View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13022_low_1 (Length: 774)

Name: NF13022_low_1
Description: NF13022
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13022_low_1
NF13022_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-759)||(29607207-29607957)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 735; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 735; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 759
Target Start/End: Original strand, 29607207 - 29607957
Alignment:
Q  9 gataatactacaatgagttcagatgaaggaccgtcaccagcacccagtcccagtgcggtaatatccttttccattttactttaagttacaattctatatt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607207 gataatactacaatgagttcagatgaaggaccgtcaccagcacccagtcccagtgcggtaatatctttttccattttactttaagttacaattctatatt 29607306  T
Q  109 tacggacctctttggtctggattatgccgcattaacgaattcatgcaatctttgtcatctgatctttatcagacagattgtactctgacttggcaaaact 208  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607307 tacggacctctttggtctggatcatgccgcattaacgaattcatgcaatctttgtcatctgatctttatcagacagattgtactctgacttggcaaaact 29607406  T
Q  209 tgctaaagcttcttttatcgaatcttatgattttatgtttcacagaatggtgcacaatcttaccaagggcaatggagaaagatgttggcaactggtggaa 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607407 tgctaaagcttcttttatcgaatcttatgattttatgtttcacagaatggtgcacaatcttaccaagggcaatggagaaagatgttggcaactggtggaa 29607506  T
Q  309 ttgctattgccattttgttatgtgtcacttgagtaactgcagaagatgctcatatgacaaaacatggattcgagcgaaacggttatttggtttgcaaaaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607507 ttgctattgccattttgttatgtgtcacttgagtaactgcagaagatgctcatatgacaaaacatggattcaagcgaaacggttatttggtttgcaaaaa 29607606  T
Q  409 tataaaattatttcatatgtatggaattgaatgatgaacaattatactcataatatttttcttatccttttgttctttcattgtattgtggtctttgctc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607607 tataaaattatttcatatgtatggaattgaatgatgaacaattatactcataatatttttcttatccttttgttctttcattgtattgtggtctttgctc 29607706  T
Q  509 aagcaataatagtgatatgagattttgagttatcaagaaatgcaaacttaaatatgagatcatgaacgcccaaattgcttaaaataacttaagtatatgc 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607707 aagcaataatagtgatatgagattttgagttatcaagaaatgcaaagttaaatatgagatcatgaacgcccaaattgcttaaaataacttaagtatatgc 29607806  T
Q  609 aaaccagtacttacaaatatacatgtgttaaaaattaaatatgagcatgaagaaaaacttactaaaaagttaaatataactgcaatatgaatcaattgtt 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607807 aaaccagtacttacaaatatacatgtgttaaaaattaaatatgagcatgaagaaaaacttactaaaaagttaaatataactgcaatatgaatcaattgtt 29607906  T
Q  709 ggcccataatattgtatactattagactatttcccccattgacatgatttt 759  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29607907 ggcccataatattgtatactattagactatttcccccattgacatgatttt 29607957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University