View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1302_low_12 (Length: 429)

Name: NF1302_low_12
Description: NF1302
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1302_low_12
NF1302_low_12
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (5-401)||(44395854-44396250)
chr4 (207-316)||(53395498-53395607)
chr4 (105-161)||(53395396-53395452)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (85-401)||(6971021-6971337)
chr1 (135-401)||(6968259-6968525)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (210-401)||(11449895-11450086)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (201-401)||(1800807-1801007)
chr7 (75-112)||(1800681-1800718)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (199-401)||(2842237-2842439)
chr6 (207-401)||(2828887-2829081)
chr6 (207-401)||(2833181-2833375)
chr6 (207-401)||(2865869-2866063)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 401
Target Start/End: Original strand, 44395854 - 44396250
Alignment:
Q  5 gaggagcagagagaggaaattgtatacaaacagtcctggttacaaatggcctagctataagcaaactatgtggagtcacattgtttttgaacatcctgca 104  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44395854 gaggaacagacagaggaaattgtatacaaacagtcctggttacaaatggcctagctataagcaaactatgtggagtcacattgtttttgaacatcctgca 44395953  T
Q  105 acttttgaaacaatggctatggaacctcagaagaagaaagagattattgaagatttggttacttttagtaaaagtaaggatttttatgctaggattggta 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44395954 acttttgaaacaatggctatggaacctcagaagaagaaagagattattgaagatttggttacttttagtaaaagtaaggatttttatgctaggattggta 44396053  T
Q  205 aagcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatga 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44396054 aagcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatga 44396153  T
Q  305 tttggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgt 401  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44396154 tttagagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgt 44396250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 207 - 316
Target Start/End: Original strand, 53395498 - 53395607
Alignment:
Q  207 gcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatt 306  Q
    ||||||||||| |||||| | |||| |||||||||||| ||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||    
T  53395498 gcttggaaaagaggttatcttctttatggtcctccaggaactggaaaatctagcatgattgctgctatggctaattttcttggttatgatatttatgatt 53395597  T
Q  307 tggagttaac 316  Q
    ||||||||||    
T  53395598 tggagttaac 53395607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 161
Target Start/End: Original strand, 53395396 - 53395452
Alignment:
Q  105 acttttgaaacaatggctatggaacctcagaagaagaaagagattattgaagatttg 161  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  53395396 acttttgatacattggctatggatcctatgaagaagaaagagattatggaagatttg 53395452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 101; Significance: 6e-50; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 85 - 401
Target Start/End: Original strand, 6971021 - 6971337
Alignment:
Q  85 ttgtttttgaacatcctgcaacttttgaaacaatggctatggaacctcagaagaagaaagagattattgaagatttggttacttttagtaaaagtaagga 184  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||||||||| | ||||||||     |||||||||||  ||| ||||| ||| |  |||| |||||||||  |   ||    
T  6971021 ttgtgtttgaacatccttcaacatttgaaacattagctatggatttcgagaagaagaaaatgatcattgatgatcttattacatttagtaaagctggtga 6971120  T
Q  185 tttttatgctaggattggtaaagcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttg 284  Q
     || ||||| || ||||| |  ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  6971121 attctatgcaagaattggaagggcttggaaaagaggttatttactttatggtcctccagggactggaaagtcaacaatgattgctgccatggcaaatttg 6971220  T
Q  285 ttgggttatgatgtttatgatttggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgtta 384  Q
    || || |||||| |||||||| | || || || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||| |    
T  6971221 ttaggctatgatctttatgatcttgaattgactgctgttaaggataacactgagttgaggaagcttttgattgagacatcaagtaagtctataattgtga 6971320  T
Q  385 ttgaagacattgattgt 401  Q
    ||||||| |||||||||    
T  6971321 ttgaagatattgattgt 6971337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 135 - 401
Target Start/End: Original strand, 6968259 - 6968525
Alignment:
Q  135 aagaagaaagagattattgaagatttggttacttttagtaaaagtaaggatttttatgctaggattggtaaagcttggaaaaggggttatttactttttg 234  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| | ||||| || |||||   ||| || | |||||| |  ||||| ||  ||||||| || || ||||| |||| ||    
T  6968259 aagaagaaagagattgttgatgatcttgttacattcagtaaggctaaagagtattatgcaaaaattggcaagccttggaagagaggctatttgctttatg 6968358  T
Q  235 gtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatttggagttaacagcagtgaaggataatac 334  Q
    |||||||||| || || |||||| || |  |||||||||| |||||||| |||   |||||| |||||||  | ||||||||    |||||  ||||| |    
T  6968359 gtcctccaggaacaggaaaatcatcactagttgctgctattgctaattttttgaagtatgatatttatgacattgagttaaccaatgtgaaaaataatgc 6968458  T
Q  335 tgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgt 401  Q
    |||||| ||||| ||||||||||  |  || ||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||    
T  6968459 tgagttaaggaaacttttgattggaatcacgagtaagtcagttgttgttatagaagatattgattgt 6968525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 210 - 401
Target Start/End: Original strand, 11449895 - 11450086
Alignment:
Q  210 tggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatttgg 309  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||  | |    
T  11449895 tggaaaagaggttatttactttatggtcctccagggactggaaagtcaacaatgattggtgctatggctaatctgttaagttatgatctttatgaccttg 11449994  T
Q  310 agttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgt 401  Q
    | || || || ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||   ||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||    
T  11449995 aattgactgctgtgaaggataacactgcattgaggaagcttttgattgagatatcaagtaaatctataattgtgattgaagatatagattgt 11450086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 201 - 401
Target Start/End: Original strand, 1800807 - 1801007
Alignment:
Q  201 ggtaaagcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgttt 300  Q
    ||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| || ||||| || |||||||| |||||  ||   ||||||||||    
T  1800807 ggtaaggcttggaaacgcggttatttactttatggtcctccaggaacaggtaaatctactatgatagccgctatggcgaatttcatgaactatgatgttt 1800906  T
Q  301 atgatttggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattg 400  Q
    ||||| | || ||||| || || ||||||||||| ||||| || ||| | || ||||||||| | |||||  | ||||| ||| ||||||| ||||||||    
T  1800907 atgatcttgaattaaccgcggttaaggataataccgagttaagaaagttgttaattgagacttctagtaaagctattatagttgttgaagatattgattg 1801006  T
Q  401 t 401  Q
    |    
T  1801007 t 1801007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 75 - 112
Target Start/End: Original strand, 1800681 - 1800718
Alignment:
Q  75 tggagtcacattgtttttgaacatcctgcaacttttga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1800681 tggagtcacattgtttttgaacatcctgcgacttttga 1800718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 199 - 401
Target Start/End: Original strand, 2842237 - 2842439
Alignment:
Q  199 ttggtaaagcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgt 298  Q
    |||| |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| || |||||  | ||||| ||||||||  ||   ||||||||    
T  2842237 ttggaaaagcttggaaacgtggttatctactttttggtcctccaggaaccggtaaatctaccatgatatcggctattgctaatttcatgaactatgatgt 2842336  T
Q  299 ttatgatttggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgat 398  Q
     |||||| | || ||||||   || |||||||| | ||||||||  |  ||||||||||||||  | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  2842337 gtatgatcttgaattaacaattgtcaaggataacaatgagttgaaaagacttttgattgagacgtcgagtaaatcgattattgttattgaagatattgat 2842436  T
Q  399 tgt 401  Q
    |||    
T  2842437 tgt 2842439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 207 - 401
Target Start/End: Original strand, 2828887 - 2829081
Alignment:
Q  207 gcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatt 306  Q
    ||||||||| | |||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||  | ||||| ||||||||  ||  ||||||||| ||||||     
T  2828887 gcttggaaacgtggttatctactttttggtcctcctggaactggaaaatctacgatgatatcagctattgctaatttcatgaattatgatgtgtatgatc 2828986  T
Q  307 tggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgt 401  Q
    | ||||||||| |  | ||| |||| | ||||||||  |  |||||||| |||||  | ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||    
T  2828987 ttgagttaacaactatcaagaataacaatgagttgaaaagacttttgatcgagacgtcgagtaaatcgattatagttattgaagatattgattgt 2829081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 207 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 2833375 - 2833181
Alignment:
Q  207 gcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatt 306  Q
    ||||||||| | |||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||| || |||||  | ||||| || ||||   ||   |||||||| ||||||     
T  2833375 gcttggaaacgtggttatctactttatggtcctccaggaactggaaaatctactatgatatcagctatagcaaattacatgaactatgatgtgtatgatc 2833276  T
Q  307 tggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgt 401  Q
    | || |||||| | || |||||||| | |||||||| ||  ||||||||||| ||  ||||||| || ||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  2833275 ttgaattaacaactgttaaggataacaatgagttgaagagacttttgattgaaacgtcaagtaaatcgattatagttatcgaagatattgattgt 2833181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 207 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 2866063 - 2865869
Alignment:
Q  207 gcttggaaaaggggttatttactttttggtcctccaggtactggtaaatcaacaatgattgctgctatggctaatttgttgggttatgatgtttatgatt 306  Q
    ||||||||| | |||||| |||| | |||||| ||||| ||||| ||||| || |||||  ||||||| || |||||  ||   || ||||| ||||||     
T  2866063 gcttggaaacgcggttatctactctatggtccaccaggaactgggaaatctaccatgatatctgctattgcaaatttcatgaactacgatgtatatgatc 2865964  T
Q  307 tggagttaacagcagtgaaggataatactgagttgaggaagcttttgattgagactacaagtaagtcaattattgttattgaagacattgattgt 401  Q
    | || |||||| | || |||||||| | ||||||||  |  ||||||||||||||  | || || ||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  2865963 ttgaattaacaactgtcaaggataacaatgagttgaaaacacttttgattgagacgtcgagcaaatcagttatcgttattgaagatattgattgt 2865869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University