View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12998_high_1 (Length: 729)

Name: NF12998_high_1
Description: NF12998
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12998_high_1
NF12998_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-702)||(37585123-37585815)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 564; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 564; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 37585815 - 37585123
Alignment:
Q  18 tttcatgtggttgtgatgatgcctatcatgaaaatatggatgcatcatgacttacgccgtcaaagccaccctcatcatcgtcaccaccttgtccataaac 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37585815 tttcacgtggttgtgatgatgcctatcatgaaaatatggatgcatcatgacttacgccgtcaaagccaccctcatcatcgtcaccacctcgtccataaac 37585716  T
Q  118 agtttattaaatatcgctaacatgttagcatcagagcaagacgagtactgtgttggtggtcggcggaagatgacaatgactgggcgccaatnnnnnnnnn 217  Q
    ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  37585715 agtgtattaaatatagctaacatgttagcatcagagcaagacgagtactgtgttggtggtcggcggaagatgacaatgactgggcgccaataaaaataaa 37585616  T
Q  218 nnnnnntcaatcatagtaatgaagtctgcttggagagtggatggctaaatgcagaagcaaagccccttgatcacgagctttgttacaaacaataaaaaga 317  Q
          |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37585615 aaaaa-tcaatcatagtaatgaagcctgcttggagagtggatagctaaatgcagaagcaaagccccttgatcacgagctttgttacaaacaataaaaaga 37585517  T
Q  318 atccaaatcttatcgattgaattcaatgtgcaagtattaatgtggtggcataggctaaacgtaatcagaaaatcaagttttagccaactagtaagaacga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37585516 atccaaatcttatcgattgaattcaatgtacaagtattaatgtgatgtcataggctaaacgtaatcagaaaatcaagttttagccaactagtaagaacga 37585417  T
Q  418 atctttgcaaatttgtttaagtgatcatggatatcattgcaattccaattgattaaagattttgctacaagccagccaactttaaaattaacaagaaaca 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37585416 atctttgcaaatttgtttaagtgatcatggatatcattgcaattccaattgattaaagattttgctacaagccaaccaactttaaaattaacaagaaaca 37585317  T
Q  518 tgttaaaattagtcattacaaacccgagttgattcatagcaaaattgatgcactaaaatagccaagaaacattttaactgatttgtg---------taat 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||    
T  37585316 tgttaaaattagtcattacaaacccgagttgattcatagcaaaattgatgcactaaaatagccaagaaacattttaactgatttgtgtaatttgtgtaat 37585217  T
Q  609 gggactcatatttgatgaacaaaccaaactctttgacagatctttttccctcctaaaagaaaccctctggtttattgaattacaatagtgccct 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37585216 gggactcatatttgatgaacaaaccaaactctttgacatatctttttccctcctaaaagaaaccctctggtttattggattacaatagtgccct 37585123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University