View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1299_2D_low_21 (Length: 697)

Name: NF1299_2D_low_21
Description: NF1299_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1299_2D_low_21
NF1299_2D_low_21
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (16-678)||(19665030-19665689)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (16-625)||(48617730-48618333)
chr1 (16-580)||(11547233-11547794)
chr1 (28-601)||(48653134-48653704)
chr1 (79-601)||(48656633-48657152)
chr1 (380-601)||(48661897-48662118)
chr1 (470-592)||(48667576-48667698)
chr1 (78-333)||(48628930-48629184)
chr1 (380-583)||(48585690-48585893)
chr1 (463-569)||(48629284-48629390)
chr1 (380-583)||(48640263-48640466)
chr1 (178-331)||(48661716-48661866)
chr1 (156-331)||(48667289-48667461)
chr1 (140-306)||(48585453-48585616)
chr1 (140-274)||(48640026-48640160)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (84-625)||(27228237-27228781)
chr8 (84-583)||(27224046-27224536)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (100-268)||(44044493-44044661)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 613; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 613; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 678
Target Start/End: Complemental strand, 19665689 - 19665030
Alignment:
Q  16 gaaatgaatatttactaaaaggatgtagaaaatccggtatttcgttatgtttaagagctacgaaaggtaattgagcatcaatataaggttctttttccga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665689 gaaatgaatatttactaaaaggatgtagaaaatccggtatttcgttatgtttaagagctacgaaaggtaattgagcatcaatataaggttctttttccga 19665590  T
Q  116 agggaaacgtaccgttttatgaaaatagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagct 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665589 agggaaacgtaccgttttatgaaaatagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagct 19665490  T
Q  216 acatcacaaacccaaggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaataggtttctttgactcatcatgatgattcttaatcatttgagaaagaaactttg 315  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  19665489 acatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatgcaagaaataggtttgtttgactcattatgat---tcttaatcatttgagaaagaaactttg 19665393  T
Q  316 tcccaacaagctcaagctgtgttgagtatccaccaagacttcttctaatgggatcatcatcttctaaaccatcatcaaagaagtgaaaagtgagagaacc 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  19665392 tcccaacaagctcaagctgtgttgagtatccaccaagacttgctctaatgggatcatcatcttctaaaccatcatcaaagaagtggaaaatgagagaacc 19665293  T
Q  416 atcacctattggagtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccagctttctctgtagtgatgaagatgactgaagaacccttt 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665292 atcacctattggagtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccagctttctctgtagtgatgaagatgactgaagaacccttt 19665193  T
Q  516 gcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagataaggaggatgtgaatgggtgcttctgatgatcccattt 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665192 gcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagataaggaggatgtgaatgggtgcttctgatgatcccattt 19665093  T
Q  616 tctttttcttaggttggtgattttcttctttagacttagagatgagacttttattgtggtagc 678  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19665092 tctttttcttaggttggtgattttcttctttaaacttagagatgagacttttattgtggtagc 19665030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 250; Significance: 1e-138; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 16 - 625
Target Start/End: Complemental strand, 48618333 - 48617730
Alignment:
Q  16 gaaatgaatatttactaaaaggatgtagaaaatccggtatttcgttatgtttaagagctacgaaaggtaattgagcatcaatataaggttctttttccga 115  Q
    |||||| | ||| |||||||||||| |||||||| || ||||| || | ||||||| ||   |||||||||||| ||||||||||||||||| |||  ||    
T  48618333 gaaatggaaattgactaaaaggatgaagaaaatctgggatttcattgtatttaagaacttgaaaaggtaattgaacatcaatataaggttctgtttgtga 48618234  T
Q  116 agggaaacgtaccgttttatgaaaatagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagct 215  Q
    |||||||||||||  ||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||||    
T  48618233 agggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagcagaaaaaacagcagttgattgaatccataacaaagcagaaggaataccatgttcatcagct 48618134  T
Q  216 acatcacaaacccaaggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaataggtttctttgactcatcatgatgattcttaatcatttgagaaagaaactttg 315  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||| ||| ||||||   |||| ||||||||||||| |||   |     
T  48618133 acatcacaaacccatggaacaaaaggattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttgaatcagcatgat---tcttgatcatttgagaaacaaagggtt 48618037  T
Q  316 tcccaacaagctcaagctgtgttgagtatccaccaagacttcttctaatgggatcatcatcttctaaaccatcatcaaagaagtgaaaagtgagagaacc 415  Q
    | |||||||| |  || |||  |  ||| ||   |||| ||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||    
T  48618036 ttccaacaagtttgagatgttctatgtagcctaaaagatttcctctaagaggatgatcatcttctaaaccatcatctaagaactcaaaagtaagagaacc 48617937  T
Q  416 atcacctattggagtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccagctttctctgtagtgatgaagatgactgaagaacccttt 515  Q
    |||||| |||| |||||||||||| | | |||| ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  48617936 atcaccaattgaagtgagtgatttttcaatgatattgttaacagttcttatgtctttgccagctttctctgttgtgatgaagatgacagaagcacccttt 48617837  T
Q  516 gcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagataaggaggatgtgaatgggtgcttctgatgatcccattt 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||  ||||||    ||||||||||    
T  48617836 gcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggataagagataagaaggatatgagtgtttgcttc---ggatcccattt 48617740  T
Q  616 tctttttctt 625  Q
    ||||||||||    
T  48617739 tctttttctt 48617730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 16 - 580
Target Start/End: Original strand, 11547233 - 11547794
Alignment:
Q  16 gaaatgaatatttactaaaaggatgtagaaaatccggtatttcgttatgtttaagagctacgaaaggtaattgagcatcaatataaggttctttttccga 115  Q
    |||||| ||||  |||||||||||| |||||||| || ||||| || | ||||||  ||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  11547233 gaaatggatatggactaaaaggatgaagaaaatctgggatttcattgtatttaaggacttgaaaaggtaattgaacatcaatataaggttctttttccaa 11547332  T
Q  116 agggaaacgtaccgttttatgaaaatagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagct 215  Q
    ||| ||| |||||  ||| |  |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||| |  ||||    
T  11547333 aggaaaatgtaccagtttgttgaaatagttatagtaagcagcaaaaactgcagtggattgaacccataataaaacagaaggaataccatgttcatgagct 11547432  T
Q  216 acatcacaaacccaaggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaataggtttctttgactcatcatgatgattcttaatcatttgagaaagaaactttg 315  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||   |||| ||||||||||| | |||   |     
T  11547433 acatcacaaacccaaggaacaaaaggattgtttatgatacaagaaattggtttgtttgactcaacatgat---tcttgatcatttgagacaaaaaaggtt 11547529  T
Q  316 tcccaacaagctcaagctgtgttgagtatccaccaagacttcttctaatgggatcatcatcttctaaaccatcatcaaagaagtgaaaagtgagagaacc 415  Q
    |||||| ||| |  || |||  |  ||| |||| |||| ||   ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  11547530 tcccaaaaagttttagttgttctatgtagccacaaagatttgccctaataggatcatcatcttgtaaaccatcatcaaagaactcaaaagtgagagaacc 11547629  T
Q  416 atcacctattggagtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccagctttctctgtagtgatgaagatgactgaagaacccttt 515  Q
    || ||||||||  |||| |||||| | |  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||    
T  11547630 attacctattgatgtgactgatttttcaacgatgttgttaaccgtttgtatgtctttgccagctttctttgttgtgatgaagatgacagaagcacccttt 11547729  T
Q  516 gcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagataag 580  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  11547730 gcagcaagacactttgctaatctaagaagagggtttatgtgtccttgtcctggaaaagagataag 11547794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 28 - 601
Target Start/End: Original strand, 48653134 - 48653704
Alignment:
Q  28 tactaaaaggatgtagaaaatccggtatttcgttatgtttaagagctacgaaaggtaattgagcatcaatataaggttctttttccgaagggaaacgtac 127  Q
    ||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  |  ||||||||||||||    
T  48653134 tactaaaaggatgcagaaaatctgggatttcattatgtttaagaactacaaaaggtaattgaacatcaatataaggttcttcatttgaagggaaacgtac 48653233  T
Q  128 cgttttatgaaaatagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagctacatcacaaacc 227  Q
    |  ||| || |||||||| |||||||| || | |||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||    
T  48653234 cagtttgtggaaatagttgtagtaagcggtaagaacagcggtggattgaacccataataaaacagaaggaataccatgttcatcagctacatcacaaacc 48653333  T
Q  228 caaggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaataggtttctttgactcatcatgatgattcttaatcatttgagaaagaaactttgtcccaacaagct 327  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| |   ||||||||| ||||||||||||| |||   | | |||||||| |    
T  48653334 caaggaagaaagggattatttatgagacatgaaattggtttgtttgactcagc---atgattcttgatcatttgagaaacaaagggttttccaacaagtt 48653430  T
Q  328 caagctgtgttgagtatccaccaagacttcttctaatgggatcatcatcttctaaaccatcatcaaagaagtgaaaagtgagagaaccatcacctattgg 427  Q
      ||||||| |  ||| |||  || |  || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  48653431 tgagctgtgctatgtagccagtaatatctcctctaataggatcatcatcttctaaacaatcatcaaagaactcaaaagtgagtgaaccatcaccaattgg 48653530  T
Q  428 agtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccagctttctctgtagtgatgaagatgactgaagaaccctttgcagcaagacac 527  Q
    ||||| |||||| | | |||||||||||||||||   |||||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||    
T  48653531 agtgaatgatttttcaatgatgttgttaacagttcttatgtcttttccagctctttctgttgtgatgaaaatgacagaagcaccctttgcagcaacacac 48653630  T
Q  528 tttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagataaggaggatgtgaatgggtgcttc 601  Q
    |||||||| ||||| | ||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||| |||||    
T  48653631 tttgctagactaagcaaaggattaatgtgtccttgtgctggataagaaataaggaggacatgaatgggagcttc 48653704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 79 - 601
Target Start/End: Original strand, 48656633 - 48657152
Alignment:
Q  79 aaggtaattgagcatcaatataaggttctttttccgaagggaaacgtaccgttttatgaaaatagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaat 178  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||| |||  ||||||||| | |||  ||| || |||||||||||||||  ||||||||||||| | |||| | |    
T  48656633 aaggcaattgaacatcaatacaaggttctgtttttgaagggaaaggcaccagtttgtggaaatagttatagtaacaagtgaaaacagcactagattcatt 48656732  T
Q  179 ccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagctacatcacaaacccaaggaa-gaaaaggattgtttatgatacaagaaataggtttctttgactc 277  Q
      | || | |||| ||||||| |  ||||  |  ||||||||||||||||| | || ||||| | ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||    
T  48656733 aaacaaaatagcaaaaggaattttgtgttctgtggctacatcacaaacccatgaaatgaaaatg-ttgtttatgatgcaagaaattggtgtttttgactc 48656831  T
Q  278 atcatgatgattcttaatcatttgagaaagaaactttgtcccaacaagctcaagctgtgttgagtatccaccaagacttcttctaatgggatcatcatct 377  Q
    | ||||||   | || |||| ||| |||| | |   | |||| ||| |||||||||||| || |||  ||||||||||| |||| ||||||||||| |||    
T  48656832 agcatgat---ttttgatcaattgggaaacatatagtttcccgacatgctcaagctgtgatgtgtagtcaccaagacttgttctcatgggatcatcgtct 48656928  T
Q  378 tctaaaccatcatcaaagaagtgaaaagtgagagaaccatcacctattggagtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccag 477  Q
    |  |||||||| ||||| || | |||||||||  |||| | ||| |||||||||  || ||||| ||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  48656929 ttcaaaccatcgtcaaataaatcaaaagtgaggaaacccttaccgattggagtggttgttttgttagttatgttgttagcagtttccatgtctttgccag 48657028  T
Q  478 ctttctctgtagtgatgaagatgactgaagaaccctttgcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagat 577  Q
    ||||||  || ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||| ||||| | ||  ||||| || |     
T  48657029 ctttctgcgttgtggtgaagatgacagaagaaccctttgcagcaagacacttccctagtttaagaagagagtttatatgtccgtatgaaggataagatac 48657128  T
Q  578 aaggaggatgtgaatgggtgcttc 601  Q
    |||||| || |||||||| |||||    
T  48657129 aaggagaatctgaatgggagcttc 48657152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 380 - 601
Target Start/End: Original strand, 48661897 - 48662118
Alignment:
Q  380 taaaccatcatcaaagaagtgaaaagtgagagaaccatcacctattggagtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccagct 479  Q
    ||||| || ||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| |||||   | ||||||  ||||||| || |||| ||  ||||||||||||||||    
T  48661897 taaactatgatcaaagaactcgaaaatgagagaaccatcacctatcggagttgctaatttgttggtgatgtcgtcaacaattcccatgtctttgccagct 48661996  T
Q  480 ttctctgtagtgatgaagatgactgaagaaccctttgcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagataa 579  Q
    |||||||| ||| |||| ||||| || | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | ||    
T  48661997 ttctctgttgtggtgaaaatgacagaggcaccttttgcagcaagacactttcctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggaaaagaaacaa 48662096  T
Q  580 ggaggatgtgaatgggtgcttc 601  Q
    ||||||| |||||||| |||||    
T  48662097 ggaggatatgaatgggagcttc 48662118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 470 - 592
Target Start/End: Original strand, 48667576 - 48667698
Alignment:
Q  470 tttgccagctttctctgtagtgatgaagatgactgaagaaccctttgcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctgga 569  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48667576 tttgccacctttttctgttgtgatgaagatgacagaagcaccctttgcagcaagacatttacctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctgga 48667675  T
Q  570 tatgagataaggaggatgtgaat 592  Q
     | || | |||||||||||||||    
T  48667676 aaagaaacaaggaggatgtgaat 48667698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 78 - 333
Target Start/End: Original strand, 48628930 - 48629184
Alignment:
Q  78 aaaggtaattgagcatcaatataaggttctttttccgaagggaaacgtaccgttttatgaaaatagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaa 177  Q
    ||||| || ||| ||||||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||   ||| || | ||||||||||||||  | |||||||||| | || | |     
T  48628930 aaaggcaaatgaacatcaatataaggttctgtttctgaaggaaaaggtacaagtttgtggacatagttatagtaagtggcgaaaacagcactagaattat 48629029  T
Q  178 tccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagctacatcacaaacccaaggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaataggtttctttgactc 277  Q
    ||||| | |||||||||||||| ||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||  ||||       
T  48629030 tccatgataaagcagaaggaatgtcatgttcaaaagctacatcgcaaacccatggaagaaaaggattgtatatgatacatgaaattggtttacttga--- 48629126  T
Q  278 atcatgatgattcttaatcattt--gagaaagaaactttgtcccaacaagctcaagct 333  Q
    ||||  ||||||||| |||||||  || ||| |||||   ||||||||||||||||||    
T  48629127 atcagcatgattcttgatcattttagaaaaaaaaactgcctcccaacaagctcaagct 48629184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 380 - 583
Target Start/End: Original strand, 48585690 - 48585893
Alignment:
Q  380 taaaccatcatcaaagaagtgaaaagtgagagaaccatcacctattggagtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccagct 479  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| || || ||||||||| ||||||||   | |||||| | ||||||||||| ||| | |||||| |||||||||     
T  48585690 taaaccatcatcaaagaactcgaaagcgaaagtaccatcaccaattggagttgctaatttgtcaatgatgttgttagcagctcgcatgtttttgccagcc 48585789  T
Q  480 ttctctgtagtgatgaagatgactgaagaaccctttgcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagataa 579  Q
     ||||||| ||| ||||||| || |  | |||||||||||||||| ||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| | |||| ||    
T  48585790 gtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtgtccttgtgctggaaaagagacaa 48585889  T
Q  580 ggag 583  Q
    ||||    
T  48585890 ggag 48585893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 463 - 569
Target Start/End: Original strand, 48629284 - 48629390
Alignment:
Q  463 gcatgtctttgccagctttctctgtagtgatgaagatgactgaagaaccctttgcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttg 562  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||  | |||||||| || | |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48629284 gcatgtctttgcctgctttctctgttgtagtaaagatgacagaggcaccctttgcagcaagacattttcctagtctaagaagagggtttatgtgtccttg 48629383  T
Q  563 tgctgga 569  Q
    |||||||    
T  48629384 tgctgga 48629390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 380 - 583
Target Start/End: Original strand, 48640263 - 48640466
Alignment:
Q  380 taaaccatcatcaaagaagtgaaaagtgagagaaccatcacctattggagtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccagct 479  Q
    ||||||||| |||||||| |  |||| || || ||||||||| ||||||||   | |||||| | ||||||||||| ||| | |||||| |||||||||     
T  48640263 taaaccatcgtcaaagaactcgaaagcgaaagtaccatcaccaattggagttgctaatttgtcaatgatgttgttagcagctcgcatgtttttgccagcc 48640362  T
Q  480 ttctctgtagtgatgaagatgactgaagaaccctttgcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagataa 579  Q
     ||||||| ||| ||||||| || |  | |||||||||||||||| ||||| |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||| | |||| ||    
T  48640363 gtctctgttgtggtgaagataacagtggcaccctttgcagcaagatactttcctagtccaacaagatggtttatgtgtccttgtgctggaaaagagacaa 48640462  T
Q  580 ggag 583  Q
    ||||    
T  48640463 ggag 48640466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 178 - 331
Target Start/End: Original strand, 48661716 - 48661866
Alignment:
Q  178 tccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagctacatcacaaacccaaggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaataggtttctttgactc 277  Q
    ||||||| ||||||||||||||||  |||| | |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||       
T  48661716 tccataataaagcagaaggaatattgtgttcaaaagctatatcacaaacccatggaagaaatggattgtttatgacacatgaaattggtttgtttga--- 48661812  T
Q  278 atcatgatgattcttaatcatttgagaaagaaactttgtcccaacaagctcaag 331  Q
    ||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||| | |||||||    
T  48661813 atcagcatgattcttgatcatttgagaaacaaactgtctcccaatacgctcaag 48661866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 156 - 331
Target Start/End: Original strand, 48667289 - 48667461
Alignment:
Q  156 gtgaaaacagcagtggattgaatccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagctacatcacaaacccaaggaagaaaaggattgtttatgatac 255  Q
    |||||||||||| | || | | ||||||||||||||||||||||||  |||| | |||||| ||||| |||||| |||| |||||| |||||||| ||||    
T  48667289 gtgaaaacagcactagaattagtccataacaaagcagaaggaatattgtgttcaaaagctatatcactaacccatggaaaaaaagggttgtttataatac 48667388  T
Q  256 aagaaataggtttctttgactcatcatgatgattcttaatcatttgagaaagaaactttgtcccaacaagctcaag 331  Q
    | ||||| ||||| || ||   ||||  ||||||||| ||||||||||||| ||| | | ||||||||||||||||    
T  48667389 atgaaattggtttgttcga---atcagcatgattctttatcatttgagaaataaattgtctcccaacaagctcaag 48667461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 140 - 306
Target Start/End: Original strand, 48585453 - 48585616
Alignment:
Q  140 atagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagctacatcacaaacccaaggaagaaaa 239  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| ||| | | ||||| | ||| ||||||||||||  |||| |  ||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  48585453 atagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgataaaacagaaggaatattgtgttcattagcaacatcacaaacccatggaaaaaaa 48585552  T
Q  240 ggattgtttatgatacaagaaataggtttctttgactcatcatgatgattcttaatcatttgagaaa 306  Q
      ||||||||||||||| ||||  ||||| ||| |   ||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  48585553 taattgtttatgatacatgaaaatggtttgtttaa---atcagcatgattcttgatcatttgagaaa 48585616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 274
Target Start/End: Original strand, 48640026 - 48640160
Alignment:
Q  140 atagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccataacaaagcagaaggaatatcatgttgagaagctacatcacaaacccaaggaagaaaa 239  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||| ||| | | ||||| ||||| ||||||||||||  |||| |  ||| || ||||||||||| |||| ||||    
T  48640026 atagttatagtaagtggtgaaaacagcagcggaattagtccatgacaaaacagaaggaatattgtgttcattagcaacgtcacaaacccatggaaaaaaa 48640125  T
Q  240 ggattgtttatgatacaagaaataggtttctttga 274  Q
       |||||||||||||| ||||  ||||| |||||    
T  48640126 tagttgtttatgatacatgaaaatggtttgtttga 48640160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 84 - 625
Target Start/End: Original strand, 27228237 - 27228781
Alignment:
Q  84 aattgagcatcaatataaggttctttttccgaagggaaacgtaccgttttatgaaaatagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccata 183  Q
    |||||| |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||||||||||    
T  27228237 aattgaacatcaatataaggttctgcattcgaagggaaacgtaccagtttgtgaaaatagttatagtaagctgcgaaaacagcaccggattgaatccata 27228336  T
Q  184 acaaagcagaaggaatatcatgttgagaagctacatcacaaacccaaggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaataggtttctttgactcatcatg 283  Q
    | |||||||||||||| ||  ||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||||||||||      
T  27228337 ataaagcagaaggaatctcgagttcagcagctacatcactaacccatggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaatcagtgtatttgactcatcagc 27228436  T
Q  284 a---tgattcttaatcatttgagaaagaaactttgtcccaacaagctcaagctgtgttgagtatccaccaagacttcttctaatgggatcatcatcttct 380  Q
    |   |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| || |||| | ||||   |  ||| |||  |||||||||||||||||||  |    
T  27228437 agcatgattcttgatcatttgagaaagaaactttttcccaacgagctcgaggtgtggtaagtaggtagtaaggcttgctctaatgggatcatcatctgat 27228536  T
Q  381 aaaccatcatcaaagaagtgaaaagtgagagaaccatcacctattggagtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccagctt 480  Q
    ||||| || |||||||| |  || | ||||||||||| ||| | |||| ||| |||||| | | |||||||||||||||||  ||  ||| |||||||||    
T  27228537 aaaccgtcttcaaagaactcgaatgcgagagaaccattaccaactggaatgactgatttatcaatgatgttgttaacagttctcaactctctgccagctt 27228636  T
Q  481 tctctgtagtgatgaagatgactgaagaaccctttgcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagataag 580  Q
    |||| || ||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  27228637 tctcagttgtgatgaagataacagaagaaccctttgatgcaagacactttcctaatctaagcataggatttatgtgtccttgtgctggatatgatacaag 27228736  T
Q  581 gaggatgtgaatgggtgcttctgatgatcccattttctttttctt 625  Q
    ||| || |  ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  27228737 gagaatattgatgggagcttctgaatatcccattttctttttctt 27228781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 84 - 583
Target Start/End: Original strand, 27224046 - 27224536
Alignment:
Q  84 aattgagcatcaatataaggttctttttccgaagggaaacgtaccgttttatgaaaatagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccata 183  Q
    |||||| |||||||||| |||||||   |||||||||||||||||  ||| || ||||||||||||||||| | |||||||||| | ||||||| |||||    
T  27224046 aattgaacatcaatatatggttcttcaaccgaagggaaacgtaccagtttgtggaaatagttatagtaagcggcgaaaacagcactagattgaacccata 27224145  T
Q  184 acaaagcagaaggaatatcatgttgagaagctacatcacaaacccaaggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaataggtttctttgactcatcatg 283  Q
    | |||||||||||||| |||| || |  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||        
T  27224146 ataaagcagaaggaatctcattttcaacagctacatcacaaacccatggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaatcggtgtatttgactcat---- 27224241  T
Q  284 atgattcttaatcatttgagaaagaaactttgtcccaacaagctcaagctgtgttgagtatccaccaagacttcttctaatgggatcatcatcttctaaa 383  Q
         |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||| | ||||   |    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||    
T  27224242 -----tcttgatcatttgagaaagaaactgtttcccaacaagctcgaggtgtggtaagtaggtagtttgacttgttctaatgggatcatcatctgataaa 27224336  T
Q  384 ccatcatcaaagaagtgaaaagtgagagaaccatcacctattggagtgagtgatttgtgagtgatgttgttaacagtttgcatgtctttgccagctttct 483  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| | |||| ||| | |||| | |||||| ||||||||||||  ||  ||||||||||||||||    
T  27224337 ccgtcatcaaagaactgaaatgtgagagaaccattaccaactggaatgactaatttttcagtgatattgttaacagttctcaattctttgccagctttct 27224436  T
Q  484 ctgtagtgatgaagatgactgaagaaccctttgcagcaagacactttgctagtctaagaagagggtttatgtgtccttgtgctggatatgagataaggag 583  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  27224437 ctgttgtgatgaagataacagaagaaccctttgatgcaagacactttcctagtctaagcataggatttatgtgtccttgtgctggatatgatacaaggag 27224536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 81; Significance: 9e-38; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 100 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 44044661 - 44044493
Alignment:
Q  100 aaggttctttttccgaagggaaacgtaccgttttatgaaaatagttatagtaagcagtgaaaacagcagtggattgaatccataacaaagcagaaggaat 199  Q
    |||||||| |||| |||||||||| ||||  ||| |||||||||||||||| |||||  |||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  44044661 aaggttctgtttctgaagggaaacataccagtttgtgaaaatagttatagttagcagcaaaaacaacagtggattgaattcataacaaagcataaggaat 44044562  T
Q  200 atcatgttgagaagctacatcacaaacccaaggaagaaaaggattgtttatgatacaagaaataggttt 268  Q
    | |||||| |  |||||| ||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||    
T  44044561 accatgttcatcagctacgtcacaaacccatggaacaaaaggaatgtttatgatacatgaaattggttt 44044493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University