View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12995_high_2 (Length: 680)

Name: NF12995_high_2
Description: NF12995
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12995_high_2
NF12995_high_2
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (3-662)||(46641476-46642133)
chr7 (30-512)||(46619952-46620440)
chr7 (30-536)||(46638670-46639182)
chr7 (220-555)||(46172803-46173144)
chr7 (17-524)||(46630436-46630949)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (194-536)||(15767970-15768306)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (17-129)||(18375536-18375648)
chr3 (495-536)||(18373850-18373891)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (435-517)||(1537855-1537937)
chr5 (285-350)||(1537732-1537797)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 601; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 601; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 46642133 - 46641476
Alignment:
Q  3 agcagcagcacagaggaagtttcactgcttctttagcacacagaagtgtggaagagaataatgaaaaaagcattctcaaggactgttatcaacgcaagag 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46642133 agcagcagcacagaggaagtttcactgcttctttagcacacagaagtgtggaagagaataatgaaaaaagcattctcaaggactgttatcaacgcaagag 46642034  T
Q  103 tgttccttgtgttcaagttgagaaatgcaaatcgtccaccttcaacagacccaaggttccatcgaaatctgtaaatatcaaaacaatggtgacggtagag 202  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46642033 tgttccttgtgttcaagttcagaaatgcaaatcgtccaccttcaacagacccaaggttccatcgaaatctgtaaatatcaaaacaatggcgacggtagag 46641934  T
Q  203 gaaggtgagcatggcctaaagacaaatgatccatgtctagcatctgctactcaggaagtagttgaggagcctctgagaacaccttgtgatgttgattctt 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46641933 gaaggtgagcatggcctaaagacaaatgatccatgtctagcatctgctactcaggaagtagttgaggagcctctgagaacaccttgtgatgttgattctt 46641834  T
Q  303 tggaaaaacaggctgatataaatccgaggagacaaagcactagaaacagatcgctgacagttagagcattggaatgtattgcaaatgaatttttgcatgt 402  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46641833 tggaaaaacaggctgatataaatctgaggagacaaagcactagaaacagatcgctgacagttagagcattggaatgtattgcaaatgaatttttgcatgt 46641734  T
Q  403 gcaaagtagacataaaaggagagacacacactaagatcctttcaatccttgcggcaaggctcatacaagaggtgaaacaatgctgcgtcgtcattgttca 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46641733 gcaaagtagacataaaaggagagacacacactaagatcctttcaatccttgcggcaaggctcatacaagaggtgaaacaatgctgcgtcgtcattgttca 46641634  T
Q  503 gatcatgggaatgcagttttagaacaagaagaaaggtttttgattgaagatggcaatgttggctaaatattgcaaaaacatgtaaatcnnnnnnnnnnnn 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
T  46641633 gatcatgggaatgcagttttagaacaagaagaaaggtttttgattgaagatggcaatgttggctaaatattgcaaaaacatgtaaatc--tttttttttt 46641536  T
Q  603 nncttaagaaagaatatatttatttttacagataaattatcaatcagatatggaaccttc 662  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46641535 ttcttaagaaagaatatatttatttttacagataaattatcaatcagatatggaaccttc 46641476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 30 - 512
Target Start/End: Original strand, 46619952 - 46620440
Alignment:
Q  30 cttctttagcacacagaagtgtggaagagaataatgaaaaaagcattctcaaggactgttatcaacgcaagagtgttccttgtgttcaagttgagaaatg 129  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||| | ||||||| || ||||||| |||||||  ||||||| ||||     
T  46619952 cttcttcagcagacagaagtgtggaagaggataatggaaaaagcattatcaacgacagctatcaacacacgagtgtttcttgtgtcaaagttgaaaaatc 46620051  T
Q  130 caaatcgtccaccttcaacagacccaaggttccatcgaaatctgtaaatatcaaaacaatggtgacggtagaggaaggtgagcatggcctaaagacaaat 229  Q
      |||| | ||||||||||| |||  |||| |||||||| |||| ||||| ||||||| |||  | || ||  |||| |||||| ||||||| | ||||     
T  46620052 tgaatctttcaccttcaacatacctcaggtaccatcgaattctgaaaatagcaaaacagtggcaatggcagctgaagatgagcaaggcctaacggcaaaa 46620151  T
Q  230 gatccatgtctagcatctgctactcaggaagtagttgaggagcctctgagaacaccttgtgatgttgattctttggaaaaacaggctgatataaatccga 329  Q
     ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  46620152 aatccatgtctaacatatgcttctcaggaagtagttaaggagcctttgagaatcccttgtgatgttggttctttggaacaacagcctgatatgaatccga 46620251  T
Q  330 ggagacaaagcactagaaacagatcgctgacagttagagcattggaatgtattgcaaatgaatttttgcatgtgcaaagtagacataaaaggagag---- 425  Q
    ||||||| ||| |||| |||||| |  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||  ||||| |||| || ||        
T  46620252 ggagacagagctctaggaacagacccttaaccgttagagcattggaatgtatagcaaatgaattcctgcatgtgccaaagagacagaaaaagaaagatat 46620351  T
Q  426 --acacacactaagatcctttcaatccttgcggcaaggctcatacaagaggtgaaacaatgctgcgtcgtcattgttcagatcatggga 512  Q
      | |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  ||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  46620352 ccagacacaccaagatcctttcaatccttgccgcaaggctcgtacatgaggcaaaataatgctgcatcgttgttgttcagatcatggga 46620440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 30 - 536
Target Start/End: Original strand, 46638670 - 46639182
Alignment:
Q  30 cttctttagcacacagaagtgtggaagagaataatgaaaaaagcattctcaaggactgttatcaacgcaagagtgttccttgtgttcaagttgagaaatg 129  Q
    |||||| |||| ||||||||||||||||| || |   |||||||||| ||||  || | |||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||     
T  46638670 cttcttcagcagacagaagtgtggaagaggatgacagaaaaagcattatcaacaacagctatcaacgcacgagtgtttcttgtgttaaagttgaaaaatc 46638769  T
Q  130 caaatcgtccaccttcaacagacccaaggttccatcgaaatctgtaaatatcaaaacaatggtgacggtagaggaaggtgagcatggcctaaagacaaat 229  Q
      |||| | ||||||||||| |||  |||  |||||||| |||| ||||| ||||||| | |  | || ||  |||  |||||| ||||||||| ||||     
T  46638770 tgaatctttcaccttcaacatacctcaggcaccatcgaagtctgaaaatagcaaaacagtagcaatggcagccgaaaatgagcaaggcctaaaggcaaaa 46638869  T
Q  230 gatccatgtctagcatctgctactcaggaagtagttgaggagcctctgagaacaccttgtgatgttgattctttggaaaaacaggctgatataaatccga 329  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  46638870 gatccatgtctaacatctgcttctcaggaagtagttcaggagcctttgagaatcccttgtgatgttggttctttggaacaacagcctgatatgaatccga 46638969  T
Q  330 ggagacaaagcactagaaacagatcgctgacagttagagcattggaatgtattgcaaatgaatttttgcatgtgcaaagtagacataaaaggagagac-- 427  Q
    ||||||| ||| |||| |||||| |  | || |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||  ||||| |||| || ||||      
T  46638970 ggagacagagctctaggaacagacccttaaccgttagagcattggaatgtatagcaaatgaattcctgcatgtgccaaagagacagaaaaagaaagacat 46639069  T
Q  428 ----acacactaagatcctttcaatccttgcggcaaggctcatacaagaggtgaaacaatgctgcgtcgtcattgttcagatcatgggaatgcagtttta 523  Q
        |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||  ||| |||||||| |  |  ||||||||||||||||| | || |||||    
T  46639070 ccagacacaccaagatcctttcaatccttgtcgcaaggctcgtacatgaggcaaaataatgctgcattattgttgttcagatcatgggactacaatttta 46639169  T
Q  524 gaacaagaagaaa 536  Q
    |  ||||||||||    
T  46639170 gcgcaagaagaaa 46639182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 220 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 46173144 - 46172803
Alignment:
Q  220 aaagacaaatgatccatgtctagcatctgctactcaggaagtagttgaggagcctctgagaacaccttgtgatgttgattctttggaaaaacaggctgat 319  Q
    |||| |||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  46173144 aaaggcaaaagatccatgtctaacagctgccactcaggaagtagttgaggagcctctgagaatcccttgtgatgttggttctttggaacaacagcctgat 46173045  T
Q  320 ataaatccgaggagacaaagcactagaaacagatcgctgacagttagagcattggaatgtattgcaaatgaatttttgcatgtgcaaagtagacataaaa 419  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || |  | ||| ||||    
T  46173044 ataaatcccaggagacagagcactagaaacagaccgttgacagttagagcattggaatgtatagcaaatgaatatttgcatgtacagaagaaacaaaaaa 46172945  T
Q  420 ggagagac------acacactaagatcctttcaatccttgcggcaaggctcatacaagaggtgaaacaatgctgcgtcgtcattgttcagatcatgggaa 513  Q
     || ||||      || ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||  |||| |||  || |||  |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  46172944 agaaagacagccagacccacaaagatcttttcaatccttgccgcaaggctcgaacaaaaggcaaatcaacactgcatcgtcattgttcagatcacgggaa 46172845  T
Q  514 tgcagttttagaacaagaagaaaggtttttgattgaagatgg 555  Q
    |||||||  || ||||||||||| |  |||||||| ||||||    
T  46172844 tgcagttgcagtacaagaagaaaagcatttgattggagatgg 46172803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 524
Target Start/End: Original strand, 46630436 - 46630949
Alignment:
Q  17 ggaagtttcactgcttctttagcacacagaagtgtggaagagaataatgaaaaaagcattctcaaggactgttatcaacgcaagagtgttccttgtgttc 116  Q
    |||||||  |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  |||||| | ||| ||||||  ||||||||     
T  46630436 ggaagttcaactgcttcttcagcaaacagaaatgtggaagagaataatgaaaaaaacattctcaatgatagttatcgatgcatgagtgtctcttgtgtta 46630535  T
Q  117 aagttgagaaatgcaaatcgtccaccttcaacagacccaaggttccatcgaaatctgtaaatatcaaaacaatggtgacggtagaggaaggtgagcatgg 216  Q
    || ||||||||||  | || | || | | |||| |||  ||||||| ||||| |||| |||||  ||||  ||||  | ||| || ||||   |||| ||    
T  46630536 aaattgagaaatgtgagtctttcagcattaacataccgcaggttccttcgaattctgaaaatagaaaaatgatggcaatggtggaagaagccaagcaggg 46630635  T
Q  217 cctaaagacaaatgatccatgtctagcatctgctactcaggaagtagttgaggagcctctgagaacaccttgtgatgttgattctttggaaaaacaggct 316  Q
     |||||| |||| |||||| |||| ||||||| |||||| |||  ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||    
T  46630636 gctaaaggcaaaagatccacgtctcgcatctgttactcaagaaacagttgaggagcctcatagaactccttgtgatgttggttcgttggaacaacagcct 46630735  T
Q  317 gatataaatccgaggagacaaagcactagaaacagatcgctgacagttagagcattggaatgtattgcaaatgaatttttgcatgtgcaaagtagacata 416  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||| |  ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||  || || |    
T  46630736 gatataaatccgaggagacagagcaatagaaaaagaccattgacagttagagcattggaatatatagcaaatgaattcttgcatgtgccaaagaggcaaa 46630835  T
Q  417 aaaggagagac------acacactaagatcctttcaatccttgcggcaaggctcatacaagaggtgaaacaatgctgcgtcgtcattgttcagatcatgg 510  Q
    |||||| ||||      || ||  |||||| | ||||||||||| |||||| |  || ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  46630836 aaaggaaagacatccagacgcaacaagatcatctcaatccttgctgcaaggattgtaaaagaggcaaaacaatgctgcctcgtcattgttcagatcatgg 46630935  T
Q  511 gaatgcagttttag 524  Q
     | |||||||||||    
T  46630936 tactgcagttttag 46630949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 194 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 15768306 - 15767970
Alignment:
Q  194 acggtagaggaaggtgagcatggcctaaagacaaatgatccatgtctagcatctgctactcaggaagtagttgaggagcctctgagaacaccttgtgatg 293  Q
    ||||| |||||||| |||||  ||||||||  ||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||       ||||    
T  15768306 acggtggaggaaggcgagcaacgcctaaaggaaaaagatccatgtctaacagctgccactcaggaagtagttgagttgcctctgagaacc------gatg 15768213  T
Q  294 ttgattctttggaaaaacaggctgatataaatccgaggagacaaagcactagaaacagatcgctgacagttagagcattggaatgtattgcaaatgaatt 393  Q
    ||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||     
T  15768212 ttggttatttggaaaaacagcctgatataaatcctaggcgacaaagcactagaaacagaccgttgacagttagagcattagaatgtatagcaaatgaata 15768113  T
Q  394 tttgcatgtgcaaagtagacataaaaggagagac------acacactaagatcctttcaatccttgcggcaaggctcatacaagaggtgaaacaatgctg 487  Q
      |||| || ||||  ||||| |||| || ||||      |||||  |||||||||||||||||||| |||  ||||| |||| |||  || ||||        
T  15768112 cctgcacgtacaaaagagacaaaaaaagaaagacatccagacacatgaagatcctttcaatccttgctgcagtgctcaaacaaaaggcaaatcaat---- 15768017  T
Q  488 cgtcgtcattgttcagatcatgggaatgcagttttagaacaagaagaaa 536  Q
      || |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  15768016 --tcatcattgttcagatcatggtaattcagttttagcacaagaagaaa 15767970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000007; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 17 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 18375648 - 18375536
Alignment:
Q  17 ggaagtttcactgcttctttagcacacagaagtgtggaagagaataatgaaaaaagcattctcaaggactgttatcaacgcaagagtgttccttgtgttc 116  Q
    |||||||  |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||| | ||||| ||| ||| |||||| | ||| ||||||  ||||||||     
T  18375648 ggaagttcaactgcttcttcagcaaacagaaatgtggaagagaataataaaaacaacattcacaatgacagttatcgatgcatgagtgtctcttgtgtta 18375549  T
Q  117 aagttgagaaatg 129  Q
    || ||||||||||    
T  18375548 aaattgagaaatg 18375536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 495 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 18373891 - 18373850
Alignment:
Q  495 attgttcagatcatgggaatgcagttttagaacaagaagaaa 536  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  18373891 attgttcagatcatgggactgcagttttagcacaagaagaaa 18373850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 39; Significance: 0.000000000001; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 435 - 517
Target Start/End: Original strand, 1537855 - 1537937
Alignment:
Q  435 aagatcctttcaatccttgcggcaaggctcatacaagaggtgaaacaatgctgcgtcgtcattgttcagatcatgggaatgca 517  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||  |||||  |||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1537855 aagatcctttcaatccttgccgcaagcctcgtatgagaggcaaaacaatgatgcttcgtctttgttaagatcatgggaatgca 1537937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 285 - 350
Target Start/End: Original strand, 1537732 - 1537797
Alignment:
Q  285 cttgtgatgttgattctttggaaaaacaggctgatataaatccgaggagacaaagcactagaaaca 350  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||   ||||||||| |||||||||||    
T  1537732 cttgtgatgttgattctttggaacagcatgctgatataaatctctggagacaaatcactagaaaca 1537797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University