View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12987_low_13 (Length: 349)

Name: NF12987_low_13
Description: NF12987
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12987_low_13
NF12987_low_13
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (14-224)||(1389981-1390194)
chr4 (39-279)||(45644921-45645162)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (41-285)||(14191613-14191857)
chr8 (42-249)||(14182674-14182881)
chr8 (61-249)||(40717452-40717640)
chr8 (41-233)||(14200627-14200819)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (166-280)||(19649578-19649692)
chr5 (132-304)||(34665513-34665682)
chr5 (132-285)||(34645819-34645972)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (132-259)||(34302477-34302604)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (147-280)||(28402661-28402794)
chr2 (147-280)||(44491545-44491678)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 14 - 224
Target Start/End: Original strand, 1389981 - 1390194
Alignment:
Q  14 aataccaacgtgtgtcaatgccatgcatcgttccatcgatcgtgccgatcatttctacaaacattcccttactaacaaacctaaatccactgtgatcccc 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1389981 aataccaacgtgtgtcaatgccatgcatcgttccattgatcgtgtcgatcatttctactaacattcccttactaacaaacctaaatccactgtgatcccc 1390080  T
Q  114 gctaaaggtgactttcttatgacctattaagtcggtaccccaccatttaag---ttatatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaat 210  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1390081 gctaaaggtgagtttcttatgacctattcagtcggtaccccaccattaaagttattatatggtattgttgatacaggtagtgacatggtttggcttcaat 1390180  T
Q  211 gtaagccttgtgaa 224  Q
    ||||||||||||||    
T  1390181 gtaagccttgtgaa 1390194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 39 - 279
Target Start/End: Original strand, 45644921 - 45645162
Alignment:
Q  39 catcgttccatcgatcgtgccgatcatttctacaaacattcccttactaacaaacctaaatccactgtgatccccgctaaaggtgactttcttatgacct 138  Q
    ||||||||||||  ||||| | |||||||||| ||| |||| ||  | |  | |||| |||| ||||||||||||  || ||||   | ||| |||| ||    
T  45644921 catcgttccatcattcgtgtcaatcatttctataaaaattctctcgcaagtacacctgaatcaactgtgatccccaatacaggttcttatctcatgaact 45645020  T
Q  139 attaagtcggtaccccaccatttaagtt-atatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaacattgttacaacc 237  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||| ||||||||||    
T  45645021 attgagttggtaccccaccatttaagtttatatggtattatcgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtaaacaatgttacaacc 45645120  T
Q  238 aaacgactcctatctttaatcctttgaaaccatcaagttaca 279  Q
    |||| |||||||  |||||||| |  ||| ||||||||||||    
T  45645121 aaaccactcctaagtttaatccatcaaaatcatcaagttaca 45645162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 41 - 285
Target Start/End: Original strand, 14191613 - 14191857
Alignment:
Q  41 tcgttccatcgatcgtgccgatcatttctacaaacattcccttactaacaaacctaaatccactgtgatccccgctaaaggtgactttcttatgacctat 140  Q
    |||||||||| | |||||| ||||||| |||||| |||||||| | || | |||| |||| ||||| ||||||| ||  || || | ||| |||||||||    
T  14191613 tcgttccatcaaccgtgccaatcatttttacaaatattcccttgcaaatatacctcaatcaactgtaatccccgatatcggcgagtatctaatgacctat 14191712  T
Q  141 taagtcggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaacattgttacaaccaaa 240  Q
    | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||    
T  14191713 tcagttggtacaccaccatttaagttatatggtattgttgataccggtagtgatattgtttggcttcaatgtgagccttgtcaagaatgttacaaccaaa 14191812  T
Q  241 cgactcctatctttaatcctttgaaaccatcaagttacaataaca 285  Q
    | |||||||| |||||||| | |||| | ||||||||||| ||||    
T  14191813 ccactcctatgtttaatccgtcgaaatcgtcaagttacaaaaaca 14191857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 42 - 249
Target Start/End: Original strand, 14182674 - 14182881
Alignment:
Q  42 cgttccatcgatcgtgccgatcatttctacaaacattcccttactaacaaacctaaatccactgtgatccccgctaaaggtgactttcttatgacctatt 141  Q
    ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||  | |||| || |||| |||| |||| ||||| ||||||| | | || || | ||| ||||||||||    
T  14182674 cgttctatcaatcgtgccaatcatttctacaaaactgccctcacaaacacacctcaatcaactgtaatccccgatcatggcgagtatctcatgacctatt 14182773  T
Q  142 aagtcggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaacattgttacaaccaaac 241  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||||||  || | |||||||| |||||    
T  14182774 cagttggtaccccaccatttaagttatatggcattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgcaaagaatgttacaatcaaac 14182873  T
Q  242 gactccta 249  Q
     |||||||    
T  14182874 aactccta 14182881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 61 - 249
Target Start/End: Original strand, 40717452 - 40717640
Alignment:
Q  61 atcatttctacaaacattcccttactaacaaacctaaatccactgtgatccccgctaaaggtgactttcttatgacctattaagtcggtaccccaccatt 160  Q
    |||||||||||||| |||| ||||| |    |||| |||| | ||| ||||| | ||| ||||| | ||| |||||||||| | | |||| |||||||||    
T  40717452 atcatttctacaaaaattcacttacaagttcacctgaatcaaatgtaatccctgataatggtgagtatctgatgacctattcaattggtagcccaccatt 40717551  T
Q  161 taagttatatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaacattgttacaaccaaacgactccta 249  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  40717552 taagttatatggcattgttgacacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtgaacaatgttacaaccaaaccactccta 40717640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 233
Target Start/End: Original strand, 14200627 - 14200819
Alignment:
Q  41 tcgttccatcgatcgtgccgatcatttctacaaacattcccttactaacaaacctaaatccactgtgatccccgctaaaggtgactttcttatgacctat 140  Q
    |||||||||| | |||| | | |||||||||||| |||| || ||||  | |||| |||| ||||| | | | | ||||||||| | ||| ||||  |||    
T  14200627 tcgttccatcaaccgtgtcaaccatttctacaaatattctctcactagtacacctcaatcaactgtaaactctgataaaggtgagtatctcatgagttat 14200726  T
Q  141 taagtcggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaacattgttac 233  Q
    | | | ||||| |||||||||||| ||| |||  |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  14200727 tcaattggtactccaccatttaaggtatttggctttgttgatacaggtagtgaccttgtttggcttcaatgtgagccttgtaaacaatgttac 14200819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 4e-32; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 166 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 19649692 - 19649578
Alignment:
Q  166 tatatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaacattgttacaaccaaacgactcctatctttaatcctttgaa 265  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||  ||    
T  19649692 tatatggtgttgttgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgtaagccttgtgaacaatgctacaagcaaaccactcctatatttaatccttcaaa 19649593  T
Q  266 accatcaagttacaa 280  Q
    | |||||||||||||    
T  19649592 atcatcaagttacaa 19649578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 132 - 304
Target Start/End: Original strand, 34665513 - 34665682
Alignment:
Q  132 atgacctattaagtcggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaacattgtt 231  Q
    |||||||||| ||| |||||||| |||  |||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  34665513 atgacctattcagttggtacccctccaactaagatatacggtattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgtgagccttgtgaacaatgtt 34665612  T
Q  232 acaaccaaacgactcctatctttaatcctttgaaaccatcaagttacaataacaatatttcttgtttgtctaa 304  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||| |  ||| |||| |||||||| |||   ||| |||||||||||||    
T  34665613 acaaccaaaccactcccatttttaatccatcaaaatcatctagttacaaaaac---attccttgtttgtctaa 34665682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 132 - 285
Target Start/End: Original strand, 34645819 - 34645972
Alignment:
Q  132 atgacctattaagtcggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaacattgtt 231  Q
    |||||||||| ||| |||||||| |||  |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  34645819 atgacctattcagttggtacccctccaactaagatatatggtattgctgatacaggtagtgacattgtttggcttcaatgcgagccttgtgaacaatgtt 34645918  T
Q  232 acaaccaaacgactcctatctttaatcctttgaaaccatcaagttacaataaca 285  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||| |  ||| |||| |||||||| ||||    
T  34645919 acaaccaaaccactcccatttttaatccatcaaaatcatctagttacaaaaaca 34645972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 132 - 259
Target Start/End: Original strand, 34302477 - 34302604
Alignment:
Q  132 atgacctattaagtcggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaacattgtt 231  Q
    |||| ||||| ||| || ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||  ||||||||||||| ||||    
T  34302477 atgagctattcagttggcaccccaccaattaagtcatatggtattgtcgatacaggtagtgacattgtatggctacaatgcgagccttgtgaacaatgtt 34302576  T
Q  232 acaaccaaacgactcctatctttaatcc 259  Q
    |||| ||||| |||||||  ||||||||    
T  34302577 acaatcaaaccactcctaagtttaatcc 34302604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 280
Target Start/End: Original strand, 28402661 - 28402794
Alignment:
Q  147 ggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtga-acattgttacaaccaaacgact 245  Q
    ||||||||||| |||||  | |||||| || | ||||| |||||| |||| ||||||||||||||  |||||||| | ||| |||| ||| |||||  ||    
T  28402661 ggtaccccaccctttaaagtttatggttttatggatacaggtagtaacatagtttggcttcaatgccagccttgtcataca-tgtttcaatcaaacctct 28402759  T
Q  246 cctatctttaatcctttgaaaccatcaagttacaa 280  Q
    ||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||    
T  28402760 cctatatttaatccttcaaaatcttcaagttacaa 28402794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 44491678 - 44491545
Alignment:
Q  147 ggtaccccaccatttaagttatatggtattgttgatactggtagtgacatggtttggcttcaatgtaagccttgtgaacat-tgttacaaccaaacgact 245  Q
    |||||||||||||||||| | || |||  | | ||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||  || || |||||||| |||||  |     
T  44491678 ggtaccccaccatttaaggtctacggttctatagatacaggtagtgacttagtttggcttcaatgcaagccttg-caatatatgttacaagcaaacctcg 44491580  T
Q  246 cctatctttaatcctttgaaaccatcaagttacaa 280  Q
    ||||| ||||||||||  ||| | |||||||||||    
T  44491579 cctatatttaatccttcaaaatcttcaagttacaa 44491545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University