View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13036_high_3 (Length: 567)

Name: NF13036_high_3
Description: NF13036
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13036_high_3
NF13036_high_3
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (9-546)||(45294413-45294950)
chr7 (9-546)||(45303373-45303910)
chr7 (12-545)||(45283028-45283561)
chr7 (12-545)||(45271254-45271787)
chr7 (9-545)||(45274784-45275320)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (259-321)||(38588654-38588716)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 530; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 546
Target Start/End: Original strand, 45294413 - 45294950
Alignment:
Q  9 agcagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgatatcaaacttcaagttgaattgc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45294413 agcagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgatatcaaacttcaagttgaattgc 45294512  T
Q  109 tggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacgtctaattgctccttgatcttct 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45294513 tggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacgtctaattgctccttgatcttct 45294612  T
Q  209 tctcaccgtcattttcatcgtcaaatccttccatacaagcttgtctataagagataactgcactcaaccaattcctcatatcagcggtttggtcatgaac 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45294613 tctcaccgtcattttcatcgtcaaatccttccatacaagcttgtctgtaagagataactgcactcaaccaattcctcatatcagcggtttggtcatgaac 45294712  T
Q  309 agcttgaatgttgctgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtccttgcagtcattaagagccatcttggta 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45294713 agcttgaatgttgctgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtccttgcagtcattaagagccatcttggta 45294812  T
Q  409 ccatcttcctttccatactcagtggtgagcctgtcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcagtggctgcctttacagctgctgctatgtatgcct 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45294813 ccatcttcctttccatactcagtggtgagcctgtcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcagtggctgcctttacagcggctgctatgtatgcct 45294912  T
Q  509 tagggtcagcggcgtcggcgccacgcacagagctaagt 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45294913 tagggtcagcggcgtcggcgccacgcacagagctaagt 45294950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 546
Target Start/End: Original strand, 45303373 - 45303910
Alignment:
Q  9 agcagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgatatcaaacttcaagttgaattgc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45303373 agcagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgatatcaaacttcaagttgaattgc 45303472  T
Q  109 tggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacgtctaattgctccttgatcttct 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45303473 tggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacgtctaattgctccttgatcttct 45303572  T
Q  209 tctcaccgtcattttcatcgtcaaatccttccatacaagcttgtctataagagataactgcactcaaccaattcctcatatcagcggtttggtcatgaac 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45303573 tctcaccgtcattttcatcgtcaaatccttccatacaagcttgtctgtaagagataactgcactcaaccaattcctcatatcagcggtttggtcatgaac 45303672  T
Q  309 agcttgaatgttgctgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtccttgcagtcattaagagccatcttggta 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45303673 agcttgaatgttgctgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtccttgcagtcattaagagccatcttggta 45303772  T
Q  409 ccatcttcctttccatactcagtggtgagcctgtcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcagtggctgcctttacagctgctgctatgtatgcct 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45303773 ccatcttcctttccatactcagtggtgagcctgtcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcagtggctgcctttacagcggctgctatgtatgcct 45303872  T
Q  509 tagggtcagcggcgtcggcgccacgcacagagctaagt 546  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45303873 tagggtcagcggcgtcggcgccacgcacagagctaagt 45303910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 545
Target Start/End: Original strand, 45283028 - 45283561
Alignment:
Q  12 agagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgatatcaaacttcaagttgaattgctgg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45283028 agagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgacatcaaacttcaagttgaattgctgg 45283127  T
Q  112 aggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacgtctaattgctccttgatcttcttct 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  45283128 aggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacatggaattgctccttgatcttcttct 45283227  T
Q  212 caccgtcattttcatcgtcaaatccttccatacaagcttgtctataagagataactgcactcaaccaattcctcatatcagcggtttggtcatgaacagc 311  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  45283228 caccatcatttgcatcgtcaaatccttccatacaagcttgtctgtaagagataaccgcactcaaccaattcctcatatcagcgatttggtcatgaacagc 45283327  T
Q  312 ttgaatgttgctgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtccttgcagtcattaagagccatcttggtacca 411  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45283328 ttgaatgttgttgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtccttgcagtcattaagagccatcttggcacca 45283427  T
Q  412 tcttcctttccatactcagtggtgagcctgtcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcagtggctgcctttacagctgctgctatgtatgccttag 511  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  ||||||||||||||||| |    
T  45283428 ttttcctttccatactcagtggtgagcctttcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcggtggctgccttcacggaggctgctatgtatgccttcg 45283527  T
Q  512 ggtcagcggcgtcggcgccacgcacagagctaag 545  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  45283528 ggtcagcggcatcggcgccatgcacagagctaag 45283561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 545
Target Start/End: Original strand, 45271254 - 45271787
Alignment:
Q  12 agagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgatatcaaacttcaagttgaattgctgg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45271254 agagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaaggaggtttgatatcaaagttcaagttgaattgctgg 45271353  T
Q  112 aggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacgtctaattgctccttgatcttcttct 211  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  45271354 aggatgtcagacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacggctgtgaccttttgtacgctgtacaaactctgaacatggaattgctccttgatcttcttct 45271453  T
Q  212 caccgtcattttcatcgtcaaatccttccatacaagcttgtctataagagataactgcactcaaccaattcctcatatcagcggtttggtcatgaacagc 311  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  45271454 caccatcatttgcatcgtcaaatccttccatacaaccttgtttgtaagagataactgcactcaaccaattcctcatatcagcagtttggtcatgaacagc 45271553  T
Q  312 ttgaatgttgctgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtccttgcagtcattaagagccatcttggtacca 411  Q
    || ||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  45271554 ttcaatgttgttgtcacgaacacagttgttggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtctttgcagtcatcaagagccatcttggcacca 45271653  T
Q  412 tcttcctttccatactcagtggtgagcctgtcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcagtggctgcctttacagctgctgctatgtatgccttag 511  Q
    | || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  45271654 tttttctttccatactcagtggtgagcctttcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcagtggctgccttcacggctgctgctatgtatgccttag 45271753  T
Q  512 ggtcagcggcgtcggcgccacgcacagagctaag 545  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45271754 ggtcagcggcatcggcgccacgcacagagctaag 45271787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 545
Target Start/End: Original strand, 45274784 - 45275320
Alignment:
Q  9 agcagagatccatgaagggtatccttgatcatcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaagcaggtttgatatcaaacttcaagttgaattgc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45274784 agcagagatccatgaagggtatccttgatcgtcaacagtcacctcagaattaagaagacgacgggaaagaggtttgatatcaaacttcaagttgaattgc 45274883  T
Q  109 tggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaacagcggtaaccttttgtacgctgtccaaactctgaacgtctaattgctccttgatcttct 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||| ||||    
T  45274884 tggaggatgtcggacaaaccagtcacaatgtcaagggcaaccgcggtgatcttttgtacgctgtccaaactctgaacatggaattgctctttgattttct 45274983  T
Q  209 tctcaccgtcattttcatcgtcaaatccttccatacaagcttgtctataagagataactgcactcaaccaattcctcatatcagcggtttggtcatgaac 308  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45274984 tctcaccatcatttgcatcgtcaaatccttccatacaggcttgtctgtaggatatgactgcactcaaccaattcctcatatcagcagtttggtcatgaac 45275083  T
Q  309 agcttgaatgttgctgtcatgaacacacttggtggagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtccttgcagtcattaagagccatcttggta 408  Q
    ||||||||||||| |||||  || ||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  45275084 agcttgaatgttgttgtcactaagacaattgtttgagaggtcaagactgtccaaagcgaattgcatcaagtccttgcagtcatcaagagccatcttggca 45275183  T
Q  409 ccatcttcctttccatactcagtggtgagcctgtcactcatgttaaaggccttaatgacattgtcagtggctgcctttacagctgctgctatgtatgcct 508  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  45275184 ccattttcctttccatactcagtggtgagcctttcactcatgttaaaggcgttcatgacattgtcagtggctgccttcacggcggctgctatgtatgcct 45275283  T
Q  509 tagggtcagcggcgtcggcgccacgcacagagctaag 545  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  45275284 tagggtcagcggcatcggcgccatgcacagagctaag 45275320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 259 - 321
Target Start/End: Original strand, 38588654 - 38588716
Alignment:
Q  259 gagataactgcactcaaccaattcctcatatcagcggtttggtcatgaacagcttgaatgttg 321  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | |||||  ||||| |||||||  ||||||||||||    
T  38588654 gagataacagcactcaaccaattcctaaaatcaggtgtttgatcatgaatggcttgaatgttg 38588716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University