View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1299_2D_high_15 (Length: 539)

Name: NF1299_2D_high_15
Description: NF1299_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1299_2D_high_15
NF1299_2D_high_15
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (10-520)||(8524708-8525221)
chr3 (360-409)||(14554452-14554501)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (10-461)||(42125250-42125704)
chr5 (10-452)||(42130484-42130920)
chr5 (34-454)||(34230708-34231134)
chr5 (20-454)||(34238763-34239191)
chr5 (136-452)||(41711694-41712010)
chr5 (146-452)||(42118787-42119097)
chr5 (204-453)||(41569923-41570172)
chr5 (36-113)||(42118703-42118780)
chr5 (65-108)||(41570262-41570305)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (10-461)||(25520921-25521372)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (136-452)||(12250200-12250516)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (129-450)||(11120146-11120467)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 520
Target Start/End: Original strand, 8524708 - 8525221
Alignment:
Q  10 gagtttggtgttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaa 109  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8524708 gagtttggtcttaatgaagacaaatctgtatcatccaaaaacaactccctcaagtttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtgctctctttccaaa 8524807  T
Q  110 ctaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaa 209  Q
    |||||||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  8524808 ctaaattgtattgataagacccagagagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaggtaactatgagacaa 8524907  T
Q  210 gtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaaga 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8524908 gtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagccagagaaatcattgttagcaaggttgagtttttgaatataagcaaga 8525007  T
Q  310 tggaaaagggtactgttaggattgaatataccttgaagaccttcacagccaaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtgacaccat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8525008 tggaaaagggtactgttaggattgagtatgccttgaagaccttcacagccaaggttgaggccaatcacgtgaccactgatggtgtcacacgtgacaccat 8525107  T
Q  410 tccatgagcagcaatcagtctcatttttccatgttgctgttttcaaaagagaaaattcatcacaaccat---aatgagcatattcagaatttataatgaa 506  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||  ||   ||| ||||  ||||||||||||| ||||    
T  8525108 cccatgagcagcaatcaatctcatttttccatgttgctgttttcaaaagacgagattcatcacaaaaataagaataagcaggttcagaatttatagtgaa 8525207  T
Q  507 ggatgacttgaaat 520  Q
    ||||||||||||||    
T  8525208 ggatgacttgaaat 8525221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 360 - 409
Target Start/End: Original strand, 14554452 - 14554501
Alignment:
Q  360 aaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtgacaccat 409  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||    
T  14554452 aaggtctagttcaatcacgtgacctgatatggtgtcgcacgtgacaccat 14554501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 10 - 461
Target Start/End: Original strand, 42125250 - 42125704
Alignment:
Q  10 gagtttggtgttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaa 109  Q
    ||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  42125250 gagtttggtcttattgaagacatatttgtattatccaaaaacagctccctcaaatttgttgcattttgaacaaatctcttcaaggtcgtctctttccaaa 42125349  T
Q  110 ctaaattgtaataata---atgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgaga 206  Q
    |||| |  | ||||     ||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42125350 ctaactgatcataaccggtatatccagagagatgaagtgattgtaatttggaaaggtgtgagatttgaattggaatttcacctttaaagaaactacgaga 42125449  T
Q  207 caagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagca 306  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |||||| || | ||    
T  42125450 caagtcaagatgtgcaagactcataaacccaccaaacttagaatgaaaatgagagtaagagaaatcattgttagaaaggttgagtgtttgaagatgaaca 42125549  T
Q  307 agatggaaaagggtactgttaggattgaatataccttgaagaccttcacagccaaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtgacac 406  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  | | |||||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  42125550 agattgaaaagggtactgttaggatgtagtttaccttgaaggccttcacagccaagattgaggccaatcacgtgacgagtgatggtatcacacgtgacac 42125649  T
Q  407 cattccatgagcagcaatcagtctcatttttccatgttgctgttttcaaaagaga 461  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42125650 cattccatgagcagcaatcagtcccatttttccatgttgctgttttcagaagaga 42125704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 10 - 452
Target Start/End: Original strand, 42130484 - 42130920
Alignment:
Q  10 gagtttggtgttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaa 109  Q
    ||||||||| ||| |||||||| ||||||    |||||||||| ||| |  || | |||||  |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||    
T  42130484 gagtttggtcttattgaagacatatctgtggagtccaaaaacagctctcgtaaatctgttgcattttgcaacagcctcttcaaggtagtctctttccaaa 42130583  T
Q  110 ctaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaa 209  Q
     |||   || |||||  |   |||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||  ||||  ||||||    
T  42130584 ttaa---gtcataatttt---cagagagatgaagtgattgtaatttggataggtgagagatttgagttggaatttcaccttctaagttactatcagacaa 42130677  T
Q  210 gtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaaga 309  Q
    |||||||||||| ||||||  ||| |||| ||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| | || | |||||    
T  42130678 gtcaagatgtgtaagactctgaaatccacaaaacttataatgaaaatgagagtcaaagaaatcattgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaacaaga 42130777  T
Q  310 tggaaaagggtactgttaggattgaatataccttgaagaccttcacagccaaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtgacaccat 409  Q
    || ||||||||||| |||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||||    
T  42130778 tgaaaaagggtactattaggattgaatgtacctgtaaggccttcacagccaaggttgaggtcaatcacgtgaccagagactgtgtcacacgtgacgccat 42130877  T
Q  410 tccatgagcagcaatcagtctcatttttccatgttgctgtttt 452  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42130878 tccatgagcagcaatcagtcccatttttccatgttgctgtttt 42130920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 34 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 34231134 - 34230708
Alignment:
Q  34 tctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgtaataataatgcccag 133  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||  |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||      || || |||||    
T  34231134 tctgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaactt------atcattcccag 34231041  T
Q  134 atagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaa 233  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||  ||||||||| ||| |||||||| |  ||||||||| |||||||| ||||||| |||    
T  34231040 aaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactcataaa 34230941  T
Q  234 cccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaat------------aattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggta 321  Q
    ||| |||||||| ||||||||||  ||| || ||||||            ||||||| |||||||||||  ||||||  | |||||||||||||||||||    
T  34230940 cccgccaaacttagaatgaaaatgggagccagagaaatcgttagagaaataattgttcgaaaggttgagcatttgaaggtgagcaagatggaaaagggta 34230841  T
Q  322 ctgttaggattgaatataccttgaagaccttcacagccaaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtgacaccattccatgagcagc 421  Q
    || ||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34230840 ctattaggatggagtataccttgaaagccttcacagccaaggttaaggccaatgacgtgaccagatacggtgtcacacgtgacaccatgccatgagcagc 34230741  T
Q  422 aatcagtctcatttttccatgttgctgttttca 454  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34230740 aatcagtcccatttttccatgttgctgttttca 34230708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 20 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 34239191 - 34238763
Alignment:
Q  20 ttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaaattgta 119  Q
    |||| ||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| ||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |        
T  34239191 ttaaagaagacatatctgaataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctctttaaggtggtctctttccaaactaactc--- 34239095  T
Q  120 ataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgt 219  Q
       |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||   ||    | ||  ||||||||||||||||    
T  34239094 ---ataatgcccagaaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtatgagatttgagaaggaatttcaccgccaacatgagtattagacaagtcaagatgt 34238998  T
Q  220 gtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaaggg 319  Q
    || ||||||  |||||  |||||||| |||| |||||| ||  || |||||  ||||||||||||||||||| |||| | || | ||| || ||||||||    
T  34238997 gtaagactcgtaaacctgccaaacttagaatcaaaataggaaccatagaaaccattgttagaaaggttgagtgtttggagatgaacaatattgaaaaggg 34238898  T
Q  320 tactgttaggattgaatataccttgaagaccttcacagccaaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtgacaccattccatgagca 419  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||  |||||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34238897 tactattaggatggagtataccttgaaagccttcacaaccaaggttaaggccaatgacgtgaccagatacggtgtcacacgtgacaccatgccatgagca 34238798  T
Q  420 gcaatcagtctcatttttccatgttgctgttttca 454  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34238797 gcaatcagtcccatttttccatgttgctgttttca 34238763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 136 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 41712010 - 41711694
Alignment:
Q  136 agatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacc 235  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||  ||||| |||||||||||  |||||||||||||    
T  41712010 agatgaagtgattgtaatttggagaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaacc 41711911  T
Q  236 caccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgttaggattgaa 335  Q
     ||||||||| ||||||||||  |||| | |||||| ||||| ||||||||||||| |||| | || | ||||||||||||| ||| | ||||||| |||    
T  41711910 gaccaaacttagaatgaaaatgggagtaagagaaatcattgtaagaaaggttgagtgtttggagatgaacaagatggaaaagagtattattaggatggaa 41711811  T
Q  336 tataccttgaagaccttcacagccaaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtgacaccattccatgagcagcaatcagtctcattt 435  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| ||  ||| |||| |||||  || ||||||||| ||||||||   ||||||||| |||||||||||||||    
T  41711810 tataccttgaaggccatcacagccaaggttgaggccaaccacgcgaccatagacggtgtcacatgtgacaccgggccatgagcaacaatcagtctcattt 41711711  T
Q  436 ttccatgttgctgtttt 452  Q
    |||||||||| ||||||    
T  41711710 ttccatgttgttgtttt 41711694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 146 - 452
Target Start/End: Original strand, 42118787 - 42119097
Alignment:
Q  146 attgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaa-ctacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaact 244  Q
    ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  42118787 attgtaatttggataagtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaaactatgagacaagtcaagatgtgtaagactcaaaaaaccaccaaact 42118886  T
Q  245 ttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgttaggattgaatataccttg 344  Q
    | |||||||||  |||  |  |||||| ||||   | |||||| ||| |||| | || | ||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||||       
T  42118887 tagaatgaaaacgagaagcggagaaattattggatgcaaggtttagtgtttggagatgaacaagatggaaaagggtattgttaggatgtaatttaccagt 42118986  T
Q  345 aagaccttcacagccaaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtgacaccattcc---atgagcagcaatcagtctcatttttccat 441  Q
    ||| | || | |||||||||| ||  ||||||||||||||| ||   || |||||| |||||||| ||   ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  42118987 aaggcgttaaaagccaaggttgagaccaatcacgtgaccagagactctgacacacgcgacaccatgccatgatgagcagcaatcagtcccatttttccat 42119086  T
Q  442 gttgctgtttt 452  Q
    ||||| |||||    
T  42119087 gttgcagtttt 42119097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 204 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 41570172 - 41569923
Alignment:
Q  204 agacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataa 303  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||  ||||| ||||  ||||  ||||||| ||||| |||||||||||||  ||| | || |    
T  41570172 agacaagtcaagatgtgtaagactcttaaatccaccaaactgagaatgcaaattggagttgaagaaatcattgtgagaaaggttgagtgattggagatga 41570073  T
Q  304 gcaagatggaaaagggtactgttaggattgaatataccttgaagaccttcacagccaaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtga 403  Q
    |||||||| ||||| ||  |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  ||  |||||||| |||||| ||  | ||| |||||||    
T  41570072 gcaagatgaaaaagagtgttgttaggataaattttaccttgaaggcattcacagccaaggtcgagaccaatcacgcgaccagagacagcgtcgcacgtga 41569973  T
Q  404 caccattccatgagcagcaatcagtctcatttttccatgttgctgttttc 453  Q
    |||||| |||||| || ||||  |||||| |||||||||||| |||||||    
T  41569972 caccatgccatgaacaacaatttgtctcaattttccatgttgatgttttc 41569923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 36 - 113
Target Start/End: Original strand, 42118703 - 42118780
Alignment:
Q  36 tgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaactaa 113  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42118703 tgtattatccaaaaacatctccctcaaatttgttgcattttgaacaaatctcttcaaggtcgtctctttccaaactaa 42118780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 41570305 - 41570262
Alignment:
Q  65 ttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaa 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  41570305 ttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaagtggtttctttccaa 41570262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 10 - 461
Target Start/End: Complemental strand, 25521372 - 25520921
Alignment:
Q  10 gagtttggtgttaatgaagacaaatctgtattatccaaaaacaactccctcaagtttgttgtgttttgcacaagtctcttcaaggtggtctctttccaaa 109  Q
    ||||||||| |||  ||||||| || ||||| ||||||||||||||||   || |||||||  ||||||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||    
T  25521372 gagtttggtcttatagaagacatatttgtataatccaaaaacaactcctgtaaatttgttgcattttgcaaaagcctctttaagatggtctctttccaaa 25521273  T
Q  110 ctaaattgtaataataatgcccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaa 209  Q
    |||||   |||  | ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  25521272 ctaaaacataaccaaaatacccagaaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtgtgagatttgagttggaattttacctttaaagaaactaccagacaa 25521173  T
Q  210 gtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaaga 309  Q
    || ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| | ||||||||  ||| ||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25521172 gtaaagatgtgtaagactctgaaacccaccaaacttagcatgaaaatgggagccagtgaaatcattgtaagaaaggttgagtttttgaatatgagcaaga 25521073  T
Q  310 tggaaaagggtactgttaggattgaatataccttgaagaccttcacagccaaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtgacaccat 409  Q
    |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||  |||||||| |||||    ||||||| || ||||||||||    
T  25521072 tggaaaagagtactattaggatggaatataccttggaggccttcacagccaaggttgaggccaatcacgcgaccaaaagtggtgtcgcatgtgacaccat 25520973  T
Q  410 tccatgagcagcaatcagtctcatttttccatgttgctgttttcaaaagaga 461  Q
     ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  25520972 gccatgagcagcaatcagtcccatatttccatgttgctgttttcagaagaga 25520921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 136 - 452
Target Start/End: Original strand, 12250200 - 12250516
Alignment:
Q  136 agatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacc 235  Q
    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| | || || |    
T  12250200 agatgaagtgattctaatttggaaaggtgtgagatttgagttggaacttcacctttaaagaaactattagacaagtcaagatgtgtaagattaaagaatc 12250299  T
Q  236 caccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgttaggattgaa 335  Q
    |||||||||| ||||||||||  ||||   |||||| ||||  ||||||||||||| |||| | || |||||||| |||||||||||| ||||| |  ||    
T  12250300 caccaaacttagaatgaaaatgggagtttgagaaatcattggaagaaaggttgagtgtttggagatgagcaagatcgaaaagggtactattaggttgtaa 12250399  T
Q  336 tataccttgaagaccttcacagccaaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtgacaccattccatgagcagcaatcagtctcattt 435  Q
    |||||| | ||| ||||||  ||||||||  ||  ||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  12250400 tataccatcaaggccttcatcgccaaggtcgaggccaatcacatgaccatagattgtgtcacatgtgacaccatgccatgagcagcaatcagtcccattt 12250499  T
Q  436 ttccatgttgctgtttt 452  Q
    | |||||||||||||||    
T  12250500 tgccatgttgctgtttt 12250516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 134; Significance: 2e-69; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 129 - 450
Target Start/End: Original strand, 11120146 - 11120467
Alignment:
Q  129 cccagatagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgtgagactc 228  Q
    |||||| |||| ||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| | || |  ||||  |||||||| ||||||||| ||||||    
T  11120146 cccagagagataaagggattgtaatttggaaagatatgagatttgagttggaatttcaccataaatgttactataagacaagtaaagatgtgtaagactc 11120245  T
Q  229 aaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagtcaaagaaataattgttagaaaggttgagtttttgaatataagcaagatggaaaagggtactgttag 328  Q
      ||||||||||||||| |||||||||  |||| |  |||||| |||||    |||||||||| |||| | || | ||||||||||||||||||| || |    
T  11120246 tgaaacccaccaaacttagaatgaaaacgagagccggagaaattattgtatacaaggttgagtgtttggagatgaacaagatggaaaagggtactattcg 11120345  T
Q  329 gattgaatataccttgaagaccttcacagccaaggtttagttcaatcacgtgaccagtgatggtgtcacacgtgacaccattccatgagcagcaatcagt 428  Q
    |||  ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11120346 gatgtaatatgccttgaagaccttcacagccaagattgaggccaatcacgcgaccagagatggtgtcgcacgtgacaccattccatgagcagcaatcagt 11120445  T
Q  429 ctcatttttccatgttgctgtt 450  Q
    | ||||||||||||||| ||||    
T  11120446 cccatttttccatgttgttgtt 11120467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University