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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF13035_high_10 (Length: 256)
Name: NF13035_high_10
Description: NF13035
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13035_high_10 |
 | |
|
| [»] scaffold0413 (2 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold1838 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Original strand, 5004643 - 5004887
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcgtattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaatatcacaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
5004643 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcgtaaaactcgtattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaataccacaa |
5004742 |
T |
|
| Q |
101 |
aaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaag |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5004743 |
aaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaag |
5004842 |
T |
|
| Q |
201 |
gttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttctt |
245 |
Q |
| |
|
||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5004843 |
gttaaatttcaccatataaattcatattttagttgttttgttctt |
5004887 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 45 - 245
Target Start/End: Original strand, 46404538 - 46404729
Alignment:
| Q |
45 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaatatcacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacata |
144 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | |
|
|
| T |
46404538 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaataccacaaaaacatatatgaatagaaaaat---------gccattccacaaa |
46404628 |
T |
|
| Q |
145 |
acattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttct |
244 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46404629 |
acattatcatacagatatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttct |
46404728 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 132 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 16975450 - 16975337
Alignment:
| Q |
132 |
gtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatatttta |
231 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16975450 |
gtcattccacataaaattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatatttta |
16975351 |
T |
|
| Q |
232 |
gttgttttgttctt |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |
|
|
| T |
16975350 |
gttgttttgttctt |
16975337 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 50 - 241
Target Start/End: Original strand, 11967862 - 11968053
Alignment:
| Q |
50 |
tcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttac-aatatcacaaaaa--catatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataac |
146 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||| |||| | ||||||||||| | |||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || ||| |
|
|
| T |
11967862 |
tcatttctttagtttatcaacaaaat--aacacttctttcccaataccacaaaaaaacatatatgcatatcaaaataaaataaatgtcattctacggaac |
11967959 |
T |
|
| Q |
147 |
attatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgt |
241 |
Q |
| |
|
||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||| |
|
|
| T |
11967960 |
atttt-atacacacatcgtataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatataaattcatattttagattttttgt |
11968053 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 16975566 - 16975453
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcgtattt--------tcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttt-aca |
91 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
16975566 |
tcatcatccacatgaaccaaactgaaatattttcataaaactcatatttctatattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttaaca |
16975467 |
T |
|
| Q |
92 |
atatcacaaaaaca |
105 |
Q |
| |
|
||| |||||||||| |
|
|
| T |
16975466 |
ataccacaaaaaca |
16975453 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Original strand, 11937790 - 11937838
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcgtattt |
49 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
11937790 |
tcatcatccacatgaaccaaaataaaatattttcataaaactcatattt |
11937838 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 161 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 8730966 - 8730914
Alignment:
| Q |
161 |
atcatataaaatataatta-aactaataacttttataaaaggttaaattttac |
212 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
8730966 |
atcatataaaacataatgagaattaataacttttataaaagattaaattttac |
8730914 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 161 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 9082853 - 9082801
Alignment:
| Q |
161 |
atcatataaaatataatta-aactaataacttttataaaaggttaaattttac |
212 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
9082853 |
atcatataaaacataatgagaattaataacttttataaaagattaaattttac |
9082801 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Original strand, 23260493 - 23260745
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcgtattt--------tcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-ca |
91 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |
|
|
| T |
23260493 |
tcatcatccacatgaaccaaactgaaatattttcataaaactcatatttctatattttcatttatttagtttatcagcaaa-tctaacacttctttaaca |
23260591 |
T |
|
| Q |
92 |
atatcacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataactt |
191 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23260592 |
ataccacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacaaacatcatataaaatataattaaactaataactt |
23260691 |
T |
|
| Q |
192 |
ttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttctt |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23260692 |
ttataaaaggctaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttctt |
23260745 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 45 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 25005428 - 25005227
Alignment:
| Q |
45 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-caatatcacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacat |
143 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25005428 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttaacaataccacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacat |
25005329 |
T |
|
| Q |
144 |
aacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttc |
243 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25005328 |
aaaattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcttattttagttgttttgttc |
25005229 |
T |
|
| Q |
244 |
tt |
245 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
25005228 |
tt |
25005227 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Original strand, 32450177 - 32450430
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcgtattt--------tcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-ca |
91 |
Q |
| |
|
||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
32450177 |
tcatcatgcacatgaaccaaaatgaaatattttcataaaactcatatttctatattttcatttatttagtttatcaacaaagtctaacacttctttaaca |
32450276 |
T |
|
| Q |
92 |
atatcacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataactt |
191 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32450277 |
ataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataactt |
32450376 |
T |
|
| Q |
192 |
ttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttctt |
245 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32450377 |
ttataaaaagttaaaatttaccatatgaattcatattttagttgttttgttctt |
32450430 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 155
Target Start/End: Original strand, 10751483 - 10751637
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcgtattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaatatcacaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
10751483 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcgtaaaactcgtattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaataccacaa |
10751582 |
T |
|
| Q |
101 |
aaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcata |
155 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10751583 |
aaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcata |
10751637 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 45 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 34636456 - 34636270
Alignment:
| Q |
45 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaatatcacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacata |
144 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
34636456 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacactt------aataccacaaaaacatatatgaatagaaaaa--------atgtcatgccacata |
34636371 |
T |
|
| Q |
145 |
acattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttct |
244 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34636370 |
acattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttct |
34636271 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 36
Target Start/End: Complemental strand, 34636483 - 34636448
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcat |
36 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34636483 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcat |
34636448 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0413 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 2)
Name: scaffold0413
Description:
Target: scaffold0413; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 45 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 9124 - 8923
Alignment:
| Q |
45 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaatatcacaaaaacatatatgaatagaaaaa-taaaataaatgtcattccacat |
143 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9124 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaataccacaaaaacatatatgaatagaaaaaataaaataaatgtcattccacat |
9025 |
T |
|
| Q |
144 |
aacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttc |
243 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9024 |
aacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataactgttataaaaggttaaattttaccatgtgaattcatattttagttgttttgttc |
8925 |
T |
|
| Q |
244 |
tt |
245 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
8924 |
tt |
8923 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0413; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 36
Target Start/End: Complemental strand, 9151 - 9116
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcat |
36 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
9151 |
tcatcatccacatggaccaatctgaaatattttcat |
9116 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 160; Significance: 2e-85; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 45 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 537089 - 536897
Alignment:
| Q |
45 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaatatcacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacata |
144 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |
|
|
| T |
537089 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaataccacaaaaacatatatgaatagaaaaa--------atgccattccacata |
536998 |
T |
|
| Q |
145 |
acattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttct |
244 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
536997 |
acattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttct |
536898 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 239
Target Start/End: Original strand, 4557884 - 4558133
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcgtattt--------tcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-ca |
91 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||| || |
|
|
| T |
4557884 |
tcatcatccacatgaaccaaaatgaaatattttcataaaactcatatttatatattttcatttctttagtttatcaacaaaatccaacacttctttctca |
4557983 |
T |
|
| Q |
92 |
atatcacaaaa--acatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataac |
189 |
Q |
| |
|
||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
4557984 |
ataccacaaaaaaacatatatgcatatcaaaataaaataaaagtcattctacgtaacattattatacacacattatataaaatatgattaaactaataac |
4558083 |
T |
|
| Q |
190 |
ttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgtttt |
239 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
4558084 |
ttttataaaaggttaaattttaccatataaattcatattttagttttttt |
4558133 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 167 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 536891 - 536813
Alignment:
| Q |
167 |
taaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttctt |
245 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
536891 |
taaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttctt |
536813 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 36
Target Start/End: Complemental strand, 537116 - 537081
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcat |
36 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
537116 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcat |
537081 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 159; Significance: 9e-85; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 9e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 37667101 - 37667271
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcgtattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaatatcacaa |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
37667101 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcatattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaataccacaa |
37667200 |
T |
|
| Q |
101 |
aaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaa |
171 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37667201 |
aaacatatatgaatagaaaaataaaataaaagtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaa |
37667271 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Original strand, 35761964 - 35762219
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcgtattt--------tcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttta-ca |
91 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || |
|
|
| T |
35761964 |
tcatcatccacatgaaccaaaatgaaatattttcataaaacacatatttctatattttcatttatttagtttatctacaaagtctaacacttcattaaca |
35762063 |
T |
|
| Q |
92 |
atatcacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataac-- |
189 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
35762064 |
ataccacaaaaacatatatgcatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacacacatcatataaaatatagttaaactaataactt |
35762163 |
T |
|
| Q |
190 |
ttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttctt |
245 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35762164 |
ttttataaaaggttaaattttaccatataaattcatattttagttgttttgttctt |
35762219 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 99 - 239
Target Start/End: Original strand, 9537377 - 9537517
Alignment:
| Q |
99 |
aaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaa |
198 |
Q |
| |
|
||||||||||| | |||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9537377 |
aaaaacatatacgcatagcaacatgaaataaatgtcattctacataacattatcatacaaacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaa |
9537476 |
T |
|
| Q |
199 |
aggttaaattttactatatgaattcatattttagttgtttt |
239 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
9537477 |
aggttaaattttacaatataaatttatattttacttgtttt |
9537517 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 161 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 16074879 - 16074800
Alignment:
| Q |
161 |
atcatataaaatataattaaa-ctaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgtttt |
239 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
16074879 |
atcatataaaatataattaaatctaataacttttataaaagattaaattttaacatatgaattcatattttaattgtttt |
16074800 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 193 - 245
Target Start/End: Original strand, 37667265 - 37667317
Alignment:
| Q |
193 |
tataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttctt |
245 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37667265 |
tataaaaggttaaattttatcatatgaattcatattttagttgttttgttctt |
37667317 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 16074984 - 16074874
Alignment:
| Q |
47 |
ttttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttac-aatatcacaaaaa-catatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacata |
144 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||| | ||||| | ||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
16074984 |
ttttcatttctttagtttataaaaaaaatctaacacttctttcccaatataaaaaaaaacctataaagatagccaaataaaataaatgtcattctacatt |
16074885 |
T |
|
| Q |
145 |
acattatcata |
155 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
16074884 |
acattatcata |
16074874 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 45 - 245
Target Start/End: Original strand, 15873912 - 15874104
Alignment:
| Q |
45 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaatatcacaaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacata |
144 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |
|
|
| T |
15873912 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttacaataccacaaaaacatatatgaatagaaaaa--------atgccattccacaaa |
15874003 |
T |
|
| Q |
145 |
acattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttct |
244 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15874004 |
acattatcatacagatatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatatgaattcatattttagttgttttgttct |
15874103 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 21491408 - 21491659
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcgtatt--------ttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttcttt-aca |
91 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||| || |
|
|
| T |
21491408 |
tcatcatccacatgaaccaaaatgaaatattttcataaaactcatattactatattttcatttctttagtttatcaacaaaatccaacacttctttccca |
21491507 |
T |
|
| Q |
92 |
atatcac---aaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataa |
188 |
Q |
| |
|
||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21491508 |
ataccacaaaaaaaacatatatgcatatcaaaataaaataaatgtcattctacataacatt-ttatgcacacatcatataaaatataattaaactaataa |
21491606 |
T |
|
| Q |
189 |
cttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgt |
241 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
21491607 |
cttttataaaaggttaaattttaccatataaattcatattttagtttttttgt |
21491659 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 99 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 22077860 - 22077720
Alignment:
| Q |
99 |
aaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaa |
198 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
22077860 |
aaaaacatatatgcataggaaaataaagcaaatgtcattctacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataactttttgaaa |
22077761 |
T |
|
| Q |
199 |
aggttaaattttactatatgaattcatattttagttgtttt |
239 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
22077760 |
tggttaaattttaccatataaatttatattttagttgtttt |
22077720 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 45 - 231
Target Start/End: Original strand, 18367294 - 18367476
Alignment:
| Q |
45 |
tattttcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttac-aatatcacaaaaa--catatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccac |
141 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||| | |||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
18367294 |
tattttcatttctttagtttatcaacaaaatccaacacttctttcccaataccacaaaaaaacatatatgcatatcaaaataaaataaatgtcattctac |
18367393 |
T |
|
| Q |
142 |
ataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatatttta |
231 |
Q |
| |
|
||||||| | ||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
18367394 |
gtaacattttaatata------at-taaaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttaccatataaattcatatttta |
18367476 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 118 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 48576540 - 48576426
Alignment:
| Q |
118 |
aaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataatt-aaactaataacttttataaaaggttaaattttactata |
216 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||| |
|
|
| T |
48576540 |
aaaatagaataaatgtcattctgcatcacattatcatacacacatcatataatatataattaaaactaataactttaataagatattaaattttaccata |
48576441 |
T |
|
| Q |
217 |
tgaattcatatttta |
231 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||| |
|
|
| T |
48576440 |
taaattcatatttta |
48576426 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 118; Significance: 3e-60; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 49499348 - 49499091
Alignment:
| Q |
1 |
tcatcatccacatggaccaaactgaaatattttcataaaactcgtattt--------tcatttatttagtttatcagcaaagtctaacacttctttac-a |
91 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| |||| || ||||||||||| | | |
|
|
| T |
49499348 |
tcatcatccacatgaaccaaaatgaaatattttcataaaactcatatttctatattttcatttctttagtttatcaacaaaatccaacacttctttccca |
49499249 |
T |
|
| Q |
92 |
atatcacaaaaa-catatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataact |
190 |
Q |
| |
|
||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
49499248 |
ataccacaaaaaacatatatgcatatcaaaataaaataaatgtcattctacgtaacatctt-atacacacattatataaaatataattaaactaataatt |
49499150 |
T |
|
| Q |
191 |
tttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttcttctca |
249 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| |
|
|
| T |
49499149 |
tttataaaaggttaaattttactatataaattcatattttagttttttttttcttctca |
49499091 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 99 - 239
Target Start/End: Original strand, 28969204 - 28969344
Alignment:
| Q |
99 |
aaaaacatatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaa |
198 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28969204 |
aaaaacatatatgcatagcaaaataaaataaatgtcattctacataaaattatcatacacacatcatatagaatataattaaactaataacttttataaa |
28969303 |
T |
|
| Q |
199 |
aggttaaattttactatatgaattcatattttagttgtttt |
239 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
28969304 |
atgttaaattttaccatataaattaatattttagttgtttt |
28969344 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1838 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold1838
Description:
Target: scaffold1838; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 105 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 397 - 271
Alignment:
| Q |
105 |
atatatgaatagaaaaataaaataaatgtcattccacataacattatcatacagacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggtta |
204 |
Q |
| |
|
||||||| || | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
397 |
atatatgcatggcaaaataaaataaatggcattctacataacattatcatacacacatcatataaaatataattaaactaataacttttataaaaggtta |
298 |
T |
|
| Q |
205 |
aattttactatatgaattcatatttta |
231 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
297 |
aattttaccatatagatttatatttta |
271 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 177 - 245
Target Start/End: Original strand, 32735391 - 32735459
Alignment:
| Q |
177 |
ttaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgttttgttctt |
245 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32735391 |
ttaaactaatatcttttataaaaggttaaatttcaccatatgaatgcatattttagttgttttgttctt |
32735459 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 169 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 29270792 - 29270722
Alignment:
| Q |
169 |
aaatataattaaactaataacttttataaaaggttaaattttactatatgaattcatattttagttgtttt |
239 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||| | | | ||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
29270792 |
aaatataattaaaataataatttttataaaatattaaattttactatgtaactacatattttaattgtttt |
29270722 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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