View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1299_2D_low_24 (Length: 683)

Name: NF1299_2D_low_24
Description: NF1299_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1299_2D_low_24
NF1299_2D_low_24
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-683)||(47836861-47837530)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 47837530 - 47836861
Alignment:
Q  14 acatcaaattactttagacatgtccatttgtagccaggtacag-----gcagctatagcatagaatagggggtgatctatctatctatctatgtaggcaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  47837530 acatcaaattactttagacatgtccatttgtagccaggtacagtacaggcagctatagcatagaatagggggtgatctatctatctatctatctagccaa 47837431  T
Q  109 ttttgtattgcggtgtatttcacaatatcattcaactgatatatacctaacccgagatttgaccaattatatattatatttgactcgttagttatttaca 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47837430 ttttgtattgcggtgtatttcacaatatcattcaactgatatatacctaacccga--tttgaccaattatatattatatttgactcgttagttatttata 47837333  T
Q  209 tatttttgtctctcctttgatcaataatactcaacgacctaataattctgtagtaattcatgttcttggatgctaagaaagaaaaccctccactataagt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  47837332 tatttttgtctctcctttgatcaataatactcaacgacctaataattctgtagtaattcatgttcttggatgctaagaaagaaaaccctccaccaaaagt 47837233  T
Q  309 acatatatatcaaccataacacacaaagcattcccatgtatttcaacaagaacaaattaatgagaaagattattcaagtgcatgcatgtcgcatgaatgt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47837232 acatatatatcaaccataacacacaaagcattcccatgtatttcaataagaacaaattaatgagaaaaattattcaagtgcatgcatgtcgcatgaatgt 47837133  T
Q  409 tatgtgtattataaatttcaatnnnnnnnnnnnntcacccccttagtaaaagaaaaaacataacccttaatta-nnnnnnnagtgcaataatgaatgatt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||| ||||||||    
T  47837132 tatgtgtattataaatttcaat----aaaaaaaatcacccccttagtaaaagaaaaaacataacccttaattattatttttagtgcaataacgaatgatt 47837037  T
Q  508 ttaatataatcacaatgcagcccccaatgttgatcaaatttgccacatttttattgcaatataaagaagattctgatcataaacagagatttagatttga 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47837036 ttaatataatcacaatgcagcccccaatgttgatcaaatttgccacatttttattgcaatataaagaagattctgatcataaacagcgatttagatttga 47836937  T
Q  608 gttcatgaggatgattgagaaatagttgtgatgttgcggttaggtctcttccttttcttatggtagctaactcctc 683  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47836936 gttcatgaggatgattgagaaatagttgtgatgttgcggttaggtctcttccttttcttatggtagctaactcctc 47836861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University