View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13021_low_4 (Length: 539)

Name: NF13021_low_4
Description: NF13021
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13021_low_4
NF13021_low_4
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-528)||(4084335-4084848)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (69-498)||(8158656-8159085)
chr6 (69-129)||(409891-409951)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-503)||(18701828-18702313)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (26-498)||(43896228-43896709)
chr8 (15-503)||(44301563-44302066)
chr8 (17-503)||(44306673-44307168)
chr8 (19-318)||(44312454-44312753)
chr8 (313-498)||(44317160-44317345)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (70-309)||(35856591-35856826)
chr5 (362-419)||(35856474-35856531)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 473; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 473; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 528
Target Start/End: Original strand, 4084335 - 4084848
Alignment:
Q  15 caataacaagttctccagcatgagcttcatcaactgccttaatcgtattatcatgtctcttaaacaaacgaggaatcttaatcttcttaccggtgttaac 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4084335 caataacaagttctccagcatgagcttcatcaactgccttaatcgtattatcatgtctcttaaacaaacgaggaatcttaatcttcttaccggtgttaac 4084434  T
Q  115 atttgtaataaaatcacccttcttgataacaccctgatagattcttagataagttaattttaaaaacggcctatgccaatatgtgaaagcctttgcaaca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4084435 atttgtaataaaatcacccttcttgataacaccctgatagattcttagataagttaattttaaaaacggcctatgccaatatgtgaaagcctttccaaca 4084534  T
Q  215 aatggtgcatcaatacttccaaacaattcaactttctcaccattcctattttgatcatgagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacctaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4084535 aatggtgcatcaatacttccaaacaattcaactttctcaccattcctattttgatcatgagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacctaa 4084634  T
Q  315 ttacaccctccataaatagttttaacccctcatatctctcatcactgatgataattggtacaaatttccttgctatagttgccttacgaattgcaccatc 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4084635 ttacaccctccataaatagttttaacccctcatatctctcatcactgatgataattggtacaaatttccttgctatagttgccctacgaattgcaccatc 4084734  T
Q  415 gagataagattctggaatttggctgccaccatgaagagcttcataaattttatcatcaacccctgatacaatttcaatgagttctcgtcnnnnnnncaac 514  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||       ||||    
T  4084735 gagataagactctggaatttggctgccaccatgaagagcttcataaattttatcatcaacctctgatacaatttcaatgagttcgcgtctttttttcaac 4084834  T
Q  515 acaaaggctttcat 528  Q
    ||||||||||||||    
T  4084835 acaaaggctttcat 4084848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 69 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 8159085 - 8158656
Alignment:
Q  69 gtctcttaaacaaacgaggaatcttaatcttcttaccggtgttaacatttgtaataaaatcacccttcttgataacaccctgatagattcttagataagt 168  Q
    ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  8159085 gtctcttacccaaacgaggaatctcaatcttcttaccagtgttaacatttgtaataaaatcacccttcttaataacaccctgataaattcttaggtaagt 8158986  T
Q  169 taattttaaaaacggcctatgccaatatgtgaaagcctttgcaacaaatggtgcatcaatacttccaaacaattcaactttctcaccattcctattttga 268  Q
    |||||||||| ||  ||||| ||||  |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8158985 taattttaaatacatcctataccaagttacgaaagcctttgcaacaaatggagcatcaatacttccagacaattcaactttctcgccattcctattttga 8158886  T
Q  269 tcatgagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacctaattacaccctccataaatagttttaacccctcatatctctcatcactgatgataa 368  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8158885 tcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacctaattacaccctccataaatacttctatcccctcatatctctcatcacttatgataa 8158786  T
Q  369 ttggtacaaatttccttgctatagttgccttacgaattgcaccatcgagataagattctggaatttggctgccaccatgaagagcttcataaattttatc 468  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8158785 ttggtacaaatttccttgctatagttgccctccgaattgcatcatccagataagactctggaatttggctgccaccatgaagagcttcagaaattttatc 8158686  T
Q  469 atcaacccctgatacaatttcaatgagttc 498  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  8158685 atcaatctctgatacaatttcaatgagttc 8158656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 69 - 129
Target Start/End: Original strand, 409891 - 409951
Alignment:
Q  69 gtctcttaaacaaacgaggaatcttaatcttcttaccggtgttaacatttgtaataaaatc 129  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  409891 gtctcttaaacatacgaggaaccttaatcttcttaccagtgttaacattagtaataaaatc 409951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 19 - 503
Target Start/End: Original strand, 18701828 - 18702313
Alignment:
Q  19 aacaagttctccagcatgagcttcatcaactgccttaatcgtattatcat-gtctcttaaacaaacgaggaatcttaatcttcttaccggtgttaacatt 117  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  ||  ||||| | | |||||||   |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  18701828 aacaatttctccagcatgagcttcatcaacttcctcgattttattaacttcgtctcttgcccaaacgaggaatctgaatcttcttaccagtgttaacatt 18701927  T
Q  118 tgtaataaaatcacccttcttgataacaccctgatagattcttagataagttaattttaaaaacggcctatgccaatatgtgaaagcctttgcaacaaat 217  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |  |||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  18701928 tgtaataaaatcacccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttaatttgaaatacctctcatgccaatttgcaaaagcctttgcaacaaat 18702027  T
Q  218 ggtgcatcaatacttccaaacaattcaactttctcaccattcctattttgatcatgagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacctaatta 317  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18702028 ggtgcatcaatacttccagacaattcaactttctcaccattcttatttagatcaagagcataattactaacatcgattggacttggcaaatacctaatta 18702127  T
Q  318 caccctccataaatagttttaacccctcatatctctcatcactgatgataattggtacaaatttccttgctatagttgccttacgaattgcaccatcgag 417  Q
    |||||||||| ||||||||||||  |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  18702128 caccctccattaatagttttaacgtctcatagctctcatcaccaatgataattggtacaaatttcattgatatagttgccctacgaattgcatcatcgag 18702227  T
Q  418 ataagattctggaatttggctgccaccatgaagagcttcataaattttatcatcaacccctgatacaatttcaatgagttctcgtc 503  Q
    |  ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||    
T  18702228 aacagactctggaattttgctgccaccatgaaaagctttagaaagtttatcatcaacctctgacacaatttcaatgagttcgcgtc 18702313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 26 - 498
Target Start/End: Original strand, 43896228 - 43896709
Alignment:
Q  26 tctccagcatgagcttcatcaactgccttaatcgtattatcatgtctcttaaacaaacgaggaatcttaatcttcttaccggtgttaacatttgtaataa 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43896228 tctccagcatgagcttcatcaacttcctcaatcttatcatcatgtctcttaaacaaacgaggaatctgaatcttcttaccagtgttaacatttgtaataa 43896327  T
Q  126 aatcacccttcttgataacaccctgatagattcttagataagttaattttaaaaacggcctatgccaatatgtgaaagcctttgcaacaaatggtgcatc 225  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |  |     ||||  |  || ||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  43896328 aatcacccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttactaatccatcattcctaatcacatttgtgaaaacctttgcaacaaatggcgcatc 43896427  T
Q  226 aatacttccaaacaattcaactttctcaccattcctattttgatcatgagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacctaattacaccctcc 325  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43896428 aatgcttccagacaattcaactttctcaccattcctattttgatcaagagcataattactaacatcgattggacccggcaaatacctaattacaccctcc 43896527  T
Q  326 ataaatagttttaacccctcatatctctcatcactg---------atgataattggtacaaatttccttgctatagttgccttacgaattgcaccatcga 416  Q
    |||| ||||| |||||| |||| ||||||||||| |         |||| |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  43896528 ataagtagttctaacccatcatgtctctcatcacagataacacccatgaaaattggtacaaatttcattgatatagttgccctacgaattgcatcatcga 43896627  T
Q  417 gataagattctggaatttggctgccaccatgaagagcttcataaattttatcatcaacccctgatacaatttcaatgagttc 498  Q
    ||  |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||    
T  43896628 gaacagattctgaaatttggctgccaccgtgaaaagcttcagaaagtttatcatcaacctctgagacgatttcaatgagttc 43896709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 15 - 503
Target Start/End: Original strand, 44301563 - 44302066
Alignment:
Q  15 caataacaagttctccagcatgagcttcatcaactgccttaatcgtattatcatgtctcttaaacaaacgaggaatcttaatcttcttaccggtgttaac 114  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||   || ||||  || ||||||||||||| |||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||||    
T  44301563 caataacaatttctccggcatgagcttcatcaacaaactcaatcacatcatcatgtctcttagacaagctataaatctgaatcttctcaccagtgttaac 44301662  T
Q  115 atttgtaataaaatcacccttcttgataacaccctgatagattcttagataagttaatttta---aaaacggcctatgccaatatgtgaaagcctttgca 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    |   |  ||  || || | ||| ||||||| |||||||     
T  44301663 atttgtaataaaatcacccttcttgataacaccctgatagattcttagacaagttaaaagaatccatcact-ccaatacaaatttgtgaaaacctttgct 44301761  T
Q  212 acaaatggtgcatcaatacttccaaacaattcaactttctcaccattcctattttgatcatgagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacc 311  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44301762 acaaatggcgcatcaacacttccagacaattcaactttctcaccattcttattttgatcaagagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacc 44301861  T
Q  312 taattacaccctccataaatagtt----ttaacccctcatatctctcatcactgatgat---------aattggtacaaatttccttgctatagttgcct 398  Q
    |||||||| ||||||||| |||||    |||||||||||||||||||| ||||||| ||         |||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  44301862 taattacatcctccataagtagttctaattaacccctcatatctctcaccactgataatacccataaaaattggtacaaatttccttgctatggttgccc 44301961  T
Q  399 tacgaattgcaccatcgagataagattctggaatttggctgccaccatgaagagcttcataaattttatcatcaacccctgatacaatttcaatgagttc 498  Q
     |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  44301962 cacgaattgcatcatcgagataagactctagaatttggcttccaccatgaaaagcttcagaaagtttatcatcaacctccgatacaatttcaatgagttc 44302061  T
Q  499 tcgtc 503  Q
     ||||    
T  44302062 gcgtc 44302066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 503
Target Start/End: Original strand, 44306673 - 44307168
Alignment:
Q  17 ataacaagttctccagcatgagcttcatcaactgccttaatcgtattatcatgtctcttaaacaaacgaggaatcttaatcttcttaccggtgttaacat 116  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||   || ||||  || ||||||||||||| ||||   | |||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  44306673 ataacaatttctccagcatgagcttcatcaacatactcaatctcatcatcatgtctcttacacaaggtaagaatctgaatcttctcaccagtgttaacat 44306772  T
Q  117 ttgtaataaaatcacccttcttgataacaccctgatagattcttagataagttaattttaaaaacggcctatgccaatatgtgaaagcctttgcaacaaa 216  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     |  |    || |   || |||||||||||||||||||||    
T  44306773 ttgtaataaaatcatccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttaataagtcactcctgttaagattatttgtgaaagcctttgcaacaaa 44306872  T
Q  217 tggtgcatcaatacttccaaacaattcaactttctcaccattcctattttgatcatgagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacctaatt 316  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44306873 tggcgcatcaatacttccagacaattcaattttctcaccattcttatttagatcaagagcataattactaacatcgattggacttggcaaatacctaatt 44306972  T
Q  317 acaccctccataaatagttttaacccctcatatctctcatcactg---------atgataattggtacaaatttccttgctatagttgccttacgaattg 407  Q
    ||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||||||| ||||||         |||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  44306973 acaccctccctaagtagttctaacccctcgtatctctcgtcactgaaagtacccatgaaaattggtacaaatttccgtgctatggttgccctacgaattg 44307072  T
Q  408 caccatcgagataagattctggaatttggctgccaccatgaagagcttcataaattttatcatcaacccctgatacaatttcaatgagttctcgtc 503  Q
    || ||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  44307073 catcatcgagaacagactctgaaatttggctgccaccatgaaaatcttcagaaagtttatcatcaacctctgatacaatttcaatgagttcacgtc 44307168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 19 - 318
Target Start/End: Original strand, 44312454 - 44312753
Alignment:
Q  19 aacaagttctccagcatgagcttcatcaactgccttaatcgtattatcatgtctcttaaacaaacgaggaatcttaatcttcttaccggtgttaacattt 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  || ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  44312454 aacaatttctccagcatgagcttcatcaacttccttaatcttaccataatgtctcttacccaaacaaggaatcttaatcttcttaccagtgttaacgttt 44312553  T
Q  119 gtaataaaatcacccttcttgataacaccctgatagattcttagataagttaattttaaaaacggcctatgccaatatgtgaaagcctttgcaacaaatg 218  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    |      ||||| |  || ||||||| ||||||| |||||||    
T  44312554 gtaataaaatcacccttcttaataacaccctgatagattcttagataagttaataagtacctaatcctatacatatttgtgaaaacctttgctacaaatg 44312653  T
Q  219 gtgcatcaatacttccaaacaattcaactttctcaccattcctattttgatcatgagcataattactaacatcgattggactcggcaaatacctaattac 318  Q
    |  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  44312654 gctcatcaacacttccagacaattcaactttctcaccattcttattttgatcaagagcataattactaacatcgattggacttggcaaatacctaattac 44312753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 313 - 498
Target Start/End: Original strand, 44317160 - 44317345
Alignment:
Q  313 aattacaccctccataaatagttttaacccctcatatctctcatcactgatgataattggtacaaatttccttgctatagttgccttacgaattgcacca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||    
T  44317160 aattacaccctccataaatagttctaacccctcatttctctcatcactaaagataattggtacaaatttcattgatatagttgccctacgaattgcatca 44317259  T
Q  413 tcgagataagattctggaatttggctgccaccatgaagagcttcataaattttatcatcaacccctgatacaatttcaatgagttc 498  Q
    ||||||  ||| ||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  44317260 tcgagaacagactctagaatttggcttccaccatgaaaagcttcagaaagtttatcatcaacctctgatacaatttgaatgagttc 44317345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 79; Significance: 1e-36; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 70 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 35856826 - 35856591
Alignment:
Q  70 tctcttaaacaaacgaggaatcttaatcttcttaccggtgttaacatttgtaataaaatcacccttcttgataacaccctgatagattcttagataagtt 169  Q
    ||||||||||||| ||  || ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| || ||  | ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  35856826 tctcttaaacaaatgattaaccttaatcttctcaccagtgttaacattagtaataaaatccccttttctaataacgccctgatagattcttagatatgtt 35856727  T
Q  170 aattttaaaaacggcctatgccaatatgtgaaagcctttgcaacaaatggtgcatcaatacttccaaacaattcaactttctcaccattcctattttgat 269  Q
    |||||  ||| |  |||||||      |||||||||  ||| ||||| ||  |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||  |||||    
T  35856726 aatttacaaagcatcctatgctc----gtgaaagccaatgcgacaaacggcccatcaatacttccagacaattctactttctctccattcctagcttgat 35856631  T
Q  270 catgagcataattactaacatcgattggactcggcaaata 309  Q
    || ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  35856630 caagagcataattactcaaatcaattggactcggcaaata 35856591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 362 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 35856531 - 35856474
Alignment:
Q  362 atgataattggtacaaatttccttgctatagttgccttacgaattgcaccatcgagat 419  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| |||||| ||||    
T  35856531 atgaaaattggtacaaatttccttgctattgtagccctacgaattgtaccatcaagat 35856474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University