View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13011_low_2 (Length: 637)

Name: NF13011_low_2
Description: NF13011
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13011_low_2
NF13011_low_2
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (20-626)||(38581156-38581765)
chr5 (194-626)||(38574167-38574598)
chr5 (20-196)||(38573594-38573770)
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (218-626)||(18523578-18523986)
chr7 (218-626)||(18643929-18644337)
chr7 (218-626)||(18631221-18631629)
chr7 (218-626)||(18600996-18601404)
chr7 (218-499)||(18646642-18646923)
chr7 (28-196)||(18522990-18523158)
chr7 (28-196)||(18632020-18632188)
chr7 (28-196)||(18652022-18652190)
chr7 (28-196)||(18644728-18644896)
chr7 (28-196)||(18647314-18647482)
chr7 (40-196)||(18600448-18600604)
chr7 (218-288)||(18651560-18651630)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 536; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 536; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 626
Target Start/End: Original strand, 38581156 - 38581765
Alignment:
Q  20 aaggttgtatctgatggcttttgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatttttg 119  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38581156 aaggttgtatctgacggcttttgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatctttg 38581255  T
Q  120 ccattactcaatgctttcatttggtactcaaacgcattggagtcccttatttcgtttcacaaatcttggtaataatacgtgttatattttagtcgttaat 219  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  38581256 tcattactcaatgctttcatttggtactcaaacgcattggagtcccttatttcgtttcacaaatcttggtaataatatgtgttatcttttagtcgttaat 38581355  T
Q  220 ttaaaaatatatttgtattcatggcgtcgaaattaatgatacataaagtttgcaggctggtttagttctaggaccatc---tttgaagatttcaaataga 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  38581356 ttaaaaatatatttgtattcatggcgtcaaaattaatgatacataaattttgcaggctggtttagttctaggaccatcatctttgaagatttcaaataga 38581455  T
Q  317 tggaatggattcaaaaacatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccttaattggctatgcatttttcctgtttctatgttgtg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38581456 tggaatggattcaaaaacatcttgtttccatacggtattgaagatgtaataagtgtaatatccttaattggctatgcatttttcctgtttctatgttgtg 38581555  T
Q  417 taaaaatggacttcaccataataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttatgattccaacgtttgttggtctcgtagtatg 516  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38581556 tgaaaatggacttcaccattataacaagaacaggtagaaaagcatgggcaatagctttttgttcctttatgattccaacgtttgttggtctcgtagtatg 38581655  T
Q  517 ttacagattctcagaatattggggacacaagatgggattttttgaagcaaaaaaccttcctgttatagttataggacaaagtggctgttattttgttgtc 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  38581656 ttacagattctcagaatattggggacacaagatgggagatttcgaagcaaaaaaccttcctgttatagttataggacaaagtggctgttattttgttgtg 38581755  T
Q  617 atagcttctt 626  Q
    ||||||||||    
T  38581756 atagcttctt 38581765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 194 - 626
Target Start/End: Original strand, 38574167 - 38574598
Alignment:
Q  194 atacgtgttatattttagtcgttaatttaaaaatatatttgtattcatggcgtcgaaattaatgatacataaagtttgcaggctggtttagttctaggac 293  Q
    |||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38574167 atacttgttacattttagttgtta-tttaaaaatatatttattttcatggcgtcaaaattaatgatacataaattttgcaggctggtttagttctaggac 38574265  T
Q  294 catctttgaagatttcaaatagatggaatggattcaaaaacatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccttaattggctatgc 393  Q
    ||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  38574266 catctttgaagttttcaaaaacatggactggattcaaaaacatattgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccctaattggatatgc 38574365  T
Q  394 atttttcctgtttctatgttgtgtaaaaatggacttcaccataataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttatgattcca 493  Q
    ||||||||| ||||||  |  ||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38574366 atttttcctatttctaactactgtgaaaatggacttcacaatgataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttttgattcca 38574465  T
Q  494 acgtttgttggtctcgtagtatgttacagattctcagaatattggggacacaagatgggattttttgaagcaaaaaaccttcctgttatagttataggac 593  Q
    | | || |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38574466 atggtttttggtctcctagtgtgttacagattcccagaatattggatacacgagatgggaaattttgaagcaaaaaaccttcctgttatagttataggac 38574565  T
Q  594 aaagtggctgttattttgttgtcatagcttctt 626  Q
    ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||    
T  38574566 aaagtggttgttactttgctgtcatagcttctt 38574598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 20 - 196
Target Start/End: Original strand, 38573594 - 38573770
Alignment:
Q  20 aaggttgtatctgatggcttttgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatttttg 119  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38573594 aaggttgtatctaatggcaattgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatctttg 38573693  T
Q  120 ccattactcaatgctttcatttggtactcaaacgcattggagtcccttatttcgtttcacaaatcttggtaataata 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||  |  | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38573694 ccattactcaatgctttcatttggtacttaaacgtctcagggtcccttatttcgtttcacaaatcatggtaataata 38573770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 285; Significance: 1e-159; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 218 - 626
Target Start/End: Original strand, 18523578 - 18523986
Alignment:
Q  218 atttaaaaatatatttgtattcatggcgtcgaaattaatgatacataaagtttgcaggctggtttagttctaggaccatctttgaagatttcaaatagat 317  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  18523578 atttaaaaatatatttgttttcatggcgtcgaaattaatgatacataaattttgcaggctggtttagttctaggaccatctttgaagttttcaaaaacat 18523677  T
Q  318 ggaatggattcaaaaacatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccttaattggctatgcatttttcctgtttctatgttgtgt 417  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |  |||    
T  18523678 ggactggattcaaaaacatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccctaattggatatgcatttttcctgtttctaactactgt 18523777  T
Q  418 aaaaatggacttcaccataataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttatgattccaacgtttgttggtctcgtagtatgt 517  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||| |||    
T  18523778 aaaaatggacttcaccatgataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttttgattccaatgttttttggtctcctagtgtgt 18523877  T
Q  518 tacagattctcagaatattggggacacaagatgggattttttgaagcaaaaaaccttcctgttatagttataggacaaagtggctgttattttgttgtca 617  Q
    |||||||||  ||||| ||||  || | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||    
T  18523878 tacagattccaagaattttggaaactcgagatgggaaattttgaagcaaaaaaccttcctgttatagttataggtcaaagtggttgttactttgctgtca 18523977  T
Q  618 tagcttctt 626  Q
    |||||||||    
T  18523978 tagcttctt 18523986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 218 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 18644337 - 18643929
Alignment:
Q  218 atttaaaaatatatttgtattcatggcgtcgaaattaatgatacataaagtttgcaggctggtttagttctaggaccatctttgaagatttcaaatagat 317  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  18644337 atttaaaaatatatttgttttcatggcgtcaaaattaatgatacataaattttgcaggctggtttagttctaggaccatctttgaagttttcaaaaacat 18644238  T
Q  318 ggaatggattcaaaaacatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccttaattggctatgcatttttcctgtttctatgttgtgt 417  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |  |||    
T  18644237 ggactggattcaaaaatatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccctaattggatatgcatttttcctgtttctaactactgt 18644138  T
Q  418 aaaaatggacttcaccataataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttatgattccaacgtttgttggtctcgtagtatgt 517  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||    
T  18644137 gaaaatggacttcaccatgataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttgtgattccaatgttttttggtctcgtagtgtgt 18644038  T
Q  518 tacagattctcagaatattggggacacaagatgggattttttgaagcaaaaaaccttcctgttatagttataggacaaagtggctgttattttgttgtca 617  Q
    |||||||||  ||||| ||||  || | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||    
T  18644037 tacagattccaagaattttggaaactcgagatgggaaattttgaagcaaaaaaccttcctgttatagttatagggcaaagtggttgttactttgctgtca 18643938  T
Q  618 tagcttctt 626  Q
    |||||||||    
T  18643937 tagcttctt 18643929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 218 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 18631629 - 18631221
Alignment:
Q  218 atttaaaaatatatttgtattcatggcgtcgaaattaatgatacataaagtttgcaggctggtttagttctaggaccatctttgaagatttcaaatagat 317  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  18631629 atttaaaaatatatttgttttcatggcgtcaaaattactgatacataaattttgcaggctggtttagttctaggaccatctttgaagttttcaaaaacat 18631530  T
Q  318 ggaatggattcaaaaacatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccttaattggctatgcatttttcctgtttctatgttgtgt 417  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |  |||    
T  18631529 ggactggattcaaaaatatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccctaattggatatgcatttttcctgtttctaactactgt 18631430  T
Q  418 aaaaatggacttcaccataataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttatgattccaacgtttgttggtctcgtagtatgt 517  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||| |||    
T  18631429 gaaaatggacttcaccatgataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttttgattccaatgttttttggtctcctagtgtgt 18631330  T
Q  518 tacagattctcagaatattggggacacaagatgggattttttgaagcaaaaaaccttcctgttatagttataggacaaagtggctgttattttgttgtca 617  Q
    |||||||||  ||||| ||||  || | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||    
T  18631329 tacagattccaagaattttggaaactcgagatgggaaattttgaagcaaaaaaccttcctgttatagttatagggcaaagtggttgttactttgctgtca 18631230  T
Q  618 tagcttctt 626  Q
    |||||||||    
T  18631229 tagcttctt 18631221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 218 - 626
Target Start/End: Original strand, 18600996 - 18601404
Alignment:
Q  218 atttaaaaatatatttgtattcatggcgtcgaaattaatgatacataaagtttgcaggctggtttagttctaggaccatctttgaagatttcaaatagat 317  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  18600996 atttaaaaatatatttgtttccatggcgtcaaaattaatgatacataaattttgcaggctggtttagttctaggaccatctttgaagttttcaaaaacat 18601095  T
Q  318 ggaatggattcaaaaacatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccttaattggctatgcatttttcctgtttctatgttgtgt 417  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||  |  |||    
T  18601096 ggattggattcaaaaatatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccctacttggatatgcatttttcctgtttctaactactgt 18601195  T
Q  418 aaaaatggacttcaccataataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttatgattccaacgtttgttggtctcgtagtatgt 517  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||| |||    
T  18601196 gaaaatggacttcaccatgataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttttgattccaatgttttttggtctcctagtgtgt 18601295  T
Q  518 tacagattctcagaatattggggacacaagatgggattttttgaagcaaaaaaccttcctgttatagttataggacaaagtggctgttattttgttgtca 617  Q
    |||||||||  ||||| ||||  || | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||    
T  18601296 tacagattccaagaattttggaaactcgagatgggaaattttgaagcaaaaaaccttcctgttatagttatagggcaaagtggttgttactttgctgtca 18601395  T
Q  618 tagcttctt 626  Q
    |||||||||    
T  18601396 tagcttctt 18601404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 218 - 499
Target Start/End: Complemental strand, 18646923 - 18646642
Alignment:
Q  218 atttaaaaatatatttgtattcatggcgtcgaaattaatgatacataaagtttgcaggctggtttagttctaggaccatctttgaagatttcaaatagat 317  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||    
T  18646923 atttaaaaatatatttgttttcatggcgtcaaaattaatgatacataaattttgcaggctggtttagttctaggaccatctttgaagttttcaaaaacat 18646824  T
Q  318 ggaatggattcaaaaacatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccttaattggctatgcatttttcctgtttctatgttgtgt 417  Q
    ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |  |||    
T  18646823 ggactggattcaaaaatatcttgtttccatacggtactgaagatgtaataagtgtaatatccctaattggatatgcatttttcctgtttctaactactgt 18646724  T
Q  418 aaaaatggacttcaccataataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttatgattccaacgttt 499  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  18646723 gaaaatggacttcaccatgataacaagaacaggtagaaaagcatggacaatagctttttgttcctttttgattccaatgttt 18646642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 28 - 196
Target Start/End: Original strand, 18522990 - 18523158
Alignment:
Q  28 atctgatggcttttgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatttttgccattact 127  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18522990 atctgatggcaattgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatctttgccattact 18523089  T
Q  128 caatgctttcatttggtactcaaacgcattggagtcccttatttcgtttcacaaatcttggtaataata 196  Q
    |||||||||||||||||||| || ||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18523090 caatgctttcatttggtacttaagcgtcttggggtcccttatttcgtttcacaaatcatggtaataata 18523158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 28 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 18632188 - 18632020
Alignment:
Q  28 atctgatggcttttgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatttttgccattact 127  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18632188 atctgatggcaattgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatctttgccattact 18632089  T
Q  128 caatgctttcatttggtactcaaacgcattggagtcccttatttcgtttcacaaatcttggtaataata 196  Q
    |||||||||||||||||||| || ||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18632088 caatgctttcatttggtacttaagcgtcttggggtcccttatttcgtttcacaaatcatggtaataata 18632020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 28 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 18652190 - 18652022
Alignment:
Q  28 atctgatggcttttgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatttttgccattact 127  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18652190 atctgatggcaattgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatctttgccattact 18652091  T
Q  128 caatgctttcatttggtactcaaacgcattggagtcccttatttcgtttcacaaatcttggtaataata 196  Q
    |||||||||||||||||||| || ||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18652090 caatgctttcatttggtacttaagcgtcttggggtcccttatttcgtttcacaaatcatggtaataata 18652022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 28 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 18644896 - 18644728
Alignment:
Q  28 atctgatggcttttgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatttttgccattact 127  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18644896 atctgatggcaattgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatctttgccattact 18644797  T
Q  128 caatgctttcatttggtactcaaacgcattggagtcccttatttcgtttcacaaatcttggtaataata 196  Q
    ||||||||||||||| |||| || ||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18644796 caatgctttcatttgatacttaagcgtcttggggtcccttatttcgtttcacaaatcatggtaataata 18644728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 28 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 18647482 - 18647314
Alignment:
Q  28 atctgatggcttttgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatttttgccattact 127  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18647482 atctgatggcaattgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatctttgccattact 18647383  T
Q  128 caatgctttcatttggtactcaaacgcattggagtcccttatttcgtttcacaaatcttggtaataata 196  Q
    ||||||||||||||| |||| || ||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18647382 caatgctttcatttgatacttaagcgtcttggggtcccttatttcgtttcacaaatcatggtaataata 18647314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 40 - 196
Target Start/End: Original strand, 18600448 - 18600604
Alignment:
Q  40 ttgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatttttgccattactcaatgctttcat 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  18600448 ttgggctaatcatgatcaagctgcaatgcctatgcaatccactttgccattgttagagcttcaaattctcacaatctttgccattacacaatgctttcat 18600547  T
Q  140 ttggtactcaaacgcattggagtcccttatttcgtttcacaaatcttggtaataata 196  Q
    |||||||| || ||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18600548 ttggtacttaagcgtcttggggtcccttatttcgtttcacaaatcatggtaataata 18600604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 218 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 18651630 - 18651560
Alignment:
Q  218 atttaaaaatatatttgtattcatggcgtcgaaattaatgatacataaagtttgcaggctggtttagttct 288  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18651630 atttaaaaatatatttgttttcatggcgtcaaaattaatgatacataaattttgcaggctggtttagttct 18651560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University