View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12991_high_1 (Length: 869)

Name: NF12991_high_1
Description: NF12991
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12991_high_1
NF12991_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (24-854)||(51236239-51237070)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 792; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 792; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 854
Target Start/End: Original strand, 51236239 - 51237070
Alignment:
Q  24 gaagccaatcctgaggtgatttttgttaaatcttcgattccagctccaattccgaatcatgcagccattcgtgaaattacaagtttaggaagaaaatctc 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51236239 gaagccaatcctgaggtgatttttgttaaatcttcgattccagctccaattccgaatcatgcagccattcgtgaaattacaagtttaggaagaaaatctc 51236338  T
Q  124 cacccaaccactgcctcatgccacctccaccacctccgccaccaccaattccgtctcggcctttggcaaaattggctaacactcaaaaggctcctgcaat 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  51236339 cacccaaccactgcctcatgccacctccaccacccccgccaccaccaattccgtctcggcctttggcaaaattggctaacactcaaaaggctcctgcagt 51236438  T
Q  224 tgtccaactatttcactccttaaagaatcaggacacgaagaaagacttgaaaggatcaattaatcatcagaaaccgataactaacagtgcacacaatagc 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51236439 tgtccaactatttcactccttaaagaatcaggacacgaagaaagacttgaaaggatcaattaatcatcagaaaccgataactaacagtgcacacaatagc 51236538  T
Q  324 attgtaggagaaattcaaaaccgatcagctcatcttttagcagtaagtattgcattcaattgtgttaactaactttcaaatttattctattaatcaatga 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51236539 attgtaggagaaattcaaaaccgatcagctcatcttttagcagtaagtattgcattcaattgtgttaactaactttcaaatttattctattaatcaatga 51236638  T
Q  424 gtgatgactgatatgactggccattatttccagattagggaggacattcaaacaaaaggggagttcattaatggccttataaataaggttgttgacgcgt 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51236639 gtgatgactgatatgactggccattatttccagattagggaggacattcaaacaaaaggggagttcattaatggccttataaataaggttgttgacgcgt 51236738  T
Q  524 cctatgtggacattgaagacgtcctcaagtttgttgattggcttgatggtgaactatccactttggtaagtttctgccaaagttatttattggtgggcct 623  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51236739 cctatgtggacattgaagacgtcctcaagtttgttgattggcttgatggtgaactatccactttggtaagtttctgccaaagttatttattggtgggcct 51236838  T
Q  624 tgatgcagctaatatgttatatgtttgttagttctttaaaagatagatagttttgaaaatttctttgtatctaatttttgtacataaaagataagctc-n 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  51236839 tgatgcagctaatatgttatatgtttgttagttctttaaaagatagatagttttgaaaatttctttgtatctaatttttgtacataaaagataagctctt 51236938  T
Q  723 nnnnnnnacttaggatctttttaaaatattggttcacctaacttcttttgaggagaaaatgagtcagactaagcggaagctaactataagtatgtatttg 822  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51236939 tttctttacttaggatctttttaaaatattggttcacctaacttcttttgaggagaaaatgagtcagactaagcggaagctaactataagtatgtatttg 51237038  T
Q  823 aaagtgtacataaaacaaaatggtttcttagt 854  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51237039 aaagtgtacataaaacaaaatggtttcttagt 51237070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University