View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1299R-Insertion-1 (Length: 1108)

Name: NF1299R-Insertion-1
Description: NF1299R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1299R-Insertion-1
NF1299R-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-1077)||(19342907-19343980)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 848; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 848; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1077
Target Start/End: Complemental strand, 19343980 - 19342907
Alignment:
Q  9 tccctaaccacaggtatgcccctctccctatagtaagataggttgaaagttacttaagcatgtttatgtatcctttttcatgccatcagaataaaattga 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19343980 tccctaaccacaggtatgcccctctccctatagtaagataggttgaaagttacttaagcatgtttatgtatcctttttcatgccatcagaataaaattga 19343881  T
Q  109 aagccaaaaaagtttatatagatgcatcttttctatgtgaccatgtttttcttattgtcatgccataaattttgattacacttacatggcatctgcaagt 208  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19343880 aagccaaaaaagttaatatagatgcatcttttctatgtgaccatgtttttcttattgtcatgccataaattttgattacacttacatggcatctgcaagt 19343781  T
Q  209 ttggatgttccacctcgatctcgctcggcaggtgaagccaccaaacaacttgctcctgaaaaatttgactaaccaggttatagaaattcctagcaacaga 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19343780 ttggatgttccacctcgatctcgctcggcaggtgaagccaccaaacaacttgctcctgaaaaatttaactaaccaggttacagaaattcctagcaacaga 19343681  T
Q  309 aggatgaaaaaagaaaattctatcacattaccaatgatagagtttgccaccttccctccatgcttttcaattgnnnnnnnccaatattgctaagtaacca 408  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| |||    
T  19343680 aggatgaaaatagaaaattctattacattaccaatgatagagtttgccaccttccctccatgcttttcaattgtttttttccaatattgctaagtagcca 19343581  T
Q  409 aaaacaaaatccaatcaacaaaactcagtagcagttagttaattagttagttactaatgcaacaataacaacatagatgcatacatgtgttcgattaaga 508  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19343580 gaaacaaaatccaatcaacaaaactcagtagcagttggttaa----ttagttactaatgcaacaataataacatagatacatacatgtgttcgattaaga 19343485  T
Q  509 cgacccatcaaagaaatcatcattccagtaaaaggctctatagctaagcctaaatccctttgaggccttttacttggatcctggtattttttcagcaact 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19343484 cgacccatcaaagaaatcatcattccagtaaaaggctttatagctaagcctaaatccctttgaggccttttacttggatcctggtatttcttcagcaact 19343385  T
Q  609 acatcacacacatgtaagtcataacaattcttaggtgacaagttacaacaaaactatacatatacaatgaagaaacaaagtggtnnnnnnntaagagaaa 708  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |        |||||||||    
T  19343384 acatcacacacatgttagtcataacaattcttaggtgacaagttacaacaaaactatacgtatacaatgaagaaacaaaaatggtgaaaaataagagaaa 19343285  T
Q  709 atcacatctgaaactggagagttctgaacagaatctggtagcttaataggttcatctttccttggaggttctctggtgctgaaagtgcaactagaccatt 808  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19343284 attacatctgaaactggagagttctgaacagaatctggtagcttaataggttcatctttccttggaggttctctggtgctgaaagtgcaactagaccatt 19343185  T
Q  809 cactgtagaaacctctgcatccataacgtcttccatcaaactccatgttgccattgcaaaccatgcatttctctaatgcaccaaaaaacagcaagtcttg 908  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19343184 cactgtagaaacctctgcatccataacgtcttccatcaaactccatgttgccattgcaaaccatgcatttctctaatgcaccaaaaaacagcaagtcttg 19343085  T
Q  909 gctgttcaagaaagtaacacatttgaatcacatcactaacctatg-acatgaccaaagtgacaaa-ttcatattc-ttaggagctatttaatatttctat 1005  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  19343084 gctgttcaagaaagtaacacatttgaatcacatcactaacctatgaacatgactaaagtgacaaatttcatattctttaggagctatttattatttctat 19342985  T
Q  1006 cactaacca-cttcgtgta--ttc-agatcagag-caga-ggatcaagacaattagcctccaggatctctttcatttg 1077  Q
    ||||||||| |||||||||  ||| ||||||||| |||| | |||||||  ||||||||| || ||||||||||||||    
T  19342984 cactaaccatcttcgtgtaatttcaagatcagagccagatgaatcaagatcattagcctcaagaatctctttcatttg 19342907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University