View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1300-Insertion-9 (Length: 508)

Name: NF1300-Insertion-9
Description: NF1300
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1300-Insertion-9
NF1300-Insertion-9
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (71-427)||(25280234-25280590)
chr2 (177-418)||(1592663-1592904)
chr2 (177-418)||(36314146-36314387)
chr2 (231-422)||(5380963-5381154)
chr2 (294-422)||(19590522-19590650)
chr2 (314-422)||(41055505-41055613)
chr2 (314-422)||(21278949-21279057)
chr2 (314-422)||(21612994-21613102)
chr2 (83-201)||(10413007-10413129)
chr2 (339-422)||(12563557-12563640)
chr2 (8-56)||(25279936-25279984)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (71-427)||(7639838-7640199)
chr6 (81-422)||(30383821-30384168)
chr6 (177-418)||(582891-583132)
chr6 (177-408)||(3886382-3886616)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (71-422)||(17172247-17172603)
chr5 (171-422)||(8403658-8403912)
chr5 (314-422)||(12105996-12106104)
chr5 (314-422)||(21361245-21361353)
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (69-422)||(13769886-13770246)
chr4 (71-422)||(32823350-32823708)
chr4 (71-422)||(24783151-24783507)
chr4 (233-422)||(19032611-19032800)
chr4 (251-422)||(31940042-31940213)
chr4 (71-208)||(31940211-31940352)
chr4 (314-422)||(30226288-30226396)
chr4 (174-223)||(19032937-19032986)
chr4 (153-213)||(19032870-19032930)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (71-422)||(2829584-2829942)
chr7 (71-422)||(304175-304533)
chr7 (233-422)||(45809521-45809719)
chr7 (314-422)||(5480879-5480987)
chr7 (314-422)||(41532752-41532860)
chr7 (351-422)||(33335370-33335440)
chr7 (359-422)||(31174197-31174260)
chr7 (293-343)||(33335634-33335684)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (226-422)||(2812314-2812510)
chr8 (177-418)||(18606260-18606504)
chr8 (233-379)||(26858458-26858604)
chr8 (359-407)||(25958154-25958202)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (196-420)||(35734036-35734261)
chr3 (314-422)||(52724945-52725053)
chr3 (367-422)||(40285896-40285951)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (233-422)||(7493728-7493921)
chr1 (357-422)||(33409646-33409711)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 71 - 427
Target Start/End: Original strand, 25280234 - 25280590
Alignment:
Q  71 ttgcaattaagtcattacattactaatatatctgagtcttttcaaaatataacaacactctttggtgcaaaaaattagtataatcggggaagtcagagca 170  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  25280234 ttgcaagtaagtcattacattgctaatatatctcagtcttttcaaaatttaacaacactctttggtgcaaaaaattagtataatcggggaaatcaaagca 25280333  T
Q  171 ttatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaacaagagagagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaa 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25280334 ttatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctaatctccacaacaagagagagagctttctcatcaatgaagaatcttgagacaaaa 25280433  T
Q  271 taaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatg 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25280434 taaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctgagatgcaattatggatg 25280533  T
Q  371 aatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactatattag 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25280534 aatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaatttttataaatagctactatattag 25280590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 177 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 1592904 - 1592663
Alignment:
Q  177 tttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaacaagagagagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataaaga 276  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||||||||||| ||| | | || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||    
T  1592904 tttaattgatagattgattcaccttgtttttacactcctagtctccataacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatga 1592805  T
Q  277 aacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttg 376  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||  ||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  1592804 aacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagttaagatgcaattatggatgaatttg 1592705  T
Q  377 agtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagcta 418  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||    
T  1592704 agtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagcta 1592663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 177 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 36314387 - 36314146
Alignment:
Q  177 tttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaacaagagagagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataaaga 276  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||| | | || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||  |    
T  36314387 tttaattgatagattgattcatcttgttttgacactcccaatctccataacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaataa 36314288  T
Q  277 aacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttg 376  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  36314287 aacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaatttg 36314188  T
Q  377 agtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagcta 418  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||    
T  36314187 agtctttgaagggccgccgagttcaattttcataagtagcta 36314146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 231 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 5381154 - 5380963
Alignment:
Q  231 agagagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaag 330  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  | ||||||||| ||||||||||||    
T  5381154 agagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacaacttggttatctacattgaaaag 5381055  T
Q  331 gacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
     ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5381054 aacattgcaagtcaatttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgacgagttcaattttcataaatagccactat 5380963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 294 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 19590650 - 19590522
Alignment:
Q  294 ttttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggt 393  Q
    ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  |    
T  19590650 ttttcttgcaaatagtatggttatttacattgaaaaggacatttcaagtcattttagctaagatgcaactatggatgaatttgagtttttgaagggtctt 19590551  T
Q  394 cgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19590550 cgagttcaattttcataaatagttactat 19590522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 314 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 41055613 - 41055505
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaat 413  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||| |  ||||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||| | ||||||||||    
T  41055613 ttatttacattgaaaaggacattggatgtcagtttagctcatagacaattatggatgaatttgagtctttaaaaggtcgttgagttcgactttcataaat 41055514  T
Q  414 agctactat 422  Q
    |||||||||    
T  41055513 agctactat 41055505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 314 - 422
Target Start/End: Original strand, 21278949 - 21279057
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaat 413  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||||  || | |||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| | ||| ||||||    
T  21278949 ttatttatattaaaaaggatattgcaagtcacttaaactcataggcacttatggatgaatttgagtatttgaaggatcgtcgagttcgacttttataaat 21279048  T
Q  414 agctactat 422  Q
    |||||||||    
T  21279049 agctactat 21279057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 314 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 21613102 - 21612994
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaat 413  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||  || |  ||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||| | | | ||||| | |||| |||||    
T  21613102 ttatttacattgaaaaagacattgcaagtcacttaaattcataagcagttatagatgaatttgagtctttgaaggatcgccaagttcgactttcgtaaat 21613003  T
Q  414 agctactat 422  Q
    |||||||||    
T  21613002 agctactat 21612994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 201
Target Start/End: Original strand, 10413007 - 10413129
Alignment:
Q  83 cattacattactaatatatctgagtcttttcaaaatataacaacactctttg----gtgcaaaaaattagtataatcggggaagtcagagcattatcatt 178  Q
    |||||||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    |||||||||||||| | |||| | ||||| | | |  | |||||    
T  10413007 cattacattggtagtatatctgagtctttttaaaatataacaacattctttgagttgtgcaaaaaattagcagaatctgcgaagttaaaacgctgtcatt 10413106  T
Q  179 taattgatatattgattcgtctt 201  Q
     |||||||| |||||||||||||    
T  10413107 aaattgatagattgattcgtctt 10413129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 339 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 12563640 - 12563557
Alignment:
Q  339 aagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |    | ||||| |||||||||| |||||||||    
T  12563640 aagtcggtttagctcaaatgcaattatgaatgaatttgagtttttgaaggattaatgggttcagttttcataaacagctactat 12563557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 56
Target Start/End: Original strand, 25279936 - 25279984
Alignment:
Q  8 gaacctccgtcttcgaccttgagggaatgagtgcaagggcggttgcttt 56  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  25279936 gaacctccttcttcgaccttgaggcaatgagtgcaggggcggatgcttt 25279984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 71 - 427
Target Start/End: Original strand, 7639838 - 7640199
Alignment:
Q  71 ttgcaattaagtcattacattactaatatatctgagtcttttcaaaatataacaacactctttggtgcaaaaaattagtataatcggggaagtcagagca 170  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||| || |||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  7639838 ttgcaattaagtcattacattcatgatatacctcagtcttttcaaaatataacaacgctctctgatgcaaaaaattagtataatcggggaagtcaaagcg 7639937  T
Q  171 ttatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttga---cactcctagtctc--cacaacaagagagagagctttctcatcaatgaagaatctcgaga 265  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    ||||| ||||||  |||||||| | ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||     
T  7639938 ttatcatttaattgataaattgattcgtcttgtttttatagtactcccagtctccacacaacaacatagagaactttctcgtcaatgaaaaatctcaagg 7640037  T
Q  266 caaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattat 365  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||||    
T  7640038 caaaataaacaaacaaaatgagtgatgattttcatgcaaataatttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcaacttagctcagatgcaattat 7640137  T
Q  366 ggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactatattag 427  Q
    |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7640138 ggatgaatttgagtttttgaaaggtcgtcgagttcaattttcacaaatagctactatattag 7640199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 81 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 30384168 - 30383821
Alignment:
Q  81 gtcattacattactaatatatctgagtcttttcaaaatataacaacactctttg--gtgcaaaaaattagtataatcggggaagtcagagcattatcatt 178  Q
    |||||||||||  | ||||| || || |||||||||||||||||| |||||  |  |||||||||||||||| |||| | ||| ||| |||  |||||||    
T  30384168 gtcattacattgttgatatacctcagacttttcaaaatataacaaaactctcagttgtgcaaaaaattagtagaatctgagaaatcaaagcgctatcatt 30384069  T
Q  179 taattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaacaag---agagagagcttt-ctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataaa 274  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    | |||||||||| |||| ||||||| || ||| |||||||| |||    
T  30384068 ttattgatagattgattcgtcttgttttgacactcctagtctcgacagcaacgacaaagagagcttttctcagcaatgaaaaagctcaagacaaaacaaa 30383969  T
Q  275 gaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatt 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  30383968 gaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacagcttggttatctacgttgaaaagaacattgcaagtcaatttagctcagatgcaattatggatgaatt 30383869  T
Q  375 tgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30383868 tgagtctttgaagggccgacgagttcaattttcataaatagctactat 30383821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 177 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 583132 - 582891
Alignment:
Q  177 tttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaacaagagagagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataaaga 276  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||| | | || ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || ||    
T  583132 tttaattgatagattgattcaccttgttttgacactcccagtctccataacgacaaagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaatga 583033  T
Q  277 aacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttg 376  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||   |||| || |||||||||||||||||||||||    
T  583032 aacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggtcattaacattgaaaaagacattgcaagttcatttagctaagatgcaattatggatgaatttg 582933  T
Q  377 agtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagcta 418  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||    
T  582932 agtctttgaagggcagccgagttcaattttcataagtagcta 582891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 177 - 408
Target Start/End: Original strand, 3886382 - 3886616
Alignment:
Q  177 tttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaac---aagagagagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataa 273  Q
    ||||||||||| ||||||||  | |||||||||||||| |||||||| |||   || |||| |||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||    
T  3886382 tttaattgatagattgattcaccatgttttgacactcccagtctccataacgacaacagagcgagctttctcatcaataaaaaatctcaagacaaaacaa 3886481  T
Q  274 agaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaat 373  Q
     |||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||    
T  3886482 tgaaataaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttagtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaat 3886581  T
Q  374 ttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttca 408  Q
    |||||||||||| |||  | |||||||||||||||    
T  3886582 ttgagtctttgacgggccgccgagttcaattttca 3886616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 193; Significance: 1e-104; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 71 - 422
Target Start/End: Original strand, 17172247 - 17172603
Alignment:
Q  71 ttgcaattaagtcattacattactaatatatctgagtcttttcaaaatataacaacactctttg----gtgcaaaaaattagtataatcggggaagtcag 166  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||    ||| |||||||||||| |||| |||||||||     
T  17172247 ttgcaattaagtcattacattgttgatataccttagtcttttcaaaatataacaacactctctgagttgtgaaaaaaattagtagaatcagggaagtcaa 17172346  T
Q  167 agcattatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaac---aagagagagagctttctcatcaatgaagaatctcga 263  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||   || | |||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  17172347 agcattatcatttaattaatagattgattcgtcatgttttaacactcccagtatccacaacgacaacaaagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaa 17172446  T
Q  264 gacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaatt 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| |  |||||  ||||||||||||    
T  17172447 gacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggttattaacatcgaaaaggacaatgcaaat--gtttaggtcagatgcaatt 17172544  T
Q  364 atggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17172545 atggatgaatttgagtctttgaagggccgtcgagttcaattttcataaatagccactat 17172603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 171 - 422
Target Start/End: Original strand, 8403658 - 8403912
Alignment:
Q  171 ttatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaacaaga---gagagagctttctcatcaatgaagaatctcgagaca 267  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||||| |   |||||| |||||||||||||||| |||||| ||| |    
T  8403658 ttatcatttaattgatagattgattcttcttgttttaacacttctaatctccacaacaacaatggagagaactttctcatcaatgaaaaatctcaagata 8403757  T
Q  268 aaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatgg 367  Q
    ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  8403758 aaacaaagaaacaaaatgatagatgattttcttgcaaatagtttggttacttacattgaaaagaacattgcaagtcagtttatctctgatgcaattatgg 8403857  T
Q  368 atgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8403858 atgaatttgagtctttgaagggtcgccgagttcaattttcataaatagctactat 8403912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 314 - 422
Target Start/End: Original strand, 12105996 - 12106104
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaat 413  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||   | | |||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||| | | ||||||| | |||| |||||    
T  12105996 ttatttacattgaaaaagacattgcaagtcacataaactcataagcagttatagatgaatttgagtctttgaaggatcgccgagttcgactttcgtaaat 12106095  T
Q  414 agctactat 422  Q
    |||||||||    
T  12106096 agctactat 12106104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 314 - 422
Target Start/End: Original strand, 21361245 - 21361353
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaat 413  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||  || |  ||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||| | | | ||||| | |||  |||||    
T  21361245 ttatttacattgaaaaagacattgtaagtcacttaaattcataagcagttatagatgaatttgagtctttgaaggatcgccaagttcgacttttgtaaat 21361344  T
Q  414 agctactat 422  Q
    |||||||||    
T  21361345 agctactat 21361353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 69 - 422
Target Start/End: Original strand, 13769886 - 13770246
Alignment:
Q  69 gattgcaattaagtcattacattactaatatatctgagtcttttcaaaatataacaacactctttg----gtgcaaaaaattagtataatcggggaagtc 164  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||| |||| | ||| ||    
T  13769886 gattgcaattaagtcattacattgttgatatacctcagtcttttcaaaatataacaacactctctgagttgtgcaaaaaattagtagaatctgagaaatc 13769985  T
Q  165 agagcattatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaacaag---agagagagctttctcatcaatgaagaatctc 261  Q
    | |||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||    |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13769986 aaagcgctatcatttaattgatagattgattcgtcttgttttgacactcccagtctcgacagcaacgacagagagagctttctcatcaatgaaaaatctc 13770085  T
Q  262 gagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaa 361  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| |||| ||||||    
T  13770086 aagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgcttttctttcaaacagcttggttatctacattgaaaagaacattgcaagtcaatttagctcaaatgcaa 13770185  T
Q  362 ttatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13770186 ttatggatgaatttgagtctttgaagggccgacgaattcaattttcataaatagctactat 13770246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 71 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 32823708 - 32823350
Alignment:
Q  71 ttgcaattaagtcattacattactaatatatctgagtcttttcaaaatataacaacactctttg----gtgcaaaaaattagtataatcggggaagtcag 166  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||    |||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  32823708 ttgcaattaagtcattacattgctgatatacctcagtctttttaaaatataacaacactctttgaattgtgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaa 32823609  T
Q  167 agcattatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaac---aagagagagagctttctcatcaatgaagaatctcga 263  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||   |||||||||||   || |||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  32823608 ggcgttatcatttaattgatagattgattcgccttgttctaacactcaccgtctccacaacgacaacagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaa 32823509  T
Q  264 gacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaatt 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||    
T  32823508 gacaaaataaagaaacaaaatgagcaatgattttctttcaaatagcttggttatttacattgaaaaagacattgcaagtcagattacctcatatgcaatt 32823409  T
Q  364 atggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    |||||||||||| ||||||| || ||  | |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  32823408 atggatgaattttagtctttaaaaggccgccgagtttaattatcataaatagctactat 32823350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 71 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 24783507 - 24783151
Alignment:
Q  71 ttgcaattaagtcattacattactaatatatctgagtcttttcaaaatataacaacactctttg----gtgcaaaaaattagtataatcggggaagtcag 166  Q
    ||||||||||| |||| |||| || |||| | | ||||||||||||||||||||||| | | ||    ||| |||| ||||||| ||| ||||||||||     
T  24783507 ttgcaattaagacattgcattgctgatatgtgtcagtcttttcaaaatataacaacattttctgagttgtgaaaaagattagtagaattggggaagtcaa 24783408  T
Q  167 agcattatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaacaagag---agagagctttctcatcaatgaagaatctcga 263  Q
    | |  |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| |    |||||||||||||| |    |||||||||||||| ||||||| |||||| |    
T  24783407 aacgctatcatttaatttagagattgattcgtcttgttttgacccatgcagtctccacaacaacaacaaagagagctttctcaacaatgaaaaatctcaa 24783308  T
Q  264 gacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaatt 363  Q
    || |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||  ||||||||    
T  24783307 gataaaacaaagaatcaaaatgagtgattattttcttgcaaatatcttggttattcacattaaaaaggacattgcaagtcagtttagctc--atgcaatt 24783210  T
Q  364 atggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24783209 atggatgaatttgagtctttgaatggtcgccgagttcgattttcataaatagctactat 24783151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 9e-65
Query Start/End: Original strand, 233 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 19032800 - 19032611
Alignment:
Q  233 agagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaagga 332  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  19032800 agagaactttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgatagatgattttcttgcaaatagcttgattatttacattgaaaagga 19032701  T
Q  333 cattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
     |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  19032700 aattgcaagtcagtttagctcagatgcaattatggatgaatttgagtgtttgaagggtcgctgagttcaattttcatatatagctactat 19032611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 251 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 31940213 - 31940042
Alignment:
Q  251 tgaagaatctcgagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttac 350  Q
    |||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||     
T  31940213 tgaaaaatctcaagacaaaacaaataaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagtttggttatttacattgaaaaagacattgtaagtcagtttag 31940114  T
Q  351 ctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31940113 ctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtcgtcgagttcaattttcataaatagctactat 31940042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 71 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 31940352 - 31940211
Alignment:
Q  71 ttgcaattaagtcattacattactaatatatctgagtcttttcaaaatataacaacactctttgg----tgcaaaaaattagtataatcggggaagtcag 166  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||     ||||||||||||||| |||| |||||||||     
T  31940352 ttgcaattaagtcattacattgctgatataccttagtcttttcaaaatataacaacactctctgaattttgcaaaaaattagtagaatcagggaagtcaa 31940253  T
Q  167 agcattatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttga 208  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31940252 agcgttatcatttaattgatagattgattcgtcttgttttga 31940211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 314 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 30226396 - 30226288
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaat 413  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||  || |  ||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||| | | | ||||| | |||| |||||    
T  30226396 ttatttacattgaaaaagacattgcaagtcacttaaattcataagcagttatagatgaatttgagtctttgaaggatcgccaagttcgactttcgtaaat 30226297  T
Q  414 agctactat 422  Q
    |||||||||    
T  30226296 agctactat 30226288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 174 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 19032986 - 19032937
Alignment:
Q  174 tcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctcca 223  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||    
T  19032986 tcatttaattgatagattgattcgtcttgttttaacactcccaatctcca 19032937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 153 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 19032930 - 19032870
Alignment:
Q  153 atcggggaagtcagagcattatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactc 213  Q
    |||| ||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||    
T  19032930 atcgaggaagtcaatgcgttatcatttaattgatagattgattcatcttgttttaacactc 19032870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 184; Significance: 2e-99; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 71 - 422
Target Start/End: Original strand, 2829584 - 2829942
Alignment:
Q  71 ttgcaattaagtcattacattactaatatatctgagtcttttcaaaatataacaacactctttg----gtgcaaaaaattagtataatcggggaagtcag 166  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||| ||||   ||| |||     
T  2829584 ttgcaattaagtcattacattgttgatatacctcagtcttttcaaaatataacaacactctctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcttagaaatcaa 2829683  T
Q  167 agcattatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaacaag---agagagagctttctcatcaatgaagaatctcga 263  Q
    |||  || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    |||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  2829684 agcgctaacatttaattgatagattgattcgtcttgttttgacactcccagtctcgacaacaacgatagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaa 2829783  T
Q  264 gacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaatt 363  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  2829784 gacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacagcttggttatctatattgaaaaggacattgcaagtcaatttagctcagatgcaatt 2829883  T
Q  364 atggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| | |||||||||||||    
T  2829884 atggatgaatttgagtctttgaagggccgacgagttcatttttaaaaaatagctactat 2829942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 71 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 304533 - 304175
Alignment:
Q  71 ttgcaattaagtcattacattactaatatatctgagtcttttcaaaatataacaacactctttg----gtgcaaaaaattagtataatcggggaagtcag 166  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||    |||||||||||||||| ||||   ||| |||     
T  304533 ttgcaattaagtcattacattgttgatatacctcagtcttttcaaaatataacaacactctctgagttgtgcaaaaaattagtagaatcttagaaatcaa 304434  T
Q  167 agcattatcatttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaacaag---agagagagctttctcatcaatgaagaatctcga 263  Q
    |||  || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||    |||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  304433 agcgctaacatttaattgatagattgattcgtcttgttttgacactcccagtctcaacagcaacgatagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaa 304334  T
Q  264 gacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaatt 363  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| || |||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||    
T  304333 gacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaacagcttggttatctatattgaaaaggacattgtaagtcaatttagctcagatgcaatt 304234  T
Q  364 atggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||| | |||||||||||||    
T  304233 atggatgaatttgagtctttgaagggccgacgagttcatttttaaaaaatagctactat 304175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 233 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 45809719 - 45809521
Alignment:
Q  233 agagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaagga 332  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||  |    
T  45809719 agagagttttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagcgatgattttctttcaaatagcttggttatttacattaaaaaaaa 45809620  T
Q  333 ----------cattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
               |||||| ||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45809619 aaaaaaaaagtattgcaggtcagtttagctca-acgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggccgccgagttcaattttcataaatagctactat 45809521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 314 - 422
Target Start/End: Original strand, 5480879 - 5480987
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaat 413  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||  || | || | | ||| |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| | ||||||||||    
T  5480879 ttatttacattgaaaagaacattgcaagtcacttaaacttataggcagttatggatgaatttgagtctttcaaggattgtcgagttcgactttcataaat 5480978  T
Q  414 agctactat 422  Q
    |||||||||    
T  5480979 agctactat 5480987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 314 - 422
Target Start/End: Original strand, 41532752 - 41532860
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaat 413  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||  || |  ||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||| | | | ||||| | |||| |||||    
T  41532752 ttatttacattgaaaaagacattgcaagtcacttaaattcataagcagttatagatgaatttgagtctttgaaggatcgccaagttcgactttcgtaaat 41532851  T
Q  414 agctactat 422  Q
    |||||||||    
T  41532852 agctactat 41532860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 351 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 33335440 - 33335370
Alignment:
Q  351 ctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    |||| |||||||||| |||||||  |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33335440 ctcatatgcaattatagatgaatc-gagtctttcaagggtcgccgagttcaattttcataaatagctactat 33335370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 359 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 31174260 - 31174197
Alignment:
Q  359 caattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  31174260 caattatcgatgaatttgagtctttgaaagatcgtcgagttcgactttcataaataactactat 31174197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 33335684 - 33335634
Alignment:
Q  293 attttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtc 343  Q
    |||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  33335684 attttcttgcaaatagttaggttatttacattgaaaaggatattgcaagtc 33335634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 226 - 422
Target Start/End: Original strand, 2812314 - 2812510
Alignment:
Q  226 acaagagagagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattg 325  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  2812314 acaacagagagagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttggttatttacattg 2812413  T
Q  326 aaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2812414 aaaaagacattgcaagtcagtttaactcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagagccaccgagttcaattttcataaatagctactat 2812510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 177 - 418
Target Start/End: Original strand, 18606260 - 18606504
Alignment:
Q  177 tttaattgatatattgattcgtcttgttttgacactcctagtctccacaac---aagagagagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataa 273  Q
    ||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||   || |||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||    
T  18606260 tttaattgatagattgattcaccttgttttgacactcccagtctccataacgacaacagagcgagctttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaa 18606359  T
Q  274 agaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaat 373  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||| |||||||||| |||||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||    
T  18606360 tgaaacaaaatgagtgatgattttctttcaaatagcttagtcattaacattgaaaaagacattgcaagtccatttagctaagatgcaattatggatgaat 18606459  T
Q  374 ttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagcta 418  Q
    ||| |||||||||||   | |||||||||||||||||| ||||||    
T  18606460 ttgggtctttgaaggaccgccgagttcaattttcataagtagcta 18606504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 233 - 379
Target Start/End: Original strand, 26858458 - 26858604
Alignment:
Q  233 agagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaagga 332  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||     
T  26858458 agagagctttctcggcaatgaaaaatctcaagacaaaataaagaaataaaacgagtgacgattttcatgaaaatagcttggttattgacattgaaaaggt 26858557  T
Q  333 cattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagt 379  Q
    |||||||| || ||||| |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  26858558 cattgcaaatcagtttagctcagaggcaaatatggatgaatttgagt 26858604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 359 - 407
Target Start/End: Complemental strand, 25958202 - 25958154
Alignment:
Q  359 caattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttc 407  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| ||| |||||    
T  25958202 caattatggatgaatttgactccttgaagtgtggtcgagctcatttttc 25958154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 196 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 35734261 - 35734036
Alignment:
Q  196 cgtcttgttttgacactcctagtctccacaac---aagagagagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatg 292  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||||||   || ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||     
T  35734261 cgtcttgttttgatactcacagtctccacaacgacaacagagagaactttctcatcaatgaaaaatctcaagacaaaagaaagaaacaaaatgagtgat- 35734163  T
Q  293 attttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtgg 392  Q
    ||||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |    
T  35734162 attttttt-caaatagcttggttatctacattgaaaaggacattgcaagtcaatttagctcagatgcaattatgaatgaatttgagtctttgaagggccg 35734064  T
Q  393 tcgagttcaattttcataaatagctact 420  Q
     ||||||||||||| ||||  |||||||    
T  35734063 ccgagttcaatttttataagcagctact 35734036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 314 - 422
Target Start/End: Original strand, 52724945 - 52725053
Alignment:
Q  314 ttatttacattgaaaaggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaat 413  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||  || |  ||| | ||| |||| |||||||||||||||||||||| | | | ||||| | |||| |||||    
T  52724945 ttatttacattgaaaaagacattgcaagtcacttaaattcataagcatttatagatgaatttgagtctttgaaggatcgccaagttcgactttcgtaaat 52725044  T
Q  414 agctactat 422  Q
    |||||||||    
T  52725045 agctactat 52725053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 367 - 422
Target Start/End: Original strand, 40285896 - 40285951
Alignment:
Q  367 gatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    ||||||||||||| |||||| |    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40285896 gatgaatttgagtttttgaaagtccatcgagttcaattttcataaatagctactat 40285951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 105; Significance: 3e-52; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 233 - 422
Target Start/End: Original strand, 7493728 - 7493921
Alignment:
Q  233 agagagctttctcatcaatgaagaatctcgagacaaaataaagaaacaaaatgagtgatgattttcttgcaagtagcttggttatttacattgaaaa--- 329  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||       
T  7493728 agagagctttctgatcaatgaaaaatctcaagacaaaacaaagaaacaaaatgagcgatgattttctttcaaatagcttggttatttacattaaaaaaaa 7493827  T
Q  330 -ggacattgcaagtcggtttacctcagatgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
       | |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7493828 tatatattgcaggtcagtttagctcagatgcaattatggataaatttgagtctttgaagggctgccgagttcaattttcataaatagctactat 7493921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 357 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 33409711 - 33409646
Alignment:
Q  357 tgcaattatggatgaatttgagtctttgaagggtggtcgagttcaattttcataaatagctactat 422  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| || |   || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  33409711 tgcaattatggatgaattcgagtctttaaaagaccgttgggttcaattttcataaatagctactat 33409646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University