View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1299_2D_low_4 (Length: 2116)

Name: NF1299_2D_low_4
Description: NF1299_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1299_2D_low_4
NF1299_2D_low_4
[»] chr4 (28 HSPs)
chr4 (323-2099)||(36373712-36375493)
chr4 (10-934)||(36427987-36428906)
chr4 (107-920)||(36418021-36418850)
chr4 (313-878)||(36405979-36406544)
chr4 (337-926)||(36388603-36389202)
chr4 (337-901)||(36369680-36370239)
chr4 (1714-2099)||(36404384-36404772)
chr4 (1709-2099)||(36397451-36397841)
chr4 (1718-2094)||(36369098-36369474)
chr4 (1714-2099)||(36387671-36388057)
chr4 (1455-2099)||(36425864-36426507)
chr4 (281-587)||(36434835-36435138)
chr4 (1714-2096)||(36433724-36434106)
chr4 (322-587)||(36398499-36398764)
chr4 (1709-2099)||(36411698-36412088)
chr4 (1709-2099)||(36417029-36417419)
chr4 (639-924)||(36434527-36434812)
chr4 (647-902)||(36398221-36398476)
chr4 (1484-1613)||(36417521-36417650)
chr4 (123-178)||(36406691-36406746)
chr4 (1503-1613)||(36412190-36412300)
chr4 (34-97)||(36406741-36406803)
chr4 (1484-1586)||(36388181-36388283)
chr4 (1484-1586)||(36404895-36404997)
chr4 (1445-1574)||(36434224-36434356)
chr4 (1484-1613)||(36397933-36398062)
chr4 (213-282)||(36406594-36406663)
chr4 (1203-1249)||(36388411-36388457)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (330-392)||(47640295-47640357)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1609; Significance: 0; HSPs: 28)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 323 - 2099
Target Start/End: Complemental strand, 36375493 - 36373712
Alignment:
Q  323 agagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacct 422  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  36375493 agagagagataccaaatataaagaaatctaggcttttgtttggtaagtattcataaaccagcatcctttcttccttttcaaagcaacaacctagcaacct 36375394  T
Q  423 cactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgctatc 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||    
T  36375393 cactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaacttcagttttaaactcttcttttccttgacctgaatttttcgacaatcttttcactgctatc 36375294  T
Q  523 tcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgcaccagttttaaatgatgcaattgaaatgaatataaa 622  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||    
T  36375293 tcttgtccattaaccaagcaaccctgaaatatttctctcttaaatcccatttcattatttttgcaccattttttaataatgcgattgaaatgaatataaa 36375194  T
Q  623 gaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctga 722  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36375193 gaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctga 36375094  T
Q  723 tgactaaaatctcttgtagctgttataatcgttttaaagctgaaaaagggaagatttggatgtgtgttgctttgagcaccattctcttcttcagaggaat 822  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36375093 tgactaaaatctcttgtagctgttataatcgttttaaagctgaaaaagggaagatttggatgtgtgttgctttgagcaccattctcttcttcagaggaat 36374994  T
Q  823 cttggttaaattgccgcatcattttatctgaagttacaaatggcacgaggtaagatttcaatcaacttgcaaattttgataggtatatttctttttggct 922  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36374993 cttggttaaattgccgcatcattttatctgaagttacaaatggcacgaggtaagatttcaatcaacttgcaaattttgataggtatatttctttttggct 36374894  T
Q  923 ctaagaaaaaattgattatacat------agtgtcactagtgtaatgttatcaataataagaatattcaatcaaaactaagacattatgttaggatatag 1016  Q
    |||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36374893 ctaagaaaaaattgattatacatttagctagtgtcactagtgtaatgttatcaataataagaatattcaatcaaaactaagacattatgttaggatatag 36374794  T
Q  1017 aggggatttagttagaaaagttagttagtgaattgattggttagaaagtatcatgcataaataggagaatacatggatagaggaggaattattagagtat 1116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36374793 aggggatttagttagaaaagttagttagttaattgattggttagaaagtatcatgcataaataggagaatacatggatagaggaggaattattagagtat 36374694  T
Q  1117 tgtaacattaggtgaataaagcagtggctttgttttaaatggaaaactcttgaaggaaacttacattgctttcataactaaggtaaaccatattgcacac 1216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36374693 tgtaacattaggtgaataaagcagtggctttgttttaaatggaaaactcttgaaggaaacttacattgctttcataactaaggtaaaccatattgcacac 36374594  T
Q  1217 agtccatgtaatagttgaacaccacaaaaagaaagtcttaaattagaatagtcatgtgataccatactgaatttgattgaaaatgatagtgtattgtgtt 1316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36374593 agtccatgtaatagttgaacaccacaaaaagaaagtcttaaattagaatagtcatgtgataccatactgaatttgattgaaaatgatagtgtattgtgtt 36374494  T
Q  1317 caatagcagcaactaattgagtaaataactcctaagtgaccaactaatactgacagaatcgacttactgtaacaactgaaaacaaaaaactaataggaca 1416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  36374493 caatagcagcaactaattgagtaaataactcctaagtgaccaactaatactgacagaatcgacttactgtaacaactg-atacaaaaaactaataggaca 36374395  T
Q  1417 acttttgtaagaaacgttgcaaataataatgaaatataaagaacagaggatattacccttaaaattgaatcacataccgtttcttgttttcttccacctg 1516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36374394 acttttgtaagaaacgttgcaaataataatgaaatataaagaacagaggatattatccttaaaattgaatcacataccgtttcttgttttcttccacctg 36374295  T
Q  1517 caaaacacaaaggagaggaggaggacaatcgcaactgtagaagcaaccagaattgcagaaaacctcttttgacctaggactcctttgcttcttttgtggt 1616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36374294 caaaacacaaaggagaggaggaggacaatcgcaactgtagaagcaaccagaattgcagaaatcctcttttgacctaggactcctttgcttcttttgtggt 36374195  T
Q  1617 tattggctttggctgataagaagaaaaaagtccaaggaatttcaattgcaccaaagtgatgtcaaattaagaaaggnnnnnnnnngtggggaaatacctt 1716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||         |||||||||||||||    
T  36374194 tattggctttggctgataagaagaaaaaagtccaaggaatttcaattccaccaaagtgatgtcaaactaagaaaggaaaaaaaaagtggggaaatacctt 36374095  T
Q  1717 acctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgccaaacagccactt 1816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36374094 acctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgccaaacagccactt 36373995  T
Q  1817 ccaccattactcacattagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccacctttagtaactg 1916  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373994 ccaccattactcacatcagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccacctttagtaactg 36373895  T
Q  1917 ccacatatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccctcctgaccc 2016  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373894 ccacagatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccctcctgaccc 36373795  T
Q  2017 atctcttctctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaag 2099  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36373794 atctcttctctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaag 36373712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 723; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 934
Target Start/End: Complemental strand, 36428906 - 36427987
Alignment:
Q  10 agtttggtgttatgtcccttttagatgtttaaggcctaaattttataatagatatttttacgagaataggaataggcttgacctgtaacttgttctccaa 109  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36428906 agtttgatgttatgtctcttttagatgtttaaggcctaaattttatgatagatatttttacgagaataggaataggtttgacctgtaacttgttctccaa 36428807  T
Q  110 aattgcgttcttactgtaaaaaattgaactaatgttaattgtttacaattatgtgacgtttgagtttgtgacattgagtagnnnnnnnnnnnnnnnnnna 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |    
T  36428806 aattgcgttcttactgtaaaaaattgaactaatgttaattgtttacaattatgtgacgtttgagtttgtgacattgagtagcttttttttttt------a 36428713  T
Q  210 aacaggttacattgagtagctataagccagaattagcatatgcccttaagttacaggttacattaagtcactatgcttgtctaaatacaagtttgttcag 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36428712 aacaggttacattgagtagctataagccagaattagcatatgcccttaagttacaggttacattaagtcactatgcttgtctaaatacaagtttattcag 36428613  T
Q  310 gctagtgagtcgcagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaac 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36428612 gctagtgagtcgcagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtagatattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaac 36428513  T
Q  410 aaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatct 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36428512 aaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactcttctttgccttgacctgaatctctggacaatct 36428413  T
Q  510 tttcactgctatctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgcaccagttttaaatgatgcaattg 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  36428412 tttcactgctatctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgcaccatttttaaatgatgcgattg 36428313  T
Q  610 aaatgaatataaagaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtcc 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36428312 aaatgaatataaagaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagaaccaaatccaccttgtcc 36428213  T
Q  710 aagcttattctgatgactaaaatctcttgtagctgttataatcgttttaaagctgaaaaagggaagatttggatgtgtgttgctttgagcaccattctct 809  Q
    ||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||    
T  36428212 aagcttattctcatgaccacaatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtgtgttgctttgggtatcattctct 36428113  T
Q  810 tcttcagaggaatcttggttaaattgccgcatcattttatctgaagttacaaatggcacgaggtaagatttcaatcaacttgcaaattttgat-aggtat 908  Q
    ||  ||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||    
T  36428112 tccccagaggaatcttggtttggttgcggcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaacttaaacattttgataaggtat 36428013  T
Q  909 atttctttttggctctaagaaaaaat 934  Q
    |||||||||||||||| | |||||||    
T  36428012 atttctttttggctctcaaaaaaaat 36427987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 107 - 920
Target Start/End: Complemental strand, 36418850 - 36418021
Alignment:
Q  107 caaaattgcgttcttactgtaaaaaattgaactaatgttaattgtttacaattatgtgacgtttgagtttgtgacattgagtagnnnnnnnnnnnnnnnn 206  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||                    
T  36418850 caaaattgcattcttactttaaaaaattgaattaatgttaattgtttacaattatgtgaagtttgagtttgtcaccttgagtagtttttttttttgta-- 36418753  T
Q  207 nnaaacaggttacattgagtagctataagccagaattagcatatgcccttaagttacaggttacattaagtca-------ctatgcttgtctaaatacaa 299  Q
      |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||| |||||    
T  36418752 --aaacaatttacattgagtagctatatgccagaattagcatatgcccttaagttacaggttacattaagtctatatgctctatgcttgtctaactacaa 36418655  T
Q  300 gtttgttcaggctagtgag------------tcgcagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatc 387  Q
    |||| |||||| ||| |||            ||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  36418654 gtttattcaggttagagagacaatgattgattcagagagaggcataccgaatataaagaagtctaggcttttgtttgataggtattcgtaaactagcatc 36418555  T
Q  388 ctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgcctt 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36418554 ctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactcttctttgcctt 36418455  T
Q  488 gacctgaatctctggacaatcttttcactgctatctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgca 587  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36418454 gaccagaatctctggacaatcttttcactgctatctcttgtccattttccaaaaagccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgca 36418355  T
Q  588 ccagttttaaatgatgcaattgaaatgaatataaagaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttataga 687  Q
    | | |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36418354 ctattttttaataatgcaagtgaaatgaatataaagaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttataga 36418255  T
Q  688 cagagccaaatccaccttgtccaagcttattctgatgactaaaatctcttgtagctgttataatcgttttaaagctgaaaaagggaagatttggatgtgt 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  36418254 cagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcaagatcacaatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgcgt 36418155  T
Q  788 gttgctttgagcaccattctcttcttcagaggaatcttggttaaattgccgcatcattttatctgaagttacaaatggcacgaggtaagatttcaatcaa 887  Q
    ||||||||| | | ||||||||||  ||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  36418154 gttgctttgggtatcattctcttccccagaggaatcttggtttggttgcggcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaa 36418055  T
Q  888 cttgcaaattttgat-aggtatatttctttttgg 920  Q
    |||  | |||||||| ||||||||||||||||||    
T  36418054 cttaaacattttgataaggtatatttctttttgg 36418021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 313 - 878
Target Start/End: Complemental strand, 36406544 - 36405979
Alignment:
Q  313 agtgagtcgcagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaac 412  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36406544 agtgagtcagagagagacataccgaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactaacatcctttcttctttttcaaagcaacaac 36406445  T
Q  413 cgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatctttt 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36406444 cgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtgtaatttcatttttaaactctactttgccttgaccagaatctctggacaatctttt 36406345  T
Q  513 cactgctatctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgcaccagttttaaatgatgcaattgaaa 612  Q
     ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||| |||  |||||||    
T  36406344 aactgcaatctcttgtccattaaccaagcaaccctgaaatatttatctcttaaatcatatttcattatttttgcaccattttttaataatgtgattgaaa 36406245  T
Q  613 tgaatataaagaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaag 712  Q
    ||||||||||||||  |  ||| ||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36406244 tgaatataaagaggtgactgatgttgtcacttcttgcatcagtagcttaatgtagagtttcactcaccttgtagacagagccaaatccaccttgtccaag 36406145  T
Q  713 cttattctgatgactaaaatctcttgtagctgttataatcgttttaaagctgaaaaagggaagatttggatgtgtgttgctttgagcaccattctcttct 812  Q
    |||||||| ||||  | ||| | |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  36406144 cttattcttatgatcacaattttttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtctgttgtttggagcaccattctcttct 36406045  T
Q  813 tcagaggaatcttggttaaattgccgcatcattttatctgaagttacaaatggcacgaggtaagat 878  Q
     | ||||| || ||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  36406044 actgaggagtcatggtttatttgccgcatcattttatctaaagttacaaatgacatgaggtaagat 36405979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 337 - 926
Target Start/End: Complemental strand, 36389202 - 36388603
Alignment:
Q  337 aatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgt 436  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  36389202 aatataaaaaggtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaactgagcaaccttactagatttctgt 36389103  T
Q  437 gttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgctatctcttgtccactaac 536  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36389102 gttggagtttaactaaaagtttaacttcagttttaaactcttcttttccttgacctgaattttgcgacaatcttttcactgctatctcttgtccattaac 36389003  T
Q  537 caagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgcaccagttttaaatgatgcaattgaaatgaatataaagaggctaaggatat 636  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||  || |||| |||||||||||||||||||||  |||||| |    
T  36389002 caagctaccctgaaatatttctctcttaaatcccatttcattattcttgcatcatttttttataatgctattgaaatgaatataaagaggtgaaggatgt 36388903  T
Q  637 tgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcac----ttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctgatgactaaaat 732  Q
      |||||| |||  | |||| |||||||||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||    
T  36388902 attcacttcttgattcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgaccacaat 36388803  T
Q  733 ctcttgtagctgttataatcgttttaaagctgaaaaagggaagatttggatgtgtgttgctttgagcaccattctcttcttcagaggaatcttggttaaa 832  Q
     |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  36388802 ttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtgtgttgctttgagcaatattctcttctccagaggaatcttggtttaa 36388703  T
Q  833 ttgccgcatca------ttttatctgaagttacaaatggcacgaggtaagatttcaatcaacttgcaaattttgataggtatatttctttttggctctaa 926  Q
    ||||  |||||      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || ||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  36388702 ttgcatcatcaatttattttcatctgaagttacaaatggcatgaggtaagatttcaatcaactaacacattttaaagggtatatttctttttggctctaa 36388603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 337 - 901
Target Start/End: Complemental strand, 36370239 - 36369680
Alignment:
Q  337 aatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgt 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36370239 aatataaagaagtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaaacaacaaccaagcaacctcactagatttctgt 36370140  T
Q  437 gttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgctatctcttgtccactaac 536  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  36370139 gttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactcttctttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgcaatctcttttccactaac 36370040  T
Q  537 caagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgca-ccagttttaaatgatgcaattgaaatgaatataaagaggctaaggata 635  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||     | || ||| |||||||||| |||  || | || ||| |||||||||||||||||||||   ||||||     
T  36370039 caagcaaccctgaaatttttatcactt-----caatatcactatttttgcagcca--ttaatataatgtaattgaaatgaatataaagagatgaaggatg 36369947  T
Q  636 ttgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcac----ttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctgatgactaaaa 731  Q
    || |||||| ||| || |||| |||||||||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  36369946 ttttcacttcttgaatcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgactaaaa 36369847  T
Q  732 tctcttgtagctgttataatcgttttaaagctgaaaaagggaagatttggatgtgtgttgctttgagcaccattctcttcttcagaggaatcttggttaa 831  Q
    | | |||||||||||||||| ||| |||||||||| || ||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||   ||| |||| |||| ||||||      
T  36369846 tttgttgtagctgttataattgttctaaagctgaagaatggatgatttgaatgtgtgtagctttgagcaccaatc---tctccagacgaatattggtttg 36369750  T
Q  832 attgccgcatcattttatctgaagttacaaatggcacgaggtaagatttcaatcaacttgcaaattttga 901  Q
    ||||  ||| ||||||||||||||||||| | || | |||||| ||||| |||||| || || |||||||    
T  36369749 attgatgcagcattttatctgaagttacagaaggaatgaggtaggattttaatcaatttacacattttga 36369680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1714 - 2099
Target Start/End: Complemental strand, 36404772 - 36404384
Alignment:
Q  1714 cttacctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcacta---agtttttgaatgtccattaaatccccataccatgccaaacag 1810  Q
    ||||||||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  36404772 cttacctagttcaactttatcgacgcgtaaaaataaatcttggccttgatcactactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacat 36404673  T
Q  1811 ccacttccaccattactcacattagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccacctttag 1910  Q
    ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| || | |    
T  36404672 ccactaccaccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcaatttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccatctatgg 36404573  T
Q  1911 taactgccacatatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccctcc 2010  Q
     ||||||  || ||||||||| ||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36404572 caactgctccagatatatcagcaactttcacacttacaacttttataaacccttctccattcccacaaatagatgcacctttcttccttacacaccctcc 36404473  T
Q  2011 tgacccatctcttctctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaag 2099  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  36404472 cgacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcgtcaaagttaaaag 36404384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 227; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1709 - 2099
Target Start/End: Complemental strand, 36397841 - 36397451
Alignment:
Q  1709 aataccttacctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgccaaac 1808  Q
    |||| |||||| |||||||||  |||||| || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36397841 aatatcttaccaagttcaactttatcgacgcgcaaatataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaac 36397742  T
Q  1809 agccacttccaccattactcacattagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccaccttt 1908  Q
    | ||||| |||||||| |||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| || |    
T  36397741 atccactaccaccattcctcacatcggctactgcataggaagtacaggagcagtttctcaagcattctttctcacattcatccaaactcaaaccatctat 36397642  T
Q  1909 agtaactgccacatatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccct 2008  Q
     ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||    
T  36397641 ggtaactgccccagatatatcaggaactttcaagcttacaactttgataaacccttcgccattcccacagacagatgcacctttcttccttacacaccct 36397542  T
Q  2009 cctgacccatctcttctctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaag 2099  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||    
T  36397541 cccgacccatctctactctcataccaatcgcttggaaattttggttcaaaaccaagtaaacacgtgcacttaaagttctcaaagttcaaag 36397451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 214; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1718 - 2094
Target Start/End: Complemental strand, 36369474 - 36369098
Alignment:
Q  1718 cctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgccaaacagccacttc 1817  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  36369474 cctagttcaattgcattgacgcgtaaaaataaatcctggccttgatcgctaagtttctgaacgtccattaaatccccatgccatgccaaacaaccacttc 36369375  T
Q  1818 caccattactcacattagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccacctttagtaactgc 1917  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||    
T  36369374 caccattcctcacatcagcaactgcataggcagtacaagagcagtttctcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacctttagcaaccgc 36369275  T
Q  1918 cacatatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccctcctgaccca 2017  Q
    |||| || |||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36369274 cacagatgtatcgggaactttcaagctcacaactttgacaaacccttctccattcccacaaaccgatacacctttcttccttacacaccctcccgaccca 36369175  T
Q  2018 tctcttctctcataccaatcacgtggaaa-ttttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagtt 2094  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||| |||||| ||||||||||| ||||||||    
T  36369174 tctc-tatctcataccaatcacgtggaaatttttgcttcaaaaccaagtaaacaagtgcacttaaagtcttcaaagtt 36369098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 207; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1714 - 2099
Target Start/End: Complemental strand, 36388057 - 36387671
Alignment:
Q  1714 cttacctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgccaaacagcca 1813  Q
    |||||||||||||| |  |||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  36388057 cttacctagttcaattttatcgacgcgtagaaataaatcttggccttgatcattaagtttttgaatgtctattaaatccccatgccatgccaaacatcca 36387958  T
Q  1814 cttccaccattactcacattagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccacctttagtaa 1913  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| || ||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  36387957 cttccaccattcctcacatcagcaattgaataggcagtacaagaacagttttgcaagcattctttctcacattcttccaaactcaaaccacttttagcaa 36387858  T
Q  1914 ctgccacatatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccctcctga 2013  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |     
T  36387857 ctgccacagatgtatcaggaactttcaagcttacaactttgataaacccttctccattctcacaaacagacgagcctttcttccttacacaccctcccgt 36387758  T
Q  2014 cccatc-tcttctctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaag 2099  Q
    |||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||  ||| ||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  36387757 cccatcttctattctgataccaatcacgtggaaatttgggttcataaccaagtaaacaagaacacttaaagtcatcaaagttaaaag 36387671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1455 - 2099
Target Start/End: Complemental strand, 36426507 - 36425864
Alignment:
Q  1455 aagaacagaggatattacccttaaaattgaatcacataccgtttcttgttttcttccacctgcaaaacacaaaggagaggaggaggacaatcgcaactgt 1554  Q
    |||||||| |||||| | ||  |||| | ||| ||||||| |||||  ||||||||||| || ||  |||| || ||||||||| |||||| |||||| |    
T  36426507 aagaacaggggatatcatcccaaaaaataaattacataccctttctctttttcttccacatgtaattcacacagaagaggaggatgacaattgcaactat 36426408  T
Q  1555 agaagcaaccagaattgcagaaaacctcttttgacctaggactcctttgcttcttttgtggttattggctttggctgataagaagaaaaaagtccaagga 1654  Q
    |||||| || ||||||||||  ||||||||||  || ||||||||||||||| |||||| ||  || |||   |  | |||||||||| |||||||| ||    
T  36426407 agaagctacaagaattgcagctaacctctttttgccaaggactcctttgctttttttgtcgtagttagct---gacgctaagaagaaacaagtccaaaga 36426311  T
Q  1655 a-tttcaattgcaccaaagtgatgtcaaattaagaaaggnnnnnnnnngtgg-ggaaataccttacctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatc 1752  Q
    | ||| || | |||  ||||| ||||||||| || |||            || || || | ||||||||||||||||  | |||| |||| |||||||||    
T  36426310 agtttaaactacacataagtggtgtcaaatttagcaagaaaaaaccagcaggagggaaaatcttacctagttcaactttagcgacgcgtaaaaataaatc 36426211  T
Q  1753 ttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgccaaacagccacttccaccattactcacattagcaactgcataggaagta 1852  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||| | |||||||||||||| ||||    
T  36426210 ttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccatgccatgccaaacatccacttccaccattcttcacgtcagcaactgcataggcagta 36426111  T
Q  1853 caagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccacctttagtaactgccacatatatatcaggaactttcaagcttgcaactt 1952  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||| |||| || | | |||||||  | |  | ||||||||||| | |||| ||||||    
T  36426110 caagagcagtttctcaagcattctttctcacattcatccaaattcaaaccatctatggcaactgccgtagacgtttcaggaacttttacgcttacaactt 36426011  T
Q  1953 tgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccctcctgacccatctcttctctcataccaatcacgtggaaattttgg 2052  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36426010 tgataaacccttctccatttccacaaacagatgcacctttctttcttacacatccacctgacccatctcgactctcataccaatctcgtggaaattttgg 36425911  T
Q  2053 ttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaag 2099  Q
    ||| |||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36425910 ttcgaaaccaagtaaacaagtacacttaaagttctcaaagttcaaag 36425864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 204; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 281 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 36435138 - 36434835
Alignment:
Q  281 tatgcttgtctaaatacaagtttgttcaggctagtgagtcgcagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaac 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36435138 tatgcttgtctaaatacaagtttat-caggctagtgagtcacagagagacataccgaatataaagaagtccaggcttttgtttggtaggtattcataaac 36435040  T
Q  381 tagcatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcct 480  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| | ||||||||| ||    
T  36435039 taacatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagcgtaacttcagttttaaactcttct 36434940  T
Q  481 ttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgctatctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattat 580  Q
    || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||  ||| | ||||| ||||||||||| |||    
T  36434939 tttccttgacctgaatttttggacaatcttttcactgctatctcttgtccattagccaagcaaccctgcaa--tttctatcttagatcccatttcactat 36434842  T
Q  581 ttttgca 587  Q
    |||||||    
T  36434841 ttttgca 36434835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1714 - 2096
Target Start/End: Complemental strand, 36434106 - 36433724
Alignment:
Q  1714 cttacctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgccaaacagcca 1813  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||     
T  36434106 cttacctagttcaactttatcgacacgtaaaaataaatcttggccttgatcgcttactttttgaatgtccattaaatcaccatgccatgccaaacacccg 36434007  T
Q  1814 cttccaccattactcacattagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccacctttagtaa 1913  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||| ||||||||| | |     
T  36434006 cttccaccattgctcacattatcaactgcataggctgtacaagaacagtttctgaagcattctttttcacattcttccaaactcaaaccacctttggcat 36433907  T
Q  1914 ctgccacatatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccctcctga 2013  Q
     |||||   || |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  36433906 ttgccatcgatgtatcaggaactttcaagctgacaattttgataaacccttctccattcccacaaacagatgaaccgttcttccttacacaccctcctga 36433807  T
Q  2014 cccatctcttctctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttca 2096  Q
    ||||||||  |||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||| |||| ||||| ||| || |||||| |||||||||    
T  36433806 cccatctccactctcataccaatcgcctggagatttgggttcaaaaccaggtaaacaagcacatttgaagtccgcaaagttca 36433724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 322 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 36398764 - 36398499
Alignment:
Q  322 cagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacc 421  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  36398764 cagagagacataccgaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcattctttcttctttttcgaagcaacaaccaagcaacc 36398665  T
Q  422 tcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgctat 521  Q
    | |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  36398664 ttactagatttctgtgctggagcttaactaaaagtgtaatttcatttttaaactctactttgccttgacctgattctttggacaatcttttcactgctat 36398565  T
Q  522 ctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgca 587  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| || |||| |||||||||    
T  36398564 ctcttgtccattaaccaagcaaccctgcaatttttatctcttaaatcctatgtcataatttttgca 36398499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 183; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 1709 - 2099
Target Start/End: Complemental strand, 36412088 - 36411698
Alignment:
Q  1709 aataccttacctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgccaaac 1808  Q
    |||| |||||| |||||||||   ||||| || | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||    
T  36412088 aatatcttaccaagttcaactttctcgacgcgcaaaaataaatcttggccctgattactaagtttttgaatgtccattaaattcccatgccacgtcaaac 36411989  T
Q  1809 agccacttccaccattactcacattagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccaccttt 1908  Q
    | ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||| |||| || |    
T  36411988 atccactaccaccattcctcacatcagcaactgcataggcattacaagaacagtttctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaaaccatctat 36411889  T
Q  1909 agtaactgccacatatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccct 2008  Q
     | ||||||| || ||||||||||||||||||  |||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| | || |||||||| |||    
T  36411888 ggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttcttacacatcct 36411789  T
Q  2009 cctgacccatctcttctctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaag 2099  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  36411788 cccaacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtacacttaaagctctcaaagttcaaag 36411698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 183; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 1709 - 2099
Target Start/End: Complemental strand, 36417419 - 36417029
Alignment:
Q  1709 aataccttacctagttcaactgcatcgacacgtacaaataaatcttggccttgatcactaagtttttgaatgtccattaaatccccataccatgccaaac 1808  Q
    |||| |||||| |||||||||   ||||| || | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||    
T  36417419 aatatcttaccaagttcaactttctcgacgcgcaaaaataaatcttggccctgattactaagtttttgaatgtccattaaattcccatgccacgtcaaac 36417320  T
Q  1809 agccacttccaccattactcacattagcaactgcataggaagtacaagagcagtttctcaagcattcttcctcgcattcttccaaactcagaccaccttt 1908  Q
    | ||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| ||| |||| || |    
T  36417319 atccactaccaccattcctcacatcagcaactgcataggcattacaagaacagtttctcaagcaatctttctcacattcttccaaagtcaaaccatctat 36417220  T
Q  1909 agtaactgccacatatatatcaggaactttcaagcttgcaactttgataaacccttctccattccgacaaatagatgcgcctttcttccttacacaccct 2008  Q
     | ||||||| || ||||||||||||||||||  |||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| | || |||||||| |||    
T  36417219 ggcaactgccccagatatatcaggaactttcacccttaaaactttgttaaacccttctccattcccacaaacagatgcacctctttttcttacacatcct 36417120  T
Q  2009 cctgacccatctcttctctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaacctggtagacaagtacacttaaagtcctcaaagttcaaag 2099  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  36417119 cccaacccatctctactctcataccaatcacgtggaaattttggttcaaaaccaagtaaacaagtacacttaaagctctcaaagttcaaag 36417029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 178; E-Value: 4e-95
Query Start/End: Original strand, 639 - 924
Target Start/End: Complemental strand, 36434812 - 36434527
Alignment:
Q  639 tcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctgatgactaaaatctcttg 738  Q
    |||||| |||||  |||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| |||||    
T  36434812 tcacttcttgcaatagtagctcaatgtagggtctcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgaccacaatttcttg 36434713  T
Q  739 tagctgttataatcgttttaaagctgaaaaagggaagatttggatgtgtgttgctttgagcaccattctcttcttcagaggaatcttggttaaattgccg 838  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| || ||||||||||||| ||||||||    
T  36434712 tagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtgtgttgctttgaacaccgttcttttctccaaaggaatcttggtttaattgccg 36434613  T
Q  839 catcattttatctgaagttacaaatggcacgaggtaagatttcaatcaacttgcaaattttgataggtatatttctttttggctct 924  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  | |||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  36434612 caccattttatctgaagttacaaatggcatgaggtaagatttcaatcaacttaaacattttgaagggtgtatttctttttggctct 36434527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 116; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 647 - 902
Target Start/End: Complemental strand, 36398476 - 36398221
Alignment:
Q  647 tgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctgatgactaaaatctcttgtagctgtt 746  Q
    |||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||      
T  36398476 tgcatgagtagctcaatgtagaggtttacttaccttataaacagagccaaatccacctttcccaagcttattctgatgactgcaatatcttgtagctgac 36398377  T
Q  747 ataatcgttttaaagctgaaaaagggaagatttggatgtgtgttgctttgagcaccattctcttcttcagaggaatcttggttaaattgccgcatcattt 846  Q
    || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||  ||  ||||| |||||| ||    
T  36398376 attatcgttttaaggctgaaaaagggtagatttggatgtgtggtgctttgagcatcattctcttctgcagagtaatcttcttttgattgctgcatcactt 36398277  T
Q  847 tatctgaagttacaaatggcacgaggtaagatttcaatcaacttgcaaattttgat 902  Q
    ||| |||||| ||||||  || | ||||||| | ||||| |||| || ||||||||    
T  36398276 tatttgaagtcacaaataacatgcggtaagactccaatctacttacacattttgat 36398221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 1484 - 1613
Target Start/End: Complemental strand, 36417650 - 36417521
Alignment:
Q  1484 aatcacataccgtttcttgttttcttccacctgcaaaacacaaaggagaggaggaggacaatcgcaactgtagaagcaaccagaattgcagaaaacctct 1583  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||| || ||  |||| || ||||||||| |||||| |||||| ||||||| || ||||||||||  |||||||    
T  36417650 aatcacataccctttctctttttcttccacatgtaattcacacagaagaggaggatgacaattgcaactatagaagctacaagaattgcagctaacctct 36417551  T
Q  1584 tttgacctaggactcctttgcttcttttgt 1613  Q
    ||| | | ||||||||||||||| ||||||    
T  36417550 ttttatcaaggactcctttgctttttttgt 36417521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 123 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 36406746 - 36406691
Alignment:
Q  123 ctgtaaaaaattgaactaatgttaattgtttacaattatgtgacgtttgagtttgt 178  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  36406746 ctgtaaaaaatttaactaatgttaattgtttacaattatgtgaagtttgaatttgt 36406691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 1503 - 1613
Target Start/End: Complemental strand, 36412300 - 36412190
Alignment:
Q  1503 ttttcttccacctgcaaaacacaaaggagaggaggaggacaatcgcaactgtagaagcaaccagaattgcagaaaacctcttttgacctaggactccttt 1602  Q
    ||||||||||| || ||  |||| || ||||||||| |||||| |||||| ||||||| || ||||||||||  |||||||||| | | |||||||||||    
T  36412300 ttttcttccacatgtaattcacacagaagaggaggatgacaattgcaactatagaagctacaagaattgcagctaacctctttttatcaaggactccttt 36412201  T
Q  1603 gcttcttttgt 1613  Q
    |||| ||||||    
T  36412200 gctttttttgt 36412190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 36406803 - 36406741
Alignment:
Q  34 atgtttaaggcctaaattttataatagatatttttacgagaataggaataggcttgacctgtaa 97  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  36406803 atgttgaaggcctaaatttg-taatagatatttttaagagaatagaaataggtttgacctgtaa 36406741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 1484 - 1586
Target Start/End: Complemental strand, 36388283 - 36388181
Alignment:
Q  1484 aatcacataccgtttcttgttttcttccacctgcaaaacacaaaggagaggaggaggacaatcgcaactgtagaagcaaccagaattgcagaaaacctct 1583  Q
    ||||||||||| |  ||| ||||||||||| || |   |||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||| || ||||||||||  |||||||    
T  36388283 aatcacataccctccctttttttcttccacatgtagttcacacaggagaggaggaggacaattgcaattatagaagctacaagaattgcagccaacctct 36388184  T
Q  1584 ttt 1586  Q
    |||    
T  36388183 ttt 36388181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 1484 - 1586
Target Start/End: Complemental strand, 36404997 - 36404895
Alignment:
Q  1484 aatcacataccgtttcttgttttcttccacctgcaaaacacaaaggagaggaggaggacaatcgcaactgtagaagcaaccagaattgcagaaaacctct 1583  Q
    |||| |||||| ||| || ||||||||||| || ||   ||| |||||||||||| |||||| |||||  ||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  36404997 aatcgcataccctttgtttttttcttccacatgtaatttacacaggagaggaggatgacaattgcaacaatagaagctaccagaattgcagccaacctct 36404898  T
Q  1584 ttt 1586  Q
    |||    
T  36404897 ttt 36404895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 1445 - 1574
Target Start/End: Complemental strand, 36434356 - 36434224
Alignment:
Q  1445 atgaaatataaagaacagaggatattacccttaaaattgaatcacataccgtttcttgttttcttccacctgcaaaacacaaaggagaggaggaggac-- 1542  Q
    |||||||||||||| | |  ||||| | |||||||| | ||| ||||||| ||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||      
T  36434356 atgaaatataaagatctggagatatcatccttaaaaataaattacataccctttgtttttttcttccacttgcaatacacacaggagaggacgaggacga 36434257  T
Q  1543 -aatcgcaactgtagaagcaaccagaattgcag 1574  Q
     ||  |||||| ||||||| |||| ||||||||    
T  36434256 taacagcaactatagaagctaccaaaattgcag 36434224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 1484 - 1613
Target Start/End: Complemental strand, 36398062 - 36397933
Alignment:
Q  1484 aatcacataccgtttcttgttttcttccacctgcaaaacacaaaggagaggaggaggacaatcgcaactgtagaagcaaccagaattgcagaaaacctct 1583  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||| || ||  |||| | |||||||| | ||| || |||||| | ||| | |||| |||| |||  |||||||    
T  36398062 aatcacataccctttctttttttcttccacatgtaattcacacaagagaggagaatgacgattgcaactattgaaactaccataattacagccaacctct 36397963  T
Q  1584 tttgacctaggactcctttgcttcttttgt 1613  Q
    ||| | | ||||||||||||||| ||||||    
T  36397962 ttttatcaaggactcctttgctttttttgt 36397933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 213 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 36406663 - 36406594
Alignment:
Q  213 aggttacattgagtagctataagccagaattagcatatgcccttaagttacaggttacattaagtcacta 282  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || |    |||||| |||||||||||||||||    
T  36406663 aggttacattaagtatctataagccagaattagcataagctcgagcgttacatgttacattaagtcacta 36406594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1203 - 1249
Target Start/End: Complemental strand, 36388457 - 36388411
Alignment:
Q  1203 accatattgcacacagtccatgtaatagttgaacaccacaaaaagaa 1249  Q
    ||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36388457 accatatggcacaaaatccatgcaatagttgaacaccacaaaaagaa 36388411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 330 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 47640357 - 47640295
Alignment:
Q  330 cataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttc 392  Q
    ||||||||||| ||||   || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||    
T  47640357 cataccaaatagaaagtgatcgaggcttttgtttggtatgtattcataaacaagcatcttttc 47640295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University