
Alignment:
Q  7 gtgagaagaacgaaggaccctgtcgtggagaagcgagctaaggtggaagctttcagagcaaaggctgaagaagagaagatcaagcatgaaaaggcggtga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8892887 gtgagaagaacgaaggaccctgtcgtggagaagcgagctaaggtggaagctttcagagcaaaggctgaagaagagaagatcaagcatgaaaaggcggtga 8892986  T
Q  107 gtgttacgaggtcaatgacactgaataacttgcaaatgggctgtcctcaagtttttcaagggattgtagggttttcaagtgtgtgcatggaggcttttga 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8892987 gtgttacgaggtcaatgacactgaataacttgcaaatgggctgtcctcaagtttttcaagggattgtagggttttcaagtgtgtgcatggaggcttttga 8893086  T
Q  207 atctgtatacaacaaagccaaagttgccgaacaggagcgtgatgtgaagagaatattaccttaggaaaattgacatggatctgtatagatgatcaatcac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8893087 atctgtatacaacaaagccaaagttgccgaacaggagcgtgatgtgaagagaatattaccttaggaaaattgacatggatctgtatagatgatcaatcac 8893186  T
Q  307 ccttttgcctaatgatcggtagattgcaatgtagcactggattgaagtcatgtccgacaatgactcaacacccacacatgtagtttacattaaaatattt 406  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8893187 ccttttgcgtaatgatcggtagattgcaatgtagcactggattgaagtcatgtccgacaatgactcaacacccacacatgtagtttacattaaaatattt 8893286  T
Q  407 cacattttcaaacgattaccggtgtccatgtgtgagtgttgtgtccatgtccgtgccagagcttcatggatagattgtatttatttatttccacctagta 506  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8893287 cacattttcaaacgattaccggtgtccatgtgtgagtgttgtgtccatgtccgtgccagagcttcatggatagattgtatttatttatttacacctagta 8893386  T
Q  507 atatcatgaaacttgatacctgatgctcctgcaacccaactgcaatggaggcgaatggaagagtgaaatatattttccttttgttattccagtcatacat 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8893387 atatcatgaaacttgatacctgatgctcctgcaacccaactgcaatggaggcgaatggaagagtgaaatatattttccttttgttattccagtcatacat 8893486  T
Q  607 ttcatgaaacaccgtagtatggttcttaactaccagtttgaccggcaaaaaacattatttctaaatgcatgcggtggacgcagaagctgccaactttg 704  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8893487 ttcatgaaacactgtagtatggttcttaactaccagtttgaccggcaaaaaacattatttctaaatgcatgcggtggacgcagaagctgccaactttg 8893584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University