View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1299_2D_low_15 (Length: 828)

Name: NF1299_2D_low_15
Description: NF1299_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1299_2D_low_15
NF1299_2D_low_15
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (1-809)||(12160241-12161052)
chr1 (50-484)||(12153975-12154429)
chr1 (64-305)||(12153378-12153620)
chr1 (49-307)||(12153568-12153824)
chr1 (51-322)||(12159682-12159953)
chr1 (44-238)||(12160087-12160281)
chr1 (55-309)||(12159487-12159736)
chr1 (67-279)||(12153788-12154000)
chr1 (50-322)||(12159885-12160161)
chr1 (137-245)||(12153260-12153368)
chr1 (145-326)||(12159373-12159554)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 809
Target Start/End: Original strand, 12160241 - 12161052
Alignment:
Q  1 taaaattagagatagcacataaaggtaacttgattagaacatattgctgaaaggaatatacgtagcgtgattcaatagaaaataataaatgtataaatat 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12160241 taaaattagagaaagcacataaaggtaacttgattagaacatattgctgaaaggaatatacgtagtgtgattcaatagaaaagaataaatgtataaatat 12160340  T
Q  101 attgtgattccttgatgaggagtgggaaaagattaatagtggctctacaaaccaccacccccataggaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12160341 attgtgattccttgatgaggagtgggaaaagattaatagtggctctacaaaccaccacccccataggaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataa 12160440  T
Q  201 aattagagaaaacacataaaggaagtgtgattagaacagggaaaagcctacaacaaggaatatatgtagcgtgattcaatagataggaataaaggtataa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12160441 aattagagaaaacacataaaggaagcgtgattagaacatggaaaaatctacaacaaggaatatatgtagcgtgattcaatagataggaataaaggtataa 12160540  T
Q  301 atgtaccgtaataccatgatgaaaagaggtaaacaattgtagattctgaaagtagctgctgaaactaaaagcatgcgttgatgagaaattactaatatgg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  12160541 atgtaccgtaataccatgatgaaaagaggtaaacaatcgtagattccgaaagtagctgctgaaactaaaagcatgtgttgatgagaaattactaatatgg 12160640  T
Q  401 gttggtcaaacacttttaaataggtcccacataaagtggtgggtcgatctataacgtgccactataggtggttttatcaaagtacatttttagtggtggg 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12160641 gttggtcaaacacttttaaataggtcccacataaaggggtgggtcgatctataacctgtcactataggtggttttataaaagtacatttttagtggtggg 12160740  T
Q  501 tccctcatctattttatctattgacac--attaaatattatcatgtttttgattttcttcacaacctttggcaaatttgaaacaatctttgaccattgta 598  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12160741 tccctcatctattttatatattgacacatattaaatattatcatgtttttgattttcttcacaacctttggcaaatttgaaacaatctttgaccattgta 12160840  T
Q  599 ggctataataca-nnnnnnnnnncaaaacccaagtcatttttatcaccagcttgatgtgaaccagaaattccttcatgtagccaaggttacataaacatc 697  Q
    ||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12160841 ggctataatacattttttcttttcaaaacccaagtcatttttatcaccagcttgatgtgaaccagaaattccttcatgtagctaaggttacataaacatc 12160940  T
Q  698 ttcctcgcttaaacatctcgctaaagtcccattcgaaatctgtttgtacaattcatcaagctatgtacaattaaatttcttactatgatgctttaaatat 797  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12160941 ttcctcgctcaaacatctcgctaaagccccattcgaaatctgtttgtacaattcatcaagctatgtacaattaaatttcttactatgatgctttaaatat 12161040  T
Q  798 cttggtgctaat 809  Q
    ||||||||||||    
T  12161041 cttggtgctaat 12161052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 50 - 484
Target Start/End: Original strand, 12153975 - 12154429
Alignment:
Q  50 aaaggaatatacgtagcgtgattcaatagaaaataataaatgtataaatatattgtgattccttgatgaggagtgggaaaagattaatagtggctctaca 149  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| |    
T  12153975 aaaggaatagatgtagcgtgattcaaaagaaattaataaa-gtataaatatattgtgattccttgatgagaaatgggaaaagattaaaagtggctctaaa 12154073  T
Q  150 aaccaccacccccataggaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataaaattagagaaaacacataaagg-aagt---gtgattagaacagggaaaa 245  Q
    |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||| || |    | |||| |||||||||||    
T  12154074 aaccacaatccccatagaaaaggttgaaagtggggcatatgaaatgaataaaattagagaaagcacataaaggtaactttattaattaaaacagggaaaa 12154173  T
Q  246 gcctacaacaaggaatatatgtagcgtgattcaatagataggaataaaggtataaa----tgtacc-------gt------aataccatgatgaaaagag 328  Q
     ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||||||||||    | ||||       ||      |||| | |||||| |||||    
T  12154174 acctacagaaaggaatagatgtagcgtgattcaatagaaaagagtaaaggtataaacaattttaccaatatgggttggtccaatagcgtgatgagaagag 12154273  T
Q  329 gtaaacaattgtagattctgaaagtagctgctgaaactaaaagcatgcgttgatgagaaattactaatatgggttggtcaaacacttttaaataggtccc 428  Q
    | ||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |||||||    
T  12154274 ggaaaaaatcgtagattatgagagtagttgctgaaactagaagcatgcgtggatgaaaaattaccaatatgggttggtccaacaattttaaacaggtccc 12154373  T
Q  429 acataaagtggtgggtcgatctataacgtgccactataggtggttttatcaaagta 484  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||||||| ||||||    
T  12154374 acataaagtggtgggtccatctataacgtgtcattagaggtggttttatgaaagta 12154429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 64 - 305
Target Start/End: Original strand, 12153378 - 12153620
Alignment:
Q  64 agcgtgattcaatagaaaataataaatgtataaatatattgtgattccttgatgagga--gtgggaaaagattaatagtggctctacaaaccaccacccc 161  Q
    |||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||| |  ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||  | ||    
T  12153378 agcgtgattctatagaaatgaataaatgtataaatgtattgtgatttcgtgatgagaaatgtgggaaaagattaa-agtgtctctaaaaaccacaccgcc 12153476  T
Q  162 cataggaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataaaattagagaaaacacataaaggaagtgtgattagaacagggaaaagcctacaacaaggaat 261  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||    
T  12153477 catagaaaaggttgaaagtggggcacatgaaatgaagaaaattatagaaagcacataaaggtagcgtgattagaacagggaaaaacctgcagaaaggaat 12153576  T
Q  262 atatgtagcgtgattcaatagataggaataaaggtataaatgta 305  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12153577 agatgtagcgtgattcaatagaaaggaataaaggtataaatgta 12153620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 49 - 307
Target Start/End: Original strand, 12153568 - 12153824
Alignment:
Q  49 gaaaggaatatacgtagcgtgattcaatagaaaataataaatgtataaatatattgtgattccttgatgaggagtgggaaaagattaatagtggctctac 148  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  12153568 gaaaggaatagatgtagcgtgattcaatagaaaggaataaaggtataaatgtattgtgattctgtgatgagaagtgggaaaagattaaaagtggctctac 12153667  T
Q  149 aaaccaccacccccataggaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataaaattagagaaaacacataaaggaagtgtgattagaacagggaaaagcc 248  Q
    ||||||   | ||||||| ||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |  |||||||||| |||||||| ||    
T  12153668 aaaccatagctcccatagaaaaggttgaatttggagcacatgaaatgaataaaattagataaagcacataaaggta--gtgattagaatagggaaaaacc 12153765  T
Q  249 tacaacaaggaatatatgtagcgtgattcaatagataggaataaaggtataaatgtacc 307  Q
      ||  ||||| || |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  12153766 cgcagaaaggactagatgtaatgtgattcaatagaaaggaataaaggtataaatgtacc 12153824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 51 - 322
Target Start/End: Original strand, 12159682 - 12159953
Alignment:
Q  51 aaggaatatacgtagcgtgattcaatagaaaataataaatgtataaatatattgtgattccttgatgaggagtgggaaaagattaatagtggctctacaa 150  Q
    |||||||| | ||||||| ||||||||||||  |||| | |||||||| ||  || |||| |||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  12159682 aaggaatagatgtagcgtaattcaatagaaaggaatacaggtataaatgtaccgtcattcgttgatgataagtgggaaaagattaaaaatggctctacaa 12159781  T
Q  151 accaccacccccataggaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataaaattagagaaaacacataaaggaagtgtgattagaacagggaaaagccta 250  Q
    | ||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||||||| | |||| |||     
T  12159782 atcaccacccctatagaaaatgttgaaagtggggcaaacaaaatgaataaaattagagaaaccacataaaggtagcgtggttagaacatgcaaaaacctg 12159881  T
Q  251 caacaaggaatatatgtagcgtgattcaatagataggaataaaggtataaatgtaccgtaataccatgatga 322  Q
    ||  |||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || || ||||||    
T  12159882 cataaaggaatagatgtagcgtgattaaatagaaaggaataaaggtataaatgtaccgtgattccttgatga 12159953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 44 - 238
Target Start/End: Original strand, 12160087 - 12160281
Alignment:
Q  44 ttgctgaaaggaatatacgtagcgtgattcaatagaaaataataaatgtataaatatattgtgattccttgatgaggagtgggaaaagattaatagtggc 143  Q
    |||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||  ||||||  | ||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  12160087 ttgcagaaaggaatatatgtcgcgtggttcaatagaaaggaataaaattttaaatatatcgtgattccatgatgagaagtgggaaaagattaaaagtggc 12160186  T
Q  144 tctacaaaccaccacccccataggaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataaaattagagaaaacacataaaggaagtgtgattagaaca 238  Q
    |||| |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |   |||||||||||    
T  12160187 tctaaaaaccaccaccctcatataaaaggttgaaagtggggcacatgaaatgaataaaattagagaaagcacataaaggtaacttgattagaaca 12160281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 55 - 309
Target Start/End: Original strand, 12159487 - 12159736
Alignment:
Q  55 aatatacgtagcgtgattcaatagaaaataataaatgtataaatatattgtgattccttgatgaggagtgggaaaagattaatagtggctctacaaacca 154  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||  ||   ||||||||||||||  ||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  12159487 aatatatgtagcgtgattcaatagaaacgaataaaggtataaaagtaccatgattccttgatgaaaagtaggaaaagtttaaaagtggcactacaaacca 12159586  T
Q  155 ccacccccataggaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataaaattagagaaaacacataaaggaagtgtgattagaacagggaaaagcctacaac 254  Q
    |  |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||  ||| ||| | || ||||||| |||| |||||| |||         
T  12159587 catccccaatagaaaaggttgaaagtggggcacatgaaattaataaaattagaaaaagaacacaaaagtagggtgattaaaaca-ggaaaaacct----g 12159681  T
Q  255 aaggaatatatgtagcgtgattcaatagataggaataaaggtataaatgtaccgt 309  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  12159682 aaggaatagatgtagcgtaattcaatagaaaggaatacaggtataaatgtaccgt 12159736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 67 - 279
Target Start/End: Original strand, 12153788 - 12154000
Alignment:
Q  67 gtgattcaatagaaaataataaatgtataaatatattgtgattccttgatgaggagtgggaaaagattaatagtggctctacaaaccaccacccccatag 166  Q
    |||||||||||||||  |||||| |||||||| ||   ||||||||||||||| | || ||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||    
T  12153788 gtgattcaatagaaaggaataaaggtataaatgtaccatgattccttgatgagaaatgtgaaaagattaaaagcgcctcgacaaaccaccacccccatag 12153887  T
Q  167 gaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataaaattagagaaaacacataaaggaagtgtgattagaacagggaaaagcctacaacaaggaatatatg 266  Q
     |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |  ||||||||||| | | ||   | ||| |||||||| |||    
T  12153888 aaaaggttgaacgtagggcacatgaaatgaataaaattagagaaagcacataaaggctgcatgattagaacatgcataaaaatgcaaaaaggaatagatg 12153987  T
Q  267 tagcgtgattcaa 279  Q
    |||||||||||||    
T  12153988 tagcgtgattcaa 12154000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 50 - 322
Target Start/End: Original strand, 12159885 - 12160161
Alignment:
Q  50 aaaggaatatacgtagcgtgattcaatagaaaataataaatgtataaatatattgtgattccttgatgaggagtgggaaaagattaatagtggctctaca 149  Q
    ||||||||| | ||||||||||| ||||||||  |||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| ||| | | |||||||| ||| ||| ||||    
T  12159885 aaaggaatagatgtagcgtgattaaatagaaaggaataaaggtataaatgtaccgtgattccttgatgagaagttgtacaagattaaaagttgctttaca 12159984  T
Q  150 aaccaccacccccataggaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataaaattagagaaaacacataaag----gaagtgtgattagaacagggaaaa 245  Q
    ||| || ||||   ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||    | || ||||| |||| ||||||||    
T  12159985 aacaacaacccttgtaaaaaaggttgaaagtggggcacatgaaatgaataaaattagataaagcacattaaggtacgtagcgtgataagaatagggaaaa 12160084  T
Q  246 gcctacaacaaggaatatatgtagcgtgattcaatagataggaataaaggtataaatgtaccgtaataccatgatga 322  Q
     | | ||  ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||  | ||||| || ||| || |||||||||    
T  12160085 acttgcagaaaggaatatatgtcgcgtggttcaatagaaaggaataaaattttaaatatatcgtgattccatgatga 12160161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 137 - 245
Target Start/End: Original strand, 12153260 - 12153368
Alignment:
Q  137 tagtggctctacaaaccaccacccccataggaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataaaattagagaaaacacataaaggaagtgtgattagaa 236  Q
    ||||||||||| |||||||  | ||||||| |||| |||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  12153260 tagtggctctaaaaaccacagcgcccatagaaaagattgaaaatggggtacaagaaatgaataaaattagataaaacacataaaggtagcgtgattagaa 12153359  T
Q  237 cagggaaaa 245  Q
    || ||||||    
T  12153360 catggaaaa 12153368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 145 - 326
Target Start/End: Original strand, 12159373 - 12159554
Alignment:
Q  145 ctacaaaccaccacccccataggaaaggttgaaagtggggcacatgaaacgaataaaattagagaaaacacataaaggaagtgtgattagaacagggaaa 244  Q
    ||||||||||| |||||| ||| ||| | ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||    | ||||||| || | |||||    
T  12159373 ctacaaaccacaacccccgtagaaaaagctgaaagtggagtacatgaaatgaataaaattagagaaagcacatgaaatttgcgtgattataaaatggaaa 12159472  T
Q  245 agcctacaacaaggaatatatgtagcgtgattcaatagataggaataaaggtataaatgtaccgtaataccatgatgaaaag 326  Q
    | | |  |  ||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| | || || ||||||||||    
T  12159473 aacgtgtagaaaaaaatatatgtagcgtgattcaatagaaacgaataaaggtataaaagtaccatgattccttgatgaaaag 12159554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University