View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13016_low_1 (Length: 471)

Name: NF13016_low_1
Description: NF13016
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13016_low_1
NF13016_low_1
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (14-455)||(15016406-15016847)
chr1 (11-455)||(15001395-15001839)
chr1 (11-455)||(15024405-15024849)
chr1 (11-455)||(15031746-15032190)
chr1 (11-445)||(15036308-15036742)
chr1 (11-455)||(15010288-15010732)
chr1 (124-455)||(14467204-14467535)
chr1 (148-455)||(14523004-14523311)
chr1 (44-453)||(14503303-14503712)
chr1 (124-455)||(14533125-14533456)
chr1 (128-370)||(15040161-15040403)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (151-455)||(12207-12511)
scaffold0400 (124-366)||(5892-6134)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (151-455)||(12850-13154)
scaffold0365 (124-366)||(6536-6778)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (124-442)||(16102283-16102601)
chr7 (124-442)||(16171961-16172279)
chr7 (151-282)||(17847959-17848090)
chr7 (152-308)||(15665775-15665931)
[»] scaffold0289 (1 HSPs)
scaffold0289 (152-308)||(18643-18799)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 455
Target Start/End: Original strand, 15016406 - 15016847
Alignment:
Q  14 aataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgattca 113  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |  ||||     
T  15016406 aataggcttaccgatttgaaagcactcgatttgtatgataataattttgttggtcatttacctcataatatttgtgtcggtgggaagttggaaaaattct 15016505  T
Q  114 ctgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaa 213  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  15016506 ctgctgctcttaaccagttcacaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgaacaaaaccaactgactggaaa 15016605  T
Q  214 tataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaag 313  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  15016606 tataacaaatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggaattgagtgataataatttgtatggtcaaatttctccaaattggggaaagtgcaag 15016705  T
Q  314 aatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaa 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15016706 aatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaa 15016805  T
Q  414 accatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttat 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15016806 accatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttat 15016847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 11 - 455
Target Start/End: Original strand, 15001395 - 15001839
Alignment:
Q  11 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgat 110  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| | |   |    
T  15001395 atgaataggcttacagatttggaagtactccatttatctgataataattttgttggtcatttacctcacaatatttgtaacggtgggaagttaaaaatgt 15001494  T
Q  111 tcactgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactgg 210  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || ||||||||||| |||||||    
T  15001495 tcactgttgcacttaaccagttcacaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttacgagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgg 15001594  T
Q  211 aaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 310  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15001595 aaatataacagacagctttggtgtgtatccaaatttggaatacatggatttgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 15001694  T
Q  311 aagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtctt 410  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15001695 aagaatctcacaagcctaaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtctt 15001794  T
Q  411 caaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttat 455  Q
    |||||||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15001795 caaaccatctaatgcgaaaaattccaaaggagttagaaaacttat 15001839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 11 - 455
Target Start/End: Original strand, 15024405 - 15024849
Alignment:
Q  11 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | |  ||    
T  15024405 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttagatgttaataattttgttggtcatttacctcacaatatttgtgtcggtgggaagataaaaaaat 15024504  T
Q  111 tcactgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactgg 210  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  15024505 tcactgctggacttaaccagttcactggcttagttccagagagtttgaagaattgcttaagccttaaaagagtgaggcttgatcaaaaccaactgactgg 15024604  T
Q  211 aaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 310  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15024605 aaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaacttgtactacatggacttgaatgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 15024704  T
Q  311 aagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtctt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15024705 aagaatctcacaagccttaaaatctctggtaataatttaacaggaagaataccaccagagctaggcagcgcaacaaatttacaggagcttaacttgtctt 15024804  T
Q  411 caaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttat 455  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15024805 caaaccatctaacgggaaaaattccaaaggagctagaaaacttat 15024849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 11 - 455
Target Start/End: Original strand, 15031746 - 15032190
Alignment:
Q  11 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgat 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | |  ||    
T  15031746 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttagatgttaataattttgttggtcatttacctcacaatatttgtgtcggtgggaagataaaaaaat 15031845  T
Q  111 tcactgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactgg 210  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  15031846 tcactgctggacttaaccagttcactggcttagttccagagagtttgaagaattgcttaagccttaaaagagtgaggcttgatcaaaaccaactgactgg 15031945  T
Q  211 aaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 310  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15031946 aaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaacttgtactacatggacttgaatgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 15032045  T
Q  311 aagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtctt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15032046 aagaatctcacaagccttaaaatctctggtaataatttaacaggaagaataccaccagagctaggcagcgcaacaaatttacaggagcttaacttgtctt 15032145  T
Q  411 caaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttat 455  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15032146 caaaccatctaacgggaaaaattccaaaggagctagaaaacttat 15032190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 11 - 445
Target Start/End: Original strand, 15036308 - 15036742
Alignment:
Q  11 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgat 110  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||| | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |  ||    
T  15036308 atgaataggcttacggatttggaagtactcgaattatatgataataaatttattggtcatttacctcacaatatttgtgtcggtgggaagttaaaaacat 15036407  T
Q  111 tcactgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactgg 210  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || | ||||||||| |||||||    
T  15036408 tcactgctgcacttaaccagttcagaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttgagagattgaggcttaaccaaaaccaactgactgg 15036507  T
Q  211 aaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 310  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15036508 aaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 15036607  T
Q  311 aagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtctt 410  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15036608 aagaatctcacaagcctaaaaatctccggtaataatttaactggaagaataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtctt 15036707  T
Q  411 caaaccatcttacggggaaaattccaaaggagcta 445  Q
    ||||| |||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  15036708 caaacgatctaatgggaaaaattccaaaggagcta 15036742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 11 - 455
Target Start/End: Original strand, 15010288 - 15010732
Alignment:
Q  11 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgat 110  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |  ||    
T  15010288 atgaataggcttatcgatttggaagtactccatttatctgataatatttttgttggtcatttacctcacaatatttgtgttggtgggaagttaaaaacat 15010387  T
Q  111 tcactgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactgg 210  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||| ||||||||| | |||||    
T  15010388 tcactgctgcacttaaccagttcacaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttacgagactgaggcttgatcaaaaccaacttactgg 15010487  T
Q  211 aaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 310  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15010488 aaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggaattgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 15010587  T
Q  311 aagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtctt 410  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15010588 aagattctcacaagcctaaaaatctctggtaataatttaacaggaagaataccaccagaactaggaagtgcaacaaatttacaggagcttaacttgtctt 15010687  T
Q  411 caaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttat 455  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15010688 caaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttat 15010732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 124 - 455
Target Start/End: Original strand, 14467204 - 14467535
Alignment:
Q  124 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 223  Q
    |||||| |||||||||| | ||| | ||||||||||||| ||||| |||||| | ||||| ||| || ||||||| ||| | ||||  |||||||| |||    
T  14467204 taaccaattcacaggcccaattccaaagagtttgaagaactgctctagcctttatagagtaaggcttcaacaaaatcaactaactgacaatataactgat 14467303  T
Q  224 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 323  Q
       ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| |||| ||||||||||     
T  14467304 gcctttggcgtgcatccaaaattggactacatggaattgagtgataataatttgtatggccatctatcaccgaattggggaaaatgcatgaatctcacat 14467403  T
Q  324 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttac 423  Q
    |||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  14467404 gccttaaaatcttcaataacaatttaacaggaagcataccgccagaactaggccgagcaacaaatttacatgaactaaacctgtcttcaaaccatcttac 14467503  T
Q  424 ggggaaaattccaaaggagctagaaaacttat 455  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  14467504 gggaaaaattccaaaggagctagaaagcttat 14467535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 148 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 14523311 - 14523004
Alignment:
Q  148 agagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttg 247  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||  ||| ||||  || | |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14523311 agagagtttgaagaactgttctagccttataagattgagacttaaccaaaacaaaatgacaggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaatttg 14523212  T
Q  248 gactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatt 347  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  14523211 gactacatagaattaagtgataataatttttatggttatctttctccaaattgggggaagtgcaagaatctgacaagccttaaaatctccaataataatt 14523112  T
Q  348 tgacaggaagcataccaccagaactaggcag-agcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctag 446  Q
    | | ||||||||||||||||||| | ||| | |||||| |||||||||  |||| ||||||| ||||| || ||||  || |||||||||||||| ||||    
T  14523111 taataggaagcataccaccagaa-ttggctgaagcaaccaatttacatatacttgacttgtcctcaaatcaacttataggaaaaattccaaaggatctag 14523013  T
Q  447 aaaacttat 455  Q
     ||||||||    
T  14523012 gaaacttat 14523004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 44 - 453
Target Start/End: Original strand, 14503303 - 14503712
Alignment:
Q  44 ttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgattcactgc-agcacttaaccagttcacaggccta 142  Q
    |||| ||||||||||||  | || ||||||||||| || |||||||| ||||| | ||||| |   |||||||| || | | ||||| |||||||| | |    
T  14503303 ttatctgataataatttcataggccatttacctcacaacatttgtgttggtggaatgttgacaaatttcactgctagtaat-aaccaattcacagggcca 14503401  T
Q  143 gttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaa 242  Q
     ||| | ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||| || || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||     
T  14503402 attccaaagagtttaaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccac 14503501  T
Q  243 acttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaa 342  Q
    | |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  14503502 atttggactacatggaattgagtgaaaataatttgtatggccatctatcaccaaattggggaaagtgcaagagtctcacaagccttaaaatctccaataa 14503601  T
Q  343 taatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagag-caacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaagga 441  Q
     ||||| |||||||  ||||||| |||| | ||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  14503602 caatttaacaggaaatataccacaagaa-ttggctgagacaattaatttacatgaacttaacttgtcatcaaaccatcttactggaaaaattccaaagga 14503700  T
Q  442 gctagaaaactt 453  Q
     |||| ||||||    
T  14503701 tctaggaaactt 14503712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 124 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 14533456 - 14533125
Alignment:
Q  124 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 223  Q
    |||||| |||||||||| | ||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  ||||| ||  || ||||||| ||| | ||||  |||||||| |||    
T  14533456 taaccaattcacaggcccaattccaaagagtttgaagaagtgctccagtcttatcagagtaagacttcaacaaaatcaaataactgacaatataactgat 14533357  T
Q  224 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 323  Q
       ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  14533356 gcctttggcgtgtatccaaatttggactacatggaattgagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaa 14533257  T
Q  324 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttac 423  Q
    | ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||  |||||||| | ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  14533256 gtcttcaaatctccaacaataatttaactggaagcatacctcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttac 14533157  T
Q  424 ggggaaaattccaaaggagctagaaaacttat 455  Q
     || ||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  14533156 tggaaaaattccagaggagctaggaaacttat 14533125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 128 - 370
Target Start/End: Original strand, 15040161 - 15040403
Alignment:
Q  128 cagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagtt 227  Q
    ||||||||||| | | ||| | |||||||||||||||| || || || |||||||||||  |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |    
T  15040161 cagttcacaggtccaattccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagacttgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagct 15040260  T
Q  228 ttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagcct 327  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| || |||| |||||| | || ||| ||| |||| || |||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  15040261 ttggtgtgtgtccaaacttgtactacatggaattgagtggtaataaatattttggccatatttcacctaattggggaaaacgcaagaatctcataagcct 15040360  T
Q  328 taaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaa 370  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||    
T  15040361 taaaatctccaacaataatttaacagggagtataccactagaa 15040403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 151 - 455
Target Start/End: Original strand, 12207 - 12511
Alignment:
Q  151 gagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggac 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||| |    
T  12207 gagtttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccacatttggtc 12306  T
Q  251 tacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttga 350  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |    
T  12307 tacatggaattaagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaataatttaa 12406  T
Q  351 caggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaa 450  Q
    | ||||||||||| | |||||||||  |||||||| | ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||    
T  12407 ctggaagcataccgcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggagctaggaaa 12506  T
Q  451 cttat 455  Q
    |||||    
T  12507 cttat 12511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 124 - 366
Target Start/End: Original strand, 5892 - 6134
Alignment:
Q  124 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 223  Q
    |||||||||||  || ||||||| | ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  5892 taaccagttcattggtctagttccaaagagtttaaaaaattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacagat 5991  T
Q  224 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 323  Q
    || |||||||||||||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5992 agctttggtgtgtatccgaatttggaatatatggaattgagtgataataatttttatggtcatctctctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 6091  T
Q  324 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccacc 366  Q
    |||||||| | | ||| |||||| |  ||||||||||||||||    
T  6092 gccttaaagttttcaataataatatatcaggaagcataccacc 6134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 151 - 455
Target Start/End: Original strand, 12850 - 13154
Alignment:
Q  151 gagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggac 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||| |    
T  12850 gagtttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccacatttggtc 12949  T
Q  251 tacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttga 350  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |    
T  12950 tacatggaattaagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaataatttaa 13049  T
Q  351 caggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaa 450  Q
    | ||||||||||| | |||||||||  |||||||| | ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||    
T  13050 ctggaagcataccgcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggagctaggaaa 13149  T
Q  451 cttat 455  Q
    |||||    
T  13150 cttat 13154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 9e-68
Query Start/End: Original strand, 124 - 366
Target Start/End: Original strand, 6536 - 6778
Alignment:
Q  124 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 223  Q
    |||||||||||  || ||||||| | ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  6536 taaccagttcattggtctagttccaaagagtttaaaaaattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacagat 6635  T
Q  224 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 323  Q
    || |||||||||||||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6636 agctttggtgtgtatccgaatttggaatatatggaattgagtgataataatttttatggtcatctctctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 6735  T
Q  324 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccacc 366  Q
    |||||||| | | ||| |||||| |  ||||||||||||||||    
T  6736 gccttaaagttttcaataataatatatcaggaagcataccacc 6778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 124 - 442
Target Start/End: Original strand, 16102283 - 16102601
Alignment:
Q  124 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 223  Q
    |||||| ||||| |||| |||||   ||||||||||||||||||| ||| |||  ||| | ||  |||| ||||||||| | ||||||||||||||| |     
T  16102283 taaccacttcaccggccgagttcctaagagtttgaagaattgctctagcattataagacttagacttgaccaaaaccaacttactggaaatataacacaa 16102382  T
Q  224 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 323  Q
      |||| |||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||||| || || |||||  | ||||||||||||||  | || || ||||    
T  16102383 gattttagtgtttatccaaatttgaattacatagacttaagtgaaaacaatttttacggacacctttcatcgaattggggaaagtgtcaaaacctaacaa 16102482  T
Q  324 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttac 423  Q
    || | | ||| ||| | |||||| |  ||||    |||||||||||| |||| || ||| | |||||   |  |||| |||| |||||||||||||| ||    
T  16102483 gcttcataatttcccataataatatatcaggtcatataccaccagaaataggaagggcacccaatttgggtatacttgacttatcttcaaaccatctcac 16102582  T
Q  424 ggggaaaattccaaaggag 442  Q
     ||||||||||| ||||||    
T  16102583 agggaaaattccgaaggag 16102601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 124 - 442
Target Start/End: Original strand, 16171961 - 16172279
Alignment:
Q  124 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 223  Q
    |||||| ||||| |||| |||||   ||||||||||||||||||| ||| |||  ||| | ||  |||| ||||||||| | ||||||||||||||| |     
T  16171961 taaccacttcaccggccgagttcctaagagtttgaagaattgctctagcattataagacttagacttgaccaaaaccaacttactggaaatataacacaa 16172060  T
Q  224 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 323  Q
      |||| |||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||||| || || |||||  | ||||||||||||||  | || || ||||    
T  16172061 gattttagtgtttatccaaatttgaattacatagacttaagtgaaaacaatttttacggacacctttcatcgaattggggaaagtgtcaaaacctaacaa 16172160  T
Q  324 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttac 423  Q
    || | | ||| ||| | |||||| |  ||||    |||||||||||| |||| || ||| | |||||   |  |||| |||| |||||||||||||| ||    
T  16172161 gcttcataatttcccataataatatatcaggtcatataccaccagaaataggaagggcatccaatttgggtatacttgacttatcttcaaaccatctcac 16172260  T
Q  424 ggggaaaattccaaaggag 442  Q
     ||||||||||| ||||||    
T  16172261 agggaaaattccgaaggag 16172279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 282
Target Start/End: Original strand, 17847959 - 17848090
Alignment:
Q  151 gagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggac 250  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||   ||| | ||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||   |||||||||||||| || |||||     
T  17847959 gagtttgaagaattgctcaagcattgtaagaattaggcttgaacaaaaccaactttctggaaatataacagatttctttggtgtgtatccgaatttggat 17848058  T
Q  251 tacatggacttaagtgataataatttttatgg 282  Q
    |||||| | || ||| | ||||||||||||||    
T  17848059 tacatgcatttgagtcaaaataatttttatgg 17848090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 15665931 - 15665775
Alignment:
Q  152 agtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggact 251  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||| | ||| ||||||| |||||  ||  |||||| |||||||||  ||| ||||| || ||||| ||||| |    
T  15665931 agtttgaagaattgctctagccttattagacttaggcttgaacataaccatatggatggaaacataacagatgatttgggtgtatacccaaatttggagt 15665832  T
Q  252 acatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagt 308  Q
     |||||  ||   ||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||    
T  15665831 tcatgggattggatgacaataatttttatggtcacctttcatccaattggggaaagt 15665775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 18799 - 18643
Alignment:
Q  152 agtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggact 251  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||| | ||| ||||||| |||||  ||  |||||| |||||||||  ||| ||||| || ||||| ||||| |    
T  18799 agtttgaagaattgctctagccttattagacttaggcttgaacataaccatatggatggaaacataacagatgatttgggtgtatacccaaatttggagt 18700  T
Q  252 acatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagt 308  Q
     |||||  ||   ||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||    
T  18699 tcatgggattggatgacaataatttttatggtcacctttcatctaattggggaaagt 18643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University