View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12987_low_1 (Length: 764)

Name: NF12987_low_1
Description: NF12987
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12987_low_1
NF12987_low_1
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (4-754)||(13339760-13340510)
chr5 (4-754)||(13336422-13337169)
chr5 (4-631)||(13345687-13346311)
chr5 (10-563)||(13354449-13355002)
chr5 (708-749)||(13345575-13345616)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 731; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 731; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 13340510 - 13339760
Alignment:
Q  4 gtagcagcagagaaaccaactctaacccattcaggtagaacactcctcaaatcaacaacaaaagagacaccagttgcattcttaccactaccaggataag 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13340510 gtagcagcagagaaaccaactctaacccattcaggtagaacactcctcaaatcaacaacaaaagagacaccagttgcattcttaccactaccaggataag 13340411  T
Q  104 ccacaaacacacttaatcttttagattcagagttatagtttatactagcttcccctaaagcatttgtttgcacaaaatcaagaggccaattcacagttgc 203  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13340410 ccacaaacacacttaatcttttagattcagagttatagtttatactagcttcccctaaagcatttgtttgcacaaaatcaagaggccaattcacagttgc 13340311  T
Q  204 gcgcgaatcaatggaaccaacatcaattccaatgtgaggatattgagatggtgaagctggatcccacccatttgtaaaactatcaaactcaatagctact 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13340310 gcgcgaatcaatggaaccaacatcaattccaatgtgaggatattgagatggtgaagctggatcccacccatttgtaaaactatcaaactcaatagctact 13340211  T
Q  304 attggattttgagatggaataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagatatcctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtccaagaa 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13340210 attggattttgagatggaataagtgcagtttccggattgaaaaggccaagatatcctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtccaagaa 13340111  T
Q  404 agaaagtaaatccatctccgtggagtcttgaaccgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggtttcatccca 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13340110 agaaagtaaatccatctccgtggagtcttgaaccgtttgtgttcacgataaaagagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggtttcatccca 13340011  T
Q  504 aatgtgaatcggagtgagatgtgttgcgcgtccaacacttttttggagtggtttaccagaatatttgtcggtttttgttaggctaagaacgccattagag 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13340010 aatgtgaatcggagtgagatgtgttgcgcgtccaacacttttttggagtggtttaccagaatatttgtcggtttttgttaggctaagaacgccattagag 13339911  T
Q  604 attgaagcatctcccttgacaaatatgttgggactttcatcatcgaattttgttatggagaaagaaattgtacttcctagacttggttgtggttttgatg 703  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13339910 attgaggcatctcccttgacaaatatgttgggactttcatcatcgaattttgtcatggagaaagaaattgtacttcctagacttggttgtggttttgatg 13339811  T
Q  704 gtgatgaatattgtgaattgacatggttttgtaggaagaggaaagtgatga 754  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13339810 gtgatgaatattgtgaattgacatggttttgtaggaagaggaaagtaatga 13339760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 560; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 13337169 - 13336422
Alignment:
Q  4 gtagcagcagagaaaccaactctaacccattcaggtagaacactcctcaaatcaacaacaaaagagacaccagttgcattcttaccactaccaggataag 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||   |||   |||||||||     
T  13337169 gtagcagcagagaaaccaactctaacccactcaggcagaacgctcctcaaatcaacaacaaatgaaacaccagttg-attcc--ccaagcccaggataat 13337073  T
Q  104 ccacaaacacacttaatcttttagattcagagttatagtttatactagcttcccctaaagcatttgtttgcacaaaatcaagaggccaattcacagttgc 203  Q
    |||||||| |||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| || ||| || || ||||||||||| | ||||||     
T  13337072 ccacaaacgcactcaatcttttagactcggagttataatttattctagcttctcctaaagcatttcttggcaaaacattaagaggccaatccgcagttga 13336973  T
Q  204 gcgcgaatcaatggaaccaacatcaattccaatgtgaggatattgagatggtgaagctggatcccacccatttgtaaaactatcaaactcaatagctact 303  Q
        |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13336972 aactgaatcaatagaaccaacgtcaattccaatgtgagtatattgagatggtgaagctggatcccatccatttgtaaaactatcaaactcaatagctact 13336873  T
Q  304 attggattttgagatggaataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagatatcctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtccaagaa 403  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13336872 attggattttgagatgcaataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagataccctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtcctagaa 13336773  T
Q  404 agaaagtaaatccatctccgtggagtcttgaaccgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggtttcatccca 503  Q
    |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13336772 agaaagtaaacccgtctccgtggaggcttgaaccgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggtttcatccca 13336673  T
Q  504 aatgtgaatcggagtgagatgtgttgcgcgtccaacacttttttggagtggtttaccagaatatttgtcggtttttgttaggctaagaacgccattagag 603  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13336672 aatgtgaatcggagtgagatgtgttgcgtgtccaacacttttttggagtggtttaccagaatatttgtcggtttttgttaggctaagaacgccattagag 13336573  T
Q  604 attgaagcatctcccttgacaaatatgttgggactttcatcatcgaattttgttatggagaaagaaattgtacttcctagacttggttgtggttttgatg 703  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13336572 attgaggtatctcccttgacaaatatgttgggactttcatcatcgaattttgttatggagaaagaaattgtacttcctagacttggttgtggttttgatg 13336473  T
Q  704 gtgatgaatattgtgaattgacatggttttgtaggaagaggaaagtgatga 754  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13336472 gtgatgaatattgtgaattgacatggttttgtaggaagaggaaagtaatga 13336422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 4 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 13346311 - 13345687
Alignment:
Q  4 gtagcagcagagaaaccaactctaacccattcaggtagaacactcctcaaatcaacaacaaaagagacaccagttgcattcttaccactaccaggataag 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||| ||||| |||     
T  13346311 gtagcagcagagaaaccaactctaacccattcaggcagaacactcctcaaatcaacaacaaatgagacaccagttgctttcctcccactcccagggtaat 13346212  T
Q  104 ccacaaacacacttaatcttttagattcagagttatagtttatactagcttcccctaaagcatttgtttgcacaaaatcaagaggccaattcacagttgc 203  Q
      ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| || ||| |||||||| |||||| | |||||||||    
T  13346211 tgacaaacacactcaatcttttagactcggagttatagtttatgttagcttctcctaaagcatttcttggcaaaaaatcaacaggccagtccacagttgc 13346112  T
Q  204 gcgcgaatcaatggaaccaacatcaattccaatgtgaggatattgagatggtgaagctggatcccacccatttgtaaaactatcaaactcaatagctact 303  Q
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13346111 aactgaatcaatagaaccaacatcaattccaatgtgaggatattgagatggtgaagcaggatcccacccatttgtaaaactatcaaactcaatagctatt 13346012  T
Q  304 attggattttgagatggaataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagatatcctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtccaagaa 403  Q
    || ||||||| ||| |||   | ||||||||| |||| |||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| | |     
T  13346011 ataggatttttagaaggatcgaatgcagtttctgggtcgaaaagaccaagatagccgccacttgaattttttggtacttcaaaatgaagtggtccgatat 13345912  T
Q  404 agaaagtaaatccatctccgtggagtcttgaaccgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggtttcatccca 503  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| | || |||||| |||| ||||||    
T  13345911 agaaagcaaatccatctccgtggagttctgaaccatttgtgttcacgaaaaagaagaaacgagtggagaaatctgctagttttccactagttttatccca 13345812  T
Q  504 aatgtgaatcggagtgagatgtgttgcgcgtccaacacttttttggagtggtttaccagaatatttgtcggtttttgttaggctaagaacgccattagag 603  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| |  |||||||| ||||||| ||||| ||| |   | | |||||||||||| || || | || ||||  ||||    
T  13345811 aatgtgaattggtgtgagatgtgttgctctaccaacactcttttggattggttcaccgg---actggtcggtttttgtcagtcttaaaatgccaccagag 13345715  T
Q  604 attgaagcatctcccttgacaaatatgt 631  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  13345714 attgaggcatctcccctgagaaatatgt 13345687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 13355002 - 13354449
Alignment:
Q  10 gcagagaaaccaactctaacccattcaggtagaacactcctcaaatcaacaacaaaagagacaccagttgcattcttaccactaccaggataagccacaa 109  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||  || || | ||| | ||||     | | ||||||||||||||||    
T  13355002 gcagagaaacctattctaacccattcaggcaaaacactccttagatcaacaacaactgaaaccctagtggaattccactgagtcccaggataagccacaa 13354903  T
Q  110 acacacttaatcttttagattcagagttatagtttatactagcttcccctaaagcatttgtttgcacaaaatcaagaggccaattcacagttgcgcgcga 209  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| || ||||||||| || |||||| |   ||  | |  | ||    
T  13354902 acacactcaatcttttagactctgagttatagtttatgttagcttctcctaaagcatttcttggcacaaaattaataggccattgtgcatattcaaggga 13354803  T
Q  210 atcaatggaaccaacatcaattccaatgtgaggatattgagatggtgaagctggatcccacccatttgtaaaactatcaaactcaatagctactattgga 309  Q
    | |||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||  || |||||  |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||     
T  13354802 aacaattgacccaacatcaattccaatgtgaggagattgaaatgatgaaggagggtcccattcatttgtaaaaccatcaaattcaatagctaatattggg 13354703  T
Q  310 ttttgagatggaataagtgcagtttccgggttgaaaaggccaagatatcctccacttgaattttttggcaagtcaaaatgaagtggtccaagaaagaaag 409  Q
     |||  ||||||  || |||| |||| |||| |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  13354702 gttttggatggaggaaatgcattttctgggtcgaaaagaccaagataccctccgcttgaattttttggtacgtcaaaatgtagtggtcccagatagaaag 13354603  T
Q  410 taaatccatctccgtggagtcttgaaccgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatctgccaattctccactggtttcatcccaaatgtg 509  Q
      ||||| ||||| |||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| |||| ||||||||| ||    
T  13354602 cgaatccgtctccatggagatctgaatcgtttgtgttcacgataaaggagaaactagtggagaaatcagctagttctccactagttttatcccaaatatg 13354503  T
Q  510 aatcggagtgagatgtgttgcgcgtccaacacttttttggagtggtttaccaga 563  Q
    ||| || ||||| | ||| || ||||||||  | ||  ||||||||||||||||    
T  13354502 aattggcgtgaggtatgtcgcacgtccaacggtattagggagtggtttaccaga 13354449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 708 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 13345616 - 13345575
Alignment:
Q  708 tgaatattgtgaattgacatggttttgtaggaagaggaaagt 749  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||    
T  13345616 tgaatattgtgaattcacatggtattgtaggaagacgaaagt 13345575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University