View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12996_high_1 (Length: 453)

Name: NF12996_high_1
Description: NF12996
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12996_high_1
NF12996_high_1
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (23-414)||(30264373-30264764)
chr4 (23-414)||(30287424-30287815)
chr4 (24-332)||(30271268-30271576)
chr4 (24-332)||(30280613-30280921)
chr4 (24-332)||(30304335-30304643)
chr4 (23-175)||(30048571-30048723)
chr4 (23-175)||(30062912-30063064)
chr4 (23-181)||(30032325-30032483)
chr4 (23-163)||(30228710-30228850)
chr4 (23-168)||(30220209-30220354)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (45-157)||(79567-79679)
scaffold0024 (48-154)||(72506-72612)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (39-106)||(2311381-2311448)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 414
Target Start/End: Original strand, 30264373 - 30264764
Alignment:
Q  23 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264373 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 30264472  T
Q  123 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcat 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30264473 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcttgatcat 30264572  T
Q  223 agaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctct 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264573 agaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggatttacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctct 30264672  T
Q  323 cacctatatacatggttgcatgcacatgcacatgttaatatttgttatatgatagatatgtaaggaaatataaacactaaaacacataaaaa 414  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264673 cacctatatacatggttgcatgcatatgcacatgttaatatttgttatatgataaatatgtaaggaaatataaacactaaaacacataaaaa 30264764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 30287815 - 30287424
Alignment:
Q  23 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287815 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 30287716  T
Q  123 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcat 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30287715 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcttgatcat 30287616  T
Q  223 agaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctct 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287615 agaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggatttacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctct 30287516  T
Q  323 cacctatatacatggttgcatgcacatgcacatgttaatatttgttatatgatagatatgtaaggaaatataaacactaaaacacataaaaa 414  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287515 cacctatatacatggttgcatgcatatgcacatgttaatatttgttatatgataaatatgtaaggaaatataaacactaaaacacataaaaa 30287424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Original strand, 30271268 - 30271576
Alignment:
Q  24 tcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgc 123  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      |||||| |    
T  30271268 tcatcagctctttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcatttc 30271367  T
Q  124 ttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcata 223  Q
    |||||||||| || || | ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  30271368 ttgttggatatttaattaaatgtatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacataatcatcaaaatattgatcata 30271467  T
Q  224 gaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctc 323  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||| | |||||| |  | ||||||||  || || |||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  30271468 caattcaattgattcacttttagggaatattggaacgtgcatatgatcttcaggcttcacctctacctttttccatttcattttgccatctttgtctctc 30271567  T
Q  324 acctatata 332  Q
    |||||||||    
T  30271568 acctatata 30271576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 30280921 - 30280613
Alignment:
Q  24 tcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgc 123  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      ||||||||    
T  30280921 tcatcagctctttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcattgc 30280822  T
Q  124 ttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcata 223  Q
    |||||||||| || || | ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  30280821 ttgttggatatttaattaaatgcatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacataatcatcaaaatattgatcata 30280722  T
Q  224 gaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctc 323  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| | ||||||||  || ||  |||||| |||||||||  |||| || ||||||| |||||||    
T  30280721 caattcaattgattcacttttagggaatattggaaccttcatatgatcttcaggcttcgcctctatttttttccacatcattttgccatcttgatctctc 30280622  T
Q  324 acctatata 332  Q
    |||||||||    
T  30280621 acctatata 30280613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 24 - 332
Target Start/End: Original strand, 30304335 - 30304643
Alignment:
Q  24 tcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgc 123  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      ||||||||    
T  30304335 tcatcaactctttgtagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcattgc 30304434  T
Q  124 ttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttctattaatatctttgacacatagtcatcaaaatcatgatcata 223  Q
    |||||||||| || || | ||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || |  |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||    
T  30304435 ttgttggatatttaattaaatgcatttcccaaagtggtttgtcttgtggtgttctttccatcataatctttgacacataatcatcaaaatattgatcata 30304534  T
Q  224 gaattcaattgactcatttttagggaacactggaaccttaaaatgatcttttggattaacctctacttttttccatttcatatttccatctttatctctc 323  Q
     ||||||||||| ||| |||||||||| | ||||||||| | ||||||||  || ||  |||||| |||||||||  |||| || ||||||| |||||||    
T  30304535 caattcaattgattcacttttagggaatattggaaccttcatatgatcttcaggcttcgcctctatttttttccacatcattttgccatcttgatctctc 30304634  T
Q  324 acctatata 332  Q
    |||||||||    
T  30304635 acctatata 30304643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 175
Target Start/End: Original strand, 30048571 - 30048723
Alignment:
Q  23 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30048571 atcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtccatgatgaagtttgaatattatggtgcaagcagcattg 30048670  T
Q  123 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgt 175  Q
     |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  30048671 gttgttggataattgataacatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgt 30048723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 23 - 175
Target Start/End: Original strand, 30062912 - 30063064
Alignment:
Q  23 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30062912 atcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtccatgatgaagtttgaatattatggtgcaagcagcattg 30063011  T
Q  123 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgt 175  Q
     |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  30063012 gttgttggataattgataacatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgt 30063064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 23 - 181
Target Start/End: Original strand, 30032325 - 30032483
Alignment:
Q  23 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||    
T  30032325 atcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccgtcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgcaagcttcattg 30032424  T
Q  123 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtcttttggtgtcctttc 181  Q
     |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||    
T  30032425 gttgttggataattgataatatgaatttcccaaagtggtttatcttgtggtgttctttc 30032483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 23 - 163
Target Start/End: Original strand, 30228710 - 30228850
Alignment:
Q  23 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 122  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30228710 atcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcactcatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgattaagtttgaatattatggtgcaagcagcattg 30228809  T
Q  123 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggttt 163  Q
     |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  30228810 gttgttggataattgataatatgaatttcccaaagtggttt 30228850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 23 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 30220354 - 30220209
Alignment:
Q  23 atcatcagctctatgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattg 122  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||      |||||||    
T  30220354 atcatcagctctttgaagacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatggtgaagtttgaatatcaaagttcctttagcattg 30220255  T
Q  123 cttgttggatacttgataacatgtatttcccaaaggggtttgtctt 168  Q
    ||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  30220254 cttgttggatatttaatcaaatgaatttcccaaaggggtttatctt 30220209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 45 - 157
Target Start/End: Original strand, 79567 - 79679
Alignment:
Q  45 gaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacat 144  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||   ||| |||||  |||||||||| || |||| ||    
T  79567 gaaagaagtgcacccattagagagtaaccatctccaagtgcatgatgaagtttgaatactaaggtaccagctgcattttttgttggatatttaataatat 79666  T
Q  145 gtatttcccaaag 157  Q
    |||| ||||||||    
T  79667 gtatctcccaaag 79679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 48 - 154
Target Start/End: Original strand, 72506 - 72612
Alignment:
Q  48 agaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattatggtgtaagcagcattgcttgttggatacttgataacatgta 147  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||   ||| |||||  |||||||||| || |||| ||| |    
T  72506 agaagagctcccattagagagtaaccatctccaagtgcatgatgaagtttgaatactaaggtaccagctgcattttttgttggatatttaataatatgaa 72605  T
Q  148 tttccca 154  Q
    |||||||    
T  72606 tttccca 72612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 39 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 2311448 - 2311381
Alignment:
Q  39 agacaagaaagaagagcacccatgagagagtaaccatcaccaagtgcatgatgaagtttgaatattat 106  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2311448 agacaagaaagaagtgcacccattagagaataaccatctccaagtgcatggtgaagtttgaatattat 2311381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University