View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13002_low_1 (Length: 759)

Name: NF13002_low_1
Description: NF13002
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13002_low_1
NF13002_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-715)||(47034892-47035595)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 47035595 - 47034892
Alignment:
Q  1 acacggacagtgctggcagagtggataagaggacaggttgtggtggtctaattagaggag---atcaaggagaattcatatgtggttttcctaaacactc 97  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||             |||||||    
T  47035595 acacggacagtgctagcagagttgatgcgaggacaggttgtggtggtctaattagaggaggagatcaaggagaattcata-------------aacactc 47035509  T
Q  98 tcttctactttatccttgttccatgcttgtttgctatcaccagtccttcatagtagtaaacctaaaaaaccaaacaataaatttattaacaaatgttgag 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  47035508 tcttctactttatccttgttccatgcttgtttgctatcaccagtcctttatagtagtaaacctaaaaaaccaaacaataaatatattaacaaatgttgag 47035409  T
Q  198 ttgggatggaaaataatgtagatgtcaatttaaaaaactgttaaaacatagtatagattnnnnnnnntt-gaagaaatcaatttaaaaatttgtttaata 296  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47035408 ttgggatggaaaataatgtagaagtcaatttaaaaaattgttaaaacatagtatagatttttttttttttgaagaaatcaatttaaaaatttgtttaata 47035309  T
Q  297 agattttataaatcagctgcaacaatttcatgtacaactacgcactagatggactgttttcatcgttctgtttcnnnnnnngaatatataagtcagagcc 396  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||    
T  47035308 agattttataaatcagctgcaacaatttcatgtacaactacgcactagatggactgttttcatcgttctgtttcaaaaaaagaatatataagtcagagcc 47035209  T
Q  397 tggttgatataatgtacgagggttgttcgaaatgtcccaatttctttagctaacacgttttaactaatattgttgttataaagaacagtagaatagtacg 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47035208 tggttgatataatgtacgagggttgttcgaaatgtcccaatttctttagctaacacgttttaactaat--tgttgttataaagaacagtagaatagtacg 47035111  T
Q  497 cacattcaacaaataaataacaaaaccataaaacacatgttaactaaacactaaaaagtgggttcaaagtgcttacctctcatatatcacaacaaatcta 596  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47035110 cacattcaacaaataaataacaaaacaataaaacacatgttaactaaacaccaaaaagtgggttcaaagtgcttacctctcatatatcacaacaaatcta 47035011  T
Q  597 caaaatgcaaagagggattgaagattaacaaaccttgactctaactnnnnnnnnnnnnnnnnntattattcaaatagcaatgtgaagaaccttaatctaa 696  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47035010 caaaatgaaaagagggattgaagattaacaaaccttgactctaactaaaaagaaaaagaaaaatattattcaaatagcaatgtgaagaaccttaatctaa 47034911  T
Q  697 attaatgagtgggtgaatg 715  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  47034910 attagtgagtgggtgaatg 47034892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University